1S72N

Refined crystal structure of the haloarcula marismortui large ribosomal subunit at 2.4 angstrom resolution
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Roles of Ribosomal Proteins in the Structure, Assembly and Evolution of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
molecule tags Ribosome
total genus 52
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1s72N00
3CMEN 2QA4N 1Q81O 1KD1O 2QEXN 5DM6L 1KQSM 3G6EN 3CPWM 1VQNN 1W2BM 5GAGP 2OTLN 3J7ZO 1VQ5N 4WFNL 3CCMN 4IO9L 1VQKN 4U67L 4WFAL 1JJ2M 3CF5L 1Q86O 1M1KO 1VQPN 1YHQN 1YITN 4UY8O 1S72N 1QVFM 2ZJRL 1YJNN 4WFBL 1VQLN 4IOAL 3CCLN 1YI2N 1VQ9N 5JVGL 1VQ7N 1KC8O 1Q7YO 5GAEP 1VQ6N 1VQ4N 1N8RO 3I55N 4WCEL 1VQMN 3CMAN 3CC4N 1K8AO 3CCSN 3CC2N 3CCEN 5GAHP 1YIJN 3CC7N 1YJWN 3OW2M 1QVGM 5MLCQ 1NJIO 3I56N 1YJ9N 4IOCL 2OTJN 3G71N 1ILYA 1VQON 5HL7L 3CCRN 3CXCM 3CCJN 5H1SQ 3CCQN 3CD6N 1VQ8N 3PIOL 4WF9L 5JVHL 2ZJQL 1M90O 2ZJPL 3PIPL 5DM7L 3CCVN 1OVYA 3CCUN 3G4SN 5GADP 1K73O 1Q82O 3DLLL 1K9MO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZT1A 2F96A 1BOTO 3B6PA 4DV7K 3AAPA 4DU4A 5M1FA 4LFBK 1NGHA 3TSUA 3I8BA 4FJ5A 4Q5VA 3M1FA 3AO2A 1VSJA 4N41A 4CEEA 5AQJA 1W2BM 3PSIA 4BR9A 3AVIA 1E3MA 1U2VB 2XHBA 4CW7B 4JI4K 5KPTA 4JK9A 5DK5A 3BF3A 3SPYA 1VQ5N 4DTNA 1UA0A 4X65K 4DB3A 1HQEA 2E8AA 4B1ZA 1ITGA 2X6SA 2DFEA 1BO5O 1GLEG 2B6AA 3LAMA 4B08A 4M3RA 3QIOA 4DQ8A 1VQLN 1OH7A 4IXCA 4W5QA 5LMNK 4M3YA 3TI0A 3UIQA 4KAZA 4CE9A 5C10A 4E0DA 4DV1K 3LWMA 1TYQA 4CCHA 4CJ7A 3QLHA 1XHXA 2QXFA 3S41A 4WCEL 4E89A 2P51A 4N56A 2Q0UA 1N36K 2WFBA 1HYSA 4H0XB 3AA4A 3NF9A 1NJZA 3NF6A 4EHUA 3OW2M 4C8LA 2WBNA 5HBMA 2E20A 3MECA 3WT0A 5M1NA 3BDPA 1I3AA 2KLAA 1T8EA 3HSTB 4FWRA 2UUBK 1TK8A 3H1QA 3CD6N 1TYQB 4CJPA 4X62K 1NMDA 