The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
102
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structure length |
102
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Chain Sequence |
GSEKRQHSSQDVHVVLKLWKSGFSLDNGELRSYQDPSNAQFLESIRRGEVPAELRRLAHGGQVNLDMEDHRDEDFVKPKGAFKAFTGEGQKLGSTAPQVLST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The SEP domain of p47 acts as a reversible competitive inhibitor of cathepsin L
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
NSFL1 cofactor p47
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| total genus |
19
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| structure length |
102
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| sequence length |
102
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-03-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08059 | SEP | SEP domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VAZ A; 1SS6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DR2 K; 4CZF A; 2GV9 A; 3KLI A; 4XH5 A; 4FO0 A; 2QXF A; 2A5X A; 4DTO A; 3S3M A; 2G8F A; 2F7T A; 3CJA A; 4CZL A; 3SUQ A; 1ZBH A; 4CED A; 1FKP A; 3OS0 A; 3VTH A; 3VQ8 A; 4JS5 A; 1N8R O; 4DQP A; 2O8E B; 3O9T A; 3PX0 A; 5LY3 A; 1T6C A; 3O3G A; 3FFI A; 3J7A P; 1NJI O; 1DTQ A; 1WAJ A; 4JLH A; 2G8W A; 1ATN A; 1NMN A; 3VEX A; 3VQD A; 3OA9 A; 2P9N B; 4M7Y A; 5CYQ A; 5HRP A; 3TAN A; 3JXU A; 3RMA A; 2DTU A; 2BE2 A; 2GEL A; 3SNN A; 2J4R A; 4RTF D; 3WXL A; 5KQD A; 4WCE L; 4QCL A; 3A5L C; 1SAZ A; 2D0B A; 3CFP A; 3QET A; 2NRH A; 1L3T A; 4ZHR A; 4CBU A; 3E01 A; 2NRW A; 1BIS A; 3QER A; 3AVB A; 1E3M A; 1LV5 A; 4CZH A; 3M8S A; 2O8B B; 4OVL A; 3C6A A; 3ZSQ A; 4HCB A; 2O8E A; 5EXW A; 5FPD A; 3NH2 A; 3MWT A; 3QFU A; 4YFU A; 3FFK B; 4DTN A; 4H5N A; 3KLF A; 2JGU A; 4AH9 A; 3VGK A; 1T8E A; 3EN9 A; 4C1N K; 4QAG A; 1EQY A; 1S9G A; 1VQP N; 2Z1H A; 