1RV7A

Crystal structures of a multidrug-resistant hiv-1 protease reveal an expanded active site cavity
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPANVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords protease
publication title Crystal structures of a multidrug-resistant human immunodeficiency virus type 1 protease reveal an expanded active-site cavity.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2003-12-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1rv7A00
2I4XA 3OK9A 2JJJA 4RRNA 3OUAA 4U7VA 5P2ZA 3GW5A 1YTHA 3PBDA 4K4RA 4NKKA 2FNSA 5P50A 3OU1A 5HCOA 2R5PA 5P8BA 2J9JB 3INEA 1G2KA 4H1EA 1EBWA 5BRYA 3PI0A 3OOTA 3MWSA 4Y4AA 5DQ1A 4KE1A 2WF1A 5AHCA 3L5DA 3OHFA 5OZJA 5P4NA 2QCIA 5P7FA 3APPA 1PSAA 1EBYA 5DQ2A 3D1ZA 1GVXA 1PFZA 3U7SA 3OUBA 3EM4A 3UQXA 5P5LA 3WZ7A 2HB2A 1HEGE 1FMBA 5P8CA 5P1YA 3BRAA 2OHQA 1C6ZA 3OUDB 5P6GA 1YG9A 2AOIA 2ZYEA 5KQZA 3IA9A 1ODXA 3SABA 5KAOA 4B05A 4DQCA 5P1MA 3VV7A 2VIEA 5P0KA 5P1QA 5P3AA 2H6SA 5P1HA 5P59A 2WF4A 4Y53A 4JECA 1AJVA 4Z4XA 5P39A 2PWRA 3VV6A 2PQZA 1APVE 5P3WA 1YTJA 1W6HA 5P4AA 3I6OA 5P8AA 2OHRA 3S53A 3PRSA 4Y56A 4L6BA 4D83A 2QZLA 3JVYA 4Y3RA 3DUYA 4Y4DA 5P6KA 5P1VA 5OZ0A 5P2AA 4Z22A 1GNMA 4RZ1A 5P7XA 3URLA 5P57A 4JOOA 2I1AA 2JJIA 3D1YA 5P68A 1BVEA 4Y6MA 5P4FA 4OD9B 5P6RA 1D4HA 3ECGA 5P3QA 3G70A 1VIJA 5P28A 4I8ZA 3TNEA 5P13A 5P56A 2QD8A 2BPVA 4FIVA 1LYAB 4RCEA 2G26A 4RVJA 4Y3PA 3NU5A 3LIZA 3CKRA 5T4SA 3CMSA 2XFJA 2IDWA 4DJOA 3PJ6A 5P7RA 5P0HA 4HDFA 5P6XA 4WTUA 1FGCC 3T7QA 3PBZA 1TQFA 5P8DA 3SA3A 1BXQA 2FDDA 1EPPE 1MTRA 3A2OA 4Y36A 1QBUA 3UDQA 3ZKNA 3O9AA 1HPOA 2PWCA 1DPJA 5J25A 3HW1A 5EZXA 4CMSA 3PSYA 3EL9A 4FLGA 3TPJA 5P6FA 4DI2A 1KJ4A 2NMZA 3K5CA 3OQ7A 1TSUA 4Y39A 5P3OA 1F7AA 1SGZA 4PZWA 5OZ3A 1IDBA 2WF2A 4J0PA 1T7KA 2FDPA 2MIPA 