The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
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sequence length |
86
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structure length |
86
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Chain Sequence |
b'MSMNDTYQPINCDDYDNLELACQHHLMLTLELKDGEKLQAKASDLVSRKNVEYLVVEAAGETRELRLDKITSFSHPEIGTVVVSES'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
orf, hypothetical protein
|
| publication title |
Solution Structure of YaeO, a Rho-specific Inhibitor of Transcription Termination
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule tags |
Structural genomics, transcription, protein binding
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| total genus |
6
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| structure length |
86
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| sequence length |
86
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-02-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07073 | ROF | Modulator of Rho-dependent transcription termination (ROF) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Rof-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1SG5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YIJ Q; 1Q7Y U; 5HCK A; 3CCV A; 4PJM A; 5DLO A; 1D1B A; 1HK9 A; 2AIR B; 1C1A A; 3GF5 A; 1Q81 U; 4E7Z A; 4J9G A; 2QDL A; 2JOY A; 2QEX Q; 3CMA Q; 1K0S A; 4ATO A; 1KC8 C; 1OU9 A; 2VV5 A; 1Q7Y R; 2LT4 A; 1X2Q A; 2DBM A; 1DJ7 B; 1K1Z A; 3FC3 A; 3RES A; 2DL3 A; 2DNU A; 3ASK A; 4C8Q C; 1Q81 R; 4FSS A; 4EMK A; 1N5Z A; 2RHI A; 2CSI A; 2XDP A; 1WXT A; 1JJ2 S; 2WSF E; 1H64 1; 2O01 E; 3EFO A; 4FIB A; 4DEX A; 3SWN B; 3RBB B; 4XTY A; 4PJO D; 1GCQ C; 5IHK A; 4E6R A; 1ZUU A; 4BE2 A; 2DVJ A; 2OX7 A; 3S3M A; 1GFD A; 1NLO C; 1NYF A; 8AT1 B; 2HBW A; 2ZPG B; 1HXD A; 3CC2 Q; 2GTJ A; 3O5Z A; 1VQL A; 3G6E A; 2DXB A; 5DLQ E; 3C0C A; 2JS2 A; 