1SH9A

Comparing the accumulation of active site and non-active site mutations in the hiv-1 protease
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLREALLDTGADDTIFEEISLPGRWKPKMIGGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPANVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords POL polyprotein
publication title Comparing the Accumulation of Active- and Nonactive-Site Mutations in the HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1sh9A00
4J17A 1D4JA 1FG6C 5P4FA 3RSVA 3GGAA 5P73A 3EKTA 4B00A 1BV9A 3ZKSA 3HDKA 3ZOVA 3LPKA 1UH8A 5P01A 1BXOA 5P89A 5P7BA 4DJQA 1HIIA 4XKXA 3PWRA 5P26A 4Y5LA 2ZJLA 3O9HA 5P34A 5COPA 5ENMA 3TOHA 4CPRA 1BWAA 2F3FA 4HDBA 4KE0A 4FAEA 2QZWA 3EL9A 4FM8A 1FMXA 1IBQA 2QMGA 4L7HA 3PSUA 4Z4XA 5HDUA 5P2TA 5P7DA 5P0DA 5P79A 2WF3A 2V11C 3NU9A 2OHRA 1XE5A 3INHA 4YBIA 3DCRA 4OBGA 4ZEAA 2VA7A 2NNPA 3UPJA 1TSUA 3K1WA 1MTBA 4Y3EA 1SP5A 2ZJMA 2O4PA 1LYBB 3R2FA 2IEOA 3VYDA 5JG1A 3AIDA 1E81E 5P85A 4DVFA 2V00A 4D83A 1YTGA 2CEMA 1AXAA 4I0FA 5P7FA 5P0QA 3FV3A 3WB5A 5P7ZA 4OBZB 4QJ6A 2Q3KA 1Z8CA 3EKXA 5P2HA 1A9MA 4Y3YA 1TSQA 1AVFA 4A6BA 2PWCA 1BVEA 3B80A 3T7XA 7HVPA 2O4LA 3PWWA 5HDXA 1XN2A 5P5GA 3U7SA 1D4YA 4Y3MA 5OZJA 5OZ8A 1SBGA 5P8EA 4Y39A 5P5BA 3R0WA 5P0TA 4GIDA 5P4SA 5P3OA 8HVPA 4RLDA 5P67A 1APWE 3OUAA 4PEPA 1MVPA 5P0OA 2QI1A 3SA5A 4ZSMA 4H3GA 1B6MA 3OXXA 3NUOA 1A30A 2FGVA 4NJVA 4XX4A 4Y4ZA 2FXDA 3PWMA 3TPRA 4EXGA 5P59A 4FSEA 5HE7A 5P3HA 1XDHA 2NXLA 3ZKIA 3QN8A 1BBSA 4Y4EA 5P74A 5P6TA 5P43A 3TOFA 1C6YA 3INFA 4UPJA 1NPAA 4D8CA 2QI7A 1SIPA 5P4BA 5BWYA 3HAUA 4YDFA 2ZJHA 4B0QA 3MSLA 5P3WA 5P4GA 3SA7A 5OZ9A 2PC0A 2OHMA 1KZKA 2APRA 1G35A 5P38A 4LC7A 3QAAA 5OYSA 5OZCA 3T6IA 5P7JA 5P3QA 3UQWA 1HXBA 4Y5BA 3MSJA 5P58A 2FDDA 3OU4A 3QI1A 2ZHRA 3OQDA 4FS4A 5P0GA 1KJHA 3GI0A 2BPVA 4DJRA 5P6PA 1TW7A 3S7LA 3EM3A 3OWNA 2PK5A 5P48A 4F76A 2UPJA 5P14A 1DAZC 3EKQA 3LIYA 5P76A 1ZTZA 2AOIA 4LL3A 5P5XA 5P7NA 2IDWA 3UDJA 4WY6A 5P6ZA 5P8KA 5P7RA 3EKWA 4Y56A 5AGZA 5FIVA 5OZEA 2QHZA 