1SSYA

Crystal structure of phage t4 lysozyme mutant g28a/i29a/g30a/c54t/c97a
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIAAAHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Alanine-scanning mutagenesis of the beta-sheet region of phage T4 lysozyme suggests that tertiary context has a dominant effect on beta-sheet formation
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 55
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ssyA00
1L15A 1QT7A 4DAJA 1P2LA 4ARQB 229LA 1L47A 4LDOA 1QTHA 2LZMA 3HUAA 4I7OA 1DYEA 1I6SA 205LA 236LA 1G1VA 2HUMA 1LW9A 4ARJA 4W58A 3DN1A 3QAKA 4ZPUA 4ARPA 1L01A 260LA 102LA 1G0QA 139LA 1L98A 2NTGA 4EKQA 195LA 1T8AA 2RH1A 2HUKA 1L11A 2RAYX 1L91A 3C7WA 1L00A 221LA 2RB0X 4W51A 1L71A 1L75A 167LA 1SX2A 3RUNA 7LZMA 3HDFA 1L21A 1C6DA 3GUMA 3D4SA 1QTZA 1L85A 1ZURA 3HDEA 1CU3A 1L37A 4EKSA 1L89A 138LA 1L17A 1LWGA 1C6GA 247LA 3SB9A 1L34A 1DYGA 3EMLA 1L53A 1C68A 3C8QA 1P56A 1C6MA 2NTHA 1CVKA 1L42A 2RBPA 1CV0A 1L22A 1QT3A 125LA 1L67A 1L56A 2F32A 3PBLA 2F47A 1DYAA 1L10A 2IGCA 118LA 1C65A 3C8RA 1LPYA 184LA 1L81A 1OV5A 1C6CA 1LYGA 234LA 1QUOA 3C83A 3RZEA 1L43A 4E97A 1L18A 1QTBA 2A4TA 188LA 1QUHA 1P3NA 4W56A 1CTWA 1L31A 1P5CA 238LA 4ARMA 1CV5A 1KS3A 3SB7A 1G0JA 200LA 2RBOA 1L03A 1L16A 4EXMA 4W53A 4IAPA 4I7KA 254LA 104LA 182LA 1L63A 152LA 228LA 1L80A 1L45A 1L73A 2B70A 1L32A 1LYIA 147LA 1G1WA 1LYJA 1C66A 1CU5A 1G06A 197LA 1L62A 1L51A 1L90A 2HULA 3C80A 3GUKA 4ARMB 223LA 3JR6A 201LA 1C62A 2OU8A 144LA 242LA 1CV6A 1TLAA 131LA 251LA 235LA 4DJHA 1LYFA 4GRVA 4YXCA 1QTCA 196LA 1L72A 3CDRA 4W52A 3C81A 1SSWA 1D3NA 1D9WA 3LZMA 3DKEX 2Q9EA 3SBAA 3HH6A 119LA 1C6NA 3CDQA 1P37A 1L58A 1L19A 2O79A 189LA 1CUPA 1CX7A 3L64A 1SSYA 1ZWNA 1L93A 186LA 1T97A 2OE4X 1C67A 212LA 4I7LA 2OE7X 231LA 1EPYA 3CDVA 1OVHA 1C6IA 1C6FA 3NY9A 2L78A 1CU0A 151LA 103LA 1P2RA 4I7NA 2OTZX 2OU9A 1OWZA 1D2WA 3GULA 224LA 1L70A 2RBQA 3NYAA 3CDOA 1LI2A 3HH5A 157LA 1PQMA 1C69A 2RB2X 3SB5A 3FI5A 3HU9A 3HTGA 3HWLA 141LA 3DN4A 4I7SA 1DYFA 2B75A 1LGUA 2O4WA 146LA 1P64A 1QT6A 2B74A 4I7RA 120LA 2Z6BA 1PQIA 1L41A 1C6QA 1L84A 222LA 3HT9A 156LA 1L23A 1L44A 225LA 2OU0X 4AQNA 1L24A 2ANXA 