2V26 A; 1NYG A; 1WFW A; 1I1J A; 1RAG B; 3REB B; 1OZ3 A; 3WVE B; 1N9R A; 3NTI A; 2R5A A; 3VUB A; 1T0H A; 1PHT A; 3M59 A; 2E70 A; 2IVW A; 2CUD A; 4FW2 A; 2A3L A; 1JEG A; 1VQN Q; 4L5G A; 1Y96 A; 2AT1 B; 1BI1 A; 1YI2 Q; 1UUE A; 4ZGJ B; 1U3O A; 2L2P A; 3OMG A; 2PNI A; 1UEC A; 3RKX A; 3OYI A; 1VQM A; 2LNV A; 1VQ9 Q; 1T3L A; 1OUL A; 5LJ3 j; 2JNG A; 1SRM A; 2LX7 A; 2CRE A; 2KMT A; 2RNA A; 4NL3 A; 1Q95 G; 2K9G A; 1NJI U; 1D3B A; 2RB6 A; 1OX9 A; 2QK0 A; 2L3R A; 2K3Y A; 1ZLM A; 3TCJ A; 1TOV A; 2YLB A; 1X69 A; 3FDR A; 3J81 E; 3MO8 A; 4QKU A; 4LDV A; 4M78 B; 1UTI A; 1NJI R; 2X4Y A; 4ELY C; 3BDL A; 2DL5 A; 3EAE A; 1M1K C; 3KFV A; 3RUX A; 4C92 D; 1UGS B; 3UAT A; 1Q82 C; 3CME T; 3D7S B; 3GPL A; 3C4S A; 1VQP A; 1I0C A; 3DB3 A; 1Y07 A; 1Q86 R; 2HZY A; 4J83 A; 2DPP B; 5CAI A; 3RR6 A; 5GAO n; 4C8Q F; 1IXD A; 2CP6 A; 4J6Y A; 2KY9 A; 4M75 G; 3OW2 S; 4BE0 A; 1MHN A; 2JTF A; 3C95 A; 4EPC A; 2ECZ A; 3CCS T; 4PLL A; 1BI0 A; 2RF0 A; 1S72 Q; 1M4Z A; 1U1S A; 1RAF B; 3CCJ T; 1OV3 A; 4F14 A; 3MPU B; 4OMM A; 1OU8 A; 3G4S T; 3OBY A; 2FPE A; 4Z8A A; 1YBY A; 1FXX A; 4A4K A; 2KNB B; 1G83 A; 1WNL A; 2MWP A; 1QCF A; 1R77 A; 1VQ8 T; 4X9C A; 2V1R A; 2MPX C; 4X1V A; 3EG0 A; 4AG1 C; 3QBY A; 5J3B A; 4Y92 A; 1LPL A; 3JRZ A; 2EQM A; 2HQE A; 2RPN A; 5HY6 A; 1VQ5 A; 1IHV A; 2JMA A; 2NUZ A; 4M77 D; 4M7D F; 2PU9 B; 1Z9Q A; 1SEM A; 3VS0 A; 3RER A; 1YIT A; 1UJY A; 4OP0 A; 3A8G B; 1X6G A; 5LJ3 h; 1U1T A; 3GNG A; 5I21 A; 4RTX A; 3CCM T; 3M0Q A; 4HCK A; 5CKF A; 2JS0 A; 1WI7 A; 1UDL A; 2JT4 A; 3CCR T; 4PJO E; 4LNP A; 1K8A U; 5KYU A; 5GMK j; 4C0G A; 1XJW B; 3I9Q A; 3RIR A; 5FU7 C; 3UT1 A; 2KYM A; 1RI0 A; 2DBK A; 5LJ5 f; 5GAN 7; 4N4H A; 4HVV A; 2QEX A; 3AT1 B; 1E6H A; 2QXF A; 4ZN3 A; 4M75 A; 4RTW A; 2GQV A; 2QG9 B; 4C5I A; 2IIM A; 1YHQ T; 1TUC A; 1K8A R; 1FYN A; 2HL3 A; 2RQW A; 2AKK A; 1FX7 A; 4R55 A; 3CPW P; 1EIF A; 3GLX A; 5ECA A; 3OA6 A; 2VXE A; 2K57 A; 1TSF A; 2DZ9 A; 2Y4X A; 2VKN A; 