1T0KA

Joint x-ray and nmr refinement of yeast l30e-mrna complex
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
GKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Joint X-Ray and NMR Refinement of the Yeast L30e-mRNA Complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*CP*C)-3'
molecule tags Ribosome
source organism Escherichia coli
total genus 104
structure length 365
sequence length 365
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1t0kA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1t0kA01
5DVFA 4ESWA 4YB5A 3T9UA 4OMBA 2F35A 4OVJA 1IXHA 3TQLA 1P1OA 4R6KA 2XXUA 1AL3A 4IO2A 3K00A 2F8DA 4EQBA 3M3KA 4OENA 3T9XB 5FHMA 2OWTA 3L6GA 2QMXA 4X1DA 3U72A 3E4RA 3BFTA 4ZEBA 1P1QA 3A09A 1LAXA 2BJJX 2F7BA 1D9VA 4LVQA 4F1YA 4GOTA 2WKYA 2DP8A 3PD8A 4LUBA 4ZEFA 2OWSA 2HQ0A 1LSTA 5FHOA 4PFYA 3S9NC 3UK4A 2I0CA 3IJOB 3LSWA 1MQGA 5IAIA 3LSFB 3K6UA 3KFMA 3ZKKA 3HN0A 3K01A 2XHDA 3CSGA 1JEVA 4RPOA 1FQEA 1EZ9A 5H8FB 3O6HA 5AA1A 3V5AA 3VVDA 1NNKA 1B1HA 1VFEA 3ILUB 5I84A 1B3LA 2AYSA 5I57A 4ZEKA 3MP1A 5ITOA 1FQCA 5KCJB 1SYHA 2I4CA 4KI0E 3SESA 4Q8RA 3RNNA 4O3BA 2V93A 1MXZA 2PT2A 4F18A 3T9HB 5I58B 3FZVA 1IZ1A 3KN8A 4NF4B 3QIMA 1JW1A 4YKPA 3EHSA 4F39A 4IO6A 4H0WA 3I6VA 1BP5A 4I62A 1SI1A 5ICQA 3QAXA 3H6UA 1OQGA 2PT1A 3SDFA 3OO7A 4NF6A 3FVNA 3FUZA 3OEMA 1B46A 4GQOA 2Z23A 2I0BA 1FTOA 1LFIA 2YPNA 2GHBA 4JSDA 4QHQA 3IORA 1MM7A 4OEVA 4P0GA 5LOMA 1VR5A 2QPQA 1I69A 4OFJA 3T22A 3U8QA 2OJTA 3OXNA 3K0VA 1FTKA 2A5TB 2DE3A 4NTLA 1A55A 3B6QA 4IO3A 5KZTA 3FGSA 4FEBA 4BDLA 4Z7EA 4O3CA 4OZ9A 4LQ5A 3FXQA 2UVGA 3DLNA 5H8FA 3VVEA 1A8FA 3C33A 4PP0A 2R9JA 1RKMA 1YCJA 1FQBA 3C35A 4DE8A 1GR2A 1LCFA 3IOTA 4C0RA 1F9BA 1B3HA 3WAFA 2Y84A 1XS5A 1TFAA 2ZMBA 1PB7A 2O1MA 4MBPA 2QS1A 4P0IA 1MH3A 1B58A 2XXHA 2RKMA 3S9EA 4LZ5A 4ECFA 3K6WA 2UVHA 2AL4A 5B7DA 1IXGA 1B32A 1Y3QA 3MPKA 2DOJA 2YLNA 1Z7NE 3OMBA 4EXLA 4GD5A 2NUVA 4XKPA 2OLBA 3FVKA 2GHAA 1MXVA 4YKJA 4PETA 1LGBC 4JBZA 