1ST4A

Structure of dcps bound to m7gpppa
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
APVRLPFSGFRLQKVLRESARDKIIFLHGKVNEASGDGDGEDAVVILEKTPFQVEQVAQLLTGSPELQLQFSNDIYSTYHLFPPRQLNDVKTTVVYPATEKHLQKYLRQDLRLIRETGDDYRNITLPHLESQSLSIQWVYNILDKKAEADRIVFENPDPSDGFVLIPDLKWNQQQLDDLYLIAICHRRGIRSLRDLTPEHLPLLRNILHQGQEAILQRYRMKGDHLRVYLHYLPSYYHLNVHFTALGFEAPGSGVERAHLLAEVIENLECDPRHYQQRTLTFALRADDPLLKLLQEAQQS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
publication title Insights into the structure, mechanism, and regulation of scavenger mRNA decapping activity
pubmed doi rcsb
molecule keywords mRNA decapping enzyme
total genus 82
structure length 300
sequence length 300
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.59: 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase.
pdb deposition date 2004-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05652 DcpS Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal
A PF11969 DcpS_C Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1st4A01
3.30.428.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich HIT family, subunit A HIT-like 1st4A02
1Y23A 3O0MA 5BV3A 2Q4LA 1GUQA 4RHNA 4YKLB 5I2FA 4EQHA 2H39A 2FITA 3BLAA 1HXQA 4NDFA 1KPAA 3BL9A 3SP4A 4NDHA 3P0TA 1KPBA 4EQEA 1KPFA 6FITA 4ZKVA 5ED6A 4ZKLA 3I24A 5ED3A 1FITA 1ST4A 4FITA 1ST0A 4NJZA 3BL7A 4NJYA 3FITA 6RHNA 3N1TA 3SZQA 4NDGA 1Z84A 1RZYA 4XBAA 1AV5A 3OHEA 3O1ZA 3WO5A 3R6FA 1ZWJA 2OIKA 5IPBA 5IPCA 3IMIA 4QDEA 4INIA 3KSVA 1FHIA 5IPDA 4EGUA 3L7XA 4NDIA 1EMSA 3N1SA 5RHNA 5EMTA 5IN3A 2EO4A 3OJ7A 5I2EA 2Q4HA 3TW2A 3QGZA 3I4SA 1HXPA 5FITA 1GUPA 3RHNA 1VLRA 3OXKA 5CS2A 3SPDA 2FHIA 4NJXA 3SPLA 1KPEA 4QEBA 5IPEA 3OMFA 3O1CA 1XMMA 4QDVA 3ANOA 1XMLA 3LB5A 3O1XA 4EQGA 1KPCA 4INCA 4ZGLA 3NRDA 4NK0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IONA 