1SL1 | Genus

Total Genus 26

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	26
sequence length	105
structure length	105
Chain Sequence	KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Nucleotide insertion opposite a cis-syn thymine dimer by a replicative DNA polymerase from bacteriophage T7. pubmed doi rcsb
molecule keywords	5'-D(CPGPAPAPAPAPCPGPAPCPGPGPCPCPAPGPTPGP*
molecule tags	Transferase/electron transport/dna
source organism	Enterobacteria phage t7
total genus	26
structure length	105
sequence length	105
ec nomenclature
pdb deposition date	2004-03-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF00085	Thioredoxin	Thioredoxin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	1sl1B00

1BX9A 1T00A 1V58A 4MF7A 4GRFA 2GQMA 1F3BA 5HR3A 3LWAA 3VPTA 3ME8A 2MBSA 4ZL9A 3DXBA 2H6XA 3VK9A 3GMFA 4ECIA 5J9CA 2QGVA 4ML1A 5CREA 3KD0A 3R2QA 1K0DA 4OMVA 1XVWA 2M80A 3I43A 4OCEA 3WGEA 2YWOA 4KUNA 2VUPA 3GSTA 3L4NA 1YZXA 2H0IA 4WEYA 3CBUA 1TK8B 1JHBA 3D22A 4BPYA 1ZOFA 3NIVA 3PR8A 3TKSC 5IPHA 1RK4A 3W8SA 4KSMA 1XZOA 2C3NA 2L6DA 1GNWA 2B3SA 4ZB8A 1MDKA 2C8UA 1OE7A 2AUVA 4IBPA 2GQKA 4TW5A 1Q98A 5J3RA 1K3OA 4AJ8A 2YV7A 3APQA 3BJ5A 1SENA 2I81A 2PWJA 2FNOA 2GZYA 1TJDA 1JLVA 4ULXA 1ZGNA 5CAXA 2LJRA 4GQFA 1FB6A 3M1GA 2V6KA 2LQQA 4NHZA 2DC5A 4LMWA 2B7KA 4WR4A 3WYWA 1MDJA 4YAVA 1WIKA 4WXTA 1F3AA 1Z9HA 2R37A 3L9VA 3CXGA 4GWRA 1MD4A 6GSTA 4MABA 2V6OA 3L0HA 22GSA 2VOCA 1T3BA 5A5KA 4PX1A 4TR1A 4N0ZA 5JWRB 3GH9A 1QUWA 1SKRB 3J7Yb 5DQSA 1ON4A 4X43A 1LBKA 2LJKA 4OFNA 3IDVA 3D6IA 2B5XA 2LRNA 1FOVA 1XOAA 3CRTA 2K9FA 3NOFA 2HXKA 4TR1B 4POBA 2P5RA 5H5SA 2P0GA 5COHA 5EY6A 1GWCA 2H74A 3GKNA 3HY2A 1T4ZA 3ZREA 2FGXA 3A2XA 1DUGA 3EVIA 4HUAA 1THXA 2B1LA 6GSXA 4WKWA 2L4QA 7GSSA 2QSIA 3F6DA 4EO3A 4QQ7A 3HVVA 4KGIA 1O85A 3QR6A 5CRGA 4F9ZA 5GSSA 2OBKA 3UOMA 4IQ1A 3VPQA 1K0AA 4KAEA 3G9BA 4CW9A 1V57A 2H75A 1XWKA 3C1SA 3LG6A 3F8UA 1VF3A 5IO2A 4TXOA 3FR6A 4WBRD 2D2ZA 2XPEA 1X9SB 2CZ3A 1RQMA 5GSTA 2JZRA 1GTBA 1TI3A 3VI5A 3FZ4A 2ZNMA 2VL2A 3G7JA 1TXXA 4MDCA 