1SQ2L

Crystal structure analysis of the nurse shark new antigen receptor (nar) variable domain in complex with lysozyme
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/immune system
source organism Ginglymostoma cirratum
publication title Crystal structure of a shark single-domain antibody V region in complex with lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1sq2L00
4I8SA 1TDYA 1LZEA 4IASA 5EBHA 5KXXA 1HEWA 1DZBX 4NIJA 4LYCA 5E9RA 4MR1A 3WPJA 2DQIY 1LSYA 1LSDA 1LOZA 1FLWA 2Z12A 4CGEA 2Q0MX 1LKSA 3AB6A 5FEKA 1IWWA 2BQBA 2Z37A 4TSCA 4TSBA 1HMKA 1GB0A 1XGTC 3P65A 2MEIA 1GB5A 1HELA 3ATNA 4OW1A 4TUNA 4G4BA 4N0JA 4II8A 1B7LA 4FJRA 4I0CA 1HSWA 1IEEA 1A4VA 1CJ8A 1ZVYB 1IR8A 3WPLA 1W08A 1LSAA 3LHMA 4YEMA 4P2EA 3LYZA 1B9OA 1BB5A 1D0MA 1V7SA 8LYZA 1GB8A 1KIPC 4WLYA 2D6BA 1YROA 1YIKA 4HPIA 4DC4A 3T6UA 1ZV5L 1D6QA 1IWXA 4LT0A 1GFUA 4ETBA 4NGVA 3B6LA 1QUSA 2DBTA 1JTPL 3CQLA 3W3EA 4EOFA 2H9JA 5KKIA 1F10A 2HTXA 5F9UA 4LT3A 4BADA 2BLYA 4WO9A 1REYA 4YF2A 1QIOA 1HEOA 3RW8A 5LVJA 1J1PY 4ETCA 3IJVA 4WOAA 5FCPA 4Z3MA 3TXFA 2FYDA 2VB1A 1DXJA 1OUJA 4HV2A 3IWRA 1CKCA 5APFA 1UBZA 2DQHY 1B5WA 1CNSA 1T3PA 1MELL 5DLAA 3B72A 1SQ2L 4E3UA 1XEIA 1BGIA 4MSTA 1B7OA 2MECA 4R0FA 1YQVY 3TXHA 3WXTA 1GB7A 1CJ9A 5LVKA 135LA 3TMWA 1REXA 2W1MA 2ZNWY 5KXTA 1BWHA 3EBAB 1GFGA 1GFHA 1OUDA 2I26L 2MEBA 1VDQA 4YENA 9LYZA 1CKFA 1YL1X 3WU8A 1LZDA 1IC5Y 1TEWA 2HUBA 1YAQA 1N4FA 2DQAA 5I54A 4NGJA 3WPKA 4KL7A 4GCFA 1GAYA 4HTKA 5KXZA 1NKHA 1LKRA 5M1YA 1LMTA 1FLYA 1IP3A 2XBSA 2BQLA 1LYSA 3AW6A 1LYZA 3A8ZA 5A3ZA 1IP7A 5T3FA 3AJNA 5AMYA 1QDTA 2GV0A 3FI7A 4GLVA 4NGOA 1QSWA 1HMLA 4LFXA 1T6VL 1LZAA 1WQPA 4H91A 5KXSA 2MEDA 5F14A 3CB7A 3CSQA 1QSAA 3A90A 5DL9A 4GCBA 1LJIA 4EMNA 1ZVHL 2EKSC 1DPXA 4D9ZA 1KIRC 1P2CC 2CWIA 3A91A 3D3DA 3M3UA 4H8ZA 4LGKA 1YL0X 1C45A 1LHJA 2FBDA 4WMGA 5FDJA 1B7NA 