1SGUA

Comparing the accumulation of active site and non-active site mutations in the hiv-1 protease
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLREALLDTGADDTIFEEISLPGRWKPKMIGGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPANVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords POL polyprotein
publication title Comparing the Accumulation of Active- and Nonactive-Site Mutations in the HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1sguA00
5OZQA 3FNSA 5P72A 3TNEA 3GGVA 4F73A 1B6KA 2PC0A 3EKWA 5OZ8A 3L38A 4COEA 2QI7A 5P29A 2Q3KA 5P5EA 4OBHA 3F9QA 3ZL7A 1SP5A 2PK5A 4CPXA 1HXWA 4RCFA 1W51A 2BPZA 3PGIA 1E80E 4Y4BA 2F80A 5OZDA 5I3XA 5OZCA 5P6XA 5T4SA 2BPXA 3TKGA 1D4SA 4KE0A 5P84A 2AZ9A 4QJ2A 5P3IA 2QMGA 5P8UA 5AH8A 3PHVA 3PLDA 2RMPA 5P71A 3H0BA 5IS4A 5P1ZA 3SA5A 2BBBA 3IXOA 3LINA 3FIVA 5P7KA 2WF1A 2H6SA 1IBQA 1EEDP 5P5CA 5SZ9A 5HE5A 5P12A 5P43A 5P68A 2QZXA 2AVSA 4M8YA 4Y3QA 4EXHA 7UPJA 1UH8A 3UHLA 1DP5A 5P2HA 3PI0A 2PWCA 5P8JA 4Y4WA 2WF0A 2QU3A 5P5AA 4RGHA 5ENMA 1DAZC 3PBZA 4I0GA 1UPJA 2ZJMA 5P6PA 4D89A 1GNOA 5OZZA 3TPPA 3SA6A 3IN3A 3PEPA 1W5VA 4H1EA 4Y39A 4DJVA 5P8HA 2G69A 3ZKQA 1HVCA 3D1ZA 3S45A 1ZPAA 3NSHA 4CPWA 2HB4A 5P4KA 3KN0A 1MPPA 1HXBA 1FQ5A 3IXJA 4EQ0A 3PWWA 4I0FA 1W6IA 2AODA 3PM4A 2BJUA 1QBRA 3BVAA 3WB5A 2XFIA 6APRE 5P24A 2HIZA 3FNTA 1IVQA 2WF2A 2JJIA 5P4AA 3RTHA 1LZQA 1AJXA 5EZXA 4DJWA 5JODA 3EKQA 3GGUA 1T7KA 2G94A 3EM6A 3L5EA 4Y58A 1N49A 1BDRA 5P2MA 1HIVA 2P3AA 4EJLA 2VNNA 5P15A 5OZ6A 4I10A 3OGPA 7HVPA 1BV7A 5P10A 1T6EX 4ER1E 3D1XA 5OZRA 4DVFA 3OHFA 3OAGA 1M4HA 4L1AA 3S2OA 3K5CA 4HZTA 5P2BA 1LV1A 1T7JA 5P0SA 1WBKA 4Y3LA 3BUFA 5P1EA 4ZPFA 5P4EA 3ZKIA 4GMIA 5P0XA 4RRSA 5P6YA 5P35A 3BUHA 4K8SA 4EWOA 1META 4Y5MA 3NDWA 4PHVA 3UTLA 1HPOA 3QVIA 1MSMA 2ZHVA 3SM2A 3FX5A 3OQFA 4YD5A 4F75A 4HEGA 3WB4A 3INEA 1DMPA 3GGAA 3DOXA 4ZPEA 2HAHA 1FGCC 1HVLA 2I0DA 3IAWA 5P4ZA 2NXLA 1EAGA 5OZOA 1XS7D 5P05A 2NXDA 4I0DA 3I7EA 4ER2E 3LIYA 2QHZA 5P7RA 1LF3A 5P1DA 5COOA 2I4DA 1C6XA 