1DE1A 4KCAA 4V2MA 4FYBA 1S3DA 1AUCA 4I2UA 4TXOB 5J5NA 1M9BA 4EKZA 2MMNA 3D21A 1KNGA 3FYGA 2I9HA 2EIOA 4NMUA 4JR4A 5C04A 5CRWA 1XOBA 2C3TA 2TRXA 1EV9A 3KIJA 2LV3A 1TU7A 1XXUA 1EZKA 4TRXA 4BVYA 2PMTA 2PVQA 4OCFA 4RQXA 1M99A 4G19A 3DIEA 1HQOA 3CMIA 1PX7A 2B6MA 1G7EA 3F4RA 2H6ZA 1Z3EA 4NPBA 2FCHA 3GA4A 3TKPA 3GN3A 4XS4A 1OVNA 2CA8A 3TGZA 1Z5YE 4POLA 2LEGA 5C00A 2IMEA 4HZ4A 4PNFA 2HNLA 1WRYA 5CO3A 4ZIJA 2OE0A 4N11A 4EF0A 1G7OA 2FD3A 3FY7A 4EUYA 2O89A 1M2DA 4Q5FA 1U6TA 2V2GA 2P31A 4DSQA 4XS4B 1OAZA 2IJYA 2O85A 1NM3A 2HRNA 4L5OA 2K6VA 4NV2A 5ECLB 17GSA 3C71A 3Q19A 2NBSA 2WULA 3HDCA 3UVTA 1PGTA 2QC7A 1BJXA 4NWYA 3UMAA 2WB9A 1KEBA 2LUSA 1NHOA 3Q74A 1O6JA 4GCIA 1ST9A 3EE2A 3RBTA 4X1UA 2IN3A 1KBNA 3GH6A 3QAWA 4ID0A 1K3YA 1K0BA 3H1NA 2GT6A 12GSA 3ED3A 3US3A 5IOXA 1EOGA 1TK5B 1F37A 2X8HA 1G6YA 4O92A 1BAYA 2PU9C 2X64A 2TRCP 3O6TA 2M46A 5ECOB 2YJHA 2DJ2A 2MMOA 3QCPA 1EGRA 3M0FA 4ZL7A 1EV4A 1AW9A 2KOKA 2EIRA 4IJIA 4JR6A 3F3RA 1YQ1A 1W4VA 2AHEA 1FAAA 2WZ9A 5G5FA 4F0BA 3TJJA 2B1KA 3C1RA 5J4UA 1T8EB 1A23A 1YKAA 3EMXA 2PGTA 2VL2C 3EC3A 3P90A 3ERWA 1H75A 3GX8A 3RPNA 3H79A 1YF1A 4XS6A 9GSSA 5JCWA 3FZ9A 5GAND 4TOPA 1GUMA 1SK1A 2OBIA 2CQ9A 2YP6A 3GHAA 1ZZYA 4OD7A 1A8YA 3KMNA 5DDLA 2KHPA 4Z7XA 1K0CA 5DJMA 2FLSA 6GSWA 1DSBA 2JSZA 1YDKA 3ZL5A 4O5RA 3C8EA 3HKRA 3DEXA 4F0CA 1GSSA 1SKSB 3FK8A 3E3EA 3W8JA 3KMOA 1FVKA 3QD9A 4MZBA 5A4UA 1PQNA 1V9WA 5KN2A 5FT3A 2DJKA 3ZRDA 2LTKA 5JCUA 5INYA 1A8LA 4AF2A 3TOUA 1LJRA 1O8WA 3GL5A 3HA9A 4K6XA 4RUVA 1YEXA 5G30A 3MNGA 3KZQA 1G6WA 4JEDA 4LL4B 2E7PA 4MF6A 1X5CA 4K7IA 1F9MA 1BEDA 3EINA 1E2YA 4PXOA 2C80A 5DAKA 4JBBA 3EU4A 1FVJA 2RUFA 1B48A 3D4MA 2HFDA 1QXHA 4D73A 3LFLA 4DEJA 4YH2A 5KN0A 1OKTA 1JLWA 1AC1A 1A2JA 1O73A 1XWAA 5JWQB 2GZPA 4EDYA 5D93A 1U3IA 2KP2A 1SJZA 3D0ZA 3DVXA 4WR5A 2GSSA 4YQUA 3WGDA 5DAKB 2O87A 3U6VA 4MA9A 1M9AA 4NAXA 4D73B 4MH2A 3HJMA 2QKEA 3FRCA 4RQRA 2VL3A 3IOSA 1T7PB 6GSYA 3KEBA 2CX4A 5G5EA 3CYNA 2GDRA 3H4KA 1OC9A 3HCZA 1SL0B 2DSAA 3RPPA 3MSZA 3QMXA 2F51A 3VWXA 1F2EA 3DD3A 5ECIB 1PRXA 1ZL9A 4XS1A 