The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
58
|
structure length |
58
|
Chain Sequence |
ETKFVQALFDFNPQESGELAFKRGDVITLINKDDPNWWEGQLNNRRGIFPSNYVCPYN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural determinants of peptide-binding orientation and of sequence specificity in SH3 domains.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
SEM-5
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| source organism |
Caenorhabditis elegans
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| molecule tags |
Signal transduction protein
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| total genus |
12
|
| structure length |
58
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| sequence length |
58
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1995-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KXD A; 1T3S A; 1NYF A; 2LJ3 A; 2EVR A; 2FG0 A; 1Z9Q A; 2FPD A; 2GBQ A; 5I22 A; 2LX7 A; 1I1J A; 3RBB B; 4J9I A; 1UJ0 A; 2J7I A; 1UHC A; 2MIO A; 1YCS B; 1PHT A; 4OMQ A; 1WIE A; 1QLY A; 1JO8 A; 1A0N B; 2RQR A; 1ZUU A; 1BU1 A; 2BTT A; 1T0H A; 1WXB A; 2LQW A; 2GTO A; 3M0S A; 1OV3 A; 1SRM A; 3PE0 A; 1CKB A; 1UG1 A; 1CKA A; 2M51 A; 4GBQ A; 2RQV A; 1GBR A; 1YWP A; 1Z9Z A; 2DBK A; 2DL5 A; 2J06 A; 3JV3 A; 1WI7 A; 2PZ1 A; 2JS2 A; 2PNI A; 2A36 A; 4K11 A; 2EQI A; 1YN8 A; 4J9F A; 2FPE A; 4J9H A; 1PNJ A; 3TSW A; 2CRE A; 4Z89 A; 1X69 A; 4Y92 A; 3I5R A; 4R0K A; 2BZ8 A; 1HJD A; 1K9A A; 2JXB A; 1EFN A; 2V1Q A; 2E5K A; 2DA9 A; 2K6D A; 1G2B A; 1SRL A; 5HCK A; 4CC2 A; 2AK5 A; 3VRY A; 1U06 A; 1CSK A; 1QKX A; 1WX6 A; 4HXJ A; 4LUD A; 2FRW A; 1X6G A; 2EBP A; 3IQL A; 3UA7 A; 2L0A A; 1GCP A; 2EYY A; 2L2P A; 1ZUK A; 1FMK A; 5L23 A; 1OOT A; 1WLP B; 2BZY A; 3PVQ A; 3I35 A; 2CT3 A; 1M30 A; 2KRN A; 3I9Q A; 1MUZ A; 2DLP A; 3ULR B; 5IH2 A; 1KIK A; 2ED0 A; 1VYV A; 2W10 A; 2DL7 A; 