2O4PA 1K6TA 1IDBA 1SDVA 3L5FA 5P1FA 5OZSA 1GVWA 2XFJA 1YTGA 1LS5A 3FV3A 5P03A 3RTMA 5P8GA 4MC6A 1XE6A 5P0ZA 3ZKMA 5P34A 2WHHA 1APTE 3O99A 1NPWA 3O9LA 5P8OA 5P7NA 1MTRA 2ER9E 5P7QA 4LBTA 5P6KA 2P83A 4CPQA 3O9BA 5P3ZA 5P0JA 5P79A 1A8GA 5P47A 4J0YA 5P8KA 4K4QA 2QZLA 4K4RA 4GB2A 5P2WA 3VSWA 3MXDA 1B5FA 2NMZA 1FQ6A 5P7GA 2V10C 5DQ5A 4OBFA 1D4IA 3KA2A 4Y5PA 1RPIA 2F8GA 2H6TA 3OUDA 3PWRA 1C6YA 4OBDA 4OC6A 3QAAA 1HSIA 5P5JA 4DQBA 4Y4JA 5P44A 5F00A 3OWNA 1SH9A 3DCRA 3RVIA 4RZ1A 2JXRA 3OGQA 1K2BA 4H3JA 5P6SA 3BGCA 3A2OA 4I12A 5P7OA 5P5OA 3OADA 5P7YA 5P20A 5P2FA 3PMYA 2RSPA 3SKFA 5P7XA 1OEXA 1QRPE 2XYEA 4GIDA 5P3EA 5OZMA 2P4JA 4E43A 5P76A 4BFDA 3OXXA 4R95A 3EKVA 4DJRA 5P4IA 5ISKA 3HVPA 3KFNA 3NWXA 5SXNA 5P1PA 1GVXA 3TL9A 5P23A 3O9CA 5P5NA 1HPXA 5P8EA 3URJA 1W5XA 5P1IA 1J71A 1HVRA 2AOEA 5OZ9A 3QPJA 2AOGA 3PI5A 1CZIE 2O4NA 2WECA 5P3RA 4J0ZA 2P3CA 1NSOA 5P3WA 5P69A 4L1AB 5OZAA 4I8ZA 5AGZA 1MUIA 5P2ZA 4YD3A 5P0RA 4J0VA 5P3LA 2QZKA 3EL5A 5P5MA 4FRJA 1BWAA 5OZUA 1ZTZA 4F76A 1BXQA 4J17A 2IEOA 3I6OA 4ZE6A 3S85A 5P0AA 3BHEA 3T11A 3QRVA 5P0VA 5P27A 4J5JA 3IVIA 2CEJA 3NWQA 4J1HA 3NUOA 3JVWA 1APVE 2FIVA 3I25A 5P3JA 5OZ0A 2FMBA 3ZKXA 4YBFA 4I0JA 4EJDA 1MEUA 5P3HA 5P16A 5P4WA 5P3AA 1TSQA 1IIQA 3VYEA 3LZVA 3QS1A 1WBMA 4CPRA 5P49A 3UQXA 4Y43A 4DH6A 4L6BA 5OZKA 3S7MA 1LYBA 3LZYA 3SLZA 4B00A 5HCTA 3PVKA 5KOSA 2Q64A 2F81A 3KM4A 5P62A 1YG9A 1MIQA 2QAKA 3OQDA 1HOSA 2BPWA 4OBZB 2O4SA 3D91A 2ZJIA 5P42A 2P3BA 5P4OA 4EP2A 2XFKA 2AZ8A 3AIDA 3RTNA 4OD9A 5P01A 2QZWA 3IVHA 4EQJA 2ZJJA 1MT9A 4YDFA 5BWYA 4I11A 4TVGA 3OUCA 3PSUA 4Y5AA 1FMBA 2HS2A 4CMSA 3L59A 5P3PA 3FNUA 2NMYA 5P6FA 4D85A 5P50A 5P8BA 2R43A 2QU2A 2R3TA 1A94A 5ENKA 2OAHA 1YTHA 5P1GA 1HEFE 3EKYA 4B78A 5P5FA 2QI6A 3O9IA 3SO9A 3K5DA 1K1TA 5JG1A 1ZPKA 3ER5E 2Q54A 3VFAA 4WTUA 1HVHA 5P6ZA 5HDUA 4Q1NA 4HE9A 5P53A 5KR8A 3EMYA 4GJ8A 2ZYEA 3Q70A 5DR4A 2MIPA 5P4FA 4K9HA 4FSEA 3I8WA 5HTZA 4RRNA 2PQZA 5P1MA 5P6RA 3S43B 2F3EA 2RENA 4NJTA 4UPJA 5E5KA 3QIHA 5P0GA 5P1YA 3SM1A 5FIVA 