The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
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sequence length |
86
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structure length |
86
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Chain Sequence |
MSMNDTYQPINCDDYDNLELACQHHLMLTLELKDGEKLQAKASDLVSRKNVEYLVVEAAGETRELRLDKITSFSHPEIGTVVVSES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural genomics, transcription, protein binding
|
| source organism |
Escherichia coli
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| publication title |
Solution Structure of YaeO, a Rho-specific Inhibitor of Transcription Termination
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
orf, hypothetical protein
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| total genus |
6
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| structure length |
86
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| sequence length |
86
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-02-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07073 | ROF | Modulator of Rho-dependent transcription termination (ROF) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Rof-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1SG5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2D1X A; 5KYN A; 2J06 A; 4FYY B; 1D1B A; 1X2K A; 4B9W A; 4JRP A; 1QMC A; 2CS7 A; 1U06 A; 2RF0 A; 4M7A D; 4FW2 A; 1X75 C; 3REA B; 3M4G A; 5FU6 C; 4A54 A; 1ZA1 B; 1Q7Y R; 2XK0 A; 4M78 D; 3EGD A; 2KAF A; 2RK2 A; 3CPF A; 2RJD A; 2DZC A; 1WLP B; 3RUX A; 4E6R A; 2J6K A; 5GMK h; 3VS7 A; 4RG8 A; 4M78 G; 3I5S A; 1H3H A; 1KHI A; 1TSF A; 2F2V A; 5A0D A; 4J9D A; 3CCQ A; 3OS1 A; 1KQS S; 2CH4 A; 2K5F A; 2EGE A; 1EZZ B; 5CR2 A; 4BY6 B; 4C0D B; 3THK A; 2FPF A; 1Q7Y C; 4BDZ A; 2ECZ A; 5CKE A; 3X28 B; 1BK2 A; 4EMH A; 5LJ3 e; 3A5Z B; 4OMF B; 1W70 A; 4C92 B; 1UTI A; 3CCL T; 2DMO