1SX2A

Use of a halide binding site to bypass the 1000-atom limit to structure determination by direct methods
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVAAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRECALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Use of an ion-binding site to bypass the 1000-atom limit to structure determination by direct methods.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 61
structure length 163
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1sx2A00
144LA 1OYUA 3F8VA 4ARMA 1G0QA 103LA 114LA 3SB5A 195LA 2OE7X 1QT4A 1L85A 1L32A 1LLHA 197LA 1L0JA 1CV0A 2OU0X 3HDEA 1L21A 3HTBA 1QTVA 4LDLA 1C63A 1L89A 1DYAA 2RH1A 4DKLA 2OE4X 4LDOA 1D3FA 3LZMA 257LA 145LA 4I7RA 1CV4A 4E97A 3HH3A 155LA 1L33A 1P46A 1L83A 1CU6A 3FA0A 3CDQA 1L92A 1L50A 2B7XA 2RBPA 3C8RA 4EPIA 3GUJA 4IAPA 2B73A 122LA 220LA 1L60A 1C6AA 3DNAA 2RB1X 150LA 3HUKA 3CDOA 1L47A 1LYIA 1T8GA 168LA 2RBQA 1LW9A 4I7LA 3DN2A 1L87A 185LA 176LA 159LA 1OVKA 209LA 3VW7A 3GUIA 130LA 1LYFA 1L93A 1LGXA 1L37A 3HT8A 119LA 1SSWA 1L29A 228LA 2NTHA 4EPFA 4ARQA 1C6CA 7LZMA 1L27A 3OE9A 115LA 1C61A 1L96A 3PBLA 184LA 186LA 2Q9DA 3L2XA 192LA 237LA 1T6HA 1EPYA 4YXCA 2B6XA 3EMLA 1G0LA 1G07A 187LA 160LA 1QSQA 2RAZX 245LA 198LA 260LA 165LA 152LA 1SX7A 1LYDA 226LA 1L98A 1L99A 236LA 262LA 4W58A 1C60A 4EKQA 1NHBA 182LA 249LA 173LA 259LA 4S0WA 1OV5A 3SB9A 2LCBA 1L55A 1G1VA 4I7QA 4LDEA 1CU0A 1L76A 2RB2X 4YXAC 3GUNA 4W51A 1L52A 1C69A 1P2RA 1C6HA 4W55A 1L44A 3C8QA 1L43A 4I7SA 4ARQB 244LA 2RAYX 1KY0A 1DYGA 217LA 1LYEA 1C66A 1KW7A 1PQDA 143LA 2B74A 157LA 1ZURA 196LA 1L31A 110LA 3L64A 1LWKA 1L57A 1P36A 3SB6A 3DN6A 242LA 4I7OA 2L78A 1G0MA 1SWYA 1CUQA 4DJHA 4OO9A 3GUKA 1QUHA 253LA 109LA 235LA 3DN0A 1L64A 1L53A 4W53A 1JTMA 1KS3A 1C6FA 1L01A 177LA 1L26A 1KNIA 1CV6A 174LA 3HU8A 1C67A 2QB0B 1L39A 169LA 1C65A 166LA 1D2YA 239LA 1G06A 1L35A 1L05A 1L14A 1L58A 3NY8A 2Z6BA 3HH5A 1OV7A 1C6BA 190LA 1C68A 118LA 108LA 238LA 140LA 3DKEX 1QT3A 221LA 1L88A 255LA 1L38A 1L07A 1C64A 1L71A 3PDSA 218LA 224LA 171LA 2OEAX 1QTDA 1L18A 123LA 3FI5A 1LI6A 1P6YA 3HWLA 1QT6A 1L48A 1LI3A 3SB7A 4ARMB 4W56A 3HTFA 