1GE3A 1IWYA 2ZIJA 1MLCE 3B0OA 2I6ZA 3WXUA 1GF7A 3AZ4A 4ET8A 1RCMA 3WMKA 2F2NA 1IO5A 4J1AA 1IVMA 4HSFA 4N9RA 4B49A 2BQCA 2ZQ4A 4NSHA 4UWNA 1FLUA 3W6FA 3WUAA 4AGAA 2C8PA 1GE2A 1PS5A 5DN4A 3ZEKA 5KKJA 1GF4A 1GE0A 4XN6A 1JUGA 1JIYA 1XSFA 2DQDY 3KAMA 5F81A 4DDCA 5LXWA 1GHLA 3A34A 3LZ2A 2BQJA 5KXPA 4C3WA 5A3EA 2IFFY 4KT3A 2X0AA 4RLMA 1LZNA 207LA 4XADA 2BQGA 1KXWA 4NFVA 1XGPC 7LYZA 208LA 1B5UA 3LZTA 1GE1A 4KXIA 5LA8A 1FBIX 4DDBA 5C6JA 2HU1A 5JENB 5D5CA 3RT5X 4H92A 4LYBA 5LYTA 4H9BA 1IORA 3T36A 1BVXA 1BB7A 1WQNA 1AM7A 4OWEA 4DD7A 4DDAA 1B5ZA 1GF5A 1IOQA 4J0LA 3ZVQA 4DYGA 3W6DA 5LINA 1CKHA 2YBNA 1EQ5A 3AZ6A 1IR9A 1VDSA 1HFXA 3J6KA 4H9IA 5LYZA 4WG1A 1B7SA 4DD2A 1BVKC 4W96A 2ZYPA 4CFOA 4NGIA 4B1AA 1IP6A 3A93A 4BAFA 3QE8A 1NDGC 4Z98A 2PC2A 5I4WA 4A7DA 1HC0A 2YBIA 2Z2EA 4GLAA 1LZRA 1GF3A 1BWIA 1BWJA 5B06A 2YBLA 4DWXA 4HJVA 5FHWA 2RSCA 2YVBA 4WO6A 4XJFA 1GB3A 4WLDA 3RNXA 4YM8A 4H90A 3TMVA 1DI5A 1LZ1A 4C5FA 4XJDA 1AKIA 1DI4A 1GFTA 1LMAA 1BB6A 4M4OA 3WW6A 1HENA 4NGWA 3G3AB 3P66A 1GBYA 2BQAA 1EL1A 2YBHA 1LJ4A 1IOCA 1RFPA 3RZ4A 1JEFA 3CSZA 1QDRA 1GF8A 5I4XA 5ILCA 3AGGG 3A6CY 4Z41A 5KXWA 3B0IA 1B7RA 1LJ3A 1JKCA 1GEZA 1XEKA 2XJWA 1CJ6A 4OWAA 1TCYA 1LMNA 3VWOA 2D4KA 1GFKA 1JPOA 2CJLA 1LJEA 2MEFA 3LYTA 4ZFPA 1IWVA 1OP9B 4RLNA 1J1OY 1WQQA 3A95A 3EMSA 4NHIA 4H94A 1BHZA 1LJFA 2CGIA 3A6BY 1CKDA 3W6BA 2HEAA 4LFPA 3N9CA 1B5VA 1IP2A 1NDMC 1YKXX 4CJ2A 1V7TA 4J7VA 5APDA 5LVHA 1IOSA 1IY3A 1LZ9A 1I56A 3HFMY 5L9JA 2MEGA 1GBXA 1B7MA 2BQHA 5B1GA 4N1EI 1DPWA 1GWDA 1LJNA 5E4PA 1D6PA 3W6CA 1IC4Y 1LSGA 4RW2A 134LA 4OWCA 5B1FA 5LVGA 1GD6A 1LSFA 1GBZA 2EQLA 1HHLA 1LSBA 4NGYA 4H9HA 4OOTA 4TWSA 4WM6A 1AZFA 3WL2A 4NHPA 4ET9A 4J1BA 1PZYA 1C43A 4UWVA 1G7HC 1GB2A 1LPIA 1LJGA 1I1ZA 1UIDA 1UIHA 3BKVA 3LN2A 3TXIA 1B2KA 2XBRA 3P4ZA 4HJYA 1OUFA 5APEA 4ZEEA 4N1CC 1LHMA 5I53A 4B4IA 5IHGA 2Z39A 