1SIVA

Three-dimensional structure of a siv protease(slash)inhibitor complex. implications for the design of hiv-1 and hiv-2 protease inhibitors
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWRRPVVTAHIEGQPVEVLLDTGADDSIVTGIELGPHYTPKIVGGIGGFINTKEYKNVKIEVLGKRIKGTIMTGDTPINIFGRNLLTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords SIV PROTEASE
publication title Three-dimensional structure of a simian immunodeficiency virus protease/inhibitor complex. Implications for the design of human immunodeficiency virus type 1 and 2 protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Simian immunodeficiency virus
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1993-08-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1sivA00
2ZDZA 2BPXA 2RSPA 4TRYA 4Y5BA 2QZWA 3BGCA 2AZBA 3RVIA 1EC0A 3OTYA 4ZIPA 2VNNA 5P0IA 1UH7A 4GIDA 1K2CA 2QP8A 5OZHA 1U8GA 5P4XA 3KDDA 5P74A 4ACUA 3ZL7A 1DIFA 2G1OA 1MTBA 3EKVA 5P27A 5P5ZA 4B0QA 5P33A 4AUCA 1LZQA 4JOOA 2AVSA 5P89A 3ZKGA 4APEA 5OZ5A 9HVPA 3APRE 4Y3HA 3DCKA 4Y4GA 4CPWA 5P2IA 2ZHVA 5P66A 1GNNA 4EQ0A 2QI3A 4J0PA 1W6HA 3VUCA 1M43A 3NU5A 1DMPA 3Q4BA 4ER4E 1BV7A 4LBTA 5T4SA 1BVEA 4LXMA 1AIDA 4TRWA 1BV9A 2V00A 2UXZA 5P86A 1B6KA 5P5MA 1TQFA 3OQ7A 5P0RA 1NH0A 5P4MA 1QBTA 5ISJA 5OZOA 3EKXA 1ME6A 3PWWA 3CYWA 4J17A 1AAQA 2I4WA 5OYVA 1HVLA 4Y3XA 1FQXA 4EYRA 5P31A 3HVPA 3INDA 3LIYA 2QMFA 1EC2A 1G2KA 1PPLE 5P71A 1LV1A 2QCIA 5P2AA 5P8HA 5P7EA 2PK6A 4Y3ZA 3BUGA 5P63A 1HOSA 5OZ3A 1TCWA 1MRXA 4AA8A 2G1NA 4QJAA 1F7AA 4DQBA 5I3VA 2AODA 1HRNA 5OZTA 5OZWA 5OYWA 5P75A 5P62A 2AOGA 2PYNA 3FV3A 5P8FA 4TVGA 3IGBA 4CPRA 2PMAA 1FFFC 3CYXA 3NU3A 5OZ0A 2IDWA 2VA5A 4R92A 3R0YA 5AH6A 3ZKQA 1HSHA 5P54A 4Y3GA 3EKYA 4Y5MA 3IXOA 4GZFA 3CMSA 3GGXA 1ZLFA 2AVOA 2O4SA 3PB5A 4K9HA 2BQVA 5APRE 5P2CA 3U6AA 4FS4A 5P4VA 4YD5A 5COKA 5KOSA 5P6DA 3VV6A 4B1EA 3QP0A 5P5FA 5P3PA 1GVUA 5P45A 1A8GA 5P2ZA 