5CHIA 4CBUA 5CYMA 5F1XA 3P39A 4M3XA 2ASPA 1GLJO 3MCAB 4YOUA 4DSFA 1OVYA 3G4SN 4C8MA 2GEMA 2G8KA 3R8EA 1WSEA 4BRLA 1K73O 1C1AA 1VRUA 4Z4HA 4FM1A 5B8HA 3NF7A 4ZHRA 1UWBA 2W40A 4R5PA 2OZSA 1W97L 3U3GA 5J2MA 1ASWA 1BCMA 1RTDA 1ATSA 3AVBA 3HK2A 4KTZA 5SZTA 3DXKA 1HKBA 4BVPA 2HHWA 4BE2A 4Z4IA 5A2QO 3LL3A 5AFUH 5AQIA 3NE6A 1ESVA 4O5BA 3SJJA 2KHOA 3KLGA 2NRHA 4KPYA 5KPZA 1NKCA 4DV2K 5AQVA 3VF2A 4CZJA 1KAYA 4BROA 4CJQA 3VQ7A 4HHTA 4WFAL 1S9EA 4PKHA 1J6ZA 3WQUA 4DTPA 4KV8A 4ISGA 2HHUA 4N76A 4FK2A 2YNHA 2IDOA 1ZC6A 4JKAA 3O4NA 1DT9A 4BRIA 1X9SA 2D0PA 4CGIA 1N6QA 3DXKB 3OS0A 2ITGA 2XY6A 1KVBA 3F9KA 3CFPA 1Q7YO 2NLXA 4FZZA 1RDAA 2I5JA 5C25A 2QKKA 5HOOA 3N4PA 1P8ZA 2YCHA 5BPNA 2HBLA 4H0TB 3CC4N 4B1VA 1DTTA 3AGKA 4A57A 3OYNA 2V7YA 1QZ6A 3QDKA 4CFCA 3AO3A 1R0AA 1DKGD 5HRRA 2FC0A 3TAEA 1TK5A 2NRVA 1QSSA 4ISFA 3V6DA 5AQYA 3NBPA 1LWCA 3HSCA 3AVAA 1IO2A 4B9QA 3HXMA 1XWLA 3LZIA 1NM1A 3O80A 2YV0X 3DAWA 2IVNA 2UUCK 3J80O 3ZX3A 1J54A 1UA1A 5AFUA 2KFZA 4AILC 3VQPA 4CZLA 3WXMB 1Q9XA 4H4OA 2JLEA 5BR9A 4M42A 3WXJA 3VERA 1QE1A 1JLBA 3LDPA 3OYLA 2O8FA 4CGDA 3ZSWA 5M1OA 5KTQA 4CGJA 3FZFA 3SBTA 4FXDA 1V4SA 2FBYA 2Q0RA 2QWPA 3I0RA 1X9WA 3BGRA 1IG8A 4M7XA 4BY9C 1ZBFA 1IBKK 2DFHA 2WC9A 4KHQA 5KQ8A 3KWIA 4WFNL 2G8IA 3WEEA 3THXB 4DG1A 3EKUA 4EZ6A 1NGIA 5BRFA 1J5EK 5D3GA 4B9UA 3VGMA 3RR8A 3MDQA 1YJNN 4WFBL 4DQQA 1BA1A 2FF3B 3PLAA 2O8CA 1IKXA 1Q18A 5AQSA 4BRDA 2O8FB 3N4QA 3AVJA 3DMJA 2YNGA 4GKJK 3ULDA 4H5WA 4B3RK 3ISNC 1CZAN 4BC4A 5AQXA 1C1CA 4EP4A 1C6VA 1CZ9A 3PO5A 3CCSN 3WEEB 3CC2N 4H0OA 3E9LA 3ZSOA 4RCHA 4FLTA 4DU1A 2HHSA 3A8YA 3IS9A 2VG6A 3I0SA 1D9FA 4B9SA 2KW4A 3SUPA 1HPMA 2O8CB 3T7ZA 3TSPA 4YHHK 1ILYA 3CM6A 4FW2A 4DR7K 4M41A 5H1SQ 2GV9A 1YVUA 2Z1IA 2YNIA 5TKWA 1RTIA 3TANA 1YXQA 