A; 2KRO A; 3PVL A; 3M4Y A; 2DYI A; 3HHT B; 2K5I A; 5FLX E; 4XTY A; 2DXC A; 2YXY A; 3CBO A; 4M7A B; 1YNZ A; 2COY A; 3RKW A; 4M77 E; 1G8X A; 1M4Z A; 1KQS A; 2LT1 A; 3HL8 A; 1KQ2 A; 4J8O A; 2ED1 A; 1VQN A; 4M78 B; 3UA6 A; 3D7S B; 1U8R A; 2GTJ A; 3EGX B; 2JT4 A; 2FB7 A; 4RMO A; 4RTT A; 1MMG A; 3QWX X; 1VIF A; 1VYV A; 1ZSZ A; 2CP0 A; 1WYX A; 3M9Q A; 2I0N A; 4PLI A; 4PNO A; 1NPP A; 5HKC A; 1GCQ A; 3EFO A; 4C8Q D; 3VS5 A; 1OEB A; 3OYJ A; 2HZY A; 2DTI A; 1X2Q A; 2KNB B; 1OV3 A; 1BI3 A; 5A2Q E; 1VQ9 A; 1BKB A; 3CD6 Q; 2Y4Y A; 1VQM Q; 4AG1 C; 2WAC A; 2W10 A; 4XTZ A; 4XAX B; 4M7D A; 3SB2 A; 3QZ5 B; 1B07 A; 2P0Q A; 2BE7 D; 1HSQ A; 1Y0M A; 2GQV A; 3VRZ A; 3I55 Q; 2V8J A; 4F7U A; 3M0R A; 1RAG B; 1YHQ Q; 1VQ4 Q; 2HL3 A; 2RMO A; 1IO6 A; 3HP9 A; 4AT1 B; 1VQ5 T; 2QYZ A; 5CK9 A; 4DBR A; 1K4U S; 3DB4 A; 1WIE A; 3JCM Q; 2D8H A; 3OBW A; 2JTF A; 1W6X A; 2ZGW A; 3CCJ T; 3QDR B; 2W0Z A; 3MJX A; 2QEX Q; 2V1Q A; 2WSF E; 2H8H A; 2DXU A; 1OPL A; 2FZG B; 2CP6 A; 3M0P A; 4JJD A; 4IUT A; 2L2P A; 1B3Q A; 1KD1 U; 3L2Z A; 4C8Q B; 3OYC A; 2E41 A; 3JCM f; 3QPH A; 2YUP A; 1UJY A; 3CMA Q; 3CCM T; 1JB0 E; 1G2B A; 1XNI A; 5GMK m; 3LH0 A; 3OYA A; 3BE3 A; 2JS2 A; 2VYT A; 1V29 B; 4DOV A; 2P4R A; 5KE2 A; 3A8G B; 3OYE A; 4L59 A; 1NG2 A; 2DRK A; 3QXE B; 1H8K A; 4C0Z A; 1OX8 A; 8AT1 B; 3P8D A; 1VQP T; 2D6F A; 2AIR B; 2RO0 A; 1D1A A; 3M59 A; 3TEE A; 2RHU A; 2O2O A; 1D0Z A; 4XTU A; 5FRO A; 1OX9 A; 4KGV B; 3UDC A; 3OYD A; 2L5Q A; 1KC8 U; 2OJ2 A; 5FW9 A; 1VQL T; 2DIL A; 1M9S A; 4ZN3 A; 2I2L A; 2X35 A; 3H8Z A; 2EBP A; 4ELZ C; 1VQ6 Q; 3SFM A; 2YSQ A; 3JCM W; 3VS3 A; 4J9F A; 2DE0 X; 4PJO F; 2YHT A; 2K7A A; 4M7D D; 1AT1 B; 5EC7 A; 2LTO A; 4CRI A; 4A4K A; 1T0H A; 3V7R A; 4ZGE B; 3KXT A; 3CCV T; 1WQW A; 4BY6 C; 3PNW C; 2CUD A; 4C0D C; 1VQ7 Q; 3OS2 A; 2BZY A; 1HK9 A; 2CP3 A; 1TG0 A; 3SEM A; 1FMV A; 3HRS A; 1I0C A; 2MYS A; 1MNE A; 3CCL Q; 1Q81 U; 1AWW A; 1JXO A; 1S72 T; 4C92 C; 4IUV A; 4KGX B; 2KRM A; 