1SDUA

Crystal structures of hiv protease v82a and l90m mutants reveal changes in indinavir binding site.
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords protease RETROPEPSIN
publication title Crystal structures of HIV protease V82A and L90M mutants reveal changes in the indinavir-binding site
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1sduA00
3OTYA 3UPJA 2WECA 4Z4XA 2IKOA 1QBUA 4DJOA 5P30A 4Z50A 4Y37A 3KM4A 5P3ZA 5HCOA 4UPJA 3PCZA 2AOGA 4B05A 5P04A 3UQPA 3L59A 4I0FA 3F9QA 5P4UA 4GYEA 3QPJA 5P0EA 2ZHRA 3QBHA 2OHUA 5P0OA 3RTMA 3UDHA 3LZYA 5KR1A 3UCBA 3VF7A 2J9KA 1MT8A 5P70A 3TOFA 4PZWA 3SA3A 2FGVA 5P3AA 2QMGA 1W5YA 3O99A 2G94A 5IVQA 2RMPA 1K1TA 5COOA 3HW1A 3PBDA 2QHZA 5P55A 4J17A 3LZUA 2QD8A 1SDVA 2AOJA 3O9IA 2XFJA 1YTJA 5P8EA 3NWXA 5P0LA 5P4AA 2JJJA 1LV1A 3I6OA 3KFSA 1W6IA 3O9AA 4DQBA 4Y3NA 5P3VA 4YBIA 1FIVA 3PLLA 4OBDA 4OBZB 2B7FA 3NWQA 2XYFA 4CP7A 4KUPA 1SBGA 4Y58A 5P0MA 5P4KA 3ZOVA 1M4HA 2BQVA 5UPJA 5DQ5A 1DMPA 2HB4A 2AVQA 4GJCA 3QROA 3OUCA 3HAWA 3LIVA 2V10C 4Y56A 4TVHA 5I3WA 3LNKA 5P01A 4M8YA 4FL8A 5OYXA 2FS4A 4DQHA 4Y4BA 5P2XA 5P5MA 2NNKA 1PSNA 4Y3PA 5P5JA 4Y4UA 4Y9WA 1E82E 3BVAA 2PK6A 3NU5A 2OHNA 4IVSA 1ZP8A 4J1CA 5P4GA 1RL8A 4L7JA 4KE0A 1T7KA 3HAUA 3RU1A 3H0BA 5P7FA 5P6OA 3IA9A 2I4XA 2QI0A 5P00A 2ZJMA 5P31A 1KJHA 2PSVA 5KQFA 5P2ZA 1NPWA 5P3WA 2G1SA 4J5JA 3BXSA 5P7YA 4LXAA 4R91A 1OD1A 3ZKQA 4Y54A 3SA6A 5P8KA 1T3RA 3IXJA 3R0YA 4ZSMA 4QJ2A 4XX3A 2ZHVA 5P6BA 1FG8C 2PC0A 1B6MA 3NDXA 5P73A 3UDPA 1PSAA 1KJGA 5APRE 3OGPA 4LXMA 3EL9A 3OY4A 4GJAA 3TKGA 3LITA 3LZVA 4DPFA 2F80A 4Y3ZA 4RROA 5F01A 4ER4E 3ZKIA 2NXMA 6APRE 5P62A 3RTNA 5P6IA 2BKSA 3URJA 4Y36A 4ZIPA 2QI4A 5P5YA 3DCRA 3O9EA 5P1IA 4DVFA 3INFA 1FQXA 4Y3MA 3PGIA 5P2MA 1QS8A 4WY6A 5E5JA 3PWWA 1TCXA 