3AYQA 1HEMA 2HEFA 1KXXA 1LSPA 2MEHA 1FN5A 2HEBA 3ZVQB 4HTQA 1WVVA 4PRQA 2Y8PA 4XJHA 2G4PA 5KXOA 5LAGA 4CFPA 3WU7A 2C8OA 3TMUA 4B4EA 2LYZA 2I25L 6LYTA 3F6ZA 4XENA 3GXKA 1GXV2 1GF9A 5K7OA 4X3BA 2ZILA 1H6MA 4NG8A 1JKBA 1J1XY 5HMVA 3A67Y 4QEQA 1VDPA 5L3IA 4CHXA 2BQOA 4NHSA 2YDGA 4NSJA 1IY4A 1UIGA 4IJ4A 1QTEA 2D91A 2F4GA 1ALCA 1ZMYL 4XJIA 3A3QA 4ETDA 3WUNA 1JSFA 1GB9A 4LT1A 4WG7A 5KXRA 2BPUA 1OUAA 2BAAA 4NHQA 4RDSA 1JITA 4H9AA 1KIQC 4WLXA 1RJCB 1G7IC 1UICA 1HEQA 2DKVA 3TXEA 1DKJA 1GE4A 1SLYA 3WULA 4NWHA 1FDLY 2ZYCA 5APCA 1LZTA 1VAUA 1IIZA 1DI3A 2HECA 3EXDA 1YAPA 4H9FA 4XJGA 2DQCY 3A3RX 4OOOA 2BQIA 6LYZA 1LHLA 1QTKA 3MGWA 1B5YA 5FELA 1JSEA 1YAMA 1YAOA 3CSRA 3G3BB 1LSMA 1LJJA 2WARA 4M6DA 1QQYA 1HEPA 2NWDX 5LYMA 4PPOA 4HP0A 1D0LA 5F9XA 3WU9A 2BLXA 1YKYX 3FE0A 5HNLA 2F30A 4MCKA 2YSSC 1OUEA 4LYOA 4GN4A 4PRUA 1BQLY 1JJ0A 1XFPL 2W1LA 2BQNA 1HFZA 1WVUA 4UWUA 5B59A 5KY1A 4YOPA 5HQ1A 1KXYA 1G7LC 1AT6A 4H9EA 4NSGA 1E8LA 1G7MC 1IX0A 2XTHA 5LA5A 1OUCA 1LJHA 5IELA 1LMCA 1I20A 1VEDA 1UIBA 1HF4A 4LYMA 5KXMA 154LA 1UACY 1BB3A 4GCDA 2YBJA 1IOTA 1GXXA 4O34A 4L41A 4DD0A 4AXTA 1BB4A 1JWRA 2H5ZA 1JKDA 4NSIA 1OQMA 1GFJA 4PHIA 4N8ZA 3WVXA 1EQ4A 2BQKA 1FKVA 1LZ8A 1LHIA 3AW7A 1TBYA 4H8YA 1GF6A 2G4QA 3M18B 3ATOA 3OJPA 3AZ5A 2D4IA 1F0WA 1IP1A 1LSZA 1YANA 3IJUA 1LAAA 4HPEA 4IATA 4NGLA 3TXKA 1LHKA 1OUHA 4ML7A 4TTDA 1GFRA 1IP4A 1LSCA 4RW1A 1JHLA 1VDTA 4GN3A 4GCEA 4QGZA 1LMQA 1GFAA 4OWBA 133LA 4FDYA 2Z19A 2Z38A 1O23A 1XGQC 3GXRA 2D4JA 1GAZA 3A94A 4NEBA 3TXJA 4QDNA 5C6IA 1INUA 2EPEA 2IHLA 2LHMA 4XYYA 5HMJA 4DD9A 3K3TA 5HNCA 5J7CA 5L3HA 3WW5A 2F4AA 2MEEA 2FBBA 3AZ7A 5D5FA 5DM9A 5IDDA 1GBOA 4G4CA 3HBHA 2Z2FA 1F6RA 2ZNXY 4KPMA 4LYTA 2LYMA 3W6EA 5KJ9A 4H1PA 2DQJY 4NWEA 1LMPA 1EQEA 1LYYA 3E3DA 2ZWBA 1GFEA 4WLTA 1B0DA 4TX7A 3D9AC 194LA 1C46A 3CT5A 3CT1A 3TXBA 1CJ7A 1LSEA 4G49A 4H8XA 4ANRA 