1ARK A; 4KRT A; 4RTY A; 5GJV B; 3VS5 A; 2K3B A; 4ESR A; 2CH4 A; 2CT4 A; 1ZSG A; 4RTV A; 1YWO A; 1GL5 A; 2HSP A; 2YUQ A; 3NHN A; 4OMO A; 4D8K A; 2F2X A; 1GCQ A; 2KYB A; 1KJW A; 2MCN A; 2EW3 A; 1E6G A; 2ESW A; 4OML A; 2D1X A; 3EG2 A; 1AZG B; 2D0N A; 2J6K A; 2C0O A; 1ZBJ A; 2KBT A; 2LMJ A; 3EG0 A; 1TUC A; 4J9G A; 4IIM A; 3M0Q A; 2LP5 A; 1GFC A; 1RLP C; 3TSZ A; 4HVU A; 1AWX A; 2JW4 A; 5IHK A; 1VYU A; 3O5Z A; 2DX1 A; 5FW9 A; 3UAT A; 5FWC A; 2NUZ A; 1X6B A; 3A98 A; 2KRM A; 1T0J A; 1SPK A; 1S1N A; 2CUD A; 4JZ4 A; 1ABQ A; 2RN8 A; 1H92 A; 2J05 A; 3M0U A; 1KFZ A; 4LUE A; 1GFD A; 3H0I A; 2OAW A; 3CQT A; 4AG1 C; 2D8J A; 1QWF A; 5ECA A; 1YNZ A; 2HCK A; 3GBQ A; 4ZNX A; 3M0T A; 4E6R A; 2HBW A; 4X1V A; 1YP5 A; 1W6X A; 4IIO A; 3QWX X; 2KXC A; 3R6N A; 3UA6 A; 3PVL A; 1I07 A; 4AFS C; 1NLP C; 4RUG A; 1LCK A; 2DNU A; 1TG0 A; 2DL4 A; 1G83 A; 1UFF A; 1QCF A; 1PWT A; 2JT4 A; 3H0F A; 1HD3 A; 2ENM A; 1PRL C; 4RTT A; 1UEC A; 4JJD A; 2GNC A; 5IHI A; 4WCI A; 2YT6 A; 5EC7 A; 2LCS A; 1PKS A; 5FWB A; 4JPB W; 2D8H A; 3I5S A; 2A08 A; 1HSQ A; 3NPF A; 3VRZ A; 3EG1 A; 5IXF A; 4RTX A; 1WDX A; 2KT8 A; 1NEB A; 1WXU A; 1RUW A; 1RLQ C; 3EG3 A; 1GBQ A; 2VKN A; 2DIL A; 2O88 A; 4EIK A; 2DYB A; 2JMC A; 1WYX A; 1UUE A; 1NEG A; 2J6F A; 2O9S A; 2KRS A; 4J9C A; 3KFV A; 2SEM A; 1M27 C; 2DF6 A; 4AFZ C; 2DJQ A; 1UTI A; 1OPK A; 4JJB A; 1K4U S; 2EGC A; 1NM7 A; 1PRM C; 4AFQ C; 2OI3 A; 1ZX6 A; 2AKK A; 2EGE A; 4RTW A; 1VA7 A; 2K2M A; 2L3P A; 2DL3 A; 2PTK A; 1UJY A; 1BBZ A; 1KSW A; 2GTJ A; 4J9E A; 4JJC A; 2KE9 A; 2GQI A; 4CC3 A; 3C0C A; 2K9G A; 2XMF A; 4LNP A; 1AOJ A; 1ZUY A; 2NWM A; 1WFW A; 4LN2 A; 1UGV A; 3M0R A; 1ABO A; 1T3L A; 1K0S A; 2RQU A; 4FSS A; 1X43 A; 4HVV A; 2DMO A; 3VS7 A; 2ECZ A; 3VS0 A; 2ROT A; 1K1Z A; 4DEX A; 4RTU A; 1AWW A; 1UHF A; 1VYT A; 1I0C A; 2DE0 X; 2FO0 A; 2KYM A; 4HVW A; 1K76 A; 3NGP A; 1AVZ C; 2KGT A; 1GRI A; 