The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
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sequence length |
86
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structure length |
86
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Chain Sequence |
MSMNDTYQPINCDDYDNLELACQHHLMLTLELKDGEKLQAKASDLVSRKNVEYLVVEAAGETRELRLDKITSFSHPEIGTVVVSES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution Structure of YaeO, a Rho-specific Inhibitor of Transcription Termination
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule tags |
Structural genomics, transcription, protein binding
|
| molecule keywords |
orf, hypothetical protein
|
| total genus |
6
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| structure length |
86
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| sequence length |
86
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-02-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07073 | ROF | Modulator of Rho-dependent transcription termination (ROF) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Rof-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1SG5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5GJW B; 5AT1 B; 2L3R A; 3L2V A; 1VQ4 Q; 2OTJ Q; 2P4T A; 1HSQ A; 3JCM b; 5GAN g; 4QQD A; 1PWT A; 4M77 C; 3SHW A; 1NJI U; 3IQL A; 1NYG A; 4C0D B; 1SHF A; 3CCU T; 4XAX B; 2K79 A; 1D0Z A; 2VXF A; 4C8Q G; 1W6X A; 5IHI A; 1SG5 A; 3CMA Q; 4JLG A; 1YJW T; 2LP5 A; 3QDR B; 2K5L A; 1ZQ1 A; 3VKI A; 1EIF A; 3QJ6 A; 1K73 C; 4FYY B; 4M78 C; 1M1G A; 3CCM A; 1HK9 A; 2O4X B; 2C0T A; 2I2L A; 2A37 A; 1VQL A; 2RQV A; 1YHQ T; 2HQH A; 1C6V X; 3CCV Q; 2OTJ T; 4IIO A; 2CZ6 B; 2RJE A; 3HPW A; 3S3O A; 1NE8 A; 2CH4 A; 4EDU A; 3FC3 A; 1ZA2 B; 3RKX A; 1KC8 U; 2M0O A; 3HHT B; 2EYQ A; 5CKB A; 3ME9 A; 4OB1 B; 3HFN A; 2EVR A; 4B9W A; 2M16 A; 1YJN T; 3OA6 A; 1M30 A; 1WXT A; 5KYX A; 3BY7 A; 3VS1 A; 