2KRN A; 1RAH B; 1XTD A; 2EYZ A; 2AHJ B; 2DYB A; 1G3Y A; 1TTH B; 4C8Q D; 1JQQ A; 2CP5 A; 5FU6 B; 4FCY A; 4O6J A; 4EMG A; 3OYK A; 3A1P A; 4PJN A; 3CCQ A; 1M2V B; 1NM7 A; 5LJ3 f; 1V1C A; 3VS2 A; 2F2X A; 4M75 C; 4RTV A; 3E1S A; 2MF2 A; 3UA7 A; 4D8D A; 4OB2 B; 4RTY A; 3CEY A; 1N8R C; 3THK A; 1YP5 A; 2LMJ A; 4FYV B; 2DJZ A; 5A0D A; 4DBR A; 1Q82 R; 3FRN A; 5LJ5 e; 2K2V A; 1D1C A; 1VQ6 T; 1YFN A; 4J9E A; 2JVV A; 3MCA B; 3CC7 T; 2FPF A; 1XOV A; 1K0X A; 1M27 C; 5J39 A; 2JTM A; 2E1H A; 1YI2 A; 4C92 E; 2DXC A; 2QA4 Q; 1ABQ A; 3CPW A; 3VV0 A; 3PTA A; 1VQ9 A; 3CBP A; 1IHW A; 4VUB A; 4M7D B; 4HCB A; 4BUG A; 3HRU A; 1T0J A; 3OS0 A; 1B07 A; 5GMK h; 5KCO A; 2CH4 W; 5LJ3 e; 2IG0 A; 2DX1 A; 4OMP A; 3RMS A; 3SFM A; 2K3B A; 1R8O B; 4KUL A; 3QYG B; 4J5Y A; 1LCK A; 1HSQ A; 2YXY A; 1QVG S; 4JLI A; 3EG9 B; 3OB9 A; 2EQK A; 5GAO r; 4XTX A; 3JCM g; 2CP0 A; 4M78 G; 4F7U E; 1W2B S; 1KD1 C; 5GAN 3; 3HFN A; 2AKL A; 1GBQ A; 2QAS A; 2KXD A; 3GNF B; 1C0M A; 7AT1 B; 4M77 E; 5GAN 5; 3I55 T; 2QQS A; 3T9N A; 1X27 A; 4EDU A; 1KG1 A; 4AT1 B; 2RHU A; 4Z88 A; 4FSX A; 1YJN T; 1M90 U; 2FZG B; 1S72 A; 5GMK m; 2KQW A; 2LDM A; 5FLX E; 2MCN A; 4XQ3 A; 3IQL A; 1D0X A; 3F70 A; 4L6V 5; 1YJ9 T; 3PE0 A; 2DEU A; 5GAM f; 4PLI A; 3CCE T; 2FPD A; 2NUP B; 2LJ1 A; 2YUN A; 2RQV A; 4C0D C; 1MV3 A; 3OY9 A; 1M90 R; 1Z9Z A; 3RNJ A; 2PUK B; 4E7J A; 5KYX B; 2RJF A; 2ROT A; 1VYU A; 1VQL Q; 1WQW A; 5LJ5 d; 3G6E Q; 3EGD B; 1WXB A; 2KK4 A; 1QP2 A; 2CP3 A; 2JJ9 A; 1KHC A; 1MMA A; 4FL6 A; 3CXC S; 1WIE A; 2LC4 A; 2HKN A; 3EGX B; 1N8R R; 4M78 A; 4C8Q E; 1M8V A; 3EFS A; 2XU8 A; 2CDT A; 2LZ6 B; 2BTT A; 4DBF A; 1Y0M A; 2KXC A; 2HSE B; 3V8K A; 1WJQ A; 2QGF B; 1PSF A; 1KIK A; 1VQM Q; 4DQ2 A; 3CCV T; 1M3B A; 2JW4 A; 4PFO A; 5LJ3 d; 5I2S A; 4RUG A; 5GAM e; 3MET A; 5HKC A; 1IO6 A; 4J9B A; 5FU7 B; 3X28 B; 3R6N A; 2E6Z A; 3LYI A; 3I5R A; 1KQS S; 4E2F B; 2OTL A; 1M1F A; 2M0O A; 2YRV A; 2CS7 A; 2ZGW A; 2GF7 A; 1NZ9 A; 