2WEDA 1BDRA 5JFPA 3EKTA 1RPIA 5P5LA 5P3LA 5P0HA 5P7LA 1A94A 2VA5A 3L5CA 3FIVA 3BUFA 3MSKA 3N3IA 4NJVA 4NPTA 1PPKE 4Y5EA 1LS5A 5P57A 1LYBB 2BB9A 5P69A 1T7JA 3BGBA 1PSOE 3ZLQA 3T11A 1PROA 3FKTA 3HVGA 5P5RA 2NNPA 5P1PA 4H1EA 5P61A 5DR7A 5P3NA 4LC7A 2ZDZA 4CPUA 1B11A 5OZHA 5P0DA 3AUPA 2AOIA 2G21A 4OD9A 4ER1E 5P6NA 1FMBA 1HEGE 1LEEA 5P48A 1FMXA 4Y4TA 5P8AA 1PPME 2O4SA 3S43A 5P6QA 3TNEA 3VV6A 4ZSRA 2PWRA 3PI0A 5C9FA 3K5FA 4YDGA 4Y44A 5OZSA 1XL2A 3DV5A 4R5NA 1IZDA 2B8LA 5P40A 4Y41A 5IVSA 4TRYA 5HE4A 4AUCA 5P6FA 1A8KA 2Z54A 5HU0A 3OADB 2FDDA 3QRVA 3OUDA 5P7RA 3DJKA 4Y3YA 4GJDA 4FE6A 4ACUA 3RSXA 3EKQA 5P3YA 3QP0A 2JE4A 3KFRA 4WY1A 5P2SA 4Y3AA 4FRKA 2FNSA 3APRE 3TPPA 3PWRA 1B6KA 4I12A 1A8GA 3GGUA 3OXVA 3QN8A 4A6CA 2WF0A 4HE9A 4CKUA 4K8SA 3SFCA 2XYEA 1D4HA 1W6HA 3S56A 5P0NA 2RKFA 1HTFA 2AZCA 1PFZA 5P8QA 1MESA 1SDTA 5P8CA 2RSPA 1EAGA 4B1EA 5P4WA 4QGIA 5P2FA 4J1FA 1EPQE 1G2KA 3Q3TA 5KOSA 5DGWA 2R3WA 3PBZA 5P83A 1LF3A 4CPWA 3OTSA 3TPLA 2FMBA 5KQYA 5P1LA 1HIIA 5P4OA 1HXBA 4GJBA 4Y4EA 5DR3A 3VYFA 4I0EA 4YA8A 2ZYEA 3WZ6A 1D4LA 2P3BA 3EBZA 3ZPUA 1MTBA 1WBMA 5P3DA 4ER2E 3OXCA 1CMSA 1E5OE 3KDBA 3SQFA 5P1HA 4JPCA 5HCTA 1KJFA 3BGCA 1Z8CA 4NJUA 2V16C 3NU6A 3VLAA 5IE1A 4Y39A 2HPEA 5P7AA 2QZLA 4ZPFA 5HVPA 4DQGA 2A4FA 4JPEA 5P5TA 4Y4XA 1XL5A 1SDUA 4PZXA 1EPNE 2VIEA 2FDEA 5P82A 5COPA 1YTGA 4RVJA 1AJXA 1LZQA 1SIVA 4K4PA 4YD4A 2R8NA 5P1OA 4E43A 3OHHA 2G20A 3MXDA 5I70A 3PSGA 3T7QA 3KN0A 1T6EX 1IDAA 5DQ2A 5P3FA 1Z1HA 1DP5A 1CZIE 1IZHA 5P81A 2WF2A 5P20A 4ZSPA 5BRYA 3PRSA 1MSNA 2CEJA 1TSUA 1MVPA 4YCKA 5DQ1A 4DJWA 1OEWA 3HD8A 1NH0A 4EJLA 2P83A 3WSJA 5P3PA 4RLDA 3S2OA 5P06A 3TTPA 2AZBA 4Y3HA 2Q54A 4Y43A 3LIQA 2A1EA 4I0DA 2VIZA 1EBKC 2J9JA 5P7JA 4PPHA 3UFLA 5OZEA 4YBFA 4RGHA 5P0RA 1FQ6A 4YDFA 4DI2A 4YOAA 