3GG4 A; 4C23 A; 4B3T K; 4CF0 A; 1VHX A; 1BA0 A; 2P9N A; 1KAZ A; 3OHR A; 2YHB A; 2Y1I A; 3N4Q A; 5E41 A; 5CZ1 A; 1D5A A; 1S72 N; 4EZ9 A; 1IKV A; 3AA4 A; 1E4F T; 1WSI A; 4B9U A; 3EZW A; 4M3Y A; 1MWM A; 2YNG A; 1GLJ O; 1SL0 A; 1KLM A; 4ELV A; 3I56 N; 5LMN K; 4KRE A; 5DM7 L; 2NLX A; 3OYB A; 3IKM A; 3NE6 A; 5KQ8 A; 2GUP A; 2O8C B; 2P9U A; 1LWC A; 4CGG A; 4FK4 A; 1ATR A; 2O8B A; 5HP1 A; 3TPQ A; 2V51 B; 1Q7Y O; 4O5B A; 5LL6 Z; 1TK0 A; 3S3O A; 4C8K A; 1P8Z A; 5JLF A; 2YJE A; 4YDU C; 3SUP A; 2VQE K; 4HTL A; 4IDH A; 2A6A A; 3T1Y K; 5AQY A; 3AVF A; 3R9P A; 3O9S A; 4B1V A; 2ASP A; 4E7J A; 3HM8 A; 2QEX N; 4BRD A; 2HHT A; 1WBD A; 5J1E A; 4BRM A; 4Y0W A; 3TI0 A; 3SYZ A; 1T03 A; 4C1N I; 4FCY A; 1WSH A; 4FJI A; 4BRE A; 3DLG A; 4ISF A; 3KIO A; 3O80 A; 2IVN A; 4AHU A; 4XH4 A; 1TGO A; 3OS2 A; 1DLO A; 2A41 A; 4CEE A; 1JLC A; 3V1R A; 4CJR A; 1C0M A; 1XNQ K; 2PZS A; 4FWN A; 5AFU A; 3RVC A; 2P9S B; 3V1O A; 1KVC A; 1ZYQ A; 4CJS A; 2QKK A; 2FBY A; 3BF3 A; 1G99 A; 1VQN N; 2ZWH A; 4DQS A; 3IDH A; 4WYB A; 3ENO A; 4FJ5 A; 3U3Y A; 3WEE A; 3CCR N; 5IT9 O; 1SV5 A; 1IKW A; 5J2M A; 1UA0 A; 5AFU H; 3O1B A; 2Q2R A; 1NJZ A; 2DY4 A; 4YHH K; 1RDA A; 1KFD A; 5KPT A; 3CCS N; 3LDQ A; 5AQQ A; 1GOA A; 4CZJ A; 2KLA A; 4AM6 A; 2P9L B; 3BEX A; 3SAG A; 1HLU A; 1U6Z A; 1D4X A; 1RT5 A; 4IFY A; 4J8F A; 2D4W A; 1K8K B; 2P9S A; 4CHN A; 3MXM A; 2GX9 A; 4ZTF A; 1CZA N; 1ZBS A; 2KFN A; 3KLE A; 3IAY A; 4U7B A; 4FXD A; 4FM2 A; 4DTJ A; 3QDK A; 1S1U A; 1KVB A; 3NH1 A; 1OH5 A; 3TAB A; 3SJJ A; 4MO5 A; 1OH6 A; 1FW6 A; 1S1X A; 4DV5 K; 1JKH A; 2A42 A; 4CF9 A; 3MEE A; 1NLV A; 2A1R A; 2RE2 A; 4JI2 K; 3ZYY X; 4KAZ A; 2HHQ A; 4H8K A; 1Z25 A; 1SS6 A; 3ENH A; 2B6A A; 5AQS A; 5AQF A; 4DQ8 A; 5H1S Q; 4FLX A; 3VGL A; 3PO4 A; 2P9L A; 2EX3 A; 2VCP A; 2I5J A; 4B8C A; 4CGH A; 5J2Q A; 5AQN A; 2HNZ A; 1GOB A; 4M41 A; 1NKC A; 1K8K A; 2JWK A; 2GEM A; 3TAR A; 4ILH A; 3B6P