1S0DA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b at ph 5.5
Total Genus 404
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
404
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Toxin, hydrolase
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
total genus 404
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0dA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0dA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0dA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0dA01
1W3AA 4DEPA 1CVNA 1S0LA 2QYIB 1KQRA 1RIRA 1V6KA 2UWCA 2ZBJA 5EYYA 1BXHA 1SLAA 4DRRA 2JECA 2GNMA 1W6NA 5D62A 1WW6A 5IK4A 1DBNA 2YXSA 1Q56A 1AXYA 1BARA 2UWBA 3N7LA 2ZGLA 3I4IA 3VWCA 3SISA 4ENDA 3PMEA 3FJFA 3POSA 4BPZA 4FPOB 1LGCA 3O4BA 4ASMB 5FZYA 2VLCA 4ZFUB 4I4UA 3MW3A 3BAUA 4LBQA 1RITA 1G8WA 2DTYA 3WV6A 1XG6A 4Q9GA 2ZGSA 3PG0A 1SZ6B 4TYSA 4KTXA 4GWNA 3WHTA 1S0JA 5DG2A 1MS8A 2AFGA 3O44A 3BOPA 4IZEA 5BQMB 3SITA 3R05A 4OWJA 4UW3A 2HYKA 2DUOA 2DVFA 2EF6A 2PHTA 2W08A 1GKBA 2CWSA 2GN3A 1W6NB 4Q1RA 2P3JA 3AZXA 3FJHA 4G9NA 2ZKNA 4IY9A 5KXCA 1UZZA 4XTPA 3QW7A 4UW4A 3SLIA 3AKFA 2WRYA 2Q3NB 4YM1A 4QKSA 8I1BA 2EALA 2EXKA 2OUHA 5IK7A 1JUIA 1WW4A 5DUXA 5BXSA 2GNBA 1HKDA 4QD2B 2Z48A 3UJ0A 2A6WA 3USUA 2OUJA 2VSEA 4MYEA 3U4XA 4EL4A 5HCAA 4XIKA 1WLCA 4A7KA 3CU1B 4R6UB 2DV9A 3OGGA 1X50A 3B9CA 4QBCA 4XJWA 3VSZA 4XILA 1UPSA 5GLZA 3WCRA 3TB0A 3RSJA 4EFRA 1BFGA 1N3PA 2VW2A 3T1LA 2V73A 2VXTI 1QOTA 4P0LA 3AJ6A 4IHZA 4AGVA 1AX1A 4G9MA 3H6RB 4XJZA 3CRIA 3PHZA 1YXWA 1G86A 3AP9A 5BXRA 1MS4A 1URXA 2EXJA 1ZN3A 2Q5TA 4XOGA 4JAWA 2FGFA 3BONA 1N3QA 2K4AB 5FNXA 1JXNA 1SCRA 3ILRA 5DSSB 3FJBA 2WT1A 4D69A 3BX1C 3NV1A 2PHFA 1XTFA 5KXDA 2YROA 2GNTA 2W68A 2TEPA 3USUB 4YZ5A 1ULEA 2ZMLA 1GYKA 1VIWB 2GN7A 1TIEA 1JYIA 4Q27A 4I4SA 3WOGA 5KXBA 3WVJA 2D23A 4GOVA 2H0BA 3O3QA 1BLAA 3NBCA 1ULGA 1IT0A 1V6UA 1FNYA 2GALA 2E7TA 1BFCA 1MZ6A 1GZ9A 2BQPA 5T55A 1W6PA 6I1BA 3FJAA 2WKKA 2KKIA 1WUVA 2F2FA 4PBPA 2IWTB 5BVPI 