1S0IA

Trypanosoma cruzi trans-sialidase in complex with sialyl-lactose (michaelis complex)
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
632
structure length
623
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFANSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Insights into the Catalytic Mechanism of Trypanosoma cruzi trans-Sialidase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 180
structure length 623
sequence length 632
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2003-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0iA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1s0iA01
1WBFA 4GZQA 1W6QA 1FATA 1V3BA 2PHRA 3IM0A 1BJIA 1KITA 2QWJA 4BLIA 1ZA4A 3R4SA 1FV3A 1S1AA 1RIRA 3A0KA 4KS4A 1H9WA 4Q2FA 3OYWA 1WLDA 4MX0A 1B9TA 1ULCA 2OW4A 3H73A 3ZXKA 3D4KA 3T2TA 5GZEA 1ULFA 1NNCA 3W58A 1BZWA 3PMEA 2CYFA 4BQ1A 4NO4A 4Z8BA 1C4RA 4R9DA 4DQAA 1DYKA 5HUMA 3SALA 4AVVA 5KXBA 2WT0A 3D12A 4CPOA 4CPLA 1INHA 4XXPA 3WNXA 2C9AA 2AEPA 4BOWA 2YV8A 1BQPA 5FRAA 3IPVB 3FLTA 3V0AA 5CB7A 4LBLA 1GZCA 1QKQA 4L8QA 5IUQA 2YA4A 3MEPA 3M1HA 4TZDA 1C1FA 1QOTA 3AK0A 1V6IA 1QOSA 1AX2A 1GYKA 2QWAA 2P37A 5DZFA 2CL2A 4MJVA 1WCSA 5IK7A 4XBNA 1N1SA 1LHNA 1DFQA 2P3IA 4FPYA 2F28A 1W6QB 1NMAN 2F26A 2BF6A 5HUKA 4K21A 3OBRA 1SBEA 4Q27A 3VKLA 5B2CA 1RINA 2ZHNA 3GVKA 1SO7A 1FNZA 1UZYA 4K1YA 4YGBA 4Q8KA 3O9KA 2V5YA 4GXLA 1Q8PA 3R4UA 1NNBA 4FOWA 2HTRA 3H6JA 3OYWB 1QDCA 4J9TA 3CYEA 4FZHA 4FVKA 1FV2A 5T5OA 3OBTA 1DYPA 1G9CA 3BODA 2Q5TA 1VIWB 1JBCA 4KS3A 4C1WA 2VVZA 3MW4A 1INFA 3MPPG 2DU1A 3RSJA 1MS0A 3VUOA 2XZJA 4Y22B 4MJUA 2VXRA 1DQ4A 1DQ0A 1I1EA 1HQWA 1W6MB 1WW4A 3UJQA 4NCSA 1N3PA 1V0ZA 3PVNA 4WZFA 1Z4ZA 2D6KA 3USUA 1S0IA 4CTEA 5KXDA 4IQPA 4HANA 