1SBPA

1.7 angstroms refined structure of sulfate-binding protein involved in active transport and novel mode of sulfate binding
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
KDIQLLNVSYDPTRELYEQYNKAFSAHWKQETGDNVVIDQSHGGSGKQATSVINGIEADTVTLALAYDVNAIAERGRIDKNWIKRLPDDSAPYTSTIVFLVRKGNPKQIHDWNDLIKPGVSVITPNPKSSGGARWNYLAAWGYALHHNNNDQAKAEDFVKALFKNVEVLDSGARGSTNTFVERGIGDVLIAWENEALLATNELGKDKFEIVTPSESILAEPTVSVVDKVVEKKDTKAVAEAYLKYLYSPEGQEIAAKNFYRPRDADVAKKYDDAFPKLKLFTIDEVFGGWAKAQKDHFADGGTFDQISK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Dominant role of local dipoles in stabilizing uncompensated charges on a sulfate sequestered in a periplasmic active transport protein.
pubmed rcsb
molecule tags Binding protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords SULFATE-BINDING PROTEIN
total genus 126
structure length 309
sequence length 309
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-07-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13531 SBP_bac_11 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1sbpA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1sbpA02
3K00A 1WDNA 3RT6B 3PMXA 2CMOA 4IO4A 2QRYA 1URSA 5CI5A 1BP5A 1XOCA 3C4MA 1HSLA 2V25A 4POWA 1MRPA 3ZKKA 5BUUA 4Z0IA 3K1PA 4NF6A 4QFLA 2V3UA 5FHNA 3SERA 1UIVA 4PE5B 5DEXA 4NWDA 2H5YA 2IEEA 4EF2A 2DP8A 3PV0E 4DDDA 1N76A 3IB0A 5HM4B 3G3HA 3TTRA 2DWJA 1EZPA 1P1UA 4RNSA 3UP9A 2ZYOA 3H6WA 4YKIA 3FXQA 3RNNA 4RXLA 1Z7NE 3OXNA 1B3GA 1FCKA 1NNFA 4YMBA 3S9EA 1S9TA 1PEBA 2F78A 4LZ8A 1WVJA 4NMYA 1SVXB 5AA1A 3L6HA 3TTNA 4R2BA 2UVGA 2UYEA 3OENA 5TU0A 1B1XA 3TELA 4U4XA 3IB2A 2Q9TA 4ELQA 2I4BA 1B5HA 2HZLA 1O63A 1HSJA 4JXIA 4ZEBA 3TDJA 1FQDA 4THIA 4TQUQ 3ECRA 4F19A 3F11A 4C1TA 1MY1A 2ZNTA 5L9SA 2P1SA 2PT2A 5L9MA 3R7XA 1HSEA 2UXAA 4DE8A 3T66A 4GOTA 1MPBA 5DVIA 1PB8A 1IXCA 3OSQA 2HZKA 1ZBMA 