5P6FA 3ZLQA 3VF7A 3TPPA 3NDXA 3KYRA 5P7UA 2VNMA 1HXBA 4LP9A 2B8VA 5AH9A 5P30A 3SFCA 4YDGA 3S2OA 3I2LA 3KFRA 1EPME 5P5YA 5P5TA 4Y5LA 5P3GA 5J25A 1T7JA 1GVTA 3R0WA 3SAAA 3APPA 4HLAA 3L38A 3UFLA 3FNTA 2FXDA 3EKTA 4Y56A 3SA5A 2OF0A 2OHMA 1HPVA 3H0BA 2QI7A 1DAZC 1IDAA 4J55A 1GVWA 5P6PA 4KE0A 5BRYA 2PK5A 2QAKA 3OAGB 5P8CA 4DQCA 1D4SA 1QS8A 1AJXA 5OZEA 4DPFA 4CMSA 1GVVA 5B18A 2V10C 1FB7A 1A9MA 1NPAA 2FXEA 5OZCA 4Q5MA 3LNKA 1SMEA 4JP9A 4YD6A 3K5FA 1ZTZA 1BIMA 5OZZA 4KB9A 5P2RA 5P4AA 2P3BB 4HDBA 2IQGA 5P1IA 3URIA 1XDHA 5KR8A 1SMRA 4M8YA 5P13A 1FGCC 2Q55A 4HVPA 5P1JA 5P1VA 5HCOA 5ER2E 3N3IA 1PSAA 5E5KA 4GJDA 5P7QA 5P5RA 4EJDA 2ZJHA 5P10A 1APWE 4TVHA 1GNOA 2IS0A 2HC0A 5P2GA 3T7PA 2NMZA 5OZBA 2OHPA 2WJOA 1SP5A 3ER5E 3PWRA 5P7MA 5P40A 5P67A 4FM6A 4JPEA 1SGUA 2I1AA 3CICA 4Y3PA 2AZCA 5OZ8A 5P08A 3S8IA 3BVBA 1T7KA 5HE7A 4Y38A 3NUJA 4DH6A 3O9LA 5P1WA 4J1HA 2OHUA 7HVPA 2QZKA 2R8NA 5OYYA 5P8MA 4Y3JA 2H6SA 5P2MA 3LPKA 5P4ZA 3K4VC 1K6CA 2FIVA 1M4HA 5IE1A 5P8BA 5P0AA 5P6NA 1EBYA 4D89A 4YE3A 5HU1A 3HBOA 3EL9A 1EC1A 3GI0A 3FIVA 4ZPEA 2OAHA 1EPNE 2P8HA 5P0SA 4EPJA 4PPHA 4R95A 5P1PA 4COEA 5I3XA 5P7BA 3OADB 2G1RA 3EL0A 5P7LA 4DUSA 2PH8A 4Y3AA 3NDWA 1HVKA 5DR4A 3UDYA 1D4HA 3OUDB 5P32A 1QRPE 4K4PA 5P76A 2BPVA 1GNMA 3WB5A 5P78A 3DOXA 3ZPTA 4MC6A 2V12C 5P8JA 2QNQA 2B7FA 5P6IA 3SA8A 5P61A 5P3OA 2O40A 4H3IA 5OYTA 5P7OA 4AZYA 2VIZA 4RYCA 4PHVA 5P3ZA 4L1AB 1LEEA 2QI5A 3KT5A 5P02A 2R43A 5OZJA 5P72A 1LYAB 2PSUA 4L7HA 2QMDA 4YOAA 5DR3A 2HPEA 5P5SA 5P1EA 4LL3A 3IA9A 2HS2A 1RL8A 5SY3A 3B7VA 5P6BA 5P65A 5P14A 3PEPA 1XL5A 3RSVA 5P3RA 2WEAA 1IZHA 3ZPUA 1PPME 3NWQA 3PWMA 5OZMA 1XN3A 4K4RA 1KJFA 5P4JA 3O9BA 1FG8C 3EKWA 3RTHA 4B72A 2R38A 5SXNA 2AVVA 5P8VA 5AH8A 3L5FA 1A30A 3S7LA 2NXDA 4GJBA 4NKKA 6UPJA 4PEPA 5P4IA 3EM4A 2B7ZA 2NTRA 1QDMA 5DQ1A 3BXSA 2SAMA 5JFUA 5P1XA 5P7HA 1FEJC 3L5DA 4RLDA 2PYMA 3QRVA 4L7JA 4NPUA 5P3AA 5P6HA 3SABA 4DQHA 