1SDVA

Crystal structures of hiv protease v82a and l90m mutants reveal changes in indinavir binding site.
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords protease RETROPEPSIN
publication title Crystal structures of HIV protease V82A and L90M mutants reveal changes in the indinavir-binding site
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1sdvA00
5JG1A 5P4FA 5DGWA 3R4BA 1E82E 4HE9A 5P5UA 3TOHA 3OXCA 2VJ6A 1K6TA 4LXMA 2G27A 2AOCA 3SQFA 5OZSA 1SBGA 1HTEA 3K5DA 1TCXA 2XYFA 4D89A 3VG1A 3ZKIA 1EC2A 1FMXA 5P8GA 1UPJA 4D88A 3WZ7A 4K9HA 4L1AB 1W51A 4HZTA 3CIBA 3TPRA 3NU3A 5APRE 4JECA 3VUCA 1D4SA 1LYWB 3S53A 1GVWA 4Y44A 2ZHUA 2Q15A 3CYWA 2NMYA 3PCZA 5DR1A 3TKWA 5OZZA 4H3GA 3OUCA 5P4QA 1HXWA 3EC0A 5I3XA 5P71A 5P6LA 1LF4A 3OQFA 2PQZA 4NPUA 5P0YA 4ZEAA 1HWRA 4ZE6A 2VA6A 1XDHA 1K1UA 5P43A 3BUHA 3SM2A 3EKYA 2V11C 4Y4BA 2BPXA 3G70A 1TW7A 4Y4UA 3OAGB 5OZ4A 5P04A 5P7CA 5P05A 4RVIA 4CPWA 4CPTA 3QAAA 5KOSA 5P8SA 5P0EA 2Q55A 3PMUA 1HVKA 4QGIA 5P12A 4B0QA 5P60A 4LHHA 4KB9A 5P0NA 3OHHA 1SDTA 5P8HA 5P5DA 1ER8E 3HDKA 1ENTE 5P2SA 2WEZA 3EKPA 1W5YA 3PWMA 3LZUA 1IZEA 2I4DA 1F34A 3AUPA 4ZPFA 5OYTA 4Y5NA 1A8KA 2WECA 5P29A 5ENMA 3D1ZA 1BIMA 5OZMA 4ER4E 3JW2A 4K4PA 4WY6A 2G1RA 5P4LA 3ZPUA 4FAEA 3LIXA 2EWYA 5P2HA 3D20A 4TVGA 3SO9A 4Y36A 1YT9A 3VEUA 3NWXA 5P1RA 3SFCA 3T7QA 3IGBA 5HTZA 3NDTA 4EXHA 3UDMA 1SGUA 3EM4A 5KOQA 1TQFA 3OY4A 3EKXA 1FIVA 4F73A 4XXSA 3NU9A 2HS1A 3R2FA 2QI5A 1SDVA 5P1VA 4DQFA 5P30A 5JODA 3VLAA 1B6PA 3PI0A 1K1TA 5P2TA 5P81A 1B5FA 2FNTA 5E5JA 3S85A 3EKWA 2NXLA 1LF3A 2QMGA 4DQHA 2B60A 2P3AA 1FF0C 3ZMGA 5HU0A 3QP0A 4FS4A 1ME6A 2CEJA 5P52A 2I0DA 3ER3E 2JJJA 5P00A 4GYEA 2WEDA 4Y9WA 4OBJA 4LC7A 2HAHA 1IDBA 4EXGA 2G94A 2VNNA 1IVPA 1YG9A 2O40A 3UFLA 4Y3JA 5AHCA 4N00A 2I4UA 