1BBSA 4FSLA 4M8XA 5OZFA 2AOHA 4YDGA 2P8HA 1IBQA 3QROA 5P3ZA 5P81A 4AA9A 5P3NA 5KR0A 1MSMA 1XE5A 4FL8A 3FNTA 4OBGA 5P66A 3IN3A 1SH9A 5P0ZA 1T7JA 5ER2E 3ZLQA 1AVFA 4APEA 4Y51A 3ZKIA 5DGWA 5P22A 4FM6A 4ZIPA 1HRNA 2ZE1A 1HSHA 3LIXA 5P07A 1SMRA 5CONA 4Y3LA 4Y3GA 2VJ9A 3OXXA 5P4MA 1D4YA 4J1EA 4HEGA 4F74A 2PH8A 3EKXA 1MEUA 3BUGA 4LHHA 2O4NA 5F01A 5PEPA 5P5ZA 2IGYA 5P0LA 2O4KA 1VIKA 3QRSA 2AODA 1G35A 3CIDA 3OXCA 5P52A 5C9FA 2FGUA 5P2QA 3LIYA 1RQ9A 4CPUA 2VIZA 3S8IA 5P2WA 3INDA 3TOFA 1D4JA 5P58A 5P2UA 1E5OE 4DUSA 4J1FA 3D91A 3QPJA 2V16C 3VSWA 3PVKA 3TH9A 3UFLA 2JYSA 4IVTA 1TSQA 1FFIC 3KT2A 4YCKA 3VFBA 3ER5E 4YCYA 3GGXA 4LBTA 5DQ5A 5IVQA 5P8HA 1FMXA 4HZTA 3ZOVA 4OC6A 4ZPGA 1B11A 1EC2A 4ER1E 3Q3TA 3OTYA 3INHA 1ER8E 5P61A 4I0GA 5ISJA 2NXDA 4NJUA 3CKTA 5P5NA 5P0VA 1NH0A 2QI0A 1ZAPA 2AOCA 3ST5A 2G1NA 1LYBA 3JW2A 4DJQA 4B1DA 1EC3A 3NXNA 1GVVA 5BS4A 5HTZA 2O4SA 4Y38A 5DGUA 1ODYA 5OYXA 3VV8A 3O9CA 4Q1NA 5P8MA 1DAZC 4EXGA 1QBRA 4Y50A 3KFSA 1ZJ7A 2FDEA 5I3XA 2ZHSA 5P8JA 1HIIA 4COEA 5P86A 5P6VA 4Y41A 5P8KA 3AUPA 5HU1A 6APRE 3FV3A 3KA2A 3OQDA 4Y3JA 1W5XA 5C9BA 3ZKXA 2UY0A 3UDHA 4Y47A 3UDKA 4IVSA 5P34A 5HE5A 3RTNA 3D1XA 1B6JA 5P71A 5KQXA 2QI7A 2ER9E 5P5SA 3UCBA 5P2DA 2ER6E 5ER1E 1KJ7A 5P6HA 5P6LA 5OZUA 3SM2A 3CIBA 4B72A 5P2LA 2ZHRA 2NNPA 3MXDA 5P4UA 2PK5A 1ZP8A 3GGVA 5P4QA 3UFNA 5KQYA 5P16A 5P5MA 2I4DA 1HBVA 2IRZA 5P2KA 2ZJKA 5OZKA 5P11A 3SLZA 2PYNA 2FLEA 1EPNE 1ODWA 3URJA 2F81A 2G69A 5P3GA 5P3HA 2IGXA 5P12A 1DW6C 3I2LA 4GJCA 2ZHTA 4L7GA 3T11A 1G0VA 3K4VA 1DIFA 5OZPA 4I11A 5P20A 3ER3E 1TCWA 2ZHUA 2V00A 4ER4E 1LV1A 4NPUA 5OZLA 2G1OA 5P4GA 2XYFA 5P42A 2QI4A 3Q70A 4ZE6A 3DV1A 5P43A 3GGAA 4FSEA 2OHMA 3VFAA 2VIYA 1AXAA 5I70A 1NPAA 4I1CA 5P6SA 3VUCA 5P4IA 3PHVA 5HDUA 2BBBA 1XE6A 5KOSA 2IL2A 1MSNA 3UDJA 1HIVA 2QD6A 5DR7A 5P3KA 