1S0DA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b at ph 5.5
Total Genus 404
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
404
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Toxin, hydrolase
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
total genus 404
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0dA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0dA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0dA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0dA01
1G9CA 5FREA 4K21A 4Q8KA 3FJ8A 3AP6A 1W6QB 2AYHA 2P3IA 2G7PA 1LOBA 3B9CA 1G9BA 3WVJA 3H6SE 2QYIB 2Y9XE 5EC5A 4I4XA 3I2XA 2DVDA 3P6JA 3QJ0A 4GWMA 4AVTA 3BRDA 3FLPA 1N3PA 4Q26A 1QNYA 5AVAA 1S0LA 1JT4A 3AJ6A 1L2HA 1KITA 5T50A 1FNZA 2D7FA 3IPVB 1NZKA 3V0AB 4YM0A 3NV3A 5T55A 3O4OA 1R1ZA 1V00A 2Z42A 4KS6A 2JD4A 2Y9GA 3HBWA 4FPLA 2D24A 3B9UA 2CWMA 4W65A 2G7NA 4I4YA 2XB6C 1X50A 4P9YA 3POWA 1G8WA 2NTDA 4X38A 1V6LA 3AJ5A 1WLWA 2GALA 4KEJA 4I4UA 1W6OA 4FVVA 3FJCA 2HWMA 2ERMA 1VALA 1AXZA 3QIZA 2ZQNA 1D0HA 4U36A 5D63A 4FGFA 3PJQA 2VU9A 1PZZA 1Y7BA 4XTMA 2ZGNA 2GN7A 5FZUA 2JKBA 2A97A 3FUQA 5IK4A 3OJ2A 4MYEA 2YROA 5T52A 2GN3A 4QKRA 1AX0A 4YZ3A 3RMYA 3A22A 5JOWA 3C8AA 3NF3A 2GO2A 2G4IA 1CVNA 5H9SA 1AFCA 4JC1A 3FLTA 2NVHA 1MS9A 1JTCA 3IPVA 3VUOA 1DQ0A 3FJEA 2I2SA 1MZ6A 4XBLA 1S0CA 3AZWA 1ONKB 3A07A 5GZGA 2R1DA 3UD8A 1QMJA 1LENA 3ZSJA 2MC2A 3W59A 3TAYA 3U4XA 5IK7A 2ISHA 2X2TA 4JAWA 3BRFA 1JLXA 3M3EA 3O0VA 4J2KA 1JT3A 2FFUA 4LO3A 4SLIA 1DGLA 4LO8B 5CB7A 2ZHNA 3AXEA 2EALA 4JKQA 4I4RA 5CA6A 3D5OA 1NXD1 4D0ZA 4XFSA 4TLPA 2E7TA 2VW1A 1AVBA 2A6YA 1LOEA 4I37A 2B7YA 4XDQA 4FPEA 4Y1UA 2X2SA 3BOPA 3OGGA 2EIGA 2ZABA 3M3OA 1TFMB 3NV4A 3FBYA 3AYDA 2ZZJA 4BM8A 3UJQA 4A7KA 4NO4A 5GLVA 1Q8SA 2UURA 3O3QA 3RS6A 1DIWA 1YBIA 1ISYA 1MS0A 4Z9WB 1MVQA 4GP3A 2A3YA 1Q8VA 2D6KA 1LTEA 1DZQA 1XHBA 1G82A 5DUUA 1I3HA 3HR9A 5DZGA 3WINC 4BLJA 3VSFA 3WO3A 3TC2A 4YGBA 2ZACA 3LCPA 5DG1A 3H6RB 5KXCA 1PZ7A 2LIQA 3WHUA 