1SWYA

Use of a halide binding site to bypass the 1000-atom limit to ab initio structure determination
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVAAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRECALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Use of an ion-binding site to bypass the 1000-atom limit to structure determination by direct methods.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1swyA00
1QUOA 1L31A 147LA 255LA 3HTFA 1L16A 3LZMA 142LA 1OWYA 114LA 4AQNA 3GUJA 4LDEA 155LA 122LA 1G0PA 4I7KA 128LA 163LA 1P36A 249LA 1L20A 176LA 1C6GA 3K2RA 1L90A 1OVJA 118LA 261LA 3HTBA 1XJTA 1P6YA 1LYEA 3G3WA 1C62A 1P2LA 1L43A 238LA 214LA 1G0MA 1C6JA 2F47A 113LA 3HDEA 2O4WA 4PJZA 197LA 1L38A 1CV6A 3SBBC 3GUNA 3C8SA 188LA 3DN4A 4W53A 2RB1X 1L95A 1D3NA 1G0GA 231LA 144LA 1P46A 2O79A 2Q9EA 1L51A 151LA 6LZMA 1C63A 1L22A 3C7WA 103LA 3SBAA 1C60A 229LA 3EMLA 3V2WA 3DN2A 1L55A 1L91A 251LA 141LA 2OE4X 3CDOA 1L77A 148LE 1LYHA 3FA0A 4LZMA 1L23A 233LA 212LA 253LA 1DYGA 1QTBA 165LA 1L47A 1XJUA 189LA 1L25A 1P5CA 120LA 1L0JA 1LW9A 1L82A 4W52A 3NY8A 226LA 1G07A 1C67A 213LA 3CDQA 3OE0A 1OVHA 1L65A 1L56A 1L26A 1L52A 3HU9A 3OE8A 1KW7A 2L78A 3GUPA 2RH1A 1C6MA 2LZMA 1QS5A 2Q9DA 1L32A 2OTZX 167LA 1C6TA 4I7MA 4PK0A 1C6IA 166LA 1L36A 1QS9A 3JR6A 1SSYA 1LYIA 1P3NA 2RBSA 187LA 4I7NA 4I7LA 1C6DA 3OE6A 4W56A 2RAZX 1CVKA 1L34A 2QARC 245LA 1C6CA 1L29A 1QSQA 1T97A 227LA 2B75A 225LA 1L94A 1G0KA 1OYUA 219LA 1L83A 1K28A 3OE9A 1C6AA 126LA 1L07A 1OVKA 3C7YA 4ARQA 183LA 1L39A 3C82A 1OV7A 1L41A 162LA 3DN6A 224LA 4EPIA 3HH3A 1CV4A 3PBLA 1PQDA 1D2WA 115LA 5LZMA 3GUIA 1L44A 3F9LA 1D9WA 1L12A 1NHBA 1OWZA 215LA 199LA 220LA 1C6EA 2OU0X 192LA 4W57A 1LWKA 4I7JA 4ARJA 4DAJA 3HH4A 1L72A 3SN6R 2Z6BA 130LA 3SB9A 235LA 1L57A 2O7AA 1L45A 1QT6A 2RBNA 2HULA 1L85A 2QB0B 140LA 3C83A 1L42A 4YX7C 3HU8A 3RZEA 157LA 1CUQA 1CU5A 1CUPA 4LDOA 1L76A 4LDLA 3SB6A 146LA 1L03A 1LYDA 239LA 1L93A 1SWYA 205LA 3DN8A 241LA 111LA 1EPYA 1C6FA 1C64A 259LA 3G3XA 200LA 1KY1A 2F32A 1JTMA 4W58A 1ZWNA 161LA 1QTZA 210LA 3HT9A 1C6HA 3HUKA 1PQMA 1QUDA 206LA 1DYFA 3DMVA 1CU2A 1L58A 2LCBA 1L28A 1L40A 