2QI4A 3EL4A 3PBZA 4FRKA 1MSNA 1ZJ7A 5P0XA 3SKGA 4DPFA 1ZPAA 4Q1NA 5P1EA 3OUDB 4CPWA 2WF4A 4DJUA 3G6ZA 5P78A 2ER0E 5P31A 1CZIE 5P3AA 5P1SA 4Y5NA 4AA8A 5P3CA 4Y38A 2F8GA 3PM4A 4M8YA 5P56A 2B8VA 5P0EA 1LYAA 5JODA 3ER3E 1HPVA 2G1RA 1ZPKA 2QI6A 1UH9A 4J0TA 3ZKXA 3FX5A 5P4RA 1VIJA 2BB9A 3T11A 1DW6C 1B6LA 3DJKA 3SM1A 5P30A 2ZJNA 1EPOE 4YD7A 2ZHVA 4APEA 4Y5PA 5P20A 2NR6A 2BPWA 4Y3GA 4CPUA 4NKKA 5P28A 1ODXA 6FIVA 4FM6A 5P47A 2QZXA 4WTUA 5P4WA 4H3JA 4NPTA 2F3KA 4L7JA 4EJKA 5EZXA 2B42A 2Q63A 3SACA 4RCDA 2OHQA 3KT5A 1RQ9A 5OZWA 1N49A 5P66A 1MPPA 4EP2A 1YTHA 1GVUA 4EXHA 1APUE 1KJ4A 1BAIA 3VV6A 2AIDA 3EBZA 3WZ7A 2P3BA 5OYQA 4RZ1A 1GKTA 5P5KA 4Y4JA 1YG9A 3OUDA 4Y4WA 3DV5A 5P4QA 5P51A 1LF2A 3CKPA 3K4VC 1SDTA 5KOQA 3RSXA 5CLMA 3OXWA 4Y3SA 1FIVA 5P5HA 5P8PA 4Y3NA 5KQFA 3QRVA 4X7IA 3WZ6A 2WF1A 1M4HA 1GVVA 2ZJJA 5OZ4A 4ZSQA 5P3ZA 1FLHA 4ACXA 4BFDA 2B7ZA 2P8HA 4BFBA 5E5JA 2WL0A 4Y3RA 3NDWA 4LHHA 2HM1A 5P6KA 4F75A 3EL5A 3KMXA 1WBMA 1IZIA 2O40A 4NJSA 3QRMA 2QMPA 4B1DA 3LPIA 3CYWA 3NSHA 3TH9A 2R3TA 5P35A 4Y3JA 2AQUA 4RVJA 2R3WA 5P1RA 2AOCA 4Y48A 3LZYA 4Y5EA 5OZDA 2PMAA 2OHTA 3NU4A 3A2OA 3BC4A 2OF0A 1MT8A 1JLDA 4X2LA 5P6HA 3UDKA 5P2MA 5I3VA 1HHPA 3BHEA 5P1JA 3HAWA 2WEZA 1PFZA 3SPKA 4OD9A 4IVSA 3EXOA 5T4SA 5IVTA 3LPJA 2V12C 5P3YA 5OZMA 1D4LA 1HSHA 1PPKE 4FM7A 5P07A 3S45A 3URLA 5P2FA 4YOAA 4DPIA 3F9QA 2QNQA 2ZE1A 4QJ8A 1PSOE 5P44A 2NPHA 4Y44A 5P6QA 3ZKNA 2AOHA 1SIVA 1HRNA 3PBDA 5HE5A 1SH9A 4AMTA 2QCIA 4Y3FA 3L5DA 2AVVA 3FKTA 1EC3A 3IA9A 4DH6A 2PK6A 3O9EA 2P83A 4QJ7A 4DQGA 5ISJA 4HE9A 2RSPA 2FLEA 5P8GA 3URIA 4CPSA 3SABA 1G0VA 3EKPA 2OAHA 2J9JA 2QZKA 2NMZA 2B7FA 3PB5A 4YBFA 3LINA 4ZE6A 5P5LA 4GJ7A 4YA8A 5P2KA 3UF3A 4JECA 4GJCA 4TRYA 3OUBA 3QP0A 4CPXA 2Q15A 1XS7D 2AVSA 1WKRA 3EM4A 5IVQA 1NSOA 3H0BA 5DR8A 5P1YA 2PYNA 5P39A 4DJWA 4Y3WA 2Q64A 1SDVA 3SM2A 3L5EA 2A4FA 5P1FA 1DIFA 3QBHA 2QU2A 1HVJA 1IZEA 1T7IA 5P1LA 3UDPA 1HTGA 3ZKMA 5P1KA 4Y4AA 2G24A 5OZ0A 3EL0A 4DI2A 5P0UA 3MSKA 4D89A 4EJLA 3UDHA 3MXEA 5P8RA 4Y4GA 2BPZA 