3NMZ C; 2A37 A; 2LNH B; 4OMN A; 1AZE A; 1K0X A; 2YUO A; 3H0H A; 3ZL7 C; 4HCK A; 2DRK A; 1AWJ A; 3VS1 A; 2LZ6 B; 1X2K A; 2EYX A; 4GLM A; 1TUD A; 2EYZ A; 2KT1 A; 1B3Q A; 2JTE A; 1JU5 C; 2M0Y A; 4J9B A; 2BZX A; 2O31 A; 3SHW A; 2SRC A; 3TVT A; 2HEQ A; 2C0I A; 3UF4 A; 1RI9 A; 1Y57 A; 2H8H A; 1H8K A; 2JS0 A; 2V1R A; 2CSQ A; 1B07 A; 2F2W A; 3REA B; 4A63 B; 2FPF A; 2I0N A; 1GCQ C; 4Z88 A; 2KNB B; 4LE9 A; 1V1C A; 2FRY A; 2DRM A; 4QT7 A; 3QWY A; 2L3S A; 1U3O A; 2YUP A; 3LH5 A; 4RTZ A; 1E7O A; 4Z8A A; 1H3H A; 2CDT A; 1NG2 A; 2DBM A; 2RNA A; 4JZ3 A; 2K7A A; 1JXM A; 2RMO A; 1J3T A; 4CC7 A; 1SHG A; 1N5Z A; 2EPD A; 4OMM A; 2ED1 A; 2RF0 A; 5I11 A; 1OEB A; 3THK A; 1QWE A; 2J6O A; 2O9V A; 2KRO A; 1UDL A; 1X2Q A; 2JM9 A; 2AZS A; 4F16 A; 2RQW A; 5IHN A; 4DEY A; 1M8M A; 4AFU C; 1W1F A; 1SHF A; 2AZV A; 2CH4 W; 2RPN A; 3VS6 A; 3REB B; 2LJ1 A; 4AG2 C; 2JMA A; 5GJW B; 2MOX A; 2P4R A; 1NYG A; 2KEA A; 2OJ2 A; 4D8D A; 2ABL A; 3EGU A; 3M0P A; 2KR3 A; 2L3Q A; 2IIM A; 2A28 A; 2QDL A; 1PKT A; 2VWF A; 1BK2 A; 4F14 A; 2F2V A; 2JM8 A; 2LQN A; 1MV3 A; 2X3X D; 3VS3 A; 1M3B A; 2C0T A; 2EGA A; 1U5S A; 2CSI A; 4CC4 B; 2K79 A; 1SSH A; 1XOV A; 2VVK A; 1JQQ A; 2G6F X; 1WXT A; 3RNJ A; 1M3A A; 2DL8 A; 1AD5 A; 1IO6 A; 3FJ5 A; 2DM1 A; 1ZLM A; 3H41 A; 1W70 A; 4ORZ A; 1FYN A; 2HDA A; 1AWO A; 2EYW A; 3EHQ A; 1OPL A; 2O2O A; 2X3W D; 5IXB A; 3EHR A; 2FEI A; 2LJ0 A; 1NLO C; 2W0Z A; 1BB9 A; 3U23 A; 1M3C A; 3VS2 A; 1JEG A; 3VS4 A; 2EKH A; 1MV0 B; 1WA7 A; 1SEM A; 2DVJ A; 1QKW A; 1Y0M A; 2YDL A; 2GGR A; 1X27 A; 2CUB A; 2YUN A; 1E6H A; 3SEM A; 1AEY A; 2RQT A; 2B86 A; 1UE9 A; 2ROL A; 2YSQ A; 4M4Z A; 2AKL A; 1JXO A; 4F17 A; 4OMP A; 4J9D A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2OTL Q; 4F7U F; 4PL6 A; 2LJ3 A; 3OYI A; 1VQ4 Q; 2RJC A; 4M7D A; 4VUB A; 4F7U E; 1VQK A; 2L3R A; 2QQR A; 5I22 A; 1YFN A; 4PJL A; 2LX7 A; 1SF9 A; 2DYI