5ER2E 3UQPA 2I4XA 3PB5A 4QLHA 4YCTA 5P2VA 2IKOA 3AUPA 1KJFA 2Z54A 5P26A 4EP3A 4Y6MA 1Z8CA 5P7PA 1BILA 2AVMA 5P2DA 1FIVA 3UQUA 1KJGA 3B80A 3OU4A 1FQXA 1D4YA 3OK9A 2PSGA 5OYQA 2V00A 4OBKA 2B8LA 3O9EA 5P0CA 4KE1A 5AH6A 2HM1A 3NU4A 3Q4BA 3IGBA 4LP9A 4AUCA 3CKRA 1HWRA 3D1YA 5P8MA 4AA9A 4BELA 4RYGA 3SQFA 5P1CA 1CMSA 1AXAA 5P3TA 5P67A 5P64A 1MRXA 4JPEA 2WF4A 4H3GA 3OXVA 2PSVA 1D4HA 1FB7A 3U71A 1HHPA 2QD6A 3VLAA 5P8LA 3O9FA 4EHCA 3LPKA 4Y3XA 3SA4A 3LPIA 4YA8A 5P18A 1PPKE 4AMTA 3NUJA 1BXOA 2NNKA 1KJ7A 2HC0A 3U7SA 2BKSA 4IVSA 3EL0A 5P8AA 3UDJA 3TH9A 2IS0A 3R1GB 3ST5A 3QP0A 3EKTA 4Y3AA 5P1SA 5P2KA 2VIEA 3PSYA 5P6VA 5P11A 5P46A 3WZ8A 3ZKNA 4Y4EA 1HSHA 4PZXA 1BWBA 5KQXA 4R91A 4Y50A 1ODWA 3OY4A 1QBSA 2FDPA 5DR7A 3UFNA 2OHNA 5P0DA 2ZDZA 5P58A 2QD7A 5P08A 4H3IA 1KZKA 1EC2A 1SBGA 3S8IA 5P7SA 1QDMA 4DJOA 5P5GA 5P7UA 3HAUA 4OD9B 5P0WA 3ZKGA 4S1GA 1Q9PA 5P6IA 5P2GA 3MXEA 3LIXA 1HVSA 5P4LA 2HB3A 3VF5A 3LITA 3SAAA 2QP8A 5B18A 5P3QA 4Y4GA 5COKA 1T3RA 8HVPA 1HTRB 5P7HA 2EWYA 2OHRA 1B6PA 5P7WA 4L7JA 4RVJA 2QNQA 2G27A 1E82E 2V11C 5P7EA 4M8XA 1LF2A 2FGUA 1YT9A 4X7IA 5OZ4A 4Y45A 5P2IA 3UCBA 3OU3A 5TOLA 4ZLSA 5OYZA 2IGYA 4Y4DA 3CIBA 1EPNE 3NU9A 2OHSA 5P55A 5P8NA 2AVOA 2ZHTA 5OZ3A 4TRYA 6UPJA 5P48A 4ER4E 2AOIA 5P4JA 4Y56A 3BC4A 5P3XA 1EC1A 1EBZA 1HIIA 3L5BA 2FDDA 3PBDA 3UDPA 1QBUA 2OHUA 1AJVA 5P2TA 2VJ6A 1RNEA 2ER7E 1PPLE 9HVPA 3EL4A 5P31A 5P32A 1EPME 4Y5GA 5P56A 2XYFA 3L5CA 5P7MA 3R4BA 2FXEA 5P86A 4J1IA 1ENTE 2FNTA 2A4FA 4BEKA 4Q1XA 4Y3MA 2I0AA 5HD0A 5P3MA 3WZ6A 4CKUA 3TPJA 1GVUA 2HPEA 5OZVA 1DW6C 5P1XA 3D3TA 4YDGA 5P73A 1APUE 3QVCA 3OU1A 5IVRA 5P2QA 3MSJA 4ZIPA 1PSNA 5P1KA 3T7XA 4ACUA 5P0MA 3MSLA 5JFUA 2ZHUA 1BV9A 3OUAA 4GJDA 4DJYA 2P3DA 4GYEA 5P1HA 1HEGE 1FFIC 5P1WA 5P4YA 3PCWA 2FDEA 3TTPA 1XL2A 5P1OA 5AH7A 1OD1A 5KQZA 4ACXA 5P39A 3NU6A 3VYDA 4FSLA 4Y3NA 3O9DA 5P5SA 3NYGA 4GJBA 4LXAA 1VIJA 5P2EA 3RSVA 2ZJHA 5P7JA 3K5FA 4U7QA 5HDVA 1LYWA 5DGWA 3UFLA 3L3AA 3T7PA 2R9BA 2G1OA 2AZCA 4Y5CA 4HVPA 5OZTA 5P0IA 3QBFA 3OXCA 2BB9A 