150LA 1P6YA 1T6HA 209LA 3GUJA 3HT6A 4OO9A 107LA 1L0JA 2QB0B 3G3VA 1PQJA 1L09A 2B72A 1L64A 239LA 3FA0A 4LZMA 210LA 1L14A 1OV7A 3DN3A 1L26A 176LA 262LA 1ZYTA 255LA 1KNIA 1C6AA 2B6YA 1QTDA 3OE6A 1L35A 3PDSA 1L36A 169LA 2ANVA 1G0LA 1C6PA 170LA 1LYDA 3G3XA 165LA 3F8VA 171LA 1L02A 1D3JA 129LA 187LA 3VW7A 5LZMA 181LA 4I7MA 1L74A 2OTYX 3HH3A 206LA 1CV1A 1CV4A 250LA 213LA 3GUOA 1K28A 246LA 226LA 2RBRA 3DNAA 1OVJA 2RBSA 173LA 1L54A 4PK0A 1QSBA 1L48A 230LA 1WTHA 1L07A 1XJUA 130LA 111LA 258LA 232LA 3DMXA 3FADA 2B7XA 1L66A 1CU6A 211LA 160LA 198LA 1C60A 3C7ZA 1L30A 1DYBA 1PQOA 3HT7A 3OE8A 1KW5A 237LA 1L38A 168LA 1QUDA 3G3WA 2O7AA 1L69A 4YXAC 1L96A 3HTDA 233LA 115LA 3DN0A 1L0KA 1LWKA 1L49A 137LA 1L79A 1T8GA 240LA 2OEAX 4I7PA 1L13A 127LA 1T8FA 3SB8A 1KY1A 253LA 2LCBA 3DN2A 3HU8A 1DYCA 1PQDA 4I7QA 1L86A 1L12A 249LA 3HH4A 3OE9A 145LA 1L59A 259LA 2B6ZA 227LA 1C6KA 1JQUA 1L06A 219LA 2CUUA 1SWZA 114LA 112LA 1L99A 3L2XA 1CV3A 108LA 1C63A 1L76A 3DMZA 4LDLA 1LYEA 1L77A 3DN6A 1CU2A 1L97A 1L46A 214LA 5I14A 1L33A 172LA 3CDTA 1L40A 4EJ4A 162LA 217LA 1XJTA 1LI6A 3GUNA 1LLHA 4W59A 148LE 174LA 3F9LA 1L28A 4ARLA 1OYUA 6LZMA 3C8SA 3V2WA 175LA 4K5YA 4W54A 1B6IA 1L88A 1XEPA 1OVKA 142LA 2Q9DA 1L04A 3HTFA 2B73A 1L57A 3DMVA 244LA 1L52A 245LA 4W55A 183LA 3V2YA 140LA 1C6JA 215LA 163LA 261LA 1L20A 1L60A 4EKRA 4I7TA 1G0GA 1G0PA 2F2QA 164LA 216LA 1L55A 4S0WA 1L87A 1QT8A 1C6LA 1L27A 159LA 3DN8A 4W57A 1L61A 1P46A 1G0KA 158LA 3HUQA 191LA 243LA 1OWYA 1CUQA 4EPFA 3GUPA 161LA 143LA 3OE0A 1SX7A 3HTBA 177LA 1L83A 1SWYA 110LA 1L29A 1LGWA 1CX6A 1JTNA 3SB6A 4GBRB 1C64A 4EPIA 1L95A 4I7JA 1QSQA 1C6EA 128LA 1QUGA 3ODUA 2RAZX 2B6WA 4DKLA 192LA 1P36A 1P7SA 257LA 1PQKA 218LA 3C7YA 1L50A 180LA 3K2RA 3HUKA 190LA 1L68A 1JTMA 1D3FA 1LGXA 4LDEA 2LC9A 1KW7A 1C6TA 3GUIA 1C61A 1KY0A 178LA 1QTVA 252LA 4PJZA 241LA 2RB1X 3C82A 248LA 1L39A 1L82A 2B6XA 4EKPA 1C6HA 1L65A 2QARC 123LA 4ARQA 185LA 149LA 109LA 1L25A 1DYDA 166LA 2OE9X 1D2YA 1QT4A 1L05A 1NHBA 220LA 1C6BA 1L94A 1LI3A 2B6TA 1G07A 1LYHA 3SN6R 3NY8A 1L08A 256LA 155LA 199LA 1QT5A 1QS5A 1G0MA 3SBBC 2RBNA 4YX7C 3HT8A 3UONA 1QS9A 122LA 113LA 1D3MA 126LA 