The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
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sequence length |
86
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structure length |
86
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Chain Sequence |
MSMNDTYQPINCDDYDNLELACQHHLMLTLELKDGEKLQAKASDLVSRKNVEYLVVEAAGETRELRLDKITSFSHPEIGTVVVSES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
orf, hypothetical protein
|
| publication title |
Solution Structure of YaeO, a Rho-specific Inhibitor of Transcription Termination
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule tags |
Structural genomics, transcription, protein binding
|
| total genus |
6
|
| structure length |
86
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| sequence length |
86
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-02-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07073 | ROF | Modulator of Rho-dependent transcription termination (ROF) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Rof-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1SG5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3INZ A; 4GY5 A; 4A4H A; 2C0T A; 1VIE A; 1VQ8 T; 1SKU B; 3IQL A; 4HCZ A; 2PVG B; 1TSF A; 4YTL A; 1YFN A; 3HTR A; 1BCM A; 2FEI A; 1IGU A; 2D9T A; 2KMT A; 1KSW A; 4UC4 A; 4XTZ A; 2HSE B; 4LDX A; 2FB7 A; 3R6N A; 4A4F A; 1YNZ A; 1X6O A; 4OVA A; 1YN8 A; 1VOM A; 2NWM A; 1S72 A; 1NZ9 A; 4A63 B; 1Q81 C; 1NYG A; 2M0O A; 2ZPH B; 4BY6 B; 4X1V A; 4ZN1 A; 5HK0 A; 5I2S A; 2DXB A; 3ASK A; 5HK3 A; 4X9C A; 1H64 1; 3WVD B; 4J7I A; 2RQR A; 4LN2 A; 1KC8 U; 2DX1 A; 1K8A C; 2LNV A; 2IG0 A; 2CYZ B; 5GAN 2; 2O9V A; 4QQD A; 1K73 R; 2AK5 A; 1H3Z A; 2DNU A; 1QVG S; 3NPF A; 2K6D A; 3EFR A; 2DM1 A; 1NG2 A; 4M77 G; 4AG2 C; 2GQV A; 2DPP B; 5DLO A; 1KK7 A; 1TTH B; 2P0Q A; 2JNG A; 2CZ0 B; 4XK8 E; 1NBE B; 2KT8 A; 3C0C A; 4CC4 B; 1D09 B; 