1HJD A; 3SD4 A; 1O75 A; 1GFC A; 1X69 A; 3HL8 A; 2HKQ B; 4KUD K; 2EAY A; 1VYU A; 5GJV B; 7AT1 B; 2EGE A; 5LJ5 g; 1GBR A; 2X4W A; 3X20 B; 1KQS P; 2EYZ A; 2EWN A; 4P5N A; 1OI1 A; 1VQ6 Q; 2P0P A; 4FT4 A; 4AT1 B; 1OOT A; 5GMK j; 2CUB A; 2EJ9 A; 5EG2 A; 3EG9 A; 5GAM j; 3H9N A; 1BYM A; 2D9T A; 1MGQ A; 1IHV A; 3CD6 T; 2ZAE A; 2V8I A; 1VQ8 T; 1SHG A; 4M7A D; 3GNG A; 4KGZ B; 1OV3 A; 3M0U A; 3JB9 I; 5IN1 A; 1WYX A; 1M3A A; 3MPU B; 1UGV A; 2QTV A; 3AHU A; 1VIE A; 1NM7 A; 1TG0 A; 4M7A G; 4XU1 A; 4RKU E; 2NUP B; 1H3H A; 3QZ9 B; 2COW A; 4J9E A; 2V1R A; 3LH0 A; 1R8O B; 2H3J A; 3VS5 A; 3CC7 A; 1M90 U; 1T0J A; 2KK4 A; 3PVL A; 2XDD A; 1AEY A; 1QCN A; 2YT6 A; 3PNW C; 3OMC A; 1VQN T; 1QKW A; 3OYE A; 2COZ A; 1KK7 A; 1ZSZ A; 4OML A; 3RDV A; 4C92 B; 1VQL Q; 1M9S A; 1QQJ A; 5LJ3 f; 2LDM A; 3CCS T; 1UGQ B; 3SB2 A; 1D1A A; 1OZ3 A; 1XTD A; 3PT9 A; 2KY9 A; 2ROL A; 3TVT A; 4M78 E; 2VC8 A; 3QPH A; 1Q81 U; 1JB0 E; 2MMP A; 1KQS A; 4HXJ A; 3JB9 J; 2DL5 A; 3G6E A; 1X6O A; 4M77 F; 3CD6 A; 4M77 D; 3VS2 A; 3MP1 A; 1WLP B; 2LQN A; 1WJS A; 2LJ1 A; 1ZBX A; 2ZPH B; 4BE1 A; 3NFC A; 2MPX C; 4JJN K; 2F1L A; 1X2Q A; 2X4Y A; 1E6G A; 1RAF B; 1ZUU A; 4Y28 E; 4KGV B; 3VUB A; 3J7A F; 2DER A; 2CSQ A; 4FCY A; 1OQK A; 5GAN 6; 1Q82 U; 3MEW A; 2F2V A; 2JTE A; 3V7C A; 1VQ7 T; 2L3P A; 1QVF A; 1NPP A; 4FYX B; 5J26 A; 3H41 A; 5IH2 A; 4JJB A; 2DLP A; 2DNU A; 3REB B; 2J6K A; 1S72 A; 3M58 A; 2DRM A; 1IXD A; 2RA2 A; 3UF4 A; 2XMF A; 3SWN B; 1K8A C; 2HL5 C; 3CCV A; 4E7S A; 2RO0 A; 3I5R A; 1D3B B; 4C5G A; 4F14 A; 1RL2 A; 2NYS A; 2X35 A; 4PJN A; 1M2V B; 2RQW A; 1RLQ C; 1OX8 A; 1WZO A; 2HBW A; 1TOV A; 4J9B A; 2FPE A; 3C95 A; 4CI0 C; 3VUZ A; 5FRM A; 2PU9 B; 4OB3 B; 4ZN1 A; 3I55 T; 3HP9 A; 4BI8 B; 4IUP A; 2LZ6 B; 3ASK A; 3RKY A; 2RNA A; 5GAN e; 2JVV A; 1ZX6 A; 2GBQ A; 4ANJ A; 3QJY A; 1D0Y A; 3QSU A; 3KUF A; 3CCQ Q; 2EQM A; 2EQU A; 3FLG A; 5LJ5 e; 1K9M C; 3FDR A; 2AK5 A; 3MEV A; 1BB9 A; 2V8J