A; 1W9H A; 1S1V A; 2V52 B; 4AM7 A; 5AZI A; 1N33 K; 4O55 A; 1S22 A; 1H1V A; 5HL7 L; 2HHS A; 1TUY A; 1ITG A; 3AGK A; 4OPH A; 3Q7C A; 3HPO A; 5AR0 A; 2VG5 A; 1KAX A; 4A5B A; 2D0O A; 2PFU A; 2E4L A; 3MWP A; 2RHK A; 4PL7 A; 3SAH A; 4GV9 A; 1EET A; 1KXP A; 5I9E B; 4GVE A; 2Q31 A; 4DTM A; 3K0S A; 4JRQ A; 3NGZ A; 4GNI A; 4RCH A; 1EX4 A; 2W41 A; 4XEI A; 3NFA A; 2IDO A; 3G71 N; 4RW6 A; 3LL3 A; 2KFZ A; 3TTD A; 2P9I B; 3VES A; 1EP4 A; 2P9P B; 4IFV A; 2ZJR L; 2GWJ A; 3LP0 A; 1RT6 A; 4GV3 A; 1WLJ A; 3SK3 A; 1YJ9 N; 1SZ2 A; 3SAF A; 4E1M A; 1IKY A; 2BAN A; 2O8D A; 2OTJ N; 3KJV A; 1HUX A; 3C65 A; 1NK8 A; 4E3S A; 1HQU A; 3CXC M; 3V81 A; 1LWF A; 2G8H A; 2VGM A; 3RSE B; 1U47 A; 4KI4 A; 3L3V A; 4KI6 A; 4B1W B; 4FK2 A; 4CW7 B; 2PYL A; 2OZS A; 3NF6 A; 4J2D A; 3CMA N; 1BL3 A; 1IBM K; 3TAF A; 4E19 A; 1HKB A; 3CCU N; 1BI4 B; 2VWK A; 1RDD A; 2ZE2 A; 4GY2 B; 2QA4 N; 3HOS A; 3THW B; 4FSV A; 2F9W A; 1BQM A; 2DFE A; 3RMD A; 1TKT A; 4FLT A; 4LSL A; 2YKM A; 2P9I A; 5CHI A; 1OH7 A; 3LP2 A; 3K5N A; 5JS1 A; 1FXX A; 1VSM A; 4RW4 A; 3ZX0 A; 1QTM A; 1IBL K; 4YOU A; 1QZ5 A; 1YIT N; 1HPM A; 1VQO N; 3THY B; 1I39 A; 3AO1 A; 3ZT2 A; 1RDW X; 2P1J A; 1NK4 A; 3VEN A; 4JKH A; 3DLL L; 1VAZ A; 4I9Q A; 3RSE A; 4CHZ A; 5M1N A; 4IO9 L; 4CJW A; 1A5V A; 3MMV A; 5FRM A; 3LDP A; 5HLF A; 3LPT A; 5A2Q O; 2HVH A; 4DMN A; 4HTU A; 5JLH A; 3SQ0 A; 1GLA G; 4IZ9 A; 4BE0 A; 1KD1 O; 1YAG A; 3THW A; 5BPM A; 1X9W A; 3BY5 A; 3M8Q A; 4H0Y B; 2XY8 A; 3AVM A; 2YNI A; 3E1Y A; 3PSF A; 4RWT A; 1K6Y A; 1BCM A; 1C6V A; 3GDQ A; 3C6H A; 4CD3 A; 2RKI A; 3NAE A; 1SQK A; 5C10 A; 4BR0 A; 3MXJ A; 3NMU A; 1X3N A; 3V9W A; 3L2V A; 3THY A; 1JCG A; 1VSF A; 4PHT X; 3AA2 A; 4BRA A; 4JNE A; 3CD6 N; 3GE1 A; 1VQK N; 4DR5 K; 5KPZ A; 2QM1 A; 4KHP K; 1OH8 A; 1WN7 A; 4PL8 A; 3CJ9 A; 4FWK A; 5FLX O; 1VQ9 N; 1QQN A; 1NK6 A; 3CET A; 4FL9 A; 4C8O A; 4CEO A; 3CJB A; 1LAV A; 5KI6 A; 1BOT O; 