1S72N

Refined crystal structure of the haloarcula marismortui large ribosomal subunit at 2.4 angstrom resolution
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title The Roles of Ribosomal Proteins in the Structure, Assembly and Evolution of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 52
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1s72N00
3DLLL 1OVYA 1Q7YO 1QVGM 1S72N 1VQ4N 3CD6N 3CF5L 1ILYA 1K73O 1VQ7N 3CCRN 3OW2M 5MLCQ 1YHQN 1YJ9N 1W2BM 1Q86O 2ZJRL 1VQ6N 4WFBL 3CCUN 1YIJN 1Q81O 1NJIO 3PIOL 4IO9L 1Q82O 5DM7L 2OTLN 2QA4N 3G4SN 5HL7L 3CCVN 3G71N 1VQPN 1M90O 1JJ2M 4IOAL 1N8RO 1VQLN 1KC8O 1VQ8N 1K8AO 1K9MO 2ZJPL 4WF9L 1VQON 4WFAL 5H1SQ 1KQSM 3CCLN 1VQ5N 1KD1O 5DM6L 3CCSN 5GAGP 3CMEN 3CXCM 3CCJN 1QVFM 3CCEN 2ZJQL 3CCQN 1YJNN 5GADP 1YITN 4U67L 5JVGL 1YI2N 2OTJN 3I56N 1M1KO 3PIPL 5GAEP 4IOCL 3I55N 3CC4N 3G6EN 3J7ZO 3CC2N 3CPWM 4WCEL 1VQMN 2QEXN 3CCMN 5GAHP 4WFNL 5JVHL 1VQKN 3CC7N 3CMAN 1YJWN 4UY8O 1VQ9N 1VQNN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TKTA 3KVGA 3VQ7A 3NVMA 4OPJA 4L8RB 4IEEA 4HCCA 3DLRA 2E6MA 2Z1JA 5SWMA 2HHTA 3ZT3A 4NCGA 3VQPA 3MCAB 3VPZA 2NRZA 2V7ZA 4I6MA 2G8WA 3F9KA 4AQYK 4LF8K 3ZT1A 4BRLA 1HX1A 4C8NA 1OH5A 1HYSA 3CJ1A 1YUWA 4FJLA 3A8YA 3CJCA 3HXMA 3G25A 1KLNA 4HUFA 4A59A 4FJIA 5M1QA 3HM8A 2KLAA 4CHYA 3RMCA 1A5WA 1I39A 3O6WA 5HRNA 2HBMA 2BUPA 1SL0A 4K25A 3KWIA 1KAYA 4CHOA 4CGFA 5AR0A 4Q0BA 4AHSA 1J9AA 3L4IA 4YNQA 3E01A 4OGCA 3VQBA 4JNEA 4CCHA 1U2VA 1YXQA 3P5JA 3HVRA 2PFUA 5IWAK 3QERA 4Z94A 4B9NA 2HHWA 3UIQA 2E2NA 1WSJA 2DPNA 3I0SA 3R3LA 1JXBA 4BR5A 3EYZA 2F8TA 1KLMA 1WSIA 3H08A 1JLGA 1B9DA 3FE1A 4CZIA 5GADP 2YNFA 1XC9A 4DWIA 1GLJO 2HNYA 3J81O 5JVGL 4CJSA 5AQRA 1ZBHA 3VTIA 4IO8A 4NXMK 5C24A 1S1VA 4M3RA 3AVFA 1WN7A 2I5JA 3UKRB 2E8AA 4DKWA 3ZX0A 5C15A 4A5AA 4ID5A 5M1OA 3CC2N 3A0IX 4LH5A 1QTMA 4IG0A 4PUOA 4CGGA 3AA5X 4ID1A 4WQ4C 3O3FA 3WNEA 2QWLA 2ASMA 3QEXA 2OPPA 2FC0A 4CZMA 4M42A 4CBWA 3AA3A 4BGAA 3KKSA 5AFUA 5HRPA 2A1RA 1XHXA 3AVIA 4KB0A 5JS1A 4FL9A 1HRHA 4BRNA 4DTRA 3QBWA 2YHWA 3TAQA 3MN7A 4FYDA 3C7NA 3DXMA 2WC9A 1YF5L 4QS9A 5E26A 3UKUA 