4YHQA 5P4DA 4YOBA 4RYCA 2BKTA 3KFNA 3UTLA 2PK6A 3EL4A 4J0TA 4MC9A 3KF0A 5P1RA 1W5YA 5P5IA 1FFFC 5P10A 4I0HA 3PB5A 2RKFA 1AJXA 3OU3A 5P7MA 3O9DA 2P3BB 4Y37A 1LEEA 3EKTA 2EWYA 5OZ5A 5AHAA 2QZXA 5P3IA 5P75A 4DPFA 1MRXA 4BFDA 2VKMA 4GJ5A 2OHNA 4GJDA 3VG1A 1D4SA 2B8LA 4GJAA 3H0BA 1OEWA 2IS0A 3OQAA 5P0XA 3EKWA 3MSLA 5P5DA 1IZDA 3OU4A 2VA5A 3OAGB 1ENTE 5P55A 5OZEA 5OZXA 5P1AA 2QHYA 1E82E 4I12A 2F3EA 4ZPFA 1T3RA 3ZL7A 1RL8A 3LZVA 2WF0A 5P0QA 2QHCA 4I10A 5P4CA 2AOFA 2NMYA 3NWQA 1HTRB 4KB9A 5P5FA 4Y5CA 5P0TA 3S7MA 1W6IA 4QJ8A 4Y3SA 2J9JA 4KUPA 5P27A 2HS2A 5P3UA 2ZJMA 3TOHA 5OYUA 2QK5A 1ZLFA 3CICA 2G1RA 4Y57A 1EC0A 5P80A 4DFGA 3RSXA 2WECA 4YA8A 3PI5A 4RCDA 4Y4UA 5OZHA 5P0FA 4H3GA 2AZBA 4U8WA 5P7UA 5P51A 4DV9A 5P24A 3NDWA 3EBZA 3UDYA 1FKNA 3S7LA 5P2HA 1EEDP 2IEOA 1FQ8A 2Z4OA 5P0BA 2RSPA 5P79A 5P8EA 4Y5MA 1HVHA 1ZSRA 2AZ8A 5P2JA 5P78A 3OQKA 4WY1A 2WEDA 5P7SA 3OY4A 2QNPA 3FIVA 1LZQA 3EKQA 2OHUA 2G22A 5OZQA 2ZJJA 3L5CA 5P87A 4QLHA 5KOQA 4MC2A 3O9FA 2PMAA 1FLHA 1HSGA 4Y4JA 4U7QA 1B6MA 4J55A 3L59A 3TL9A 2XFKA 1BDRA 1IDAA 5P5BA 4YBIA 3EL1A 4Y3AA 4DJVA 1SDUA 4R92A 1NSOA 5P48A 3KDBA 5HCTA 1PPLE 3FNUA 3N3IA 1KJGA 1HEFE 3VCMA 1PPKE 3NDUA 3BC4A 5P5VA 3DCRA 5HE4A 3MXEA 1FG6C 5P37A 5P6AA 4H3FA 1LYAA 1D4KA 5P3RA 1XL5A 1XN2A 1K6VA 4Q1WA 2R5QA 1EPME 4N00A 4FGXA 5P0WA 1E81E 1Q9PA 1HXWA 5OZ7A 5P7QA 4F76A 4K8SA 1BWAA 5DR0A 5P0NA 2Q63A 1UPJA 4CKUA 4TRWA 3QN8A 2APRA 2ZDZA 2QHZA 3KN0A 4K4PA 2I4UA 5P82A 2AZ9A 4YD7A 3F9QA 1M4HA 2P3AA 4YCTA 4HDBA 3OU1B 2VNNA 1HPSA 4DQEA 4L7HA 5OZ2A 3FSMA 2FXEA 5AH8A 5P8FA 1XS7D 4DJWA 5P2MA 3OTSA 4HDPA 4ZPEA 1ZSFA 1T6EX 5P4BA 2IKUA 3OADA 5OYVA 5P7PA 2G24A 4RRSA 1GVWA 3BUHA 3SAAA 4EQJA 4FAEA 5P4TA 1FEJC 1KJFA 4B1EA 5OZ4A 5P36A 5P3VA 3QRVA 5E5JA 3HAUA 4KE0A 1APUE 1ZPAA 2FS4A 3KM4A 2I0DA 5OZRA 5P7OA 