A; 4M78 A; 1IRE B; 5HKC A; 1TS9 A; 4C5E A; 5GAM f; 3EGX B; 2K6D A; 4X9D A; 5KYN A; 2WAC A; 2KR3 A; 5DLQ E; 2PVG B; 5GAN 7; 3CXC P; 1YI2 A; 3GLX A; 1PSE A; 3RMS A; 2DET A; 2MWO A; 2QK0 A; 2DL7 A; 1AWJ A; 4JJC A; 1ZLM A; 2Y4Y A; 4J6W A; 4M7A B; 3NPF A; 2ZPF B; 3CME Q; 2KRN A; 2RHZ A; 1NEG A; 1XJW B; 4KH0 B; 1RAD B; 1WHG A; 5GAO q; 2BZY A; 3JCM f; 3ZL7 C; 2LQK A; 4IIM A; 1Q86 C; 2EQK A; 1ZBJ A; 4OB0 B; 2VKN A; 2LX9 A; 3JCM d; 3X25 B; 4YTL A; 5LJ5 d; 1VQK T; 1GCQ A; 1MUZ A; 2O01 E; 4JJD A; 1WHL A; 1QP2 A; 4BB7 A; 1LCK A; 3MCA B; 4LXC A; 1VQL T; 3C0C A; 3V8L A; 1T3L A; 2RJD A; 2YWW A; 3OYA A; 4HKE A; 2HEQ A; 3UPU A; 2BKD N; 4DA4 A; 3GIB A; 4JRQ A; 3DLM A; 4EMK B; 1HYO A; 3A8G B; 1BI3 A; 3THK A; 2DTH A; 4A53 A; 3CMA T; 4XTU A; 2SEM A; 1VQN Q; 3E9G A; 1G8X A; 2DAQ A; 1QVP A; 4BAC A; 4IKF A; 5IHK A; 2NUT A; 4OMP A; 2K57 A; 2XK0 A; 2BZ8 A; 2EGA A; 1V29 B; 4J9I A; 2E3H A; 2RD1 A; 1YBY A; 1YP5 A; 4EMH A; 2A3L A; 2DBM A; 1ZHI A; 6AT1 B; 1RI0 A; 2D8J A; 3M56 A; 4E47 A; 1PSF A; 4M78 B; 2LNV A; 4RTU A; 3OW2 A; 3CMA A; 2K7A A; 1KHI A; 1BI2 A; 4IUV A; 3I56 Q; 5GAO n; 1PRL C; 1V76 A; 3EGD B; 3FJ5 A; 5CVI A; 3M0Q A; 2CDT A; 1UHF A; 2LRQ A; 4M77 B; 1KIK A; 3EG0 A; 4HVV A; 1WHK A; 1M90 R; 1YN8 A; 5LJ3 d; 3MEU A; 3OYF A; 2MAM A; 2LC4 A; 3TSZ A; 1NBE B; 3M5A A; 1VQM Q; 3E1S A; 4M4Z A; 2HBP A; 5GAO p; 2EFI A; 2HL3 A; 1N27 A; 2X4J A; 3ZBD A; 2XD0 A; 3P8B B; 5IXB A; 4RTX A; 1WJQ A; 3SFM A; 1PKT A; 4OGC A; 2DX1 A; 1OYX A; 4LDX A; 5KYW A; 1X6B A; 3NHN A; 2K9G A; 4Q5W A; 3UT1 A; 3CCL A; 1YFN A; 3CPF A; 1AHJ B; 4L6V 5; 4MZM A; 1U06 A; 4BDY A; 1K8A R; 2XKO C; 1TWB A; 4EIK A; 2MK5 A; 3L2R A; 4FU6 A; 1I5O B; 3LLR A; 4J7F A; 2OJ2 A; 1N9S A; 3ER0 A; 3M54 A; 4BI3 A; 4WCI A; 1VYV A; 2K3X A; 1NEB A; 3V7R A; 3VV0 A; 4DOV A; 2EQJ A; 4JRP A; 3JCM c; 3A1P A; 1BU1 A; 2LX7 A; 2DVJ A; 4OP0 A; 8AT1 B; 3PIP A; 2FO0 A; 2ZPE B; 3FB9 A; 5KYY B; 3G4S A; 2DXC A; 5IXF A; 1VQ5 