2WOMA 1RDCA 5AQQA 4B3TK 3H1VX 4K25A 2FXUA 4OPAA 3LM9A 3U6FA 1HKCA 4CK3A 4CJ5A 4I7FA 4IOXA 4CIEA 3PIPL 2QI2A 4GW6A 3K57A 4WQ5C 4LF5K 5EY4A 3QEIA 4YOWA 4YOYA 3SAFA 3THVA 4JI0K 3U3YA 3OYEA 1K9MO 4DCHA 4KHUA 4N5SA 1NOZA 1NG9A 5HRNA 3F2KA 5AQFA 4PA1A 3IUCA 1T6CA 4BGBA 4LH5A 4I2PA 1DGKN 4O5FA 2YJEA 1IV0A 2E2QA 4DFMA 4Z4CA 3SQ0A 4FOEA 1SUQA 4H0PA 4H0YB 3AAQA 5DM6L 3CPWM 2O4IA 2F8TA 1RNHA 1B9DA 4FM2A 3QO9A 2D5RA 4Y1DA 1U47A 4OPKA 4DFKA 4AM7A 4W5OA 5HP1A 2CH6A 3KZBA 3L8BA 2QK9A 1QQOA 4LY7A 5AQUA 3OHRA 1JJ2M 3PY8A 3TWHA 1M1KO 1YAGA 1VQPN 3MMVA 1P90A 4UY8O 1VSDA 4JN4A 4B9NA 1VSEA 3A5LC 2GTDA 3F9MA 3DYAA 5JVGL 4KHPK 1WN7A 4E1MA 1HKGA 1ZBLA 1RILA 4BWJA 4YNQA 1SZ2A 2Q97A 2YX6A 4HTUA 3HO1A 3MEDA 2P9KB 4FLZA 4BVOA 4PL8A 3VGKA 2D1KA 4HWIA 5AQLA 3VEOA 1IKVA 3ZSQA 4FW1A 1Z25A 4NO7A 1ZBSA 3BF1A 4F9OA 1RT6A 2ZGZA 4BR5A 1SL1A 5JICA 3CC7N 3VPZA 1YJWN 3LP3A 4U7BA 2HBJA 4V19S 3ZT0A 1KFSA 4ISEA 4A62A 4FZYA 4A5AA 1WAFA 3ZSYA 1T44A 2JWLA 4OJRA 2NRTA 3QEVA 1L5UA 4O0IA 3KK7A 3QIPA 2KZZA 2D0AA 4WYBA 2OPQA 2AP1A 2B5JA 4JLHA 1U6ZA 4DSKA 1GOCA 1NGAA 4ILHA 1NJWA 2E2OA 4LSLA 2GWJA 3H45C 1NWKA 1NBWA 2VYPA 3SI6A 5BREA 1OH6A 4PQUA 2KFNA 3U4LA 3KKSA 2NRWA 3CFRA 3AARA 3J7ZO 1NJYA 4YOTA 4BR7A 2IVPA 1QQMA 4CZGA 5M1KA 2HVHA 1VSFA 1BA0A 2P9SA 2YHAA 4CF8A 1YUWA 1EETA 1VSHA 2Q1NA 3FGUA 1VQ9N 2G8FA 4KTQA 1B9FA 4FWNA 3NAEA 3AVGA 4KB1A 1KC8O 3HVRA 3KLEA 3CG7A 1VQ4N 1KVAA 4OO1J 2QWQA 4CK2A 3KD5E 4IEIA 4PHTX 1FJGK 1RDBA 3KLHA 1X1PA 3C7NA 1JLAA 2KZMA 4FJKA 2P9SB 4BR0A 2G8HA 3V9SA 2A1SA 4YDUC 4NCGA 1N33K 4B3MK 3S3MA 4ELUA 5C2DA 4Z94A 3TABA 1RT3A 1VSIA 4QS7A 4FLVA 3NDKA 4CJLA 1FXXA 5I9EB 3QINA 1WB9A 4NB4A 1EXQA 3C94A 2UXCK 2E1ZA 2QWOA 1RFQA 3OYJA 1ATNA 1KFDA 1N32K 3LDSA 1ATRA 3SK3A 3ALYA 1NK9A 3C7NB 