153LA 4NY5A 1OUIA 5KXYA 1GPQC 2Z18A 1OUGA 3P64A 4HV1A 4LYZA 1XGRC 2BQFA 4H9CA 3SP3A 1RE2A 3OK0A 1HFYA 2LZTA 3TXDA 1UC0A 4ETEA 1LZ5A 1IC7Y 4NHTA 5C6LA 1GFVA 1YILA 1FLQA 2DQFC 2A7FA 2H9KA 2HEEA 2A7DA 1LZCA 1VFBC 4WM2A 5KXLA 1LZGA 1Z55A 2MEAA 1B7QA 1DKKA 2AUBA 1LCNA 2HU3A 1NBYC 1WQRA 1CKGA 5FSTA 1JTOL 4W94A 4WM1A 1OUBA 1NQIA 1FKQA 1UA6Y 1AT5A 3HBEX 4PJ2C 4WL6A 5LVIA 1QUTA 2ZIKA 2HEDA 1NF5A 2W1YA 1LSNA 3P68A 1C7PA 1WQMA 1LZ6A 4YEOA 3WVYA 1IWTA 5KXNA 5I5QA 132LA 1GEVA 4HTNA 1TAYA 4PGJB 3TMXA 3J4GA 3HBDA 4WL7A 4WM3A 2BQDA 1HERA 1YKZX 5HLLA 1UCOA 4NG1A 1LJKA 1LYOA 1GDWA 3W6AA 4B0DA 1LHHA 1C08C 4WM5A 3AGIA 1UIEA 2YBMA 4G4HA 1UUZC 3B0KA 3QNGA 1GBWA 1D9UA 1UIFA 1JTTL 1WTMA 4DD1A 4ETAA 1A2YC 3RU5A 4QY9A 4BS7A 1JJ3A 1G7JC 1REMA 4G9SA 4HJZA 1NBZC 3QY4A 3LYOA 3N9AA 1W6ZA 2BQEA 4B4JA 4DT3A 2DQGY 1JKAA 1GF0A 1VATA 1HSXA 1IWZA 4XJBA 3LYMA 1REZA 4R6CA 4BAPA 4ZIXA 5LIOA 1GDXA 1GB6A 1JJ1A 1IWUA 193LA 2W1XA 1XEJA 4Z46A 1LZBA 4NGKA 4WM4A 1IP5A 4OWHA 3CT0A 3A92A 4U3XB 3WH1A 1WTNA 3BKHA 4LZTA 1RI8B 5II3A 5KXKA 2CDSA 1F6SA 1H87A 1D0KA 2BQMA 5ILFA 1LZ4A 1UIAA 4GCCA 3WUMA 5B05A 3N9EA 2B5ZA 5DN5A 1JISA 2LYOA 3WYHA 2DQEY 1DQJC 2ZQ3A 3ULRA 5LAFA 4GN5C 5I4YA 3A96A 1XGUC 3EO5A 4NGZA 1WQOA 4N5RA 1C10A 1LTMA 1HNLA 2EIZC 2G4NA 1NHEA 3TXGA 1LZSA 1IR7A 1B7PA 1GBSA 3AGHA 1NMMA 4DD3A 1NWGA 5F16A 5B07A 1B5XA 1LMOA 4LT2A 2FYCA 2LZ2A 2N5ZA 1LZYA 4H93A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DZBX 1L11A 1P3NA 2DQIY 2NTHA 177LA 4W58A 2A4TA 4TSCA 1C63A 1XGTC 1GB0A 3CDVA 1TLAA 1GB5A 1HELA 3ATNA 4TUNA 3F9LA 1HSWA 1JTNA 1ZVYB 1IR8A 3WPLA 2ANVA 4P2EA 8LYZA 1BB5A 196LA 1D0MA 122LA 4WLYA 1L60A 1WTHA 1YIKA 1L34A 2B72A 2QARC 1ZV5L 3T6UA 1D6QA 4LT0A 3B6LA 1LYHA 1JTPL 4EOFA 198LA 2BLYA 3HH3A 1REYA 4YF2A 5LVJA 1ZURA 2RB2X 1OUJA 1CKCA 2DQHY 1MELL 5DLAA 3B72A 4E3UA 1P7SA 1XEIA 3TXHA 