4H53A 4YZ5A 3OY8A 1LULA 3CL2A 2A5ZA 4DPNA 2A71A 2DWRA 3B01A 2NZ9A 2PHFA 4YZ2A 3IMNA 3RRDA 2R1BA 3D5OA 1S0FA 1DIWA 3IKWA 1SACA 4NN9A 4QN7A 2DV9A 5HX0A 1HDKA 5EYYA 3H0OA 2PHWA 4YM1A 4RA0A 4MWVA 1IS6A 1W1XA 4Y26A 2DURA 5T54A 3ASIA 4YLZA 2QWCA 2Z42A 3M3EA 1NXD1 3R05A 4GEZA 2QWDA 2A6XA 2GN7A 4K3YA 1LOFA 3TI8A 4WEFA 2W38A 3VKMA 3WG4A 3T1LA 2F24A 5DG2A 2F0ZA 5GALA 1LCLA 1JXNA 2KM2A 1CVNA 4GWMA 4D8SA 2DVGA 3AFKA 2YA7A 1W20A 6NN9A 5HUNA 4FP3A 2EALA 1BKZA 3FLRA 2VU9A 4WA3A 3ILFA 4XTMA 2ARXA 2OVUA 3HR9A 2UWAA 2HT7A 4H55A 1WW7A 4GA9A 3SLIA 5GZGA 2DTWA 2QWIA 4P14A 3OY8B 3N7LA 1NMBN 1A14N 3CNAA 3O0VA 2ZMKA 5L73A 1G9AA 4P9WA 4DRRA 3K37A 4CPYA 2RKCA 5SV8A 3BTAA 3WUDA 2ZZJA 2A70A 2E7TA 3BIWE 3I4IA 3SNMA 4AGVA 1FAYA 5CBLA 2E6VA 2C4AA 1JHNA 1GICA 1V6NA 1LOFC 1MVEA 3ILRA 1KJLA 2HTVA 1N3OA 4YG3A 1LOCA 3WOGA 1YRZA 5DUVA 1ENQA 2WT2A 4YM3A 2VSKA 4GJTA 1JOJA 3AP6A 1Q8SA 1H9PA 3WDXA 5DZGA 4U36A 2ZHLA 1GV9A 4ISRA 4UW6A 1ZM1A 2VK5A 1WW5A 4PCRA 5JMCA 4Y20A 4FQZA 1JUIA 2ZGQA 1F5FA 4XHXA 2AEQA 4UW3A 4ITCA 2PHTA 2JECA 2VW0A 2ZGMA 2JKBA 4XJWA 1Q56A 2VW2A 3TI3A 2XZKA 3POWA 2EIGA 4GDJA 1GLHA 1LU1A 3POSA 4YW5A 3SITA 2A6VA 2CY6A 1MVQA 2EXJA 1LEDA 3RG0A 4UW4A 1DZQA 4YG6A 2DVAA 3SILA 4I00A 1MS4A 1IVBA 2D44A 3V65A 2HTYA 1LGCA 1EURA 4AWDA 2B7YA 3MW3A 3AZYA 4M3CA 1EUSA 4XHBA 3D6EA 3WZ1A 4PBOA 4U2AA 3ALWA 5IK5A 2YA6A 2WSVA 1KDKA 3T1EA 1C57A 1JYCA 2A75A 2ARBA 4WA4A 4P9YA 2AH2A 2YA8A 4AVSA 1WBLA 2BERA 2WSUA 3GALA 4Y1YA 2ZGNA 3AX4A 5M1ZA 4PQ9A 5GJ6A 5BYNA 1DQ1A 1S0GA 3OPZA 1LJ7A 2GALA 4KS2A 1XOGA 3LCPA 4YGCA 1HKDA 2HT8A 4HZVA 3AZWA 3WLUA 4GKYA 2ZA9A 3GNEA 4TYSA 1SFYA 3POYA 1BXHA 2HT5A 3AJYA 3LSDA 1JYIA 2GMMA 5T5PA 4YFZA 4LBJA 5H9SA 3AYDA 1J1TA 4JCKA 4B7JA 3KM5A 4YM0A 3DUIA 3ZSLA 1L7GA 