A; 3T9N A; 2JTM A; 2DIL A; 2E1H A; 2LT1 A; 2KEA A; 5HK3 A; 2FB7 A; 2OX7 A; 3JB9 F; 2HNI A; 1Z9Q A; 1VQK Q; 2JMC A; 1QLY A; 1YI2 T; 1JXM A; 5I2M A; 2C06 A; 2VWF A; 4ME7 A; 2FPF A; 4FW1 A; 2C0I A; 5GAM d; 2DXU A; 3VS0 A; 2MIO A; 3CQT A; 2YLC A; 3BFM A; 5CQX A; 3MP6 A; 3NMZ C; 4OMO A; 4MMK A; 5J3B A; 3CME T; 4F7U F; 4QVD A; 3QG1 A; 4M75 B; 5C0M A; 3VS6 A; 2LMJ A; 2HDA A; 1E7O A; 3HFO A; 2P0Q A; 2DIG A; 4JZ4 A; 2EYY A; 2HZY A; 2ZPB B; 3LGL A; 4C5I A; 3GNF B; 3JB9 H; 3HRU A; 1OU9 A; 2FPD A; 2L89 A; 1D0X A; 1MMG A; 2FZK B; 2EGC A; 2XDB A; 2RM4 A; 1Y96 B; 4BUG A; 1Q7Y R; 4PJO F; 3OW2 S; 4IUR A; 4HCZ A; 2IG0 A; 1AWW A; 1KJW A; 1WPY A; 5A2Q E; 1M1K C; 1Y07 A; 1W2B A; 1LPL A; 3EG9 B; 3CCJ Q; 1FMK A; 2QYZ A; 3PFS A; 3OYI A; 4IUU A; 2DPP B; 1VA7 A; 1WHH A; 3OB9 A; 1MV3 A; 3KFV A; 1U1T A; 1AWX A; 1JXO A; 3X26 B; 1LJO A; 1S1N A; 1GFD A; 3A8L B; 3PMI A; 1G5V A; 1VQK A; 2C0O A; 1VOM A; 4AFQ C; 3OQ5 A; 4C92 D; 5KCO A; 1RI9 A; 1QCF A; 3I55 Q; 3DKM A; 1BK2 A; 2GCX A; 5EC7 A; 3CCJ T; 3LWI A; 4FSX A; 1W1F A; 4JUV A; 4A4E A; 3LW5 E; 4R55 A; 4PJM A; 3I56 A; 4A4H A; 2DK3 A; 4M77 G; 4ELZ C; 2SRC A; 3CXC S; 1P92 A; 1S72 Q; 1G83 A; 5I11 A; 3OS2 A; 2F2X A; 3EAE A; 4A54 A; 2K5F A; 3PTA A; 2JT4 A; 1NPR A; 1M4Z A; 2FEI A; 2XDP A; 1X75 C; 3OY9 A; 4KBM B; 1I8F A; 2ESW A; 1M1F A; 2VYT A; 3GBQ A; 3HSB A; 3WVD B; 4GLK A; 5FU7 B; 1YIJ Q; 1KQ2 A; 4E7H A; 3CC2 Q; 1KG1 A; 1RAG B; 3G71 A; 4C8Q B; 1YJN A; 4J9H A; 2L3S A; 2QA4 T; 4E7L A; 2FYK A; 2L3Q A; 1YJN Q; 3JCM W; 3Q1J A; 4UC4 A; 4HA8 A; 2RI2 A; 1GCQ C; 1PG5 B; 5A0D A; 2CP0 A; 4XTV A; 2QDY B; 1VQO Q; 4PKC C; 5KYW B; 1N8R R; 1VQO A; 1BKB A; 4DBH A; 1W70 A; 1YI2 Q; 1N5Z A; 1Q86 U; 3G4S Q; 5GAO l; 1CKA A; 3E19 A; 3O8V A; 4LDU A; 4E7K A; 4DEY A; 2DO3 A; 5D6Y A; 1I07 A; 4C8Q E; 4AFZ C; 3RIR A; 1VQ7 A; 1PKS A; 4LD6 A; 2LJ0 A; 3JCM J; 4A63 B; 2AZS A; 4MZT A; 3GOX A; 1FYN A; 1Y96 A; 4CRI A; 1R77 A; 3CC4 T; 2CP3 A; 