The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
5
|
sequence length |
60
|
structure length |
60
|
Chain Sequence |
TGEEYIAVGDFTAQQVGDLTFKKGEILLVIEKKPDGWWIAKDAKGNEGLVPRTYLEPYSE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution NMR structure of the SH3 domain of human nephrocystin and analysis of a mutation-causing juvenile nephronophthisis.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Nephrocystin 1
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Cell adhesion
|
| total genus |
5
|
| structure length |
60
|
| sequence length |
60
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-01-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1BU1 A; 1WX6 A; 2DLP A; 2DBM A; 1E7O A; 1K0X A; 4KRT A; 3UA7 A; 3VS1 A; 3C0C A; 3VS2 A; 2B86 A; 2RN8 A; 1WYX A; 2XMF A; 3UAT A; 2KR3 A; 4D8D A; 1TG0 A; 3NPF A; 1ZBJ A; 4IIM A; 2K2M A; 2KNB B; 1NLO C; 2KYB A; 2PTK A; 1B07 A; 4GLM A; 1CSK A; 1WLP B; 2J06 A; 2DL7 A; 2DE0 X; 1NEB A; 2YSQ A; 2EGE A; 4LN2 A; 3I35 A; 4OMP A; 2DM1 A; 1UFF A; 2EYZ A; 2NWM A; 5IXB A; 1UHF A; 1PHT A; 2E5K A; 1ZSG A; 2G6F X; 2V1R A; 1X27 A; 3H0H A; 2LMJ A; 3KFV A; 2EBP A; 4OMM A; 2RMO A; 1NEG A; 1E6G A; 4JJB A; 2JS0 A; 1ZUY A; 2A08 A; 1YWP A; 2PNI A; 4CC7 A; 4J9E A; 1NM7 A; 2C0I A; 3SHW A; 2RNA A; 3I5S A; 3EG1 A; 1YNZ A; 2ROL A; 2F2V A; 1OPK A; 2KT8 A; 2O2O A; 1TUC A; 2O31 A; 1XOV A; 4OML A; 2EYX A; 2HEQ A; 2LP5 A; 3M0S A; 1X2K A; 2JM9 A; 1E6H A; 2CSI A; 5IHN A; 2ENM A; 4QT7 A; 2PZ1 A; 1AD5 A; 3EHQ A; 1JEG A; 2KRN A; 4RTZ A; 4DEX A; 1UHC A; 1B3Q A; 4E6R A; 2GTO A; 2A37 A; 2K6D A; 1MUZ A; 3REB B; 2DMO A; 1VYU A; 1AZG B; 5FW9 A; 2RF0 A; 2FPF A; 2CSQ A; 2D8H A; 1UTI A; 2X3W D; 1QWF A; 4J9G A; 2OJ2 A; 2LX7 A; 1AWX A; 1N5Z A; 1WXT A; 1X6G A; 2D8J A; 1ZX6 A; 2MIO A; 1AWO A; 1MV0 B; 1Y57 A; 1HJD A; 3VS4 A; 2DRK A; 2DF6 A; 