2F2X A; 2RJC A; 1SRM A; 3VJP A; 2MWP A; 2FVU A; 3L2U A; 2HQE A; 3HSB A; 2IVW A; 1WJR A; 1JJ2 S; 1HJD A; 5LJ5 f; 3CBP A; 2KR3 A; 4M7A C; 5GAN d; 4EPC A; 2FRW A; 3EFO B; 1I07 A; 3CPW P; 4ME7 A; 2VAS A; 4OVA A; 4M78 C; 2VKN A; 2F1L A; 2KT1 A; 4NL3 A; 2OTJ T; 4JRQ A; 4ELY C; 2AKK A; 2EPD A; 2HBP A; 3OYY A; 5CKD A; 3RES A; 1IGQ A; 2ZCF B; 4M7D B; 1LVK A; 1OOT A; 5GAO p; 1BB9 A; 4QW2 A; 2CZ7 B; 1YI2 A; 2J05 A; 1Q82 C; 4HCZ A; 3VS2 A; 5GAN h; 2QAS A; 4WF2 A; 2LQK A; 1YJW Q; 4F7U B; 2XKO C; 3J7A F; 1Q7Y U; 1UHC A; 1QKW A; 3CPW A; 2QGF B; 1UGR B; 4CC2 A; 3L2V A; 2EQU A; 5KYY B; 4L6V 5; 4JLI A; 1M3C A; 3HKS A; 1AZE A; 4OB1 B; 3JCM P; 1SHG A; 2YT6 A; 2CT3 A; 2WSC E; 1MND A; 2DTH A; 1K9M C; 4GBQ A; 1PC0 A; 2LP5 A; 4PFP A; 4LD6 A; 1ACM B; 3MO8 A; 3OA6 A; 5LL6 S; 1PD0 A; 4ANJ A; 3CCJ Q; 3JCM d; 3CCU Q; 2D0N A; 5DLO A; 4RTV A; 1M27 C; 1VQ4 A; 1U1S A; 3PT9 A; 2DRM A; 2H3E B; 4M77 G; 2GF7 A; 4PLL A; 4MZT A; 1WHG A; 3O8V A; 1ZBJ A; 2DKG A; 4KUD K; 4E2F B; 2EIF A; 4AFS C; 4C8Q C; 1Y57 A; 3OYB A; 1FMK A; 1S1N A; 4J6Y A; 4PJN A; 4JRK A; 2DM1 A; 1GBQ A; 4HT9 A; 2YRD A; 4AFZ C; 4JJC A; 1I8F A; 5IXF A; 2A0F B; 2DL7 A; 3WVD B; 4N0A C; 3JCM h; 3CCR Q; 2DNU A; 3KFV A; 4J9B A; 2YWW A; 2EKO A; 2PQW A; 3CC7 Q; 2CP2 A; 2GCX A; 2RHX A; 1PD1 A; 2XMF A; 1D1C A; 3EG2 A; 1TXQ A; 2EGA A; 4PJO E; 4M75 A; 4A63 B; 1WGS A; 1C6V X; 2DIQ A; 1SEM A; 2JJ9 A; 2EJ9 A; 5GAM g; 1YFN A; 2FL7 A; 1W2B P; 4IKF A; 4DEY A; 7AT1 B; 1CKB A; 2LQN A; 2C0T A; 4M7A A; 2QQS A; 4M77 F; 4KGZ B; 1YCS B; 3JCM J; 4IIO A; 1VQ6 A; 2P84 A; 2RM4 A; 3TVT A; 2QA4 Q; 3CME Q; 3ER0 A; 4M78 A; 1G3Y A; 1KIK A; 4QQG A; 3JAM E; 3EGX A; 1M1G A; 1H64 1; 3C4S A; 3PIP A; 3JB9 J; 1G3T A; 2HQX A; 2RQU A; 1GCP A; 5KCH A; 5GAN 4; 3CD6 T; 1X27 A; 4R0K A; 3JCM e; 3DLL A; 3VS4 A; 1XTD A; 4QKU A; 3RR6 A; 1VQM T; 1W2B A; 3TSZ A; 3CXC S; 2X3X D; 1UE9 A; 2DJQ A; 2KBT A; 3SWN B; 3CCL A; 1W4S A; 3FRN A; 3I55 T; 2QQ9 A; 1YHQ T; 5I22 A; 1VQ4 