2QDL A; 5D6X A; 1VQ6 A; 2P0K A; 2IIM A; 1PM3 A; 2DMO A; 3TQ7 P; 4MDW A; 4FW2 A; 3J81 E; 2X9H A; 3H8Z A; 4PLL A; 1UJY A; 3JCM Q; 1MMA A; 2JZ2 A; 4QT7 A; 2DTO A; 1IGU A; 1I0C A; 4NOY A; 1K9M U; 2E41 A; 2E65 A; 3M57 A; 2DL3 A; 3E9F A; 1UHC A; 1XOV A; 9ATC B; 5HCK A; 1UE9 A; 2JTF A; 2K3Y A; 1VQ4 T; 2KRM A; 3KXT A; 5FU7 C; 4E7I A; 2KQW A; 3GP8 A; 3M0T A; 4RTY A; 2RHU A; 1UB4 A; 4Z88 A; 5GMK l; 2H3E B; 1U3O A; 3JAM E; 5CKE A; 3MJX A; 2WSE E; 2ECZ A; 1GXI E; 2E6Z A; 4C92 A; 3TEE A; 1WJR A; 3HRT A; 1M1K U; 2P84 A; 2DVE A; 2VAS A; 3P8D A; 2LNH B; 3VRY A; 1UTI A; 4JLI A; 2HD0 A; 2YDL A; 4OMF B; 5LJ3 g; 2MYS A; 2DL4 A; 1K8A U; 3EHQ A; 3CCV T; 3EFO B; 1I5L A; 2JW4 A; 2HAX A; 2A28 A; 2KNB B; 1K76 A; 3MHX A; 2ZPI B; 2PNI A; 4JRK A; 4M7A C; 3CC4 Q; 1VQP Q; 1VQP A; 4M77 E; 2R58 A; 1YJW Q; 1Q82 C; 1U8R A; 1X2K A; 5L8R E; 3CCR T; 3I35 A; 1KFZ A; 2RF0 A; 1LVK A; 4A4K A; 4C92 C; 2DZC A; 5CCA A; 4RTT A; 4C8Q A; 4ATO A; 3CME A; 3VU3 C; 5GAM h; 2OTJ A; 3CCU Q; 1JJ2 A; 2FVU A; 5A0G A; 3MEA A; 4E7Z A; 5FW9 A; 1EZZ B; 2H8H A; 4HVU A; 2DEQ A; 3OSV A; 2EPD A; 4ZTF A; 4ZGE B; 4CC2 A; 1BI1 A; 2EJF A; 2E4H A; 2GGR A; 1RAI B; 2CUD A; 4A4F A; 4E2F B; 3G6E Q; 4EMK C; 2JMA A; 2AHJ B; 1Q81 C; 3V8J A; 3RUX A; 1VQP T; 1OU8 A; 4ZGD B; 4GBQ A; 5I22 A; 1D3B A; 2M02 A; 1YIJ T; 1M3C A; 4WTO B; 4Y92 A; 3QXE B; 5LJ3 h; 2X3W D; 1WQW A; 1K4U S; 2GFA A; 3MET A; 3R6N A; 1YIT A; 3L42 A; 3TCJ A; 2M51 A; 1WA7 A; 1KQS S; 4JRI A; 2O31 A; 5FU6 C; 4BI4 A; 1M90 C; 2RHX A; 2MWP A; 3OYN A; 2K5I A; 2ZCF B; 1HD3 A; 2GF7 A; 2KE9 A; 1MHN A; 4ZGJ B; 1TSF A; 3JRZ A; 4ELY C; 4J5Y A; 3CCQ T; 1AZE A; 3VYG A; 2QA4 Q; 3A98 A; 5CKD A; 1UUE A; 4NL2 A; 1QW1 A; 2NUT B; 4F7U A; 2CP6 A; 1WDX A; 1NLP C; 1WFW A; 5KYY A; 2QEX T; 3UAT A; 2LQ8 A; 4DEX A; 3JCM g; 1AVZ C; 4JS5 A; 4PK4 A; 4QVC A; 2GQI A; 2DYI A; 2V1Q A; 2P4R A; 3X24 B; 1DJ7 B; 2IPO B; 3OYY A; 4LDW A; 2K4Y A; 1VQ9 A; 1M2O A; 2EBP A; 3JCM V; 