1AOJ A; 4HVU A; 1QLY A; 2RQR A; 1J3T A; 4OMO A; 1H3H A; 2EKH A; 2K3B A; 5IH2 A; 4OMN A; 4D8K A; 4LE9 A; 3VRY A; 2ECZ A; 2DL3 A; 2HCK A; 5GJV B; 2LNH B; 2JTE A; 3U23 A; 1JXO A; 2KYM A; 5ECA A; 3TSW A; 2LQW A; 2DRM A; 3M0R A; 2LZ6 B; 1GCQ C; 4WCI A; 2CH4 W; 2JM8 A; 4RTW A; 2DL4 A; 4RTY A; 1SRM A; 1SSH A; 1WDX A; 1KJW A; 4AFU C; 4J9H A; 3QWY A; 4K11 A; 3TSZ A; 2D1X A; 2SEM A; 1UE9 A; 2L0A A; 3VS6 A; 2HSP A; 1LCK A; 4J9B A; 2JMA A; 1JU5 C; 2DYB A; 2CT4 A; 2C0O A; 1GFC A; 1T3S A; 1M30 A; 2RQW A; 3NGP A; 2AZV A; 1I0C A; 1K76 A; 2DBK A; 2M0Y A; 2OAW A; 1UJY A; 2DVJ A; 2K79 A; 3M0P A; 1K0S A; 2C0T A; 3NHN A; 4RTU A; 1UDL A; 1M3B A; 3VRZ A; 4JZ4 A; 5IHK A; 2O9V A; 1CKA A; 3PE0 A; 1ZUK A; 5IXF A; 1YWO A; 1JQQ A; 1I07 A; 4OMQ A; 1VYT A; 2GTJ A; 2JT4 A; 2RQT A; 2FG0 A; 2EGA A; 1BB9 A; 1YN8 A; 2BTT A; 1W1F A; 3REA B; 1UUE A; 2L3P A; 2KRO A; 2DJQ A; 2O88 A; 2DNU A; 4R0K A; 1M3C A; 1SHG A; 1SHF A; 1KFZ A; 2EPD A; 2JW4 A; 1NG2 A; 2J6O A; 3M0U A; 2EW3 A; 1PRL C; 1X43 A; 1H92 A; 1UG1 A; 1M3A A; 2DX1 A; 2VWF A; 3UF4 A; 2H8H A; 1GFD A; 3I5R A; 2KT1 A; 3FJ5 A; 3LH5 A; 1WXB A; 1WI7 A; 2CDT A; 5HCK A; 2ED1 A; 2RQV A; 1FMK A; 1MV3 A; 2KGT A; 2O9S A; 2KXC A; 4DEY A; 5EC7 A; 5FWC A; 2YUQ A; 4HCK A; 1GBQ A; 4JPB W; 4F14 A; 1ABQ A; 4RTT A; 4EIK A; 2ED0 A; 1GBR A; 4CC2 A; 2YUO A; 1OPL A; 2DL8 A; 2KEA A; 4J9D A; 5I11 A; 2GNC A; 2EVR A; 2A36 A; 4Z88 A; 3NMZ C; 1SRL A; 3EGU A; 1AWJ A; 3VS3 A; 3A98 A; 2KRS A; 1WIE A; 4Z8A A; 2BZ8 A; 2V1Q A; 4F16 A; 2DL5 A; 1VYV A; 1IO6 A; 2GQI A; 4CC4 B; 1ABO A; 1JXM A; 2DA9 A; 2BZY A; 2CRE A; 1M8M A; 5L23 A; 1BK2 A; 1FYN A; 2EGC A; 4J9F A; 1GCP A; 2LQN A; 2K7A A; 4A63 B; 1KIK A; 4ESR A; 3TVT A; 2FPD A; 3QWX X; 2JS2 A; 2JMC A; 1OEB A; 1EFN A; 2FRW A; 1SPK A; 2GGR A; 2QDL A; 1OV3 A; 2EYW A; 2M51 A; 4JZ3 A; 4RTV A; 3M0Q A; 2DIL A; 1A0N B; 3EG3 A; 1Y0M