1J1TA 2A6ZA 3DDBA 4KEJA 2A6XA 4U36A 2GO2A 1I1BA 1ZL5A 3AZYA 3ILNA 5EHAA 3IM6A 4R9CA 2EIGA 5F8WA 1TEIA 1ULFA 1DZCA 4ZFYB 2ILPA 4XDQA 3Q7WA 2ISGA 3B01A 2FFVA 1IS6A 4J2KA 1YTOA 1TOOA 3SNVA 2CTVA 3FLPA 2LIEA 1MACA 3CA6A 3TAYA 3FIEA 3B00A 3ATGA 1S0CA 5EWSA 1WW5A 2NTDA 2W2DA 1GLHA 5H9SA 4X37A 3Q7XA 1LEMA 4YG0A 1YBIA 4HEVA 1G9DA 3AZVA 3Q7YA 4ZGRB 1UAIA 1DQ0A 1ENSA 1DQ6A 1N1VA 4I3NA 5BOWA 3UD8A 4XFSA 3BAQA 5FRAA 3ZSJA 2X2SA 4IYBA 2D7RA 3HALA 2GZBA 2GDFA 1W6QA 41BIA 3V64A 2ZMNA 2DVDA 1JW6A 2G4IA 4FPYA 2LTNA 1JT3A 2ZQNA 1E1HA 1RINA 1QQKA 2BFHA 4OEFA 2P2KA 4XFUA 4BM8A 3MALA 1WLDA 3T2TA 1YI7A 4I7IA 4LO0C 1GANA 1KRIA 2AUYA 3C9ZA 2AYHA 1CVSA 4KEIA 1QU0A 4AGRA 4JKXB 4YZ3A 3JRRA 4P9WA 4OEEA 5BYNA 2NM1A 2CY6A 3ZUSA 1AX2A 2W2DB 5D63A 4AVTA 3OJ2A 3C2UA 3ZSMA 1DQ5A 3IM0A 3V79C 1SR4C 4EFPA 1GNZA 1V6IA 4II0A 5E8AA 3VKMA 3UK9A 1WCSA 1LGNA 2NMNA 4P0KA 3VSFA 1Q8OA 1CN1A 2WNEA 2A71A 1F31A 3WDXA 3BOOA 2EXIA 3O4OA 3BTAA 3FGMA 5BQUC 4YGDA 3BB2A 5CBLA 1FV3A 3BWIA 1YIFA 3BAGA 4W65A 4LO1A 4USOA 1ENQA 3I2XA 3NV4A 1Z2VA 1W6OA 31BIA 4DRVA 5F8SA 1YF8B 2LALA 1AVXB 2EAKA 2AR6A 3ZUQA 1H9PA 3UL2A 3CRGA 3IN9A 4P9XA 1IILA 1A3KA 2P39A 1DQ1A 2YY1A 2I2SA 5DUWA 2Y9WC 2VW0A 2YMZA 3AYDA 4XJ8A 3OPZA 7I1BA 5GAQA 2A8AA 5JOZA 3WG2A 1W3GA 1JYCA 3NBEA 3WO4A 5DZGA 2W52A 4FPCA 1UKGA 1IKPA 3M3QA 2ZZJA 2JD4A 1IHKA 1SLBA 2R1BA 2NVHA 3W58A 1J0SA 4K1YA 3BODA 4JRAA 1O4ZA 1FATA 1XZZA 3ZYRA 5D61A 1DJSB 4I2SA 3OYWA 3D4KA 1II4A 1AJKA 1ISXA 1CPMA 5E24E 3QIYA 3DEBA 2VH9A 3DS9A 1BKZA 3CAHA 1ILR1 1S0DA 3FJCA 3OJMA 4M3CF 2ZGPA 4FVVA 3VV1A 1GV9A 3QIXA 1UX6A 4OZXA 4Y26A 4DFSA 4AN6A 3O5WB 1QXMA 4I4OA 2MC2A 1LOAA 1ONAA 1ITBA 2DVGA 1IJTA 1SBEA 2Z49A 3HN1A 3S8KA 1T3AA 3AJ5A 3GNEA 1OKQA 4AVSA 3S8JA 1GBGA 4ZLBB 3ZXKA 1Q1UA 3AP7A 1UZYA 1HCDA 5H9PA 3P6JA 5BQUA 5JOXA 3BA4A 1S0IA 2P37A 2ZGRA 3D6EA 2BEBA 5BXTA 4M01A 1S0EA 1G9AA 2IHOA 3ZSKA 4X38A 3BOKA 2VW1A 2EXHA 3HBWA 1DLLA 1BJQA 1IRAX 3IKWA 2DYCA 3FUOA 4J23B 3ZX7A 3A4UA 5DG1A 1CJPA 1WLWA 3WMUA 