1SWZA

Use of an ion-binding site to bypass the 1000-atom limit to ab initio structure determination by direct methods
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVAAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRECALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Use of an ion-binding site to bypass the 1000-atom limit to structure determination by direct methods.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1swzA00
2CUUA 2F32A 1QUOA 188LA 1SX7A 2RB1X 1C6EA 2F2QA 3SBBC 1L73A 1PQDA 1L75A 3SN6R 3F8VA 125LA 1WTHA 4EPIA 1L07A 3C80A 1G0QA 115LA 2B74A 5LZMA 1D3NA 1L25A 1L66A 186LA 2QB0B 1C6PA 1LYFA 3CDOA 3CDQA 114LA 1P7SA 228LA 230LA 2RAYX 1L14A 1L35A 3GULA 1LYEA 4I7QA 2OEAX 175LA 215LA 1G1VA 1L90A 259LA 2B7XA 3DN0A 1C6AA 254LA 4I7JA 216LA 189LA 1JTMA 1C6KA 2RB0X 2B6TA 1ZYTA 156LA 1LYJA 212LA 1P2RA 1LI3A 257LA 5I14A 1L51A 102LA 1NHBA 3SB6A 3GUKA 3GUJA 233LA 1QTVA 113LA 126LA 107LA 1L92A 4W51A 3DNAA 4ARMA 111LA 1L45A 198LA 1G0KA 200LA 1L69A 1TLAA 2B6WA 250LA 1C64A 1C62A 1L37A 1XEPA 1C6IA 229LA 2LC9A 1L63A 3HU9A 4LDEA 1L58A 1CVKA 128LA 3C8QA 192LA 2OE7X 1L15A 210LA 1L19A 3RZEA 231LA 149LA 2RBRA 3JR6A 1KNIA 4YX7C 1CU5A 1B6IA 1L85A 1PQMA 183LA 3C7ZA 4E97A 1PQIA 1C65A 2NTHA 190LA 1L61A 4ARJA 1L44A 3DN2A 7LZMA 1LYDA 1L13A 1KY0A 160LA 3V2YA 2IGCA 2F47A 177LA 1CV6A 3OE0A 165LA 1T8GA 4I7NA 1OVJA 4ZPUA 1L54A 176LA 3DN4A 1L52A 1C6CA 1P3NA 1CV3A 1QTHA 3HDEA 3SB8A 1L94A 1LI6A 4IAPA 1PQJA 1C66A 4I7PA 1L77A 4W54A 1L53A 147LA 3HH6A 140LA 1LGWA 123LA 1P36A 4I7MA 1C6NA 205LA 251LA 1T8FA 3QAKA 138LA 1SX2A 3L2XA 1L56A 170LA 1ZWNA 4W58A 1L80A 1L96A 1L27A 1CX6A 1D2YA 2Q9DA 3HTBA 2L78A 120LA 1L67A 1L16A 3FI5A 4GBRB 3C8RA 169LA 2ANXA 221LA 181LA 4EKPA 242LA 151LA 1C60A 1L02A 1L24A 108LA 152LA 261LA 3ODUA 1G0GA 1C6FA 1C68A 173LA 1L08A 184LA 213LA 4I7KA 1XJUA 1LWGA 1D3MA 237LA 137LA 1L12A 1L21A 3SB7A 182LA 1C6QA 1T8AA 1L28A 1L82A 1DYBA 4LDLA 1C63A 1KS3A 2O79A 1LWKA 2RH1A 1C6BA 1DYDA 4W55A 109LA 162LA 1OVKA 248LA 1QT5A 3C7YA 4W59A 1L04A 129LA 1SWZA 2A4TA 2B6ZA 1L23A 1L88A 1L40A 1L06A 1L00A 2OE4X 1G07A 1KW7A 1SWYA 3DMZA 1XJTA 4EKQA 1ZURA 1LGXA 3HT7A 1P56A 