2AT1 B; 4CC3 A; 2QQ9 A; 1ZSZ B; 1YCY A; 2G3R A; 2XID A; 3PIO A; 1QP3 A; 3CEY A; 5KE2 A; 2RPN A; 3QYH B; 4O6J A; 1OUL A; 4M7D A; 4M75 D; 2CS7 A; 4CC7 A; 2YRV A; 4M75 F; 4BY6 C; 1O9S A; 1RAA B; 2XU8 A; 4JDS A; 1I4K 1; 4DOW A; 1SF9 A; 2WSC E; 2K2M A; 3QWY A; 4N4I A; 2HSP A; 4D8D A; 2RK1 A; 5J39 A; 4XQ3 A; 5GAM g; 5KYU A; 1KC8 C; 4DQ2 A; 2NUP A; 1OX9 A; 3LX7 A; 3QUI A; 2DXB A; 2AIR B; 3OBW A; 4KUI A; 4ZN3 A; 1VQO T; 3MKD A; 2RMO A; 5ECA A; 4C8Q D; 5DM7 R; 2DE0 X; 3M0P A; 4M7A F; 4C8Q F; 4JPB W; 3OYM A; 2GNC A; 4LN2 A; 4HT9 A; 2KT1 A; 3OSS C; 2QQA A; 2B8A A; 1SSH A; 4K11 A; 1AOJ A; 3LWH A; 3M0S A; 4LUD A; 3CC2 T; 3UA6 A; 1K73 U; 4N0A A; 3OYD A; 1IGQ A; 2YHT A; 4CC4 B; 1WGS A; 3JCM X; 3UA7 A; 2QAZ A; 5I2S A; 2IVW A; 3H0H A; 3EFO A; 3G6E T; 3I9Q A; 1TU0 B; 2J05 A; 4KT0 E; 4J83 A; 4XU0 A; 2QQS A; 1YJW A; 3BE3 A; 2VVK A; 3QKJ A; 3CCR A; 4HCK A; 3JSC A; 2PZ1 A; 2A08 A; 4F7U G; 3HKS A; 1UG1 A; 2ZZD A; 1M8V A; 2XHC A; 3VJP A; 4AG2 C; 3REA B; 5GAO m; 4LNP A; 2LT4 A; 2KI7 A; 3WXM B; 4F16 A; 3G1J A; 1K1Z A; 4M75 G; 1RAB B; 2AKL A; 5L23 A; 4MDX A; 2MCN A; 1BCM A; 2J7I A; 3M53 A; 4J6Y A; 3CCL Q; 2PTK A; 5I21 A; 1B3Q A; 3MO8 A; 2ED1 A; 2VUB A; 3CPW P; 4C92 E; 2CT4 A; 1VYT A; 1FMW A; 2XIC A; 1WI7 A; 4FSS A; 1VQM T; 4PNO A; 3CCU A; 2DFU A; 3M55 A; 1D1B A; 2A7Y A; 4V2S A; 2KXC A; 3F70 A; 4C0Z A; 1M1K R; 3PMT A; 4E7J A; 2CSI A; 3RBB B; 1QKX A; 2EKH A; 1TUD A; 2M0Y A; 4DBQ A; 1G3T A; 1JRI A; 4C0F A; 1WQ7 A; 4Z89 A; 2NLU A; 3OYK A; 3ULR B; 1IO6 A; 3S3N A; 4M77 A; 3M4G A; 5HK0 A; 3CC7 Q; 1XNI A; 5C6S A; 4ZNX A; 3EGD A; 1T0H A; 5D6W A; 4D6W A; 3OYG A; 1GCP A; 3INZ A; 3DLL A; 1VUB A; 3O5Z A; 1VQ8 Q; 2J06 A; 4PJO G; 2FZG B; 1PD1 A; 3JV3 A; 4FM4 B; 2V26 A; 3CC7 T; 1AWO A; 2O88 A; 3I5S A; 2DRK A; 1K73 R; 1WHM A; 2YXY A; 1U1S A; 2DD5 A; 1VQ9 T; 3QII A; 4AFU C; 4M75 C; 3FJP A; 3CCJ A; 3TU4 K; 5GAO r; 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