1BXHA 2WQZC 3USUA 4XFUA 3AZXA 1UZYA 3PUBA 3R05A 2ES3A 3VKNA 5F9TA 5BXRA 4AVSA 1YF8B 1FV3A 3V0BA 1DZCA 2ILPA 4QALA 3F1RA 1IRPA 4CJMA 3ILAA 1GICA 3V65A 1FNYA 3IM0A 5GZDA 1T3CA 4GOVA 1AVUA 4IYBA 2EXIA 2QN4A 4XJWA 1ENRA 4LO0C 4I6IA 3BAOA 1APNA 1BKZA 2A3XA 3WHTA 1EYLA 5HPZA 3BIWE 1ISWA 3RTIB 1LOAA 1JW6A 1LULA 2EXKA 4I7IA 2D6NA 3CNAA 3AKGA 3FJHA 2WJSA 4WV8A 1IILA 4IQPA 2DURA 2E6VA 4PQ9A 4Q9PA 3QR5A 5F8YA 3W58A 1HKDA 1LHNA 3DDAA 2W52A 3FJFA 1ABRB 3AYCA 3WUDA 2DVFA 1SLCA 1IKQA 1DJSB 1HWOB 4LO7C 4JQ0A 3CRGA 2FO1A 3H6RA 1E0OA 1FYUA 1Q1UA 3ZSKA 2KLLA 3N7KA 1K5VA 2A70A 3ZC8A 1N1TA 3R4UA 1WBCA 1UPSA 1WLDA 4DFSA 3QYDA 1SACA 1HQWA 1S0EA 4DENA 2WBCA 2ZGSA 3ZUQA 2CYFA 2W39A 1UL9A 1D2SA 3OYWB 1QF3A 1BFFA 1LHUA 1N1VA 1G9FA 1ILR1 3C2UA 1YO8A 2WNEA 5DXDA 3O0XA 1WCSA 1ISXA 3ZYPA 1MC9A 1KQRA 1GANA 3VT0A 4WVVA 2FPQA 2E7QA 1QXMA 3BAQA 4LO2C 3UJOA 4XJ8A 2R9KB 3RMXA 1LJ7A 1IS4A 1LODA 3BODA 4G9MA 2J3PA 2ZAAA 4XMAA 1IS3A 2V73A 1LCLA 5T5OA 3ZXEA 2WKKA 1LOFC 4HEVA 4I96A 2VW0A 5DZUA 5JOZA 3PG0A 4K20A 3T2TA 3LLPA 4LBQB 2ZGKA 21BIA 3ZVXA 3CA5A 2ZBJA 3PVOA 4GOYA 5I1BA 2UU8A 1KRIA 3BONA 4FQZA 2NZ9A 3IM6A 4EKXB 4HJJA 4KEKA 1QOSA 1GGPB 3AKIA 2OVUA 3VT1A 4GXLA 2XHLB 4YGEA 3RTJB 2ZHMA 2E51A 3OYWA 2WSVA 4ISQA 4U2AA 1CPNA 2CL2A 1V6JA 2CWSA 4OEGA 3AP7A 5DZEA 4P9WA 3NBNA 5BYNA 3QW5A 1SCRA 3BAVA 2ZHLA 4LBJA 1HWMB 4L4HA 5T5JA 4C1XA 1GNHA 3AZYA 2KKIA 2A6WA 2D6LX 2EAKA 5GALA 1GZCA 2K43A 5JDBA 2CTVA 3O0WA 2GMEA 1WW5A 1YI7A 2AGSA 3SISA 2VXRA 3QCWA 1VIWB 4FP2A 3AP5A 2WT1A 2NMNA 2GMPA 1R8OA 4YLZA 1DZDA 3O44A 3BA5A 3PMEA 5DUYA 1V6VA 1LECA 4FPOB 3P53A 4FPKA 3MW2A 3WO4A 4AN6A 2ZGTA 4ZLBB 1TOOA 2HZ9A 4YW3A 1V6WA 5GM0A 5SV8A 3ZC9A 3FFZA 2YUGA 1S0FA 3MPPG 3BRGC 2WRYA 3NBEA 3BX1C 4Q9GA 3R4SA 3AKFA 1BFCA 2MIBA 9ILBA 4J2SA 2YY1A 1S1AA 5JOYA 4AGRA 1I1BA 3KQRA 4XHBA 4EFRA 2A8AA 1M16A 2ZR1B 31BIA 3AJZA 3N7JA 2A5ZA 4XIKA 1DYPA 5IK5A 2GNTA 3AH1A 1UN1A 4ZA3B 1HIBA 3JU9A 1IOAA 4YG3A 4Q2FA 1BJQA 1Z2VA 2ZGRA 1V6MA 2LTNA 1F9KA 2NN8A 