3HUQA 1DYBA 4EPFA 1KS3A 1L18A 123LA 1L87A 3QAKA 159LA 174LA 2F2QA 217LA 4W51A 234LA 3HT8A 1L33A 237LA 1I6SA 211LA 177LA 1L53A 1LGUA 1G1WA 1C66A 190LA 258LA 1LI6A 1QT5A 1L04A 1ZURA 2RBRA 1JQUA 3C80A 3L2XA 3HTDA 2OE7X 4OO9A 1CX6A 3D4SA 1DYCA 1LI3A 2B6XA 1QT4A 4EJ4A 3FI5A 1L60A 3F8VA 1L69A 4I7RA 2IGCA 186LA 1LYGA 1L09A 150LA 3DN3A 139LA 4I7SA 252LA 1L00A 1L80A 149LA 1KY0A 218LA 1PQKA 169LA 4ARMB 1L81A 1L11A 145LA 1CV5A 1L37A 1D3MA 201LA 4DKLA 4EXMA 209LA 228LA 254LA 4EKQA 1L98A 4W54A 173LA 198LA 1L27A 152LA 127LA 1DYDA 2NTGA 1L92A 2HUMA 2B73A 1L24A 1LYFA 1L86A 1QTCA 1L08A 1SWZA 2B6YA 1C68A 3ODUA 3L64A 1L50A 1L74A 181LA 7LZMA 180LA 1L64A 2B6WA 3DKEX 1T8GA 3RUNA 172LA 1T8AA 1P64A 1CX7A 4GRVA 4ZPUA 1L89A 1P2RA 1OV5A 2B6ZA 4I7PA 3HH5A 4IAPA 2RB0X 1D3FA 1P7SA 178LA 1QSBA 3C7ZA 1LPYA 2HUKA 2NTHA 1L96A 230LA 3HT7A 3PDSA 2RBPA 3DN1A 1LGXA 4S0WA 1C6PA 1L97A 1QT7A 184LA 110LA 1XEPA 3SB8A 1QUGA 3GUKA 1L14A 3HWLA 119LA 129LA 3CDVA 1T6HA 1L59A 1CTWA 1L13A 4EKRA 3C8QA 2OEAX 221LA 1C6QA 4I7QA 164LA 1L35A 2RAYX 3CDTA 104LA 4DJHA 1SX2A 3FADA 1L75A 1G0JA 1CU0A 1G0LA 109LA 256LA 3C8RA 1CU3A 4W55A 1L67A 3SB5A 170LA 1L73A 3HTGA 1L54A 3NYAA 1LI2A 250LA 1JTNA 1QTDA 175LA 2B72A 1SSWA 1C61A 112LA 1DYEA 2OU8A 1KNIA 1P56A 4ARLA 1G0QA 1L0KA 232LA 4GBRB 1L19A 2RBOA 1CV3A 1B6IA 1L66A 240LA 3CDRA 3V2YA 158LA 1G1VA 125LA 3SB7A 3VW7A 2A4TA 1L15A 262LA 2OTYX 1ZYTA 3HDFA 160LA 143LA 3DN0A 3DMZA 1DYAA 257LA 131LA 156LA 3UONA 3DMXA 1SX7A 1PQJA 1C6LA 1C65A 1C6KA 216LA 1QT8A 3GULA 3HH6A 3NY9A 4YXAC 1L17A 246LA 2CUUA 1L02A 4ARPA 185LA 4EKPA 3G3VA 107LA 1CU6A 2OE9X 1LGWA 1WTHA 1QT3A 4YXCA 1L68A 3HUAA 171LA 3GUMA 4E97A 1CV0A 1D2YA 1PQOA 1L06A 2ANVA 1L88A 168LA 182LA 1QUHA 4I7OA 4ARMA 2B7XA 1CV1A 1L61A 196LA 243LA 1L99A 1L84A 244LA 138LA 1L46A 2RB2X 1L01A 1QTHA 4EKSA 247LA 1L49A 1C6NA 1T8FA 260LA 2B70A 1G06A 1TLAA 222LA 1L05A 2RBQA 1L63A 2B74A 5I14A 1C6BA 1L71A 223LA 4K5YA 4ARQB 1L48A 4I7TA 191LA 1QTVA 248LA 3GUOA 236LA 1L21A 3DNAA 3HT6A 137LA 2LC9A 242LA 2OU9A 1L30A 1LYJA 108LA 1C69A 1L10A 102LA 195LA 1P37A 1L62A 2ANXA 1PQIA 1LLHA 4W59A 1KW5A 1L70A 2B6TA 3C81A 1LWGA 1D3JA 