1SWYA

Use of a halide binding site to bypass the 1000-atom limit to ab initio structure determination
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVAAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRECALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Use of an ion-binding site to bypass the 1000-atom limit to structure determination by direct methods.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1swyA00
196LA 1L91A 3GUNA 4DJHA 1LYJA 195LA 1CV1A 1LW9A 4E97A 1T6HA 1PQJA 236LA 1L31A 3JR6A 257LA 1OVJA 159LA 4W57A 197LA 1C6CA 234LA 4YX7C 252LA 1L56A 1SX2A 1TLAA 155LA 4W56A 1L28A 1L45A 1L08A 1L93A 3HUAA 1C62A 1LGXA 2NTGA 3C8RA 1G0LA 115LA 184LA 1CUQA 3GUJA 3L2XA 1L15A 4EKPA 145LA 3CDOA 1L43A 1LYEA 4I7MA 173LA 219LA 1ZWNA 1XEPA 3PBLA 1PQMA 4I7TA 1G0MA 1QUOA 1L52A 3G3VA 4I7QA 4ARPA 3DN2A 1L51A 4W53A 239LA 1SWYA 1L96A 4I7PA 3DN3A 182LA 1L47A 3HH5A 4EPFA 235LA 1G0QA 2LC9A 1OWYA 1OVHA 1QUGA 1WTHA 170LA 211LA 1CX6A 1LYGA 3DMXA 2OE4X 2OEAX 3DN4A 168LA 1L21A 1SSYA 1QT5A 1D3NA 220LA 186LA 1T97A 1PQIA 1L57A 260LA 2B70A 1OYUA 3F8VA 160LA 1L29A 3OE9A 127LA 216LA 1L16A 1K28A 3PDSA 1L20A 1L66A 2OTYX 4EKSA 1C6HA 261LA 4S0WA 1D3JA 1L84A 1LI2A 1L01A 1L44A 1L64A 3SBBC 1L06A 2OU8A 3V2WA 1JTNA 4YXAC 243LA 1QUHA 3HU9A 7LZMA 3C81A 3OE0A 3RZEA 1P46A 1P36A 1QT6A 1CUPA 172LA 3CDTA 2NTHA 1XJTA 161LA 103LA 1L55A 4LDEA 1L41A 4PJZA 1KW5A 3ODUA 2RAZX 3HT9A 1C6FA 156LA 5I14A 1G0GA 249LA 2RBSA 3FI5A 4GRVA 1LYDA 4EPIA 215LA 4ARMB 1C6QA 4K5YA 169LA 241LA 2RBQA 1L39A 171LA 2B7XA 166LA 1C6MA 104LA 229LA 214LA 1CTWA 2RH1A 1P6YA 4ARQB 188LA 1QSQA 157LA 1D3FA 1CU2A 2RB0X 212LA 1L83A 4ARMA 1L74A 1CU3A 226LA 1DYAA 1L02A 1C65A 1L11A 140LA 178LA 233LA 1B6IA 119LA 1CU6A 190LA 4YXCA 2RB2X 253LA 1D2WA 189LA 4LDLA 142LA 3CDRA 230LA 1KY1A 3HT8A 1QT3A 185LA 1L19A 2OE7X 146LA 3FADA 1QT4A 148LE 4W55A 129LA 1OV5A 3HDFA 113LA 1QS5A 1C6TA 3SB5A 3DNAA 4IAPA 177LA 1L67A 2A4TA 3UONA 1L58A 3VW7A 4LZMA 3HH6A 1L30A 2B75A 1L75A 1LPYA 224LA 1KS3A 1QTHA 1C67A 1G07A 3HTGA 3EMLA 254LA 1P5CA 1LWKA 150LA 1QTBA 143LA 1P3NA 163LA 1EPYA 1G0PA 2LCBA 174LA 3SB7A 217LA 1DYCA 2RAYX 218LA 3GUKA 1QTCA 