3VW7A 1CU3A 2OU0X 145LA 1C6GA 1PQKA 191LA 3RUNA 1L38A 220LA 1L81A 4ARQA 1QS9A 4I7RA 4LZMA 164LA 4PK0A 1JTNA 1L70A 178LA 3PDSA 4OO9A 1L41A 1L86A 1L64A 3HUAA 2RBPA 1L47A 2QARC 127LA 238LA 2B72A 1QT8A 1T6HA 1L01A 1LW9A 201LA 3G3WA 3HDFA 1P64A 3FADA 1CV0A 1QUDA 255LA 4AQNA 1L31A 3CDRA 122LA 167LA 4ARPA 246LA 1JQUA 245LA 187LA 3EMLA 1CU6A 1L0KA 3SB5A 130LA 1L68A 1OV7A 3HT8A 3GUMA 4W57A 4ARMB 158LA 1L20A 3HUKA 1P37A 1QT3A 1OVHA 1OYUA 1I6SA 235LA 3G3VA 104LA 1L57A 1L30A 1L32A 1P5CA 2RBSA 3V2WA 1CUPA 211LA 1D9WA 3HUQA 3HTGA 1DYEA 3L64A 197LA 3C81A 2B73A 1L22A 1G0JA 3C82A 1QUHA 1CV4A 2B6YA 4W56A 226LA 1L55A 1L89A 3DN1A 4S0WA 1LPYA 2OU9A 1CU0A 166LA 1L18A 112LA 1SSWA 2HUKA 1L62A 148LE 2RBQA 214LA 232LA 1LGUA 3UONA 4EXMA 3DN8A 3HH3A 1L46A 119LA 2O7AA 1L76A 225LA 2LZMA 3C83A 3HWLA 1L93A 1P46A 3OE9A 1QT4A 1C6TA 243LA 2NTGA 3OE6A 1L03A 2ANVA 3CDVA 2OE9X 1QT7A 1DYGA 247LA 1QUGA 4W53A 172LA 1OWYA 1SSYA 1LYGA 1KW5A 1L60A 218LA 4YXCA 3HT6A 1DYFA 195LA 1L74A 4DKLA 2OTYX 3FA0A 1CV1A 3CDTA 3HU8A 118LA 206LA 196LA 1EPYA 3SB9A 239LA 3DMXA 2RBNA 1C6JA 199LA 1OV5A 2LCBA 2RAZX 3F9LA 3SBAA 1L72A 1LLHA 1QTZA 3DN3A 4DJHA 1L05A 171LA 1C61A 1K28A 3G3XA 2OU8A 3HT9A 1L91A 241LA 1L71A 1G0LA 180LA 252LA 159LA 4DAJA 1DYAA 3C8SA 141LA 3HTDA 1D2WA 4GRVA 4I7TA 1L10A 1L48A 1L09A 4LDOA 224LA 150LA 1G1WA 163LA 3GUNA 258LA 227LA 1L49A 1P2LA 1CV5A 3GUIA 1QTCA 2RB2X 2OTZX 3D4SA 1L98A 256LA 4I7LA 2B6XA 1QT6A 1PQOA 1LI2A 2B70A 253LA 3GUPA 2HULA 4YXAC 1G0MA 185LA 222LA 1L17A 1L97A 1L39A 1C67A 1L65A 1G06A 1CU2A 157LA 1L99A 3C7WA 1C6HA 1L59A 3OE8A 110LA 1L0JA 1QSBA 223LA 217LA 4EJ4A 144LA 262LA 236LA 1CTWA 4ARQB 1L34A 1L29A 4EKSA 1QTBA 1L84A 4EKRA 139LA 3LZMA 3DN6A 143LA 1G0PA 103LA 131LA 2O4WA 1L33A 4ARLA 1CUQA 249LA 1L26A 4PJZA 1L36A 219LA 3NY8A 3K2RA 209LA 1C6MA 4I7SA 3HTFA 1T97A 1D3JA 2HUMA 1P6YA 4EPFA 6LZMA 155LA 1KY1A 4I7OA 1L87A 1L43A 1CX7A 1C6DA 1L83A 1L42A 2RBOA 168LA 1L50A 1LYHA 1L95A 3HH4A 3PBLA 3GUOA 1OWZA 174LA 1L11A 3HH5A 244LA 4W52A 240LA 3NY9A 3DKEX 3NYAA 146LA 2Z6BA 4K5YA 161LA 1QTDA 1QS5A 3DMVA 2B75A 234LA 1L79A 1C6LA 1LYIA 1DYCA 2Q9EA 1C69A 142LA 260LA 1D3FA 1QSQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CUUA 2F32A 3CT1A 2RB1X 5HQ1A 1GF0A 3SBBC 2BQNA 1C10A 4UWVA 125LA 3CQLA 2MEFA 3C80A 4QGZA 3WMKA 3TXJA 2B74A 1D3NA 3A96A 2XQOA 1GDXA 1L66A 1IWYA 2H9KA 1CJ8A 4LT2A 1GE3A 1LYFA 1LJIA 114LA 1WQOA 3LYMA 1B5XA 1GXXA 1LYEA 2DQDY 4DD2A 4H9CA 3WULA 3QY4A 175LA 4XENA 1LZCA 1L90A 4DD3A 259LA 4A7DA 1VDPA 4LGKA 3DN0A 2F2NA 189LA 1GBXA 1ZYTA 3M18B 1REZA 3WYHA 1V7SA 2BQJA 5I14A 1NHBA 102LA 3GUKA 1QTVA 5KJ9A 4H93A 4W51A 3DNAA 198LA 1G0KA 2MEHA 200LA 2B6WA 1XEPA 1GE1A 4H9IA 1RFPA 4OWBA 4AXTA 1G7JC 2EQLA 2HEFA 4ET9A 210LA 4XJBA 149LA 4YENA 1KNIA 1T6VL 1GWDA 1B6IA 1GFVA 2PC2A 4I0CA 1LJKA 1PQIA 1L61A 4NSJA 1NDGC 7LZMA 1FN5A 1GFAA 2BQIA 160LA 3V2YA 1LJNA 4I7NA 1BB6A 1L54A 1UIEA 1L52A 1QTHA 3HDEA 4IAPA 3WVXA 4I7PA 2Y8PA 4W54A 1XGPC 3VWOA 1H6MA 1IY4A 4I7MA 5F9XA 251LA 1UIHA 3WU8A 1TCYA 3L2XA 1LAAA 3WXUA 4XJGA 1D2YA 3HTBA 1CKHA 4B0DA 5IELA 1DKKA 1L16A 4OWHA 3TMVA 135LA 1UIGA 242LA 151LA 1C60A 5KXWA 1L24A 4B4EA 1C68A 1XFPL 2G4NA 3ULRA 3AB6A 1HERA 5KXOA 3W6EA 1BB3A 1VAUA 1C6QA 1L28A 4LDLA 3N9CA 1C63A 4OOOA 1KS3A 1C6BA 4W55A 3FI7A 109LA 1OVKA 3C7YA 2IHLA 4W59A 1QSWA 129LA 1T3PA 2B6ZA 4CFOA 1LKSA 1GFGA 4RDSA 2OE4X 1G07A 2LZTA 1G7HC 1ZURA 1JHLA 3VW7A 2ZQ3A 4WMGA 5F81A 145LA 1C6GA 4DC4A 1LZ4A 1L38A 2MEEA 220LA 3W6CA 4XADA 4I7RA 1J1XY 4X3BA 3FE0A 1HEPA 3CT5A 1VDTA 2NWDX 4P2EA 4RLNA 1L86A 1NHEA 1L64A 4QY9A 2RBPA 2QARC 2MEGA 2B72A 1P2CC 5LIOA 1L01A 1LW9A 3G3WA 4HJYA 1B7NA 1XGTC 4H92A 1GFEA 1GB3A 3CSQA 1LMAA 5I4XA 3EXDA 1L31A 2ZNWY 4M6DA 1FKVA 1UA6Y 122LA 4ARPA 246LA 245LA 1LSYA 2Z12A 1L0KA 2I6ZA 1OUFA 3SB5A 130LA 1LZ1A 1FLQA 4LYZA 3QE8A 2BPUA 5KXZA 158LA 1L20A 1QT3A 1GF8A 4TSBA 1GE4A 134LA 1CKGA 1FKQA 235LA 1CUPA 3TMWA 1RCMA 3HUQA 197LA 1JSFA 4H9HA 1IWWA 3EBAB 4PGJB 3P65A 3C82A 4HV2A 4IJ4A 1GFHA 1L89A 1LTMA 4M4OA 166LA 1L18A 5L3IA 1UUZC 2RBQA 3AZ5A 4KT3A 232LA 1LGUA 1OUGA 3DN8A 3HH3A 1L46A 5I5QA 2O7AA 3CT0A 1CJ6A 3ATOA 1P46A 1OUCA 243LA 2ANVA 1QT7A 4XN6A 1D0MA 172LA 1OWYA 2BQGA 4DYGA 1B9OA 1GF7A 195LA 4DKLA 3FA0A 5F16A 1YAPA 3F6ZA 3AW6A 1PS5A 1D6PA 3A6CY 3HU8A 4RW1A 2YSSC 4TTDA 1KXWA 239LA 4B49A 4DD9A 1OV5A 2RAZX 3SBAA 1LSZA 3A90A 4KL7A 1HSXA 171LA 1K28A 