1RE2A

Human lysozyme labelled with two 2',3'-epoxypropyl beta-glycoside of n-acetyllactosamine
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lysozyme
publication title Dual affinity labeling of the active site of human lysozyme with an N-acetyllactosamine derivative: first ligand assisted recognition of the second ligand.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 43
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1re2A00
4LT2A 3WU9A 1JJ1A 1WVVA 1LYSA 2ZNXY 4GN3A 4H9AA 4YF2A 2A7DA 3QE8A 1RE2A 4WM4A 4NWEA 2LZTA 4DD1A 1LJHA 4LT0A 3WVXA 1HEOA 1YILA 2ZIKA 1XEKA 3OJPA 5I4XA 1VEDA 1YANA 2G4NA 1HELA 2YBHA 1B5WA 5HMVA 4C3WA 1LZNA 1GBYA 4WM2A 1KXXA 1LYOA 1OUIA 2BQFA 3P64A 4II8A 4R6CA 5APEA 1LSZA 1LSEA 3TXIA 2FYDA 2Z39A 3W6CA 5DLAA 3TXJA 5KXTA 4ETEA 4G4HA 3B0KA 4ET9A 2W1MA 1IP1A 1GDWA 1WQOA 1BB6A 1LKSA 3BKVA 3WUMA 4W96A 1LMPA 4WM1A 5A3ZA 3BKHA 2H9KA 4HTKA 1YKXX 1B7PA 2PC2A 4KL7A 2W1LA 2Z38A 1GB6A 3CB7A 3IJUA 1T6VL 1JITA 3SP3A 1GPQC 1IR9A 1UIEA 1VDSA 1VDTA 1WQRA 4LYMA 5ILCA 1ZV5L 5LINA 1D6PA 5LYZA 1LHMA 4J1AA 1VFBC 1YKZX 2LYMA 2N5ZA 4H8YA 2Z12A 1JJ3A 1FLQA 1HHLA 4XJBA 5DL9A 2YVBA 4QY9A 1IWYA 5J7CA 4DD7A 3KAMA 4YEOA 4B1AA 1N4FA 1B7OA 1QTKA 1LZ8A 2C8OA 3WU8A 4GLVA 2MEFA 2W1YA 4NSGA 3FI7A 5FDJA 1OUJA 1GBZA 4ML7A 3W6BA 154LA 153LA 1BGIA 2XTHA 3WL2A 5LA5A 1JTTL 1TDYA 1LZCA 1CKCA 4FJRA 3RU5A 1D0KA 3WUAA 4B4JA 1B7LA 1GFRA 2XJWA 4XADA 5F16A 5B05A 1C7PA 1WVUA 1INUA 1EQEA 4CHXA 2MEBA 3QNGA 3OK0A 1LZ5A 4NGKA 1GEVA 1EQ5A 4H9CA 132LA 3LYMA 1LSYA 1AT5A 2DQAA 3ULRA 4DYGA 2DBTA 4U3XB 1IOTA 4XENA 4HP0A 2EPEA 1LZGA 5LAFA 4RDSA 1IP5A 3RT5X 1CJ7A 4Z3MA 3AZ4A 3LZ2A 4DDBA 3CQLA 1FKQA 1ZVHL 1JPOA 2LZ2A 1HMKA 1DQJC 1A2YC 5I4WA 4H9IA 4H91A 1B5UA 1MELL 3A6BY 1UA6Y 4PRQA 5E9RA 2BPUA 4I8SA 1GXV2 4WLXA 1CKFA 1D0LA 1B7NA 1LJFA 5KXWA 1IEEA 4Z46A 1LSFA 1YL0X 1C46A 2LYZA 3EO5A 4RW1A 1VDQA 4NHQA 4HJYA 4BADA 1A4VA 1JKBA 5B1GA 1JKAA 4WLTA 5KXSA 4NGJA 5I4YA 5AMYA 1B0DA 2HU3A 3EMSA 3WXTA 1WQNA 3P65A 1UACY 2A7FA 1LKRA 1LZ1A 1P2CC 1GXXA 2Z2EA 1AKIA 2HEAA 3EBAB 4I0CA 2DKVA 1UIHA 1OP9B 1GF6A 