3SB8A 2B6YA 2RBRA 1QTHA 1L06A 1L66A 4EKRA 178LA 1XJTA 126LA 1QUDA 1L86A 1L36A 222LA 3HDFA 4W52A 1L40A 1ZYTA 1LYJA 1LGUA 1L63A 1QTBA 4I7NA 215LA 1CTWA 146LA 1L23A 1L70A 1L62A 1L41A 2B6TA 1DYBA 102LA 1L02A 2B72A 1PQKA 1P64A 1DYEA 1L59A 1D9WA 1L09A 1L77A 1T8FA 3C7WA 1L95A 223LA 1L17A 2B75A 1C6GA 107LA 2B6WA 1QTZA 1OWZA 4PJZA 131LA 1QUGA 1SSYA 3DMZA 1L45A 3GUPA 240LA 205LA 149LA 1L15A 4I7JA 1PQMA 1K28A 3OE6A 2HUKA 3F9LA 3G3XA 2NTGA 1LPYA 2O79A 1DYFA 210LA 3DMVA 254LA 3HT7A 3HH4A 232LA 1L11A 4I7PA 4ZPUA 3HH6A 3FADA 141LA 1D2WA 4K5YA 104LA 1L97A 3NYAA 1L81A 1QUOA 2O7AA 2RBSA 1L04A 3OE0A 2RBNA 3C80A 4I7TA 1JQUA 191LA 3UONA 4EKPA 4PK0A 1CU2A 1L72A 1D3MA 1L80A 1XEPA 229LA 3CDVA 4ARPA 4W59A 4ARJA 1CVKA 1QSBA 1KW5A 212LA 127LA 138LA 1L12A 1C6DA 247LA 3C81A 3DN1A 2OTZX 248LA 3SBBC 1L46A 3D4SA 111LA 1L08A 241LA 1JTNA 1T8AA 1WTHA 2A4TA 3C7ZA 230LA 1L90A 2LC9A 2Q9EA 3GULA 200LA 1CV1A 142LA 1L30A 120LA 234LA 4AQNA 231LA 3SBAA 1L19A 3HUQA 1DYDA 1C6TA 1L82A 2LZMA 1C6IA 258LA 148LE 2B70A 1L49A 147LA 4GRVA 1D3NA 125LA 252LA 1P37A 151LA 2F2QA 1DYCA 1LI2A 243LA 1OWYA 3C7YA 3GUOA 3HT6A 1L67A 1C6NA 1CUPA 1P56A 211LA 3HTDA 1KY1A 2F47A 3HT9A 2ANXA 4EJ4A 2OTYX 1XJUA 1I6SA 180LA 1OVHA 1QT8A 1L16A 1C62A 246LA 1L65A 1ZWNA 2HUMA 1L51A 3HUAA 1QS5A 1C6KA 1PQIA 3HU9A 1L0KA 1L75A 1QTCA 1CU5A 1SWZA 1L34A 1QS9A 1G0JA 3QAKA 1L73A 1L56A 1L69A 1P3NA 3DN8A 1G0GA 4W54A 128LA 164LA 3SN6R 1L20A 251LA 1LGWA 170LA 233LA 2ANVA 1B6IA 4I7KA 1L24A 1L42A 4EXMA 1PQJA 4EKSA 4ARLA 1D3JA 3C8SA 2RBOA 183LA 1L25A 1L74A 6LZMA 227LA 4W57A 158LA 2OU9A 3C83A 1C6EA 1L22A 1P7SA 1TLAA 2CUUA 2RB0X 4YX7C 1C6PA 3DN3A 162LA 3RUNA 213LA 4LZMA 5I14A 3G3WA 1CX6A 172LA 199LA 1L00A 1L84A 1PQOA 2IGCA 167LA 1L10A 2O4WA 1C6MA 1L54A 1L13A 1G0PA 1L03A 1LWGA 1C6QA 3V2YA 3DN4A 112LA 225LA 1G1WA 189LA 1L79A 161LA 214LA 1L61A 1L94A 1QT5A 2OE9X 1LYGA 188LA 4I7MA 3K2RA 3G3VA 3NY9A 4DAJA 3DMXA 156LA 1OVJA 1L28A 1QT7A 139LA 3ODUA 3RZEA 1C6LA 216LA 3OE8A 175LA 3GUMA 137LA 181LA 261LA 206LA 250LA 1L91A 3C82A 1L68A 1SX2A 3CDRA 5LZMA 3CDTA 2F32A 2B6ZA 1G0KA 1P5CA 1T97A 256LA 129LA 1CU3A 1P2LA 3HTGA 1CV3A 1C6JA 2QARC 3V2WA 1CX7A 163LA 2OU8A 3JR6A 