T; 2FZK B; 3H0H A; 3VV0 A; 2DIG A; 2IIM A; 1YP5 A; 2DL8 A; 3VYH B; 3L2Q A; 2A08 A; 1ZBX A; 3CCS Q; 2CZ6 B; 4DEX A; 3NPF A; 1QWF A; 2X4X A; 3AT1 B; 2KI7 A; 1OU8 A; 3PE0 A; 3V8J A; 2DAQ A; 2KVQ G; 4MZM A; 2QEX T; 3A8M B; 2CUB A; 4C5E A; 1JXM A; 5GAM e; 2QQB A; 4M7D C; 1G3W A; 2E6Z A; 2ZPH B; 5IHK A; 3CXC A; 9ATC B; 1N9R A; 1AWX A; 2ESW A; 2K5L A; 5I21 A; 2DA9 A; 3G7Z A; 2XHC A; 2IG0 A; 1SG5 A; 4JS4 A; 2DZ9 A; 3NGP A; 3CMA T; 2MI6 A; 3WXM B; 2R5A A; 4M75 D; 3FJP A; 3J80 E; 2V8I A; 4CC7 A; 2CGH A; 2MF2 A; 4RTZ A; 4O5V A; 5LJ3 j; 2VXF A; 1JRI A; 3RMS A; 2Y90 A; 5CKF A; 3H0I A; 1X69 A; 2E1H A; 1UEB A; 2MOX A; 3J81 E; 3FLG A; 2JUF A; 1WXT A; 1G83 A; 2EVR A; 4OF1 A; 2HNI A; 1NYF A; 1KG1 A; 1RLQ C; 4N0A A; 1HYO A; 3A1P A; 3QYH B; 2RQW A; 3UT1 A; 1SPK A; 4FM4 B; 2BIV A; 2E4H A; 3L42 A; 3TQ7 P; 5KH6 A; 1VQ5 A; 1VYT A; 1K0S A; 5LJ5 e; 1Q86 C; 3PGG A; 4Z8A A; 3TCJ A; 4RTY A; 1VQ6 T; 4X1V A; 2FYK A; 3CCJ A; 2DTO A; 3P8B B; 4CC4 B; 2V8K A; 3UA7 A; 4BE1 A; 5GMK j; 3GNF B; 1Q82 U; 2K57 A; 3RIR A; 4JRI A; 1BI0 A; 1AD5 A; 3MP8 A; 2XI9 A; 3I35 A; 1VQ7 T; 2RHI A; 3HFN A; 4M75 B; 2DPP B; 2XIC A; 4D8D A; 2ATC B; 3CCM A; 4Z88 A; 2KYM A; 1BI2 A; 4J9H A; 2DX1 A; 2KK4 A; 1PSE A; 5GMK l; 3BY7 A; 2QDY B; 5GAN 3; 5J26 A; 2ZAE A; 1K9M U; 1VQP A; 4DQ2 A; 1Z9Q A; 1NLO C; 2F69 A; 2F2W A; 2VXE A; 4HCB A; 1B34 A; 2PVG B; 1DJ7 B; 3NMZ C; 1FWZ A; 5CAI A; 1ZA2 B; 3HRU A; 2LT4 A; 1I4K 1; 1QVF P; 1YIJ Q; 3QYG B; 1PRM C; 2COW A; 3M5A A; 4N4H A; 3F70 A; 1VQL A; 3PMT A; 2CSQ A; 1UGQ B; 5GAN f; 2KRN A; 3UAT A; 2RH2 A; 4JPB W; 1W1F A; 5GMK e; 3LLR A; 1NE8 A; 2A3L A; 2ZPI B; 4FT4 A; 2OAU A; 2QG9 B; 4E7I A; 2IPO B; 2MIO A; 2OTL T; 2GTO A; 2HDA A; 2YLC A; 1WHM A; 1MV3 A; 3GPL A; 1VUB A; 1OI1 A; 2RB6 A; 2HSE B; 2KXC A; 1QQJ A; 1YJW T; 1RI9 A; 2C0O A; 4JLG A; 3MKD A; 3CCV A; 2RA2 A; 1F1B B; 2DL3 A; 1QVF A; 2L3Q A; 1PG5 B; 2CSI A; 4PK4 A; 2CP7 A; 2AK5 A; 2RNA A; 3MEV A; 1YJN T; 4JS5 A; 1ABO A; 