5HE4A 5IVTA 2R9BA 5P2MA 5P8JA 4RLDA 4Y4ZA 1EBWA 2HB2A 3L5BA 3GGAA 5P4PA 4GB2A 1OEXA 3UDPA 1C70A 5P37A 2QI1A 5P5YA 5HDZA 3OTSA 3OGPA 5P7JA 1EBKC 4EYRA 5OZFA 3O9HA 4FRJA 3UQPA 1Z8CA 5P8BA 1FKNA 3DM6A 3DUYA 5P7PA 5P8FA 5P1LA 5OZYA 5OZAA 5P4AA 4R95A 2QMFA 1SH9A 1C6XA 1ZPAA 1W6HA 5P3XA 1ZTZA 2R3TA 4GJAA 5P77A 4Y3YA 5P51A 3SKFA 2V12C 4DFGA 1HVIA 4NJTA 2RKFA 1DPJA 1T3RA 1FGCC 5P0JA 5IE1A 1HTGA 3OOTA 3UF3A 2PH6A 2P3BA 5P48A 5SY3A 3KN0A 5P3WA 1MTBA 5P0IA 1BDLA 1M43A 5P10A 4B00A 4Y5CA 4K8SA 2IKUA 3IXJA 5P0AA 1W5XA 5T4SA 3UDKA 4CPSA 1M0BA 4X2LA 5P25A 1XS7D 5DR0A 4F74A 1EPME 3RSVA 5OYXA 4CPRA 1HBVA 1HEFE 1BVGA 5P53A 5P3CA 5AH8A 4ZLSA 5P8PA 1A94A 4Y3SA 5P06A 1UH7A 3O9BA 3BGCA 4QJAA 2IGYA 3AIDA 5P4NA 2FGUA 3DCKA 1IDAA 1LYBA 1C6YA 4R91A 5P0GA 5P7QA 3IN3A 1HIIA 2VNMA 4A4QA 1PROA 2WF0A 5P75A 4AA9A 4J0ZA 4IVTA 3R0YA 5UPJA 5P7TA 5P2EA 1BV9A 1APWE 4EJDA 4NJVA 4NPTA 2ZDZA 4DPIA 4R8YA 2J9JA 5COPA 5I3VA 5P7FA 5P0FA 4TVHA 2FDPA 3UDNA 5P8RA 5P0TA 3UDYA 3WB5A 3DCRA 1K2CA 1FQ8A 5P58A 3K5CA 4Y57A 2UXZA 5P16A 5OZNA 2HC0A 1ZP8A 5BS4A 4Y53A 2PMAA 4EJKA 5P6NA 3SA9A 3BUGA 4RYCA 1ZLFA 5P6FA 5OZ3A 3DOXA 5P3AA 4Q1NA 4TRZA 5OZ7A 5P83A 5P1XA 2WF3A 5P0DA 5P7OA 1G2KA 2R43A 5P7XA 4MC6A 5P0ZA 1HVJA 4Y54A 1SIPA 2ZJNA 3BGBA 5P02A 1PFZA 2OHMA 4Y39A 1T7IA 2ZHTA 5IVSA 5P38A 2O4LA 3Q5HA 3R1GB 1KZKA 5TOLA 1D4KA 5P5NA 3TOGA 5DR7A 1MIQA 5P0KA 5P1AA 5HDVA 3ST5A 1HVSA 2ER0E 1N49A 4I8ZA 5P72A 4J17A 4GJCA 2QU2A 4H3JA 3LIZA 2R38A 1LYBB 2Q5KA 5P61A 4ZIPA 4DPFA 1K6PA 1W5VA 3MXEA 3WZ6A 1GNNA 3APPA 5DR3A 3HD8A 4RCEA 5P55A 2QHZA 1EEDP 1APTE 5P3LA 5P5FA 1DAZC 2AOEA 1FQ4A 3SA3A 1ZBGA 1M4HA 1LS5A 4J1FA 5P5XA 3QPJA 5P5KA 3KT5A 3QBHA 5P5TA 4YOAA 5DGUA 5DR4A 5P6TA 1EPOE 4TRYA 4Y50A 5P87A 5P18A 1RNEA 3HLOA 5AH6A 3FNUA 2J9KA 3DJKA 4A6BA 3KFSA 