The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
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sequence length |
86
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structure length |
86
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Chain Sequence |
MSMNDTYQPINCDDYDNLELACQHHLMLTLELKDGEKLQAKASDLVSRKNVEYLVVEAAGETRELRLDKITSFSHPEIGTVVVSES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution Structure of YaeO, a Rho-specific Inhibitor of Transcription Termination
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
orf, hypothetical protein
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| source organism |
Escherichia coli
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| molecule tags |
Structural genomics, transcription, protein binding
|
| total genus |
6
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| structure length |
86
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| sequence length |
86
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-02-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07073 | ROF | Modulator of Rho-dependent transcription termination (ROF) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Rof-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1SG5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4E47 A; 4Y28 E; 1YHQ Q; 3CC7 T; 3CCU A; 3ER0 A; 2JNG A; 1NPP A; 4CC4 B; 4HXJ A; 1VQO T; 4LD6 A; 2P4R A; 2GFU A; 4QVC A; 1S1N A; 1YJ9 A; 5GMK i; 4E7J A; 1VQN A; 4HT8 A; 3SEM A; 2R57 A; 5D6Y A; 1KK7 A; 3PT9 A; 3JCM P; 1X69 A; 1O9S A; 4FT2 A; 4M75 D; 2K5I A; 2DYB A; 2NUP A; 4MDW A; 1MHN A; 2K5L A; 4AG1 C; 4B9W A; 5LJ3 g; 4HVU A; 4E7H A; 3OYG A; 2RN8 A; 3A5Z B; 1PKS A; 1HK9 A; 1WPY A; 3C94 A; 4JUV A; 2IPO B; 3CXC P; 2X3W D; 3PIP A; 5I22 A; 4DOV A; 2LTO A; 1Q82 U; 1YP5 A; 3V8L A; 3MET A; 3UA6 A; 2BTT A; 2OX7 A; 1UGP B; 3A8M B; 3L2W A; 1WXU A; 2JN0 A; 2LVM A; 3QHS