2B6TA 144LA 2B73A 4ARLA 109LA 120LA 3HTDA 3HUQA 1L69A 2L78A 2HULA 131LA 3SB8A 191LA 1L07A 108LA 138LA 1DYDA 3GULA 3C7YA 1C60A 102LA 3FA0A 1CV5A 1L49A 3C82A 2HUMA 227LA 201LA 4I7KA 1LGWA 1L42A 1LYFA 3QAKA 1OV7A 232LA 1QS9A 1I6SA 3LZMA 2Z6BA 2LZMA 1OVKA 125LA 165LA 3OE8A 1L12A 3G3WA 3GUPA 4DKLA 147LA 3HTFA 1KNIA 1C64A 1D3MA 1L40A 1LYIA 1C6LA 3RUNA 152LA 1C6EA 2OE9X 225LA 1L13A 4ARQA 1C6NA 3DN0A 2O7AA 1L04A 107LA 2CUUA 1L32A 3HTBA 1P7SA 1C66A 1L88A 1T8AA 1L33A 1L0KA 110LA 213LA 3DMVA 1L87A 4ARJA 3HT7A 1C6AA 130LA 1L00A 164LA 4W52A 1L65A 1L89A 1C68A 1C6IA 1G1WA 1L50A 1L76A 1JQUA 3SN6R 2B6YA 167LA 1C6DA 240LA 1L03A 1L90A 149LA 114LA 1L98A 2Q9EA 1L99A 1LGUA 1D9WA 2O79A 4W51A 3L64A 1LI6A 2O4WA 1CV3A 1L72A 1P56A 3C80A 1SX7A 1L92A 228LA 1CV6A 175LA 1D2YA 237LA 1P2RA 3DKEX 176LA 1LWGA 180LA 3HH3A 141LA 1C61A 1KW7A 137LA 3C7ZA 256LA 1OWZA 1T8FA 2Q9DA 4W58A 1C6GA 3SB9A 1CVKA 1L62A 1L71A 248LA 3NY9A 2F2QA 1L86A 128LA 2F47A 5LZMA 1QTDA 1L94A 4I7OA 1QT7A 1QTZA 3K2RA 4AQNA 1L63A 181LA 4W59A 2B6ZA 139LA 1P64A 1G0JA 3NY8A 123LA 1C6KA 1C6PA 1L46A 1JTMA 3HWLA 1L23A 1PQDA 122LA 206LA 1L27A 4I7SA 242LA 2QARC 210LA 2OTZX 111LA 1C6JA 3CDQA 183LA 2RBPA 1DYEA 1L09A 1L37A 4EXMA 262LA 1QUDA 4W54A 1DYBA 1L59A 162LA 2B72A 1QTVA 192LA 4EJ4A 198LA 1L25A 1DYFA 1L81A 3HH4A 3DN8A 1T8GA 2B74A 3HUKA 6LZMA 2F32A 258LA 1L0JA 3G3XA 1L60A 3HU8A 246LA 3DN6A 3OE6A 3C7WA 1QT8A 1C6BA 1L54A 4EKRA 4I7RA 2IGCA 1L36A 3C8SA 221LA 2QB0B 1LI3A 1L26A 1L61A 2RBOA 1L34A 1L05A 1L97A 126LA 1SWZA 4EKQA 4LDOA 1C69A 1QSBA 4GBRB 1C63A 199LA 158LA 3GUOA 4DAJA 251LA 1L80A 3GUIA 2HUKA 4I7LA 1L48A 1L18A 1PQOA 3GUMA 1L38A 187LA 1L24A 231LA 222LA 2ANXA 112LA 1L10A 1KY0A 1G1VA 1L77A 259LA 1L82A 2RBNA 1DYGA 2OU0X 2RB1X 3HDEA 4PK0A 3V2YA 1L70A 1L14A 3NYAA 118LA 1L35A 1XJUA 1CV0A 223LA 3CDVA 2OU9A 1ZYTA 3SB6A 3HT6A 4OO9A 1L73A 1CV4A 1NHBA 1P37A 1ZURA 255LA 3D4SA 1P2LA 1LYHA 2B6WA 247LA 1L95A 1L53A 250LA 1L22A 3C83A 4I7JA 3SBAA 1L17A 151LA 1CU5A 1G0KA 209LA 4I7NA 200LA 1L85A 2RBRA 3C8QA 4ZPUA 244LA 3F9LA 1L68A 3DMZA 1L79A 2ANVA 1CU0A 1CX7A 1PQKA 3DN1A 238LA 1LLHA 1G06A 2B6XA 1SSWA 205LA 245LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TXFA 