3PMUA 5P80A 2ZE1A 2VA5A 3FKTA 5HE7A 5P3OA 5P74A 5P5VA 5P65A 4N00A 1DPJA 5P57A 5P5TA 4CP7A 3LIZA 5CLMA 4AA8A 4DV9A 5P85A 5P89A 5P8QA 5P4DA 4FAEA 4Y4XA 4Y3GA 1EBKC 1W5YA 1YTIA 1XDHA 1BVEA 1G2KA 5P3VA 5P6GA 1E5OE 1ZJ7A 5P8RA 1B6JA 2ZJLA 4R5NA 3NDTA 3QRMA 1RV7A 3Q6YA 2QMDA 5KR0A 2G24A 3EL9A 3OOZA 3O9GA 3KDDA 5P1BA 3HW1A 1EPLE 1HTEA 1MTBA 5HU0A 5P8VA 2AIDA 5P5DA 3QBHA 4YOBA 4GJAA 4RVXA 4CPUA 2IL2A 3DUYA 2B42A 4RCEA 4FM6A 3NDUA 3UDRA 4B1CA 5P4GA 5DR8A 5I3YA 1XL5A 2I4UA 5C9BA 4YBIA 3O9HA 4Y38A 2OF0A 3PWMA 5AHCA 3INFA 3DM6A 5DPZA 3TPRA 1TCWA 5P87A 3PSGA 4FLGA 3GI5A 3HAWA 5OZ5A 2UXZA 5P22A 3CIDA 4Y3ZA 4NJVA 5P3KA 1M43A 3GW5A 1FG6C 2PK6A 1GVTA 5P4CA 5P2NA 3I2LA 3OXWA 4J1EA 4B05A 1FQ4A 2O40A 1QS8A 3UDNA 2V16C 4HDBA 3OAGB 4FS4A 4Y3HA 5P5RA 5OZIA 4NJSA 4YHQA 2Q55A 3S7LA 3HDKA 2G20A 5P1LA 4DI2A 3OUBA 4FGXA 3OQAA 5P6WA 4CPTA 2OHLA 5OZPA 2I4VA 1BIMA 3PCZA 4YD6A 1F7AA 4DQHA 1BAIA 5OYTA 3BRAA 5P2SA 5P66A 2G21A 1GKTA 3HZCA 1EPPE 2B7ZA 5DGUA 3FSMA 1ZSRA 5P8DA 1KJ4A 1AAQA 3NU5A 3EBZA 5HVPA 1FMUA 3KMYA 4D88A 1LEEA 1AIDA 3BUGA 2VS2A 1TW7A 2R8NA 3CMSA 2VKMA 4D8CA 1FFFC 3UDMA 5OZEA 5AHBA 5OZGA 5BS4A 5P61A 4YCKA 3IXKA 3VV7A 4WY6A 3U6AA 3ZOVA 1DIFA 5OYUA 1FLHA 3OHHA 5ISJA 4D83A 4YD4A 1MSNA 1APWE 1ZBGA 1W50A 4NJUA 5P4MA 4TRWA 5EZZA 5P7CA 1K6VA 1LYWB 4A6BA 1SDUA 1FKNA 5C9FA 1NH0A 1ZSFA 4I1CA 5DQ1A 2AOCA 3CYXA 5OZYA 4ZEAA 1RL8A 4EYRA 3O9LB 1FG8C 5AHAA 4LC7A 1E81E 1EPQE 4RYCA 5KAOA 2BKTA 5PEPA 3BGBA 1EBWA 5P1VA 1D4JA 3ZPTA 2ZHRA 3SKGA 5P09A 4DUSA 3LZUA 4ZSPA 4GJCA 4A6CA 5KQFA 5P2LA 2QI5A 2R5PA 1B5FB 4Y3YA 2G1SA 3NR6A 5P60A 4PZWA 1XN2A 5OZLA 4L7GA 5DR1A 1CPIA 5P8TA 4Y3DA 2VIYA 5P40A 3HLOA 2APRA 3OUDB 5P1RA 3VEUA 4OC6B 4Y44A 4Y54A 1KJHA 1BDLA 3VCMA 3CKPA 3HVGA 1K6CA 2QI4A 4Y3RA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZQ A;  3FNS A;  5P72 A;  3TNE A;  3GGV A;  4F73 A;  1B6K A;  2PC0 A;  3EKW A;  5OZ8 A;  3L38 A;  4COE A;  2QI7 A;  5P29 A;  2Q3K A;  5P5E A;  4OBH A;  3F9Q A;  3ZL7 A;  1SP5 A;  2PK5 A;  4CPX