3TTLA 2GRVA 5AA2D 3QSLA 1EH3A 2FA7A 3V83A 2GH9A 1SYIA 4I1DA 3CFXA 1A99A 2AIXA 5KDTA 1SI0A 2Q2CA 3HHGA 4JXIA 2DE2A 3A3CA 1QW0A 4BDNA 4XTCQ 1MPDA 4EQ7A 3L6HA 1JVYA 3GLBA 2I3WA 3JZJA 3A3UA 4RA1A 3RPWA 1QKBA 3VLUA 3H03A 3CIJA 1FTLA 1LFHA 2OZZA 3SETA 2HFBA 1SD3A 3E3KA 3E13X 1N04A 5I59B 4GL8A 3F11A 2Y7IA 4LATA 2B3FA 4R72A 3IB0A 1MXWA 1ELJA 4H8JA 1UTBB 3UP9A 1PDAA 1LB9A 3VXBA 3UA8A 4OQOA 3TODA 3FV1A 4N6PA 4AQ4A 3EN3A 3MZ1A 3GBBA 2LAOA 2V25A 4F22A 4WXJA 2R71A 2RCAA 2Y7PA 2QS2A 4R2FA 1CE2A 4BLAA 1B3FA 1JVXA 3H6TA 1PBPA 1SW4A 1EZOA 3U93A 3KSXA 3OENA 4EUOA 2ZYKA 4DCXA 3KZGA 2HAUA 3D4GA 4GF8A 5I56B 3K1NA 3EHTA 4O3AA 3ILTB 4H6DA 2DWHA 4JWOA 1AH5A 3MC2A 3T66A 5A5XA 3FJMA 5I2KA 5H8HA 3CG1A 4GXSB 1VSOA 2ABHA 2PX1A 5I2NA 3MQ9A 4KFQA 4FJPA 1XVXA 1NKXA 4LA9A 2VHAA 3D4CA 3QK6A 2NVUB 4UACA 4R2BA 1AOVA 3MVZA 4ZE8A 2I48A 4ZEIA 2NXOA 3KGCA 3Q27A 4H67A 5FTIA 3KN3A 1S9TA 4NF5A 3EF7A 3JYRA 2F97A 4DZ1A 1JNFA 3SEYA 1URGA 2OBGA 1SQYA 4N07A 1B9JA 4FAJA 4OXVA 1B0LA 1B1XA 1D3KA 4NMYA 4PQJA 3S4UA 4FEDA 4DXUA 4OHNA 1MM6A 1B3GA 5EYFA 3E9XA 3OOAA 1MXUA 1Y9UA 1R9LA 1M5CA 4MLVA 3TTKA 5I57B 1Y1MA 2O69A 5B70A 1RYXA 2E0SA 3IL1B 2HAVA 3ONMA 3G3JA 3TPAA 4R75A 3HO7A 1DPPA 3HV1A 3HSTA 4U1OA 1GTKA 3PPOA 2ONRA 2ZYNA 4GIZA 1DOTA 3U94A 4NEDA 4OTEA 3G3GA 3IOWA 5JEIA 1BKAA 1US4A 4PFTA 3LSXA 1JETA 5M2VA 4G77A 2KLFA 3K6VA 2HZLA 3RQTA 2RC7A 4EDPA 1URSA 2V84A 3N6TA 4KYEA 4NF6B 3UN6A 4ESXA 4GVOA 1B6HA 1HSLA 4IY5A 3DP4A 1GGGA 4LQ2A 2RC9A 2DS9A 5H8SA 1O7TA 3B6TA 2O51A 4WEDA 4DXBA 2DWIA 2V3UA 2I6EA 4KPTA 1NH8A 4DXCA 3TZAA 2Q9TA 3N5LA 1NH7A 3H6VA 1QUJA 3VLWA 1Z7ME 4RYAA 2M8CA 1B7HA 3T93B 2F34A 1LB8A 3MUQA 1GVCA 3GBAA 4Q5TA 3M8UA 2IEEA 4JSOA 2XXYA 3MJNA 1IUDA 3PGFA 1B2HA 5H8QB 1B3EA 4PFUA 3O97A 3U1OA 1I6QA 1N84A 2Q2AA 5CBRA 3U92A 1MQDA 2QRYA 4I8CA 5F1QA 1ZBMA 3RT6B 1FW0A 4AB6A 1FQFA 3O9PA 2F78A 2VP1A 1MS7A 4RNSA 4F3BA 3UORA 4YICA 2XXQA 1B7ZA 3PD9A 3RN8A 3PUXE 2NOOA 1DMBA 5FHNA 4YU0A 5DT6A 4OYVA 5CMCA 3FJ7A 