5AA2A 5CBRA 2O1MA 3U1OA 3QK6A 3O2AA 3CFLA 3MJNA 4EUOA 1AOVA 1NL5A 4QHQA 3FVOA 1PB7A 3R6UA 1UTHB 2OWSA 1B2HA 4G2ZA 1RYXA 2RCAA 2ONSA 2REGA 2I6EA 1Y9UA 2I3VA 4KR5A 3LSXA 4GL8A 4ZECA 2V93A 2UVHA 1DPEA 1QKAA 4KFQA 4RA1A 2FNCA 3LSWA 3QIMA 1MXWA 3MZ9A 1DOTA 4R6HA 4DLDA 2QSXA 1R6ZA 1URDA 4RPNA 2DVCA 4RK2A 1N84A 5JTYB 3PMWA 4ELPA 4QFKA 4U2RA 3OEMA 4PP0A 5JK4A 1LGBC 3C33A 5DVFA 3PUXE 5ELVA 1ZIUA 4QSCA 5H8QA 1ZLQA 1MDQA 4BLAA 5H8FB 1OQGA 1XVYA 3Q26A 1XS5A 4N07A 1M5EA 3KEIA 1H3DA 1S7YA 5AA2D 4U22A 3ZSFA 1IXIA 2QMWA 3GLBA 4NWCA 4P0IA 3FJMA 3THIA 3W9VA 4AB5A 1SD3A 1Y1MA 3TQLA 5AA4B 2ESNA 5BWJA 5DYHA 3O97A 3EHTA 2X7QA 3MW0A 4JDFA 3G3FA 3BFTA 3G3GA 1II5A 4QFNA 1BLFA 4R75A 1MH4A 4OZ9A 4I9DA 4XXUA 3WAEA 4M1VA 2OBGA 1SW1A 4BDLA 4IGTA 4GWOA 3ONMA 5I58A 1MQHA 1Y3QA 2OJTA 3ZS6A 3K01A 3K0VA 4R6YA 3D4GA 1MY0A 3SEXA 1NH8A 4IO6A 2KLFA 1QULA 3SEVA 3A3CA 3DP4A 4ZEIA 2HFBA 3T9HB 3FVKA 2GHBA 3LR1A 1Y4CA 3GZGA 3I6VA 4KCDA 4G8HA 2DWIA 3M3LA 4GLIA 4GFRA 4OERA 3RUMA 4C1UA 3LC8A 2DQVA 3L6GA 5AA4A 4XKQA 1USYE 4H5FA 4I1DA 3MVZA 1H44A 3FVGA 2R9JA 1H76A 4ESWA 3A09A 4DXUA 2F7CA 4X1BA 4R72A 4ONYA 3U72A 3FATA 2Z23A 3RTWB 3GBBA 2VD2A 1TT1A 4ZEDA 1AIVA 1YCJA 4FECA 3N6TA 4DXBA 2YPNA 3T22A 3E9XA 2ZMBA 4EQ9A 3TTKA 1MH3A 1LFHA 4U21A 1I6AA 4YB5A 4YAHX 3SKPA 1NMUA 4F31B 5A5XB 3PUWE 3EN3A 4XKRA 1MM7A 2DYXA 3O6HA 2Y7KA 2REJA 5M2VA 1MXXA 4RJZA 2O1LA 3TODA 3PPOA 4U23A 3OEKA 1B1HA 2Q2AA 2QL3A 1IITA 2I0CA 3FIRA 3EHUA 5CMKA 2DWHA 1FQAA 4F1VA 2PT1A 2CZLA 3H03A 1MY4A 3T9VA 3H6UA 3OOAA 2DE2A 4F3SA 5IKBA 5DEXB 4ZE9A 4EXKA 1DMBA 3IJOB 3S2VA 4F2QA 4G8MA 3PMVA 1OVTA 4OEUA 5ICTA 1UTBA 4AB6A 4IO3A 3H4ZA 4YZZA 1SDXA 2XXXA 1I6BA 1MPCA 1URGA 3E3KA 3IK6B 3VLVA 1B40A 3UK4A 1LBBA 4O3BA 1QUKA 3BBRA 2QMXA 4FJPA 1N3XA 4XTCQ 4ESXA 4DIGA 1NH7A 3C9HA 4OWDA 4F3GA 2AL5A 4JBZA 3O6IA 5I2KB 4LATA 2Z8FA 3MP8A 1IEJA 1M5BA 4G4PA 