3R0YA 1META 4ER1E 5P3XA 5P37A 5C9DA 2AOJA 1BIMA 1WBKA 3OAGA 4Y37A 3CKRA 2HB3A 2J9KA 5P05A 4Y4BA 4K4QA 1ODYA 5OZSA 3NYGA 1HXWA 3GI6A 5P6IA 2PH8A 3O9BA 5OZ3A 5P7GA 3S53A 3BVAA 2BKTA 1FQ4A 1EBWA 4A6CA 5P7AA 3OK9A 2ZJKA 4B70A 1M0BA 3R1GB 5OYTA 5P69A 4JP9A 1ER8E 3D20A 4Q1WA 4OBJA 3TPPA 3LIVA 3PCWA 1BILA 1FQ6A 4HLAA 5P6AA 4XX3A 5P7MA 4J5JA 2BBBA 5P46A 5P33A 3EKVA 1T7KA 5P4IA 3OUCA 4NJUA 5AH9A 5IS4A 5P4TA 2AZ8A 4B78A 2R38A 4OC6A 4LXMA 3RTMA 3VEUA 2QNPA 3KT2A 5P6XA 1EC0A 1B6PA 3VF7A 5P5ZA 4HZTA 5COKA 5KR0A 2NMYA 5P3MA 2IKOA 5HD0A 4Y35A 5P3FA 4PZXA 4ZIPA 4Y5MA 4CPTA 5P8FA 5JFUA 1IDBA 3L58A 2OHPA 4LAPA 1MIQA 4Y6MA 1MUIA 5P87A 1HEFE 5P2NA 4FGXA 1HPSA 3T7PA 5P17A 3IN3A 4I11A 3LIQA 5P10A 3BGBA 5HVPA 4AA9A 3CKTA 1SGUA 2MIPA 2OHSA 1SGZA 2IS0A 4TVHA 2AVMA 2RMPA 3OU4B 2NXDA 5P04A 5P11A 2ZGAA 2QI3A 1HTRB 1AJXA 4GJBA 4DQCA 1K2CA 3WB4A 1F34A 5P1MA 2NTRA 4FLGA 5P2GA 1HTFA 1LYWA 4Y3AA 5P4KA 3H5BA 1W5YA 4Y43A 5P5WA 5P6EA 1EC1A 4CMSA 2B8LA 3DUYA 4HDFA 5OYYA 2WEAA 4I8ZA 1GNMA 2VIYA 5P64A 2ZHUA 1UH7A 4FIVA 5P1UA 5P0JA 2QZLA 2F3EA 5P65A 5P41A 4U7QA 3OQFA 3VYEA 1ZSRA 4DJPA 1GVWA 1LEEA 5P4NA 2IRZA 4OBDA 4RCFA 5DQCA 5P6RA 1FQ5A 2V13A 5P3RA 5P4VA 5PEPA 1M43A 3BGCA 1HVKA 3L59A 5KR1A 1OD1A 1HVCA 2I4UA 4J1FA 5P12A 5P1TA 4A4QA 4JOOA 3TPJA 1W51A 3FNTA 1FB7A 1EBKC 3UFNA 1LYAB 5OZ2A 2QD6A 5P5EA 2XFIA 3UDNA 5P0AA 3QBFA 5ER1E 3FNSA 5P3BA 1LF3A 5I70A 1BXQA 5P2ZA 3O9AA 5P27A 1PSNA 3TTPA 1J71A 3LZVA 4J0YA 2XYEA 3SA4A 3S56A 2P3AA 3O9LA 4Z2ZA 3UQXA 2IKUA 5F00A 1A8GA 4CKUA 5IVSA 5P84A 4Y3ZA 4L6BA 3DV1A 4B1EA 3OQKA 3KFSA 2OHLA 2QHCA 5HDZA 2QMDA 1XE6A 1LS5A 2XYFA 3PI0A 1FF0C 2G26A 3K5CA 4RROA 2RENA 5SY2A 2QHYA 3O9IA 4I0GA 5P0WA 3PRSA 3L5CA 1MTRA 4Y50A 5P25A 5P3IA 5P0PA 3MXDA 5OZ7A 1HIVA 1KJFA 3OGPA 5P0KA 2P3BB 5P5RA 5P5DA 4I12A 3BUFA 5P1ZA 4DV9A 2Q11A 4Q1XA 2P3DA 1AJVA 4S1GA 5P8LA 2P3CA 3APRE 3QPJA 2F80A 5DR3A 4PPHA 4R91A 5P7LA 3Q5HA 2HB4A 2JXRA 4YD4A 4IVTA 3KDDA 5UPJA 3PMYA 2OHUA 1ME6A 5P0YA 3Q4BA 1K1UA 1HVRA 5P8NA 3NXEA 3IN4A 1TCWA 5P6CA 