A; 1OUL A; 3KBG A; 1QVF S; 2H3E B; 2YRV A; 4MZP A; 2DZ9 A; 4ZTF A; 1KQS A; 1WXB A; 4AT1 B; 1OYX A; 1BYM A; 1PSF A; 3VS3 A; 3G71 Q; 4X34 A; 4F04 B; 2YUO A; 3VRY A; 3OYE A; 2DEU A; 3I55 Q; 5CVI A; 1NJI U; 1T3S A; 2GNC A; 2L89 A; 4M7D E; 1QVP A; 3CCM T; 1BCM A; 3CC2 Q; 1X2Q A; 2DFU A; 5GAM h; 4Z8A A; 2M16 A; 2M0Y A; 2DEQ A; 2EIF A; 2XDB A; 2CP0 A; 1D3B A; 3NFC A; 3L2Z A; 4KH1 B; 1SG5 A; 1WA7 A; 1NEB A; 4J83 A; 8ATC B; 2FZK B; 2QI2 A; 1IRX A; 2VKN A; 5FWC A; 1OV3 A; 9ATC B; 2OTL T; 1M1F A; 2YHT A; 1Q86 U; 6AT1 B; 4CC3 A; 1W2B S; 2DL8 A; 3BDL A; 4L59 A; 1R0B G; 4LN2 A; 2ROL A; 2F5K A; 3DLM A; 3NPF A; 1E6G A; 1OU9 A; 4M7A A; 2OJ2 A; 1NYG A; 4IUV A; 1PC0 A; 1BB9 A; 2YRC A; 2R5M A; 1K73 U; 4Z02 A; 5GMK e; 2QK0 A; 3CCJ T; 3OYC A; 4N4G A; 2DBK A; 5IXB A; 4X9C A; 1VQ8 Q; 2B86 A; 1Q81 U; 3CCL Q; 2RI3 A; 4RKU E; 4FM4 B; 2XU8 A; 3X20 B; 2DET A; 1UE9 A; 1ARK A; 5IXF A; 4M7D F; 4NL2 A; 4ZGD B; 5KYW B; 1IB8 A; 2HMA A; 1CSK A; 3L2R A; 1ZX6 A; 1NYF A; 3LX7 A; 3RKY A; 4J9F A; 1VUB A; 1JXM A; 1UGQ B; 1ZQ1 A; 4JRI A; 2BZX A; 1RAF B; 2A36 A; 2DIL A; 2P0K A; 4OMM A; 2QQ9 A; 4QKU A; 5FU7 C; 4WTO B; 3OYB A; 3I56 A; 1ZBX A; 1VYV A; 2F1L A; 5I2M A; 2HBP A; 3OYH A; 4M7D G; 3REB B; 1U5S A; 3SHW A; 1NLP C; 1BI3 A; 3UWN A; 3PFS A; 1IO6 A; 2YLB A; 2DVE A; 1RAH B; 1I0C A; 3QWX X; 3CBM A; 4F16 A; 2AT1 B; 1UTI A; 1VA7 A; 3MP1 A; 2HL5 C; 1VQ5 Q; 2O01 E; 2ROT A; 4L5G A; 1AOJ A; 3M58 A; 5CCA A; 4C8Q B; 3G4S T; 1WJS A; 3BW1 A; 2MCN A; 1EFN A; 2NLU A; 1B07 A; 2EQJ A; 3QSU A; 3CD6 T; 3FJP A; 4XTZ A; 4RTU A; 2A0F B; 2QA4 Q; 2CP6 A; 2LJ0 A; 4HVW A; 1XNI A; 4LNP A; 2HD0 A; 1M1K R; 1WX6 A; 1GCQ A; 2DNU A; 2CT3 A; 1NJI R; 3VS2 A; 3FIF A; 2CDT A; 4JJB A; 3JCM g; 1Q7Y U; 2MYS A; 2ZCF B; 2JTE A; 4JRP A; 3JCM W; 3J80 E; 3EFR A; 4O5V A; 4M7A C; 4FW2 A; 2WAC A; 3S6W A; 1TS9 A; 3CMA T; 1WJR A; 1KC8 C; 1UDL A; 3H9N A; 3R6O A; 2RJC A; 2DXU A; 3WVE B; 3MEW A; 3EGU A; 1PCX A; 2L3R A; 1D1C A; 3X24 B; 