5MLCQ 1YJ9N 4DV7K 4B3TK 2HOEA 1FK9A 3FR0A 3SAHA 1YIJN 1NJIO 4Z4FA 5FPDA 4BRCA 2Q2RA 4DV5K 2HNZA 2E6LA 3O3GA 1J6ZA 1RTHA 1RDCA 4XH5A 2O4IA 5I42A 1TUUA 1KCFA 3K5MA 3HO1A 1X3MA 4O44A 1REVA 1ZBSA 2HBLA 1N5YA 3NGIA 4BQLA 4JKGB 1YT3A 4O8UA 3LDPA 4IJAA 3VQ4A 3CFPA 1LWFA 2GWKA 4ELUA 3O1WA 4GVMA 5HOOA 1S3XA 2P9UA 1NJXA 5DM6L 1W0HA 4DSKA 4K42A 4CEZA 1GLDG 4RCHA 3WEEB 2B6AA 5A2QO 1QVFM 2UXCK 3ZSOA 4K0KK 4FWQA 2O8DA 4DQSA 4LD0A 3VQAA 1SUQA 5BR8K 3K58A 3EZWA 4IXCA 4CZJA 3V9XA 3I56N 4Z4GA 3PIPL 4O4GA 2QM1A 2IC3A 4W5QA 1LV5A 1MA9B 4KRFA 2Z1HA 1NG9A 1RT3A 1TK8A 5AQNA 1KVBA 4CF2A 3NAEA 5CHIA 4N5SA 3BF3A 1BA0A 3NE6A 4B8CA 1OH6A 3CC7N 3HYFA 1C0UA 4CHQA 1RTIA 4QS7A 2O8CB 4MLHA 1CXUA 5FRMA 4E1NA 3ENBA 4PKIA 3KD5E 5AQQA 4BDPA 1VQ4N 3HK2A 3TTDA 5KGWA 1OVQA 3ZEUB 4C8LA 4LFAK 1BCMA 3SBGA 4CIEA 3TAMA 4BVPA 3O3HA 1EO1A 3SAFA 2XRIA 5KQ8A 4IFVA 2PYJA 2NRTA 3WXKA 1C6VA 1DT9A 1WUAA 2OTLN 4JI1K 4Z4IA 3HPOA 2QA4N 3O80A 4IFYA 3ENHA 3M8SA 3PLAA 4BR4A 1RDBA 1VSJA 4DUZK 5CZ2A 4H03B 1JJ2M 1RT2A 2QWOA 1IG9A 2LSNA 1JL2A 3LWMA 4DV0K 2YJEA 4DTXA 4DQQA 2Z1GA 4DTSA 3MWPA 4JD2A 4DSIA 2DFHA 4RTFD 5D3GA 2HVHA 2R7YA 4RG8A 5AFUH 1HJOA 4IG3A 2D0PA 3WXMB 2VCPA 3TR8A 3KLGA 1KD1O 1IKXA 4M3TA 3OYNA 3CHWA 3EEQA 4DFJA 5JICA 1NGJA 2D0AA 3RSEB 3VGLA 4CW7B 2E1YA 3JAMO 4HHTA 3JS6A 3HL8A 3NH0A 3NFAA 3LAKA 2P9NA 3G6EN 4YHHK 3KWGA 3QICA 4E1MA 4NB4A 1VQMN 1UOCA 4E89A 3ENOA 1OH7A 1WAJA 5GAHP 3DLHA 1NMDA 3CQYA 3OYBA 3RMAA 3WXLA 3ZYYX 1TGOA 3K9JA 3NMUA 2YNHA 4N76A 3OY9A 1WSGA 1GOCA 1X3NA 2VQFK 4J2AA 4FJ9A 1T03A 3ZSZA 5T7BA 4BC5A 3C6UA 1QQOA 3ZETB 4CZEA 1BHLA 2CGJA 2F8SA 2ITGA 1YHQN 2IVOA 4NLBA 4FM0A 4E7KA 4LY7A 1Q86O 2P9KA 3QIPA 3L3VA 5CY4A 5AQGA 3IUCA 3O9TA 3SQ4A 1VAZA 4DLEA 4IO9L 3OYMA 2OANA 3L8BA 4BG8A 3CJ7A 4N56A 3AA4A 4CJ4A 4JHDB 4LC9B 2D4WA 4CEFA 3PV8A 3QESA 1RCHA 3SV4A 1MU2A 1SL2A 3O08A 4BG9A 3D0PA 1VSHA 1F21A 1KXPA 4TSXA 2A5XA 4KTZA 4DTOA 2WUSA 2P9LA 1TAUA 4DLGA 3HP6A 3THWA 1RDUA 1ESVA 1XQSC 3R1XA 3SMSA 3K5LA 2D0CA 3D45A 4CJ7A 3HT3A 3DRRA 3CCSN 3VA3A 3MCPA 1Z05A 3K2PA 3CXCM 3CCJN 2ZJQL 4CECA 1K6YA 3L2VA 4KHYA 4WQ5C 4A62A 3EO3A 1RTJA 1YI2N 