4DJHA 3LZ2A 1HERA 1GFVA 1LW9A 4E97A 1PQJA 236LA 1L31A 159LA 197LA 1HEOA 4LYOA 1GB5A 1VEDA 1YILA 1TLAA 3AZ4A 4W56A 5KXLA 3RZ4A 4H92A 3K3TA 4W96A 2XTHA 3J6KA 3B72A 5DN4A 2NTGA 1LHJA 3A93A 1VDPA 3ZVQA 4WL6A 1GBXA 2YDGA 4I7MA 1HC0A 1ZWNA 1GF4A 4WLDA 4OWCA 1G0MA 4B4JA 1HEQA 2BQAA 3G3VA 1L52A 3DN2A 5II3A 1YAPA 1SWYA 2HU3A 4DYGA 3FE0A 1G0QA 5APFA 1IY3A 211LA 5B06A 1CX6A 4GCDA 1LYGA 4NGYA 3DN4A 3B0IA 220LA 4TSCA 1BVXA 260LA 5LXWA 2HTXA 2CDSA 4CGEA 3F8VA 1QDRA 4B4EA 1LZRA 4N1EI 2XBRA 1L20A 1L66A 4CFPA 1CKHA 1L44A 4TSBA 5LA5A 1CJ6A 1L64A 5LYTA 1JTNA 3M3UA 1QUHA 3HU9A 7LZMA 1P36A 3A6CY 5KXPA 1LMPA 1QT6A 1J1OY 4II8A 161LA 2MEAA 3ODUA 3ATNA 2RAZX 3HT9A 1C6FA 2HECA 5I14A 2RBSA 3WYHA 1YIKA 2RBQA 1LZ6A 171LA 1C6MA 104LA 1VATA 4WLXA 3AJNA 1UIHA 4WMGA 3CSQA 4LYCA 5KXWA 1G7LC 1CU3A 2BLYA 5APCA 3AGGG 3HBDA 4DD2A 4H9IA 119LA 1CU6A 4WM3A 2EPEA 4NSIA 2RB2X 253LA 4LDLA 1V7SA 1VDTA 1LZ1A 3WW5A 146LA 129LA 4ZIXA 2DQCY 1FDLY 2F4GA 177LA 5KJ9A 2A4TA 3TXDA 3VW7A 1CNSA 3WUAA 4LZMA 1DPWA 3ATOA 1LPYA 224LA 1VDSA 1KS3A 1GF0A 1GBWA 4OW1A 254LA 1QTBA 3WXUA 2FYCA 1GFHA 1XGRC 143LA 5F9XA 1OUFA 2LCBA 4PHIA 2RAYX 4J7VA 4UWVA 1HSXA 1I1ZA 3GUKA 3AB6A 2B6TA 1G7IC 4NGWA 3EXDA 3HUQA 4FDYA 4NWHA 1OQMA 131LA 1IP6A 3QY4A 1XSFA 3TXKA 2D4JA 1LSAA 2BQNA 2HUMA 201LA 1I20A 3QAKA 1HMLA 1REYA 4DD7A 5I4YA 2LZMA 1L12A 3GUPA 2BQKA 1MLCE 3TXGA 147LA 4B0DA 1C64A 2MEHA 1QTEA 1C6LA 4DDBA 1C6EA 4GCEA 1GB6A 1C6NA 3DN0A 4J1BA 1CJ7A 1L04A 3WH1A 5ILCA 1DI3A 1WQPA 1GFGA 4ARJA 3HT7A 130LA 4WO6A 1HNLA 1L89A 5FEKA 1L50A 1AM7A 1C6DA 4DD0A 1TBYA 1L03A 1GHLA 1BB6A 3A6BY 1L90A 4Z41A 1L99A 1LGUA 2O79A 1GBZA 4WG1A 3N9CA 3C80A 1SX7A 1L92A 228LA 175LA 237LA 3LYTA 176LA 1LWGA 180LA 1RE2A 1C61A 256LA 5KXZA 4ZFPA 1OWZA 1FLYA 3W6BA 1JJ0A 1LSFA 2FBDA 4H8ZA 3SB9A 2XJWA 4X3BA 4NGLA 4Z3MA 5FELA 5LZMA 1PS5A 1BWJA 1LZNA 3K2RA 5APDA 1LYSA 1C6KA 4BAPA 1LSYA 122LA 1L27A 5I4XA 3KAMA 1C6JA 4LZTA 1C08C 4NWEA 4XJHA 1IP2A 4W54A 1LSEA 1WTNA 1L59A 1FLUA 1QTVA 1GFJA 3ULRA 198LA 3TMXA 2YBNA 3B0OA 3HH4A 1B5VA 1T8GA 2B74A 5F14A 4LFXA 3IJUA 6LZMA 1HMKA 258LA 3G3XA 5IHGA 246LA 1T3PA 1LZYA 133LA 4EKRA 4NGJA 5KKIA 1LMCA 1L36A 