The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
139
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Knots found |
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sequence length |
502
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structure length |
490
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Chain Sequence |
TEGIDYGDTMVVWPSTGRIPGGSMPPGWGDYSPQGIALVQSVLFPGIIRRIILDKELEEGDWSGWSVSVHSPWGNEKVSAARTVLENGLRGGLPEPSRPAAVSFARLEPASGNEQKIIRLMVTQQLEQVTDIPASQLPAAGNNVPVKYRLTDLMQNGTQYMAIIGGIPMTVPVVDAVPVPDRSRPGTNIKDVYSAPVSPNLPDLVLSVGQMNTPVRSNPEIQEDGVISETGNYVEAGYTMSSNNHDVIVRFPEGSGVSPLYISAVEILDSNSLSQRQEAENNAKDDFRVKKEQENDEKTVLTKTSEVIISVGDKVGEYLGDKYKALSREIAENINNFQGKTIRSYDDAMSSINKLMANPSLKINATDKEAIVNAWKAFNAEDMGNKFAALGKTFKAADYAIKANNIREKSIEGYQTGNWGPLMLEVESWVISGMASAVALSLFSLTLGSALIAFGLSATVVGFVGVVIAGAIGAFIDDKFVDELNHKIIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the cytotoxic bacterial protein colicin B at 2.5 A resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Antibiotic
|
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule keywords |
Colicin B
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| total genus |
139
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| structure length |
490
|
| sequence length |
502
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| other databases |
 KnotProt 2.0: S +31 +31 +31 +31
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-11-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01024 | Colicin | Colicin pore forming domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Colicin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1CII A; 1RH1 A; 1COL A; 1A87 A; 3FEW X; 2I88 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4F0U B; 1LFT A; 4N7P B; 1Y4G A; 1EBT A; 1YE0 A; 1YMA A; 4QAU A; 4NI1 A; 2VJR A; 1V4X B; 5EYJ A; 4ETV A; 2SPN A; 3AT5 A; 5EE4 C; 3WCW D; 1R1Y B; 3QM5 A; 3TM9 A; 2EVK A; 4BJU A; 108M A; 5KKK A; 1BUW B; 3MKB B; 2DKD A; 2O5O X; 3B75 B; 1MGN A; 1MYG A; 4SDH A; 4C0N A; 1DWT A; 2C7L A; 2M6Z B; 1C7D B; 1CO8 A; 2H8F A; 5EYS A; 1U7S A; 3G53 A; 3GIO A; 5HAV A; 1TOX A; 1OR6 A; 3MWN A; 1CMY A; 4HH0 A; 2UUM B; 5JDO E; 2B7H A; 1FHJ A; 