1WVWA 5EKOA 3DFCB 3O0MA 2R3IA 4DAWA 1R1WA 1PKGA 4S31A 1GUQA 3E87A 5M08A 4M13A 3R8MA 4KKEA 3AT4A 3BGZA 3QQHA 1DAYA 2QI8A 2QCSA 4PMTA 4IANA 4F7SA 4EHVA 3RKBA 4LGHA 2UW8A 4O6EA 3FKNA 2B9JA 2VWYA 1SNXA 2ZVAA 4YJNA 1JWHA 3QXPA 2ITTA 3O51A 2WU6A 4ACHA 2JFLA 4NDFA 3HMPA 3H30A 3QGYA 1PW2A 5EM7A 5HG7A 3OY1A 4C3FA 5EYMA 5JEBA 2XIRA 3W2SA 3TZMA 2WTKC 2F7ZE 3TKIA 4D4VA 5EG3A 4G0JA 4KABA 3POOA 4FKTA 4O22A 5BYZA 3NUSA 2O63A 4IH8A 3CLYA 4A9RA 4CD0A 4EYMA 5HESA 3AD5A 1PXPA 4LUDA 3ERKA 3A61A 4O38A 2QKWB 4L8MA 1T45A 1Y8YA 2RG5A 4OT5A 4YNEA 1REJA 1XQZA 3R7IA 3ZFYA 4F0GA 2V62A 5DLSA 4FK6A 3SXFA 3E64A 3R28A 1YOMA 5BUJA 1TQPA 2HWOA 3A7JA 3DBEA 2YWVA 6RHNA 2QOIA 3D4QA 3I7BA 5IA4A 4D58A 4AXDA 4NFMA 4UBAA 4QMLA 2ZB1A 4OR5A 5BVWA 3U54A 1XR1A 3PPJA 3QX4A 5HCXA 4RSSA 5ACKA 4OTGA 1OMWA 4AOIA 5LJJA 4ZTSA 3DKOA 4JG7A 4BGQA 5AJQA 3VQUA 1WAKA 2AC3A 3HV7A 3IMIA 4WT6A 3GB2A 2G1TA 4BVUA 3EQFA 3QD4A 4R7IA 4RIXA 4HVHA 1SM2A 4DBNA 3G0FA 3RNIA 5HE3A 4PX6A 2H9VA 2WTDA 3P9JA 1RW8A 5H3QA 3KRWA 3QF9A 3R7VA 4BDDA 3OFMA 2YCQA 3LM0A 2GNGA 3MGYA 3OCSA 4F1MA 3FI4A 3H10A 3C4WA 3O0GA 4MKCA 5CYIA 4BJJB 4DFBA 4QP7A 4GG5A 5BMMA 2H34A 5E92A 2IZUA 4NL0A 4RBLA 3JY9A 5IEXA 1UU9A 3PIZA 5FXSA 5IQGA 1DM2A 2OSCA 4R7HA 2O0UA 4BIEA 4D4SA 3FLYA 3VBXA 4IMYA 5JH6A 1W8CA 2GS7A 2JDVA 3BE2A 5ANIA 3WZDA 2PVRA 1SVGA 3GVUA 4HOKA 3CE3A 4QP4A 2ITWA 1V0PA 1VLRA 3EFLA 3AG9A 5G1XA 3D94A 4ANSA 4E20A 3MWUA 3S00A 3GUBA 5FM3A 5CAUA 3LZBA 4EHZA 2FHIA 2RFDA 2YIYA 3TCPA 2UW0A 3DA6A 4BCIA 4A06A 2WD1A 1OGUA 4IB0A 1WBPA 3HRFA 3EN6A 4FKGA 4TWPA 5ANGA 1FQ1B 2UZUE 2ONLC 4Q9SA 2O3PA 4JDIA 3F88A 3KQ7A 3EN9A 4FVRA 5TR6A 4OW8A 4G0AA 2YM7A 5FBNC 3MY5A 4CKIA 5K5XA 2PVJA 1NT2A 2R4BA 2R7CA 4R78A 4U0IA 5CVGA 3FL4A 4FGRA 5M4CA 3FXWA 2Z7SA 2C30A 2Z60A 3GOPA 1BL7A 2XAOA 1WBTA 5HTBA 4BI0A 4YJSA 3W0PA 2C5VA 3AQVA 2UW7A 4H3BA 4QMQA 1YHSA 