2ZPB B; 1K76 A; 1EX4 A; 4GY5 A; 1MMD A; 1S72 A; 3CC4 Q; 1AWO A; 1OUL A; 3SWN C; 2DBK A; 1PWT A; 2DK3 A; 5A0G A; 2QDL A; 2VUB A; 2QI2 A; 2NYS A; 3BDL A; 2EW3 A; 3LW5 E; 5KYY A; 1KHC A; 1UB4 A; 4LUD A; 2MMP A; 3PIO A; 2O4X B; 3CCU T; 1TS9 A; 4PJO G; 5IHI A; 1U5S A; 3L2R A; 3A8H B; 4QVZ A; 2ROT A; 3MP1 A; 2OTJ A; 2FG0 A; 1TWB A; 3JRZ A; 4OB3 B; 3QHS A; 1TUC A; 3NTH A; 2C06 A; 2G3R A; 1SF9 A; 4LE9 A; 2HCK A; 3JB9 I; 5CVI A; 1PKS A; 1WQ7 A; 1WHL A; 2EYY A; 3VS1 A; 2P0K A; 2EGC A; 2L89 A; 5C0M A; 2JN0 A; 3QKJ A; 2YDL A; 5KYW A; 4PJL A; 1YCY A; 3CCR T; 1C0M A; 4II1 A; 1VQ8 Q; 2YRV A; 4BDY A; 1O9S A; 3CC7 T; 2D0Q B; 3V8L A; 2DER A; 1WNL A; 2KT8 A; 2FHD A; 2X4Y A; 1D09 B; 1PM3 A; 1UEC A; 5HCK A; 3LYI A; 5CQY A; 2E64 A; 5DM7 R; 4LDU A; 2JZ2 A; 4J83 A; 2YUN A; 3RKX A; 4PJO B; 2Y4X A; 4C0G A; 1RAB B; 3OYM A; 4K11 A; 3CCE Q; 4ZGD B; 1UHF A; 5L8R E; 2M9U A; 4GLK A; 4OMM A; 4QQ6 A; 2EFI A; 2LVM A; 1I81 A; 3CC2 Q; 2M1H A; 4X9D A; 3VYG A; 2GGR A; 3OMC A; 3G1J A; 3M55 A; 3FC3 A; 4R56 A; 2A28 A; 3QBY A; 2B86 A; 5FWC A; 4J9C A; 1ARK A; 2QA4 T; 3CME T; 4L5G A; 5CQX A; 2PU9 B; 2XG8 D; 1YJ9 Q; 1K8A R; 1OPK A; 4N4I A; 4M75 C; 1T0J A; 1BIA A; 2X3W D; 3UPU A; 3E19 A; 3M58 A; 2RJF A; 3L1A A; 1RL2 A; 1B34 B; 1Y71 A; 1I5O B; 4HVW A; 3C94 A; 4RTW A; 1KSW A; 1B7T A; 1RI0 A; 2EKH A; 2YRC A; 4IUU A; 3LWH A; 2CZ0 B; 2E70 A; 4JUV A; 3T9N A; 3G4S Q; 2XDB A; 4MMK A; 3EG9 B; 3M0S A; 1TU0 B; 4DA4 A; 3X24 B; 2MWO A; 2PVO B; 4DBH A; 1D3B B; 3OW2 P; 1G5V A; 2ZPF B; 4FYV B; 3OYI A; 2LQ8 A; 1VQK Q; 5IHN A; 1N5Z A; 4JZ3 A; 1K8A C; 4C92 E; 1RAC B; 4BD3 A; 3CPW S; 4Z02 A; 4BE2 A; 4BE0 A; 2E6N A; 1FYN A; 4FYX B; 2HEQ A; 1RAI B; 1H3Z A; 3OYH A; 3EGU A; 2X4W A; 3VU3 C; 3CCS T; 2YUQ A; 2J6F A; 4XQ3 A; 3PFS A; 2QQR A; 4PJM A; 1Q86 U; 4M7A E; 3SWN A; 3OSV A; 1IHV A; 1I5L A; 3JB9 H; 3M56 A; 1OYX A; 5IXB A; 5IN1 A; 3INZ A; 4M78 E; 1EFN A; 1CSK A; 2OTL Q; 1GRI A; 2MCN A; 2L3S A; 3OSS C; 2RK1 A; 