4EJKA 5P5OA 3N4LA 4EPJA 3VYEA 1HPXA 2ZHVA 3T7XA 5P83A 1PROA 1IZHA 5P5PA 5P8RA 3SKFA 2BPWA 5F00A 3EKYA 4EJ8A 5DR1A 5P2GA 1B6LA 4FRIA 9HVPA 4CP7A 2NXLA 4R95A 4FRJA 3NR6A 5OZ6A 2H6TA 4B70A 4YDFA 3HDKA 4EP2A 3EC0A 3QVIA 5SY2A 3S85A 3B80A 3VLBA 3LIQA 5P0IA 5P4OA 3VSXA 5P3YA 3WB4A 5EZZA 1EBZA 1N49A 5P1ZA 1HTEA 5COOA 2I4QA 4H3IA 5CLMA 2BQVA 3NDTA 5P2BA 4FM8A 1F34A 2QU2A 5OZYA 2I0AA 1MT7A 1FQ6A 3FKTA 3PWMA 4Y3EA 3OQFA 5P1OA 5ENKA 1ZBGA 1HOSA 4F75A 4RGHA 1B5FA 2VJ6A 5P01A 1PSOE 2QMGA 3L3AA 1A8KA 3URIA 4DVFA 1HWRA 4D89A 5P7DA 5P6NA 4K9HA 2OF0A 8HVPA 3R2FA 3AIDA 5P5TA 5P7TA 5OZDA 3EM3A 2BPXA 2OHKA 2AVMA 4TVHA 5P1DA 3GI5A 1EPQE 5P1LA 5P7HA 4QGIA 1D4IA 4GB2A 5P4PA 1META 1OHRA 6UPJA 2V10C 3NYGA 3NLSA 3S43B 4OBDA 1LF2A 2Q11A 1JLDA 2B7ZA 4GMIA 1W51A 4XXSA 5P3XA 3R0WA 5P5CA 4YBFA 2G94A 5APRE 3IXKA 4QJ2A 3DK1A 5IE1A 4J54A 4RLDA 2QD7A 1OEXA 1B6KA 5P73A 3PSGA 1KJHA 4HA5A 4J1HA 2VS2A 3PLLA 4Y3QA 5P3TA 5P7EA 2A4FA 2BB9A 4L1AA 2QNQA 2VJ7A 3PSUA 1LYWB 5ISKA 1MTBA 5P40A 4J0ZA 5P3JA 3TPRA 5P8QA 4AA8A 1HIHA 2AVVA 5P14A 5P1UA 3G6ZA 4Y3XA 3L58A 5COKA 2PSUA 3VLAA 5OZ8A 2ASIA 5P77A 4YD4A 2Q55A 5I3YA 2ZJNA 3D20A 5OZAA 3T6IA 3M9FA 4Y3WA 5OYWA 5OZOA 4DQBA 5B18A 5P4LA 3O9HA 5OYTA 5P7BA 5P5HA 4Y4TA 2WEAA 5P4RA 1QBTA 4UPJA 4ER2E 4R5NA 3VF3A 4Y4ZA 1M0BA 2PH6A 3SFCA 2G20A 4QJ9A 1CPIA 2FXDA 5OZZA 4EQ0A 1MVPA 3OXWA 5P7CA 3TOGA 3LITA 2JXRA 4YD5A 2QNNA 4LP9A 3ZPUA 5P5UA 4J1KA 5P6CA 2SAMA 2I4WA 1RV7A 2QMPA 4OC6B 4R91A 4EJLA 1AIDA 4JP9A 1HVKA 1SMEA 3IN4A 4RVIA 5OZWA 3KMYA 4TRYA 5IS4A 3SA8A 3OUCA 3D3TA 4ZSPA 3K5DA 5P6PA 5P4ZA 2ANLA 5P2VA 2NXMA 4OBJA 1LYBB 2RMPA 4DJPA 4J0YA 2QZWA 4J1IA 1FG8C 3PGIA 5OYRA 3DCKA 5P2YA 1J71A 2ZJIA 1HVCA 4CPTA 3LPJA 5P6TA 2P3BA 5P88A 2VNMA 3NWXA 1FQ7A 1ZTZA 4MC6A 3RSVA 5P3MA 4DQHA 1MT8A 3VF5A 5P7ZA 4PEPA 3R4BA 3GGUA 