4DU3 A; 4DFK A; 2RN2 A; 4Z4H A; 4FJ8 A; 2OAN A; 1WSG A; 1L3U A; 2OPQ A; 3H1V X; 3G6E N; 2O8F A; 4MO4 A; 1XMQ K; 4M3R A; 3WNH A; 4OPA A; 5FPE A; 3H6E A; 4AHT A; 5C2D A; 1BHL A; 2VGN A; 2UU9 K; 3HI0 A; 4YOY A; 1S9E A; 4X65 K; 4TSX A; 3DOL A; 3EE9 A; 5AQW A; 3U9Z A; 2AA4 A; 3VET A; 4IJA A; 1NK0 A; 4CHP A; 4B1U B; 4YOR A; 3O4Q A; 4J2E A; 5DM6 L; 1SKW A; 2UYT A; 4B1X B; 4DV3 K; 4OKK A; 3QO9 A; 2P9K B; 4JI0 K; 4CBX A; 1T44 A; 3E9P A; 4JV5 K; 3BZC A; 5BN9 A; 1YJW N; 1ZBL A; 2VWB A; 4JK7 A; 4A62 A; 4CF8 A; 3KVG A; 5C12 A; 1S6Q A; 2E8A A; 2D0A A; 1P90 A; 1YT3 A; 3CME N; 4F2R A; 4BR2 A; 1WSJ A; 3UKU A; 4DV4 K; 4W5T A; 2RF2 A; 3KLG A; 3VQC A; 4AIL C; 2QTD A; 2OYQ A; 1XI1 A; 2UXB K; 3F2K A; 5FRO A; 4BRF A; 3KZB A; 5MLC Q; 4DV1 K; 4JKG A; 4FLY A; 1ZBI A; 3AVL A; 4O44 A; 3ZET A; 4M63 C; 3QEI A; 4OLA A; 4O8K A; 1BGX T; 3AVC A; 3LAM A; 4JEP A; 3MN7 A; 4CIF A; 2IOC A; 1QS4 A; 2RPI A; 3ITH A; 1BA1 A; 1JXE A; 1NJX A; 1TKD A; 5C15 A; 3QES A; 3VMF B; 2ZF5 O; 3VQA A; 1NMD A; 4RW8 A; 1JL1 A; 3HO1 A; 2ITM A; 1RT2 A; 3QNN A; 1V4S A; 1NM1 A; 3U8X A; 2P9K A; 3FZF A; 4RW7 A; 3ZX2 A; 2JLE A; 1HPZ A; 3DJC A; 2FSJ A; 3C6U A; 4LSN A; 4R5P A; 4FLZ A; 5BN8 A; 3EY1 A; 2HBJ A; 2XRI A; 4PUO A; 3WNG A; 2E6M A; 2X6S A; 2E2Q A; 4EFH A; 3CIP A; 3KK2 A; 4NYF A; 3C95 A; 2CGL A; 1Y64 A; 3RRG A; 3HJF A; 1NGI A; 4IEI A; 4E7H A; 4FJX A; 2BH1 A; 1U48 A; 1HQE A; 3V9X A; 3HPH A; 3KHY A; 1BUP A; 4BWM A; 2OA8 A; 4W5N A; 4I6M B; 3KD5 E; 3D2F B; 4W5Q A; 2NRV A; 2E6L A; 2AP1 A; 3MN9 A; 1BG3 A; 4G1Q A; 4KO0 A; 1J54 A; 4IEE A; 1B9F A; 3T3F A; 4OPK A; 4JD2 A; 4KTZ A; 2ZJP L; 3GBT A; 4RG8 A; 4GV6 A; 4CJK A; 4GVM A; 1CLQ A; 3HPG A; 1C0F A; 1KTQ A; 3FZH A; 4B08 A; 5KRT A; 4X62 K; 1Z6R A; 4DSK A; 4WFA L; 4CZE A; 3S41 A; 5ADX A; 3QIN A; 4KTW A; 3OYJ A; 3JSM A; 2YNF A; 3UKR A; 5AQL A; 2QXL A; 3VTI A; 4PQU A; 4A2A A; 1S1W A; 2HHW A; 2LSN A; 4BRN A; 2Z1G