1REMA

Human lysozyme with man-b1,4-glcnac covalently attached to asp53
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
publication title X-ray structure of human lysozyme labelled with 2',3'-epoxypropyl beta-glycoside of man-beta1,4-GlcNAc. Structural change and recognition specificity at subsite B.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 45
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1remA00
3HBDA 4H8YA 2YBIA 2BQFA 1LJIA 1LJHA 1BB6A 3T6UA 4OWHA 1IOQA 1LJ4A 5FEKA 1FLQA 1GB7A 4WL6A 4OWCA 3B0IA 4FDYA 1J1XY 4PGJB 3RU5A 3ZVQA 3W6CA 194LA 3WL2A 1NDGC 4PPOA 1F0WA 1HEWA 5FELA 5KXZA 1FLWA 2LYMA 3WXTA 4CHXA 5I4XA 1JJ1A 4NHSA 3EBAB 3AZ7A 2HU1A 1IWTA 3ATNA 3TXJA 5I4YA 4MR1A 3B6LA 1IP4A 4RW1A 1B5XA 1I20A 4GLVA 4CJ2A 1GBWA 5F14A 1QDTA 1LYZA 2CJLA 2D4IA 1CKHA 1GFKA 1LMQA 2D91A 1IR7A 2HEDA 3A67Y 4WO6A 3W6FA 2MEDA 1IP3A 1LSPA 2HU3A 4OWEA 4J1AA 1SLYA 2YBJA 1WQRA 3E3DA 3A6BY 2BQNA 3OK0A 1C08C 1LZGA 4NHQA 2I6ZA 1HFXA 4N0JA 1C10A 4NGJA 1UIDA 1OP9B 1INUA 1BQLY 4NGLA 1B7QA 1IY4A 4UWUA 2A7DA 1RCMA 2DQCY 1YAPA 1JJ0A 1N4FA 1EQ5A 4WM6A 1IEEA 4ZEEA 2YBMA 4NGKA 1B9OA 4XYYA 5D5FA 2W1XA 2CGIA 5HNLA 4HV2A 4WG7A 3A8ZA 4WLTA 1LZ4A 4X3BA 2D4JA 1LSEA 1T3PA 3WU7A 2Q0MX 3AYQA 1GFJA 5J7CA 2IFFY 3TMUA 1WQQA 1FDLY 1WQNA 2ZQ3A 5E4PA 3LZTA 1BWIA 2FYCA 4RLNA 3TXBA 1BGIA 2Z2FA 4U3XB 1ZMYL 4DDCA 1LZYA 4Z41A 1LTMA 4KT3A 4HJYA 3W6BA 3G3BB 1IWYA 1AZFA 1UACY 1UA6Y 3CT5A 4D9ZA 4LFXA 2YVBA 3CSQA 1DZBX 1AT6A 1YROA 1RI8B 3T36A 3CSRA 1XEJA 3WH1A 5KXMA 3LZ2A 1B5WA 1QIOA 1GB3A 2BQJA 2HECA 4LZTA 3A96A 2F4AA 1KIPC 1FKVA 4TSCA 2IHLA 3WULA 1LZCA 134LA 1XGPC 1Z55A 5APDA 3WVYA 4H8XA 1NHEA 5F81A 1LSZA 1REXA 2G4QA 4KPMA 5KXYA 1LPIA 1TAYA 1GXXA 2EKSC 3IJUA 1E8LA 1H6MA 1LSDA 4WM5A 3EMSA 1JKDA 3G3AB 4J1BA 4O34A 4XJBA 1XFPL 3VWOA 1BVKC 4XJIA 4A7DA 1HEOA 1XEKA 4H9IA 1QUTA 1QQYA 3CSZA 2XBRA 2H5ZA 3A92A 2N5ZA 1GFEA 1GFUA 4DC4A 1YAMA 3HBEX 4NSJA 5IHGA 1GE3A 1DQJC 1F10A 4ETAA 5A3EA 1HEQA 2LZ2A 1OUBA 2XJWA 2A7FA 1REZA 1VATA 1B7LA 2Z39A 3BKVA 4YEMA 3WUNA 1HHLA 4TUNA 4BS7A 1VFBC 3P66A 5F9XA 4NGWA 4QGZA 