5P87A 1FQ4A 5P6VA 1E5OE 3QPJA 4Y4DA 4OBJA 5P5IA 5P1ZA 3HD8A 5P0GA 3HAUA 5P0BA 1W50A 4U7VA 1HVIA 3QI1A 4OBGA 5P23A 5C9FA 4F73A 1KJ4A 1TZSA 3Q6YA 5P5DA 5P1GA 4OBFA 2FMBA 3PMYA 2OHQA 4J1EA 4QGIA 2J9JA 3GI5A 1HPXA 4QJ2A 4LAPA 3L58A 3L59A 1FMUA 5P0TA 3NUOA 1MIQA 5P6MA 3OGPA 4Q1XA 3EXOA 3TL9A 5P2LA 1MSMA 2PH6A 5OZ7A 5P5JA 3TPJA 2AVMA 5P07A 4X7IA 3QRMA 5HCTA 3QBFA 2WF1A 4I0JA 3UTLA 1MEUA 5KQFA 4DJQA 3LINA 4L7GA 4RCEA 3OXWA 3FKTA 1HPSA 3O9DA 1MT8A 2AOFA 1E82E 5P5PA 3T11A 5P3EA 5HVPA 4WTUA 4J0ZA 3IN3A 1C70A 5P82A 3S43A 4U8WA 5HTZA 3D20A 4R93A 4EWOA 4QJ7A 3UQRA 3O9CA 3VFAA 5P05A 5DQ4A 3PCWA 2I4DA 5OZ4A 3OUAA 5P48A 5P0YA 5P4EA 3QVCA 2Q54A 3OWNA 5P1FA 1EAGA 3INHA 4IVTA 2HPFA 5OZPA 4EQJA 4Y5CA 3LPJA 4PZXA 2QHYA 4YDFA 3SA3A 5DGUA 5OZXA 5P55A 2P3DA 1N49A 5P38A 4YCTA 4DV9A 2APRA 2BKTA 3SQFA 4M8XA 4JPCA 3S53A 3GI6A 3K1WA 3PGIA 3WZ8A 3D3TA 5P0LA 5P2XA 3HW1A 4ZPFA 1W5YA 3PLDA 5P43A 2QI0A 5P22A 4Y3EA 1VIJA 1EPQE 4N00A 5P3WA 3SA9A 1HTGA 4R8YA 3K5GA 1MUIA 4DQFA 5P7DA 4OBZA 2XFKA 3NXNA 3CKPA 1BXOA 3L5BA 3D1YA 4HA5A 8HVPA 5P0PA 3O9LB 2F81A 3KF0A 5P5VA 2RENA 3UQUA 3WZ7A 6FIVA 3UQPA 3CIDA 5P64A 5P7GA 3KM4A 3OXVA 1ENTE 4ZSPA 5P7XA 5P7NA 4CPTA 3KT2A 3AUPA 4GJ7A 2AOHA 4Y43A 2EWYA 1LF4A 4DI2A 1YX9A 1YG9A 5P4HA 2G69A 1HVCA 4RVIA 3UDJA 5P4KA 4Y5PA 4FM8A 5P7YA 1MVPA 2ZHUA 5P0XA 1HPOA 4B77A 3INFA 4IVSA 3HLOA 1VIKA 4YOBA 1RQ9A 5P5GA 3C9XA 4EJ8A 5ENMA 5P1TA 5OZYA 2R3WA 3LIVA 3KDBA 4Y4UA 2I4VA 2JE4A 3LZYA 3UPJA 1EBKC 4OD9A 5P39A 1BVGA 5DPZA 4CPUA 4OBDA 3OUCA 5P2QA 4YCYA 1IZIA 4QLHA 3DUYA 3EM3A 4FAEA 3O9AA 5P6ZA 2P3AA 2Z4OA 2Q64A 1IVPA 3ZKNA 4H3FA 1KJ7A 1T7IA 3I7EA 5P0CA 4MC2A 2WHHA 2FGVA 5P03A 3DCRA 4EHCA 1D4LA 2UPJA 4RGHA 2FDEA 4OC6A 3OU4A 3HDKA 4QJ8A 3O9GA 4BFDA 4DJYA 3TTPA 1AM5A 2BPYA 3PBDA 2F3KA 1EC3A 5P7FA 4I0GA 3SO9A 3QROA 5P6EA 5DQCA 3VV8A 1HTFA 2QHZA 4Y5KA 1D4YA 5P3CA 5P84A 1LYWA 3R1GB 1SGZA 3BRAA 5OZ1A 1HIHA 4APRE 5P6RA 