A; 4OX9 K; 2BGG A; 4FVU A; 3EEQ A; 4DCH A; 2QKB A; 1NGD A; 3DLE A; 4DTP A; 2FBX A; 4DTX A; 1G15 A; 2KZM A; 1UOC A; 3WQT A; 4M45 A; 3PIO L; 4BAC A; 3PUF A; 4H0X B; 5ADX H; 1FK9 A; 1TL1 A; 1VQ6 N; 2ATQ A; 3TTF A; 4LFA K; 1KVA A; 1VQL N; 3D0P A; 5AZJ B; 1LWE A; 1DTT A; 4CJV A; 3OY9 A; 3MK6 A; 3LWL A; 2UUB K; 4DUY K; 3ZSX A; 3KKR A; 1N5Y A; 4CJQ A; 3JAM O; 2HVI A; 1GLE G; 2BTF A; 3K9J A; 3ZSV A; 4M3T A; 3NH0 A; 1EWQ A; 3VQE A; 1QVG M; 1QHT A; 3K57 A; 3L4I A; 3TTC A; 1TYQ B; 2KKZ A; 3JYT A; 4JHD B; 4WQ4 C; 5HRN A; 1WBB A; 3OJS A; 3HP9 A; 1RT4 A; 3V9U A; 1QSY A; 4BWJ A; 4A61 A; 2ZD1 A; 4LFC K; 4FJ9 A; 3E9L A; 5AQH A; 3VF4 A; 4X64 K; 4F4K A; 3O9Q A; 3SUO A; 4I9L A; 3OYD A; 1NNE A; 1HYS A; 4MLH A; 3K9K A; 4A2B A; 3ID6 A; 4E7I A; 3VQ7 A; 4CES A; 4CF2 A; 4CGF A; 4M7X A; 3LAK A; 3ASM A; 1W2B M; 5AZJ A; 4Z4I A; 3CJ1 A; 1W7A A; 4B3O A; 4DU4 A; 4F3T A; 4IO8 A; 5JVG L; 5GIN A; 3R6M A; 5B8H A; 3G25 A; 1CZB A; 4U67 L; 4HHT A; 1C0U A; 1VRU A; 5AQI A; 4IJN A; 3V9S A; 4JHD A; 5EY4 A; 2QI2 A; 1WUA A; 4DR1 K; 3VEY A; 4IG3 A; 3D2E B; 1BU6 O; 5T7B A; 1VQM N; 4DF8 A; 4QS8 A; 2FF6 A; 1RTI A; 4B1Z A; 3V1Q A; 3S9H A; 4DV0 K; 1DGK N; 2OTL N; 3AVN A; 3HXM A; 4DS4 A; 1SKS A; 5IWA K; 3WQU A; 2GTD A; 1HRH A; 3EE8 A; 4C8L A; 4DQI A; 3H3O B; 4HUF A; 3THX B; 2P51 A; 1O13 A; 4HUG A; 4FM1 A; 2H3G X; 1C1C A; 3PV8 A; 2YI1 A; 1REV A; 3LM2 A; 3T1H K; 4DB3 A; 2O8C A; 1VQ5 N; 5BRE A; 1YHQ N; 3RMB A; 1UA1 A; 1S5J A; 1HNW K; 3M5R A; 3CF5 L; 3VA0 A; 5FPN A; 3DXM B; 3RWU A; 3G4S N; 1KCF A; 3J8A A; 5AQT A; 4BDY A; 3ULD A; 3PX4 A; 4E0D A; 1KRP A; 4I2P A; 4BDZ A; 2O4G A; 1J9A A; 3CCV N; 4Z94 A; 4LF9 K; 2VYP A; 2E1Z A; 5CZ2 A; 1M90 O; 2NRX A; 3D2E A; 4CGI A; 4O0I A; 1ASU A; 3K5L A; 2HST A; 2OCE A; 3O1W A; 3DRR A; 4Z4G A; 2X6N A; 4FOE A; 3THX A; 1U49 A; 5FPM A; 1I3A A; 4K41 A; 4C8M A; 3CI5 A; 3M8P A; 4JI3 K; 3VQ5 A; 3F9K A; 2X78 A; 3HST B; 