1L92A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DQHY 2BQGA 1GFRA 5DLAA 1QTHA 3HUAA 2HTXA 1DYEA 3A8ZA 3BKHA 4GN4A 260LA 5LVHA 2BQCA 1G0QA 4N5RA 2NTGA 3C7WA 4HP0A 1L00A 1HEMA 4W51A 6LYZA 3A92A 1C43A 4TWSA 1W08A 1GPQC 3WPJA 1HFXA 3OJPA 4ANRA 3SP3A 1LZDA 4HV2A 3IJVA 1LPIA 1ZURA 1L37A 1L89A 2G4PA 2RSCA 1GB5A 247LA 3SB9A 2BQFA 2BQNA 1DYGA 4NWHA 2FBDA 3EMLA 3C8QA 1C68A 2PC2A 4NSJA 1C6MA 4BAPA 1CVKA 2RBPA 4LYCA 1YAQA 3A91A 4DD7A 2IGCA 118LA 133LA 1C10A 1UACY 3C8RA 4OOOA 184LA 3EMSA 1C6CA 2XBSA 234LA 1QUOA 3OK0A 1L43A 3HBDA 4DD2A 1QTBA 2A4TA 1WTNA 1QUHA 1C7PA 4OWEA 1D0MA 2VB1A 1GF3A 4XJFA 1LZNA 1CTWA 3M18B 1KS3A 3LHMA 1FLWA 1IP5A 3RU5A 4IAPA 4I7KA 4ZEEA 182LA 2ZIJA 5LA5A 4UWVA 2EKSC 2I26L 147LA 1LYJA 1GB0A 197LA 1B5YA 1LYZA 5I5QA 1L90A 2HULA 3GUKA 201LA 1YILA 144LA 1TLAA 131LA 1F10A 2ZNXY 1GFJA 2YBHA 196LA 4WM3A 4NHQA 1DPWA 1C6NA 1UIFA 1XGTC 189LA 1CX7A 1ZVYB 186LA 2YVBA 1T97A 1NBZC 1IX0A 2OE4X 1C67A 2OE7X 2MECA 4LYZA 1GE1A 1VFBC 1C6IA 1C6FA 3NY9A 2L78A 4LYTA 2Z2FA 4YM8A 3GULA 1LJNA 224LA 3AJNA 4YEMA 1L70A 4EOFA 1LI2A 1CJ7A 5LVJA 3A96A 1IP6A 3HWLA 1BQLY 2B75A 1P64A 3HFMY 1DXJA 2Z38A 1T3PA 1WQPA 2FYCA 1L41A 222LA 1LJJA 1D6QA 1L23A 1INUA 1NMMA 2GV0A 1J1XY 150LA 1P6YA 3HT6A 1IR7A 1LZBA 5LAFA 2XJWA 107LA 4G49A 239LA 3FA0A 210LA 1OV7A 2MEIA 1KNIA 1QTDA 3PDSA 2ANVA 1C6PA 3WU9A 165LA 2I6ZA 5KY1A 1D3JA 4PRQA 5LZMA 4H9IA 1W6ZA 3AZ4A 3LYMA 2BQEA 3HH3A 1UUZC 4RDSA 250LA 1CV1A 4OWHA 1K28A 1OVJA 2RBSA 173LA 2YBJA 4R0FA 230LA 1WTHA 1XJUA 4D9ZA 111LA 3TXIA 1YL0X 2Z12A 2B7XA 160LA 4NSGA 5FELA 4WM4A 1YKZX 1EQEA 1KW5A 1GF7A 1OUHA 5LAGA 233LA 115LA 2BQLA 3DN0A 137LA 5B1FA 1LKSA 5EBHA 3AZ7A 1LMPA 4TTDA 1LJHA 1VDPA 3SB8A 1HERA 4AXTA 4EMNA 4NWEA 1B5WA 4WLTA 1PQDA 259LA 1FN5A 1C6KA 4X3BA 1IWWA 1JQUA 1L06A 2CUUA 114LA 1KIPC 4GCDA 3AB6A 1CV3A 1C63A 1LSAA 1L77A 5APCA 3DN6A 1SQ2L 1HSXA 3CDTA 3GUNA 2HEDA 1LHIA 1YROA 4K5YA 1QSAA 1IP1A 5FSTA 3W3EA 2ZYCA 142LA 3QE8A 2Q9DA 1YAOA 3D9AC 3WULA 1HEWA 4W55A 4WO9A 1GB6A 4CJ2A 1C6JA 215LA 5F16A 1GBSA 4NHPA 1WVVA 2DQCY 164LA 4RLNA 1L87A 1L27A 1LZ6A 159LA 1XSFA 1IWXA 191LA 1OWYA 4WLYA 1QIOA 1JTTL 1VAUA 1SX7A 3HTBA 3TMVA 1L83A 1L29A 1LGWA 3AGGG 1VDTA 1JKAA 4OW1A 1L95A 