1A0Z B; 3DR9 A; 3FH9 A; 1HI8 A; 1FN3 A; 1Y5F B; 1CQ2 A; 2DHB B; 3AQ7 A; 4ESU A; 1MLF A; 3QM9 A; 2HBD A; 1MDN A; 1A01 B; 1DLW A; 3QJD A; 3O2C A; 1DTM A; 1HBA A; 1VXE A; 3E55 A; 4G51 A; 5AQD A; 4BS9 A; 3AT6 B; 1FSL A; 1LFV B; 2VEB A; 1Y8K B; 2C7J B; 2DXM B; 4X0L B; 1GLI A; 1DTI A; 2BW9 M; 5ILE A; 2QSP A; 1Y5J A; 1RQ3 B; 1T1N A; 3GOU B; 3SZK B; 5C6E A; 1QXE A; 1S5X B; 2UUL C; 4JYQ A; 1HDA B; 3VNC A; 1IRD B; 4F0U A; 3IC2 A; 3ASE A; 4N7P A; 1Y46 B; 5HBI A; 1JL6 A; 3HRW B; 3CY5 A; 1DXU B; 1HBH A; 1Y35 B; 3UGY A; 1Y0C B; 3QM6 A; 1HGB B; 2G10 A; 1GCW B; 1R1Y A; 3WCT D; 1LHS A; 2ZSZ A; 1I7Y A; 5EQM A; 3MKB A; 3K8B B; 1Y0A A; 3OO5 B; 1HLB A; 3ZJO A; 1CH1 A; 4WJG 1; 102M A; 4A8Y A; 1YHE A; 3WCW C; 1XZU B; 2ZSP A; 1YH9 A; 1UFJ A; 5JGG A; 2Z6T A; 2M6Z A; 4F6D A; 4DC8 A; 1LFQ B; 3UHR A; 1EYX B; 2UUM A; 3GKT A; 1A0Z A; 1BZP A; 1JW8 A; 2MGC A; 1YEN B; 3UH3 A; 3L0F B; 1OJ6 A; 2DHB A; 2AV0 A; 1LIA A; 3G4R A; 3QZX A; 1A01 A; 1DO3 A; 3H58 A; 1UX8 A; 4ERT A; 1MZ0 A; 2W6Y A; 1A0U B; 1YDZ B; 4HRT B; 4MQK B; 3AT6 A; 1LFV A; 1Y8K A; 2C7J A; 2DXM A; 1QSH A; 2QFN A; 4X0L A; 3WHM B; 1DXT A; 1ASH A; 1XZ5 B; 106M A; 3GOU A; 3NML A; 1G0B B; 1L2K A; 1TU9 A; 3SZK A; 1HDA A; 3IC0 A; 1MDT A; 3UHC A; 1IRD A; 1CH3 A; 4U8U B; 2Z8A A; 1Y46 A; 3HRW A; 1JL7 A; 1DXU A; 2R50 A; 1UMO A; 4ROL B; 5E29 A; 2ZS0 D; 1BZ0 B; 1Y35 A; 1Y0C A; 3RQR A; 3LQD B; 1HGB A; 5FVB A; 2NRM A; 3MVC A; 1GCW A; 1J3F A; 2MB5 A; 2AA1 B; 1QI8 B; 2W6W A; 1Z8U B; 1JBO B; 2Z85 A; 3K8B A; 2HBE B; 3EOK B; 3OO5 A; 3VRG B; 3WCV C; 1O1K A; 1MOH A; 2FRF A; 1Y31 B; 3WCT C; 1HV4 A; 1QXD B; 1LFQ A; 1VWT A; 1J40 B; 3M3B A; 2ZT4 A; 3GUQ A; 3OO4 A; 1EYX A; 1HGA A; 1MNK A; 1YEN A; 3A2G A; 1MWB A; 2ZT3 A; 3L0F A; 2FRI X; 3RJN B; 4O4Z A; 1Y22 B; 1HHS A; 1G9V B; 3DHT A; 5M3S A; 1LFZ B; 3UH7 A; 3AG0 A; 2LH5 A; 2ZLW A; 1A0U A; 1YDZ A; 1KR7 A; 4HRT A; 4MQK A; 2VJH B; 1Y85 A; 2Z6N B; 4LM6 B; 1FDH A; 3S1I A; 1MBD A; 3EDB A; 3UHU A; 1BAB B; 3WHM A; 5HY8 B; 4MXK A; 1RQ4 B; 1DO1 A; 1XZ5 A; 1Y7Z B; 1UVN A; 4NI0 B; 2G3H A; 1G0B A; 1GDL A; 1DXD A; 5MBN A; 2MBW A; 1Y0T B; 4YU4 A; 103M A; 1SDL A; 5B13 A; 3WCU D; 2ZFB B; 4M4A B; 1V4W B; 4H2L B; 4ROL A; 1UVL A; 1GDK A; 1B8D A; 1BZ0 A; 1UC3 A; 5ILM A; 1Y8I A; 1B0B A; 4FWZ A; 