5II3A 1GF6A 1I1ZA 4H8ZA 4I0CA 2BQEA 5HMJA 4ET9A 1GAZA 4NWEA 1GF8A 1LZRA 207LA 5FCPA 1LZAA 4WG1A 4W94A 1MELL 1GDWA 5FDJA 4YM8A 2W1YA 1WQOA 5KXWA 1FLUA 1IP6A 1PZYA 5KXLA 4XADA 1OUGA 4MSTA 3RT5X 5B1FA 4B4EA 5LXWA 5I5QA 4B1AA 1GFHA 4N9RA 5I54A 4EOFA 4HSFA 1HC0A 1GB2A 1GPQC 1TEWA 4HTNA 4HJVA 1LJJA 1DI4A 2D6BA 4RLMA 1GF9A 1WTNA 1NKHA 2DQJY 1IR9A 4DD0A 5KXRA 1NBYC 3WU9A 3F6ZA 1CKDA 2Z12A 2F2NA 4P2EA 1LMTA 1IC4Y 2DQHY 1BWHA 1OUHA 1QTKA 1ALCA 2EPEA 3FE0A 2XTHA 3TXFA 8LYZA 1JWRA 1UC0A 2ZYPA 3W6AA 4WM4A 4CFPA 5LVHA 4N5RA 2ZQ4A 2EIZC 3TXKA 2BQMA 1HMLA 1LZNA 1LSMA 1B7MA 2LYZA 3LN2A 4NGZA 3J6KA 1W08A 1D0MA 1CJ7A 2Z2EA 5LA5A 1BHZA 3WPKA 1HELA 1FBIX 1OUAA 3A95A 1DKJA 1NF5A 1LJGA 4GCDA 4DWXA 4QDNA 1TDYA 5L3HA 1TBYA 153LA 1D0KA 3N9CA 1REMA 1LAAA 1UICA 1BB5A 1LYOA 2C8PA 1DPXA 2MEBA 4GLAA 4ETDA 1O23A 4B4IA 1JKCA 3WUMA 1QSAA 4GN4A 5LAGA 4ETCA 2G4NA 2ZIKA 4H9AA 2I26L 1JTPL 2YBNA 3CT1A 1GXV2 5DL9A 2D4KA 1KIQC 1YKZX 1GDXA 1YQVY 2BQBA 1CNSA 2FYDA 4NHPA 2H9KA 1B5UA 3M18B 5DN5A 4WOAA 135LA 1IWXA 3KAMA 4LYZA 1MLCE 5KXKA 5KXTA 1W6ZA 4H92A 1XGQC 4H1PA 2CDSA 1UBZA 1IP7A 4H9HA 5D5CA 1B7NA 3RW8A 2HEBA 2HEEA 4HJZA 1GFGA 1UIBA 1G7LC 1JUGA 1XGTC 1XGRC 4N8ZA 1RFPA 4G4CA 4HTKA 4W96A 5APEA 1TCYA 5KXOA 4B49A 5HMVA 4TWSA 1HERA 1IOSA 1YKYX 2AUBA 4IASA 4R0FA 1LJ3A 3WW6A 1YL1X 3FI7A 3WUAA 1G7JC 4XJFA 4GN3A 1EQ4A 1B7OA 1HEMA 4DD2A 4XJHA 4NGYA 3WYHA 4H91A 2BQLA 3ULRA 1GEZA 1IOTA 2X0AA 1FLYA 1LZBA 1D6PA 1LZ5A 1IWZA 2BQGA 5F9UA 4WM2A 5C6LA 5K7OA 4UWNA 1LJKA 2EQLA 3AZ6A 5FSTA 193LA 1IWUA 4NSHA 3CQLA 1IIZA 1BB7A 4HV1A 2WARA 1JKBA 3B72A 1B5VA 3IWRA 4DD7A 1J1OY 1G7HC 1LJNA 3AGGG 5E9RA 4HP0A 2W1MA 3A93A 2ZNWY 4BAFA 1JTOL 2HUBA 132LA 5LYMA 1HFYA 1IC7Y 3J4GA 4NG1A 4UWVA 1LMAA 3A34A 1JIYA 3LYMA 5DLAA 1JEFA 3QY4A 3TMWA 2MEHA 4ZIXA 3A3QA 4PRQA 1LHIA 1VEDA 4ETBA 5T3FA 5C6JA 1GFTA 1EL1A 5A3ZA 2MEEA 1QUSA 4M6DA 1SQ2L 3WPJA 1LMOA 1LSNA 1F6RA 3ATOA 2YDGA 5LVIA 3A3RX 4YENA 5AMYA 3TXGA 1QSWA 4ET8A 5ILCA 1YIKA 1FKQA 5LVGA 3WVXA 1G7MC 4OW1A 1OUDA 2MEAA 3QE8A 3TXEA 2BQHA 4EMNA 4M4OA 1IX0A 4GCEA 1LYSA 1GFAA 1HEPA 2BQDA 1ZV5L 