2Z39A 1C6EA 2B6WA 2DQAA 4WM1A 5II3A 3P64A 4DD3A 4QY9A 4NSIA 1LJIA 1L50A 4NHTA 1L68A 3CSQA 3TXFA 3TXEA 3WMKA 4LDEA 3AGIA 4ETDA 4QEQA 2W1LA 1C6TA 1AT5A 4J1AA 4PJZA 1I1ZA 3WW5A 1L82A 4WOAA 4ARQA 109LA 3MGWA 1LHJA 1KIRC 4DT3A 4M6DA 220LA 1LZ8A 1I56A 1G07A 1LYHA 1KXXA 3SN6R 4LGKA 4B0DA 1JKDA 1G0MA 4XENA 3AW7A 1JPOA 3UONA 5KXWA 1QS9A 5LVIA 3CSRA 1L92A 229LA 1B7RA 1L47A 4NSHA 1DI4A 1RE2A 5HNCA 4I7OA 3WUMA 4I0CA 1LSPA 1G1VA 1LZ1A 2HUMA 1UC0A 2FBBA 3DN1A 1WQQA 1IR9A 1LSFA 4I8SA 2D4IA 102LA 1JITA 1RFPA 1L98A 4EKQA 1T8AA 2RH1A 4B4EA 1XGRC 221LA 1FBIX 2RB0X 1L71A 1V7TA 1B5XA 1L75A 3CQLA 4H8ZA 3RUNA 1DQJC 1L21A 1L85A 5KXZA 5KXXA 5APEA 1LZGA 1B7NA 5I53A 4AGAA 1HFYA 1OUFA 2N5ZA 1L42A 2HU1A 1L22A 1JIYA 3PBLA 2ZIKA 1L10A 1IP2A 1GDWA 1C65A 1L81A 1GWDA 4HTNA 3C83A 5C6LA 5KXRA 1YL1X 5KXOA 4NGVA 4MSTA 3TXKA 238LA 5T3FA 4ETCA 3SB7A 1G0JA 4ETEA 200LA 4H9HA 4DQ5A 4LT0A 1L03A 4H9BA 4EXMA 4W53A 1BB4A 254LA 4TSBA 104LA 2XBRA 152LA 1L80A 1JWRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2DQH Y;  2BQG A;  1GFR A;  5DLA A;  1QTH A;  3HUA A;  2HTX A;  1DYE A;  3A8Z A;  3BKH A;  4GN4 A;  260L A;  5LVH A;  2BQC A;  1G0Q A;  4N5R A;  2NTG A;  3C7W A;  4HP0 A;  1L00 A;  1HEM A;  4W51 A;  6LYZ A;  3A92 A;  1C43 A;  4TWS A;  1W08 A;  1GPQ C;  3WPJ A;  1HFX A;  3OJP A;  4ANR A;  3SP3 A;  1LZD A;  4HV2 A;  3IJV A;  1LPI A;  1ZUR A;  1L37 A;  1L89 A;  2G4P A;  2RSC A;  1GB5 A;  247L A;  3SB9 A;  2BQF A;  2BQN A;  1DYG A;  4NWH A;  2FBD A;  3EML A;  3C8Q A;  1C68 A;  2PC2 A;  4NSJ A;  1C6M A;  4BAP A;  1CVK A;  2RBP A;  4LYC A;  1YAQ A;  3A91 A;  4DD7 A;  2IGC A;  118L A;  133L A;  1C10 A;  1UAC Y;  3C8R A;  4OOO A;  184L A;  3EMS A;  1C6C A;  2XBS A;  234L A;  1QUO A;  3OK0 A;  1L43 A;  3HBD A;  4DD2 A;  1QTB A;  2A4T A;  1WTN A;  1QUH A;  1C7P A;  4OWE A;  1D0M A;  2VB1 A;  1GF3 A;  4XJF A;  1LZN A;  1CTW A;  3M18 B;  1KS3 A;  3LHM A;  1FLW A;  1IP5 A;  3RU5 A;  4IAP A;  4I7K A;  4ZEE A;  182L A;  2ZIJ A;  5LA5 A;  4UWV A;  2EKS C;  2I26 L;  147L A;  1LYJ A;  1GB0 A;  197L A;  1B5Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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