2B7XA 1CU5A 2W1MA 1C61A 1GFGA 4YENA 4OO9A 3WU8A 1L55A 2DQAA 1GAYA 1LKRA 1NKHA 1IP3A 2BQLA 3GUPA 3AJNA 4GLVA 4NGOA 1QSWA 1WQPA 5F14A 139LA 3UONA 214LA 2MEDA 3CB7A 1QSAA 103LA 4GCBA 163LA 4D9ZA 2CWIA 259LA 1C45A 201LA 152LA 1IWYA 1GF7A 3AZ4A 4HSFA 4NSHA 3WUAA 2C8PA 5KKJA 3HU8A 1XSFA 2DQDY 3KAMA 3LZ2A 1QTZA 1CU2A 4RLMA 7LYZA 208LA 5LA8A 218LA 1SX2A 1WQNA 4OWEA 1L80A 1B5ZA 1GF5A 3ZVQA 4I7LA 3W6DA 2OU0X 5LYZA 4DD2A 4CFOA 3QE8A 1EPYA 236LA 2B6TA 4A7DA 4GLAA 4YX7C 2YBLA 1L85A 256LA 4WO6A 1GB3A 1L21A 1GFTA 2RBSA 4NGWA 3G3AB 3P66A 1C6KA 2YBHA 2RBRA 1L46A 1QDRA 160LA 5I4XA 3AGGG 1XEPA 1B7RA 252LA 3B0IA 166LA 1L18A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4I8S A;  1TDY A;  1LZE A;  4IAS A;  5EBH A;  5KXX A;  1HEW A;  1DZB X;  4NIJ A;  4LYC A;  5E9R A;  4MR1 A;  3WPJ A;  2DQI Y;  1LSY A;  1LSD A;  1LOZ A;  1FLW A;  2Z12 A;  4CGE A;  2Q0M X;  1LKS A;  3AB6 A;  5FEK A;  1IWW A;  2BQB A;  2Z37 A;  4TSC A;  4TSB A;  1HMK A;  1GB0 A;  1XGT C;  3P65 A;  2MEI A;  1GB5 A;  1HEL A;  3ATN A;  4OW1 A;  4TUN A;  4G4B A;  4N0J A;  4II8 A;  1B7L A;  4FJR A;  4I0C A;  1HSW A;  1IEE A;  1A4V A;  1CJ8 A;  1ZVY B;  1IR8 A;  3WPL A;  1W08 A;  1LSA A;  3LHM A;  4YEM A;  4P2E A;  3LYZ A;  1B9O A;  1BB5 A;  1D0M A;  1V7S A;  8LYZ A;  1GB8 A;  1KIP C;  4WLY A;  2D6B A;  1YRO A;  1YIK A;  4HPI A;  4DC4 A;  3T6U A;  1ZV5 L;  1D6Q A;  1IWX A;  4LT0 A;  1GFU A;  4ETB A;  4NGV A;  3B6L A;  1QUS A;  2DBT A;  1JTP L;  3CQL A;  3W3E A;  4EOF A;  2H9J A;  5KKI A;  1F10 A;  2HTX A;  5F9U A;  4LT3 A;  4BAD A;  2BLY A;  4WO9 A;  1REY A;  4YF2 A;  1QIO A;  1HEO A;  3RW8 A;  5LVJ A;  1J1P Y;  4ETC A;  3IJV A;  4WOA A;  5FCP A;  4Z3M A;  3TXF A;  2FYD A;  2VB1 A;  1DXJ A;  1OUJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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