A; 2J6K A; 3SEM A; 1RI9 A; 3VS0 A; 1S1N A; 1K4U S; 1W6X A; 2FPE A; 3RBB B; 1AVZ C; 4AFQ C; 1PRM C; 1KSW A; 2CH4 A; 1TUD A; 2EYY A; 1K1Z A; 1ZUU A; 2RPN A; 3IQL A; 2HDA A; 2YUN A; 4AFS C; 2RQU A; 1G2B A; 1PKS A; 3RNJ A; 4AG2 C; 2ROT A; 2YUP A; 1RLQ C; 5IHI A; 3I9Q A; 3EG0 A; 1NYF A; 2LJ0 A; 1QWE A; 1V1C A; 2AZS A; 3PVL A; 3M0T A; 4HVV A; 4M4Z A; 1HSQ A; 2J7I A; 1SEM A; 2KXD A; 5I22 A; 1QKX A; 2YT6 A; 1HD3 A; 2J6F A; 5GJW B; 1W70 A; 2GBQ A; 3H0F A; 3EG2 A; 2MCN A; 2LJ1 A; 2W0Z A; 4CC3 A; 2A28 A; 3UA6 A; 2W10 A; 1T0H A; 1QKW A; 1VA7 A; 1I1J A; 2CUD A; 4J9I A; 1X69 A; 4AFZ C; 1RLP C; 2SRC A; 1WA7 A; 1GL5 A; 4LNP A; 1U3O A; 4X1V A; 1JO8 A; 1X2Q A; 2AKL A; 1Z9Q A; 1UEC A; 2F2X A; 2MOX A; 2OI3 A; 1X6B A; 2FO0 A; 2JXB A; 4F17 A; 1BBZ A; 3PVQ A; 4RTX A; 1PKT A; 4J9C A; 2ESW A; 2P4R A; 3ZL7 C; 2LCS A; 3O5Z A; 1UGV A; 1NYG A; 4JJD A; 2L3S A; 4JJC A; 2VKN A; 1RUW A; 2VVK A; 1WFW A; 1ZLM A; 2J05 A; 4ORZ A; 1OOT A; 3ULR B; 2FRY A; 1U06 A; 1CKB A; 1ARK A; 4IIO A; 2K9G A; 4ZNX A; 1YP5 A; 2ABL A; 1UJ0 A; 2L3Q A; 2D0N A; 4Y92 A; 2X3X D; 4HXJ A; 2IIM A; 1AEY A; 3JV3 A; 2AK5 A; 2KRM A; 3THK A; 2YDL A; 5FWB A; 2CT3 A; 1WXU A; 3VS5 A; 1YCS B; 2HBW A; 1H8K A; 1GRI A; 1GCQ A; 1PNJ A; 4AG1 C; 4Z89 A; 3R6N A; 3GBQ A; 4FSS A; 4LUE A; 2EQI A; 2BZX A; 2FEI A; 3H0I A; 3H41 A; 2KE9 A; 1T0J A; 1AWW A; 1QCF A; 1Z9Z A; 1T3L A; 1K9A A; 1U5S A; 4RUG A; 2F2W A; 1G83 A; 3EHR A; 1M27 C; 2KBT A; 1PWT A; 3VS7 A; 1AZE A; 2NUZ A; 4LUD A; 4HVW A; 3CQT A; 2LJ3 A; 2I0N A; 4GBQ A; 2L2P A; 1NLP C; 2CUB A; 2AKK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4M77 B; 3E9F A; 2Y4Y A; 2H3J A; 1K73 U; 2DLP A; 3CPW A; 1R8O B; 2DBM A; 3EG9 A; 1VQ5 Q; 4EDU A; 3C0C A; 1QP2 A; 3CPW P; 1YHQ T; 2X4Y A; 4BB7 A; 5GMK h; 4C5E A; 2X9H A; 3CCE Q; 2QEX Q; 1NLO C; 1VQ4 Q; 1B07 A; 3I55 A; 4GLM A; 1PG5 B; 2XD0 