3MVLA 4DHIB 5FUTA 3KF4A 4PDOA 3PE1A 3ZSHA 2WTIA 4U5JA 4CVAA 1OIQA 3IW5A 2Y6OA 4ID7A 3D7ZA 4PWNA 5H8EA 3PY0A 5JZNA 3CTQA 2VX0A 2PVYA 4JRVA 4FICA 5E8VA 3V6SA 3HMMA 4I5WA 2R7BA 4IAFA 5IH4A 2WO6A 3NUPA 4GMYA 1UU8A 5A4TA 4I6LA 3BL9A 2UUEA 2IG7A 2Z7QA 3LQ5A 4IX3A 5E8UA 5GJDA 2Y4IC 5HBJA 4EOSA 4XLIA 3RPOA 4ACCA 1L8TA 4I5MA 3NEWA 4EKLA 2XIKA 4R77A 5DFPA 4RGJA 4AACA 5M4FA 1KPFA 3R30A 4QMVA 3RVGA 4GL9A 1HOWA 3O17A 4GU6A 3NYVA 4H3PA 4R7BA 3KF7A 4U81A 4QQ5A 2WMQA 1RDQE 2QR7A 4YJOA 2X8IA 3SDJA 4ALUA 3EKNA 2EUFB 3P08A 4I93A 1Z9XA 2J0LA 4X6QC 3UNKA 4X3FC 1MQ4A 4CZUA 2E9VA 2QC6A 3LLAA 4M7IA 4KNBA 3FHIA 3MESA 4OTWA 5E91A 5LWMA 3OHEA 2X0GA 4WNOA 5CAQA 4RFYA 3CKXA 2XZSA 2HWPA 3BYOA 4IB1A 4O7VA 4QMXA 4WUNA 3RPSA 5JT2A 3WARA 4C34A 3R9OA 4CT2A 1R3CA 2VWIA 3ENHA 3II5A 4KUJA 4LV5A 4TW9A 3I79A 1FGIA 2OZOA 4CCBA 3LIJA 5IPDA 4RLKA 1W83A 4Y5HA 3ZZWA 2E9NA 2ZV7A 1BL6A 3C4EA 4FZDB 1URCA 5L2SA 3O71A 4RIXB 1WVYA 4AT5A 5IH5A 1G8JA 3GCQA 2Q4HA 2XJ2A 2NPQA 3HV4A 4MBJA 5L8JA 5I2EA 4Q2AA 4E5WA 4O0RA 4AXAA 3MTFA 3FMNA 3BWJA 2OK1A 3G51A 4CFNA 2IPXA 1O6LA 3ET7A 4GKIA 3NFGB 5JFSA 3LJ0A 5KKRB 1GUPA 2PUIA 4PF4A 3NGAA 4MCVA 4XP3A 3DJ5A 3NNUA 2CNQA 2QOQA 3DZOA 2CGUA 3OWLA 5E8WA 3HEGA 1YXTA 2BKKA 4NJXA 4WKQA 2W1GA 1Y91A 3FY2A 4XRJA 4AE6A 5CEQA 3ZBFA 2W1HA 5HLWA 2OO8X 5HIEA 1Q8WA 3P5KA 4FOBA 4YHJA 3OMFA 3F3ZA 3C0IA 5TKDA 4CZTA 5CF8A 5AP1A 3LFFA 3DCVA 1XMLA 3UIMA 3GENA 2WMVA 3QKLA 4I6HA 4AW5A 3VUGA 3KCKA 4CKRA 3RPVA 2YM5A 4MEDA 2WXVA 3R83A 2Y6MA 4INCA 4F78A 2FSMX 5JQ8A 3A7HA 4S30A 4TPTA 3TWJA 1CSNA 3MI9A 1ZMWA 4QT1A 3UZTA 1JBPE 4C2WA 4JAIA 5AV3A 2KULA 2WNTA 3C4XA 4FT9A 3KK8A 4GT3A 5EW8A 4EC9A 3DAEA 2BTSA 3FKOA 4NK0A 4B9DA 4I3ZA 1Q8TA 2R8FA 3P0MA 5IEYA 3BZ3A 3V5JA 4KBCA 4AW0A 3PUPA 5AP2A 3PIXA 3BYVA 4G5JA 3W16A 5F4NA 4MQ2A 4DFLA 3TTIA 4FV0A 4QQCA 2I0YA 3UOHA 2ACXA 1Y57A 3KULA 4IAKA 2X9EA 