4F9OA 1GLCG 1SQKA 4M45A 4KAZA 3MXJA 2YKMA 3EE9A 3T7ZA 3RVCA 4FJ5A 4BRPA 1NWKA 3O4NA 4BROA 4ILHA 2KW4A 3V6DA 3V9SA 5JLHA 5GIOA 3ID6A 5FPEA 1CLQA 4DFPA 3OYFA 3ZLJA 4YORA 3AO1A 3NF9A 4QAGA 1XHZA 1NGCA 5BPNA 1X9WA 4E7JA 3VQDA 3V4IA 1VQKN 3CG7A 3CMAN 3ZX3A 3LM2A 3NCIA 2PZSA 2UUBK 3R9PA 3ULEB 3DLLL 3SK3A 3ASMA 3QEVA 3BZKA 3VQ8A 1ATNA 3PX0A 1QVGM 1BISA 1S1XA 1QQNA 2WOMA 3NGZA 3CD6N 4GV6A 4DU3A 2XY5A 4BR9A 4F3OA 4OJRA 1IBMK 1T05A 1D9DA 4BRQA 2OPSA 4JI0K 3MN9A 3IAYA 3P4IA 3SQ2A 3WXJA 3BP8A 2DY4A 1K8KB 2YI1A 3MEGA 4WQ4A 4FO0A 2QWNA 2VGNA 4X64K 4LF7K 3SJJA 2P9SA 3SUPA 1KAZA 1BA1A 4BC4A 3C0BA 4OPKA 3E9LA 4PKHA 3VN5A 1XC3A 4BRFA 4JKBA 3M5RA 2OA8A 2Q3SA 1L3SA 5KPZA 4AHTA 2FXUA 3DOKA 1C0MA 2JWKA 3CM5A 5AQTA 4CF1A 4FJJA 1NLVA 3K5NA 4KH6A 4OKEA 1NK6A 3ZT2A 1S1TA 2WTUA 4E1JA 5J1EA 1ZXOA 1WAFA 3HOTA 3WQTA 3AVMA 4JS4A 5CYQA 4DV1K 1HYVA 3ZSRA 1RDWX 2GBZA 5DMRA 2Z1IA 5LMUK 5AJ3K 4E7IA 3TSQA 1JCGA 5TKWA 5LY3A 4I2QA 5AQSA 4HCBA 3THXB 3V9ZA 3O4QA 4CHPA 4M3XA 3THYB 3ZCMA 2BDPA 4K43A 1D4XA 1KAXA 3CI5A 4DTPA 3ISNC 4GVEA 4AF1A 4M7YA 1T44A 2IAJA 3P1GA 3AY9A 4IBNA 4W5TA 1NGGA 1OVYA 4H0XB 3AO4A 4JRQA 4B9TA 4BQZA 2HHHK 1N6QA 3HP9A 1QHTA 3VENA 3WT0A 1QZ5A 3CF5L 1NK8A 4DHYA 3LDSA 1GOAA 1HNVA 1T3VA 3UKRA 2PY5A 2VGMA 3LPTA 2QXFA 3U6FA 4CERA 4CBUA 1RBVA 3SMPA 3OS1A 3QFUA 4B3SK 5I9EB 3OS2A 4PQUA 4KKOA 4JI6K 4B9LA 1YAGA 5JLFA 4CZKA 1TL3A 2F9TA 4OPHA 1NU0A 1RT6A 1YTAA 5AQOA 3C6HA 1M90O 2NRHA 4AM6A 5TKYA 3OA9A 2BTFA 4EP5A 3NGYA 3QLHA 1L3UA 2YHXA 4HUGA 1NKCA 4KHUA 4FJHA 4CJVA 4BDZA 3IRXA 3KJVA 3D2EB 4KHNA 1ASVA 4CZHA 1ASWA 4OO1J 3O9UA 4ICLA 3BF1A 3KZBA 1G99A 2GTDA 1DEJA 1GLEG 1E3MA 3U8XA 3GOIA 4GKKK 3VQ9A 1SKSA 4JS5A 4M3ZA 1I3AA 3G10A 3T3FA 3HZ6A 2UYTA 1CZAN 3AARA 5AZJB 4LF9K 1B92A 4JKGA 4AHCA 1ZYQA 3WQUA 2JGUA 3O9RA 5M1FA 1VRTA 3WXIA 4DFKA 2VG5A 5KGXA 3A2FA 4DR2K 3H1VX 3LL3A 3H6EA 4EZ9A 4DQRA 1N33K 5HLFA 1VSDA 3RTVA 3M1FA 4LFBK 3PX4A 4LH4A 3N4PA 1VQ9N 3WEEA 3QEIA 4FZYA 2Q36A 3T19A 5C2FA 2VG7A 3IG1A 3SLCA 5BRFA 3KK3A 4DR4K 4CJRA 4KHQA 4DS4A 4H5WA 1NOYA 3AVLA 3V81A 4B3MK 1LW2A 1VQ7N 4NXNK 3O8MA 3A5NC 3LZJA 2WBNA 4CK2A 1JLEA 