A; 4A4K A; 2DE0 X; 3L2R A; 1NEB A; 1R0C B; 4LN2 A; 2DM1 A; 1R0B G; 1IB8 A; 2KMT A; 1PHT A; 1ZSG A; 4BI3 A; 4OMM A; 2LMJ A; 2VXE A; 4IUV A; 1ZA1 B; 1OQK A; 3OYL A; 3KUF A; 4J9E A; 2C0I A; 5LJ5 g; 3SHW A; 3I5S A; 2P0P A; 2RHZ A; 1KC8 U; 4E47 A; 1XOV A; 3OS1 A; 3M0S A; 2DTO A; 3DLM A; 1VQ6 T; 3L1A A; 4IUR A; 1AHJ B; 4QT7 A; 3EHQ A; 4RTZ A; 3J80 E; 1UHC A; 2CZ6 B; 1MNE A; 2JNG A; 1YIT A; 2QQ9 A; 1MUZ A; 5KYW A; 1VQ9 Q; 2DMO A; 1AZG B; 1K9M C; 3CC2 A; 5L8R E; 3CXC A; 2DFU A; 2RF0 A; 2ZGW A; 3I55 T; 1Q86 R; 2OTJ Q; 1Q81 R; 1VIE A; 2D8H A; 1YFN A; 4PLL A; 2RHY A; 3AT1 B; 1AWX A; 5CAI A; 4C5H A; 4FYY B; 4BE1 A; 1ZX6 A; 1FX7 A; 2VUB A; 3OS2 A; 3JB9 G; 2FZC B; 2KVQ G; 1TSF A; 3JCM c; 2EKH A; 1RAD B; 2LTO A; 2EWN A; 2VV5 A; 4PNO A; 2JVV A; 3VRY A; 4IKF A; 2DTI A; 1VOM A; 2LDM A; 5GAN j; 2COY A; 2KYM A; 3TSW A; 3MEV A; 2IVW A; 2DRM A; 2CP6 A; 3OMC A; 1YIT T; 4RTW A; 5A0D A; 1SSH A; 1WDX A; 3CC2 T; 4K11 A; 5DLO A; 4C92 D; 2L0A A; 4N4G A; 3VS6 A; 2HSP A; 4OB0 B; 4C5I A; 1LCK A; 4LDV A; 3OBW A; 2MAM A; 1T3S A; 1Q86 U; 5GMK l; 3M57 A; 1Q81 U; 2ZPG B; 4PJO E; 2ZPH B; 3CPW S; 2OAW A; 1Y71 A; 1QQJ A; 5C6S A; 2C0T A; 3NHN A; 2XKO C; 3J81 E; 2A3L A; 4FT4 A; 3MHX A; 5I21 A; 3OYM A; 1I4K 1; 4C0G A; 5GAN h; 5IXF A; 5J26 A; 1Q7Y R; 1VQP Q; 1HXD A; 4XQ3 A; 1KD1 R; 1W2B P; 3HP9 A; 1TWB A; 2EGA A; 4E7J A; 4M7A A; 3EGX B; 2BTT A; 4PJO B; 5CIU A; 5GAN 7; 2E64 A; 3JCM J; 3RER A; 1ZBX A; 2FB7 A; 2KRO A; 2DJQ A; 3RMQ A; 2O88 A; 2DNU A; 1B34 A; 3OYH A; 1SHF A; 2EIF A; 1VUB A; 4AT1 B; 4LDY A; 3JCM W; 4FW2 A; 4OP0 A; 4O6J A; 3CD6 A; 1H92 A; 1M3A A; 2NLU A; 3OSV A; 4Y28 E; 2O4X B; 1VQ7 Q; 4M7A F; 3RMS A; 5HCK A; 2JUF A; 2QGF B; 1N9S A; 4JRK A; 3CXC S; 4EMK A; 1FMW A; 4HCK A; 1GBQ A; 2DVE A; 2M16 A; 3INZ A; 3NFC A; 1VQO A; 1HK9 A; 3Q1J A; 2QK0 A; 3GP8 A; 2HMA A; 4MDW A; 4YTL A; 1Q7Y U; 