5HQ1A 4ETBA 1LHHA 1XEJA 1LSGA 2Z2FA 3AW6A 4YENA 2ZWBA 3AZ7A 3TMVA 1REXA 1EQ4A 1JTPL 194LA 1GFTA 1NHEA 3IJVA 1GF7A 3AZ6A 4IASA 3B0OA 3WPJA 3CSZA 1NBYC 8LYZA 1BB7A 1CJ9A 2HTXA 1C45A 1GF5A 1BB3A 4B4IA 4R0FA 3WYHA 3IWRA 1GE2A 4XJIA 1EL1A 4HV1A 4P2EA 4LFXA 5D5FA 3TMUA 5APCA 1LJNA 2D4KA 1TEWA 3D9AC 1LJ3A 2D4IA 1WQQA 1YL1X 2DQDY 4A7DA 1G7HC 3ZEKA 2G4PA 5DN4A 2HU1A 5KKIA 4OWHA 1XFPL 3WU7A 1JEFA 1J1OY 1O23A 1NMMA 1WTNA 4WO9A 1SQ2L 4NFVA 2BAAA 2MEAA 1LSNA 1IOQA 1JISA 1NKHA 1IP7A 2HEEA 4NHSA 5LYTA 4NHTA 4PHIA 5I54A 3B0IA 1JSEA 1YKYX 2VB1A 2Y8PA 3HBDA 4J7VA 3WW6A 4ZEEA 5C6LA 3A95A 1IOCA 4ETCA 1LSMA 2F4GA 2YBLA 5APDA 1IWUA 4WL7A 1BWHA 1DZBX 3CSQA 1YQVY 3A92A 4NGYA 4WOAA 4DD2A 1JWRA 1GF3A 3N9AA 1GE4A 1LSPA 1JJ0A 1CKHA 1GWDA 1UIBA 1C43A 2G4QA 4FDYA 4DWXA 4YM8A 1G7LC 4NY5A 5LIOA 2ZIJA 5KXLA 5K7OA 1NQIA 1LZ9A 1LZYA 4WMGA 1XEIA 1FDLY 3W6EA 2LHMA 2EIZC 2XBRA 4WL6A 4OWAA 3M3UA 4PJ2C 1LJKA 4GCDA 4H94A 5LVIA 2HEFA 4HJZA 5DN5A 4AGAA 3WH1A 4HPIA 7LYZA 3B6LA 1QUSA 4TSCA 1E8LA 4YEMA 1IP6A 1RFPA 5KKJA 1IVMA 1GFKA 1LZ6A 1LYYA 1OUCA 3GXRA 1HFXA 2FBDA 3ZVQA 1TAYA 2BQLA 2MEDA 2ZILA 5IHGA 4GCEA 4XYYA 1IOSA 1RI8B 4KT3A 5IDDA 4WM6A 1KXYA 4H9FA 1I56A 5LVHA 4QDNA 4XN6A 1UIAA 1UCOA 1D0MA 1FBIX 4O34A 1IY4A 3AGIA 4WG7A 4LZTA 4TTDA 2MECA 5APFA 3CT0A 1TBYA 3AJNA 1LZAA 3TXKA 1LSCA 1HF4A 2BQJA 1GFGA 4G9SA 4NGIA 5FSTA 4YOPA 3T6UA 4Z41A 1NBZC 4DDAA 5LXWA 3RW8A 5KXRA 3GXKA 1LSDA 5FEKA 2HEDA 5FCPA 1H87A 1HEWA 4N9RA 5LA8A 1QSAA 1LZTA 1IR7A 1HEMA 2BQGA 2MEGA 1B2KA 1OQMA 1B5VA 4DD3A 1GBXA 3HFMY 6LYZA 3A8ZA 1LMAA 1LMOA 4H9EA 4HTNA 2I25L 5F9UA 4N8ZA 1UBZA 1GB0A 2BQKA 4BAFA 1DPWA 1DI3A 1LZRA 1GFHA 1IY3A 1HMLA 4W94A 1BB4A 2C8PA 4LYBA 5T3FA 3RZ4A 1JTOL 4HV2A 1CNSA 1YAMA 5D5CA 3TMXA 1OUDA 1T3PA 2YDGA 4HPEA 2CGIA 4J0LA 1UUZC 3WXUA 1AM7A 2YBJA 5C6IA 2EQLA 2EKSC 2HECA 2CWIA 1JKDA 4ETAA 1GE3A 1WQPA 2Z37A 4QGZA 1IIZA 1UICA 1OUAA 1D6QA 4TX7A 4GCBA 1YAOA 4NSHA 3TXBA 3VWOA 4MCKA 1GFJA 2Q0MX 1HEQA 3LN2A 135LA 3AW7A 4H1PA 4QEQA 6LYTA 5KXZA 1IWWA 1LHIA 1IP2A 1NDMC 3EXDA 3W6DA 4XJHA 193LA 1GB7A 2DQEY 4AXTA 4OWEA 4N1EI 4E3UA 1VATA 