4KI4A 3O6WA 3RRGA 4JKBA 1HNVA 4CF0A 4KHSA 4H0VB 4B8AB 1Q82O 1KLMA 4A2BA 2O8EA 4KH4A 4JI1K 2NZTA 4NXMK 4CEBA 1U04A 3MEEA 3E9OA 4MDBA 2G8UA 5C24A 4W5RA 3R1XA 4WQ4A 5DMRA 4BRCA 3AVFA 3KWGA 4A61A 1C1BA 3QETA 4M3WA 5GAGP 2A40A 3MN9A 4NCBA 2RE2A 3VESA 4JI7K 3VEXA 5E41A 2ZWHA 4E7JA 3HZ6A 4FWQA 1VAZA 1NGGA 1TKZA 4GMJB 2E2PA 4JKFA 2O8EB 3CF5L 3HL8A 4CZEA 1F21A 1S72N 1G99A 4BC2A 3J81O 2ZJRL 2YHYA 5EOYA 3ZX0A 1NNEA 4LH4A 3OYDA 3U8XA 1W7AA 1VQ7N 2FSKA 4DV4K 4CD3A 5JLHA 3OYKA 3ZEUA 2IOCA 3CHWA 4C8NA 2V51B 4C1NK 3M8PA 1BWFO 5C12A 4FJJA 3HPGA 1DEJA 2YKMA 5BRHA 4LF6K 3A5MC 1TAUA 1BDGA 3CM5A 3O1BA 3OA9A 5FPEA 4BRKA 1I94K 2UUAK 1WSGA 4PKIA 4BRQA 4HUEA 2FBTA 5CR4A 3AA2A 4KFBA 4AF1A 2DY4A 4DR2K 4B8CA 3VN5A 4F3OA 4IWVA 1Z26A 1BHLA 4LD0A 3V4IA 1WBBA 4CZFA 2ATQA 3O9SA 1TUYA 3AVHA 1NOYA 3ZEUB 2Z1JA 4BREA 2FSJA 1TKXA 1Y64A 2A5XA 1RDWX 4ILGB 5AQPA 2XY7A 3QMLA 3M6GA 3KHYA 3OYAA 1T6DA 3CQ8A 1YVNA 2O8DA 3TAGA 3RMDA 3U9DA 1NKBA 2ZF5O 3CJAA 2QM1A 4DV3K 1NJXA 4DWIA 2E1YA 1TK0A 4I9LA 1KCFA 1IBMK 1SL0A 3L2UA 2HHTA 1TL3A 2O8BA 3HP9A 3HOSA 4CGGA 3IAYA 1HMVA 3THYA 4H8KA 1O1WA 3ZETA 4NYFA 2HB5A 5LL6Z 1XI1A 3DRPA 1HR0K 2UXDK 1U49A 3QNNA 3LPTA 1ASVA 1Q86O 4CEZA 3SMSA 3TR8A 2F9WA 3VF6A 3V9WA 4JI3K 1S1VA 1YI2N 2CGLA 2A42A 3WUHA 1IKYA 1C0TA 3CQXA 3KK2A 1NK8A 2O8BB 5FPDA 4H5VA 4DR6K 3TAQA 4ELVA 5C15A 1WNSA 3NVKA 2Z1HA 3WNEA 3NH0A 3THYB 1SKSA 1KSPA 3ZETB 3AO5A 3TSQA 3K2PA 2XRIA 3KK3A 3THWA 1RBVA 4BWMA 4PUOA 1VSLA 1JCGA 2BANA 2P1JA 3SV4A 4C23A 4J2EA 4LFAK 3NFAA 4AHUA 1MWKA 3GOIA 4BRPA 2VG7A 3DRSA 2OTJN 4DTMA 3K5OA 1VQON 1HNZK 3WXKA 1KXPA 2DFFA 3CPEA 3T1HK 2G8WA 2A3ZA 4OVLA 1SAZA 4QAGA 3A5NC 1XNQK 4OGCA 4ICLA 3VA3A 1M90O 4CEAA 1D9DA 3WQTA 5KI6A 3LP0A 4BG8A 4CJFA 4DTUA 2QWMA 4CFAA 1TV6A 4DR1K 1MU2A 