5JMCA 3AYEA 3ZC8A 3JU9A 1GZCA 3LCPA 2FHRA 1QMJA 1CONA 3WLUA 4ZFWB 2IMBA 2NMOA 1JHNA 2D22A 1V6NA 1BFBA 4LBLA 2P3IA 3WDWA 2SLIA 3LTQA 1LOGA 1Q8SA 4Y24A 2Y9GA 2D24A 4I1EA 1IS5A 3CRHA 3BRDA 1XTGA 1APNA 3AYAA 2WSVA 1ABRB 2MIBA 3ZSLA 5DZUA 3UJOA 4EEEB 3M3CA 4FPLA 4Z8SB 1MZ5A 1Z0HA 5T5PA 5I1BA 2CL2A 4I4YA 1T3CA 2G7QA 5T5LA 4KC3A 4XIOA 1EYLA 2DRYA 4XTMA 1LOCA 3WNXA 2XG3A 2PHWA 3FJKA 4QO3A 3WG1A 2VSAA 2D7IA 4OEGA 4YG6A 5AVAA 4P14A 1A8DA 3A23A 3O4AA 4ZJXA 1R8OA 1PWAA 3SH3A 5GLVA 3A07A 4USPA 2E4MA 3UD7A 4YM3A 2OVUA 2ET2A 3C88A 4RL7A 4H9WA 3LLPA 5DXDA 2C5DA 4PC4A 1AVBA 2F2FC 3ASIA 2ZQOA 1SLCA 1JLYA 1LU2A 4CRQA 3OBRA 1VAVA 2R0HA 1FYUA 2RHPA 3I8TA 4D0ZA 2A75A 4XKIA 1SLIA 4LBQB 5T50A 3WUCA 4P9YA 5DVHA 5T5OA 2A3YA 2D1ZA 1ZB7A 2D6OX 2VU9A 3WDTA 2HZ9A 4L4HA 3HMYA 2M49A 5GM0A 3DUIA 2HWMA 1BLDA 5LK5A 1Q8QA 4K21A 3HR9A 1JBCA 3V0AA 4OWKA 5CA6A 1A78A 1AXKA 3APBA 2WT2A 3N7JA 3RQ0A 1IS4A 1N3OA 3IIRA 3AXEA 1PC8B 4IZXA 1V6MA 4EJ5A 1RMLA 3WG4A 3QLQA 5BQNA 2CWMA 1PUMB 3SH4A 1FN0A 5B2HA 1G9CA 3I2AA 1LOFA 1T9FA 1FMMS 4G6MA 3NV2A 1Q04A 3W59A 1IOAA 4OW4A 4LBKA 4FPHA 1R8NA 3CNAA 1MS1A 2ZGNA 3RTJB 1WBFA 1PZ8A 4XXAA 1O4YA 1MVQA 2G7NA 3V0AB 3WDVA 2G7KA 4I96A 5SV8A 2DS0A 4KUFA 5GZFA 4Z8BA 1DYPA 1JT7A 2IMAA 3D3XA 5BP5A 4FQZA 2Y9XE 2ISHA 1N1TA 3UD9A 3BAOA 4LO7C 4I6IA 4EFQA 1JTCA 5DZFA 3AKHA 4Y1XA 1H9WA 1ZKXA 4FOYA 1CPNA 3AX4A 1G9FA 2E6VA 1SBFA 1B09A 4LO1C 2Q9XA 2HWAA 2ZMKA 3P6IA 1FV2A 3QW6A 1FQ9A 4ISRA 3AK0A 2D43A 3C8AA 1LODA 1PZ7A 1ZM1A 3FIIA 1HWOB 1YO8A 1UMZA 4A7YA 2XHLA 3WCSA 2VXRA 1V00A 2FPQA 4IQPA 4YW5A 3JUTA 1RG8A 2W39A 2ZABA 2D44A 1Q8VA 1W6PB 3VKLA 4EB2B 2IMCA 4F83A 2A5ZA 1LHNA 1QKQA 4XHBA 2VUAA 1HWMB 3IPVA 3BRGC 4LO3A 2JKBA 3OY8A 2ERMA 1DQGA 4FQ4A 1TWEA 4YW3A 3FFZA 4GALA 3H6QA 4ZXKA 3AKGA 5JDBA 3N7KA 1G9BA 4IONA 4M3CE 1DZDA 1KDMA 1FAYA 2K43A 1N4KA 3ZXJA 2ZGKA 1SLLA 5H9QA 3O12A 2ZR1B 2PHUA 1NXD1 3CA0A 4YM0A 1CESA 4Y20A 2ZHLA 4Q8KA 5CAZA 1LOBA 4WBCA 1VAMA 3WUDA 4K20A 3CA5A 4YW2A 1F82A 1MS9A 3D5OA 