4DD9A 1LHKA 1IWTA 1HEPA 1GBOA 4GN5C 1REZA 4NEBA 4H9HA 1B5XA 2BQMA 5F81A 3TXGA 4LYTA 4WM5A 1BWJA 1GB5A 1Z55A 1F10A 1XGUC 4RLNA 3W3EA 1LJEA 5DM9A 4NSIA 4LT1A 1PZYA 1GAZA 1QIOA 4CFPA 2IFFY 2D4JA 1DKKA 3FE0A 4IATA 4ZFPA 4GCFA 1GAYA 1GDXA 1LSBA 1F6SA 4UWUA 2LYOA 1IWXA 1NDGC 1B7QA 1BWIA 1LHJA 1CJ8A 5B59A 1OUHA 2BQAA 1LOZA 4WG1A 2YBNA 4NHPA 4WLDA 1QDTA 4OOOA 1D9UA 2XBSA 1QTEA 2BQIA 4LYCA 4M6DA 4M4OA 3N9EA 5I53A 3AZ5A 4GN4A 5B07A 1IC5Y 4DDCA 4H9BA 5LVKA 1PS5A 2NWDX 2ZQ3A 1LPIA 3A94A 5KXMA 1I20A 1GB8A 133LA 2HEBA 2D91A 3A6CY 1YAQA 5KY1A 3J6KA 1LAAA 1DKJA 3P66A 1B9OA 2BLXA 1UIDA 1LCNA 3ATOA 1AT6A 1XGQC 3WW5A 4WO6A 5HNLA 1V7SA 3LHMA 3HBEX 1LJ4A 1XGRC 4L41A 1GFEA 4H90A 5KXYA 4OW1A 4DT3A 1NWGA 3CT5A 1IP4A 4ZIXA 1GE1A 2MEHA 1B7SA 3P4ZA 2FBBA 2MEIA 5JENB 1GEZA 2F4AA 1IX0A 1GBWA 1LMCA 5KXNA 1IC4Y 2BQNA 4XJDA 1GB3A 1BVXA 1J1XY 5EBHA 3F6ZA 3TXFA 4EMNA 9LYZA 2GV0A 3WUNA 3CT1A 4D9ZA 3WPLA 4OWCA 2CJLA 2X0AA 2ZYCA 4MR1A 4KPMA 4HTQA 4OWBA 4PPOA 4TWSA 3A93A 1KIPC 1TCYA 3AYQA 4DC4A 5KXPA 3LYZA 1IO5A 1C10A 1GF0A 4J1BA 1I1ZA 4G4CA 4G4BA 1QDRA 4LYOA 4LYZA 1BVKC 4CGEA 1DXJA 5HLLA 4G49A 4N5RA 3A67Y 2DQFC 5II3A 5LVJA 5KXXA 4NSJA 1BQLY 1SLYA 2I26L 2YSSC 1HNLA 3W6AA 1BHZA 4RW2A 4X3BA 3A3QA 5LVGA 1LHLA 2F30A 2FYCA 1KIRC 1FN5A 2ZNWY 1GF9A 4ANRA 5HNCA 1GFUA 2WARA 4IJ4A 4NGLA 3QY4A 1OUFA 1LJIA 3G3BB 3HBHA 1B7MA 3LYOA 1GFAA 4B4EA 1LYZA 2RSCA 4XJGA 1IWZA 2B5ZA 1OUGA 2Z18A 2CDSA 4NG8A 1UIFA 4CJ2A 3LZTA 1B5ZA 4TSBA 1YIKA 1B7RA 1OUBA 3RNXA 1KIQC 1JSFA 2DQHY 3MGWA 1JKCA 1VAUA 4NGZA 5KXKA 3WULA 5L3IA 2D6BA 1GE0A 5E4PA 3ATNA 3LYTA 5FELA 2BQHA 4B49A 3A96A 2AUBA 1LJGA 1LTMA 1CKGA 4LGKA 1LJJA 3G3AB 3M18B 1G7MC 4Z98A 1B5YA 1GFVA 4WLYA 4LT3A 1GBSA 1LMQA 4UWNA 1RCMA 1HFZA 207LA 4MSTA 1LZBA 5A3EA 1IORA 1IWVA 4GLAA 1LZSA 1GHLA 4DD0A 2DQJY 5M1YA 4WM3A 1CKDA 1MLCE 1HENA 2I6ZA 5I5QA 4PRUA 3WVYA 5L3HA 4NWHA 3A91A 1GB9A 3K3TA 1FLWA 1G7JC 4RLMA 5C6JA 1JIYA 1RJCB 3A90A 1HFYA 1DI4A 3AB6A 1GD6A 1LMNA 3CSRA 3TXDA 4BAPA 1OUEA 1YAPA 3W6FA 4KXIA 1LSAA 1REMA 1NF5A 2BQOA 1BB5A 3T36A 3TXHA 3P68A 2ZYPA 4B0DA 3E3DA 4LFPA 3A3RX 