1T0KA

Joint x-ray and nmr refinement of yeast l30e-mrna complex
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
GKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
molecule keywords 5'-R(*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*CP*C)-3'
publication title Joint X-Ray and NMR Refinement of the Yeast L30e-mRNA Complex
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 104
structure length 365
sequence length 365
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1t0kA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1t0kA01
4YU0A 5H8HB 4ONYA 3H6WA 1IXCA 3G3KA 5FHOA 2Z8DA 2WKYA 1TWYA 1B7ZA 1ZU0A 3RUMA 3THIA 2HFBA 5ICQA 3V83A 2F8DA 3PUZE 5DT6A 1LCFA 2E1SA 5AE4A 1MXYA 4AB5A 4RA1A 4F3BA 5AA4A 4E0XA 3M3KA 2O7IA 2LAOA 4X9TA 3IOWA 3FATA 3KN7A 4PFYA 1MQIA 5TPAA 2XXTA 2H4IA 4LA9A 4KHZE 2Z22A 4F1VA 3T9UA 1M5DA 5BUUA 5CMBA 3BFTA 5L9OA 1MPDA 3I5OA 3SEVA 2OWSA 2V3UA 1MY2A 4M4GA 4LZ8A 5CMKA 1VFDA 5EHSA 2H99A 4RPOA 5H8NA 3HHGA 1RYOA 4DE8A 4RYAA 4Q30B 1US5A 3IB2A 3M8UA 3PPPA 2H98A 3PPRA 3N5LA 1R6ZA 1I6QA 3CSGA 3ZSFA 3QXMA 4F1YA 1QUJA 4ECFA 4F29A 4G8NA 4QFOA 1XVYA 3QAXA 1QUIA 3TELA 4OENA 3G7WA 1USYH 5ICTA 4GFRA 2DOJA 4OVJA 4QRZA 4NF4B 3H6UA 2B65A 1L5TA 3IORA 4F2QA 2B3FA 3E9XA 1FTMA 4IY6A 3KBRA 5CC2A 1Y1ZA 4HS7A 3T96B 4KCCA 3PUVE 4QFNA 2ZNSA 4NF5B 5I84A 1M5CA 2UVJA 2HAVA 5L9SA 1B5JA 1RKMA 3PUYE 5KCJA 3KSXA 4R6KA 3T9HB 1I6BA 1R9QA 2XHDA 3HPIA 3SEUA 1B6HA 4OQOA 4F3SA 4JWOA 4GD5A 3JV9A 1B2HA 2XX8A 2GFEA 3TCHA 3A3UA 1LCTA 3ONMA 4YMAA 3C36A 4JDFA 4G68A 3T22A 1B05A 4RK9A 4ELQA 5I57B 3S4UA 1EZ9A 1SW2A 2Y7RA 3FVOA 5AA3A 5JK4A 3M3LA 4RY1A 3EN3A 3SDFA 5AA2D 1TFDA 4G77A 1B4ZA 3A09A 3OXNA 3IR1A 4F31B 4H67A 4DLDA 2QSXA 3MVWA 4NEDA 4M1VA 1LLSA 3R7XA 1H3DA 4OETA 4KYDA 1LFIA 5I59B 3SEXA 3IL1B 4H1XA 1OLCA 2Q8JA 1A8FA 1Q35A 4ZEIA 1OVBA 4H65A 1PB8A 1IXHA 2XXUA 2Y84A 4X1BA 2UVGA 2DVCA 1IUDA 1D4NA 2PYYA 4LQ5A 1M5BA 4Z7EA 3PV0E 4MF3A 3IO4A 1N3XA 2XXXA 4JWYA 