5HK3 A; 2XI9 A; 4PJO F; 1J3T A; 2K7A A; 2A08 A; 5CKE A; 1ZBX A; 1VQ4 Q; 3PIO A; 4BY6 C; 1WJR A; 5I22 A; 3OYE A; 3OQ5 A; 3H8Z A; 2V8I A; 2RHX A; 1AVZ C; 4MZP A; 4M75 D; 1YJW Q; 3VS6 A; 3A8L B; 2D6F A; 4QQ6 A; 4FU6 A; 2A28 A; 3WVD B; 2F5T X; 3URG A; 2YHT A; 1K9M U; 2VGN A; 1I8F A; 1PM3 A; 4M77 C; 2QA4 A; 4FT4 A; 2KEA A; 2RHZ A; 2DJQ A; 4GLM A; 2EFI A; 4AG2 C; 3LWH A; 2KT8 A; 3PVL A; 3CD6 T; 3MEW A; 1K9M R; 2DK3 A; 4HVU A; 3JCM J; 3PVQ A; 2EW3 A; 2RJC A; 2VGM A; 4BI4 A; 4IUV A; 4MML A; 1XNI A; 2HL5 C; 2MMP A; 1YIT Q; 2A0F B; 4ANJ A; 4C5G A; 5GAN g; 3REA B; 1M3C A; 1NPR A; 2QTX A; 2QQA A; 2YLC A; 2CZ1 B; 3BY7 A; 2OAU A; 2E10 A; 2VVK A; 3UDC A; 3M57 A; 3CC4 A; 4LD6 A; 1D0Z A; 4XTZ A; 1UEB A; 4IKF A; 4FM4 B; 1SHG A; 5GAM d; 2JM8 A; 3GOX A; 3ER0 A; 2GNC A; 1ZBJ A; 1K73 C; 2OTJ Q; 1VQ7 A; 5CVI A; 4OMF B; 1RUW A; 2GFA A; 3MP6 A; 2W0Z A; 3G7Z A; 2D8H A; 3A98 A; 2EGA A; 2HQH A; 1VQP T; 4C92 F; 3M5A A; 1I5L A; 2LQ8 A; 2EKH A; 3A8H B; 4QVD A; 2BUD A; 4LD9 K; 4A4G A; 1ZHI A; 5HK0 A; 3LH5 A; 3PGG A; 2EAY A; 1TXQ A; 1M1G A; 2DTH A; 2E6N A; 2A7Y A; 2BZY A; 5GAO m; 2E12 A; 2YDL A; 2HNI A; 1TWB A; 1MMG A; 3PNW C; 3JB9 G; 1B7T A; 2RMO A; 3CCQ Q; 4PJO B; 1PRM C; 4X9D A; 4M7D A; 3JCM h; 3P8H A; 4M7A G; 2MYS A; 2ZPF B; 1UJ0 A; 1AWX A; 3G71 A; 4J7F A; 4HT9 A; 2FZC B; 1U8R A; 1ZSZ B; 3CCL T; 2QQ9 A; 1KK7 A; 1VQO T; 4PKC C; 4EMK C; 3JSC A; 4F7U F; 4IUP A; 1VUB A; 1H3H A; 3OYG A; 1KQ1 A; 1VQ5 T; 3V7S A; 2J6K A; 2DTO A; 1RLP C; 2P4R A; 2BE9 B; 3E9F A; 2P0Q A; 3CCS Q; 4M77 F; 1P92 A; 4HA8 A; 5IHI A; 2X3X D; 4HCC A; 2DIG A; 2L8D A; 3HRT A; 3OYD A; 4PL6 A; 4QQG A; 1BU1 A; 2J05 A; 4XK8 E; 2X4W A; 4CC3 A; 2F2W A; 3L2R A; 1MNE A; 1B34 B; 1YIJ T; 2DVE A; 4ZN1 A; 1YCY A; 3PIP A; 1QKX A; 2RQR A; 4ESR A; 2KR3 A; 2EYX A; 3M9Q A; 4QW2 A; 3UWN A; 2QEX T; 1IRE B; 3CMA T; 3A8M B; 4M75 E; 3SHW A; 2B86 A; 5FWB A; 2JZ2 A; 3M0S A; 1NLP C; 2JUF A; 3KUF A; 4A54 A; 2CSQ A; 2RHY