4CFOA 2Z19A 1AZFA 1XGTC 2BQEA 4H8XA 1QSWA 4N1CC 2IHLA 2BLYA 3AGGG 4PGJB 5LAGA 4EOFA 1FLUA 2BQDA 1LMTA 4HSFA 1HC0A 4H93A 4ET8A 2DQCY 2YBMA 1ZMYL 3ZVQB 5L9JA 1HSXA 1DPXA 1XGPC 1HSWA 1WQMA 3D3DA 4NGOA 4XJFA 208LA 4C5FA 4NHIA 4UWVA 1HERA 2YBIA 1H6MA 3B72A 1YROA 4GCCA 5KXOA 1UIGA 1G7IC 4NGWA 3TXEA 1FLYA 1GF8A 1QQYA 2BQBA 5FHWA 1VDPA 2MEEA 3WPKA 3N9CA 1J1PY 2DQGY 5F9XA 1C08C 4ETDA 4TUNA 3WMKA 2DQIY 3AGHA 1JUGA 1CJ6A 1FKVA 2ZQ4A 2H9JA 1WTMA 1LZEA 3A34A 2W1XA 1GB2A 134LA 4NGVA 1IP3A 5B06A 1UC0A 2HUBA 1W6ZA 1F6RA 5F14A 1DI5A 5IELA 2H5ZA 4NG1A 4BS7A 4HJVA 1ALCA 1IC7Y 1KXWA 2BQCA 5HMJA 5ILFA 3J4GA 4H92A 5B1FA 4N0JA 5LYMA 1LZ4A 1REYA 2F2NA 1GF4A 4H8ZA 1IR8A 1XSFA 1V7TA 3TMWA 1JHLA 1QUTA 4OOTA 1LZDA 1W08A 1ZVYB 1F0WA 4NIJA 5KJ9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZNXY 1CV6A 1L75A 2A7DA 3HTBA 4WM4A 1C6DA 1VEDA 1YANA 2YBHA 4C3WA 4WM2A 1OUIA 3P64A 1D3JA 2Z39A 1CVKA 3W6CA 5DLAA 3TXJA 5KXTA 4ETEA 1IP1A 1BB6A 3WUMA 3DMZA 4WM1A 3BKHA 2H9KA 1L49A 3CB7A 3IJUA 1T6VL 1C6JA 1C66A 1LHMA 4QY9A 1JJ3A 5J7CA 2YVBA 1IWYA 3KAMA 1L31A 1N4FA 2W1YA 1XJUA 1OUJA 154LA 4YX7C 1D3MA 4PJZA 3WL2A 1TDYA 1CKCA 4FJRA 1D9WA 1L28A 2LC9A 108LA 4NGKA 243LA 1GEVA 4H9CA 225LA 4DYGA 2DBTA 4XENA 2EPEA 1LZGA 4RDSA 4Z3MA 1L58A 3SN6R 1ZVHL 1C6FA 3GULA 4H9IA 1MELL 4EPFA 3A6BY 1QTCA 1OVJA 1D0LA 4Z46A 245LA 2RBQA 1VDQA 4BADA 3DN6A 1JKBA 3DN8A 5I4YA 126LA 1B0DA 3EMSA 3NYAA 1GXXA 251LA 3GUMA 1UIHA 5HQ1A 5LZMA 4ETBA 1LHHA 1XEJA 1C64A 3LZMA 194LA 3B0OA 3WPJA 1PQKA 1BB7A 150LA 3HTFA 1BB3A 1LI3A 4XJIA 4P2EA 3DMXA 1L47A 2D4IA 1YL1X 1L85A 5KKIA 1XFPL 1JEFA 1J1OY 2O4WA 4I7JA 1O23A 1CUQA 4WO9A 1SQ2L 190LA 1IOQA 1IP7A 5LYTA 3B0IA 1YKYX 169LA 3WW6A 3A95A 1LSMA 2F4GA 2YBLA 5APDA 4GBRB 1T97A 1BWHA 1C6CA 3A92A 1L12A 1UIBA 1LZ9A 4WMGA 3HH5A 1CTWA 4WL6A 3M3UA 1KY0A 1LJKA 2B6YA 2HEFA 1DYAA 3B6LA 1QUSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LT2 A;  3WU9 A;  1JJ1 A;  1WVV A;  1LYS A;  2ZNX Y;  4GN3 A;  4H9A A;  4YF2 A;  2A7D A;  3QE8 A;  1RE2 A;  4WM4 A;  4NWE A;  2LZT A;  4DD1 A;  1LJH A;  4LT0 A;  3WVX A;  1HEO