4YB7A 1OMPA 2F7BA 5H8FB 1DPPA 2DE3A 1PBPA 3G3HA 4TQUQ 1JQFA 3H3GA 4G8HA 3V89B 1B32A 3BKIB 4IO4A 3TTMA 1Y3PA 5A5XB 2GH9A 1FQDA 3KN3A 4U21A 2NWJA 4IGTA 1R9LA 1B1HA 4KQPA 1TXFA 2RF1A 1EZOA 1N84A 2F34A 3MPLA 1DMBA 1NNTA 1FTKA 1I6AA 5AA4B 2P0SA 4JB7A 3G3JA 4ZE9A 3OSRA 4OYVA 4PFTA 4EXLA 4H5FA 3USDA 2I48A 3Q28A 1DTGA 1MXZA 2AL5A 4LVQA 1WVJA 3R26A 3KEIA 4TLMB 1BIYA 3TTKA 1B5HA 4AQ4A 3EHUA 3IK6B 1YCJA 5I56A 4IB2A 5I2KB 1SBPA 3VFJA 3HCQA 4NF4A 3MJNA 4BDLA 1B3HA 3LSWA 1M5EA 3C32A 2AYSA 4QSEA 3O28A 3MP6A 3VVFA 2RC7A 1XT8A 2W7YA 1MPBA 3KJ7A 2V93A 1MRPA 5F7VA 4RXLA 1P1NA 2XX9A 1MQGA 4U4SA 1GTKA 2DXYA 1B52A 4ZEDA 4FEDA 4BDMA 4PFWA 3OSQA 4PETA 1SI0A 1J1NA 3S9MC 3S9EA 4R73A 3K6WA 1MH3A 4QSDA 3TTNA 3FVKA 4HTGA 1UTHA 2XD2A 5CI5A 3CVGA 3GLBA 3O9PA 3EF7A 4F22A 4NWDA 3C9HA 2UVHA 2E0SA 2VGQA 1B9JA 1Y9UA 5H8QA 2CMOA 3FIRA 5I57A 5L9MA 1LB8A 2XX7A 4LATA 1YAEA 3B6TA 3FASA 2PX1A 2OBGA 3Q26A 1N0TA 4POXA 5KCJB 2F78A 3TPAA 3PGFA 3UK4A 3MP1A 1N04A 2DE4A 3I3VA 2Q89A 2FA7A 4JWXA 3PMVA 4MBPA 3FGSA 4QSCA 4LZ7A 5I59A 3BBRA 3K01A 4Q0CA 3ECRA 1SI1A 4ELPA 2XXYA 5F1QA 1XOCA 3H4ZA 3VDFA 2VOZA 2UXAA 3PUXE 4U22A 5M2VA 3EPEA 1OVTA 2CZLA 4U1ZA 4GXSB 3MZ9A 1GV8A 3GXAA 3CRBA 2PBWA 2P2AA 1P1WA 4GIZA 1Y3NA 1B3FA 4XTCQ 1MS7A 2OJTA 5H8FA 1P1QA 4FATA 5A5XA 4ZECA 2A5TA 1B0LA 2Q2CA 5CRYA 2O69A 3KN8A 1FCKA 2Z8EA 3OELA 1AH5A 4IO6A 3H6TA 3L6HA 1MDP1 2F6PA 3ILTB 5I2NA 1URDA 4BLAA 3N26A 5DYHA 4R2BA 1QJMA 1XHYA 3K1PA 4DXCA 4DXUA 3SEYA 2QPQA 1ELJA 1SD3A 4N13A 1ZTYA 1NH7A 3O97A 3CFLA 1SW1A 2DS9A 4KYSA 5I2KA 3Q25A 3WAFA 1FQAA 4WKMA 3PMXA 4EXKA 3CG1A 3TKDA 3TCFA 2PT1A 1PB7A 5EHMA 1B7UA 2OZZA 1IXIA 1FQBA 4AB6A 3K1MA 5FHNA 1GR2A 1ZJLA 2ZNUA 3L6GA 4FEBA 1US4A 4YZZA 1H44A 3W15C 2Q2AA 4OFLA 4WEPA 3O29A 4Q5TA 3LUYA 2I6EA 1MDQA 4Q8RA 1IQ7A 5HBCA 1IXGA 1POTA 4RNSA 4MH5A 2XXPA 1MY4A 3PU5A 3VVEA 5I56B 5FTIA 2I3VA 1NNFA 3JZJA 4N07A 3O6IA 4DXBA 3CG3A 4YB6A 2DQVA 4ZE8A 3IJXB 2GHAA 3MPKA 3FUZA 4THIA 5CBRA 2Z23A 3KFMA 5TP9A 3G3GA 