3KM5A 2QN0A 2H0BA 3T1LA 3T8SA 1KDMA 5L73A 2FDBM 1UKGA 3NBCA 1AVXB 5HCBA 4XYXA 4Y22A 2ZMNA 5E8AA 3HALA 4X37A 4GKYA 6I1BA 3ZX7A 1G7YA 4Y1XA 1JOJA 1S0GA 2DS0A 3ZURA 3QW8A 4TYSA 1LESA 2R0FA 1JT7A 2AH2A 4UW6A 3NJ5A 2NYYA 3OPZA 4AVVA 1GKBA 3BAUA 3AFKA 3DUIA 1OFSA 1DFQA 3VKOA 2DU0A 1AJKA 2DWRA 3AJYA 2AFGA 3JUTA 2ZQOA 3IKWA 1W6NB 3HOMA 2WT0A 3VKMA 4PBPA 4WVWA 4G1RA 2A6ZA 1ISVA 1LHOA 1CE7B 1W6QA 5BXTA 4Q1RA 3OY8B 3I8TA 1N1SA 1RITA 4FOQA 1W3GA 3B01A 3SNVA 4IHZA 3A4UA 4X39A 4F83A 4EFQA 3WDVA 8I1BA 3QLQA 3FGMA 4GALA 2YZ4A 1SCSA 1W6MB 4BLIA 1W3FA 2OUJA 1ULDA 2E4MA 4QBVA 1ZL5A 3LSDA 2F2FA 3SH3A 1DQGA 1BASA 2ZGLA 1BFGA 2HYKA 1WBAA 4XJ9A 3WO2A 1Q04A 3RQ0A 3V0AA 1H30A 4EEEB 1IKPA 3L2YA 4Q1PA 4ASMB 5BXSA 3FJJA 2D23A 3FLRA 1URXA 4Q91A 4IY9A 1F82A 5HCAA 5IT6A 3K3QB 3Q7WA 1CQ9A 3P6IA 2HW9A 3MW3A 4HR6C 5EHAA 1IT0A 5JOXA 4YOLA 3I2AA 4I4SA 5KXEA 1LGCA 4YGDA 1DQ5A 4I30A 2LIEA 4FPFA 3QIYA 2D3PA 3DSEA 3BAHA 1O4YA 4FPJA 3HN1A 5GLWA 2IMAA 4M3CB 1LOCA 1CONA 3VT2A 1SZ6B 2EXHA 2JDZA 4Y26A 4KTXA 2DRZA 1A8DA 4H9WA 1TEIA 1W6MA 4FPCA 1GSLA 4XILA 1W3AA 4D69A 1AVWB 1GLHA 3AXDA 5GLZA 4LO3C 1CVSA 4I4PA 1RY7A 3S8KA 1SLAA 3POKA 2CY6A 1TWEA 4KUFA 1SLIA 1RINA 1PWAA 2ERFA 5F5QA 3C9ZA 4HL0A 2ZKNA 2PHWA 2VXTI 1Q8PA 3WNXA 4AN7B 4G6JA 3D3XA 4OW4A 1WD4A 4ENDA 5IUQA 2ISEA 4FOVA 3KMVA 5DUVA 3AZZA 3IMNA 3CRHA 1MS5A 4NOTA 3BB2A 2D22A 1DLLA 3QW7A 1IRAX 1CN1A 5LK5A 3AYEA 2TEPA 3EF2A 4DPNA 4M3CA 1C1FA 4P6AA 4GKXA 4YZ1A 3UK9A 1DFCA 3UD9A 4XOGA 4Z8SB 2AUYA 1Q8OA 2GZBA 4P9XA 4J2YA 1Z78A 4GAFA 3T1MA 3ZSLA 1HWNB 2IHOA 5T5LA 1OQ1A 3NWKA 4BPZA 2KH2A 3H0OA 5BQMB 1ZL6A 1T3AA 4XJUA 4LO1A 3PVEA 3ILRA 4Q27A 5F90A 2A6XA 2KM2A 4I1EA 3WCRA 1BARA 1KJLA 1LGNA 3HMYA 4XIOA 4ZFYB 3O4BA 2V5YA 4ELCA 1ULFA 1UMZA 4OZXA 1ZN3A 1QQLA 2M49A 41BIA 4YW1A 1N3QA 4ZJXA 1JXNA 2NP0A 3JUUA 1BQPA 3I4IA 1M2TB 5D61A 2ZGUA 5CAZA 1FMZA 3O4CA 4YW5A 1VAVA 3N35A 2D20A 3D7WB 1HLCA 4YW4A 2D43A 4DQAA 1NLSA 4QD2C 1SLBA 1MS1A 2AENA 2ZMKA 4ATFA 3SNMA 3N7LA 3BAGA 4JKXB 