5OZLA 1B6JA 2G24A 5P86A 2ZJNA 3K4VA 3PMYA 5P8GA 3KDCA 2FLEA 1APWE 3I8WA 5P89A 1HPOA 4OBFA 4DJUA 3IXOA 4GIDA 3UDMA 4YE3A 4XKXA 1HVIA 2AQUA 2G1OA 3O9DA 1ZTZA 5P4IA 4FAFA 3Q70A 3Q6YA 5P3OA 3FNTA 1WKRA 3OQ7A 3GGVA 2ZJIA 3KDDA 1EC3A 4GZFA 2I1AA 2P3AA 3EM6A 4RCFA 1HTRB 3FNUA 5P17A 5P5NA 3ZKXA 2I4DA 3UQUA 5AH6A 5OZ1A 5P4ZA 4EXHA 1MEUA 2NMZA 5SXNA 5P3CA 5P71A 2G26A 2AOFA 5P7TA 5P6PA 4EQ0A 1B6LA 1ER8E 5P8MA 5JODA 3RVIA 4I8WA 4A4QA 5P1AA 5P5DA 3HDKA 1AAQA 3HBOA 5P72A 5P4HA 1E80E 3UDJA 4J0ZA 4CPTA 4RCEA 4XXSA 2OHRA 1QDMA 5OZBA 4LAPA 2VJ7A 5P0PA 4B1CA 3NXEA 3KF0A 4EJKA 4EJDA 3IVIA 4YCTA 1G6LA 5P6VA 3OU1A 5P4EA 4I1CA 3KMYA 1W5WA 1XN3A 5P2JA 1HSGA 3OAGB 5OYVA 5P6SA 1T6GA 5P4QA 3U71A 1EPPE 4B0QA 2OHTA 2B8VA 1GKTA 1HVCA 4AA9A 5OZZA 5P66A 5P8VA 4CPXA 4RVIA 1TCWA 5SY3A 2CEMA 5P3QA 5I3VA 4F76A 5P4MA 4AA8A 3SLZA 5P5SA 1LYWB 2IENA 1W5VA 2QHCA 2I4UA 5P0XA 4ACXA 3OQKA 3SABA 5P0VA 3CKTA 4Y57A 3PM4A 4J0PA 1D4JA 1HTEA 4DJXA 4FSEA 2Z4OA 5P5IA 5CONA 1MRXA 1BDQA 5OZRA 5P6UA 5P8HA 3SPKA 4EYRA 1BWAA 1N49A 5P1NA 4A6BA 1G35A 4Z22A 3S54A 1FQ5A 2F3KA 5P7NA 1K6TA 3NU4A 1C6ZA 2PK5A 1FFIC 5P6JA 5I3YA 5OYYA 1CPIA 5CLMA 4MC2A 5OZCA 5P1TA 3AIDA 5P85A 2ASIA 3BUGA 3HVPA 4DQCA 5OZ4A 3GI5A 2QI1A 4OBGA 1HPSA 2AZ9A 5HU1A 3DUYA 4F75A 3OQDA 3OU4A 4OBHA 1IVPA 2FGUA 1FFFC 4FLGA 2NXDA 3TLHA 2HB3A 3OOZA 3ZKMA 3T7XA 3EL4A 4J1KA 3NUJA 3L5DA 4RYGA 4FGXA 3LZSA 4DPIA 5P0KA 5P46A 2QU2A 1MERA 4PEPA 4XX4A 2FIVA 1ZSRA 4APEA 1SMRA 5DR4A 5P4BA 3OAGA 1HHPA 4D8CA 3A2OA 4WTUA 3APPA 1TSQA 1DW6C 2P8HA 3EKPA 5P76A 3SKGA 3OUBA 4GJ6A 1BIMA 4J55A 5P37A 1K6VA 1BAIA 3DM6A 4L1AA 5P0CA 3EM3A 5P2UA 4YD7A 5P2YA 1E81E 3TOGA 1Z1RA 3INEA 3R2FA 5P5AA 5OZAA 4OD9B 5OZ6A 5IVRA 1LYWA 1OHRA 3ER3E 3UHLA 4R92A 3O9BA 3SACA 4M8XA 3VYEA 5HDUA 3CKPA 5P36A 5P3IA 2JXRA 