5P5JA 5P82A 3UDRA 2V00A 1BAIA 2FXEA 4Y3EA 2F80A 5P6MA 3JVWA 3ER5E 3IN4A 5P1KA 4B1DA 3TOFA 5BRYA 3VYFA 3K1WA 5AH7A 3OADA 4I1CA 3O9FA 2VA7A 5P0QA 2P3DA 5I3YA 3APRE 4Y5GA 4Y4DA 5EZXA 1YX9A 5P6IA 4DJYA 5P2YA 1HEGE 4Y3RA 3UPJA 4Y58A 3OHFA 2FIVA 5OZ9A 5P5IA 4OBGA 1APVE 4Y5LA 4Y5KA 3N4LA 5P6SA 4BFDA 2AVVA 1T7JA 1TZSA 2XYEA 3VLBA 4MC1A 2OHRA 3TL9A 3GW5A 5P6CA 3SPKA 4ACXA 5P1IA 5KR8A 4GJDA 3S56A 5P6PA 5OZGA 1QS8A 4Y3LA 5P4IA 1C6ZA 2FLEA 1IIQA 2G1SA 4Y5EA 3OQ7A 3PI5A 3NU5A 3SA4A 5P4WA 3R0WA 4HDFA 4RVJA 3G6ZA 4COEA 4BELA 4AA8A 4ZSPA 5P39A 5OZ2A 2OF0A 4ZSRA 1HPVA 2NTRA 3B7VA 3NDXA 1W5WA 1PSOE 1SGZA 3OQDA 4J55A 2G26A 2P3CA 3PRSA 2ASIA 2NPHA 5P2ZA 3TLHA 4K4RA 4Y3WA 2XFKA 2QZLA 3L5CA 3IVIA 1IZDA 2OHTA 5BWYA 1WBMA 2R8NA 2IEOA 3KYRA 4YA8A 1K6CA 1K2BA 3URJA 4I0HA 3O9AA 3EKTA 2FNSA 3ZKSA 4CPXA 2QD7A 4Q1XA 5P2AA 4Y51A 3Q6YA 1B6LA 3PCWA 2F3EA 1GKTA 5P1ZA 2AZ8A 3HBOA 2AVOA 3VSWA 4Y5MA 5P07A 5P4CA 2VIEA 4DJOA 2OHPA 2QNNA 5P6BA 3SKGA 3S7MA 4FM6A 2QP8A 1PSAA 3OUDA 4YDGA 2F3FA 2VKMA 4DQGA 1GVUA 5P08A 4D83A 3FNTA 2AODA 2OHQA 5P5LA 1LZQA 5P73A 3VV7A 3OU1B 1AIDA 3FNSA 1K6VA 3O9CA 5P2LA 4EQJA 4HDBA 3TPLA 5OZDA 1D4LA 4I10A 1CPIA 2MIPA 5P5BA 1EPNE 5P2WA 2ZJLA 5OZ0A 4FGXA 1AXAA 4AMTA 3IXOA 5ENKA 3VCMA 3TTPA 5P1BA 5P31A 5P56A 8HVPA 2IENA 1WBKA 3OXVA 2WHHA 5DPZA 4QJ7A 1G35A 5OZEA 2HB3A 2O4NA 5P6HA 1BV7A 1F7AA 3IXKA 1XL2A 3CMSA 3Q4BA 5P3BA 4BEKA 1SDUA 4YBFA 3CKTA 3S54A 1PPLE 3ZKMA 3OUAA 5P6JA 1HPXA 5IVRA 2BJUA 3D1XA 5P2KA 5E5KA 1D4YA 3K5FA 2PYMA 4OBFA 3A2OA 3LPKA 5P5WA 4NJSA 2WL0A 3RTMA 2I4VA 5P0HA 1HHPA 5P79A 3ZKQA 1Z1HA 4Y43A 5P1PA 1FQ6A 1J71A 2P83A 3LPJA 1HTFA 3GGVA 3PEPA 3PGIA 1A9MA 5P6EA 2UPJA 4OC6A 3O9DA 1W6IA 3NUOA 5ER2E 4Y4JA 5P8UA 4JPEA 4U7VA 2AVQA 4U7QA 4U8WA 5P0XA 5P1FA 4RVXA 1XN3A 2QNPA 5P6RA 