A; 3DLM A; 1WJS A; 2COY A; 1UHC A; 2FHD A; 1YCS B; 3JCM d; 5D6Y A; 1PHT A; 4OMQ A; 4PFO A; 1WIE A; 3KXT A; 1A0N B; 1BU1 A; 2BTT A; 2DXB A; 2LQW A; 5FU6 B; 2GTO A; 2M51 A; 3CPW A; 1D1A A; 4MML A; 3OS2 A; 3H8Z A; 4E7K A; 3JV3 A; 3EFR A; 2CKK A; 3TQ7 P; 2K5I A; 3TU4 K; 1M1G A; 4K11 A; 3HFN A; 2FPE A; 1ZQ1 A; 3FIF A; 2K57 A; 1YIT A; 4Z89 A; 1X69 A; 4Y92 A; 2BZ8 A; 1HJD A; 5LJ5 e; 1K9A A; 1M1K R; 1EFN A; 1TXQ A; 2MI6 A; 2F69 A; 2QA4 T; 1R0C B; 4M75 A; 4CC2 A; 1WQ7 A; 1U06 A; 3OYL A; 2E70 A; 2YRC A; 1QKX A; 4HXJ A; 3CCL Q; 7AT1 B; 3JCM V; 1IZ6 A; 1X6G A; 3UA7 A; 2L0A A; 2M16 A; 1YJN Q; 2L2P A; 1ZUK A; 5L23 A; 1G3T A; 1WLP B; 3PVQ A; 3I35 A; 3JCM W; 1P92 A; 5GMK e; 1KIK A; 4ZGJ B; 5DY9 A; 1VYV A; 4YTL A; 4QVC A; 1QVG A; 2W10 A; 3UPU A; 1WJR A; 4KRT A; 4CRI A; 4RTY A; 5GJV B; 3A8L B; 1D1C A; 3HP9 A; 4Z02 A; 3QG1 A; 1Q81 R; 4N4I A; 4HCB A; 3CCU T; 3V7C A; 2OTJ Q; 4OMO A; 4D8K A; 2F2X A; 1S72 T; 1BCO A; 2DD5 A; 2P4T A; 3QYG B; 2EW3 A; 2FVU A; 2LRQ A; 2Y90 A; 4EMK C; 4C0Z A; 5CQY A; 1QVF P; 3INZ A; 2D1X A; 2QGG A; 1QMC A; 2P0P A; 4PKC C; 1TUC A; 4IIM A; 1VQL T; 1PG5 B; 4BI8 B; 2DTI A; 1GFC A; 1RLP C; 4FYY B; 3TSZ A; 2XD0 A; 2YLC A; 1UGS B; 1AWX A; 3GNF B; 1DJ7 B; 3WXM B; 1I5L A; 2DXU A; 1W2B P; 2YLB A; 3OYH A; 1SPK A; 4NOY A; 5KCH A; 2CZ7 B; 3H0I A; 2OAW A; 5GAN 7; 2CP0 A; 4AG1 C; 2E6Z A; 4ANJ A; 1QWF A; 2ZPE B; 1YNZ A; 3C4S A; 4MZP A; 1Q82 R; 4ZNX A; 3M0T A; 2ZPI B; 4X1V A; 2ZCF B; 2MWO A; 3X26 B; 1S72 A; 3QPH A; 2ZPF B; 1NLP C; 2Y4Y A; 1TU0 B; 4M7A A; 1VQ6 A; 2ZZD A; 4PJO G; 1UEC A; 2JJ9 A; 5GAN 8; 3CC2 Q; 6AT1 B; 2NUT A; 2F5K A; 1KQ1 A; 5FWB A; 3RKX A; 2CYZ B; 2D8H A; 2K3Y A; 1PD0 A; 3EG1 A; 5CKD A; 1WDX A; 2LCL A; 2KT8 A; 1WXU A; 3CCM Q; 4M7D D; 1RUW A; 3OYJ A; 3QZ9 B; 3EG3 A; 4M7D C; 1GBQ A; 2VKN A; 3SWN A; 5GAM d; 4EIK A; 2MMP A; 4RG8 A; 2B8A A; 3RER A; 1TOV A; 4J9C A; 1R77 A; 3VUB