3G72A 5P1HA 5HDVA 4JPCA 3NUJA 2XFKA 1FG8C 5P80A 3Q6YA 1HIHA 3AUPA 4Y5AA 4J1EA 5P1WA 3JW2A 3PSYA 1HVIA 5P03A 5DQ4A 4F74A 1YTJA 3I6OA 1NH0A 4J0ZA 5P2UA 4R95A 5TOLA 5P8SA 5OZ5A 2R8NA 2VA6A 1QBSA 4I0HA 4YD3A 4QJ2A 2G21A 3NLSA 1HPOA 3IXKA 4RYGA 4YCTA 5KQZA 2ER9E 1QBTA 3SLZA 5CONA 4GJDA 5P5JA 5IVRA 1DPJA 2B60A 5ENKA 5SZ9A 3OOZA 3QS1A 3VF3A 5P4UA 2V10C 4J55A 5P6WA 1DP5A 5AHBA 4H3IA 2AODA 3GGUA 4L1AA 3K5FA 4ZPFA 3ZMGA 1GVXA 4OD9B 9HVPA 3QRSA 4R92A 2Z4OA 5P2AA 4ZPGA 1W5VA 1IZDA 4RYCA 4EYRA 3INDA 5ER2E 4LBTA 1A94A 5P7UA 3O9GA 2AOFA 3I8WA 1EPLE 3IAWA 1Z1RA 3OQ7A 3QVCA 5P00A 5P3LA 3S43A 4ER4E 5OZKA 4FAFA 3OTYA 1LV1A 5P22A 1PSAA 5P6VA 4COEA 4EHCA 2QAKA 3S2OA 3TKWA 5P18A 5HU0A 3LIXA 3INEA 4CPQA 2HC0A 3KN0A 2BPYA 3UQUA 3BUHA 2VJ6A 5P6JA 3GGVA 5ISKA 2I0AA 1HSGA 3PHVA 4N00A 1Z1HA 3HLOA 1FQXA 1E82E 5P75A 6APRE 2ER6E 4L7GA 5P72A 1QDMA 2J9JB 5P5UA 1D4SA 5P3JA 2ZYEA 1EPME 5P49A 3WZ8A 4GJ8A 3HVGA 3IGBA 4TVGA 4Y3QA 5P7CA 4ACUA 1ENTE 3WSJA 2AOGA 6UPJA 4I0IA 3HVPA 2FIVA 1RL8A 5P2VA 3VUCA 3TPLA 5P2IA 3O9DA 1MSMA 2I4DA 5P7PA 5P2XA 1APTE 4B77A 5P19A 2IGXA 3VLBA 4FRSA 4MC9A 5P4EA 2G94A 5P7HA 1K6VA 3CICA 2HB2A 3T7QA 1EPQE 5APRE 2H6SA 2QD8A 2IENA 2QK5A 3D1YA 3DM6A 4K4PA 5P2JA 2O4NA 1FGCC 4HEGA 3N3IA 3UDQA 1EBZA 3APPA 1BDRA 2WF0A 4RRSA 1MEUA 5P71A 3KDCA 5P5PA 3OAGB 5P4JA 3SA6A 3C9XA 4GZFA 4J54A 3OADA 4R5NA 3L5FA 5P3DA 1FQ8A 1HBVA 5P1PA 5P2WA 3UDRA 2WEDA 4XXSA 5P2YA 2WECA 2FXEA 1NPVA 3BVBA 4OBKA 4K8SA 2O4KA 2PYMA 4Y58A 3KA2A 2QI5A 5P2SA 5P7IA 1AZ5A 4FRIA 3GGXA 1YM2A 5P4AA 4LP9A 3LZUA 5OZPA 5P68A 3UFLA 5P13A 5P4CA 5P8IA 5P61A 5P5IA 2AZ9A 3TLHA 5SY3A 2BKSA 4I8WA 4Y9WA 4Y53A 1K1TA 3VFAA 3SQFA 3CIDA 4WY1A 5AH6A 2AZCA 4YD6A 4OC6B 4Q5MA 5OZIA 1IVPA 3NU5A 5P2CA 1D4IA 1APVE 4J1CA 1HVLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J17 A;  1D4J A;  1FG6 C;  5P4F A;  3RSV A;  3GGA A;  5P73 A;  3EKT A;  4B00 A;  1BV9 A;  3ZKS A;  3HDK A;  3ZOV A;  3LPK A;  1UH8 A;  5P01 A;  1BXO A;  5P89 A;  5P7B A;  4DJQ A;  1HII A;  4XKX