4DJVA 4CPQA 5P5VA 1MT9A 5P78A 2FXDA 2QNQA 5P42A 5P2UA 5P67A 5P3SA 3FSMA 5OZWA 1DMPA 5P6WA 4A6CA 5P69A 4GJ7A 1GVTA 1G0VA 5P68A 3H5BA 1YTIA 2ANLA 5P59A 1TSQA 1KJ4A 5P7VA 5P3EA 4KE1A 3EL0A 2IGXA 4E43A 5P0BA 5P2QA 3S8IA 2ZJHA 1FG6C 5P5QA 1FB7A 2JYSA 5OYVA 1D4IA 4FRIA 3K4VC 5P8IA 3QRMA 3DV1A 1Q9PA 3RVIA 5P0RA 5P1CA 1BILA 2WEAA 1AJXA 1EAGA 1MEUA 4KE0A 5KQXA 5P49A 1AJVA 5P3RA 4Y3AA 5P8AA 3PBZA 5KR0A 2BKTA 3EM3A 3OWNA 3KMXA 5P89A 3LIVA 3OTYA 2F3KA 4J5JA 5P7YA 5HDXA 3I7EA 5P32A 3VSXA 1NPVA 4OBDA 5OZKA 5P3YA 3S43A 4J1IA 4QJ8A 2FDEA 5P7WA 3HW1A 4EHCA 2H6SA 5P19A 1EPLE 3PWRA 4Y48A 4Y4XA 5OYSA 3CKRA 2NNPA 3C9XA 3BC4A 4J0TA 1AZ5A 7UPJA 5P7EA 2QCIA 3UCBA 3OU3A 5OZ8A 5P7SA 1MVPA 3U6AA 2QI7A 2G1NA 3FX5A 3O9GA 1LF2A 4L6BA 5P1OA 5P57A 5SY2A 5P7KA 2G69A 3D91A 5P1JA 1B5FB 1LV1A 1SIVA 1XL5A 4LAPA 7HVPA 2BB9A 1BDQA 3NUJA 3SLZA 3K5GA 3SABA 3CICA 3SA7A 1FMUA 5P5HA 3T3CA 4Y4AA 3O9LA 3GI5A 3L5EA 3UHLA 3VF5A 3NYGA 3L59A 3KMYA 5P5SA 5P84A 2B8LA 3GGXA 5P34A 5P64A 2G21A 3EL5A 1BVEA 1ZSFA 2R5PA 2ZJKA 5P4TA 5EZZA 3QROA 1HIHA 5P2XA 1META 2QZWA 2ZHVA 5DQ2A 5P8KA 3NWQA 2Z4OA 3BXSA 4F76A 5P5MA 3INHA 4QJ9A 3KM4A 5P0CA 4CKUA 5HVPA 4NKKA 4MC2A 3INEA 5P28A 5P6QA 2CENA 2I4QA 4Y3GA 1HSHA 4AZYA 3KDCA 5COOA 4EJ8A 4RRNA 5HDUA 3VV8A 4Y41A 1VIKA 5P4SA 2HPFA 4L7JA 4HDPA 3G72A 4I0ZA 1MPPA 2VIZA 5P1WA 1QRPE 3Q70A 4B77A 4H3IA 3QRSA 4QJ2A 4B05A 5P3GA 1LEEA 2V13A 4LXAA 1IZIA 2F81A 4H3FA 5DQ5A 4J0PA 5P0PA 3BHEA 4Y47A 4GJ6A 2PWRA 3INFA 5P3JA 3ZOVA 4YCTA 3BUFA 4YD4A 3PMYA 2ZJIA 1T6GA 4HLAA 1OEWA 5P6KA 4J1EA 2QMDA 5P11A 3QVCA 5AGZA 5P2DA 3SAAA 4K4QA 5IS4A 2VA5A 1AVFA 4JOOA 3INDA 3UDQA 4WY1A 2P3BB 2VIJA 2F8GA 1IZHA 3PLDA 2BPVA 5P4HA 5P5GA 1DW6C 3LINA 4FE6A 1HVRA 5P3MA 5P0MA 4Z4XA 5HCTA 3O9LB 5P6ZA 3UQXA 4L7GA 4DJQA 4B70A 5P1DA 