The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
AIKKAHIEKDFIAFCSSTPDNVSWRHPTMGSVFIGRLIEHMQEYACSCDVEEIFRKVRFSFEQPDGRAQMPTTERVTLTRCFYLFPGH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
Crystal structures of a ligand-free and malonate-bound human caspase-1: implications for the mechanism of substrate binding.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Interleukin-1 beta convertase
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| total genus |
17
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature |
ec
3.4.22.36: Caspase-1. |
| pdb deposition date | 2004-02-11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2XZT B; 2CDR B; 3R7B B; 1GFW B; 4LSZ B; 4ZVR B; 2H4Y B; 1ICE B; 4DCO B; 1PYO B; 2C1E B; 2Y1L B; 1RWN B; 2XYG B; 4ZVP B; 2XYH B; 3IBC B; 2CJY B; 3R7N B; 5IC4 B; 1BMQ B; 3SIP B; 2H51 B; 3RJM B; 3EDQ B; 4DCJ B; 2QL5 B; 1RE1 B; 2Y0B B; 3R7S B; 2H5I B; 2H5J B; 1I51 B; 2C2M B; 2CJX B; 1RHR B; 3KJN B; 2H48 B; 1RWP B; 1RWM B; 2HBQ B; 3KJF B; 2QLJ B; 2QLB B; 3GJR B; 1RHK B; 3KJQ B; 4ZVT B; 2H54 B; 1RHU B; 2CNK B; 1I3O B; 3GJT B; 3R6G B; 4ZVU B; 2P2C B; 1QDU B; 2HBZ B; 2QL7 B; 3QNW B; 2DKO B; 1RWX B; 1SC1 B; 4ZVO B; 2HBY B; 2CNO B; 4JB8 B; 3D6H B; 3GJS B; 3R6L B; 2H4W B; 1SC4 B; 2HBR B; 2H65 B; 2C2K B; 1NME B; 3R5J B; 1RWW B; 2QLF B; 2FQQ B; 3GJQ B; 2QL9 B; 4ZVQ B; 2C2O B; 1PAU B; 2XZD B; 5K20 B; 3EDR B; 1RHM B; 3D6F B; 2XYP B; 1SC3 B; 2C2Z B; 1RWV B; 1RHJ B; 3NS7 B; 2CNL B; 2CNN B; 3D6M B; 4DCP B; 1RWO B; 1QTN B; 4ZVS B; 1RHQ B; 3P4U B; 5IC6 B; 3IBF B; 3P45 B; 1IBC B; 1RWK B; 1F9E B; #chains in the Genus database with same CATH topology 5K8O A; 3DNC A; 1N33 J; 2PII A; 4YR2 A; 1DRZ A; 4LSN B; 3IBC B; 2E9T A; 3DI6 A; 2ZDP A; 2FLN A; 4CLL A; 2I2Y A; 3UN5 A; 3MED B; 3VAK A; 2W4C A; 3T5L A; 2VKR A; 3H42 A; 5KFR A; 2V8V A; 2XGQ A; 4Q44 A; 5SUH A; 4S0M A; 2XBP A; 3L9Z A; 2BE2 B; 1NND A; 4I4B A; 4C8Z A; 2YQ0 A; 3ZZY A; 5AE2 A; 4K4S A; 2KFY A; 2WOM B; 2B56 A; 2E5L F; 1SIZ A; 3TEG A; 3KLG