1VQK A; 1V29 B; 1CSK A; 3CCQ Q; 4OB1 B; 1BBZ A; 2DL8 A; 2ROL A; 4J9F A; 3WVE B; 3ZBD A; 2PVD B; 3QJ6 A; 3CPW A; 1VQ5 T; 1JO8 A; 2EQM A; 1E7O A; 3RMS A; 3OYF A; 2E41 A; 1VQN Q; 5CCA A; 2RK1 A; 5IXB A; 4KUD K; 3A1P A; 5GAN h; 3MKD A; 2JTM A; 1ZX6 A; 2DK3 A; 4N4I A; 4B9X A; 1OZ3 A; 3I56 Q; 1BIA A; 1MV0 B; 2AHJ B; 2HCK A; 2C0I A; 2L2P A; 3VS2 A; 1XNI A; 1Y71 A; 2D0N A; 2E70 A; 5D6W A; 4D8D A; 3EGD B; 1HD3 A; 4LDW A; 1YP5 A; 1JU5 C; 4M7A E; 4PJO A; 2EW3 A; 4F7U E; 2CP2 A; 2ENM A; 4QVC A; 2F1L A; 4M75 D; 2GBQ A; 1PNJ A; 1SRM A; 1C6V X; 3RES A; 3CCS A; 4X9D A; 1SSH A; 1X27 A; 1VYU A; 1AT1 B; 2NUZ A; 4ZTJ A; 4PJM A; 2QI2 A; 2ESW A; 5GAM d; 1UJ0 A; 2EYY A; 4JUV A; 3QDF A; 2DAQ A; 3EG1 A; 4C8Q A; 2FVU A; 2QAS A; 3VU3 C; 4OMQ A; 4C5H A; 3E9F A; 3REA B; 3OS1 A; 3VS1 A; 4KGX B; 2OTL A; 4C0D C; 1YIT T; 2LJ1 A; 1Y96 B; 2FYK A; 1PD1 A; 3Q1J A; 5GMK j; 4RTX A; 2M02 A; 5GAO l; 3SB2 A; 2LQK A; 1K9M U; 1BI2 A; 5IXF A; 4E7S A; 1EFN A; 3CCE T; 3LH5 A; 2BUD A; 3C12 A; 4KT0 E; 2H3J A; 3OMC A; 4R0K A; 1OI1 A; 3V7S A; 1K73 C; 4FIB A; 5CK9 A; 4RTY A; 2AIR B; 3A8G B; 3OSS C; 3CME Q; 4ZTF A; 1UG1 A; 1VQ8 A; 2L89 A; 3EAE A; 2C0O A; 2DD4 A; 1PG5 B; 4OB2 B; 2OTJ T; 2J6K A; 3HL8 A; 3M0Q A; 3QSU A; 1X6G A; 4FT4 A; 3HKS A; 1LVK A; 2HKN A; 3NHN A; 2AT1 B; 2KSS A; 3VYH B; 4GLM A; 4XTY A; 2YXY A; 3A8O B; 2KRS A; 1VIF A; 1NE8 A; 3VRY A; 2QXF A; 3RKX A; 2AZV A; 1VYV A; 2XI9 A; 3EG9 B; 4OP0 A; 1X2Q A; 3H0I A; 1VQP Q; 4HT9 A; 3HFN A; 5FWB A; 3QWY A; 1QVF A; 3URG A; 1JJ2 S; 2K5F A; 4M75 B; 4KRT A; 3JCM X; 1IO6 A; 1I4K 1; 3JCM e; 2KE9 A; 1X2K A; 2RM4 A; 5GAM j; 4BDZ A; 2FRW A; 3C95 A; 4J9E A; 4CC7 A; 1ZBJ A; 3LWI A; 2L5Q A; 4JRQ A; 1AEY A; 1WQ7 A; 4ME7 A; 2VV5 A; 4J9G A; 1ACM B; 4IKF A; 4JDS A; 4Y91 A; 1SPK A; 2A7Y A; 1TU0 B; 2D6F A; 4XTV A; 1JRI A; 1FXX A; 2PU9 B; 4M78 F; 3RBB B; 2X4Y A; 2RA2 A; 4J5Y A; 5GMK m; 1VQ5 A; 2DIG A; 3UWN A; 2NLU A; 3CEY A; 1UGR