4H5RA 3AY9A 4JK8A 4DR5K 4EHTA 1MWMA 1LW2A 3TAMA 1KD1O 3IFRA 3BUZB 4CECA 1W9HA 4CHOA 1C0UA 4WE1A 3QEXA 3FZKA 3O9RA 2Q3SA 3AVCA 3ENOA 5FDLA 2GWKA 2DTUA 4IZ9A 3P4IA 2HMPA 4FJ7A 1ZBHA 4U67L 2ASOA 2KTQA 1EWQA 5CYQA 4W5TA 4A5BA 1YHQN 3VEZA 3K5LA 3KKRA 3JAMO 3CCLN 3K9KA 3G25A 2AJQA 1WSIA 3MX5A 1NLVA 1N34K 4PY5A 1NGJA 4FSVA 3O9QA 4FLWA 1QQCA 1KLNA 3KD1E 4NYNA 1HJOA 3VMFB 1SKWA 4IFVA 4AHCA 3CFOA 1NU0A 1VQMN 3DRRA 1K8AO 1FKOA 3L0QA 3SZ2A 3AA3A 1HNWK 2D0OA 4KH5A 3HI0A 1HUXA 1BQNA 1FKPA 1X3MA 3OYFA 1EO1A 4DSJA 3QNOA 1YJ9N 1QTMA 2UU9K 2BE2A 2P9NA 1YF5L 1Q9YA 3CCQN 3L6QA 1FW6A 3TPQA 3H08A 1HJRA 4BRFA 3MXJA 1RT5A 4CFDA 1VRTA 1XMOK 3PIOL 3A5OC 1SS6A 2CGKA 4KBOA 3ZCMA 3OJUA 3CCUN 3NGZA 3MEGA 1IH7A 4F2SA 1NGBA 1CZBA 1V4TA 4Z4GA 1RBTA 4CBXA 1GOBA 4JKCA 4Z4EA 4E1NA 1HYVA 2RPIA 3M8QA 2AA4A 4DV6K 2P9NB 3K0SA 2QA4N 1RBRA 2YI1A 4FJIA 4JI6K 1RTHA 1WOQA 2OPPA 1JKHA 3EEQA 4FOIA 3VQAA 5I42A 1L3TA 3CERA 3Q7CA 5FPMA 4E7HA 4FM0A 4NLBA 2RN2A 4XH1A 3SUQA 3O9TA 3P83D 3DLHA 4DF4A 3LWLA 4EP5A 1VQKN 4IO9L 4KKOA 4CI6A 5T7BA 5AQRA 2VCPA 4DMNA 2QWLA 4BRHA 1IKWA 1RDDA 3FLCO 1JLFA 5EU7A 5IT9O 3HRGA 3R6MA 5BN9A 5HLFA 3NCIA 1XUPO 4RW9A 3MCPA 3H46O 4CEOA 3V1QA 1HLUA 1JL1A 4CF1A 1VQ6N 2QXLA 5GIPA 4B1YB 4AM6A 2QTDA 3P38A 5AR0A 1Z05A 3MAQA 4BDYA 4DSIA 5GAHP 3CIPA 3NMUA 3E9PA 4CEDA 1VHXA 1YIJN 2FLOA 3L3UA 1XHZA 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1RT7A 3CETA 1TGOA 2EX3A 3AVKA 2VWKA 4CJ3A 3CCJN 5KGXA 4DTXA 5AQOA 4QOZB 2F9TA 3O8MA 1VQ8N 5KGWA 2PYJA 3O3FA 4CZMA 3M3ZA 3RMAA 4JAXA 3J7AP 3VQDA 4IFYA 2ASMA 4BC5A 5HRPA 4KO0A 4B9MA 5SWMA 2R7YA 3V1RA 3WXIA 4DQSA 2HHQA 3UKRB 4FWKA 5GADP 1QZ5A 1JLEA 3W0LA 4L8RB 3A0IX 4KREA 4I6MB 5CZ1A 3EY1A 3ID6A 3ZT3A 3OS1A 2A1RA 4MO5A 1QS4A 3QB0A 3T3FA 