219LA 1LYHA 201LA 4GBRB 113LA 2HULA 1CV5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZNWY 4OOTA 3SP3A 4HTKA 195LA 1HHLA 1LLHA 4I0CA 1FDLY 1NDGC 3HTBA 4LDLA 3W6CA 1HERA 2RH1A 5B1FA 4DKLA 3LZMA 145LA 1BVXA 3W6DA 2DQDY 3CQLA 1LHJA 3HH3A 4XJGA 1P46A 1C10A 2XTHA 4NG1A 2B7XA 5KKJA 5IELA 220LA 2DQIY 150LA 1LJGA 1L47A 2RBQA 5KY1A 1LW9A 1VDSA 3DN2A 2Y8PA 2HEBA 2H9JA 176LA 159LA 3VW7A 209LA 130LA 1L37A 1ZV5L 1SSWA 228LA 1LZCA 4MCKA 5LVJA 1C61A 3PBLA 4NSJA 3L2XA 4DYGA 1QQYA 4XN6A 1LMCA 3EMLA 3AW7A 187LA 1UIGA 198LA 245LA 1DXJA 260LA 1SX7A 1QUSA 5KXLA 3CT0A 2YBNA 1L99A 262LA 2F4AA 4W58A 1BB3A 1WQRA 3AZ6A 4EKQA 2GV0A 182LA 249LA 173LA 1OV5A 5C6IA 1LZ5A 1KIQC 1L55A 1GXV2 4LDEA 1L76A 2YBLA 3ULRA 2XQOA 2RB2X 3GUNA 4DC4A 1L44A 4ET9A 1KY0A 4GCCA 1C66A 5KXSA 3T6UA 1L31A 4WOAA 4MR1A 1P36A 1NKHA 3DN6A 1FLUA 4TSBA 5APEA 2L78A 1QIOA 1G0MA 1KIRC 4NGWA 3AGGG 1SWYA 4G4CA 1GF4A 3GUKA 3DN0A 1L53A 4WLDA 1C6FA 1JJ3A 1LMPA 1KNIA 1CV6A 1BB7A 1REMA 4LYOA 1C67A 4QY9A 2BQDA 3D9AC 4NHTA 1B5ZA 1UUZC 1CJ8A 1LPIA 1KXWA 3P66A 1LZBA 1UCOA 1L05A 1L14A 2MEIA 1GB5A 3NY8A 2Z6BA 3HH5A 1V7SA 221LA 1ZMYL 1JSFA 1HFYA 1LMOA 3AZ7A 1C64A 1JISA 3ZVQA 171LA 1CKDA 4M4OA 5KKIA 1JITA 4HV1A 2BQHA 2C8PA 3N9AA 5M1YA 1LJEA 3G3BB 3E3DA 4YEOA 4ARMB 2I26L 1LJFA 4W56A 3SB8A 3WH1A 4B4IA 178LA 2YVBA 2EQLA 1L36A 1XSFA 3HDFA 4QEQA 132LA 1IP5A 3WXUA 1LYJA 4G49A 1QTBA 1GE2A 1L23A 1RCMA 1L70A 1L62A 4WM3A 3TMUA 1IIZA 1DYEA 1LZNA 133LA 1T8FA 1B5WA 1B9OA 1DI5A 1JIYA 1REXA 4WG7A 4NWEA 2Z38A 1C6GA 1QUGA 1SSYA 2Z39A 4WLXA 4TWSA 2DQEY 1L45A 1LSBA 1EL1A 1F6RA 1BVKC 1JEFA 2RSCA 3IWRA 4I7JA 1OUCA 1JTPL 1K28A 4OWAA 5DL9A 5AMYA 2NTGA 1LPYA 3A67Y 3HT7A 2EPEA 3HBDA 232LA 1B7MA 1L11A 4OWBA 4KXIA 1D2WA 3TXEA 1HSWA 1XGTC 3QY4A 1QSWA 1GWDA 1WQMA 4LYCA 191LA 2BQKA 2BLXA 5L3IA 1GF7A 5J7CA 1N4FA 2ZQ3A 4AGAA 4UWUA 138LA 1J1OY 247LA 1OP9B 3DN1A 2OTZX 4WM1A 241LA 3EMSA 5F14A 2BQJA 1WQPA 4LYTA 1UIAA 4NY5A 5L3HA 4RLNA 1VFBC 2LZTA 142LA 1TEWA 4AQNA 234LA 231LA 1LZ9A 3SBAA 2W1LA 3HUQA 3TMVA 2LZMA 1C6IA 258LA 148LE 1A2YC 1I1ZA 1L49A 1LKSA 1YKYX 1D3NA 2Z2FA 1OWYA 4NWHA 3HT6A 1AZFA 4LYMA 4OW1A 1CUPA 1PS5A 1P56A 3HT9A 2ANXA 5T3FA 1W6ZA 4GCBA 1LSFA 4XADA 