B; 1O75 A; 2QA4 Q; 2CZ1 B; 3OB9 A; 3VYG A; 1U3O A; 4WCI A; 2OAW A; 4BI4 A; 1AWJ A; 3QII A; 3OYN A; 4JJN K; 3CMA Q; 1KQS P; 4ZN3 A; 4HVU A; 1PRL C; 4ZGE B; 1R8O B; 1M5Q 1; 4IUQ A; 3A8H B; 1QMC A; 3MEA A; 2DET A; 1V1C A; 2C06 A; 1UB4 A; 3OYG A; 2X3X D; 3OYC A; 2YUP A; 5LJ5 h; 3CCQ T; 2NUT A; 2XD0 A; 4PJO F; 3PMI A; 2DXC A; 4RTW A; 2HQE A; 2BTT A; 1ZSZ A; 1E6H A; 2ZGW A; 3OYE A; 2RMO A; 1VQN T; 1KC8 R; 1B34 B; 2WAC A; 2YLB A; 2FZG B; 4LDU A; 3I56 T; 4M78 D; 2V1Q A; 5LJ3 e; 4M7A F; 1R77 A; 1Z9Z A; 2LCL A; 2ZPF B; 2MYS A; 4HKE A; 3WXM B; 4M7D A; 2OX7 A; 4RKU E; 2A36 A; 2KBT A; 2XG8 D; 3TCJ A; 3CD6 Q; 1NPP A; 5D6X A; 5FWC A; 3M54 A; 5EG2 A; 3HRU A; 2EJG A; 1OV3 A; 3H41 A; 2OAU A; 4KH1 B; 1SSF A; 4JS4 A; 2MCN A; 2P4T A; 3GNG A; 4LUE A; 1AOJ A; 3P8B B; 2X4X A; 3CCE A; 4BD3 A; 4CC3 A; 1JEG A; 4J6Y A; 4PJO D; 3G4S Q; 4LDY A; 1MGQ A; 2R57 A; 1YWO A; 2F69 A; 2RD1 A; 3FLG A; 2DZ9 A; 2D8H A; 2XMF A; 5GAN 3; 4OF1 A; 2RHI A; 3EGU A; 2B8A A; 2VWF A; 3LLR A; 4XU2 A; 3L2U A; 1JB0 E; 2JXB A; 2RI2 A; 3OS5 A; 1M90 R; 2MWP A; 2IVW A; 3NTH A; 2FHD A; 2XU8 A; 4C8Q D; 2EYZ A; 5GMK h; 3X24 B; 3R6O A; 3KUF A; 2QAZ A; 2K2V A; 1LPL A; 3JB9 I; 1U1T A; 1LNX A; 2K5I A; 3OYM A; 2DJQ A; 3JCM V; 1RI0 A; 5I21 A; 3VV0 A; 2DRM A; 3EGX A; 3CCU Q; 1OU8 A; 3QYG B; 3CME T; 1BI3 A; 3OS0 A; 4BE0 A; 1K0X A; 3MP1 A; 1WHL A; 1KIK A; 1QVG A; 3OW2 S; 3P8D A; 2K7A A; 6AT1 B; 2QQR A; 2YUQ A; 2A37 A; 3O5Z A; 2BKD N; 3OYY A; 4M77 E; 2DFU A; 4DBR A; 2HBP A; 5IAY A; 4M78 B; 2GCX A; 2KYM A; 2BIV A; 4RG8 A; 4OML A; 3VUB A; 3NFC A; 1K9M R; 4FCY A; 4DBH A; 3PMT A; 4AG1 C; 1MMA A; 2JTF A; 3S3M A; 4DQ2 A; 3HPW A; 1KC8 C; 1VA7 A; 2JOY A; 1VQP T; 3C94 A; 5GAO p; 2LX9 A; 1GRI A; 2XK0 A; 3JCM P; 1Q82 R; 2QK0 A; 1QKW A; 1BKB A; 4QVD A; 4OMP A; 2M0Y A; 2EAY A; 4ELZ C; 2A08 A; 4F04 B; 2J05 A; 4J9I A; 1CKA A; 3RIR A; 2CGH A; 5GAM h; 4C5E A; 4FM4 B; 4BDY A; 3A5Z B; 4GLK A; 4JZ3 A; 5D7U