1L79A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YDGA 3AW6A 5FDJA 255LA 3HTFA 1L16A 3LZMA 1REXA 3GUJA 1HEQA 2MEBA 2FBDA 5LXWA 1C6GA 1B7QA 2VB1A 1LJHA 4NGZA 2XTHA 3A34A 1LYEA 3G3WA 1AT6A 1GFAA 1LYOA 5KXTA 2LYOA 4DD2A 2HEBA 2YSSC 188LA 4H9EA 1BB6A 2RB1X 1UIBA 4H91A 1D3NA 1G0GA 1NDGC 2DQIY 4I8SA 4LYTA 3RT5X 151LA 1LZEA 1LPIA 1NKHA 3BKHA 1B5ZA 4LT0A 4NHQA 1HELA 4GCFA 4XYYA 1C60A 4KT3A 4WG1A 1JIYA 1GFVA 1BGIA 4IASA 3LYTA 2YBNA 3DN2A 4HJZA 3AGIA 141LA 3CDOA 1GEZA 2LHMA 1AKIA 1B7NA 1YKXX 2F30A 1XGUC 1P5CA 1WQQA 1G07A 1CJ7A 3CDQA 1GF5A 1OVHA 4II8A 2ZILA 1GXXA 1XGTC 2L78A 2RH1A 1C6MA 2LZMA 2OTZX 5HMVA 167LA 1C6TA 1C6IA 5DN5A 3ZVQA 1WQMA 3A94A 4XJBA 1P3NA 1RJCB 2RBSA 5LA8A 4I7NA 2QARC 4NGVA 1T97A 2B75A 2BQDA 1F6RA 2I25L 1OYUA 1GB0A 1K28A 1YANA 1QIOA 1G7IC 183LA 1L39A 2LZ2A 3DN6A 224LA 4MCKA 2NWDX 1CV4A 2AUBA 1IEEA 1WTNA 4GCDA 134LA 1LYYA 1L44A 1L12A 4NSJA 215LA 1LZRA 2OU0X 4W57A 2CWIA 4LYBA 4DAJA 2C8OA 5HMJA 1DI3A 1YAOA 1UACY 4NGJA 1IR9A 2D4KA 1G7MC 2QB0B 4KXIA 1HFYA 3WYHA 3C83A 4P2EA 3HBHA 5KY1A 157LA 1D6QA 1CUQA 1CUPA 1F0WA 4BS7A 1L76A 4LDLA 1VDSA 4RW2A 241LA 1NDMC 1WQRA 259LA 1INUA 1KY1A 4LYMA 4W58A 210LA 1C6HA 1QUDA 3WW5A 3DMVA 3W6BA 8LYZA 2Q0MX 3HUQA 5D5FA 4DD3A 1LSPA 217LA 4W51A 4NHSA 3HT8A 4NG1A 1I6SA 1FN5A 1B7SA 177LA 5B06A 1B5XA 1G1WA 3EBAB 4J7VA 3TXBA 1L04A 1CKCA 3C80A 2MEIA 1QSWA 1IP7A 2D4IA 3AB6A 3B0IA 5KXPA 4OO9A 2MEGA 2BQOA 1VDPA 3D4SA 1LI3A 1QT4A 1GE1A 1CKHA 3FI5A 3QY4A 1L60A 5C6LA 1QTKA 2X0AA 5LVKA 1HSXA 1UIAA 1LOZA 1LHKA 1YL1X 2BQJA 1IY3A 1PQKA 1CJ6A 1JKCA 5KXRA 3WL2A 1L81A 3TMXA 5F81A 1IORA 1UBZA 145LA 4G49A 2HU1A 2YBJA 2HU3A 4EXMA 1JTPL 5DL9A 1IWVA 254LA 173LA 1IVMA 1LSDA 127LA 2NTGA 1L92A 2B73A 3VWOA 4CHXA 1EQEA 1HENA 3ATNA 1QTCA 3M3UA 3CSRA 3P64A 1L50A 3DKEX 4G4HA 1CX7A 4W96A 4ZPUA 4DD1A 1EQ5A 2B6ZA 3TXGA 4I7PA 4DD7A 1P7SA 2G4QA 3C7ZA 1HEPA 1L96A 1LHHA 4S0WA 2HEDA 1GFRA 1OUFA 3TXFA 3HWLA 1YIKA 1OUCA 1L13A 4OWBA 2DQHY 3C8QA 4ETCA 4PGJB 1L35A 3CDTA 104LA 4DJHA 4ETDA 1KXYA 1DZBX 2CGIA 1L67A 3HTGA 3WH1A 1IP4A 1ZV5L 2BLXA 2YBMA 250LA 2F2NA 175LA 5LVIA 1LMTA 1XGRC 1C61A 1JWRA 2OU8A 4TTDA 1OUHA 1WQPA 1LZ5A 4CGEA 1IWWA 3WULA 4DDAA 4QY9A 