2ZWBA 5L9JA 1BVXA 1UIHA 3TXIA 3OJPA 4PJ2C 5HLLA 1IP5A 1GE2A 1LHLA 1P2CC 2BLXA 3AW7A 1LSGA 1OUJA 5DM9A 2DBTA 6LYTA 6LYZA 4OOOA 5APFA 1GFVA 3B0KA 4YEOA 4B0DA 3N9EA 1GHLA 4GCBA 5KXXA 1LSBA 4E3UA 2I25L 1JKAA 1JJ3A 5KXNA 1WQMA 3ZEKA 4H9CA 4WM1A 3IJVA 4Z98A 4LFPA 1UIGA 4WM3A 3AGIA 1WQPA 2BQIA 4J0LA 1JHLA 4NY5A 3WXUA 9LYZA 3WMKA 1WVUA 1I56A 1QTEA 3W3EA 1GAYA 4XENA 3EXDA 2BPUA 1LHHA 1CKFA 3A94A 3CT0A 1HSWA 4G49A 1HENA 4IATA 4PRUA 3SP3A 4Z3MA 5LVJA 1G7IC 4NFVA 2BQCA 2BQAA 1D9UA 2W1LA 1GBOA 1LHJA 1LMNA 3AW6A 5B07A 4RDSA 3A91A 1JTTL 1KXWA 1LSAA 5KJ9A 1GBSA 1BWJA 1KIRC 1OQMA 2RSCA 3D9AC 3AJNA 5IELA 2DQDY 3WW5A 1CJ9A 1GE0A 2MEFA 3N9AA 2ZILA 4FJRA 1LYYA 1VAUA 2F4GA 4R6CA 1LOZA 1LHKA 5LVKA 4WO9A 1LJEA 1UIEA 4WLYA 1LZTA 2YSSC 4II8A 1BB4A 1GWDA 3GXKA 5KKIA 1IWWA 1NBZC 3HBHA 1REYA 3AB6A 1F6SA 1YKXX 1IWVA 1YL0X 3A6CY 4MCKA 4WL7A 4LT3A 1KXYA 1IVMA 2H9JA 1JSEA 2Z19A 4HPEA 2DQIY 4NGIA 1LHMA 5JENB 5LINA 2DQFC 1OUIA 1HFZA 1B5ZA 5KXSA 2LHMA 1GFRA 1GB9A 1OUCA 2B5ZA 3W6DA 1IP2A 1LZ1A 4IJ4A 4TTDA 4WLXA 5APCA 4BADA 4AGAA 4NIJA 4OOTA 2ZNXY 1YAQA 4DD9A 1RJCB 1NDMC 1NWGA 3B0OA 3TMXA 4HTQA 5M1YA 1GB5A 4BAPA 1LZ9A 2Z18A 5KXPA 1LZDA 1D6QA 3LYZA 4NHIA 2DQEY 1CKCA 4QEQA 4LT2A 2Z38A 1LMPA 2F30A 4OWBA 3LYOA 1ZVHL 5F16A 154LA 1DKKA 1B2KA 5LYTA 2HEAA 1B5YA 2G4PA 4YOPA 5EBHA 1IOCA 2ZIJA 1LZ8A 1LZ6A 1HNLA 3AZ5A 2YBHA 2LYOA 3P64A 1GF5A 2GV0A 1LSCA 5HNCA 4AXTA 1CJ8A 4HPIA 1HMKA 4NEBA 2DQGY 1DI3A 3RNXA 3EO5A 3WU8A 1LZSA 3W6EA 4ZFPA 1LJFA 2DQAA 3BKHA 1DPWA 1GB6A 5DN4A 1EQEA 4NG8A 4YF2A 5HQ1A 1B7SA 5L3IA 1IR8A 1OUFA 3ZVQB 2HTXA 2MEGA 2DKVA 1V7TA 3AZ4A 5ILFA 2FBBA 4H93A 4N1CC 2CWIA 3QNGA 4PHIA 1IO5A 4NWHA 3HFMY 3LYTA 4Z46A 5I4WA 2BAAA 2XBSA 4H90A 4C5FA 4NSGA 1JISA 1JPOA 2LZTA 1B7RA 3RZ4A 1GF4A 208LA 5LIOA 1UUZC 1CKGA 1GD6A 1VDPA 3LHMA 1HSXA 1QDRA 1DXJA 3P65A 4NSIA 4DD1A 5LA8A 2VB1A 1GB0A 1XGUC 1LKSA 1B7PA 1LZEA 4CGEA 1LMCA 5LYZA 1PS5A 1B0DA 2PC2A 1XEIA 1T6VL 2FBDA 1GBZA 1KXXA 3TXDA 2BQKA 4B4JA 3WPLA 4N1EI 3TXHA 1D0LA 1C7PA 2BQOA 1GF7A 4H94A 1IC5Y 4DDBA 5B05A 1LSYA 1IY3A 1NQIA 1JSFA 4G4BA 4DD3A 1BB3A 1FN5A 