A; 5IHN A; 4PJO B; 4NL2 A; 1M3C A; 1YJ9 Q; 2NYS A; 4XTU A; 2K79 A; 2COZ A; 1X69 A; 2DE0 X; 2WSF E; 5KYY B; 3VS4 A; 1WXU A; 4LXC A; 3OYI A; 4OMM A; 2RHZ A; 4L5G A; 1B34 A; 1T0H A; 2QQB A; 3CCQ A; 1A0N B; 1H8K A; 3THK A; 3M0T A; 5HKC A; 1Q7Y U; 1D0Y A; 1D0X A; 4B9W A; 4A54 A; 3EHR A; 4C8Q B; 2QA4 T; 1OOT A; 2RNA A; 2X9H A; 3I56 A; 5GJW B; 2E5Q A; 3CMA T; 3TU4 K; 1W2B S; 2XIC A; 3CCM Q; 2ZCF B; 1M90 C; 5D6Y A; 3SD4 A; 2DKG A; 5KCH A; 2MMP A; 3CBO A; 2LCS A; 2DIQ A; 2E5K A; 2ABL A; 4M7D F; 5CQY A; 4C5G A; 1CKB A; 1BYM A; 2LX7 A; 3BY7 A; 1IRX A; 4E7L A; 3UA7 A; 2P0P A; 4M75 C; 3DLM A; 1PD0 A; 1N8R U; 1KJW A; 4C92 F; 4BE1 A; 1M2O A; 1ABO A; 2J7I A; 4XU0 A; 2QGF B; 1WHJ A; 1YIJ Q; 2BZX A; 1IB8 A; 2H8H A; 4E7K A; 1UGV A; 1SG5 A; 2D8J A; 1W4S A; 1ZUK A; 2O4X B; 4E2F B; 1ZA1 B; 3ME9 A; 4RTV A; 4OB0 B; 1G3S A; 4M77 C; 4F17 A; 5GAM e; 3CBM A; 3PT9 A; 5C0M A; 4N0A C; 2YHT A; 2ZAE A; 3CD6 T; 2KGT A; 3MCA B; 3CCV Q; 2EGA A; 4M75 G; 1M27 C; 1IZ6 A; 1K9M C; 3JCM c; 2DBM A; 2I0N A; 1H92 A; 5FU7 C; 5KYW A; 4IUP A; 3REB B; 2SRC A; 1BU1 A; 2QG9 B; 3P8H A; 1TOV A; 3ER0 A; 2DF6 A; 5CAI A; 4ORZ A; 4E7J A; 5J3B A; 4M7D D; 3X20 B; 1Q82 C; 1SHG A; 3G1J A; 3GIB A; 2FZK B; 1R0C B; 2W10 A; 3G4S T; 5AYF A; 2RJD A; 3A98 A; 4CRI A; 2JTE A; 5KYX B; 2RQW A; 1RAI B; 5CQX A; 1M8V A; 3BW1 A; 4C92 D; 2PQW A; 1TUC A; 2GFA A; 4TVR A; 4NS5 A; 1KQS S; 1YJN Q; 3LH0 A; 2GF7 A; 2L3S A; 2JS2 A; 3CME A; 2FPD A; 4M78 A; 1U8R A; 3GNF B; 5LJ5 j; 2LC4 A; 2YRV A; 3FDR A; 1WNL A; 4P5N A; 1GFC A; 3DLL A; 1SRL A; 2GNC A; 2LJ3 A; 1UHC A; 4Y28 E; 3OYA A; 3G6E Q; 4CI0 C; 1QLY A; 3EFS A; 3MEV A; 5KYN A; 2RF0 A; 1WQW A; 2XKO C; 1PWT A; 3MP6 A; 4XTX A; 3A8L B; 3QHS A; 2K5L A; 4Z88 A; 8AT1 B; 1M1K U; 1GCQ A; 1VQM Q; 2L8D A; 4PJJ A; 3TSW A; 2YRC A; 1VQP A; 1YHQ Q; 2KR3 A; 3SWN C; 3CCU T; 2DVE A; 2BE7 D; 2QQA A; 1QVF P; 1K76 A; 2KRN A; 2EWN A; 3CCL Q; 1OUL A; 1WHH A; 1I81 A; 