2RQT A; 4PFZ A; 1K73 R; 1GBR A; 1VQO Q; 1P92 A; 4J5Y A; 5D6X A; 1TOV A; 1NM7 A; 2L8D A; 5FWB A; 3U23 A; 2CDT A; 4QT7 A; 1K9A A; 4HXJ A; 3G71 Q; 1YJN Q; 4A4G A; 4LXC A; 4AMC A; 2E65 A; 5HY6 A; 3C12 A; 3CD6 A; 3NHN A; 1VQM A; 1RAF B; 1K73 C; 3GNG A; 2CRE A; 2F5K A; 2O9S A; 1N27 A; 2ENM A; 3V7C A; 4M7D F; 4QVC A; 3I56 Q; 1SRL A; 2EJF A; 3EG0 A; 2NLU A; 4C0F A; 1RLP C; 3JV3 A; 3M53 A; 4M77 D; 3I55 A; 1YHQ A; 1TH7 A; 1R77 A; 3VUZ A; 1NBE B; 4A4E A; 1AWJ A; 1QKX A; 2E3I A; 2QTV A; 2X51 A; 2NUT B; 5KYW B; 1BBZ A; 2BUD A; 3CEY A; 4FU6 A; 5GAO n; 2QTX A; 4E7L A; 1X6B A; 1WJQ A; 2F5T X; 2XD0 A; 2RJE A; 2QEX A; 3RNJ A; 1QCF A; 2J7I A; 4M4Z A; 2LX7 A; 1D0Y A; 1N8R R; 3HPW A; 3X20 B; 3CCQ Q; 2DJZ A; 2LJ0 A; 3R6O A; 1AOJ A; 2HKQ B; 2RHZ A; 5CCA A; 5GAN e; 3JCM g; 3VS6 A; 4D8K A; 1H92 A; 4HA8 A; 2DD4 A; 3OB9 A; 4C8Q E; 3S3M A; 2K3X A; 2OX7 A; 3CMA A; 3JCM b; 1KFZ A; 1VA7 A; 3VRY A; 3PTA A; 2KMT A; 1YWO A; 1NZ9 A; 2H3J A; 1M3A A; 4KBM B; 1JEG A; 1N8R C; 4XTX A; 3LX7 A; 3KBG A; 4D6W A; 4PJO C; 2GFA A; 2JTM A; 2D8J A; 3GLX A; 4M77 B; 1JO8 A; 4FT2 A; 4FSS A; 1WHJ A; 4ESR A; 4J6W A; 2ROL A; 1W2B S; 2CZ1 B; 3S3O A; 1OZ2 A; 1VQN Q; 3FEO A; 1X01 A; 1IB8 A; 1QP3 A; 1YIJ T; 2NWM A; 1LPL A; 4WCI A; 2FPD A; 1KD1 R; 5GAM j; 1Y07 A; 3MEU A; 3EHR A; 2QAZ A; 4J9G A; 1R0C B; 4OMN A; 5GAN 5; 3CCE A; 3QJ6 A; 4ZTJ A; 4LDV A; 3O5Z A; 1QCO A; 2KEA A; 1WZO A; 1UDL A; 3MET A; 1OU9 A; 3CQT A; 5GJW B; 2FPE A; 1VIE A; 5HK3 A; 4OMQ A; 3DLM A; 2M0Y A; 1IRX A; 1VQ9 Q; 4UC4 A; 1QVG P; 5C6S A; 1LJO A; 1VQ7 A; 4EMK B; 1IHW A; 4FW1 A; 2O31 A; 4E7Z A; 2YUO A; 1ZQ1 A; 3SDZ A; 4Y28 E; 3V8K A; 1M8V A; 4J7F A; 1C1A A; 3CC4 T; 2VGN A; 2DXT A; 3EH1 A; 2AZV A; 2CT4 A; 1XOV A; 2HBW A; 1QWE A; 2K3B A; 3JSC A; 3M0Q A; 2OAW A; 2EYZ A; 2JVV A; 2RD1 A; 5LJ5 g; 4IUQ A; 3Q1J A; 4LD9 K; 2BKD N; 2LCL A; 5GAN 6; 2XU8 A; 5LJ5 j; 3LWI A; 4E7H A; 1QVG A; 2RI2 A; 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