A;  1HXW A;  4RCF A;  1W51 A;  2BPZ A;  3PGI A;  1E80 E;  4Y4B A;  2F80 A;  5OZD A;  5I3X A;  5OZC A;  5P6X A;  5T4S A;  2BPX A;  3TKG A;  1D4S A;  4KE0 A;  5P84 A;  2AZ9 A;  4QJ2 A;  5P3I A;  2QMG A;  5P8U A;  5AH8 A;  3PHV A;  3PLD A;  2RMP A;  5P71 A;  3H0B A;  5IS4 A;  5P1Z A;  3SA5 A;  2BBB A;  3IXO A;  3LIN A;  3FIV A;  5P7K A;  2WF1 A;  2H6S A;  1IBQ A;  1EED P;  5P5C A;  5SZ9 A;  5HE5 A;  5P12 A;  5P43 A;  5P68 A;  2QZX A;  2AVS A;  4M8Y A;  4Y3Q A;  4EXH A;  7UPJ A;  1UH8 A;  3UHL A;  1DP5 A;  5P2H A;  3PI0 A;  2PWC A;  5P8J A;  4Y4W A;  2WF0 A;  2QU3 A;  5P5A A;  4RGH A;  5ENM A;  1DAZ C;  3PBZ A;  4I0G A;  1UPJ A;  2ZJM A;  5P6P A;  4D89 A;  1GNO A;  5OZZ A;  3TPP A;  3SA6 A;  3IN3 A;  3PEP A;  1W5V A;  4H1E A;  4Y39 A;  4DJV A;  5P8H A;  2G69 A;  3ZKQ A;  1HVC A;  3D1Z A;  3S45 A;  1ZPA A;  3NSH A;  4CPW A;  2HB4 A;  5P4K A;  3KN0 A;  1MPP A;  1HXB A;  1FQ5 A;  3IXJ A;  4EQ0 A;  3PWW A;  4I0F A;  1W6I A;  2AOD A;  3PM4 A;  2BJU A;  1QBR A;  3BVA A;  3WB5 A;  2XFI A;  6APR E;  5P24 A;  2HIZ A;  3FNT A;  1IVQ A;  2WF2 A;  2JJI A;  5P4A A;  3RTH A;  1LZQ A;  1AJX A;  5EZX A;  4DJW A;  5JOD A;  3EKQ A;  3GGU A;  1T7K A;  2G94 A;  3EM6 A;  3L5E A;  4Y58 A;  1N49 A;  1BDR A;  5P2M A;  1HIV A;  2P3A A;  4EJL A;  2VNN A;  5P15 A;  5OZ6 A;  4I10 A;  3OGP A;  7HVP A;  1BV7 A;  5P10 A;  1T6E X;  4ER1 E;  3D1X A;  5OZR A;  4DVF A;  3OHF A;  3OAG A;  1M4H A;  4L1A A;  3S2O A;  3K5C A;  4HZT A;  5P2B A;  1LV1 A;  1T7J A;  5P0S A;  1WBK A;  4Y3L A;  3BUF A;  5P1E A;  4ZPF A;  5P4E A;  3ZKI A;  4GMI A;  5P0X A;  4RRS A;  5P6Y A;  5P35 A;  3BUH A;  4K8S A;  4EWO A;  1MET A;  4Y5M A;  3NDW A;  4PHV A;  3UTL A;  1HPO A;  3QVI A;  1MSM A;  2ZHV A;  3SM2 A;  3FX5 A;  3OQF A;  4YD5 A;  4F75 A;  4HEG A;  3WB4 A;  3INE A;  1DMP A;  3GGA A;  3DOX A;  4ZPE A;  2HAH A;  1FGC C;  1HVL A;  2I0D A;  3IAW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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