2ZLU B; 3LQD A; 3NFE A; 3R5I B; 2EB9 A; 2IG3 A; 4A8W A; 2ZSO A; 2AA1 A; 3KMF A; 2G0R A; 1B33 B; 1JBO A; 3VRG A; 1S69 A; 2HBE A; 3EOK A; 1CPC A; 2D2N A; 2ZS0 C; 4KJT A; 1DUO A; 1C7B A; 2MGA A; 1DM1 A; 1RH1 A; 1IOP A; 1Y31 A; 1AJ9 A; 4PO5 B; 3PMC A; 3D7O A; 1LHT A; 1I3E A; 3ZJH A; 2HZ3 A; 1J40 A; 4VHB A; 4Q70 B; 1Y7G B; 1MLN A; 3V2Z A; 1WAC A; 3RGK A; 1SHR B; 1Y22 A; 2XKG A; 1BZR A; 3PMD A; 4WCH D; 2ZSX A; 1C40 B; 1DXV B; 1G9V A; 1XZ4 B; 4F6F A; 1EW6 A; 1Y01 B; 4MQG B; 4TYX A; 3G4W A; 1MYI A; 1HHT P; 1CH9 A; 4TWU A; 3VAU A; 2Z6N A; 1BAB A; 1CPW A; 3WFT A; 1F5P A; 1NS9 B; 1RQ4 A; 1V9Q A; 3ECZ A; 1Y7Z A; 4NI0 A; 1A00 B; 2WCR A; 1HAC B; 3QJE B; 1PHN B; 2O58 X; 1Y0T A; 1UVX A; 1FAW B; 2ZFB A; 4M4A A; 1RTE A; 4H2L A; 4HHB A; 1YHR A; 1YHU A; 1CIO A; 1NXF A; 2D2M D; 1Y2Z B; 1LFL B; 2ZWJ A; 3BJ2 B; 1B33 A; 1G09 B; 2HBS B; 2BWH A; 2R4Z A; 1Y09 B; 3WCU C; 4F69 A; 2G11 A; 2VEE A; 5CNF A; 1HBS B; 1CH4 A; 1HBB A; 5CN4 A; 2JLG A; 4HSW A; 4MU5 A; 4ZVA A; 3S65 A; 3UHB A; 3IXF A; 2J96 A; 2MGM A; 2V1H A; 2WY4 A; 4Q70 A; 1SDK B; 1URV A; 1YEQ B; 1SHR A; 4F6I A; 1CG8 B; 3PIA B; 1DXV A; 1DLY A; 1XZ4 A; 4G1V A; 3ODQ B; 4MQG A; 3V57 A; 2ZFO A; 4LMX B; 1S61 A; 3A5B A; 2D6C A; 3ZHW A; 2R80 B; 4Z8K A; 4YU3 A; 2ZT2 A; 1CH2 A; 3QMA A; 1X9F B; 4XS0 B; 1LFT B; 1M6C A; 5MBA A; 2LH1 A; 3HEN A; 3UHQ A; 1A00 A; 1NEJ A; 3EDA A; 5D1V A; 1HAC A; 3QJE A; 1PHN A; 4MQI A; 1SPE A; 4PNJ A; 2VYY A; 2V8A B; 1GH0 A; 3ZH0 A; 2ZSR A; 1O1O B; 1GDJ A; 3PI3 A; 1N9I A; 1U7R A; 4U8U C; 1OUU A; 1LFL A; 1AZI A; 3HEO A; 3QQQ A; 1V07 A; 1VXA A; 2C7L B; 1G09 A; 3RJ6 A; 2H8F B; 2HBS A; 5SW7 A; 1Y09 A; 3ORD A; 2ZS1 B; 2HHB B; 1CMY B; 3FH9 B; 3KUN A; 1BZ1 B; 1Y45 A; 3KMF C; 3ZTA A; 4AE0 A; 1A3N B; 2HBD B; 3VRE A; 5EUI B; 1CIK A; 1YZI B; 3BRP B; 1SDK A; 1YEO A; 2R1H B; 4WJG A; 5CN5 A; 1HBA B; 3KVS A; 1JP6 A; 3LB2 A; 4G51 B; 1CG8 A; 1UX9 A; 3PIA A; 3M38 A; 3ODQ A; 1IWH B; 3FEW X; 3ZJQ A; 1AJH A; 2MGF A; 4ETT A; 2QSP B; 4N8T B; 1Y4V B; 3HHB A; 1MTI A; 1LJW A; 3K3U A; 1QXE B; 3UBV A; 1X9F A; 3ZOM A; 1J52 A; 4F4O B; 4XS0 A; 3IC2 B; 2XYK A; 2O5L X; 2VRY A; 3CY5 B; 3DBJ B; 2H8D A; 1HBH B; 1IBE B; 3UHY A; 2V8A A; 3HF4 B; 1CBL A; 4G1B A; 1I7Y B; 2GKM A; 2BLJ M; 1Y0A B; 1O1O A; 4N6S B; 1LH3 