3OO8A 3K00A 5KDTA 3TCGA 1MQJA 3IX1A 3FXRA 4GF8A 4GQOA 1A99A 4EUOA 3SERA 3D4GA 2XXVA 4KYEA 3RGYA 1UTHB 1DSNA 1NH8A 4P0GA 2YLNA 4ELOA 4WEDA 2I0CA 3TQLA 3O6HA 5DEXB 1Z7NE 4PE5B 2M8CA 1PC3A 2O1LA 4MLVA 3LBSA 5DVFA 1MM6A 5ITPA 4EF1A 1S50A 3UN6A 5H8QB 2H25A 1PBQA 3LSXA 1MXWA 5TU0A 2XXHA 4ELRA 1JETA 1GVCA 4F18A 3E3KA 1HSLA 3U93A 1Y1MA 1Y4CA 2V25A 4NTLA 1LAGE 4I8CA 3VLVA 5HPQA 3ODBA 1B7HA 4EQ7A 3OEKA 2DVZA 5K2YA 1DPEA 3H6VA 3RTWB 4FAJA 3UP9A 1NKXA 4IY5A 2I3WA 1WDNA 2AL4A 3C35A 4R74A 1MY1A 3EHSA 1IITA 4YICA 3SETA 3T9VA 4R6YA 3TAJA 5B7DA 4EQ9A 3TODA 2Y7KA 1POY1 4YMBA 4ZDMA 4L17A 4MFIA 4IO3A 1VE4A 4XIGQ 2QS2A 4ZEFA 1PEBA 1T0KA 3PMWA 1JVXA 5DVIA 2F36A 5JTYA 2YPNA 3KJTA 3SEWA 3FJGA 1D9YA 4O3CA 4ISUA 4QHQA 4F2OA 4YAHX 1LGBC 2DWIA 1VFEA 4QFLA 3IOVA 3MC2A 1D9VA 1SW4A 2A5TB 1OQHA 4U4XA 3CI8A 3K6VA 3MVYA 2O84X 4XKNA 4I9DA 3CFXA 2REGA 5JEIA 4KI0E 1B3EA 4OERA 5I2NB 2NUVA 1B46A 1YTVA 2DWAA 1QKBA 3OD7A 1O64A 1UIUA 3H03A 4EDPA 4OFJA 3B6WA 3WAEA 3FXQA 5IAIA 1MM7A 4YKIA 2Q88A 2RCBA 3HN0A 3IAZA 4NF8A 3MZ1A 2QL3A 1FQCA 1N7WA 2ABHA 4RK2A 3SESA 3DM0A 4F19A 2BJJX 3OO6A 4XXUA 4UACA 3VLUA 4R6HA 4U23A 2I49A 1MQDA 1FTOA 4OTEA 1R1NA 4KPTA 2ZNTA 2XXIA 4PFUA 4ESXA 1HSJA 3FV2A 1B1XA 2Y7WA 4FORA 3GZGA 4G68C 4JXIA 3EHTA 3GBBA 4GWOA 3TZAA 2O7UA 3K1NA 2V3TA 3OEMA 3N6UA 3U8QA 3MVZA 5DEXA 1MPCA 3UA8A 3KSJA 1QUKA 1GGGA 3O66A 2A5SA 3I6VA 4GOTA 1M5FA 4XKQA 2GRVA 3V5AA 3HO7A 3U72A 3MP8A 5TP9B 4R9GA 1B4HA 3VLWA 3RLFE 4IGRA 5KDTB 2G93A 2H5YA 4FIMA 2HCAA 2O51A 4DDDA 4O3BA 4XKRA 4KCDA 1P99A 2QRYA 2ONKE 1IEJA 3TQWA 3JYRA 4G4PA 2NXOA 5I58A 1VR5A 2D3IA 3TMGA 1RYXA 1QKAA 3OMBA 3IJOB 1TT1A 3W9WA 3TUSA 1FQEA 1MXUA 2NVUB 5CBSA 4ZZAA 3KG2A 3C4MA 3KOSA 5K2XA 2DXRA 3DELB 2VHAA 1FQFA 2I58A 1UTBA 2QJEA 3FXUA 3V8XB 4GLIA 3QK6A 1MG1A 1ATGA 3U1OA 4F3PA 4ND9A 3K0VA 1B51A 5LOMA 3VXBA 1B3GA 3FVGA 1URSA 5AA2B 1A7LA 1KWHA 1ZMGA 4JBZA 3HV1A 4ZZEA 5EYFA 1AOVA 1PB9A 2ZYOA 3IOTA 4RJZA 3TTRA 5BWJA 2I4BA 3K02A 4K3FA 1DTZA 