3DP8A 4HTGA 4UA8A 1MY3A 1O64A 5KDTB 1LAHE 3PUZE 3KOTA 3G3KA 4F3GA 3FIRA 1Y1ZA 1MG1A 2ZYMA 3P7IA 3DELB 3RUMA 2THIA 3MZ9A 1B51A 1JEUA 3TCFA 3RTFB 4ZEDA 5L9MA 2A5SA 3TTRA 4ZE9A 4THIA 2H99A 1B4HA 1OVTA 4RJZA 3SEUA 4M1VA 1B52A 4QFLA 2H98A 4FORA 3C36A 3RY3A 4GRKA 3K1PA 3GXAA 5H8QA 3ZSFA 1POTA 2Q88A 1LBBA 3V8XB 1I6AA 4G68B 3CI8A 2V3QA 2XXVA 4F29A 4U23A 2D21A 2PMSA 1WVJA 3TYHA 5DYHA 5H8NA 2DE4A 4KHZE 4U22A 3MVXA 1MDQA 1Y20A 5AA3A 1OMPA 1O63A 3LUYA 1DPEA 3KJ7A 1UTHA 1Y4CA 1M5BA 1XVYA 2XXRA 1QJMA 2F6PA 4EF2A 1N3XA 5EHSA 1H76A 1TFDA 1A54A 1KWHA 1JW4A 4YZZA 5A5XB 3KBRA 5I2KB 2HZKA 5H8HB 1L5TA 1N3WA 3KSJA 1TWYA 4TOZA 2RINA 3G7WA 4R73A 3TMGA 5I2NB 3V89B 1OIBA 1D4NA 1DSNA 2I58A 5CMBA 3QUFA 4OETA 1ZTYA 3FXUA 4R74A 2RCBA 4FIMA 5TU0A 2XXTA 3N94A 1R6ZA 1CB6A 5CBSA 3S2VA 4LP2B 2DWJA 4QFKA 5IKBA 4HW8A 3IK6B 1N76A 4I9DA 4POXA 1MY2A 5ELVA 4ZZEA 3BBRA 2UXAA 1US5A 2F7AA 2XX9A 4G68A 3PMVA 4RXLA 4M4GA 1N0TA 4NF5B 4IY6A 1GV8A 1A8EA 3R6UA 4MLQA 1OLAA 2O68A 4DIGA 1LAGE 3TFLA 1ZU0A 2Z8DA 1QKAA 2P1SA 1PC3A 3DP6A 1HSJA 2ALUA 4QFNA 2XXXA 1J1NA 3G3FA 4JWYA 3MP6A 5DTBA 2DSFA 2P0SA 3IO4A 3VFJA 3UGWA 2F5XA 5CMMA 2DYXA 3PU5A 2B65A 3FVOA 3CFLA 2CMOA 3CG3A 2DXYA 1XOCA 5AA4A 3HHFA 2YJPA 3K4UA 4NWCA 4ELOA 5CI5A 1M5DA 4OERA 3PPPA 3IB1A 3TELA 3KOSA 3THIA 3R7XA 1P1WA 4TQUQ 2HXWA 1MY4A 3MVYA 3H4ZA 2Y7KA 5K2XA 2XXIA 5TPAA 2O7UA 4EQ9A 3VDFA 3OELA 3MAMA 4NF8A 4NE4A 3LR1A 4XIGQ 4RK2A 1H43A 3SEXA 1B7UA 4ZS9A 1IIWA 3FVGA 3TQWA 3VLVA 4QRZA 3MP8A 5AA2A 2UVJA 2XD2A 2F7CA 2AL5A 3O6GA 4GL0A 4XXUA 3EHUA 4MH5A 4YB6A 4R6HA 3MBPA 3O6IA 1NNPA 4F1UA 2VGQA 3Q29A 3USDA 4BDOA 3B7DA 2XXPA 1VE4A 4KCDA 2RF1A 3ODBA 3BFUA 2I49A 3OD7A 2CZLA 4YAHX 4DDDA 3PMWA 4ISUA 3RLFE 4HCYA 3SERA 3UIFA 2I3VA 1MH4A 4QFPA 3K02A 4QSEA 1LAFE 4Q30B 5EHMA 4H5FA 3H6WA 3PMXA 5TP9A 1HSEA 1A7LA 1R9QA 1SW1A 4F3SA 2H9BA 2OCUA 1QUKA 1QUIA 3OO8A 1MDP1 4F19A 4H8IA 1USYH 1B5IA 4NWDA 3S9LC 4R6YA 1TXFA 4IO4A 4RK9A 4WEPA 4WKMA 1IXCA 1XC1A 1H44A 