1MXZA 4DZ1A 4F29A 2F97A 5EHMA 1P1WA 4RPOA 5DT6A 2RC9A 4BDQA 3A3UA 2Q89A 1TWYA 3IL1B 2AIXA 4MLVA 2VP1A 1POY1 3C31A 1TFDA 5TP9B 4YU0A 2OWTA 2F35A 1PB9A 3B6TA 3G3KA 3QUJA 4DCYA 1N3WA 2F5XA 5ISUA 3IOUA 4YKPA 3FZVA 4MLQA 2E1SA 5JEIA 3FASA 2ZXTA 3C34A 2ONKE 3FXRA 5AA2B 1SI0A 1JQFA 2RCBA 1XC1A 5I57A 1O64A 3WAFA 2OCUA 1SBPA 5AA3A 3TFLA 1N04A 2R71A 3VXCA 5FHMA 1B0HA 1N7XA 3CG1A 4TOZA 3DP8A 5F7VA 3RY3A 5I59A 5FTIA 2RINA 2O7UA 1PDAA 2DE3A 2O68A 5I2KA 1US5A 2QS1A 3KBRA 1S50A 4H6DA 1ELJA 1FTLA 3MPKA 4MH5A 1VFDA 1B4ZA 4OETA 2HAVA 3HHFA 3O29A 4Q0CA 3U92A 2PYYA 3HN0A 3OELA 3KJ7A 1B9JA 2XXTA 1T0KA 2B3BA 1LAXA 2E0SA 3M3FA 4OTEA 5TP9A 5KZTA 4FATA 1GVCA 1JEUA 1OQHA 1P99A 1DTGA 2VD3A 2RKMA 3MAMA 4F2OA 4OESA 1YPNA 3Q28A 4JSDA 3KSJA 1H45A 2Q8JA 4LZ5A 4ZDMA 4ZE8A 3MVYA 2X7PA 3RTFB 5H8QB 3Q29A 1QJMA 3FGSA 3KN3A 1A99A 3ILUB 2Y84A 1B5JA 5FHOA 4LP2B 3PGFA 1PBQA 3G7WA 3Q27A 4OMBA 1A55A 5KCJA 3PUYE 3PPNA 4WXJA 3ZKLA 3C32A 1B4HA 3TCGA 1FQFA 2BJJX 4X1DA 3CFZA 2DWAA 3IOWA 3RLFE 1ANFA 3IX1A 1PC3A 5TPAB 3HPIA 3VLWA 4BDNA 3QAXA 2QJEA 5I58B 2AL4A 2FA7A 1JW1A 1UIUA 5B70A 4KYDA 2V3QA 3TCHA 4Z7EA 1SI1A 5H8HA 2HXWA 4XKNA 4OHNA 2NVUB 1FTOA 3H06B 1H43A 3B7DA 5CMBA 1VR5A 3K6WA 1IQ7A 1JVYA 2D3IA 2F8DA 5DVJA 1GTKA 4H67A 4YKKA 1OMPA 3EHSA 3G3JA 3KN8A 2XXRA 4LQ5A 2O6AA 1L5TA 4LZ7A 3PD8A 1LFGA 4OFLA 2FYIA 3W9WA 3PD9A 4KHZE 3H6VA 2O51A 4IGRA 3HHGA 5TPAA 4EQBA 4IO7A 3S9MC 4OXVA 2VOZA 3Q25A 4O3AA 1AL3A 4N6PA 4OFJA 2DXYA 1P1QA 4O3CA 1D3KA 2XX8A 2RC8A 4OQOA 3CR9A 4EF1A 2Z8DA 3V83A 2Z8EA 2DSFA 3H3GA 3OO8A 1DTZA 4IB2A 3IORA 3MVXA 2D5WA 3O6GA 4BDOA 2YLNA 4JWOA 1I6QA 4GD5A 3UORA 4F3PA 1LB8A 3U93A 3D4CA 3W15C 1NNTA 3VDFA 3K02A 2F36A 1BIYA 3KZGA 5B7DA 4R73A 3FUZA 4WEPA 3S9LC 4YICA 3MQ9A 4YB6A 1A7LA 1US4A 2GRVA 3VVFA 2V84A 3KOSA 3LUYA 2A5TA 4PFTA 3JZJA 4H1XA 2THIA 1JETA 1A40A 2HCAA 1F9BA 3HCQA 3TCFA 3V5AA 4GF8A 