3JCM X; 3OA6 A; 5CKH A; 2ENM A; 1D09 B; 1OZ3 A; 5GAM e; 1ZUU A; 3PNW C; 1KJW A; 2FYK A; 2E1H A; 1VQP Q; 1GCP A; 2PVD B; 1X6B A; 4M77 C; 1I81 A; 2FZC B; 3M0U A; 4FCY A; 1J3T A; 2JS2 A; 4M7D A; 1JBM A; 2E64 A; 3VS0 A; 3QBY A; 2LZ6 B; 1PM3 A; 3PE0 A; 2YDL A; 3QJ6 A; 4ESR A; 1T0J A; 5AYF A; 3BDU A; 2QQB A; 1RAB B; 1I07 A; 1HSQ A; 2L3P A; 4C8Q E; 4C0D B; 2XDP A; 1NPR A; 4FL6 A; 2VC8 A; 2OTJ T; 3Q1J A; 1K9A A; 3VUZ A; 3CCU T; 3LH5 A; 2F2V A; 3EG0 A; 1MND A; 2LJ3 A; 1OQK A; 1AT1 B; 2BE9 B; 2VAS A; 3L2V A; 2KYM A; 3CC7 A; 1IGQ A; 3PTA A; 1W4S A; 4F14 A; 1M27 C; 2M51 A; 2M9U A; 1H64 1; 2JW4 A; 1U8R A; 2OI3 A; 3CCE Q; 1VQO Q; 4PFO A; 4F7U E; 2GTO A; 2LCL A; 3VU3 C; 3VS1 A; 1G2B A; 2MIO A; 2KT8 A; 1IZ6 A; 1M30 A; 3AT1 B; 4PJO B; 1KQS S; 2JTF A; 1UGR B; 1WYX A; 1PWT A; 2PVG B; 4MMK A; 1RAA B; 1GBR A; 1M1K C; 2LQW A; 1YWP A; 1RLP C; 1ZSZ A; 1VQ7 T; 3ASK A; 3C4S A; 3CME T; 4KRT A; 4LE9 A; 1K9M U; 2RPN A; 3SDZ A; 1RAD B; 2RK1 A; 1BI0 A; 1SHG A; 4BDY A; 1UJ0 A; 4RTX A; 3QJY A; 3CCQ Q; 2DZC A; 3I9Q A; 2DXB A; 2E6N A; 2HQE A; 3INZ A; 2V1R A; 5LJ5 d; 2L3Q A; 3G6E Q; 4FYY B; 4C0G A; 3OS0 A; 5J3B A; 1Y96 B; 2WSC E; 4HVV A; 4F7U F; 4AG2 C; 4PL6 A; 1AWJ A; 1PRL C; 4VUB A; 2QEX Q; 4XTW A; 3OY9 A; 2FRW A; 2EYQ A; 1WFW A; 2K4Y A; 2DE0 X; 1UHC A; 3OYK A; 4E7S A; 5A0L A; 2ZPH B; 1HXD A; 1N27 A; 3QKJ A; 5CQX A; 1K8A R; 2K57 A; 3LWH A; 2LQN A; 3M9Q A; 5GAM f; 3CCM A; 4JRQ A; 5GMK m; 2RHY A; 1N5Z A; 4PJO E; 1C6V X; 5FU7 B; 2LT1 A; 3REA B; 1GXI E; 1TWB A; 1VQM T; 1Y0M A; 2HDA A; 5DY9 A; 5GMK j; 2EKO A; 4OMN A; 2H3J A; 3M54 A; 2OTL Q; 5GAN d; 2DO3 A; 4XTU A; 2EYW A; 1PD0 A; 2KXC A; 4OMP A; 3RER A; 5GAN 2; 5D6W A; 3EG3 A; 2PVO B; 5IHN A; 3SWN B; 2KRN A; 4AFS C; 2FL7 A; 1WXT A; 2GQV A; 4PK4 A; 4Y91 A; 3CCJ A; 2NUT B; 2XG8 D; 3JRZ A; 2VVK A; 2ED1 A; 1V29 B; 3QG1 A; 4Z89 A; 3TRE A; 3UPU A; 2GBQ A; 2LDM A; 4QW2 A; 2YUN A; 5HY6 A; 2D6F A; 4C8Q A; 3I56 T; 3H8Z A; 2EWN A; 3BFM A; 4N0A