A; 1SHF A; 1WLP B; 2GTO A; 4NOY A; 2P4T A; 4OGE A; 1Q86 U; 4AMC A; 1MND A; 1O9S A; 1E7O A; 2L3P A; 1ZUY A; 4M7A A; 4MDX A; 1VQK Q; 2NUP A; 5KYW B; 1I07 A; 5GAN 6; 1QLY A; 4GY5 A; 2IPO B; 5L23 A; 4IUQ A; 1H92 A; 4E7K A; 1WHJ A; 4C92 B; 3JCM b; 3LH0 A; 1KC8 U; 1RAC B; 1K76 A; 1JJ2 A; 1RAE B; 1VQ4 A; 3N5B B; 4ME7 A; 4ZNX A; 3H9N A; 3CC2 T; 1QW1 A; 1AD5 A; 2HAX A; 5KYY A; 2K2M A; 2QQB A; 2VXF A; 1JRI A; 2PQW A; 2KYB A; 2YRD A; 4LE9 A; 1YJW A; 3EGX A; 1BIB A; 1K73 R; 1KC8 R; 4BI3 A; 4IIO A; 2YUO A; 4GBQ A; 2FB7 A; 2O9S A; 3M56 A; 4BY6 B; 2JN0 A; 1ZA1 B; 2MK5 A; 1O75 A; 4KUI A; 1H8K A; 9ATC B; 1VQN T; 2H8H A; 3QZ5 B; 1MMN A; 2CKK A; 1TUD A; 5CKB A; 1VA7 A; 2O4X B; 1EX4 A; 1X75 C; 1YI2 T; 4N4I A; 4F7U B; 3LLR A; 2ZPI B; 1GCP A; 2KVQ G; 5CQX A; 2KBT A; 3CPF A; 3UA6 A; 1YWO A; 1FMK A; 1XQH A; 2LP5 A; 2EJ9 A; 2HDA A; 2DER A; 4M77 B; 3ME9 A; 3TRE A; 3L42 A; 3UF4 A; 2QI2 A; 1BI3 A; 3OS2 A; 2AZS A; 2DXU A; 1WJS A; 1SF9 A; 2ENM A; 3EHQ A; 2DMO A; 3AHU A; 1X6B A; 1UB4 A; 4E7H A; 1ACM B; 2Y4Y A; 4DOW A; 4F17 A; 2I2L A; 2ZPH B; 2QDY B; 2PVD B; 4M4Z A; 4IUR A; 2OTJ A; 1QP3 A; 2YSQ A; 1PCX A; 4KGV B; 1KHI A; 5IT9 E; 5C6S A; 2KRO A; 2EKO A; 1AWJ A; 4JRK A; 5EG2 A; 4ELZ C; 5GJV B; 4A4H A; 1NBE B; 2R57 A; 5GAN h; 3V7C A; 2OTL Q; 1PSE A; 1BBZ A; 1S72 T; 1JXM A; 1Y71 A; 2X9H A; 1Q82 U; 2RM4 A; 4C8Q B; 5KCH A; 3MJX A; 2DLP A; 2YWW A; 2KI7 A; 2EPD A; 3ZEH A; 4AFZ C; 2RK2 A; 5KE3 A; 2FHD A; 4PJO G; 1W6X A; 3QXE B; 3CME A; 3OSS C; 1ZSG A; 2DL7 A; 1M1K R; 2C0T A; 3PMI A; 2MWO A; 3SB2 A; 3NPF A; 1D0Y A; 3FJP A; 1F1B B; 4LDX A; 4E7L A; 2PZ1 A; 3CCS A; 4RTT A; 1N27 A; 4J9C A; 3JCM d; 3E9G A; 2LX9 A; 3CCU T; 3M53 A; 3CCJ A; 2G6F X; 2OAW A; 2XKO C; 2ZPE B; 2M16 A; 1PRL C; 1OPK A; 3EHR A; 3JCM W; 3VJP A; 4RMO A; 4EMK B; 3GBQ A; 4M78 E; 1YJ9 Q; 2KSS A; 4NL2 A; 1Y57 A; 1NE8 A; 2DFU A; 3HSB A; 1OEB A; 3EFO B; 4OML A; 4XU2 A; 1ARK A; 1VQ8 A; 1VIE A; 4FT2 A; 3NTH A; 2ROL