4IO5A 3IJXB 5CBSA 2F6PA 2RC7A 1UTBB 1QW0A 3N26A 4OYVA 4R9FA 4RYAA 2F7BA 3R26A 4Q5TA 3TTMA 3CVGA 3LSFB 2XXPA 2PBWA 5EYFA 4GVOA 4M4GA 4JWYA 1J1NA 4R2FA 4ZEFA 1LAGE 3IOTA 1ATGA 4ELRA 1MXUA 2Q88A 2ONRA 3QXMA 3DLNA 5CRYA 1LBCA 4G68C 4GRKA 2H25A 3IO6A 4GIZA 4R9GA 3MZ1A 2XXQA 3UN6A 2B3FA 3N5LA 1QKBA 2NXOA 3PPRA 4FAJA 3FJ7A 2DVZA 1B05A 3QYTA 4C0RA 1B3EA 2Y7WA 3LBSA 3SEYA 4E0XA 2QS3A 1CB6A 3CSBA 2XHDA 1TXFA 4IY6A 4H8JA 2UVIA 4F22A 3K1MA 4KI0E 4DCXA 2X26A 3FVNA 1MQGA 3TYHA 1VSOA 3RT8A 5FTHA 3EQ1A 5EHSA 4G77A 3M8UA 1DPPA 4JWXA 2W7YA 4HCWA 1D4NA 1NKXA 4FIMA 4H8IA 4JSOA 4NF8A 3CSGA 3VV5A 5I57B 4ISUA 2XXVA 1LCTA 4KQPA 4IO2A 3V89B 2H98A 4QF9A 4KPTA 3AXFA 4G8NA 4WEDA 1RKMA 4QSDA 1MY3A 5I56A 2OZZA 5H8NA 3IAZA 5I59B 3UIFA 2ZNUA 3EF7A 2QS2A 3SEWA 1R1NA 3E4RA 4POXA 2ZYNA 1B3HA 4ZZAA 1MQIA 2ANJA 4NF5A 1IXHA 3TEPA 2GHAA 3BKIB 4MBPA 4H5GA 2OK2A 1MXVA 3CG3A 3FV2A 3MPLA 4P11A 4XKPA 3OSRA 1ZU0A 2WKYA 1B5IA 2PVUA 3DP6A 2HAUA 4BDRA 1TFAA 3LSLA 1LCFA 4ZZEA 1FQCA 4OFOA 3HV1A 2O69A 5CMMA 3PUVE 5I2NA 4JB7A 4PFYA 3VE1B 1Q35A 1GR2A 4LA9A 1B3FA 3T9UA 1Z7ME 2HEUA 3FXUA 4RK9A 1Y3PA 1WODA 1IZ1A 2NOOA 5ITPA 2I49A 2DE4A 5CMCA 4LQ2A 3S9NC 4TLLB 3T96B 4NEDA 4BDMA 4R6KA 4UACA 3SESA 4K3FA 1LAFE 4LVQA 4HCYA 2QPQA 1JNFA 5KCJB 4E0WA 4NF4B 1B0LA 2XD3A 2F34A 1SYHA 3VVEA 3HSTA 5KDTB 2ABHA 1OLCA 2O84X 3OD7A 3HO7A 1B52A 2O7IA 4F3BA 3IR1A 4QFPA 3N94A 4ZEKA 2DS9A 5L8DA 1OVBA 1VE4A 5K2XA 1A8EA 1JW5A 2PX1A 2F7AA 1SW4A 3KG2A 4Q8RA 3FJGA 1RYOA 3OMBA 5J1DA 1I69A 4G68B 3EPEA 3U8QA 1POTA 2PMSA 5H8HB 3M3KA 4RY1A 3B6WA 4IY5A 4TLMB 3KSXA 3TZAA 1M5FA 3BFUA 1MQDA 4ELOA 2H99A 4HTGA 2F6GA 4MF3A 1NNKA 1ZKBA 4OEVA 2A5SA 1JVXA 3B6QA 1FW0A 3T93B 1MQJA 4ND9A 4OVJA 4U1ZA 4HW8A 1P1NA 4NF4A 4Q30B 3VXBA 3SETA 5KDTA 3MUQA 3JV9A 4KD5A 2RF1A 2M8CA 3CFXA 3USDA 5DTBA 2Y7RA 3TTLA 3K4UA 1XHYA 1SQYA 2XXHA 1EZ9A 2HQ0A 1JEVA 3O9PA 4FEBA 