2OAHA 5P0YA 3LNKA 4XX3A 3O9LA 3WZ6A 1APWE 4Y5BA 2WL0A 3LZYA 2QU3A 3SA4A 5OYZA 1GNNA 1RNEA 2F3KA 2HC0A 3GI4A 4Y5EA 1B6PA 3HVGA 2A1EA 3PMUA 5P41A 3PMYA 2AVSA 5P67A 2HM1A 4HVPA 2P3CA 1MERA 3PCWA 3HLOA 5HDZA 2VA6A 1AZ5A 1C6YA 4GJ7A 3VF7A 5P26A 1BILA 5P5EA 2HB4A 1BVGA 3O9GA 4YOAA 5IVRA 2QZKA 5JG1A 3CKPA 3QP0A 5P54A 5HVPA 3UQWA 2QMFA 5P0EA 3PM4A 1MPPA 5P3DA 1IVQA 3KDCA 3QS1A 2XFIA 4OBHA 1QRPE 5BWYA 3IXJA 5AHBA 5P5WA 1TCXA 3EL5A 5P1IA 3KT5A 1BXOA 2V0ZC 5HDXA 2R9BA 1K6CA 4DPIA 5P4EA 1HVJA 2IENA 2HS1A 4Y3ZA 3GI0A 3TLHA 1K6PA 5TOLA 3DOXA 4Y3NA 4OBZA 3OXVA 4L7JA 3KFRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2I4X A;  3OK9 A;  2JJJ A;  4RRN A;  3OUA A;  4U7V A;  5P2Z A;  3GW5 A;  1YTH A;  3PBD A;  4K4R A;  4NKK A;  2FNS A;  5P50 A;  3OU1 A;  5HCO A;  2R5P A;  5P8B A;  2J9J B;  3INE A;  1G2K A;  4H1E A;  1EBW A;  5BRY A;  3PI0 A;  3OOT A;  3MWS A;  4Y4A A;  5DQ1 A;  4KE1 A;  2WF1 A;  5AHC A;  3L5D A;  3OHF A;  5OZJ A;  5P4N A;  2QCI A;  5P7F A;  3APP A;  1PSA A;  1EBY A;  5DQ2 A;  3D1Z A;  1GVX A;  1PFZ A;  3U7S A;  3OUB A;  3EM4 A;  3UQX A;  5P5L A;  3WZ7 A;  2HB2 A;  1HEG E;  1FMB A;  5P8C A;  5P1Y A;  3BRA A;  2OHQ A;  1C6Z A;  3OUD B;  5P6G A;  1YG9 A;  2AOI A;  2ZYE A;  5KQZ A;  3IA9 A;  1ODX A;  3SAB A;  5KAO A;  4B05 A;  4DQC A;  5P1M A;  3VV7 A;  2VIE A;  5P0K A;  5P1Q A;  5P3A A;  2H6S A;  5P1H A;  5P59 A;  2WF4 A;  4Y53 A;  4JEC A;  1AJV A;  4Z4X A;  5P39 A;  2PWR A;  3VV6 A;  2PQZ A;  1APV E;  5P3W A;  1YTJ A;  1W6H A;  5P4A A;  3I6O A;  5P8A A;  2OHR A;  3S53 A;  3PRS A;  4Y56 A;  4L6B A;  4D83 A;  2QZL A;  3JVY A;  4Y3R A;  3DUY A;  4Y4D A;  5P6K A;  5P1V A;  5OZ0 A;  5P2A A;  4Z22 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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