1GF4A 4M4OA 3SB7A 2A4TA 1LSFA 4H8XA 1B5UA 1DYAA 4FDYA 1XSFA 1SX7A 216LA 4GLVA 4OOOA 1QT8A 1EQ4A 1L17A 5I4YA 1T6VL 1FLWA 4EKPA 2OE9X 2Z2FA 4NSHA 5FCPA 5HQ1A 5J7CA 1UIDA 1VATA 171LA 1D2YA 1OUDA 1PQOA 2ANVA 4GCBA 2CJLA 2HEFA 1DKKA 1GBOA 2BQEA 4O34A 1GB8A 3A6BY 1L46A 1NHEA 1D0MA 1HSWA 4ANRA 1L49A 1GB5A 3W6EA 2I6ZA 3WPKA 2H9KA 4G4CA 222LA 1L05A 3GXKA 4WMGA 1QSAA 1L63A 4DQJA 1C6BA 1L71A 5KKIA 1MELL 1IC7Y 1GF0A 1GBXA 248LA 4U3XB 3DNAA 4XJFA 242LA 2OU9A 108LA 1C69A 1L10A 2D6BA 102LA 5APCA 3TXEA 2ANXA 1PQIA 1LLHA 1T3PA 1L70A 5C6IA 3C81A 2LZTA 1LWGA 4HTQA 1D3JA 2B5ZA 1LJJA 1LZ4A 1D9UA 5L9JA 1PS5A 142LA 1OP9B 1F6SA 155LA 1B7LA 128LA 5ILCA 249LA 4LYOA 1UIEA 3WUNA 3K2RA 1WVVA 194LA 1BWJA 1L90A 1H6MA 3HFMY 4IATA 1LJFA 214LA 1L43A 1C6JA 2F47A 2O4WA 4XJDA 1L38A 1LJ3A 3LYMA 3RU5A 2IHLA 3SBBC 1GFHA 3TMVA 1FKVA 1L95A 1VDQA 2ZYPA 1ZVHL 1H87A 3HBDA 4DC4A 1P46A 2O79A 2Q9EA 4WL6A 2XQOA 1J1XY 1GF6A 3A90A 1C63A 1LMOA 1IY4A 4WLTA 103LA 4TUNA 1OUEA 1DKJA 1UIFA 1L55A 251LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2YDG A;  3AW6 A;  5FDJ A;  255L A;  3HTF A;  1L16 A;  3LZM A;  1REX A;  3GUJ A;  1HEQ A;  2MEB A;  2FBD A;  5LXW A;  1C6G A;  1B7Q A;  2VB1 A;  1LJH A;  4NGZ A;  2XTH A;  3A34 A;  1LYE A;  3G3W A;  1AT6 A;  1GFA A;  1LYO A;  5KXT A;  2LYO A;  4DD2 A;  2HEB A;  2YSS C;  188L A;  4H9E A;  1BB6 A;  2RB1 X;  1UIB A;  4H91 A;  1D3N A;  1G0G A;  1NDG C;  2DQI Y;  4I8S A;  4LYT A;  3RT5 X;  151L A;  1LZE A;  1LPI A;  1NKH A;  3BKH A;  1B5Z A;  4LT0 A;  4NHQ A;  1HEL A;  4GCF A;  4XYY A;  1C60 A;  4KT3 A;  4WG1 A;  1JIY A;  1GFV A;  1BGI A;  4IAS A;  3LYT A;  2YBN A;  3DN2 A;  4HJZ A;  3AGI A;  141L A;  3CDO A;  1GEZ A;  2LHM A;  1AKI A;  1B7N A;  1YKX X;  2F30 A;  1XGU C;  1P5C A;  1WQQ A;  1G07 A;  1CJ7 A;  3CDQ A;  1GF5 A;  1OVH A;  4II8 A;  2ZIL A;  1GXX A;  1XGT C;  2L78 A;  2RH1 A;  1C6M A;  2LZM A;  2OTZ X;  5HMV A;  167L A;  1C6T A;  1C6I A;  5DN5 A;  3ZVQ A;  1WQM A;  3A94 A;  4XJB A;  1P3N A;  1RJC B;  2RBS A;  5LA8 A;  4I7N A;  2QAR C;  4NGV A;  1T97 A;  2B75 A;  2BQD A;  1F6R A;  2I25 L; 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