5P24A 5OZ6A 5OYSA 4Q1NA 1SH9A 1YTGA 1SIVA 1B6PA 2G21A 2VA7A 4F74A 5P50A 4D88A 4Y44A 1IBQA 3ZOVA 3JVWA 5P42A 3LPIA 3ER3E 1MPPA 5P2KA 4MC1A 4DJWA 5IVSA 1ZSRA 2I0AA 5P5QA 1GKTA 4D83A 3CKRA 2PC0A 4DJXA 3HZCA 3UQWA 3D1ZA 5DQ5A 2WEBA 3OOTA 1HSGA 5HDZA 5P1QA 4Y41A 1BDRA 5P4RA 4GJ6A 2A1EA 5ISKA 2OHTA 4PYVA 4RROA 5OZGA 2J9JB 1IVQA 3IXJA 5P8LA 1HEGE 3RTNA 3T7QA 1HVSA 5P3YA 2QZXA 1DP5A 1HIIA 4J54A 3ECGA 5P80A 4Y35A 1ER8E 5P35A 3PRSA 3LZVA 1A94A 5P5UA 3DV5A 2NR6A 1IZEA 3SA7A 5P8TA 5KR1A 1APTE 5OZRA 1HTRB 4FRKA 1PROA 5P28A 1FF0C 2IKUA 3EM6A 5P6LA 2G1SA 5CLMA 2QD6A 3ST5A 4Y4ZA 5P68A 2Q15A 3OU3A 2NPHA 4DJUA 1UH9A 4Y3TA 2ZE1A 2ZHRA 3S43B 3PMUA 4I0ZA 1DPJA 4DJRA 2IEOA 3UDPA 1PFZA 1C6YA 5C9BA 2IRZA 1CMSA 3NU6A 2XFJA 3MWSA 1PSNA 1XL2A 5P1HA 1KJHA 5ENKA 4A6CA 4HDFA 2NNKA 5P25A 3VF3A 1META 1FQ7A 3O9HA 5P2NA 3TKGA 3EMYA 5P20A 4B00A 1ZPAA 4X2LA 3GGUA 1NPWA 4YHQA 5P7WA 3SA4A 3NWXA 3BUFA 5P2HA 3D91A 4Y3SA 3KFNA 4F75A 3U7SA 3GI4A 1MESA 3TNEA 3OXCA 2VIYA 5P0MA 4BEKA 4Q1WA 2ER7E 4CKUA 5P49A 2IL2A 2WL0A 3LHGA 5DR8A 2WEZA 2P4JA 3PCZA 3TPRA 2Q5KA 3OQKA 5KQYA 5P6GA 5KR2A 1ZJ7A 5DR7A 3LIZA 3TOGA 4WY6A 1RV7A 5P8OA 2A4FA 5P0VA 1TW7A 5OZIA 2FDPA 5DR0A 2QD8A 3PBZA 2ZHSA 3K5DA 4I12A 3R4BA 5P2WA 3FSMA 4Y4TA 2WECA 5P4YA 3OXXA 5P7RA 2CENA 1ZSFA 4D8CA 2PQZA 2BB9A 5OYUA 5KR0A 2G20A 5KQXA 2BBBA 4ER2E 2Z54A 1G0VA 5BWYA 3HAWA 5P4QA 3VLAA 2QI4A 2QHCA 3Q5HA 4XX4A 5P3JA 5P6XA 5EZXA 4J1KA 4AA9A 4NJUA 5P09A 3URJA 4Y3DA 1EBWA 2HAHA 4B1DA 4YCKA 3BGBA 2F3FA 3OUBA 2FGUA 5IVRA 1WBKA 1ZP8A 2BPWA 3PSUA 5TOLA 3TOFA 2VIJA 2UY0A 4OBHA 1ZBGA 5P8UA 2JXRA 3VYDA 5P2JA 4CPQA 3OHHA 2PSGA 2IKOA 4Z22A 3U71A 2ZGAA 1AZ5A 4GJ9A 4OD9B 1YM4A 3SA6A 1ODYA 3QIHA 1BXQA 2ZJNA 4DJOA 1YTHA 4RZ1A 1SBGA 2HB2A 2HIZA 4NPTA 5P8NA 1OHRA 4Y48A 2ASIA 3WSJA 2H6TA 2AQUA 5P0KA 2O4LA 1TSQA 3TLHA 2QZLA 3PSYA 3BXRA 3SLZA 2NNPA 3RSXA 3PJ6A 4J5JA 4OC6B 3UQXA 1FQ8A 3MSJA 1HHPA 5P04A 3UDMA 