5OZCA 5OZLA 1GVXA 4HA5A 2AZCA 3D3TA 4R92A 1DP5A 3RU1A 4EJLA 4EP2A 3TNEA 5P7DA 4L7HA 5HU1A 3UTLA 5P4MA 5P7RA 1BWAA 1PPME 5P65A 4EQ0A 3SACA 4YD7A 3ZPTA 5P23A 4Y38A 3MSLA 1RQ9A 4Z22A 1HPOA 1D4HA 4FCOA 4DJPA 3HAUA 2QI3A 5P3HA 1IVQA 2Z54A 3TPJA 4DVFA 2ZYEA 2Q54A 1MT8A 2I4XA 5P6GA 2RSPA 2J9JB 2PC0A 4Y4EA 6APRE 5P7HA 3H0BA 3QRVA 4J1KA 2QI6A 4LXKA 3BXRA 2I4WA 1ZPKA 5P6VA 3LIYA 1MTRA 4Y3MA 2JJIA 2NXMA 4Y3NA 4TRWA 3GI0A 2QZKA 2WEBA 3PWWA 5ER1E 1HRNA 4DI2A 2AOJA 2AOGA 2VIYA 2IKOA 5KQFA 2ER6E 4YD3A 4LL3A 5P27A 2IDWA 2G24A 3ZKXA 2APRA 5ISKA 5AHAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5JG1 A;  5P4F A;  5DGW A;  3R4B A;  1E82 E;  4HE9 A;  5P5U A;  3TOH A;  3OXC A;  2VJ6 A;  1K6T A;  4LXM A;  2G27 A;  2AOC A;  3SQF A;  5OZS A;  1SBG A;  1HTE A;  3K5D A;  1TCX A;  2XYF A;  4D89 A;  3VG1 A;  3ZKI A;  1EC2 A;  1FMX A;  5P8G A;  1UPJ A;  4D88 A;  3WZ7 A;  4K9H A;  4L1A B;  1W51 A;  4HZT A;  3CIB A;  3TPR A;  3NU3 A;  5APR E;  4JEC A;  3VUC A;  1D4S A;  1LYW B;  3S53 A;  1GVW A;  4Y44 A;  2ZHU A;  2Q15 A;  3CYW A;  2NMY A;  3PCZ A;  5DR1 A;  3TKW A;  5OZZ A;  4H3G A;  3OUC A;  5P4Q A;  1HXW A;  3EC0 A;  5I3X A;  5P71 A;  5P6L A;  1LF4 A;  3OQF A;  2PQZ A;  4NPU A;  5P0Y A;  4ZEA A;  1HWR A;  4ZE6 A;  2VA6 A;  1XDH A;  1K1U A;  5P43 A;  3BUH A;  3SM2 A;  3EKY A;  2V11 C;  4Y4B A;  2BPX A;  3G70 A;  1TW7 A;  4Y4U A;  3OAG B;  5OZ4 A;  5P04 A;  5P7C A;  5P05 A;  4RVI A;  4CPW A;  4CPT A;  3QAA A;  5KOS A;  5P8S A;  5P0E A;  2Q55 A;  3PMU A;  1HVK A;  4QGI A;  5P12 A;  4B0Q A;  5P60 A;  4LHH A;  4KB9 A;  5P0N A;  3OHH A;  1SDT A;  5P8H A;  5P5D A;  1ER8 E;  3HDK A;  1ENT E;  5P2S A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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