3C8SA 221LA 1LZTA 1L61A 1JSFA 4DD1A 1GWDA 1QSBA 1C63A 4HPEA 199LA 3GUOA 4DAJA 3GUIA 1JTTL 1L48A 3A91A 2W1XA 1PQOA 4N9RA 2G4QA 1L24A 1GBOA 5IDDA 1KY0A 2YVBA 3AGHA 4BAFA 3LYZA 2DQJY 1DYGA 4J1AA 4OWBA 3LZTA 3W6FA 1P2CC 2F4AA 1L35A 9LYZA 2X0AA 1LZGA 1LMNA 1ZYTA 3SB6A 1NHBA 2Z39A 255LA 3D4SA 3CT1A 4XN6A 5F9UA 3M18B 1L17A 151LA 3IJVA 1LSDA 3C8QA 4ZPUA 2CGIA 1UIEA 4YF2A 2ANVA 4LT2A 1PQKA 4WO9A 5B59A 2MEDA 1LYYA 1LSCA 1TCYA 205LA 1L91A 4G4BA 3WMKA 5FDJA 1IWZA 1LYJA 1GF3A 2BLXA 1YAOA 4W57A 234LA 4YX7C 4IASA 3AZ7A 1B5XA 1T6VL 2C8OA 5L9JA 5KXOA 1UIFA 4HTKA 1LGXA 1G0LA 115LA 1C10A 1CUQA 1UACY 1GFTA 1GAYA 2Z2EA 1L43A 4M6DA 5I5QA 1PQMA 1UCOA 1GXXA 5HMVA 4GCBA 1D6QA 5AMYA 1LSBA 1LZ8A 5KXSA 4KPMA 3EO5A 235LA 1WTHA 1VDQA 1B7OA 2DQGY 6LYZA 3N9EA 4L41A 1B5UA 168LA 1D3NA 2GV0A 4BADA 2ZQ3A 5I4WA 4DT3A 4NHQA 1RCMA 160LA 127LA 4NSGA 1K28A 2OTYX 4EKSA 1BB7A 2HEFA 1L84A 1L01A 4ANRA 1L06A 2OU8A 3BKHA 1WQRA 1BB3A 4NHTA 1GPQC 4DD9A 1GB8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3TXF A;  4DJH A;  3LZ2 A;  1HER A;  1GFV A;  1LW9 A;  4E97 A;  1PQJ A;  236L A;  1L31 A;  159L A;  197L A;  1HEO A;  4LYO A;  1GB5 A;  1VED A;  1YIL A;  1TLA A;  3AZ4 A;  4W56 A;  5KXL A;  3RZ4 A;  4H92 A;  3K3T A;  4W96 A;  2XTH A;  3J6K A;  3B72 A;  5DN4 A;  2NTG A;  1LHJ A;  3A93 A;  1VDP A;  3ZVQ A;  4WL6 A;  1GBX A;  2YDG A;  4I7M A;  1HC0 A;  1ZWN A;  1GF4 A;  4WLD A;  4OWC A;  1G0M A;  4B4J A;  1HEQ A;  2BQA A;  3G3V A;  1L52 A;  3DN2 A;  5II3 A;  1YAP A;  1SWY A;  2HU3 A;  4DYG A;  3FE0 A;  1G0Q A;  5APF A;  1IY3 A;  211L A;  5B06 A;  1CX6 A;  4GCD A;  1LYG A;  4NGY A;  3DN4 A;  3B0I A;  220L A;  4TSC A;  1BVX A;  260L A;  5LXW A;  2HTX A;  2CDS A;  4CGE A;  3F8V A;  1QDR A;  4B4E A;  1LZR A;  4N1E I;  2XBR A;  1L20 A;  1L66 A;  4CFP A;  1CKH A;  1L44 A;  4TSB A;  5LA5 A;  1CJ6 A;  1L64 A;  5LYT A;  1JTN A;  3M3U A;  1QUH A;  3HU9 A;  7LZM A;  1P36 A;  3A6C Y;  5KXP A;  1LMP A;  1QT6 A;  1J1O Y;  4II8 A;  161L A;  2MEA A;  3ODU A;  3ATN A;  2RAZ X;  3HT9 A;  1C6F A;  2HEC A;  5I14 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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