4O0JA 1SKRA 2GX9A 3CJBA 4J2BA 1CXQA 4E19A 4QS9A 4LSNA 4F8RA 2H3GX 5BN8A 1JL2A 3EL2A 2IAJA 5F0XA 3VQ8A 1BIZA 5KQDA 1ZYQA 4CHZA 1Z6RA 1GLBG 2E6MA 3HM9A 1ZBIA 1KAXA 3EYZA 4RW8A 4OGEA 1JXBA 1BL3A 1EX4A 4FJLA 1QVFM 1LOTB 4IOAL 4DU3A 4GV3A 2E2NA 4CJTA 4FWPA 1BIUA 5BR8K 3K5MA 4OX9K 4B9TA 3B6OA 4DSLA 3SYZA 3R3LA 4FWLA 4CJEA 3S3OA 3RR7A 2YKNA 4XH5A 3FFIA 3QBXA 4DF8A 1C0MA 3T69A 5J2QA 3P5JA 4GVEA 4MFBA 2DPNA 4PL7A 2D0BA 1C0GA 4IEEA 2YHBA 2PBDA 1GLCG 1WSFA 5ADXH 4E3SA 4LFCK 3L2QA 3SCXA 4DTRA 4J2DA 4W5NA 4ILJA 4GVMA 3O1WA 3DLBA 4F3TA 2FBVA 2I7NA 4B3SK 2X6NA 3H3NO 4AHSA 5KRTA 2HBMA 1S1UA 4BRAA 3LZJA 5AQKA 3E1YA 1S1TA 3IRXA 4HCBA 1ASUA 1ZXOA 1L3VA 5I3UA 5AQTA 4Q0BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1S9G A;  3QBW A;  1LAV A;  3CJ9 A;  4KHW A;  2VGN A;  1BI4 B;  4ID1 A;  2KQ2 A;  4CJR A;  3FZL A;  1D4X A;  1NK6 A;  3OYB A;  2BUP A;  3WXL A;  4FVU A;  3QES A;  3MX2 A;  4CGF A;  3F5T A;  3KK1 A;  4CF2 A;  4CF9 A;  2P5O A;  4I2Q A;  4BRM A;  1TL1 A;  2NNW A;  3HTV A;  3T1Y K;  3LAL A;  1X3N A;  4DHY A;  3DOK A;  5JS2 A;  3V81 A;  2B4J A;  4PKG A;  2UXB K;  2WTU A;  4JS5 A;  1HX1 A;  4E7L A;  1TVR A;  3C6U A;  3V1O A;  1HRH A;  2PZS A;  2P9L A;  4C1N I;  3LP1 A;  4K42 A;  3AA5 X;  4X66 K;  3TU5 A;  2PFU A;  4CZH A;  2VG5 A;  3MN5 A;  3WNF A;  3O4Q A;  4O4G A;  3HPO A;  1NK0 A;  1JLG A;  2HNZ A;  3JYT A;  4I9Q A;  1U2V A;  3MXM A;  2ZM6 K;  4DUY K;  4IFE A;  1U48 A;  4RW7 A;  3JXU A;  4B1X B;  3O3H A;  3SQ4 A;  4FWO A;  1RGI A;  3OS2 A;  1CLQ A;  3LDO A;  4IBN A;  3BY5 A;  2JWK A;  3GL1 A;  2P9L B;  3G10 A;  4OKK A;  1SQK A;  1JCF A;  4NLC A;  3HPH A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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