2ANJA 3O28A 3W9VA 3PPNA 2DVCA 5ITPA 3GZGA 3MPLA 1JQFA 1DTGA 5J1DA 5CRYA 1FQDA 3K6XA 4R9GA 2UVIA 4F2QA 3IX1A 2G93A 4KYDA 2D5WA 3IOVA 3BKIB 2O7IA 3C34A 1FTMA 3O66A 4IO7A 3C32A 5JK4A 3EQ1A 2H25A 4X1BA 3CSBA 4U2RA 1XHYA 2ONSA 4C1TA 3KEIA 1P99A 1N7WA 1BTJA 1MY0A 3RTWB 1I6BA 2IA4A 2DWAA 4EXKA 1PB8A 3TAJA 3OSRA 4QF9A 4X48A 1YTVA 1Y3PA 1P1NA 3PV0E 3AXFA 1ZJLA 1A40A 5JTYA 1LCTA 4QSCA 1S7YA 2X7QA 1NNTA 2UYEA 5H8NB 3O2AA 1B40A 5FTHA 3H3GA 3TUSA 4G8HA 1JW5A 5CC2A 1II5A 4YB7A 1ANFA 5HPQA 3K2DA 3CR9A 4GXAA 1UTHB 3T96B 3H7MA 2Q89A 4G8NA 1IQ7A 3VXCA 1LLSA 4AB5A 3WAEA 4E0XA 3PUYE 1NFTA 1DTZA 1MQHA 3ZS6A 4YKIA 1ZMGA 4ELPA 2B3BA 3TEPA 3IR1A 3N26A 4RY1A 2VD2A 4FECA 4PFWA 2R6GE 3KJTA 4YMAA 3MZBA 1ATGA 3K1MA 1MXXA 1N7XA 1SVXB 3W9WA 4LONB 1PB9A 4Z0IA 4P11A 3CVGA 4XKRA 1RYOA 3FXRA 1QVSA 3EPEA 3JV9A 3PUWE 2DVZA 2DQVA 2PBWA 3FATA 5BUUA 3VV5A 2NWJA 4HS7A 3VE1B 4G2ZA 1BLFA 3TTMA 1H3DA 3Q28A 4KR5A 1Q35A 2VOZA 3OSQA 3KN7A 4U1ZA 2O1LA 2G29A 1BIYA 1MQJA 5DVJA 4G8MA 1NNFA 3FD3A 4QSDA 5KCJA 3TCGA 3PPQA 2H5YA 1B5JA 1ZIUA 4FE8A 4H1XA 1D9YA 2QMWA 4HCWA 3OO6A 1B05A 3OEKA 3TTNA 4TLMB 5DVIA 1MY1A 5I58A 1Y3NA 4NF4A 2ESNA 2ZXTA 1SDXA 2F36A 4KYSA 5AA4B 4OWDA 3C31A 4JB7A 1M5EA 1TT1A 1VFDA 3OO9A 4KCCA 4BDMA 3R26A 2UYFA 2QL3A 1MPBA 1AMFA 2V3TA 4X9TA 2QJEA 3C4MA 4IB2A 1MXYA 5TPAB 4OEUA 3Q25A 1PBQA 4GWOA 4DLDA 3O29A 3FV2A 4NF8B 2P2AA 4C1UA 4F31B 4U4XA 3H06B 2ONKE 3VVFA 4FATA 2ZNSA 3B6WA 1SBPA 5L8DA 4H65A 1UQWA 3QUJA 3QYTA 2A5TA 2ZYOA 5AA2B 1NMUA 4F3PA 4KQPA 2DXRA 5K2YA 4IGRA 3TKDA 1LFGA 4BDRA 3HCQA 3HPIA 4Q0CA 4YMBA 4BDQA 4IGTA 4E0WA 4RPNA 3LC8A 2XX7A 1Y4TA 1OQHA 2F6GA 2PVUA 4JDFA 1FTJA 1NL5A 3PPRA 1USYE 4OESA 5ISUA 3T9VA 4OFLA 1PEBA 4ONYA 5CMKA 3I3VA 3RT8A 4DCYA 3CFZA 3CRBA 1IXIA 2Y7RA 3IAZA 1LBCA 3MWBA 3ZKLA 3M3FA 5L9OA 2O84X 2Z22A 1WODA 2XXWA 1YPNA 3SKPA 1MQIA 4U4SA 2W7YA 1EU8A 4GLIA 3IO6A 1FCKA 1R1NA 4ELRA 3IB2A 5AE4A 1B0HA 4QFOA 2HCAA 1URDA 3G3IA 5CM6A 3IJXB 3FASA 2OK2A 3FJGA 5TP9B 