3S43B 5DR8A 5P74A 5P59A 1B5FA 3R1GB 5P60A 4H3JA 3JVYA 5P6KA 3URLA 1SMEA 4GJ9A 4J0VA 3TPRA 3NU3A 2OF0A 2SAMA 3PMUA 5P2CA 5P4LA 2HS2A 2ZJKA 1BVEA 5HDVA 4Y3SA 1D4YA 4PYVA 5P6MA 5P8UA 2F3FA 5AHBA 4FAEA 3TH9A 2ANLA 1W5XA 1ZBGA 5P7DA 5P0JA 3OUDB 3HZCA 5P1GA 4LHHA 2VS2A 5OYWA 4KE1A 5P2BA 2I0AA 3SKFA 3CYWA 5P0TA 5P5WA 4CPRA 3GGAA 3VV8A 2QD6A 2R5QA 4YD3A 1GNNA 1WBKA 2OHKA 5P3HA 3S7MA 5P4YA 1APUE 5P0AA 1SIPA 4L7HA 2I0DA 3NDWA 3IAWA 4RZ1A 5P19A 4APRE 4D85A 3OXXA 3WZ8A 5P7PA 5P3MA 1AM5A 1EBWA 2QU3A 4EPJA 2HPFA 5P51A 1FLHA 1XS7D 1MIQA 4HA5A 1FB7A 1B6PA 1C70A 3VSXA 2FXDA 5OZ5A 4ZLSA 2JYSA 5SZ9A 5P5PA 1HPVA 1MRWA 4CPQA 3B80A 4B00A 3K5DA 3UDRA 3VUCA 5DR0A 4Y45A 2QCIA 4QJ9A 2P3BB 1FF0C 5P1SA 3S7LA 1QBTA 2ER6E 2WEZA 4GMIA 1M0BA 2G27A 2QNQA 4OBKA 4I0JA 2WHHA 1FQ7A 4Q5MA 5OZ3A 5OYSA 2QI6A 1EPOE 5P0BA 5P1XA 5P3EA 4Y4GA 4GJ7A 1QRPE 3GI6A 1HIHA 2H6SA 5OZYA 5P7CA 5P1UA 3PB5A 6UPJA 3CICA 2QZKA 4I11A 3CYXA 4Y5PA 2PYNA 3UF3A 3VSWA 1FQ4A 5DGUA 1UH8A 3OGQA 2VA6A 4Y51A 1D4KA 3SA9A 3UQXA 5P2IA 1IVQA 4DV9A 1RNEA 4Y47A 4RRNA 5I3XA 2IDWA 1EPLE 2Q63A 3FNSA 3D1XA 5P3JA 3S53A 4Y53A 2BJUA 5DQCA 2QI7A 2VJ9A 5P43A 2IRZA 5OZWA 5P4DA 3QAAA 2IGYA 5P1WA 2PSUA 4ZSQA 1SGZA 3KT2A 5P6EA 4ZEAA 5P44A 3G70A 3DOXA 3TPJA 1MUIA 1TQFA 4LL3A 2OHSA 5P7IA 5P4NA 5P0WA 3IGBA 5P1EA 4Y4ZA 2HM1A 2APRA 3BC4A 1EPME 1D4SA 4LP9A 5P28A 4DFGA 5P3XA 9HVPA 2J9JB 3OK9A 3Q5HA 4Y3XA 4AMTA 4COEA 4DJYA 3OQFA 1TW7A 3UQWA 5P56A 5P4PA 5P34A 3NDTA 5DQ4A 1MPPA 4DQEA 2BPWA 3EKWA 2UY0A 2F3EA 2Q55A 2ZJLA 4DUSA 3QRSA 5P8NA 2QMPA 1PPLE 3QRMA 5DR1A 3I7EA 3PLDA 1M43A 3KMXA 2AIDA 4YHQA 2ZHSA 5OZXA 3OXWA 5OZJA 4DJQA 4HLAA 5ENMA 5P80A 2JJIA 2ZGAA 5BWYA 4JOOA 2WF4A 5P58A 1KZKA 3RSVA 4FIVA 5OZFA 1GVTA 3PWMA 3OWNA 5P0GA 1HBVA 1FMUA 2WEBA 1BDLA 3QBFA 3EL0A 4LBTA 