2R16A 1CIWA 3N3HA 3APBA 4Y20B 1VAMA 5T5JA 1DBNA 2WJSA 3Q9OA 2ZMNA 4KBBA 2CNAA 4QN5A 4XJQA 4XJUA 3NV4A 3WDWA 1ULEA 1KRIA 1WCQA 1UZZA 5DUUA 1IVFA 1E8VA 1IS5A 5GLTA 2VUAA 4GZSA 5HCBA 1IOAA 1Q8VA 4B7RA 1LODA 1XOEA 1X50A 2JE7A 3HMYA 4XOGA 3N7KA 1KQRA 3AJZA 4R9BA 4M3CB 2JE9A 4M3CF 1B9SA 1W8NA 1LGBA 4XIOA 1OKQA 4QN6A 1V00A 2ZGPA 4XJRA 1CPNA 3ZSMA 1EUTA 4K1IA 1AVBA 2DUQA 1G7YA 4FP2A 1OFSA 4Y1ZA 3ILNA 1ENSA 1CESA 3IN9A 1SLTA 5HUGA 4I30A 4JF7A 4PF5A 1BJQA 2E53A 5H9RA 3WDTA 1A78A 1V0EA 1KDMA 5EWSA 3O9JA 1WW6A 4K20A 2XCYA 4YW3A 1AXZA 5JOWA 4FPJA 1DQ2A 1EUUA 4Y24A 2E7QA 2AREA 1F31A 5GZFA 1A4GA 5JLVA 2A7AA 2W39A 2CWMA 3K38A 3WHTA 1QF3A 4R9AA 2ERFA 1AZDA 4WA5A 4ISQA 3WG2A 1F9KA 3A72A 3M3QA 2W5OA 1SLCA 2F12A 3M3OA 1QOOA 1LOAA 2A3YA 3V0AB 4ATFA 5GLUA 1URXA 3C2UA 1WD4A 3UL2A 3V0BA 4R9CA 2GDFA 4LBMA 3HN1A 3GVJA 3MW2A 1SLIA 2X9MA 2QWKA 1UN1A 2ZBJA 1V6OA 1AX1A 1CPMA 3SH4A 2SILA 1V6KA 3WVJA 2P3JA 4YG0A 2I2SA 3SISA 1MS9A 2YXSA 5F5QA 1FYUA 2YY1A 3NN9A 2WLQA 5DUWA 4M3CE 1Z78A 2QWBA 4CPMA 1INVA 4M4UA 1INXA 4XXAA 1CJPA 2EXKA 3ALXA 2P2KA 2ZGLA 3GVLA 3N7JA 2W68A 3AZZA 4AGRA 2QWFA 3SH5A 2W52A 4DS0A 5LK5A 5GLWA 2C5DA 1V6MA 5CNAA 1GANA 4ZKTB 3RS6A 2D3RA 5F9TA 3JUUA 3W09A 4D69A 2F10A 4MWJA 2DU0A 2R0FA 4XJ8A 1PZ9A 4K1KA 1O4YA 1ONAA 5GLZA 2GMEA 4MWLA 4GZTA 2CMLA 4WEGA 2GMPA 4M4VA 2JD4A 1EPWA 4XYXA 1WD3A 4FQ4A 1YI7A 2VH9A 4BLJA 5E8AA 2W5NA 4YW1A 3WHUA 1CR7A 4WVWA 2VW1A 1GNHA 2ZHKA 3PVEA 3WDUA 2HTWA 4UW5A 4P9XA 1AXKA 3USUB 1Z4YA 3INBA 3O5SA 5DZEA 3V0BB 3NV3A 2R0HA 4Q8LA 2SIMA 5IK8A 3ZXFA 4B7NA 2A3WA 1QNWA 3ZPYA 1XQNA 4XMAA 4MYEA 3BOPA 1BYHA 3ZXJA 3TI6A 1RITA 1NCAN 3N35A 1B9VA 1NNAA 2GNDA 1V6LA 1MS3A 5JOZA 5H9PA 4HIZA 2DTYA 4GB1A 1IVDA 4XILA 5KXEA 4MZAA 3FLPA 4YFWA 4MWUA 3L2YA 2P3KA 1LHUA 1Z4XA 1INWA 2UURA 1LENA 4Q26A 3QCWA 2ZGUA 1HLCA 1G9BA 4GZPA 2VSMA 5DXDA 4LBNA 3TAYA 3AYCA 5AVAA 1NMCA 1SCSA 2A6YA 1B09A 2SBAA 4YZ3A 2R49A 3A4UA 2P34A 3O0XA 4KS1A 2DVBA 1MS8A 2FMDA 2AGSA 5H9QA 4HZZA 4FPLA 4FPFA 1WLWA 3IPVA 1GKBA 1Y7BA 4HL0A 4H52A 3QLQA 1IS4A 2JDZA 3WDVA 3SH3A 2UU8A 2D3PA 2ZABA 1WUVA 1W0OA 1W6PA 2WT1A 1N1TA 4FPKA 1W6NA 2CTVA 1E8TA 5KXCA 4YZ4A 4M00A 4WV8A 2ZGTA 3FUOA 2NMNA 5JOYA 1L7HA 1ULDA 1AJOA 3AZXA 1I3HA 2GN3A 3WG1A 4GALA 4YGEA 2D43A 1F8CA 1H30A 2HYKA 4XE9A 4W65A 2UWBA 1S0CA 3OGGA 3B9CA 1N3QA 2AUYA 2ENRA 5GLVA 5GZDA 5JVVA 3ZSKA 4XIKA 5JDBA 3I8TA 3OJBA 1F8EA 2D6MA 1LTEA 3TI5A 1CONA 1LHVA 1Z4WA 2H0BA 5T5LA 1VALA 1SBFA 2BATA 3WCRA 4Y1VA 2ZAAA 2LALA 1TEIA 5HCAA 1NCBN 4C1XA 3K3AA 2YROA 1LEMA 4QN4A 2CWSA 4XZPA 2LTNA 3WDYA 1FX5A 4M3MA 4F83A 3TB0A 3CL0A 1MS1A 4JRAA 1YYNA 4FPHA 2OUJA 4YGDA 2V73A 4DRVA 3AYEA 4LBQD 1LHWA 4Y22A 2ES3A 2JJ6A 2ZB5A 3AXEA 3DGTA 4Q1PA 4NOTA 1SCRA 1W6MA 1Q8OA 3H72A 4M01A 1MWEA 2ZGKA 3AZVA 1USRA 1V3CA 1IVCA 1MS5A 4XJZA 1VCUA 2YMZA 4B7QA 4FOVA 3AP4A 4M4NA 2NP0A 4UF7A 1GNZA 2D7FA 5HCFA 1NN2A 1W6PB 4XBLA 1UAIA 4HZYA 1W6NB 2XZIA 1S0EA 1AXYA 1LECA 1UMZA 1PZ7A 1NCDN 1A3KA 1KJRA 3ENRA 3KQRA 2BQPA 4FJ6A 4AGGA 1W8OA 2QWGA 4YM2A 5GZCA 5IK4A 1INYA 3FBYA 1G8WA 3V64A 1D2SA 1AF9A 1DQ5A 4SLIA 3RQ0A 2EXHA 2OUHA 3AXDA 3B3QE 4X47A 4CRQA 3ZYRA 1LHOA 1IKPA 2R1DA 3NWKA 4YW4A 3H71A 1UPSA 1S0BA 3VKOA 3A0NA 3FFZA 4GKXA 5E89A 2NMOA 1SLAA 1V2IA 1DGLA 1NSBA 7NN9A 4YW2A 1VAVA 5CAZA 2ZB6A 1W21A 4GZWA 1DQ6A 4AYUA 1UX6A 2VK7A 4MC7A 1NSDA 2QWHA 3D11A 2A6WA 2F25A 4YZ1A 3T1MA 2YZ4A 4Y1XA 5DUXA 3UK9A 4CPNA 4MWQA 1VCJA 4HZXA 2F27A 1JN2P 4XTPA 2ZMLA 4LBOA 4FPGA 1LOEA 2PHUA 3TI4A 1QNYA 2NYYA 3N36A 3NV1A 1YXWA 3M2MA 5T52A 3B7EA 