1OUAA 1IWXA 1L71A 1HFZA 180LA 4HJVA 4DD0A 1DYAA 3C8SA 4NFVA 4LDOA 1L09A 5KXPA 1HENA 1B0DA 163LA 1L49A 3W6DA 4GN5C 2IFFY 2RB2X 1GB6A 3TXIA 4I7LA 1CNSA 1LI2A 4EOFA 3CSRA 2YBJA 185LA 222LA 1L17A 1JJ3A 1G06A 2W1LA 157LA 1L99A 3OE8A 223LA 1INUA 1HHLA 4L41A 1IVMA 3TXDA 3OJPA 4LT1A 5KXLA 5HMVA 1KXYA 4NGZA 1QTBA 1L84A 4WM4A 139LA 1IOTA 1LZNA 1IR7A 131LA 3CB7A 2I25L 249LA 4PJZA 3NY8A 4ETBA 1QQYA 3HTFA 4GCFA 1P6YA 4XJIA 6LZMA 4G9SA 3A95A 1GAZA 1GF6A 3N9EA 2W1MA 5JENB 5KXYA 1D0LA 1L42A 4HPEA 1LYHA 3HH4A 1JJ0A 5LA8A 133LA 4DD7A 244LA 1JIYA 5J7CA 146LA 4Z46A 2HU3A 161LA 4II8A 1QS5A 3DMVA 194LA 2ZIJA 1YIKA 1IWUA 2D4IA 1L79A 1QTEA 1LYIA 2Q9EA 1C69A 2FBDA 2CJLA 1NBYC 2AUBA 1N4FA 1L75A 3SN6R 5HLLA 1B2KA 115LA 4NGYA 3TXGA 2ZWBA 1BVKC 1ALCA 3CDOA 5L9JA 1JKAA 1F10A 3RW8A 1UACY 228LA 230LA 1L14A 1G1VA 1VFBC 4TSCA 4GCDA 4WO9A 254LA 1JTPL 1LSDA 2RB0X 4N9RA 156LA 1LYJA 212LA 4GCEA 154LA 7LYZA 4LZTA 257LA 6LYZA 4PRUA 208LA 126LA 2ZQ4A 4ARMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2CUU A;  2F32 A;  3CT1 A;  2RB1 X;  5HQ1 A;  1GF0 A;  3SBB C;  2BQN A;  1C10 A;  4UWV A;  125L A;  3CQL A;  2MEF A;  3C80 A;  4QGZ A;  3WMK A;  3TXJ A;  2B74 A;  1D3N A;  3A96 A;  2XQO A;  1GDX A;  1L66 A;  1IWY A;  2H9K A;  1CJ8 A;  4LT2 A;  1GE3 A;  1LYF A;  1LJI A;  114L A;  1WQO A;  3LYM A;  1B5X A;  1GXX A;  1LYE A;  2DQD Y;  4DD2 A;  4H9C A;  3WUL A;  3QY4 A;  175L A;  4XEN A;  1LZC A;  1L90 A;  4DD3 A;  259L A;  4A7D A;  1VDP A;  4LGK A;  3DN0 A;  2F2N A;  189L A;  1GBX A;  1ZYT A;  3M18 B;  1REZ A;  3WYH A;  1V7S A;  2BQJ A;  5I14 A;  1NHB A;  102L A;  3GUK A;  1QTV A;  5KJ9 A;  4H93 A;  4W51 A;  3DNA A;  198L A;  1G0K A;  2MEH A;  200L A;  2B6W A;  1XEP A;  1GE1 A;  4H9I A;  1RFP A;  4OWB A;  4AXT A;  1G7J C;  2EQL A;  2HEF A;  4ET9 A;  210L A;  4XJB A;  149L A;  4YEN A;  1KNI A;  1T6V L;  1GWD A;  1B6I A;  1GFV A;  2PC2 A;  4I0C A;  1LJK A;  1PQI A;  1L61 A;  4NSJ A;  1NDG C;  7LZM A;  1FN5 A;  1GFA A;  2BQI A;  160L A;  3V2Y A;  1LJN A;  4I7N A;  1BB6 A;  1L54 A;  1UIE A;  1L52 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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