3RT6B 1LAFE 4ZEBA 1B40A 2XD3A 4MLQA 3TDJA 1NL5A 1NNPA 1BLFA 1DOTA 5CMMA 1IZ1A 3LC8A 3MQ9A 3T93B 4QFKA 2OWTA 3ILUB 2FYIA 2YJPA 1FTJA 3DP4A 1URGA 4KD5A 5AA1A 5JTYB 1EZPA 3CFZA 2XXRA 4R72A 3SKPA 4F39A 4DIGA 3K2DA 3CR9A 4LUBA 3W9VA 2V84A 1LBCA 1B58A 4LONB 2QS3A 1OIBA 4LZ5A 3K6XA 2PMSA 1BP5A 2X26A 3VV5A 3MAMA 1ANFA 1S7YA 1B5IA 2AIXA 1NMUA 3G3IA 3B7DA 4H8JA 3MZBA 3RN8A 2ONRA 2R9JA 5FHMA 1LAXA 4P0IA 4TLLB 2HAUA 4OWDA 3IOUA 1VSOA 3DP8A 1UQWA 2KLFA 1NFTA 2OCUA 1UIVA 1ZLQA 2VD2A 2NOOA 4BDQA 3CIJA 2HZKA 3O6GA 4TOZA 4FECA 4NE4A 4YKKA 4HW8A 2OK2A 1LAHE 5KZTA 4OEUA 4OXVA 1FTLA 2O68A 2REJA 3N6TA 4NF8B 4DCXA 1JW5A 3PD9A 1O63A 3G3FA 1MXVA 2X7PA 1Q1KA 2RC9A 2PVUA 2HEUA 5L8DA 1NNKA 4PQJA 4YKPA 3KOTA 3Q29A 4G8MA 2V3QA 4R9FA 2FNCA 4EQBA 1MY0A 5HM4B 4F1UA 4FJPA 5IKBA 3H06B 3VXCA 2VP1A 4C0RA 4IO5A 1JW1A 5ISUA 3N94A 3S9NC 2THIA 4ZS9A 3PUWE 4LP2B 3QUFA 1A54A 1JW4A 1TFAA 5B70A 3PPNA 4YKJA 3QIMA 1XS5A 2F7CA 1HSEA 1H43A 5J1DA 4YB5A 3TFLA 2PT2A 4GL8A 1EU8A 2ZYNA 2DSFA 1H76A 1QVSA 3HSTA 4EF2A 4OHNA 4R75A 4NF6A 3MW0A 2ZYKA 3P7IA 3IO6A 3K4UA 1Y20A 3KGCA 3RQTA 2GHBA 3FJ7A 2DE2A 3C34A 3BFUA 4BDOA 3MVXA 2VD3A 4PP0A 4HCYA 4OZ9A 5AA2A 4H5GA 1XVXA 3OO9A 3PPOA 3CSBA 1QULA 4KFQA 5H8SA 5I58B 2R71A 4GVOA 4N6PA 3RT8A 2F5XA 2I4CA 3B6QA 3RTFB 3ZS6A 2X7QA 3GBAA 3IB1A 1SVXB 3TTLA 3U94A 1B3LA 2ONSA 2HXWA 2UYFA 3MWBA 4G2ZA 2UYEA 4U2RA 4FE8A 1A8EA 5H8HA 3ZKLA 1UTBB 2OLBA 1P1UA 3FZVA 2IA4A 3F11A 4XKPA 4O3AA 1AIVA 2UVIA 3HHFA 1WODA 1D3KA 2Y7PA 1ZIUA 5ITOA 2QMXA 3TYHA 1MY3A 1N76A 2P1SA 1LBBA 4H8IA 5DVJA 2ALUA 3VVDA 4GXAA 4KR5A 3A3CA 3QSLA 1I69A 2HQ0A 1LFGA 3QYTA 4POWA 3UGWA 1P1OA 4WXJA 1YPNA 1PDAA 3T9XB 2Z8FA 3D4CA 1ZKBA 4P11A 4ESWA 3MUQA 4BDRA 4X48A 4I1DA 3DP6A 1N3WA 3T66A 1LB9A 4QFPA 1B0HA 5DTBA 4LQ2A 4IO2A 1IIWA 3RY3A 2HZLA 2DYXA 2DP8A 3KZGA 3OOAA 4IO7A 3PPQA 2IEEA 5TPAB 3EQ1A 1Z7ME 4F3GA 1AL3A 2XXQA 3E13X 1JVYA 2I0BA 3Q27A 3FD3A 1BKAA 4U1OA 2DWHA 1Y4TA 1CB6A 3DLNA 1SQYA 4E0WA 2D5WA 2B3BA 1S9TA 3MBPA 