C; 4FSS A; 3VYG A; 1S72 T; 1M2V B; 2K3B A; 1K1Z A; 1X43 A; 2Y90 A; 2AIR B; 1SRL A; 3TSZ A; 3UAT A; 5LJ3 j; 3VRZ A; 2EJ9 A; 3LGL A; 5L23 A; 2EPD A; 2O4X B; 2J6K A; 1RAG B; 1YJN A; 3KFV A; 3OYJ A; 4F7U A; 1QWE A; 1QVF P; 4KT0 E; 4M75 B; 2RJD A; 5IH2 A; 3A8O B; 4GBQ A; 2O88 A; 5LJ5 h; 4M77 B; 3OYY A; 2CYZ B; 2PZ1 A; 1U3O A; 3HFN A; 3H41 A; 5A0D A; 2DXC A; 2XI9 A; 2LX9 A; 3A1P A; 3E9F A; 5HK0 A; 3G4S Q; 3CCS T; 3CD6 A; 3ZL7 C; 2HQH A; 2LX7 A; 4IUQ A; 5GAO r; 1M3C A; 1OU8 A; 1AVZ C; 2KNB B; 1YJW Q; 2ZGW A; 4X9D A; 1VOM A; 2HQX A; 1UFF A; 4BDZ A; 1TXQ A; 2YXY A; 3D7S B; 2ZPG B; 1X6O A; 2MPX C; 2G6F X; 1SF9 A; 2CSI A; 1NM7 A; 1R0C B; 5GAM j; 2DMO A; 4R56 A; 4CI0 C; 3CC4 A; 4QVZ A; 1VQL Q; 1Y71 A; 4XAX B; 3CMA Q; 5GJW B; 2PU9 B; 4J9H A; 4D6W A; 2MWP A; 2EGE A; 1MV0 B; 1M5Q 1; 5DM7 R; 2P0Q A; 3PMI A; 2KXD A; 1G3Y A; 1W6X A; 4KUL A; 5GAN h; 4NOY A; 4C8Q C; 1X75 C; 4CC2 A; 1VQ4 Q; 1G5V A; 1T3L A; 1D0Y A; 2E3I A; 4J9G A; 3U23 A; 3G1J A; 2M0O A; 4M77 E; 2ECZ A; 4LDY A; 1MMN A; 4PJO A; 2COW A; 2VGN A; 1N8R U; 1WJQ A; 4RTT A; 5CIU A; 4C5E A; 2OTJ A; 4KGX B; 1BIB A; 2D0N A; 4EMK B; 2E10 A; 1RUW A; 2IIM A; 1UEB A; 4ZNX A; 1VIF A; 2NUZ A; 3MJX A; 3I35 A; 2JMA A; 3OBY A; 3VS5 A; 2B8A A; 3NHN A; 2RA2 A; 3M4G A; 4ORZ A; 4XU0 A; 3ZBD A; 4R55 A; 4J7I A; 1YCS B; 1YI2 T; 1YJ9 Q; 1YHQ A; 1VQN Q; 4M7A F; 4M7A D; 4BI4 A; 1JXO A; 1P92 A; 2RI2 A; 4JPB W; 3NTK A; 5FLX E; 4EMH A; 4ZN3 A; 3M0S A; 3GBQ A; 2RQU A; 3TEE A; 4F17 A; 2XMF A; 1GL5 A; 4M7A G; 4AFQ C; 1Y96 A; 2L8D A; 4FW1 A; 5KCH A; 2HKN A; 2HAX A; 1RLQ C; 4C0D C; 1VQ7 A; 4J6Y A; 3CME A; 4PFZ A; 1TSF A; 3OYA A; 4E6R A; 5LL6 S; 2RB6 A; 3M0T A; 5LJ5 e; 2YT6 A; 2DA9 A; 2W0Z A; 2L3S A; 1O75 A; 5I21 A; 1WHK A; 5IHK A; 3EH2 A; 4UC4 A; 4AFZ C; 3HSB A; 3H0I A; 3RKX A; 3QZ9 B; 2IVW A; 1QKW A; 4J6W A; 3HL8 A; 1M90 C; 1ACM B; 1LJO A; 1OX8 A; 7AT1 B; 2SRC A; 1MV3 A; 4IIM A; 4PJO C; 3CCV T; 4OB1 B; 4PLI A; 4WCI A; 5GAM g; 3SD4 A; 