A;  1YIL A;  2ZIK A;  1XEK A;  3OJP A;  5I4X A;  1VED A;  1YAN A;  2G4N A;  1HEL A;  2YBH A;  1B5W A;  5HMV A;  4C3W A;  1LZN A;  1GBY A;  4WM2 A;  1KXX A;  1LYO A;  1OUI A;  2BQF A;  3P64 A;  4II8 A;  4R6C A;  5APE A;  1LSZ A;  1LSE A;  3TXI A;  2FYD A;  2Z39 A;  3W6C A;  5DLA A;  3TXJ A;  5KXT A;  4ETE A;  4G4H A;  3B0K A;  4ET9 A;  2W1M A;  1IP1 A;  1GDW A;  1WQO A;  1BB6 A;  1LKS A;  3BKV A;  3WUM A;  4W96 A;  1LMP A;  4WM1 A;  5A3Z A;  3BKH A;  2H9K A;  4HTK A;  1YKX X;  1B7P A;  2PC2 A;  4KL7 A;  2W1L A;  2Z38 A;  1GB6 A;  3CB7 A;  3IJU A;  1T6V L;  1JIT A;  3SP3 A;  1GPQ C;  1IR9 A;  1UIE A;  1VDS A;  1VDT A;  1WQR A;  4LYM A;  5ILC A;  1ZV5 L;  5LIN A;  1D6P A;  5LYZ A;  1LHM A;  4J1A A;  1VFB C;  1YKZ X;  2LYM A;  2N5Z A;  4H8Y A;  2Z12 A;  1JJ3 A;  1FLQ A;  1HHL A;  4XJB A;  5DL9 A;  2YVB A;  4QY9 A;  1IWY A; 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 1RJC B;  3A90 A;  1HFY A;  1DI4 A;  3AB6 A;  1GD6 A;  1LMN A;  3CSR A;  3TXD A;  4BAP A;  1OUE A;  1YAP A;  3W6F A;  4KXI A;  1LSA A;  1REM A;  1NF5 A;  2BQO A;  1BB5 A;  3T36 A;  3TXH A;  3P68 A;  2ZYP A;  4B0D A;  3E3D A;  4LFP A;  3A3R X;  4CFO A;  2Z19 A;  1AZF A;  1XGT C;  2BQE A;  4H8X A;  1QSW A;  4N1C C;  2IHL A;  2BLY A;  3AGG G;  4PGJ B;  5LAG A;  4EOF A;  1FLU A;  2BQD A;  1LMT A;  4HSF A;  1HC0 A;  4H93 A;  4ET8 A;  2DQC Y;  2YBM A;  1ZMY L;  3ZVQ B;  5L9J A;  1HSX A;  1DPX A;  1XGP C;  1HSW A;  1WQM A;  3D3D A;  4NGO A;  4XJF A;  208L A;  4C5F A;  4NHI A;  4UWV A;  1HER A;  2YBI A;  1H6M A;  3B72 A;  1YRO A;  4GCC A;  5KXO A;  1UIG A;  1G7I C;  4NGW A;  3TXE A;  1FLY A;  1GF8 A;  1QQY A;  2BQB A;  5FHW A;  1VDP A;  2MEE A;  3WPK A;  3N9C A;  1J1P Y;  2DQG Y;  5F9X A;  1C08 C;  4ETD A;  4TUN A;  3WMK A;  2DQI Y;  3AGH A;  1JUG A;  1CJ6 A;  1FKV A;  2ZQ4 A;  2H9J A;  1WTM A;  1LZE A;  3A34 A;  2W1X A;  1GB2 A;  134L A;  4NGV A;  1IP3 A;  5B06 A;  1UC0 A;  2HUB A;  1W6Z A;  1F6R A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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