2C8OA 4LYBA 4KXIA 4NHTA 2Y8PA 1AM7A 4WMGA 2MECA 1RE2A 5IDDA 4C3WA 1WTMA 5FHWA 1GF3A 2Z37A 5B06A 4DYGA 1CJ6A 4LGKA 1VDSA 1LSFA 4NGOA 1YANA 1DI5A 4XJDA 1A4VA 1GBXA 1UCOA 4KL7A 1H87A 4L41A 2YBLA 1AT5A 1GE1A 5B1GA 4LT1A 1LKRA 3MGWA 1AKIA 1XSFA 5I53A 2MEIA 7LYZA 1C43A 5KKJA 5B59A 4GN5C 4H9FA 3A90A 1UIAA 4G4HA 4H9EA 4CFOA 4LYCA 3GXRA 1GBYA 2BLYA 1A2YC 4QY9A 133LA 4G9SA 1GB8A 1C45A 1C46A 3P68A 1WVVA 4ETEA 1J1PY 3K3TA 1LCNA 2ZYCA 5C6IA 3TMVA 4ANRA 1ZVYB 4TSBA 1V7SA 4H9BA 4GCCA 4GCFA 4OWAA 2HEFA 1HF4A 4I8SA 4J7VA 4NGVA 1VDQA 2NWDX 4XN6A 4DDAA 4ML7A 3D3DA 3M3UA 1YAOA 1IP1A 4TX7A 4DT3A 4LT0A 1JITA 4LYMA 4LYTA 3P4ZA 1GE4A 3CB7A 1IORA 4XJGA 1OUEA 1GEVA 5LAFA 1GF0A 1UIFA 1VDTA 1YILA 4RW2A 1NMMA 4LYOA 3AGHA 5KY1A 4WLDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CDQA 180LA 2BQFA 3HU9A 3T6UA 4OWHA 1IOQA 1GB7A 4PGJB 1CU3A 1L16A 1ZYTA 4PPOA 1F0WA 1HEWA 5FELA 1QSQA 3WXTA 4CHXA 1L81A 1P7SA 3ATNA 4MR1A 4GLVA 251LA 4CJ2A 2D4IA 3W6FA 1WQRA 3E3DA 235LA 2BQNA 3OK0A 1C08C 1BQLY 3L64A 2A7DA 1RCMA 2DQCY 1JJ0A 4S0WA 1IEEA 2B6TA 1B9OA 2W1XA 187LA 129LA 2CGIA 4YXCA 4HV2A 3C8SA 4WG7A 1LZ4A 2D4JA 3C7ZA 3AYQA 1GFJA 1P46A 2IFFY 1FDLY 1LYFA 4RLNA 1BWIA 192LA 1PQIA 169LA 3GUPA 148LE 3VW7A 4LFXA 1LWKA 1DZBX 3CSRA 198LA 1G06A 1LSZA 1CU6A 1E8LA 2EKSC 3IJUA 1H6MA 1LSDA 1JKDA 1L55A 1L98A 1L06A 1L23A 1XEKA 1L40A 1LI3A 5A3EA 4W57A 2A7FA 213LA 1HHLA 4TUNA 1L39A 4W52A 1I1ZA 4I0CA 2BQEA 5HMJA 1LZRA 4W94A 4YM8A 174LA 1IP6A 4XADA 3RT5X 3GUJA 5LXWA 1L31A 5I54A 4HSFA 4HTNA 2B75A 1NKHA 4DD0A 3F6ZA 2F2NA 3HTFA 1LMTA 2XTHA 1JWRA 4CFPA 3TXKA 2BQMA 1LZNA 4EJ4A 3J6KA 1W08A 2Z2EA 5LA5A 1BHZA 3WPKA 1OUAA 3A95A 1DKJA 1LJGA 4DWXA 4DQJA 3PBLA 1D0KA 1REMA 1BB5A 2O4WA 1LYOA 2C8PA 1DPXA 3GUIA 1PQJA 1L41A 4H9AA 2I26L 3DMXA 1YKZX 1YQVY 1GDXA 3OE8A 1G0GA 4I7PA 135LA 3KAMA 1L75A 4LYZA 155LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3HBD A;  4H8Y A;  2YBI A;  2BQF A;  1LJI A;  1LJH A;  1BB6 A;  3T6U A;  4OWH A;  1IOQ A;  1LJ4 A;  5FEK A;  1FLQ A;  1GB7 A;  4WL6 A;  4OWC A;  3B0I A;  4FDY A;  1J1X Y;  4PGJ B;  