4DEY A; 3PGG A; 4IUP A; 1VYT A; 3EFS A; 4DBH A; 1SKU B; 2E6Z A; 3I55 A; 3X25 B; 2DVJ A; 4HCK A; 5C0M A; 3OMC A; 5IT9 E; 4RG8 A; 2JS0 A; 2HZY A; 3HKS A; 2KR3 A; 1RAC B; 4C5I A; 1BI1 A; 1QCN A; 2NUT A; 3CC2 A; 3MEV A; 1SEM A; 3FC3 A; 2DAQ A; 1YBY A; 1KD1 U; 1QVG A; 5HKC A; 3EG9 A; 1NBE B; 1PNJ A; 1V1C A; 5GAN e; 3DB4 A; 1VQM A; 3VKI A; 1K4U S; 2KI7 A; 4J5Y A; 1NE8 A; 1TUG B; 2HEQ A; 2CP7 A; 2KRM A; 1VQ6 Q; 2ZZD A; 2K5F A; 2YUQ A; 3EFO B; 4KBM B; 4BAC A; 1NZ9 A; 3JCM c; 1ZHI A; 2EYY A; 1OOT A; 1ZA1 B; 2O4X A; 3OBW A; 4BD3 A; 2CUD A; 1KQS P; 1RI9 A; 1MNE A; 2EKH A; 1K76 A; 4M7D D; 4HT9 A; 1Z9Q A; 1KQ2 A; 3LLR A; 4MZM A; 4ANJ A; 4M77 A; 2GFA A; 1YIT A; 2L2P A; 3JCM V; 3A8H B; 2I0N A; 2LP5 A; 3DLL A; 2XID A; 4WF2 A; 4OP0 A; 1EIF A; 3VS6 A; 3OW2 A; 1H3H A; 1S72 A; 2AKL A; 1I4K 1; 5GAO q; 1VQK A; 1YJN T; 2V8J A; 5KYY B; 3QYH B; 1JEG A; 2E65 A; 4RUG A; 4D8K A; 3CBO A; 5KYX B; 2CUB A; 1Q82 R; 2XD0 A; 2DK3 A; 3LYI A; 1WQ7 A; 2D8J A; 2KT1 A; 3LW5 E; 4DBQ A; 3SWN C; 5LJ5 f; 4LDV A; 1AWW A; 2AZS A; 3EGD A; 2F2X A; 5KYU B; 2HCK A; 3EG2 A; 4A4E A; 4DOW A; 2LMJ A; 1E7O A; 2KGT A; 2FO0 A; 3CCS A; 5KE2 A; 4ZGJ B; 1JRI A; 1JB0 E; 2XIC A; 2HBW A; 1YIJ A; 1BI2 A; 3H0F A; 3EGX A; 3URG A; 2K3X A; 3CC4 T; 1BCO A; 2GTJ A; 3J81 E; 2CZ0 B; 1UUE A; 4J9C A; 3QZ5 B; 1VQ9 Q; 1FX7 A; 1HJD A; 2KAF A; 2BZY A; 3RNJ A; 2VV5 A; 1IHV A; 4XQ3 A; 1U1S A; 2M02 A; 2D0Q B; 2X4X A; 3L2U A; 2VUB A; 1KD1 R; 2RF0 A; 3JCM h; 2RO0 A; 3JSC A; 2CH4 W; 1Q86 R; 4ZTJ A; 5KCO A; 1C1A A; 4M75 C; 2CRE A; 3MEA A; 4PJM A; 3T9N A; 2EYX A; 3A98 A; 2COY A; 3UA7 A; 1B7T A; 3KUF A; 5GAN f; 3S3M A; 1K73 R; 4A4K A; 1QW1 A; 3CCR T; 2VWF A; 3RIR A; 3ZFJ A; 4KGV B; 1Q81 R; 5CKB A; 1VIE A; 3R6N A; 4A4G A; 1D0Z A; 4OB3 B; 3I5S A; 3OS2 A; 3OYD A; 4RTW A; 1X27 A; 1M8V A; 2ATC B; 2KQW A; 4BE1 A; 2DKG A; 4GLK A; 5CAI A; 2DF6 A; 2K79 A; 4RTZ A; 2GQI A; 1BK2 A; 2AKK A; 2JZ2 A; 4JJC A; 2EGA A; 1BU1 A; 1YHQ T; 2RNA A; 