A; 1NK0 A; 5HI7 A; 4NYZ A; 2DIS A; 2Y9H A; 1YWX A; 2FJA B; 2EKY A; 5KG5 A; 1Y3K A; 5D8H B; 2YNF A; 4DR2 J; 3EDR B; 2FHK A; 4USM A; 3LP1 A; 3CVK A; 4GC6 A; 1M1G A; 1U1L A; 1VBK A; 3RTV A; 4K7Q A; 4RW7 A; 3I82 A; 2R8H A; 1NUE A; 3JSY A; 1KN6 A; 2XY7 A; 4OHY A; 1X4D A; 1WOS A; 4JI8 J; 2X7I A; 4DUY J; 3ELH A; 4RLE A; 2C1E B; 2IMW P; 3P5B P; 1NSQ A; 2MMY A; 5IC4 B; 1JLQ A; 2W9A A; 2BE9 B; 1TL4 A; 1IKY A; 4O44 B; 1EAR A; 4CZC A; 3BR8 A; 1EJ7 L; 4DFK A; 2NSC A; 4CYU A; 1VRQ C; 2BAN B; 4DPO A; 1FNM A; 1V6H A; 2FTR A; 4O3Q A; 4TYB A; 1IUJ A; 4LFC F; 5RUB A; 3TUZ C; 2M7S A; 2MQ8 A; 4DQP A; 2DD8 S; 2BA9 A; 2F4V F; 3R6L B; 3OUY A; 2HS0 A; 2R8G A; 1NME B; 3TWZ A; 2AQ4 A; 5T7L A; 1FFS B; 4NML A; 5C25 A; 3EWG A; 1N34 F; 2XY5 A; 1L3V A; 2AJ0 A; 4P52 A; 1ZTW A; 4KT0 C; 3BO4 A; 1S1U A; 2GO9 A; 4QQB A; 4F3O A; 2OPP B; 2ZOG A; 3MMA B; 2ZH9 A; 1V5V A; 3DLK B; 4OZ0 A; 2R2T A; 1Y10 A; 2GS8 A; 3CJR A; 2EBE A; 4NEY A; 1T7P A; 1WEX A; 1TP7 A; 4NA2 A; 3BB5 A; 2MY7 A; 4QR0 A; 3R7S B; 2H5I B; 1IBM F; 5K14 A; 2VPW B; 3CDU A; 3NEK A; 1HPZ A; 3Q86 A; 4CNY A; 4DV1 F; 1UVK A; 2Z56 B; 2E5I A; 4OZ1 A; 3BPD A; 2RQC A; 2BQR A; 2HFS A; 3BKU A; 5KG7 A; 2J76 E; 5F0W A; 8AT1 B; 1U45 A; 4OL8 A; 3T1H F; 1HBU A; 1SV5 A; 3GCX P; 1PKU A; 5J2M A; 3DHW C; 2FHJ D; 1LNQ A; 4RNH A; 1QTM A; 4H4O B; 2V8H A; 2I38 A; 4HI1 A; 4YB7 A; 4PR6 A; 2VDI A; 2FY8 A; 1KTQ A; 5J1E A; 2HHQ A; 4EGL A; 2AHO B; 5CXT A; 1X4B A; 1R31 A; 2JFD A; 2JLE A; 3PO5 A; 2KHC A; 5KFV A; 1NM2 A; 1NK5 A; 3P6Y C; 3DLG B; 2OP5 A; 3QZ8 A; 1I1G A; 5CD4 A; 1A6L A; 4WYW A; 5GAG U; 2GQC A; 2EC0 A; 3KOA A; 2WCX A; 3CD7 A; 1RTH A; 2W7O A; 2KYZ A; 4U8Y A; 4QU6 A; 2F9D A; 4ZP8 A; 3BZQ A; 3GJR B; 4IG3 B; 4DR7 J; 1PC5 A; 2HK2 A; 3GE9 A; 3HMJ G; 3OT9 A; 2MTL A; 1C0T B; 1NSP A; 3VVT A; 3AD7 C; 2V69 A; 4ECZ A; 3PKM A; 4X62 J; 1FD8 A; 2WB4 A; 3MM8 A; 1G1X A; 4DU8 A; 4NLR A; 1VIO A; 2X1A A; 4LFB J; 2D3O 1; 4C8Y A; 4ZA1 A; 3ZZ0 A; 5DGA A; 3PRB A; 2MHE A; 3HO1 A; 1JLE A; 2FZK B; 2GML A; 3LH2 S; 4CO1 A; 4FVC A; 