1CU5A 1G7HC 4WO9A 2HU1A 1F0WA 1P3NA 2FYCA 1G0GA 3SN6R 1DZBX 251LA 1GE4A 1YANA 1TDYA 4NSIA 1D3JA 3AW6A 3C8SA 3A94A 1XGRC 1L25A 1L74A 1J1XY 1HSXA 158LA 4W57A 1C6EA 1TLAA 2RB0X 1C6PA 3LN2A 2BQNA 4LZMA 3G3WA 194LA 5B05A 1L84A 2HU3A 1RFPA 1JTOL 1C6MA 1IWZA 1G0PA 3J4GA 1LZAA 1LHIA 4WMGA 1GHLA 1L61A 1LYGA 1HENA 4I7MA 3K2RA 3G3VA 4DAJA 3A90A 1F6SA 1B7SA 2C8OA 1C6LA 4J1AA 3OE8A 4YF2A 3A93A 137LA 3C82A 4WL6A 2F32A 1H6MA 4BADA 1G0KA 1LCNA 2D4KA 4EOFA 1GAYA 3RW8A 4B4EA 129LA 2MEAA 1YL1X 5I5QA 4G4HA 3F6ZA 163LA 1H87A 4G9SA 219LA 5DLAA 1GF9A 4GBRB 2HULA 4FDYA 1CV5A 144LA 4H9AA 1G0QA 103LA 5F81A 5LAFA 3SB5A 2OE7X 2FBDA 1L0JA 1GBWA 2OU0X 1L21A 4E3UA 1LZ6A 4GCFA 1DYAA 2PC2A 2HTXA 4LDOA 1AT6A 1D3FA 4I7RA 1CV4A 4E97A 155LA 4LT3A 1CU6A 3FA0A 4W94A 2HECA 2RBPA 2Z19A 1IR8A 3C8RA 4IAPA 1GBZA 2N5ZA 4YENA 1LYIA 4LFXA 4D9ZA 4RLMA 1CJ7A 3WPJA 1TAYA 1OVKA 1GF8A 3GUIA 1L93A 1LGXA 2BQIA 3HT8A 1GB2A 1L29A 1MLCE 1C6CA 2DKVA 4H92A 3OE9A 1L96A 1G7IC 184LA 1G7MC 1D0MA 2Q9DA 5ILCA 1IWWA 1EPYA 1G0LA 160LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2ZNW Y;  4OOT A;  3SP3 A;  4HTK A;  195L A;  1HHL A;  1LLH A;  4I0C A;  1FDL Y;  1NDG C;  3HTB A;  4LDL A;  3W6C A;  1HER A;  2RH1 A;  5B1F A;  4DKL A;  3LZM A;  145L A;  1BVX A;  3W6D A;  2DQD Y;  3CQL A;  1LHJ A;  3HH3 A;  4XJG A;  1P46 A;  1C10 A;  2XTH A;  4NG1 A;  2B7X A;  5KKJ A;  5IEL A;  220L A;  2DQI Y;  150L A;  1LJG A;  1L47 A;  2RBQ A;  5KY1 A;  1LW9 A;  1VDS A;  3DN2 A;  2Y8P A;  2HEB A;  2H9J A;  176L A;  159L A;  3VW7 A;  209L A;  130L A;  1L37 A;  1ZV5 L;  1SSW A;  228L A;  1LZC A;  4MCK A;  5LVJ A;  1C61 A;  3PBL A;  4NSJ A;  3L2X A;  4DYG A;  1QQY A;  4XN6 A;  1LMC A;  3EML A;  3AW7 A;  187L A;  1UIG A;  198L A;  245L A;  1DXJ A;  260L A;  1SX7 A;  1QUS A;  5KXL A;  3CT0 A;  2YBN A;  1L99 A;  262L A;  2F4A A;  4W58 A;  1BB3 A;  1WQR A;  3AZ6 A;  4EKQ A;  2GV0 A;  182L A;  249L A;  173L A;  1OV5 A;  5C6I A;  1LZ5 A;  1KIQ C;  1L55 A;  1GXV 2;  4LDE A;  1L76 A;  2YBL A;  3ULR A;  2XQO A;  2RB2 X;  3GUN A;  4DC4 A;  1L44 A;  4ET9 A;  1KY0 A;  4GCC A;  1C66 A;  5KXS A;  3T6U A; 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