1NPVA 4DQEA 5P6AA 4I8WA 5P2EA 7UPJA 1LYWB 1ODXA 4R91A 3OOZA 5P77A 2ZJLA 3NU4A 4HDPA 1G35A 3OU1A 5P5AA 5P8EA 4XKXA 1YTIA 3INEA 3IXKA 1D4IA 4GJ5A 4B78A 1FKNA 4S1GA 3MXDA 4I11A 1K1UA 4Y5AA 5P7SA 1LS5A 5P6KA 3OTSA 1T3RA 4Y4BA 2ANLA 1MRWA 5P44A 2HB4A 2G1YA 3BUHA 3IVHA 1LF3A 1IZDA 4FSEA 3PI5A 5P73A 3VEUA 5P56A 1B6LA 1LYBA 1W5XA 5P0WA 4Y5EA 4FL8A 2JYSA 3QN8A 3EKPA 1QBUA 4D85A 5P52A 3L3AA 5OZAA 2PSVA 5P1OA 4Y5NA 4DJPA 2XYFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZDZ A;  2BPX A;  2RSP A;  4TRY A;  4Y5B A;  2QZW A;  3BGC A;  2AZB A;  3RVI A;  1EC0 A;  3OTY A;  4ZIP A;  2VNN A;  5P0I A;  1UH7 A;  4GID A;  1K2C A;  2QP8 A;  5OZH A;  1U8G A;  5P4X A;  3KDD A;  5P74 A;  4ACU A;  3ZL7 A;  1DIF A;  2G1O A;  1MTB A;  3EKV A;  5P27 A;  5P5Z A;  4B0Q A;  5P33 A;  4AUC A;  1LZQ A;  4JOO A;  2AVS A;  5P89 A;  3ZKG A;  4APE A;  5OZ5 A;  9HVP A;  3APR E;  4Y3H A;  3DCK A;  4Y4G A;  4CPW A;  5P2I A;  2ZHV A;  5P66 A;  1GNN A;  4EQ0 A;  2QI3 A;  4J0P A;  1W6H A;  3VUC A;  1M43 A;  3NU5 A;  1DMP A;  3Q4B A;  4ER4 E;  1BV7 A;  4LBT A;  5T4S A;  1BVE A;  4LXM A;  1AID A;  4TRW A;  1BV9 A;  2V00 A;  2UXZ A;  5P86 A;  1B6K A;  5P5M A;  1TQF A;  3OQ7 A;  5P0R A;  1NH0 A;  5P4M A;  1QBT A;  5ISJ A;  5OZO A;  3EKX A;  1ME6 A;  3PWW A;  3CYW A;  4J17 A;  1AAQ A;  2I4W A;  5OYV A;  1HVL A;  4Y3X A;  1FQX A;  4EYR A;  5P31 A;  3HVP A;  3IND A;  3LIY A;  2QMF A;  1EC2 A;  1G2K A;  1PPL E;  5P71 A;  1LV1 A;  2QCI A;  5P2A A;  5P8H A;  5P7E A;  2PK6 A;  4Y3Z A;  3BUG A;  5P63 A; 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 1UH8 A;  3BC4 A;  3QVI A;  5P8Q A;  4Y39 A;  5P4U A;  3BHE A;  2JJJ A;  3CKT A;  4K4Q A;  4EXH A;  2WF2 A;  5P7T A;  4F76 A;  1WKR A;  3OU4 B;  4I0F A;  4YD4 A;  1HVH A;  4ER1 E;  2VJ7 A;  4Q1Y A;  4Y4A A;  4Y50 A;  2QI6 A;  5P47 A;  2ZJK A;  3VLB A;  4PZW A;  3MSL A;  3LZS A;  3KDC A;  4Y3M