A;  3PWR A;  5P26 A;  4Y5L A;  2ZJL A;  3O9H A;  5P34 A;  5COP A;  5ENM A;  3TOH A;  4CPR A;  1BWA A;  2F3F A;  4HDB A;  4KE0 A;  4FAE A;  2QZW A;  3EL9 A;  4FM8 A;  1FMX A;  1IBQ A;  2QMG A;  4L7H A;  3PSU A;  4Z4X A;  5HDU A;  5P2T A;  5P7D A;  5P0D A;  5P79 A;  2WF3 A;  2V11 C;  3NU9 A;  2OHR A;  1XE5 A;  3INH A;  4YBI A;  3DCR A;  4OBG A;  4ZEA A;  2VA7 A;  2NNP A;  3UPJ A;  1TSU A;  3K1W A;  1MTB A;  4Y3E A;  1SP5 A;  2ZJM A;  2O4P A;  1LYB B;  3R2F A;  2IEO A;  3VYD A;  5JG1 A;  3AID A;  1E81 E;  5P85 A;  4DVF A;  2V00 A;  4D83 A;  1YTG A;  2CEM A;  1AXA A;  4I0F A;  5P7F A;  5P0Q A;  3FV3 A;  3WB5 A;  5P7Z A;  4OBZ B;  4QJ6 A;  2Q3K A;  1Z8C A;  3EKX A;  5P2H A;  1A9M A;  4Y3Y A;  1TSQ A;  1AVF A;  4A6B A;  2PWC A;  1BVE A;  3B80 A;  3T7X A;  7HVP A;  2O4L A;  3PWW A;  5HDX A;  1XN2 A;  5P5G A;  3U7S A;  1D4Y A;  4Y3M A;  5OZJ A;  5OZ8 A;  1SBG A;  5P8E A;  4Y39 A;  5P5B A;  3R0W A;  5P0T A;  4GID A;  5P4S A;  5P3O A;  8HVP A;  4RLD A;  5P67 A;  1APW E;  3OUA A;  4PEP A;  1MVP A;  5P0O A;  2QI1 A;  3SA5 A;  4ZSM A;  4H3G A;  1B6M A;  3OXX A;  3NUO A;  1A30 A;  2FGV A;  4NJV A;  4XX4 A;  4Y4Z A;  2FXD A;  3PWM A;  3TPR A;  4EXG A;  5P59 A;  4FSE A;  5HE7 A;  5P3H A;  1XDH A;  2NXL A;  3ZKI A;  3QN8 A;  1BBS A;  4Y4E A;  5P74 A;  5P6T A;  5P43 A;  3TOF A;  1C6Y A;  3INF A;  4UPJ A;  1NPA A;  4D8C A;  2QI7 A;  1SIP A;  5P4B A;  5BWY A;  3HAU A;  4YDF A;  2ZJH A;  4B0Q A;  3MSL A;  5P3W A;  5P4G A;  3SA7 A;  5OZ9 A;  2PC0 A;  2OHM A;  1KZK A;  2APR A;  1G35 A;  5P38 A;  4LC7 A;  3QAA A;  5OYS A;  5OZC A;  3T6I A;  5P7J A;  5P3Q A;  3UQW A;  1HXB A;  4Y5B A;  3MSJ A;  5P58 A;  2FDD A;  3OU4 A;  3QI1 A;  2ZHR A;  3OQD A;  4FS4 A;  5P0G A;  1KJH A;  3GI0 A;  2BPV A;  4DJR A;  5P6P A;  1TW7 A;  3S7L A;  3EM3 A;  3OWN A;  2PK5 A;  5P48 A;  4F76 A;  2UPJ A;  5P14 A;  1DAZ C;  3EKQ A;  3LIY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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