1H45A 4ZEKA 3FVNA 4GRKA 3S9LC 1ZBMA 3U92A 2QS4A 1MXXA 5H8NB 1II5A 4QF9A 3ZKKA 3OO7A 3TEPA 4NF5A 2Y7IA 3RPWA 3UORA 1A40A 3LR1A 1N7XA 1BTJA 1SDXA 2R6GE 1JNFA 3OENA 3RNNA 3PD8A 1EH3A 4OESA 4C1TA 3M3FA 3VE1B 1Y3QA 2QMWA 4HCWA 3O2AA 3FV1A 4DCYA 1FW0A 2ANJA 2G29A 5FTHA 4UA8A 1OQGA 4NMYA 3C31A 2F97A 3LSLA 2DWJA 3H7MA 5CMCA 1LFHA 2RCAA 1LSTA 1QW0A 1CE2A 3UIFA 2ESNA 3C33A 1O7TA 2RINA 2O1MA 4OMBA 4OEVA 2D21A 4NWCA 3S2VA 3AXFA 4DZ1A 1XC1A 2F7AA 4C1UA 1JEVA 2XXWA 1SW5A 4JSDA 4Z0IA 3R6UA 1AMFA 2Q9TA 4H0WA 4I62A 4NF6B 3QUJA 1SYHA 1A55A 2H9BA 3E4RA 4G68B 4OFOA 2QS1A 4GL0A 2F6GA 1JEUA 5ELVA 1F9BA 4X1DA 2RKMA 2ZYMA 1OLAA 3FJMA 4JSOA 3LSFB 3K6UA 4H6DA 2RC8A 2ZMBA 4BDNA 2O6AA 1MH4A 2ZXTA 4R2FA 1SYIA 1MQHA 4RPNA 3IB0A 1USYE 5CM6A 2F35A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YU0A 5H8HB 4ONYA 3H6WA 1IXCA 3G3KA 4XF5A 5FHOA 2Z8DA 2WKYA 1TWYA 4GWSA 1B7ZA 1ZU0A 3RUMA 3THIA 2HFBA 5ICQA 3V83A 2F8DA 3PUZE 5DT6A 1LCFA 2E1SA 5AE4A 1MXYA 4AB5A 4RA1A 4F3BA 5AA4A 4E0XA 3M3KA 2O7IA 2LAOA 4X9TA 3IOWA 4GBVA 1IMBA 3FATA 4P9KA 1LBWA 3KN7A 4PFYA 1MQIA 1IMDA 5TPAA 2XXTA 2H4IA 4LA9A 5I5PA 4KHZE 2Z22A 4F1VA 3T9UA 4P56A 1M5DA 5BUUA 5CMBA 3BFTA 5L9OA 1MPDA 3I5OA 3SEVA 2OWSA 4JVDA 2V3UA 1MY2A 4M4GA 4N6DA 4LZ8A 5CMKA 1VFDA 5EHSA 2H99A 4RPOA 5H8NA 3HHGA 1RYOA 4DE8A 4RYAA 4Q30B 1US5A 3IB2A 3M8UA 3T1BA 3PPPA 1RDXA 2H98A 3PPRA 3N5LA 1R6ZA 4PGPA 1I6QA 3CSGA 3ZSFA 3QXMA 4F1YA 1QUJA 5ESYA 2Q8MA 4ECFA 2PCRA 4F29A 4G8NA 4JVCA 4QFOA 1XVYA 3QAXA 4PAIA 1QUIA 3TELA 4OENA 3G7WA 1USYH 5ICTA 4GFRA 2DOJA 4OVJA 4QRZA 4NF4B 3H6UA 2B65A 1L5TA 3IORA 4F2QA 2B3FA 3E9XA 1FTMA 1FSAA 2FBPA 4IY6A 3KBRA 5CC2A 1Y1ZA 4HS7A 3T96B 4KCCA 3PUVE 1XI6A 4MIJA 4QFNA 2ZNSA 4NF5B 5I84A 4HXVA 1NV0A 1M5CA 2UVJA 5DW8A 2OX3A 2HAVA 5L9SA 1B5JA 1RKMA 3PUYE 5KCJA 3KSXA 1RDZA 4R6KA 3T9HB 1I6BA 1R9QA 2XHDA 3HPIA 3SEUA 1B6HA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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