3TSW A; 4OB0 B; 3CC7 Q; 3WVD B; 2FPD A; 1Q82 C; 2H8H A; 4NL3 A; 2E3H A; 1T0H A; 3M0R A; 2KRO A; 2X4Y A; 2D9T A; 1WLP B; 4MDX A; 4PJJ A; 5GAN 7; 1W1F A; 1ABO A; 1YI2 A; 3JB9 J; 1KQ1 A; 3F70 A; 3JV3 A; 2BIV A; 3HRU A; 4KGZ B; 4LUE A; 1X01 A; 4K11 A; 3M55 A; 3OQ5 A; 4PLL A; 5GJV B; 5GAN 8; 1NJI C; 1H3Z A; 4Z88 A; 3RDV A; 2JUF A; 2J6O A; 1I5L A; 2DIQ A; 2DYI A; 2HKQ B; 5LJ5 j; 1R8O B; 5IHI A; 1X6G A; 2RHX A; 2DPP B; 4M78 B; 5AT1 B; 4C8Q D; 1MUZ A; 4XU2 A; 4C8Q F; 2DJQ A; 1JJ2 A; 4HKE A; 1VYU A; 5DLQ E; 2EFI A; 5A0G A; 2VXE A; 4C92 B; 1Q7Y R; 2J05 A; 2KEA A; 4EMK C; 1M4Z A; 2D8H A; 1ZBJ A; 2J7I A; 3NTH A; 3JAM E; 4N0A A; 1QVG S; 1Q86 C; 4BI8 B; 4C8Q G; 4RG2 A; 3V7R A; 4QVD A; 3V7S A; 5IAY A; 4TVR A; 1LPL A; 1QWF A; 2QQA A; 4RCC A; 4AMC A; 3EHQ A; 3G6E A; 2QTX A; 3G71 T; 3GIB A; 4JS4 A; 3I55 T; 3QDF A; 4J6X A; 3VS7 A; 3CCV A; 1WGS A; 3RKW A; 3P8D A; 4F7U G; 1MGQ A; 1EZZ B; 2RM4 A; 3CC2 T; 3CCM Q; 1AZG B; 5GAN j; 4IUU A; 2QGF B; 2FRY A; 3EAE A; 3HP9 A; 2RI5 A; 2LT4 A; 1BIA A; 2RQR A; 1MMA A; 3HRT A; 2M1H A; 3HFO A; 4DA4 A; 3FJ5 A; 5KYW A; 1XTD A; 2V1Q A; 2DIG A; 4M78 E; 1QCF A; 3OW2 S; 5CO7 A; 1AZE A; 3OYL A; 3QUI A; 2RHI A; 1WNL A; 2KK4 A; 1TTH B; 5FU6 B; 4C92 E; 2FEI A; 4PFP A; 2BKD N; 4GLM A; 3BE3 A; 4OGC A; 1M90 U; 5KYY A; 5KYX A; 3CCJ Q; 2VXF A; 4FYX B; 2PTK A; 1VQ8 T; 1OEB A; 1B3Q A; 4A4H A; 2JVV A; 3E2U A; 1M2O A; 5J26 A; 1YIT T; 2O2O A; 3CPW A; 1X2K A; 2WSE E; 5FRN A; 1YN8 A; 2CP3 A; 4PJO D; 1ZLM A; 4PJO F; 1VQK T; 2CT4 A; 1Q7Y C; 1UG1 A; 1K9M R; 2L0A A; 3OSS C; 2HNI A; 5CKF A; 2E5K A; 1TU0 B; 3H0H A; 4BY6 B; 3C0C A; 3OYM A; 3RES A; 2EVR A; 2KRS A; 2KMT A; 2DD4 A; 4FU6 A; 4RCB A; 4ATO A; 4PJO G; 5IN1 A; 4L6V 5; 2C06 A; 5LJ5 g; 3V8J A; 5CKD A; 2G3R A; 4C5H A; 4FYW B; 3UT1 A; 1TG0 A; 2K9G A; 2NWM A; 1JO8 A; 2LRQ A; 1VQ5 T; 3VJP A; 1PG5 B; 4Q5W A; 3FRN A; 4BE0 A; 2A28 A; 2K2V A; 1K8A C; 2J06 A; 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