2YUO A; 5I11 A; 2GNC A; 1KD1 U; 4JLI A; 2V8J A; 2PU9 B; 3A8G B; 3S3O A; 4E7I A; 2DXC A; 5KYU B; 4M75 D; 5LJ3 d; 4DBR A; 3CD6 T; 2GQI A; 1D0X A; 1JXM A; 1WJR A; 4JLG A; 1XTD A; 3X24 B; 1FYN A; 2MK5 A; 2COW A; 1LVK A; 4LD9 K; 1QMC A; 1YJN A; 1PM3 A; 2K7A A; 4N0A A; 2FPD A; 4L59 A; 2HBP A; 2LT4 A; 3LGF A; 2JS2 A; 2VYT A; 4IUP A; 1D0Y A; 1OEB A; 3GNG A; 3QDR B; 2GGR A; 4KH0 B; 5LJ3 f; 3CCU A; 1QCN A; 3E2U A; 4JZ3 A; 2XK0 A; 3L42 A; 3L2Z A; 4RTV A; 1X6O A; 2JTM A; 2DIL A; 1A0N B; 3OMG A; 1VQO T; 3EFO B; 1K4U S; 1LOJ A; 2CZ0 B; 3NTH A; 1VQ8 A; 5GMK i; 1OZ2 A; 3PIP A; 5GAM h; 1TUD A; 2EYY A; 4XTX A; 2DTH A; 3HHT B; 2YUN A; 1G2B A; 1WHM A; 2P4T A; 3LWI A; 2RK2 A; 2P0K A; 4AG2 C; 2YUP A; 3UDC A; 4BDZ A; 4XTU A; 3OSS C; 1IGU A; 4HVV A; 1HSQ A; 3FJP A; 2J7I A; 1SEM A; 4M7D E; 1YJN T; 1QP3 A; 2DJZ A; 1Y07 A; 5GAN g; 4C92 G; 3H0F A; 4M7A C; 3EG2 A; 2MCN A; 4FCY A; 9ATC B; 3UA6 A; 2DAQ A; 1I1J A; 1X69 A; 4C8Q D; 3CCU T; 2VXF A; 2OTL Q; 1GL5 A; 4LNP A; 1VQK A; 3RES A; 5FU7 C; 3TRE A; 1Z9Q A; 2DD4 A; 1K9M R; 3OYY A; 4FT2 A; 2P84 A; 2MOX A; 5KYW B; 4OF1 A; 4HCB A; 1UGR B; 4M7D B; 2FO0 A; 1VQ8 T; 3QJY A; 5M9O A; 4F17 A; 3PVQ A; 3I56 A; 3QUI A; 2ESW A; 3MCA B; 2QI2 A; 3VUB A; 2L3S A; 1TS9 A; 3CCR A; 2HL3 A; 3EFS A; 4J5Y A; 2FZG B; 1RUW A; 1YIJ T; 1WFW A; 2J05 A; 1VQM A; 3CPF A; 2E70 A; 3OBY A; 3RKY A; 4EMK C; 3WXM B; 5KE3 A; 3JCM P; 2DIQ A; 4M78 G; 1EX4 A; 3G71 A; 2ABL A; 2X3X D; 4FYV B; 4UC4 A; 3JV3 A; 4M77 D; 1QVP A; 4B9X A; 2YDL A; 5DLQ E; 1KQS A; 2CT3 A; 1WXU A; 4OMF B; 1NE8 A; 2AIR B; 3VV0 A; 1H8K A; 2MYS A; 3A8O B; 1NPR A; 1PNJ A; 3JSC A; 4LD6 A; 1MHN A; 1VQK T; 2PVO B; 3EFR A; 2RI5 A; 4FSS A; 2M02 A; 4RG2 A; 2EQI A; 1WNL A; 4QW2 A; 2FEI A; 2FZK B; 3G7Z A; 2QAS A; 1Z9Z A; 2DYI A; 2BIV A; 4O5V A; 3CBM A; 2KBT A; 3E19 A; 1PWT A; 3ER0 A; 4XK8 E; 3VS7 A; 2E41 A; 