3FZHA 3J7YP 3J7AP 3P38A 3FLCO 3QBXA 3GDQA 3TAGA 2PBDA 2X74A 3DYAA 2D0BA 5DM7L 2O8CA 2FSNA 4GV3A 2F4VK 3TAEA 4EHUA 3OHRA 4BWJA 3QDKA 2AP1A 3HTVA 3TWHA 5HL7L 5GIPA 3ZEUA 3EE8A 3TI0A 1YVNA 2HNDA 1YVUA 1D9FA 4U7BA 4B1WB 1KC8O 1UA0A 4YOYA 3EKUA 4FVUA 1LAWA 1GOBA 1VQON 1HQEA 4W5RA 5J2NA 5M1KA 4IKFA 3AV9A 4X66K 1KQSM 1NGBA 4PA1A 4ZHRA 1X9JA 4J2EA 2FLOA 4EHTA 3GE1A 1E4GT 1IO2A 2HHXA 3CCEN 3L2QA 2QWPA 4BDYA 3AGKA 4Z0UA 3K0SA 5KTQA 1HR0K 4Y1CA 1BWFO 2E2PA 4DTNA 4X62K 2B5JA 5HROA 1XNRK 3CYMA 3H1QA 4BRMA 4JI2K 3MEEA 2YHBA 3RMDA 4O0IA 2YV0X 4CJWA 2KTQA 4FK0A 4HWIA 3LDNA 2F7TA 4KHPK 4A5BA 5HP1A 2F9WA 1U2VB 4CJEA 4KFBA 4BC3A 4WQ5A 4ILJA 4CGDA 4ILGB 3RSEA 4KH5A 4GKJK 3FFIA 3LM9A 4F2SA 4F4KA 4JAXA 1NK9A 1C1AA 4BRDA 4WYBA 3LWLA 4FJXA 1TKZA 4LF6K 1CXQA 3AVNA 2ITMA 1DTTA 4CJ3A 1G15A 2VG6A 4NCBA 3SCXA 3HM9A 3OYLA 3F5TA 5M1PA 1NK0A 3RRGA 4YOTA 4AILC 1TKDA 3PIOL 5LMNK 3EL2A 2PAVA 3DOLA 2ZM6K 1BIUA 3KIOA 4N47A 1T6CA 1VQPN 4IOAL 1BUPA 3ZETA 3QIOA 1N8RO 3L2WA 3VQEA 2H3GX 4JK9A 3OYKA 2Q0RA 1WBBA 3AVJA 1K8AO 1VQ8N 4M3UA 4F3TA 3LDQA 4A61A 2Y1IA 4EAHD 3C6AA 2RF2A 4HTLA 5AQJA 5F1XA 2OZMA 4PL8A 4FWMA 2QI2A 1DLOA 5GINA 4JHDA 5C12A 5KPTA 3L2UA 1WSFA 2Q1NA 1S5JA 1S6QA 1NK7A 3GL1A 4R79A 4C8OA 4A2AA 4CJTA 1HJRA 1NK5A 2NRRA 3TAPA 2QWRA 2NUBA 5AQMA 4DR3K 4DR7K 1TV6A 4H0VB 4CFAA 2GUPA 4FM2A 4H0OA 5AZIB 2O8EA 2UXDK 1VHXA 1NNEA 5C0YA 1FKPA 3QEPA 4FJ7A 2Y1JA 3U3YA 1QS4A 1QHAA 2ASPA 5EU7A 4J2DA 5JVHL 1HNXK 4FPBA 3ID8A 3D7EO 1ZC6A 1A5XA 4XEIA 2HHQA 1RGIA 3EKSA 3V9UA 3I8DA 1U45A 1S1WA 1WSHA 2V7YA 1RDDA 4OGEA 3Q7CA 4OPAA 3LP3A 2NRXA 3V1RA 1K73O 3BGRA 1HKCA 3CCRN 4FLWA 4FJKA 3OW2M 1R59O 3T1HK 3SUOA 1JLAA 1ZBUA 4I9LA 2ZJRL 4CF0A 1U6ZA 3T1YK 4PWDA 3SAGA 4KHSA 3OBYA 2ZF5O 4YDUC 5EX5A 3I8BA 2XO7A 4H5VA 3OVNA 3E1YA 4M7XA 4CEBA 5I3UA 4AHUA 4ISEA 3O5BA 3QNNA 1NJWA 3HPGA 2P9IB 1Z25A 1J54A 4FLXA 3K57A 1Z26A 1LCUA 3CIPA 1TK0A 2G8UA 4KTWA 3MWTA 2OCEA 3DXKB 1JLFA 4XIUA 2ZJPL 1IJJA 1K8KA 5KRSA 4QOZB 3J8AA 5C42A 1HPZA 3K9KA 2KZZA 4DR5K 4W5NA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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