4U45A 3R8LA 4EJNA 5CAOA 1Q61A 1OITA 4KRDA 3KY2A 4WD5A 4ZK5A 4O0YA 1H00A 3EHAA 3W32A 3B2WA 5CEOA 1HXQA 3GC9A 3UIBA 4APCA 1VR2A 3TNQB 2QO7A 5IEVA 1OL2A 4FGBA 4O7RA 1OL7A 3RGFA 3TXOA 4KSPA 4G3GA 2XF0A 4YBJA 2PVLA 2C47A 4Y72A 4KKHA 4L3JA 3FEGA 3O8UA 1ND4A 3PWYA 4RZVA 5ETIA 2O8YA 3OG7A 3PXRA 1WVXA 4IB5A 5E8YA 3VNTA 4L53A 2I40A 3W8QA 3C0HA 5JRQA 3EQBA 1H1RA 2ZOQA 3IDCA 2OU7A 5HKMA 5ETFA 5E8XA 1CKIA 4MUQA 3WYYA 2Q0BA 4GYGA 2YAAA 3JY0A 3MVJA 1ST0A 4I0SA 4IJPA 4YZDA 5ANJA 2JFMA 2VUWA 2WIHA 2WIPA 2XEYA 4U3ZA 3I6UA 4FSRA 3AMAA 4CV8A 5KX8A 4L6QA 3SZQA 5KBQA 2VWVA 3ORZA 4V0GA 3N4TA 3CQEA 1XJDA 2FO0A 2WTVA 3ODYX 3O1ZA 4G9RA 4DTBA 3UJGA 3UZRA 3WZEA 4AFEA 2VV9A 3KRRA 4MHAA 3NYOA 2XK6A 1KUTA 2X4ZA 4U80A 1TQIA 4PP9A 1Q99A 4IZYA 3QA8A 4GV1A 4QMWA 1SMHA 3LCOA 4IX5A 4FIGA 1FVVA 4O96A 4USEA 4LV7A 5E9EA 2XYNA 3HNGA 3ZMMA 1Q24A 3SC1A 4OTIA 4MK0A 2ZV9A 2OFVA 3OBGA 4QO9A 3DBCA 2W0JA 2W06A 2VO7A 2VWBA 2PU8A 4EL9A 1UWJA 3PSDA 3GC0A 2GTNA 2O65A 3O23A 4DC2A 2JEDA 2G9XA 1F0QA 3DY7A 4LM5A 2QG7A 3RK9A 3EZVA 3E7VA 5HG9A 3ELJA 4OBQA 2Z2WA 3R8ZA 5AP0A 4D9TA 1IRKA 3WILA 4BDBA 4L67A 3VS7A 2CSNA 4K9YA 4A7CA 4C38A 4YJRA 3ML1A 3R63A 4RJ8A 3F6XA 2BDFA 3ODZX 1IA8A 4F9CA 3MH3A 5AIKA 4IC8A 4UY9A 4DFYA 5J8IA 3I1AA 5EI2A 5J9YA 3EFKA 3QWKA 4FV6A 3FXZA 5IUGA 3UMWA 5BUEA 4O27B 3IO7A 1QPEA 2PZIA 4P4CA 3U8WA 2RF9A 4FKJA 4EYJA 5IA2A 5HE2A 4HJOA 4RJ5A 3GU4A 1H4LA 4FG9A 5AV0A 3W0MA 4YU2A 1APME 3Q3BA 2IVSA 3LAUA 2XJ0A 3QFVA 4KIPA 3OROA 3VONA 5IA0A 3F5GA 5LOHA 2R2PA 3FHRA 2E9OA 3OT3A 3OWJA 3Q5ZA 3QQFA 3QTUA 4GUBA 4RIWB 3RNYA 4YTFA 5I9ZA 4JRNA 3BU5A 3ORLA 3TUDA 3HLLA 3SKCA 4RC4A 4RQVA 3KVXA 5I2FA 2XRWA 4HW7A 3MJ2A 4C36A 2C5NA 4TYHA 5BVNA 5EI6A 2QOHA 4DF3A 3PSBA 4NJDA 4RC2A 4Z55A 1BLXA 5EKNA 3RK7A 3T9IA 2GS2A 3I60A 4O81A 4ZZMA 4AA0A 3W2QA 4F6WA 3NAXA 3KULB 4I4FA 4XOZA 4DG0E 2R3MA 1OBDA 3P0TA 5DRBA 