2UUA J; 2W8L A; 2GX8 A; 1OSC A; 4URQ U; 3G6Y A; 4YP3 A; 3HKW A; 1NSK L; 1TK0 A; 5CD4 H; 3NAH A; 2IA6 A; 2OO4 A; 1RAH B; 3DRX A; 5E3P A; 2XCP A; 5ETT A; 4JI4 J; 1N5T A; 4DLG A; 5AXL A; 1GMU A; 4WII A; 2ZBR A; 4DI6 A; 1HWU A; 2VFU A; 3QGH A; 1WTB A; 4KJI A; 3GR0 A; 1RHR B; 4ZP6 A; 1G3O A; 1FRJ A; 1S79 A; 4DR3 J; 4U7U D; 2GVZ A; 1RTI B; 2PT0 A; 2HHU A; 1J5O B; 1FFG B; 2LXU A; 1GXT A; 2XNQ A; 2RH3 A; 1IR1 A; 3KLH B; 1RK8 A; 2VPZ B; 3KG1 A; 3KJV A; 4LVO P; 4DV2 J; 1B7F A; 4JV0 A; 4UQT A; 2ZH6 A; 4ZIV A; 1NJZ A; 3TAR A; 1TTH B; 2LA4 A; 4G1I A; 2A2C A; 3K5M A; 5KFZ A; 4F7V A; 4ANC A; 4P9S A; 2KT2 A; 4F4K A; 2LQB A; 4RW6 A; 2EXU A; 3H5X A; 3MWB A; 2W2Q P; 1JX4 A; 1ZAX A; 3JS9 A; 2PI4 A; 1JWW A; 1VQ5 S; 3BBC A; 5KFU A; 3UCZ P; 2HK3 A; 2J8S A; 3Q8R B; 2I1R A; 5B0C A; 2PFF B; 4ED5 A; 1H73 A; 3DI6 B; 1S4F A; 5DDQ C; 4NE9 C; 4DV5 J; 4AL7 A; 4Y6I A; 1U1O A; 4EO8 A; 2JFK A; 4ZPB A; 3OR2 A; 3ENV A; 2QZ8 A; 1OY9 A; 3FEY B; 5THW A; 1FKP A; 2VKZ G; 4XPC A; 3ZXW A; 3NL0 A; 4X4P A; 3IRW P; 3HHL A; 3DXB A; 2RRN A; 2VFV A; 2DK2 A; 1PJ6 A; 1S7I A; 2J6S A; 3CDB A; 3K7R A; 2AIR B; 4XDC A; 5I3P A; 3M2R B; 1VLY A; 1RAD B; 4N8O A; 1QAY A; 4GVL A; 2AD9 A; 1FNO A; 3AJ1 A; 3BGU A; 4K0K J; 3MOJ B; 4NZ0 A; 1T8E A; 1E6V B; 2YNF B; 2ZE2 B; 1T3O A; 1LWF A; 4OYO A; 3H5S A; 4V19 X; 2X1B A; 1RWK B; 2C42 A; 4I6Y A; 2GAG C; 2XZT B; 2PC6 A; 1PCA A; 4DSI A; 5C2C A; 3MM9 B; 3QWP A; 4MKA A; 1KDN A; 3DOM A; 2I8E A; 4F0M A; 1CVJ A; 5DDO C; 3MMC A; 5D0E A; 1U09 A; 4KGV B; 1AA1 B; 2V4R A; 1D8Z A; 1JLQ B; 1P27 B; 1IKY B; 3KJN B; 1SCJ B; 4DX5 A; 3D5M A; 5KT6 A; 3DOK B; 4GO7 X; 2GHP A; 4CYU B; 1JJ4 A; 1U1R A; 2YWF A; 3Q0A A; 4KPC A; 4NRU A; 1Y11 A; 2YX1 A; 1H98 A; 1TQL A; 4CT8 A; 2ASJ A; 2JSX A; 2KT3 A; 5F8I A; 2FGC A; 1P6T A; 1U26 A; 4KAI A; 3GR1 A; 1Y5N B; 4DG1 A; 1JQG A; 4C11 A; 1X5T A; 4UST A; 4DL0 C; 4CLY A; 3CNQ P; 2OGU A; 4ZPV R; 4A47 A; 1M5S A; 5T7L B; 5J2P B; 4X64 J; 4RKU C; 3PX4 A; 4R0J A; 1WG5 A; 2J9C A; 1NH7 A; 4LF4 F; 3W9J A; 4OX6 A; 4WU2 A; 3CCJ S; 4KQZ A; 4DBQ A; 5DG7 A; 4HT5 A; 3WX8 A; 2R8I A; 3RG6 A; 1VC5 A; 4P2M A; 3GG0 A; 1XNR J; 3VQT A; 3J80 Y; 1Q81 T; 2B7C B; 4YFU A; 1M5P C; 2C2M B; 2GMJ A; 1FE0 A; 4F36 A; 1VBX A; 2LCW A; 1Q16 B; 3MCM A; 5K14 B; 4YDD B; 1HPZ B; 2BQU A; 3HD1 A; 2G0C A; 1N0U A; 2L08 A; 1D8Y A; 3GFZ A; 1ZS6 A; 1FDA A; 2BJ7 A; 4Y3C A; 1PGZ A; 4KH0 B; 1REV A; 3RRH A; 3I5B A; 3DOL A; 2HFV A; 1V3R A; 4DPW A; 1SV5 B; 1ZA2 B; 2R2U A; 3UDC A; 3PW5 A; 1HKA A; 2YXL A; 4NZ7 A; 3ZNJ 1; 1S1V A; 2Z2Z A; 2WSE C; 4IR9 A; 3GIJ A; 5IZH A; 1JXL A; 4ALZ A; 2W2M P; 2XMV A; 5KTQ A; 1NK6 A; 5J1E B; 4GKJ F; 3Q8Y A; 2PI5 A; 4LVN P; 1FT8 A; 2N7C A; 5DQH A; 1KR4 A; 1FJE B; 4ZJQ A; 3HLU A; 2FC9 A; 1YJT A; 3HSJ A; 2BMB A; 1KQK A; 4DV3 F; 3G6X A; 1VQO S; 1N56 A; 2X3D A; 2KRB A; 5GME A; 3TVY A; 3UW1 A; 3I6P A; 1YK9 A; 3AH6 A; 3BGR A; 2DJW A; 1JXE A; 2ALZ A; 3HCX A; 1VK3 A; 3T9Z A; 2J0S D; 1RTH B; 3NGR A; 1NK7 A; 3SXL A; 4K4W A; 2HQ3 A; 1W25 A; 5DS7 A; 4ED3 A; 4Y2K A; 3P8B B; 2KM8 B; 2ABY A; 3CJ3 A; 2KM8 C; 5IV4 A; 5D4N A; 1XNQ J; 4DF8 A; 4ZCL A; 1FK9 B; 3KUE A; 1SC4 B; 1KHV A; 2DNM A; 1UVL A; 3RUB L; 3CD5 A; 2MLZ A; 4K4U A; 1RDR A; 1MWQ A; 4LF8 F; 4AND A; 2MZQ A; 5SZT A; 3C15 A; 3UD5 A; 3MM8 B; 3L7O A; 3MUR P; 4C2M A; 1FF2 A; 3QAU A; 2RU3 A; 4LUB A; 1NKE A; 3W60 A; 1W7W A; 3QLH A; 5I3U A; 3MUM P; 2HHT A; 2NXC A; 1KVI A; 1T94 A; 2DVI A; 4IQX A; 3CXC R; 4FBU A; 5E33 A; 1OPZ A; 4F26 A; 4WTO B; 1HNW F; 4C0H A; 4EYI B; 3FSY A; 1JLE B; 3CC7 S; 3W61 A; 1HYS B; 1NK8 A; 5AE1 A; 3OD2 A; 1HW8 A; 4B9M A; 2E44 A; 3MPD A; 2P9E A; 3GYG A; 5AJ3 J; 4B9U A; 1YJ9 S; 1RA6 A; 3K8V A; 9ATC B; 7AT1 B; 1SUQ B; 2MZT A; 2BJ1 A; 2DNO A; 2J6T A; 5H9E K; 3MM6 B; 1NJW A; 5HBM B; 4YME A; 4WK1 A; 4NEZ A; 1RT4 B; 2KVI A; 3PY8 A; 3JTP A; 3OTO F; 4LF5 F; 3J7Z T; 3MR3 A; 2C3Y A; 3KDO A; 1KLM A; 5L1K A; 3H98 A; 3DXS X; 1H0H B; 4WYL A; 1IBK J; 4ECY A; 1FHT A; 4PYD A; 1JLG A; 4JP8 A; 4ECV A; 1WNE A; 2WK4 A; 1T3N A; 1F60 B; 1LWE A; 1C2P A; 2E7X A; 4DR1 J; 4QR2 A; 3WDO A; 3IGV A; 1YDL A; 1RWN B; 1QVG