3RU5 A;  3ZVQ A;  3W6C A;  194L A;  3WL2 A;  1NDG C;  4PPO A;  1F0W A;  1HEW A;  5FEL A;  5KXZ A;  1FLW A;  2LYM A;  3WXT A;  4CHX A;  5I4X A;  1JJ1 A;  4NHS A;  3EBA B;  3AZ7 A;  2HU1 A;  1IWT A;  3ATN A;  3TXJ A;  5I4Y A;  4MR1 A;  3B6L A;  1IP4 A;  4RW1 A;  1B5X A;  1I20 A;  4GLV A;  4CJ2 A;  1GBW A;  5F14 A;  1QDT A;  1LYZ A;  2CJL A;  2D4I A;  1CKH A;  1GFK A;  1LMQ A;  2D91 A;  1IR7 A;  2HED A;  3A67 Y;  4WO6 A;  3W6F A;  2MED A;  1IP3 A;  1LSP A;  2HU3 A;  4OWE A;  4J1A A;  1SLY A;  2YBJ A;  1WQR A;  3E3D A;  3A6B Y;  2BQN A;  3OK0 A;  1C08 C;  1LZG A;  4NHQ A;  2I6Z A;  1HFX A;  4N0J A;  1C10 A;  4NGJ A;  1UID A;  1OP9 B;  1INU A;  1BQL Y;  4NGL A;  1B7Q A;  1IY4 A;  4UWU A;  2A7D A;  1RCM A;  2DQC Y;  1YAP A;  1JJ0 A;  1N4F A;  1EQ5 A;  4WM6 A;  1IEE A;  4ZEE A;  2YBM A;  4NGK A;  1B9O A;  4XYY A;  5D5F A; 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 1B0D A;  2PC2 A;  1XEI A;  1T6V L;  2FBD A;  1GBZ A;  1KXX A;  3TXD A;  2BQK A;  4B4J A;  3WPL A;  4N1E I;  3TXH A;  1D0L A;  1C7P A;  2BQO A;  1GF7 A;  4H94 A;  1IC5 Y;  4DDB A;  5B05 A;  1LSY A;  1IY3 A;  1NQI A;  1JSF A;  4G4B A;  4DD3 A;  1BB3 A;  1FN5 A;  2C8O A;  4LYB A;  4KXI A;  4NHT A;  2Y8P A;  1AM7 A;  4WMG A;  2MEC A;  1RE2 A;  5IDD A;  4C3W A;  1WTM A;  5FHW A;  1GF3 A;  2Z37 A;  5B06 A;  4DYG A;  1CJ6 A;  4LGK A;  1VDS A;  1LSF A;  4NGO A;  1YAN A;  1DI5 A;  4XJD A;  1A4V A;  1GBX A;  1UCO A;  4KL7 A;  1H87 A;  4L41 A;  2YBL A;  1AT5 A;  1GE1 A;  5B1G A;  4LT1 A;  1LKR A;  3MGW A;  1AKI A;  1XSF A;  5I53 A;  2MEI A;  7LYZ A;  1C43 A;  5KKJ A;  5B59 A;  4GN5 C;  4H9F A;  3A90 A;  1UIA A;  4G4H A;  4H9E A;  4CFO A;  4LYC A;  3GXR A;  1GBY A;  2BLY A;  1A2Y C;  4QY9 A;  133L A;  4G9S A;  1GB8 A;  1C45 A;  1C46 A;  3P68 A;  1WVV A;  4ETE A;  1J1P Y;  3K3T A;  1LCN A;  2ZYC A;  5C6I A;  3TMV A;  4ANR A;  1ZVY B;  4TSB A;  1V7S A;  4H9B A;  4GCC A;  4GCF A;  4OWA A;  2HEF A;  1HF4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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