2CPKE 1GIJA 3FSKA 4XBUA 2GTMA 3FMJA 4EC8A 4YJQA 2GNIA 1RQQA 5AUTA 1P4FA 4TYIA 4JXFA 2WGJA 5ED3A 2CKPA 4ZSAA 1ZAOA 3O5AA 2V55A 3KXZA 3R2BA 4O0WA 5M53A 3VUMA 2W1ZA 3KK9A 1CM8A 2UZOA 4D1SA 3OCTA 2F9GA 3AKKA 5DT3A 4J1RA 3R9RA 3Q9WA 3D7TA 3D9VA 4WG4A 4QP1A 3U6HA 5L8LA 1CDKA 5FGKA 1TFFA 3IK3A 3PRFA 1J7LA 3PPKA 2IZSA 2YHVA 4HGEA 5F95A 3R7OA 4ACDA 1ZWJA 4MWIA 5AA8A 3VC4A 2YDIA 3UNZA 4A9UA 4M14A 5M55A 5HVKA 2YJSA 3B8RA 2BRGA 3C50A 1H1PA 3LKMA 3KXGA 2W05A 3IKAA 4UZDA 2UZTA 3LMHA 2WMBA 3R8PA 4IVDA 4BDGA 2WFYA 4DEGA 5FG8A 3TUBA 1LPUA 3OW4A 3CTJA 2WZJA 3CS9A 4J96A 3LOKA 3TKUA 3FAAA 4CFVA 3TZ8A 4EORA 1OKZA 5J1WA 4FUXA 3BLHA 3QRTA 3ZLYA 3AC5A 4TKSA 4AGUA 3C4FA 1M17A 2R64A 3UODA 1UV5A 5CEKA 4YJPA 2XH5A 3DT1A 4MBLA 4C3PA 5J9LA 3UDZA 3QRUA 5LCJA 3A62A 3CJGA 1W84A 4FIFA 2YDKA 2X6DA 4PV0A 2OJGA 3TW2A 5IQIA 3KMMA 4IZ5A 5B2KA 5HD7A 5BVFA 4HNIA 4FTCA 2HCKA 4FL2A 3V8WA 1QPJA 3PY3A 3ZRMA 4F7JA 3ID6C 3T9TA 4D5KA 1XH8A 4CG9A 4FR4A 3TIZA 4CQEA 2R7IA 2F2CB 3OD6X 5IMEA 4BB4A 2XNPA 4NW5A 5CI6A 3DB6A 3EFJA 3ORPA 5DWRA 5E4HA 5KHXA 5IPEA 1E1XA 2YZLA 4JT3A 5L2IA 3GQLA 4FKWA 3IDBA 3DDQA 3UVPA 3MJ1A 4U3YA 3KMWA 1KE9A 5K9IA 3LFDA 3D5VA 4DHJA 5AMNA 3OP5A 1OL5A 5EQEA 4EH7A 2YN8A 3DOGA 1E9HA 4GU9A 2JDRA 3PG3A 3UDBA 3P23A 1YOJA 2PYWA 1H01A 4I0RA 4BIBA 4EUTA 4MNEB 5F20A 4U42A 4G1WA 3HMIA 5DHJA 4Y46A 4Y73A 4ASZA 4G3EA 1U46A 4QYEA 4Z16A 4EOOA 4YO6A 3F3TA 1UNLA 5FEQA 4LMUA 2WHBA 3ZEPA 2QU6A 3GOKA 2J7TA 3FLNC 4ONAA 2B9IA 4HZRA 5KHWA 3MFSA 4V05A 4E26A 4J53A 4RC3A 5DEYA 5JRSA 4XUFA 5BVEA 1J91A 4LQMA 4DT9A 1H07A 2YCFA 1DAWA 1GZOA 2PMIA 3DNDA 3HAMA 4MD9E 1ZXEA 2NRYA 3DTWA 3PXZA 2PY3A 4P7EA 4UWBA 3RZBA 5CAPA 1VYWA 5AP3A 2WOTA 4JG8A 4TYHB 5IQAA 4DGLC 4DT8A 2BAKA 4NW6A 4FIIA 3TKHA 4C61A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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