1MTCA 3H8QA 4HQZA 2HLSA 3TB2A 3GNJA 5FWGA 2H1GA 2Z9SA 10GSA 3KH7A 1AQWA 2AJQB 3ZLPA 2JZSA 2FWFA 2L5OA 1OC9B 5HR0A 4HJ2A 5EL8A 3RAZA 3CRUA 4PUFC 1XBSA 3LXTA 4IW9A 3W6GA 2JZTA 4BA7A 4V2LA 1QGVA 2EIQA 5IIZA 1OE8A 1N8JA 1TRUA 5EVOA 2RLIA 1ZMAA 4IN0A 3LJRA 2X99A 1ZYQB 3HVXA 2VCQA 2F8FA 1PX6A 1MD3A 3FW2A 16GSA 1SL2B 2YPMA 1K0NA 2K8SA 2VD0A 5ABRA 2YOIA 2LNSA 1SK2A 3VURA 2CX3A 1FW1A 3F4TA 4I8BA 4TN8A 4KNDA 3DMLA 5HFKA 4O7HA 18GSA 3ISOA 1TU8A 3UEMA 2LS5A 2RM5A 1PL1A 2HI7A 1PKZA 3BD2A 1Q4JA 4DSSA 1PMTA 5G31A 2IMFA 1AQVA 4L0UA 1AQXA 2VD1A 2H8LA 1UVZA 3DWVA 3MWHA 3HJPA 4FYCA 3KP9A 2FA4A 2FWGA 3WT1A 4CHSA 3QAGA 4GQCA 4YAPA 1WWJA 2DJ0A 4KDUA 4DSSB 4L0WA 4KA0A 4KB3A 3HZ4A 3ERGA 3LEFA 2LSTA 1R7HA 2H73A 2XBQA 4HDEA 1XWCA 2I4AA 2H72A 1K0MA 2L4CA 3TRXA 4AGSA 3JCML 1EGOA 1ILOA 1VF1A 1BG5A 4YQVA 2GGTA 1TDIA 4IVFA 4BL7A 4LLRA 2V41A 2J23A 2ZUPA 1URMA 1IYIA 3EU3A 4EE0A 3GV1A 4N0VA 1WJKA 4G9HA 3HVSA 3KH9A 2LKUA 2GQLA 3F0IA 5ELAA 2YN1A 4MLYA 4ZL8A 3J7Yk 2REMA 5HFIA 1IYHA 4NXIA 1TRVA 3UAPA 1HYUA 1PSQA 6GSSA 1ZYEA 1I9DA 3S9FA 3EURA 4LA1A 2IFQA 3A2WA 3GSSA 1DBYA 3UBLA 5DQYA 2V32A 3TJKA 3IC4A 1UA5A 3IA1A 2HSHA 4I97A 3UBKA 4IP1A 4ILFA 4ZILA 5IMVA 4XRDA 4I2TA 20GSA 4CDOA 3BCIA 1XIYA 2BTOT 3ZVJA 5B6NA 3A3TA 2WS2A 2IFQB 4IP6A 5CRDA 5KN1A 2IMIA 1NSWA 2OADA 1JFUA 2GSQA 1GLQA 4TKYA 2GTUA 1SD9A 5F06A 3QPMA 1T4YA 5D9WA 1HD2A 1NW2A 1V98A 1Y6EA 2OACA 2KLXA 3F4SA 3HHVA 5ELGA 4XIHA 3ZVJD 2DJJA 4PUAA 4G10A 1FG4A 1CQHA 1JZRA 2RM6A 3V1WA 2AYTA 2C0FA 4EL1A 2FHEA 3WT2A 1U3AA 5DCGA 4OWYA 2DIYA 2VM2A 4DSRA 3GTUA 5B8AA 5D9XA 4GLTA 2O8VB 3IXRA 4KCEA 2CAIA 3P7XA 4V1Ap 1U88A 2YZHA 3GIXA 3VWVA 2ZCTA 3IRAA 1R5AA 2LJAA 3G7YA 5IM9A 3CSJA 2XPDA 1FHEA 11GSA 3Q18A 14GSA 2MMZA 1SK0A 1XCCA 1Y25A 2C0GA 2VCZA 2HRFA 3GTUB 1R26A 1GRXA 2A2SA 2IWTA 1SYXA 4TXVA 3IK7A 4GSSA 3M3MA 1QK8A 3CSIA 2HYXA 1EEJA 3O76A 3ZITA 2PPTA 3L9SA 4ML6A 5ECPB 2B5YA 3IV4A 1XW5A 3C7MA 2NTOA 5D9VA 4OFMA 4XTSA 2R2JA 4I6XA 4XRAA 4EDZA 3ZYWA 2IIYA 1DE2A 1ZCPA 3QFAC 3M8NA 3N9JA 4IELA 1GSUA 1K0OA 19GSA 2C1YA 3BOAA 1AIUA 2A4VA 