3QDR B; 3JB9 H; 2RQV A; 3AT1 B; 1RAD B; 4EMK C; 1D1C A; 4L6V 5; 1M2V B; 3RDV A; 5KYY A; 2CDT A; 4E7I A; 1ABQ A; 2NUT B; 1BK2 A; 3HFO A; 2CH4 W; 4M7A A; 1HYO A; 1QVP A; 1QW1 A; 1RLP C; 2YDL A; 1ZSZ B; 1Q95 G; 1WJR A; 1G8X A; 2ECZ A; 2YUN A; 3JB9 F; 2Z0W A; 2ZPB B; 4OMO A; 1NM7 A; 1VQ4 Q; 3JCM g; 1HSQ A; 2AKL A; 3L2Q A; 1VQ9 Q; 4EMG A; 3QJY A; 3NGP A; 3PIP A; 1WA7 A; 3ZFJ A; 5CKH A; 1QP3 A; 1EIF A; 2PVO B; 2QA4 A; 4VUB A; 3H8Z A; 3V8K A; 3V8J A; 3GLX A; 3CMA A; 4M7D B; 1AVZ C; 3LGL A; 2DL4 A; 3L2Z A; 1YJ9 T; 3OSV A; 4PFO A; 3JCM f; 2MPX C; 4XQ3 A; 1XQH A; 2P84 A; 4C92 B; 1S1N A; 2R5M A; 2BZY A; 5CKD A; 3J80 E; 4KGV B; 2OJ2 A; 1T3S A; 1N5Z A; 4II1 A; 2O88 A; 5GAN e; 1PKT A; 3UF4 A; 3UDC A; 2O4X A; 3VS7 A; 4ELY C; 3EH2 A; 1Y0M A; 5GAO m; 2GTO A; 1M9S A; 2DO3 A; 3JB9 D; 3H0H A; 1UTI A; 1GFD A; 4DBF A; 4XU1 A; 4AMC A; 2KYB A; 3PVQ A; 5IH2 A; 2ZPG B; 2EYW A; 3OYJ A; 1XJW B; 2DRK A; 1BIB A; 1QQJ A; 4MDX A; 3OYK A; 1V76 A; 2X4W A; 1I1J A; 3TRE A; 2E65 A; 4JRI A; 4JJC A; 3CD6 A; 2V1R A; 1WI7 A; 1RAE B; 2HD0 A; 4KUI A; 4EIK A; 2HSP A; 4J9B A; 1OQK A; 4BI8 B; 3V7R A; 5KYX A; 2GQI A; 2KDS A; 2EVR A; 1Q7Y R; 4M78 G; 3CXC S; 1IXD A; 5LJ3 g; 1YIJ T; 3EGX B; 3OYB A; 1NLO C; 3A8M B; 3FEO A; 4A53 A; 4RTT A; 3VKI A; 3G4S A; 2A0F B; 1GBR A; 2J06 A; 5CIU A; 3OW2 A; 1OU9 A; 3QWX X; 2K2M A; 2IPO B; 5GJV B; 1UUE A; 3CC4 Q; 5LJ3 f; 3CCV T; 2EYQ A; 1G3Y A; 3PE0 A; 1PM3 A; 8ATC B; 2CP0 A; 3M58 A; 2JT4 A; 4X34 A; 1QKX A; 3E1S A; 2R58 A; 1I8F A; 2I2L A; 4C8Q C; 3CPW S; 4QT7 A; 2CS7 A; 2DBK A; 1RAH B; 4J9H A; 1YWP A; 1N8R R; 2HDA A; 4PJO G; 2LJ0 A; 4EMH A; 3JAM E; 2VYT A; 3SEM A; 2YSQ A; 1RAA B; 3VS3 A; 1Y07 A; 3JV3 A; 3S3N A; 5GAO n; 1W6X A; 4KH0 B; 5DM7 R; 5HY6 A; 1WYX A; 3DB3 A; 1PKS A; 3M53 A; 4RCC A; 1QCF A; 1YJN T; 4MZT A; 3CCU A; 1M2V A; 1QVG P; 2DTI A; 3CPF A; 4FYW B; 3L1A A; 5FU6 C; 2CT3 A; 3MEU A; 4IIO A; 2XHC A; 1G3W A; 5KCO A; 4C8Q G; 