3I56 T; 4KUI A; 1K9M U; 1WHH A; 4HVW A; 3CQT A; 2I0N A; 4N0A C; 3X26 B; 3CCR T; 1QW1 A; 1BU1 A; 2QQB A; 5CKD A; 1WHK A; 2KK4 A; 2EQM A; 4M7A E; 4BI8 B; 3TCJ A; 1VQM T; 4PFP A; 5KYX B; 2B86 A; 2K5L A; 3NTI A; 1WYX A; 2XMF A; 5LJ5 h; 3UAT A; 2KR3 A; 4C0F A; 3LH0 A; 3NPF A; 4ELZ C; 3CCS Q; 3OYF A; 3PFS A; 3G71 T; 1G5V A; 4IIM A; 2DL7 A; 3CCQ T; 5CQY A; 2QAZ A; 2EGE A; 2YSQ A; 3I35 A; 3MPU B; 4ELY C; 4KUL A; 1G3T A; 1UHF A; 2E5K A; 2G6F X; 2V1R A; 2DZ9 A; 4IUQ A; 3EGX A; 1TXQ A; 4PJO A; 3H0H A; 3KFV A; 1FWZ A; 1E6G A; 4DQ2 A; 2FYK A; 2KI7 A; 4DOV A; 1YWP A; 3OYI A; 1NM7 A; 5A0G A; 3OYD A; 3EG1 A; 5GAM g; 3SDZ A; 5KCO A; 1QVF A; 5GAN 4; 2HNI A; 1S72 Q; 2M1H A; 4HCC A; 1YJ9 Q; 5FU7 B; 2DXB A; 3WVE B; 2CGH A; 2LP5 A; 1QVF P; 2JM9 A; 3SWN B; 1E6H A; 1YCY A; 4PJJ A; 5IHN A; 2ENM A; 2PZ1 A; 1B3Q A; 2O4X A; 2E6N A; 2GTO A; 3HKS A; 2A37 A; 4PJO F; 4F7U G; 4E7K A; 2QQR A; 4HKE A; 1IGQ A; 3CCM Q; 1VYU A; 4KGX B; 1RAE B; 2DKG A; 2FPF A; 2KAF A; 4ZN3 A; 2RJD A; 1UTI A; 4A4E A; 4CRI A; 2X3W D; 3PMI A; 2OJ2 A; 3LW5 E; 2LX7 A; 4KH1 B; 1OX8 A; 1X6G A; 2LCL A; 2MIO A; 1AWO A; 1Y57 A; 3G6E A; 2LVM A; 3OS0 A; 4BAC A; 3VS4 A; 1HJD A; 2EYQ A; 1JJ2 A; 2QEX A; 5A2Q E; 5IT9 E; 2RQR A; 4ATO A; 5KYN A; 3QDF A; 4PFO A; 5GAN 3; 4LXC A; 1JJ2 P; 5KYU A; 3NTK A; 3M5A A; 2K3B A; 2LCC A; 5LJ3 j; 4VUB A; 4OMN A; 2PVG B; 4LE9 A; 4C8Q G; 1PD1 A; 1H3Z A; 4R56 A; 3LWH A; 3M56 A; 2MPX C; 4OVA A; 5KYY B; 3M4G A; 4RTY A; 1Q82 C; 3M53 A; 4DBH A; 4AFU C; 4J9H A; 3QWY A; 3QYH B; 5GMK e; 1WPY A; 1V76 A; 4J9B A; 3JCM h; 2JMA A; 4PK4 A; 1PSF A; 2CT4 A; 2L3R A; 3A5Z B; 2HQX A; 1BYM A; 3EFO A; 2E65 A; 3QPH A; 3CBO A; 3V7S A; 1IRE B; 2IPO B; 1I0C A; 3G6E T; 1K76 A; 2DBK A; 2DVJ A; 4E2F B; 3M0P A; 4J6Y A; 5FU6 B; 1UDL A; 2QEX T; 1KG1 A; 1SSF A; 1X01 A; 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