2D6OX 4NC5A 4GDIA 1Z4VA 1NLSA 3ATGA 1MZ5A 1USXA 5NN9A 2YDTA 3RMXA 4BMBA 2NM1A 1LOBA 4KS5A 3INAA 1MACA 4XJAA 2HTUA 1YO8A 4X4AA 2YDPA 2FHRA 3B00A 2D6PA 4WVVA 1LESA 2A3XA 3ZSJA 4MZEA 1V3EA 1VLNA 1GBGA 3AYAA 1W6OA 2PELA 5GM0A 3UJOA 4K1HA 3AP7A 2W20A 1HQLA 2HU0A 2WKKA 2SLIA 3TICA 1SBDA 3WCSA 3N7MA 2F11A 4K1JA 4QN3A 2B8HA 2F29A 3W59A 2UWCA 1UKGA 5JOXA 4FOYA 4FPOB 3TIBA 5JYYA 1LOGA 1V6JA 1QDOA 4CPZA 2HTQA 1INGA 3RMYA 2NN8A 2ZKNA 4X49A 4RL7A 4LBQA 1PZ8A 4ATEA 2ZGOA 4GWNA 3FUQA 3ZVXA 4XBQA 2W08A 3VKNA 4FPEA 1SLLA 4ASMB 4BPZA 2GNMA 2EXIA 4GZXA 4K1ZA 1N1YA 3NV2A 3WUCA 3B69A 4MWRA 3NSSA 5E88A 1QU0A 2D6NA 2EAKA 1SNTA 3CKZA 4X6KA 5EYXA 2WQZC 5CA6A 3JU9A 4JC1A 4LBKA 3PVOA 1IKQA 2RHPA 2HU4A 3AP9A 1GZWA 2ZGRA 2PHXA 1FNYA 1ENRA 2AYHA 3LSEA 3ZXEA 1Q8QA 2EF6A 2ZHMA 2VWDA 4MWXA 1D0HA 4GZOA 1WLCA 4XJ9A 4BMEA 4DGRA 3A71A 2XB6C 1IS3A 1JW6A 1S0DA 2AENA 5IT6A 2DUPA 1SLBA 1O4ZA 4Q6KA 1Z0HA 2TEPA 1F8BA 3BEQA 1A4QA 1G9DA 3M3CA 1QGLA 1F8DA 5EXOA 2VY0A 4Q1RA 1APNA 4DFSA 1GSLA 1V3DA 5B2DA 2ZACA 3VV1A 3JU4A 1N47A 2DUOA 1MZ6A 1CN1A 1W6OB 2C4LA 3VKFC 1G9FA 4MWWA 2XG3A 2D3SA 4AVTA 4QNPA 1YIFA 1AJKA 1GZ9A 4PBPA 4ZXKA 2VK6A 4FVVA 1DHKB 1S0JA 1IVEA 3ZXLA 2ZGSA 4MWYA 1LU2A 3K39A 3WV6A 1Z50A 4XMIA 1CQ9A 1UL9A 2E51A 1R1ZA 3PJQA 1V0FA 4LBQB 1U0AA 4Y1UA 3K36A 5FREA 2BZDA 3WG3A 1AX0A 5DG1A 2A6ZA 1DILA 2AR6A 2DYCA 1W0PA 2G4IA 2GNBA 1L7FA 1QMJA 4XDQA 3SANA 2GNTA 2WNEA 1NCCN 5T55A 1DLLA 4CZSA 2DVFA 3O12A 1C1LA 1MR5A 3AP5A 4OZXA 4B7MA 3TIAA 1GZWB 1A8DA 2DVDA 2F13A 1DIMA 1NSCA 1E8UA 1OQ1A 4FPCA 2QWEA 1IVGA 2YA5A 4FOQA 2D6LX 4BBWA 3O0WA 4HZWA 3ZYPA 5T50A 1N1VA 1LGNA 1ULGA 1G86A 3U4XA 4BM8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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