R; 3IR7 B; 3OXF A; 1YBU A; 3NNA A; 1RT1 A; 3HSD A; 1TKD A; 2YTC A; 5LSL A; 2JRS A; 1D0E A; 4MFB A; 2IRY A; 4NX9 A; 3D4J A; 4OV6 A; 4OZL A; 3G8S A; 1T03 A; 5D4P A; 2F4F A; 4USH A; 3VQS A; 3IS9 B; 1UP1 A; 1KOO A; 3PX0 A; 4DSJ A; 1N48 A; 5DGB A; 4J37 A; 5A6P A; 1HAR A; 3ILI A; 1RJJ A; 4NI2 A; 5G0R A; 2CJB A; 1Y7P A; 5F8G A; 3QPI A; 1CJV A; 4WIQ A; 1WG4 A; 3D1O A; 1Q1K A; 4P10 A; 3R6G B; 1N34 J; 3CCZ A; 4WPA A; 2VBZ A; 4DZ6 A; 2BUN A; 4JV1 A; 3MM5 A; 4JV2 A; 2RUG A; 2V5H G; 2MQP A; 1FKP B; 3OTC A; 3M2U B; 2XWX A; 4ELT A; 3ETM A; 3IMQ J; 2VBW A; 3FVY A; 2HUR A; 4OIX A; 4DLE A; 1YSJ A; 1GX6 A; 1ZOT A; 4IUF A; 3HT3 A; 2EG2 A; 2LMI A; 3CUL A; 4ZLJ A; 1V5I B; 3HD2 A; 4JI7 F; 2K3K A; 2QC3 A; 2RHQ B; 1ACM B; 3KUH A; 3DRS B; 1K1Q A; 3OJU A; 1LWF B; 2D1C A; 4N47 A; 4UF4 A; 2LA6 A; 3NKY A; 4ZVP B; 1KBR A; 4PQA A; 1BQX A; 5AE3 A; 5HP1 A; 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4ECU A; 2WTF A; 1P1T A; 1NZA A; 2JX2 A; 5KG2 A; 2X1G A; 2QFI A; 3PRV A; 2ATL A; 2O66 A; 1AXQ A; 3CW2 C; 3DU6 A; 1UEU A; 1DQ8 A; 3ZTQ A; 2QA1 A; 4IFY B; 3IGN A; 4KSE B; 2AX0 A; 1B7Y B; 5LJ3 Y; 3W2V A; 4ZP7 A; 2B9W A; 3N0V A; 2VZ9 A; 3GFH A; 3DDN A; 3SQG A; 4UY8 5; 5JUM A; 5D3G A; 4IOC Q; 2JVO A; 2IYI A; 3HJV A; 3KLE A; 5D78 A; 2EI5 A; 4KHP F; 1JLF B; 2B3T B; 1JLC A; 1NU4 A; 4NYP A; 1SH2 A; 2I5J B; 4BWM A; 3EZ5 A; 4OZ5 A; 1GMW A; 3IM9 A; 1TKZ A; 3D54 A; 1Y3J A; 2C2K B; 1F2H A; 2FQQ B; 2WAQ D; 3PAC A; 2QYG A; 3ADA C; 4BBY A; 1FVQ A; 2CPF A; 1IJE B; 4YR3 A; 1C1B A; 3GYX B; 1HWI A; 4I0W A; 3C15 B; 3HVT A; 2XS7 A; 4B9N A; 4OYB A; 1WSR A; 2Z2L A; 1TL1 A; 4DF4 A; 1DQA A; 3DGP B; 1MMD A; 2EG1 A; 3MMB B; 2EVZ A; 3CMA S; 3V81 B; 2ADB A; 5G4D A; 1GQE A; 1N5S A; 1TMJ A; 3IBW A; 1R8H A; 1IKV A; 1MWY A; 2VAS A; 4M63 A; 1RQ0 A; 2CQG A; 1D9F A; 4ZPC A; 5EX0 A; 1VRU A; 3KMS A; 2HHV A; 2YNH A; 3CJK B; 2RB7 A; 2R7Q A; 2OI2 A; 4B3R J; 1RU1 A; 1IWA A; 4PAA A; 3FGV A; 2Y1I A; 1U0S A; 2MEW A; 4CQ1 A; 5LMN J; 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