4FW1 A; 1N9S A; 1BI1 A; 1YJW Q; 4IIM A; 3G6E T; 1YI2 Q; 1VYT A; 2COW A; 2LZ6 B; 4J8O A; 3RR6 A; 4F16 A; 3X28 B; 1AHJ B; 2L3Q A; 5HCK A; 4DEX A; 4J9C A; 2KAF A; 1VQM T; 1RAC B; 1FX7 A; 3HSB A; 3G71 Q; 1YHQ T; 2L3R A; 5A2Q E; 3E2U A; 3KBG A; 4F7U F; 3HHT B; 2JN0 A; 2DIL A; 4XU3 A; 1K73 U; 2Y90 A; 3I35 A; 4QW2 A; 3CCL T; 4BY6 C; 1AZG B; 5FW9 A; 2RO0 A; 1HK9 A; 1NYF A; 2DER A; 2H3E B; 4AFU C; 1YIT A; 1TH7 A; 4O5V A; 4HCK A; 4PFP A; 2D0Q B; 2DYB A; 1W2B A; 1JBM A; 1OYX A; 4DBQ A; 2ATC B; 4C92 A; 5FRO A; 1VQ7 Q; 3NMZ C; 4BAC A; 1E6G A; 1WJS A; 2L0A A; 3LGF A; 1YJ9 A; 3CQT A; 4Z89 A; 4FYV B; 4LD9 K; 3JCM J; 3QZ5 B; 5GMK i; 2JZ2 A; 3JCM d; 2DVJ A; 4HA8 A; 3GP8 A; 3RNJ A; 2E6N A; 1M1G A; 2E3I A; 1Q7Y C; 2F2X A; 4RCB A; 4K11 A; 2WSC E; 1H3H A; 2CP5 A; 1P92 A; 3KXT A; 1D1A A; 2F5K A; 2EFI A; 1ZHI A; 3FJ5 A; 3VS0 A; 1M1K R; 2JMA A; 1PSE A; 2QEX Q; 1VQ4 T; 1B7T A; 2EQU A; 2O01 E; 2KK4 A; 1PCX A; 2RJE A; 1VQ9 T; 4RTZ A; 4J83 A; 4OGE A; 2KT1 A; 5KE2 A; 4FYY B; 3JCM W; 4M7A D; 3QUI A; 3EH1 A; 4MMK A; 4D8K A; 1XOV A; 2HEQ A; 2X51 A; 5AT1 B; 2OTJ A; 3EG2 A; 3JCM b; 3CC2 Q; 4RG2 A; 2LQW A; 5LJ5 e; 3BDL A; 2CUD A; 4BI3 A; 2KXD A; 3M0P A; 5LL6 S; 5KYW B; 3CCJ Q; 4M75 E; 2O9S A; 2ZPE B; 1N8R C; 4QKU A; 1Q86 U; 5GAN 6; 2RN8 A; 1X01 A; 4FU6 A; 3HRT A; 2DJZ A; 4A4E A; 5FLX E; 1YCS B; 1MND A; 4EPC A; 3PNW C; 2CP7 A; 3ZL7 C; 4J6X A; 1VQO Q; 4AFS C; 1BI0 A; 2F2V A; 2XDD A; 5J39 A; 3FRN A; 1SEM A; 3LW5 E; 4FW2 A; 3PIO A; 2OI3 A; 2NUP A; 2DTH A; 4HXJ A; 4E47 A; 3O8V A; 2EQJ A; 2RJC A; 2FL7 A; 3BDU A; 1UDL A; 2RQT A; 2VVK A; 2QQS A; 1MMG A; 3CCV A; 4M77 A; 4HCC A; 2HL3 A; 5LJ3 d; 1D3B A; 2DTO A; 4N0A A; 3M4Y A; 2HKQ B; 2RK2 A; 2RH2 A; 2VKN A; 1I07 A; 2DA9 A; 5DLQ E; 3QXE B; 4EDU A; 1X43 A; 2QGG A; 2FO0 A; 2RB6 A; 1JJ2 P; 5GAM g; 3M9Q A; 3U23 A; 4C0F A; 1YJN A; 2G6F X; 1OEB A; 2K4Y A; 3PFS A; 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