A; 1M27 C; 4AFZ C; 2HZY A; 2HNI A; 4M77 D; 2DJQ A; 4M77 C; 2HSE B; 2K5F A; 4A53 A; 1NM7 A; 2OI3 A; 5LJ5 h; 2DL3 A; 2PTK A; 1UJY A; 3PIO A; 1YIJ T; 1KSW A; 4KH1 B; 2E5Q A; 2GQI A; 1YI2 Q; 4L59 A; 2PVD B; 3RDV A; 2K9G A; 4M78 G; 4LNP A; 2NWM A; 4LN2 A; 1RI0 A; 2OTL T; 1UGV A; 3M0R A; 4J7I A; 2QEX T; 1QVG S; 1YJ9 T; 1T3L A; 4HT8 A; 1QQJ A; 4C92 D; 2ROT A; 4KBM B; 4C92 C; 5GMK h; 5KYU A; 4KGZ B; 1UHF A; 3QHS A; 1AWW A; 2DZ9 A; 4FYW B; 1OU9 A; 2LQK A; 3UT1 A; 1VQN A; 5AYF A; 4M75 D; 4M77 B; 2CGH A; 4B9X A; 3NGP A; 4M75 C; 3CXC A; 3OW2 A; 1GRI A; 3MPU B; 2RJD A; 4OMN A; 2XI9 A; 1AZE A; 2YUO A; 3ZL7 C; 5CVI A; 3G71 Q; 3JCM f; 1LJO A; 2RHU A; 1TUD A; 2EYZ A; 3VUZ A; 3JCM X; 2GF7 A; 2E1H A; 2C06 A; 4J9B A; 4X9C A; 2DTO A; 3SHW A; 1ZHI A; 4MDX A; 2OTL A; 1RAI B; 1K9M U; 2QEX A; 4FT4 A; 4C92 B; 1VQ4 A; 1IHV A; 2RHZ A; 1EX4 A; 1YCY A; 1IRE B; 3REA B; 3EGX B; 2I0N A; 1ZSZ A; 4Z88 A; 4LE9 A; 4X9D A; 4ZTF A; 2FRY A; 2E6N A; 1WGS A; 3ZEH A; 1FXX A; 2LDM A; 2L3S A; 2CP6 A; 1N9S A; 2MK5 A; 1X75 C; 3VKI A; 2DBM A; 4L6V 5; 4BD3 A; 1N6A A; 5EG2 A; 3HFO A; 3QII A; 2R57 A; 3CCE Q; 2IG0 A; 3OB9 A; 1MMD A; 2HL5 C; 5I11 A; 1OEB A; 3MP8 A; 2EKO A; 5IAY A; 2JZ2 A; 1MGQ A; 2I2L A; 1NBE B; 2JN0 A; 1X2Q A; 2FZC B; 4BI3 A; 5IHN A; 1SHF A; 2MWP A; 1M1K C; 2CZ6 B; 3VS6 A; 5KYW B; 3VYH B; 4AG2 C; 2P4R A; 2KEA A; 4M7A D; 3BFM A; 3M0P A; 4M7A C; 2X4X A; 2KR3 A; 2IIM A; 1NJI U; 2ZAE A; 3CCL A; 1YBY A; 1VQM T; 2VWF A; 4ZGE B; 2CS7 A; 4F14 A; 4C8Q D; 2FYK A; 1YJN A; 3VS3 A; 4C8Q C; 1LNX A; 1U5S A; 5KYX B; 1M9S A; 2CSI A; 2K3X A; 4CC4 B; 2VVK A; 3WVE B; 3J81 E; 1W4S A; 2JNG A; 3LWI A; 1C0M A; 2QAZ A; 1Q81 C; 4DBH A; 4N4H A; 3EG9 B; 1ZLM A; 3SWN C; 2EJG A; 4ORZ A; 1FYN A; 2E65 A; 2HDA A; 3EH2 A; 2QA4 Q; 1QCO A; 2EYW A; 2O2O A; 2X3W D; 5D7U A; 3EHR A; 3RMQ A; 2LJ0 A; 4RCC A; 5CKB A; 1N8R U; 1M3C A; 3VS4 A; 2EKH A; 1MV0 