2NMOA 1FQ9A 1W0PA 5E24E 2JE9A 1LEDA 3D4KA 2KI4A 3Q7XA 1GZWB 4XXPA 4M00A 3IN9A 2XOAA 4AGGA 2SBAA 1G9DA 5H9RA 4K1YA 1JT5A 2GMMA 2FGFA 2OW4A 4Y20B 4YZ5A 2DYCA 2RG9B 2DVGA 3WV6A 1QDCA 3WCSA 1IS5A 3C8BA 1MD6A 2VH9A 2YXSA 2VLCA 1UAIA 5EWSA 1O4ZA 3BADA 5KXDA 1QKQA 1H9PA 4IZEA 2D6OX 1ULEA 2LALA 3POSA 2WLQA 2GNBA 1GV9A 3WMVA 4J2XA 3PHZA 3UL2A 3OGFA 4G6MA 5JMCA 1VLNA 2EF6A 5GLTA 3MW4A 3Q7YA 4YFWA 1LOGA 2JE7A 1W6PB 5CBLA 1ENSA 1YYNA 3BTAA 1PZ8A 5E88A 1BFBA 3CA4A 1IHKA 2PHTA 1XG6A 1GZWA 4J23B 3VEQA 4LBOA 3IAGC 4R6UB 3GALA 1I1EA 3CA1A 4PCRA 3TB0A 4Y1YA 1CIWA 3WOGA 1ZA4A 1DQOA 4GP0A 1JQZA 4I0YA 3CU1B 4II0A 4DRRA 1Q8QA 3WDYA 5GJ6A 3CA0A 3WG3A 2DUOA 3B69A 4I4VA 2ZGOA 4QO3A 2DV9A 1SBFA 4EB2B 3C88A 4ZOTA 3ZSMA 3QIXA 4C1WA 4OWKA 2WT2A 4GA9A 3WDWA 2IMCA 5F8WA 3ENRA 1WW4A 3SLIA 3WA1A 3ILNA 5G00A 1QNWA 2Q5TA 4LBQA 4I1BA 1LHWA 2W08A 4XTPA 1B09A 2JECA 1RIRA 5BQUA 5E89A 1MVEA 3AYAA 1JYIA 1QQKA 2G7KA 1E1HA 1WLCA 4WBCA 1DQ6A 1MACA 1W6PA 2UWAA 3LTQA 1FWVA 2SLIA 4CRQA 3SH5A 2XHLA 2Q3NB 3DS9A 4BMBA 3APBA 3OJMA 2W68A 3WUCA 4XFTA 1SLTA 3DEBA 4OEFA 4DRVA 1ISZA 1DQ1A 1ENQA 1MZ5A 1SLLA 3FJIA 4ISRA 5FRAA 1TIEA 4JRAA 3MALA 1SBDA 3N7MA 3UDAA 2D6MA 3FJAA 4XKIA 3ZXKA 5H9QA 1WW7A 2ZHKA 4DEPA 5D62A 1JY0A 1PZ9A 1WBFA 1Q03A 2RQ9A 4P0KA 3NV1A 1YVGA 1JUIA 4Y24A 1BLDA 1JLYA 1J1TA 1W6OB 3M3CA 3V64A 1ZKWA 3BA4A 1C57A 1V6OA 4JPZA 3UJ4A 3ZXDA 1S0IA 5EYXA 2WSUA 2NM1A 1PC8B 2DTYA 1EVTA 1ZB7A 3POYA 3JRRA 2DRYA 4IZXA 4Y1ZA 2GNMA 4H55A 5H9PA 4ZXKA 1UZZA 5GLUA 4EJ5A 4UW4A 2PHUA 1S0DA 1AX2A 4R9CA 4WZFA 4F34A 2ESUA 2W2DB 4QKSA 3AH2A 1R8NA 3OBTA 2VUAA 1H9WA 2AQZA 3CAHA 4QBCA 1Z0HA 1FMMS 2BEBA 5FNXA 4YFZA 4USPA 2ZA9A 3O5WB 4YZ4A 3S8JA 1GBGA 3E8LC 2VY0A 4ZFUB 1SFYA 4YGCA 2P37A 1KNMA 4FPGA 4EFPA 2FMDA 3N3HA 2YV8A 4YM3A 4H04A 4LBLA 5EYYA 3VKLA 4OEEA 2PHXA 2HWAA 1ONAA 4ZFWB 4DS0A 1SR4A 3O4AA 3A23A 3AZVA 4UW3A 3NV2A 1CR7A 2P34A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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