A; 3L1A A; 2CP2 A; 1QQJ A; 2MI6 A; 2XMF A; 3JB9 I; 3MEU A; 1AHJ B; 4CC7 A; 4HVW A; 1UGV A; 2EYY A; 1UHC A; 3SWN A; 5GAO q; 1YNZ A; 4QT7 A; 2BZX A; 4FYY B; 1PD1 A; 2GBQ A; 2JTE A; 3VRY A; 1VQK A; 2WAC A; 3CCM A; 2DD4 A; 2HSP A; 1TS9 A; 3CC4 Q; 4HT8 A; 4PJO A; 2FL7 A; 3BDU A; 1QVF P; 5IH2 A; 3CCR A; 1QCN A; 2DIQ A; 2MIO A; 4O5V A; 4KGX B; 1S1N A; 1X01 A; 6AT1 B; 1VQ7 Q; 1FMV A; 4N4G A; 1MGQ A; 2W10 A; 2ED1 A; 3OYY A; 4PFP A; 1ZSZ A; 4AFQ C; 3JCM c; 4XTU A; 4YTL A; 4NS5 A; 2E64 A; 5D6W A; 1YHQ A; 1ZUK A; 2FZK B; 1Y96 B; 3OSV A; 3Q1J A; 4RG8 A; 2E5K A; 3QII A; 1U5S A; 2NLU A; 4J6W A; 3X25 B; 4OB0 B; 3QDF A; 3LWI A; 3SWN C; 2JXB A; 1SG5 A; 4FW1 A; 2XD0 A; 3X26 B; 3VS5 A; 3ULR B; 4CC4 B; 4IIM A; 3G1J A; 2HD0 A; 4M75 F; 1BB9 A; 2FEI A; 2A37 A; 1D3B B; 2NWM A; 2H3E B; 1EFN A; 5GAO p; 2F1L A; 3JB9 D; 1B34 A; 2NYS A; 4CI0 C; 2KGT A; 1BI2 A; 3VS4 A; 4J6X A; 5CK9 A; 4WTO B; 4JJN K; 2XG8 D; 1N8R U; 4M7A D; 3QUI A; 3G71 Q; 2QA4 T; 4LDY A; 4BB7 A; 4PK4 A; 2M51 A; 4DBQ A; 4WF2 A; 2D8J A; 3I5S A; 1AZG B; 4IUT A; 2EIF A; 1OPL A; 2DET A; 1QVF A; 3I56 Q; 2FVU A; 3FIF A; 4OGC A; 5CQY A; 2DL8 A; 2YRC A; 2O9V A; 5KE2 A; 2JMC A; 1IB8 A; 3V8L A; 2GQI A; 3DLL A; 1X6O A; 3RKW A; 8ATC B; 1QWE A; 2LVM A; 2XDB A; 2RJD A; 5M9O A; 3CC7 A; 3SEM A; 2YUP A; 2DRK A; 1HJD A; 4J9I A; 4Z89 A; 5GMK e; 3OYH A; 1WHG A; 3EFR A; 4OMQ A; 1NG2 A; 3E2U A; 4BD3 A; 2KAF A; 3FLG A; 1K9A A; 2R58 A; 2EVR A; 1Q7Y C; 3FEO A; 3OMC A; 4KGZ B; 1UG1 A; 1Q81 C; 1TU0 B; 1WHH A; 1V29 B; 1MV0 B; 4HKE A; 3VKI A; 3M58 A; 1K4U S; 3MEA A; 3L2Z A; 3SD4 A; 4M78 C; 4IUU A; 1I5O B; 4RCB A; 5AT1 B; 2COY A; 1NEG A; 1JU5 C; 5LJ5 g; 4J9H A; 4Z02 A; 2L3Q A; 2P84 A; 2DD5 A; 1KD1 U; 1CKB A; 1W1F A; 4V2S A; 2C0O A; 2LTO A; 3M4G A; 3QDR B; 4C8Q G; 5IAY A; 4C5E A; 5KYU B; 1TH7 A; 1C6V X; 4A63 B; 1VQL T; 1KD1 R; 2CZ6 B; 2J7I A; 3I55 A; 3G6E T; 2QGG A; 1SPK A; 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