2UYFA 1FQBA 2Q2CA 3H6TA 3K1NA 3OO7A 4PETA 1D9YA 4PFUA 3RQTA 4F1YA 4L17A 1IIWA 3IOVA 1KWHA 1MY2A 1OLAA 3DM0A 4QRZA 3S4UA 3ODBA 3H7MA 1LB9A 4G68A 4R74A 1B58A 1LAHE 4DXCA 1Y20A 3PUZE 2G93A 3O66A 4LUBA 3VVDA 3MP1A 4KYSA 2P0SA 3QUFA 2YJPA 4GXSB 3K6VA 2XX9A 1B32A 1QUIA 4F39A 1PBPA 3K6XA 1MS7A 2D21A 1Y1ZA 3E13X 4QFOA 3K6UA 4MFIA 1N0TA 1QVSA 1SW5A 1UQWA 3RGYA 3CIJA 1N7WA 4GQOA 4LONB 1LLSA 2A5TB 2AYSA 5H8SA 3TPAA 3G3IA 2LAOA 1DSNA 3OO9A 2VHAA 4HS7A 4YKJA 1FTKA 2NWJA 3TUSA 1YTVA 3C35A 1B3LA 1B7ZA 3FD3A 1UTHA 4NTLA 4F18A 1R9QA 3UGWA 1MG1A 4GXAA 4P0GA 4U4SA 1NFTA 3KOTA 4I8CA 2I58A 1EU8A 3SDFA 3PPPA 4XIGQ 4F1UA 3MZBA 1ZJLA 4U1OA 1MPDA 5L9OA 2ALUA 1LSTA 3K2DA 2ZYMA 4H65A 1VFEA 1M5DA 5AE4A 4YB7A 2QS4A 1FTJA 1ZMGA 2VGQA 3OO6A 3RN8A 1YAEA 1Y4TA 1JW4A 1USYH 3GBAA 1A8FA 4FE8A 5I84A 3VLUA 1MDP1 5JTYA 4X48A 3PU5A 3TMGA 2I3WA 2NUVA 5F1QA 2G29A 1GGGA 4KYEA 3TKDA 1O7TA 1R9LA 3KN7A 2H9BA 3I3VA 1FQEA 1AMFA 2I4CA 5H8FA 3V8XB 3MC2A 2I48A 1MXYA 1CE2A 3MBPA 3KFMA 1FTMA 1XT8A 2XXYA 1D9VA 3O28A 3MP6A 1XVXA 1BKAA 5ITOA 4H0WA 2B65A 3CI8A 2ZNSA 4X9TA 1QUJA 1IXGA 4NF8B 2XX7A 1GV8A 4AQ4A 4I62A 4N13A 3TQWA 2GFEA 4KCCA 1EZOA 1OIBA 3FV1A 4FORA 2DOJA 2UVJA 4QSEA 3JYRA 1A54A 2Z22A 4OENA 5I56B 1M5CA 1LFIA 5CM6A 5H8NB 1P1OA 4PFWA 2XXIA 5K2YA 3T9XB 2Y7PA 1Q1KA 5IAIA 4NF5B 4EXLA 1SW2A 3SEUA 3PPQA 3RPWA 1B6HA 2R6GE 2DXRA 3N6UA 4EQ7A 1B7UA 1B51A 2Y7IA 3IB1A 3MVWA 3IO4A 3TAJA 2P2AA 3I5OA 1IUDA 1MM6A 4PQJA 1BTJA 1B7HA 2IA4A 1SYIA 2XXUA 3UA8A 2GH9A 1NNPA 4NF6B 5I2NB 3P7IA 3KGCA 2I0BA 3VFJA 1B46A 1Y3NA 4ZS9A 1ZTYA 4GL0A 3GXAA 2XXWA 3QSLA 3U94A 2XD2A 3ILTB 4WKMA 5ICQA 4ECFA 2V3TA 4YMAA 1AH5A 4NE4A 5HBCA 3CRBA 2H4IA 4FEDA 1EH3A 2ZYKA 2OLBA 5LOMA 3KJTA 5A5XA 3MWBA 5HPQA 3C36A 4UA8A 4EDPA 5CC2A 3DELB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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