B; 2DVJ A; 3CXC S; 1KQ2 A; 3MEU A; 2DK3 A; 3OBY A; 2EWN A; 4E7J A; 3CC2 T; 1E6H A; 4C8Q B; 4DBF A; 3JSC A; 4M7D G; 2A7Y A; 2XDB A; 2X9H A; 2RO0 A; 3QBY A; 4B6M A; 2E10 A; 4XU1 A; 3I55 Q; 4OMP A; 1Q86 U; 4J9D A; 4E7S A; 3SD4 A; 3MEV A; 4KGV B; 3NFC A; 3CCU Q; 1ZBX A; 3OYM A; 1Z9Q A; 4JRQ A; 2EAY A; 4C0D C; 1S72 Q; 4V2S A; 3OYG A; 3RBB B; 1Q82 C; 3CEY A; 4LD6 A; 4L5G A; 1VIE A; 3OMC A; 5LJ5 g; 3CCS T; 1JO8 A; 5GAM f; 2CP7 A; 4J8O A; 2RQR A; 1IXD A; 3FRN A; 1T0H A; 1VQL Q; 3WVD B; 3M0S A; 3PE0 A; 4NL3 A; 3CC2 A; 4A4K A; 2A0F B; 1GBR A; 5DM7 R; 1Z9Z A; 1VQ8 Q; 2DBK A; 2J06 A; 2H3J A; 2DAQ A; 2PZ1 A; 2JS2 A; 2PNI A; 5GAN e; 4X34 A; 3A8O B; 2BUD A; 4J9F A; 4QQ6 A; 2VAS A; 3G1J A; 3QKJ A; 1QW1 A; 4JUV A; 3GOX A; 4C0D B; 1XNI A; 2E41 A; 3RMS A; 3TSW A; 3CC7 T; 2O4X B; 1RAC B; 4IUV A; 4FYX B; 3C94 A; 5GAM j; 2GCX A; 2YRD A; 3H6Z A; 1ZSZ C; 1G2B A; 1FX7 A; 1B34 B; 1CSK A; 1WX6 A; 4OP0 A; 1BIA A; 5GAM e; 2EBP A; 4FW2 A; 5CCA A; 2F1L A; 2EYY A; 1YI2 A; 1JJ2 S; 3PIP A; 1UEB A; 3I9Q A; 1MUZ A; 3I56 T; 4XTX A; 1QCN A; 2LCC A; 4RTV A; 1YWO A; 2KQW A; 5I21 A; 3CC7 A; 2HSP A; 1UB4 A; 3M54 A; 4HA8 A; 4F7U B; 4C5E A; 3MHX A; 1ACM B; 3OYN A; 2KYB A; 3OYK A; 2IVW A; 1E6G A; 2ESW A; 2V8I A; 1YIJ Q; 2FZG B; 5FU6 C; 2NUP B; 1G3Y A; 2J6K A; 2C0O A; 1IGQ A; 4BDY A; 2KBT A; 2HMA A; 4J5Y A; 4J9G A; 3A8H B; 1KD1 C; 3CBP A; 2XU8 A; 2QEX Q; 2IPO B; 1YJ9 Q; 5IHK A; 5DLO A; 3QJ6 A; 1KG1 A; 2QTX A; 1X01 A; 5FW9 A; 1X6B A; 1EIF A; 2RI5 A; 3NTH A; 1S1N A; 2CUD A; 4JZ4 A; 3UWN A; 2KVQ G; 2RN8 A; 1H92 A; 1OZ2 A; 1Q7Y U; 1G5V A; 4M77 A; 2HBW A; 1W6X A; 5M9O A; 1VOM A; 3QWX X; 2KXC A; 1PSF A; 3DKM A; 4AFS C; 5KYN A; 3OYA A; 2D0Q B; 2DL4 A; 1UFF A; 2HBP A; 4QQD A; 1QCF A; 4ZN1 A; 4JRP A; 1WJQ A; 3X25 B; 5GAO p; 1PWT A; 2JT4 A; 3H0F A; 3MEA A; 4RTT A; 2X35 A; 4JJD A; 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