A; 1J41 A; 2NX0 A; 2WTH A; 1YHE B; 2MGL A; 2MGK A; 1YH9 B; 2MGI A; 5JGG B; 2BNL A; 2MGG A; 3E4N A; 4H07 A; 4KN3 A; 2ZS1 A; 2HHB A; 111M A; 1MLL A; 1S5Y B; 1UVM A; 2I88 A; 1BZ1 A; 2MYA A; 1A3N A; 1NY9 A; 6HBI A; 1GVH A; 1LIA B; 2NSR A; 1X3K A; 5EUI A; 2GLN A; 1YZI A; 3BRP A; 2R1H A; 1Y4F B; 4GXE B; 1OR4 A; 4FH6 A; 1IWH A; 3R0G A; 1GDI A; 2DN3 A; 1QSH B; 3ZJM A; 1DXT B; 3G4Q A; 4N8T A; 2EB8 A; 1Y4V A; 3GQG A; 1XZV A; 2VLX A; 3VRF A; 1Y4Q B; 4ZVB A; 3QQR A; 5B84 A; 3IC0 B; 1UFP A; 4UIQ A; 2OH8 A; 4F4O A; 2KSC A; 1Y0D A; 2AUO A; 4RMP A; 3ZJR A; 3AQ9 A; 1EMY A; 3DBJ A; 5CN9 A; 5E29 B; 3WCV D; 1VXH A; 5AZQ A; 1JZM A; 4N7O A; 1XQ5 A; 1S56 A; 4UZV A; 1IBE A; 1HBR B; 3HF4 A; 105M A; 2G0S A; 4KMW A; 1ALL A; 3UHW A; 4N6S A; 1J3Z A; 4PQ6 A; 1O1K B; 3TLD A; 1MLH A; 2VLY A; 2EVP A; 4F68 A; 1BJE A; 2DKC A; 5B85 A; 1F0L A; 3GYS B; 1COH B; 1A6M A; 1HV4 B; 1VWT B; 1MOA A; 1XZ2 B; 2VYZ A; 3OO4 B; 1S5Y A; 1HGA B; 2YSK A; 2GTL B; 2ZT0 A; 3QJC B; 1DO4 A; 104M A; 3D17 B; 4ESA B; 3DHT B; 4MAX A; 3SDH A; 1A3O B; 1HBG A; 3ZJP A; 3NL7 B; 2ZLW B; 1LH7 A; 1ABW A; 3BJ3 B; 3AQ8 A; 5JDO F; 1Y4F A; 4GXE A; 3UHN A; 3ONZ A; 1MYM A; 3ECL A; 1Y85 B; 2MGE A; 1HJT A; 3HEP A; 4DWT A; 3WR1 B; 2C7K B; 2VYW A; 4MQC B; 1N9X A; 1EBC A; 1PBX A; 1ECO A; 3UHX A; 1M9P B; 1Y4Q A; 1CO9 A; 1R1X A; 1XZ7 B; 4YU4 B; 1SDL B; 3MJU B; 3G4V A; 2JHO A; 1VXD A; 2UUN B; 2X49 A; 5IKS A; 1B8D B; 1BIJ A; 1BZ6 A; 4DC7 A; 1Y8I B; 1KD2 A; 3QZZ A; 3NFE B; 2V1E A; 4A8F A; 1HBR A; 1PMB A; 2QSS B; 2ZSN A; 1MOC A; 1Y8W B; 1MNI A; 1UVK A; 2FAL A; 3G4Y A; 1CPC B; 3QJB A; 2D2N B; 1YIH A; 2MYB A; 1C7B B; 3GYS A; 1COH A; 1AJ9 B; 1YEV B; 2W72 B; 3D7O B; 1XZ2 A; 5ILP A; 2GTL A; 4MBN A; 3QJC A; 4ILZ A; 1V5H A; 3D17 A; 3UHI A; 4ESA A; 1OBM A; 1A3O A; 1LH6 A; 2QMB B; 5F2A A; 3NL7 A; 1RTX A; 1Q1F A; 2PEG A; 3BJ3 A; 3S66 B; 2V1G A; 3WR1 A; 1YGF B; 1A9W E; 1MOD A; 2HHD B; 4F0T B; 2C7K A; 4MQC A; 1F65 A; 2AUR A; 1JEB B; 1M9P A; 3UHG A; 4A8M P; 3D1A A; 1XZ7 A; 1JF3 A; 3MJU A; 2UUN A; 2W6X A; 1YIE B; 4HHB B; 1YHR B; 1YHU B; 1KFR A; 4MBA A; 3HXN B; 1FLP A; 1DO7 A; 1ECN A; 1YVT A; 1A87 A; 1EWA A; 4FWY A; 2QSS A; 1S0H B; 1Y8W A; 1MWD A; 3UH5 A; 1NGK A; 3BOM B; 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