5IQYA 4ZBBA 1R4WA 1WOUA 3P8WA 4FYUA 2H1BA 5CRHA 4Q5NA 1YEPA 1GTUA 1M0UA 3AY8A 4PQ1A 1MEKA 5LD0A 1YF0A 1XPVA 4TR4A 1WPIA 4ECBA 3QFBC 3CSHA 3F3QA 4QL7A 8GSSA 1AXDA 3UL3A 4Q5RA 2C3QA 4MJAA 2YNXA 3GL3A 3KTBA 3TRQA 4PQIA 1EP8A 4ECCA 5IPGA 4POKA 1T1VA 2LRTA 2FUG2 4KH7A 2YANA 2CT6A 2F9SA 2MYGA 1GLPA 3APOA 3D5JA 4IQAA 3D4TA 3K8NA 2J9HA 3O3TA 1U87A 3WD6A 4ZB9A 1PA3A 4NV5A 2XBIA 3VWUA 2DJ1A 2CVDA 5IOWA 2X8GA 4K0GA 3TKSE 1VF4A 2NPBA 3F9UA 2AAWA 2WDUA 2M72A 3GURA 1FO5A 2H1AA 3GX0A 1A0FA 5D73A 5GZZB 3KTLA 2BMXA 1A2LA 3ZFBA 1TOFA 2H76A 4RI6A 4E8HA 3RDWA 1MDIA 2H01A 2O7KA 1QMVA 2DBCA 2FWHA 1JZOA 4IHUA 1UC7A 1F6MC 3IBHA 3IAM2 4MJEA 5ECQB 2LRCA 5IO0A 2YWNA 1PD21 4PQHA 3C73A 1TKDB 3MAKA 2H66A 1B9XC 2KUCA 1S3CA 4FH8A 4MCUA 2VCWA 4HS1A 4EVMA 1X0RA 2H30A 4JRRA 3Q6OA 4HOJA 4IGJA 2NVLA 1SJ6A 2HE3A 3HYPA 3ME7A 3FZAA 1VRSD 5CNWA 2HZEA 4N10A 1OC8A 2C0DA 4N30A 2WRTA 1B4QA 3TCOA 1GSYA 5D8IA 1ERUA 6GSVA 2IMDA 5AIVA 4MZWA 4WF5A 3LXZA 1S3AA 2VLTA 3PGTA 2FY6A 5ECNB 2GSRA 4QL9A 2L57A 5H5RA 3VI7A 2CAQA 2GT5A 2RIIA 2VAFA 3KJYA 2HZEB 2JACA 5G2ZA 2YCDA 2ON5A 2GZZA 2VM1A 2WJUA 5A4VA 1O81A 13GSA 1G0TA 5D9TA 2XC2A 5IMDA 1GTAA 3G7IA 2YZUA 3LQ7A 3TDGA 2DMLA 5AIXA 4WF4A 4EC0A 5DALA 1USBA 5AISA 1WE0A 3I6AA 2EC4A 2NDOA 5ID2A 6GSUA 3I69A 1ACVA 5CYYA 4GSTA 4POMA 4FIWA 3UIWA 1PL2A 4LL1B 4V1Ag 3TJFA 3KXOA 1EP7A 3QOUA 1XWBA 4AJ6A 4HU9A 4V2NA 2F8AA 3EWLA 1YKCA 2R3XA 2H1DA 1K3LA 5DALB 1V2AA 2G2QA 1TRWA 5F05A 2TIRA 1RW1A 5ID2B 4MJBA 2K8VA 4GTUA 4AJ7A 3HXSA 2VCVA 2B7JA 1THOA 4OFTA 1GSEA 2ES7A 3HZ8A 1KTEA 5DVBA 4K7OA 2PUKC 2CVBA 4GF0A 3VLNA 5AN1A 2N5BA 5HFGA 3E9JB 4ACSA 1GULA 3TJGA 1OKDA 4GSNA 3LGCA 1O8XA 2OJLA 3PINA 1X9MB 3IK9A 1YJ6A 3IAS2 1TTZA 4MF5A 1XVQA 4MJCA 2HSYA 4H86A 3A5WA 2HZFA 3UVHA 1W89A 3VFIA 4BWQA 2JSYA 2H6YA 3TUEA 1J0FA 4MZCA 1Z6NA 1BQ7A 1H4OA 4IJ3A 3U5RE 1VGLA 3EMPA 4XCSA 3ZMLA 4OO5A 1QQ2A 4ZXGA 3GYKA 1JZWA 1EWXA 5H5QA 1UN2A 2C0EA 2PERA 2R5GA 3ZIJA 1SL1B 2A2RA 3F6FA 2GSTA 1JZDA 2VLUA 4K1FA 2L5LA 2P5QA 2YWIA 4HQSA 3P2AA 5GAPD 3GUSA 2H70A 4RI7A 5ECSA 3GFKA 2LNTA 