A;  5P8K A;  2P83 A;  1FQ6 A;  5COO A;  5P8G A;  3NU9 A;  4Y3F A;  5F00 A;  1XE6 A;  4J0T A;  5COP A;  2AOE A;  5P3H A;  4FSL A;  1KZK A;  4BEL A;  4E43 A;  5P0N A;  5P6O A;  3UDN A;  4HZT A;  5P06 A;  1BWB A;  5P0J A;  5P4P A;  4EXG A;  2WF0 A;  3OHF A;  4Y3W A;  4ZSR A;  2JJI A;  5DR1 A;  4J1F A;  5P8P A;  5P85 A;  5KAO A;  4YBI A;  4YBF A;  3KFS A;  3KA2 A;  5P5N A;  2J9K A;  4ZLS A;  5P8I A;  2VS2 A;  3O9I A;  4Y6M A;  5P7P A;  1KJG A;  1FFI C;  4DJV A;  2FS4 A;  5BS4 A;  3T6I A;  1SDT A;  4B05 A;  1RNE A;  5P5H A;  5SY2 A;  1EPR E;  5P3D A;  2OHN A;  3OAG A;  4HE9 A;  1FMB A;  3UDQ A;  3HVG A;  4LC7 A;  3LIX A;  4CPS A;  5P70 A;  3I8W A;  4UPJ A;  4Y36 A;  4B1C A;  4GJ8 A;  2VKM A;  4FM7 A;  3K5C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2ZDZ A;  2BPX A;  2RSP A;  4TRY A;  4Y5B A;  2QZW A;  3BGC A;  2AZB A;  3RVI A;  1EC0 A;  3OTY A;  4ZIP A;  2VNN A;  5P0I A;  1UH7 A;  4GID A;  1K2C A;  2QP8 A;  5OZH A;  1U8G A;  5P4X A;  3KDD A;  5P74 A;  4ACU A;  3ZL7 A;  1DIF A;  2G1O A;  1MTB A;  3EKV A;  5P27 A;  5P5Z A;  4B0Q A;  5P33 A;  4AUC A;  1LZQ A;  4JOO A;  2AVS A;  5P89 A;  3ZKG A;  4APE A;  5OZ5 A;  9HVP A;  3APR E;  4Y3H A;  3DCK A;  4Y4G A;  4CPW A;  5P2I A;  2ZHV A;  5P66 A;  1GNN A;  4EQ0 A;  2QI3 A;  4J0P A;  1W6H A;  3VUC A;  1M43 A;  3NU5 A;  1DMP A;  3Q4B A;  4ER4 E;  1BV7 A;  4LBT A;  5T4S A;  1BVE A;  4LXM A;  1AID A;  4TRW A;  1BV9 A;  2V00 A;  2UXZ A;  5P86 A;  1B6K A;  5P5M A;  1TQF A;  3OQ7 A;  5P0R A;  1NH0 A;  5P4M A;  1QBT A;  5ISJ A;  5OZO A;  3EKX A;  1ME6 A;  3PWW A;  3CYW A;  4J17 A;  1AAQ A;  2I4W A;  5OYV A;  1HVL A;  4Y3X A;  1FQX A;  4EYR A;  5P31 A;  3HVP A;  3IND A;  3LIY A;  2QMF A;  1EC2 A;  1G2K A;  1PPL E;  5P71 A;  1LV1 A;  2QCI A;  5P2A A;  5P8H A;  5P7E A;  2PK6 A;  4Y3Z A;  3BUG A;  5P63 A; 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