4G68C 3TCHA 1FQAA 3LSLA 4XKQA 5HBCA 4MFIA 1UIVA 2QSXA 4YKKA 5DEXB 2ZNTA 1EZPA 2Y7WA 4L17A 4ZECA 3IOUA 1IITA 3MW0A 1S50A 1MPCA 4LZ7A 3MVWA 4F1VA 1IEJA 3DM0A 3C9HA 4R9FA 4MF3A 2I4BA 4KD5A 3Q26A 2X7PA 1H45A 4JWXA 2QS3A 4ZDMA 1B4ZA 1T0KA 3G3HA 1XT8A 5I59A 3N6UA 2H4IA 1UIUA 1SW5A 1UTBA 2X26A 1MRPA 2FYIA 3I5OA 3ECRA 4PE5B 3W15C 4ND9A 1B5HA 5L9SA 1ZLQA 1M5FA 5BWJA 4U21A 2RC8A 2Z8FA 3TDJA 2QS4A 2Q8JA 3SEVA 4G4PA 1P1UA 2D3IA 1POY1 2REGA 2REJA 5HM4B 4F2OA 5JTYB 4IO5A 2Z8EA 4H5GA 1OVBA 4ZZAA 1QULA 3QXMA 5ICTA 4POWA 3S9MC 3PUVE 2XD3A 5I56A 2VD3A 4EF1A 1YAEA 4ELQA 1ZKBA 3LBSA 5DEXA 2HEUA 3SEWA 2E1SA 1OLCA 1AIVA 4OFOA 5F7VA 2PYYA 2O6AA 4XKNA 2FNCA 4N13A 3RGYA 3M3LA 4K3FA 1WDNA 2ZNUA 2XX8A 1Q1KA 2GFEA 4TLLB 1SW2A 3KG2A 4GFRA 4LZ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DVFA 4ESWA 4YB5A 4NQ8A 3T9UA 5EQ9A 4OMBA 2F35A 4OVJA 1IXHA 3TQLA 1P1OA 4R6KA 5FBPA 2XXUA 1AL3A 4IO2A 3K00A 2F8DA 4EQBA 3M3KA 4OENA 3T9XB 5FHMA 2OWTA 3L6GA 2QMXA 4X1DA 3U72A 3E4RA 3BFTA 4ZEBA 1P1QA 3A09A 1LAXA 2BJJX 1FBEA 2F7BA 1D9VA 4LVQA 4P9KA 5I3SA 4F1YA 4GOTA 4QBAA 2WKYA 2XWVA 2DP8A 3PD8A 4LUBA 4ZEFA 2OWSA 2HQ0A 1LSTA 5FHOA 4PFYA 3S9NC 3UK4A 2I0CA 2B4MA 3IJOB 3LSWA 1MQGA 5IAIA 3LSFB 3K6UA 3KFMA 3ZKKA 3HN0A 3K01A 2XHDA 3CSGA 4OVTA 2GQ1A 1JEVA 4RPOA 1FQEA 1EZ9A 5H8FB 4PFBA 3O6HA 3QMFA 5AA1A 3V5AA 3VVDA 1NNKA 1B1HA 4MMPA 1VFEA 3ILUB 5I84A 1B3LA 2AYSA 5I57A 4PDHA 4ZEKA 3MP1A 5ITOA 1FQCA 5KCJB 1SYHA 2I4CA 4KI0E 3SESA 4Q8RA 3RNNA 3T1BA 4O3BA 2V93A 3KBZA 5ET6A 1MXZA 2PT2A 4F18A 3E78A 3T9HB 5I58B 3FZVA 1RDXA 1IZ1A 3KN8A 4NF4B 3QIMA 5IZZA 1JW1A 4YKPA 2VPNA 3EHSA 4IO6A 4F39A 3FBPA 4H0WA 3I6VA 1BP5A 4I62A 1SI1A 4PFIA 5ICQA 3QAXA 3H6UA 1OQGA 2PT1A 3CHGA 1RDYA 4GX3A 3OO7A 3SDFA 4NF6A 3FVNA 3FUZA 3OEMA 4GWSA 1B46A 4GQOA 2ZZVA 2Z23A 2I0BA 1FTOA 1LFIA 2YPNA 2GHBA 4JSDA 4GX6A 3PTYA 4QHQA 3IORA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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