4JZQA 3DGQA 2VL9A 1HNBA 2GS3A 4G2EA 1R5PA 2L59A 4MPGA 5IMZA 1VF2A 1XW6A 4KX4A 4J56E 3NZNA 3FEUA 1TI1A 3DKSA 4ISDA 5D96A 1EOHA 2JADA 2R6KA 5CP1A 1WP0A 3ERFA 2CVKA 1GSQA 2C4JA 2VIMA 3RHBA 5A4WA 4DVCA 3GKXA 4L8EA 4KE3A 4ZBAA 3VWWA 3QAVA 4GXZA 3HD5A 3KM6A 5L71A 2CV4A 3N5OA 3A2VA 5ECRB 4BWSA 4IS0A 1Z7RA 2AB6A 3UARA 1XWGA 4YQMA 4HU7A 4P3YB 1A24A 2MMAA 1SD8A 2PBJA 1B4PA 1C72A 4PURA 2IMKA 3ZIVA 2JU5A 3HJOA 2E2MA 5KN3A 2H0GA 5E4WA 4J2FA 2VO4A 1HNCA 4KW6A 3OR5A 1GTIA 4O32A 3PH9A 2H19A 2VLVA 1GL8A 1I5GA 5ECMB 3L9UA 1SKWB 2H0HA 3GRXA 4MPFA 4ECJA 3GKKA 1PKWA 2B5EA 2E0QA 4E8EA 2WCIA 2DJ3A 2GLRA 5E59A 4F03A 2ON7A 1OC3A 4EXJA 3KGKA 3QDNA 1YY7A 5DJLA 1N2AA 4MH3A 5ECKB 1ML6A 3DVWA 3ZMKA 3FR9A 4KSOA 2HT9A 1X5EA 1TP9A 1HNAA 3F63A 3FR3A 3DYRA 4HI7A 3LORA 1SYRA 3RHCA 4ZB6A 1B9YC 1SJIA 1A0RP 3DRNA 3TKRA 3LSZA 3ZFLA 1GSFA 5IMFA 5HR1A 3IR4A 4K8MA 4K0NA 2DMMA 5LNKe 2VCXA 2ALBA 1QFNA 3H93A 5EPFA 1TK0B 1V40A 3ZTLA 5JWOB 1ABAA 2MBTA 3M9JA 4L5LA 3IPZA 3KP8A 1FB0A 1TRSA 3LYPA 5B7CA 2FWEA 3FHKA 4I5QA 4K9ZA 1J9BA 2RUEA 4K2DA 5AGYA 1GSDA 3IHQA 5LCZA 5DCHA 2YJ7A 2XHFA 1A2MA 4F2IA 1O7UA 2OA7A 1WMJA 4MP4A 3M9KA 3L78A 3UJ1A 4K7NA 2N5AA 2PVOC 1GH2A 3GKMA 5IMCA 2OE3A 4ZBDA 1X9WB 1TW9A 2X8CA 5KEJA 1Z7PA 3BCKA 5G1LA 2WFCA 3MDKA 3KCMA 5F07A 2JL4A 2BJXA 5F8BA 2L6CA 3ZZXA 5FHIA 3TKSA 4TR3A 2I3YA 2PN8A 2V1MA 2G0FA 2IPAA 2YV9A 4JU5A 3LYKA 3TOTA 3SBCA 4BVXA 2H71A 3IE3A 2DLXA 4Q5QA 5IMAA 4JE1A 4HEA2 4TVEA 1GUKA 4LMVA 2KP1A 4FO5A 2OKAA 4TR0A 2DIZA 4IKHA 1GUHA 1PN9A 1SU9A 2CZ2A 1GP1A 1EEMA 1ERVA 2OE1A 2N5FA 5B8BA 1E6BA 2GVPA 3FZ5A 4XHMA 1CQGA 4HJMA 3EYTA 3E0UA 5HQPA 4X0XA 1X5DA 4WBJA 1XW9A 1LU4A 1ERTA 1BYEA 1NHYA 1XFLA 1Z6MA 1M2BA 3WGXA 4HZ2A 5ENUA 3BBYA 3I9V2 5HR2A 1AAZA 2I1UA 2F3MA 3FKFA 1M7TA 1B8XA 2R4VA 5DBQA 5J41A 4MMMA 5ECHB 5F0GA 3TKQA 1ERWA 5G1KA 2E2GA 5JCGA 3CTFA 4KDXA 4NHWA 5J9BA 1GNEA 4PNGA 3TJBA 2FA8A 2YWMA 2MZCA 4PGTA 2VCTA 5B6MA 3CTGA 3APSA 4MK3A 4OO4A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1SL1B

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