1ONKB 2UU8A 2ZGUA 2D3RA 3ILAA 5DUVA 3AKIA 3PVEA 4Q26A 3MPPG 1W0PA 2GMMA 2WT0A 4J1LA 2ZHMA 1HWNB 3B3QE 3NWKA 5GZDA 4ZOTA 1W6QB 4XBLA 3AP4A 3CA4A 4KEKA 1H30A 1LU1A 4PCRA 2AGSA 4I0YA 4K1ZA 2L5XA 4NO4A 4C1WA 1W0OA 5GLUA 3IM5A 2JJ6A 4FOWA 4YGEA 1KJRA 3BA5A 3BRFA 2K8RA 1FGAA 1T4QA 4JQ0A 1SACA 3M1HA 4X3AA 1JOJA 1QF3A 1TFMB 3A0NA 2ZAAA 2D7FA 2MLLB 4F34A 3ZC9A 3POKA 3R4UA 5GZGA 4X39A 3WG3A 3V65A 2WBCA 1WW7A 1S0GA 4YG3A 1LHOA 2DU0A 2DWRA 3F62B 3LSEA 2PHXA 1YRZA 1C1LA 4LO7B 3BA7A 3C89A 4GXLA 3AP6A 4Q91A 2WSUA 1HCEA 2DREA 4HL0A 1GZWA 3M3OA 3ZXDA 1PZZA 3N0KA 2KI4A 4Y22A 1N1YA 1W3FA 3N3HA 3B9UA 2D20A 2SBAA 4YGCA 3OJBA 1W6MA 5F9TA 1LESA 1W6OB 4YGBA 4PBOA 4C1XA 1LULA 1FWUA 4BLIA 3AJZA 1WBAA 4AYUA 4ITCA 1PUUB 2FDBM 4BMEA 4I4QA 1MR5A 4OWLA 1ISYA 2YZ4A 5JOYA 3H6SE 4LBJA 4YZ2A 1ISZA 2E4MC 1XHBA 3ZPYA 3C8BA 1ULDA 1ISWA 2PHRA 3O5SA 1S1AA 4Z9WB 3VEQA 1N47A 4FPFA 1YYNA 2ZGOA 4LBNA 3AH2A 2D3SA 2ERFA 3AH1A 9ILBA 1K5UA 4GOYA 1Z7HA 1C4RA 5L73A 1I3HA 3E8LC 2R16A 2ESUA 3FJEA 4ZA3B 3ZURA 3DSEA 1AF9A 1BA7A 5IK8A 3A0KA 1DQ4A 1FX5A 2AENA 3FLTA 2ZGMA 3BADA 2OW4A 3POYA 5EC5A 2FO1A 3OYWB 3HOMA 2JDZA 4XJAA 3EF2A 1MS3A 1RZOB 5T52A 4I4XA 5CB7A 4I8MA 4XBNA 4L8QA 3Q9OA 2F8XC 2FMDA 1LCLA 2I1BA 4HJJA 1RY7A 1Q8PA 2YUGA 4AVVA 3AJYA 2Y9FA 5BXPA 5BQMA 1LGBA 3SNMA 4YFZA 4CJMA 3VUOA 2JE9A 1AZDA 4LBMA 5FZZA 4M3CA 3FBYA 4JPZA 1TP0A 5JLVA 2D3PA 1DYKA 2C9AA 3MW4A 2DUQA 4LO8B 1MC9A 2RQ9A 4BMBA 4XHXA 4QALA 3D7WB 21BIA 3IM7A 3WO2A 5DUUA 1LOFC 2A3XA 3FJ8A 4IY8A 3K1XA 1BQPA 1SLTA 2DTWA 2UWAA 4FP2A 2P23A 3VT2A 4NOTA 4WVWA 1TWMA 1LOEA 2Z42A 5JOWA 4YLZA 1KITA 2A3WA 3MW2A 4XYXA 4RA0A 2AREA 1F5FA 1GSLA 5G00A 4SLIA 5GZCA 1VCLA 1S0FA 1GICA 1UL9A 1JT4A 3AZWA 3VT1A 2WLQA 1KJLA 5H9RA 4ISQA 3WO3A 5DZEA 3WINA 3VT0A 1V6OA 4DS0A 5BP5C 1ISVA 3VKOA 3RS6A 1HQWA 3H6RA 4M3CB 1QQLA 3UDAA 3CQAA 3H0OA 3FJIA 4KS6A 3QCWA 1QNWA 1Y7BA 5IUQA 2AQZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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