2UUA K; 4H4M A; 4QS9 A; 4CJU A; 3EKS A; 1VQ7 N; 4OJR A; 3O8M A; 1NGE A; 1VSJ A; 3L4Q A; 3ZSZ A; 4E7L A; 1T6D A; 4CIG A; 4YOV A; 2BDP A; 3KWI A; 3BDP A; 4OKJ A; 4CJP A; 4L8R B; 3P39 A; 4Q0B A; 2HF3 A; 2IS3 A; 4BRG A; 4DSJ A; 3D45 A; 4ELU A; 3HL8 A; 3O3F A; 2FLO A; 1IBK K; 1NGA A; 3IG1 A; 3H08 A; 2GUI A; 4FVM A; 4KRF A; 5AQZ A; 3U9D A; 4DQR A; 5M1O A; 2WON A; 4PKG A; 4PKH A; 3VQ9 A; 1JL2 A; 1DT9 A; 5BR8 K; 2WOM A; 3NF7 A; 4DLE A; 3JS6 A; 3CJ7 A; 2Q0U A; 5C25 A; 3P38 A; 1HKC A; 4JI5 K; 4XIU A; 1JLG A; 1YUW A; 4CJ4 A; 4AHS A; 2KTQ A; 1KQS M; 4N76 A; 3E66 A; 4A5A A; 2HND A; 4DS5 A; 3SBT A; 3CQ8 A; 1J6Z A; 3KK7 A; 2F96 A; 1Q9Y A; 5C42 A; 4BR4 A; 4KB1 A; 2NNW A; 4EIA A; 1HNV A; 4UQG A; 1FKO A; 4QOZ B; 3OYC A; 4KHS A; 1M1K O; 3VQ4 A; 2YKN A; 3A5N C; 4DFM A; 4JKA A; 1BCO A; 1JCF A; 5EU7 A; 4FOI A; 4KFB A; 3LM9 A; 4CVN E; 3SLC A; 4BC5 A; 3SUN A; 3NGI A; 1IJJ A; 3H1Q A; 3LDS A; 1X9J A; 4BRO A; 3DYA A; 5BRF A; 2V7Y A; 1N32 K; 1U2V B; 3P4I A; 1N34 K; 3QLH A; 1F21 A; 1X9S A; 1RNH A; 4BE1 A; 4FZX C; 4AQY K; 1RDB A; 3FGU A; 5HRO A; 4R79 A; 5TKY A; 4ISG A; 5SWM A; 3VQP A; 5KGW A; 2Q97 A; 4KHN A; 5BR9 A; 1S6P A; 3M1F A; 3AO4 A; 4BR9 A; 3T1A A; 3SBG A; 1T7P A; 1T05 A; 1D9F A; 1KSP A; 3MN5 A; 1RT7 A; 1R0A A; 2NRT A; 3CC2 N; 2UXC K; 3CM5 A; 2OPR A; 3FZM A; 4DLG A; 4KH6 A; 4B9S A; 2E2P A; 4B3M K; 5EVZ A; 3T19 A; 5CR4 A; 3OYH A; 2A40 A; 5LJW A; 2PBD A; 4CHO A; 4KH4 A; 4FWS A; 1U2V A; 1KLN A; 3O6W A; 3CFR A; 2HOE A; 3U6F A; 4MQ3 A; 4QS7 A; 2FBV A; 1RDU A; 4IBN A; 3SZ2 A; 4JYA K; 3L2R A; 2P9P A; 3HOT A; 2CGK A; 1X9M A; 1N36 K; 4X66 K; 1HYZ A; 2HW3 A; 1WB9 A; 3DXK B; 4LF6 K; 1RT3 A; 3QEW A; 4OKE A; 2IIR A; 3NCI A; 3DI6 A; 2WFB A; 2QWP A; 1LW2 A; 5F0X A; 4E89 A; 3KTQ A; 4E7K A; 4DF4 A; 4KB0 A; 3VEV A; 4CK1 A; 4N56 A; 3L3U A; 3AO2 A; 3LDN A; 4FW2 A; 3ATV A; 1BI4 A; 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