5P8TA 1UPJA 5FIVA 1DPJA 3OUAA 2QHYA 4I0HA 3DCKA 4YCYA 5P03A 3IN4A 1BWBA 4Y3FA 2PWCA 1BVGA 5AH8A 3SM2A 3U7SA 1HOSA 5P2TA 3GI0A 5P29A 4QLHA 3OU1B 3R0WA 5P09A 5P53A 3Q4BA 2PYMA 5P6CA 2FXEA 3NYGA 1C6YA 1UH9A 4Q1XA 4S1GA 2B7ZA 5P2KA 2VJ6A 5P15A 4F73A 1UH7A 4Q1NA 3SA7A 4DJVA 2V12C 5OZ9A 5ENKA 4ZE6A 5OZ0A 1EBZA 2HAHA 4Y4DA 3UDNA 3U6AA 5P8OA 5OZUA 2G22A 2NR6A 3NU9A 5P1BA 5P5HA 3T6IA 3MSJA 2QI5A 5P8PA 5P5QA 1YT9A 3PJ6A 1FEJC 5P2VA 4U7QA 1K2BA 4X2LA 1J71A 3SA5A 2V13A 1FGCC 2ER9E 5ER2E 5OYZA 4B72A 5HDXA 1HTGA 3EM4A 3L38A 5P1VA 2AODA 4R93A 1GVWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OTY A;  3UPJ A;  2WEC A;  4Z4X A;  2IKO A;  1QBU A;  4DJO A;  5P30 A;  4Z50 A;  4Y37 A;  3KM4 A;  5P3Z A;  5HCO A;  4UPJ A;  3PCZ A;  2AOG A;  4B05 A;  5P04 A;  3UQP A;  3L59 A;  4I0F A;  3F9Q A;  5P4U A;  4GYE A;  3QPJ A;  5P0E A;  2ZHR A;  3QBH A;  2OHU A;  5P0O A;  3RTM A;  3UDH A;  3LZY A;  5KR1 A;  3UCB A;  3VF7 A;  2J9K A;  1MT8 A;  5P70 A;  3TOF A;  4PZW A;  3SA3 A;  2FGV A;  5P3A A;  2QMG A;  1W5Y A;  3O99 A;  2G94 A;  5IVQ A;  2RMP A;  1K1T A;  5COO A;  3HW1 A;  3PBD A;  2QHZ A;  5P55 A;  4J17 A;  3LZU A;  2QD8 A;  1SDV A;  2AOJ A;  3O9I A;  2XFJ A;  1YTJ A;  5P8E A;  3NWX A;  5P0L A;  5P4A A;  2JJJ A;  1LV1 A;  3I6O A;  3KFS A;  1W6I A;  3O9A A;  4DQB A;  4Y3N A;  5P3V A;  4YBI A;  1FIV A;  3PLL A;  4OBD A;  4OBZ B;  2B7F A;  3NWQ A;  2XYF A;  4CP7 A;  4KUP A;  1SBG A;  4Y58 A;  5P0M A;  5P4K A;  3ZOV A;  1M4H A;  2BQV A;  5UPJ A;  5DQ5 A;  1DMP A;  2HB4 A;  2AVQ A;  4GJC A;  3QRO A;  3OUC A;  3HAW A;  3LIV A;  2V10 C;  4Y56 A;  4TVH A;  5I3W A;  3LNK A;  5P01 A;  4M8Y A;  4FL8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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