1T0KA

Joint x-ray and nmr refinement of yeast l30e-mrna complex
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
GKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Joint X-Ray and NMR Refinement of the Yeast L30e-mRNA Complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*CP*C)-3'
source organism Escherichia coli
molecule tags Ribosome
total genus 104
structure length 365
sequence length 365
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1t0kA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1t0kA01
1SW1A 2NWJA 1EZ9A 5FHNA 4JDFA 4OTEA 1FQCA 3KZGA 3TODA 4YKKA 4EXKA 1FQAA 5ELVA 3THIA 4YB7A 1VSOA 5H8SA 4MFIA 3C34A 2O69A 5BWJA 1H45A 4JB7A 1Y4TA 3OO7A 1LFGA 3PMXA 3B6TA 1PB9A 3FZVA 3T9XB 1B3HA 2UYEA 1XVXA 4DZ1A 3B7DA 4PETA 2PX1A 1DTZA 2IA4A 3FUZA 1T0KA 4N13A 2GHAA 1MY3A 3B6QA 3KN3A 1B51A 3O6GA 5I57B 4PQJA 3T9HB 4GRKA 4XXUA 4GL0A 3VV5A 1NH7A 1QJMA 4TLMB 4DE8A 3KSXA 3IO4A 3OD7A 1GGGA 2UVIA 3TTLA 3DP8A 1B7UA 2AL5A 2QS1A 1S50A 2DWJA 5FTIA 2YJPA 1B0LA 1EH3A 4YU0A 3PUVE 1O64A 2F5XA 1MH3A 3TEPA 4FEBA 1A7LA 3R6UA 1MRPA 3EN3A 3F11A 1P1NA 1MDQA 3S9LC 3IOUA 2O6AA 4IO4A 1H3DA 3Q29A 2PVUA 3JZJA 4IB2A 2DE4A 4OESA 1IZ1A 2NVUB 4E0XA 3MUQA 1B1HA 1CE2A 3QXMA 5IAIA 1JNFA 3OOAA 4O3CA 4OFLA 5KDTB 1B3FA 2GRVA 3M3FA 4LVQA 3SEXA 3SDFA 3T22A 4JWOA 3C32A 4R75A 3WAFA 3RTWB 3PUZE 4ELQA 3IK6B 1MM7A 1OQGA 3BFUA 3IJOB 1ZIUA 1R9LA 4TQUQ 5HM4B 1LAFE 3KN7A 4DIGA 4IY5A 1MPBA 2F6GA 4OQOA 3CG1A 1LB8A 2V3QA 1B3GA 5AA2B 3MP6A 4KD5A 2XXIA 1MXYA 2DWIA 4C1TA 4IO6A 5KCJA 5F7VA 4RA1A 2PT1A 1D3KA 3VLUA 3OO8A 2RF1A 3IB1A 4ELPA 3CSBA 2VD3A 3KG2A 3TFLA 2GH9A 1FQDA 4Q0CA 3TYHA 4FORA 4Q5TA 4FIMA 3K1NA 1TT1A 2DVCA 5A5XA 1NKXA 3H6TA 1DMBA 2V3TA 1HSJA 2HQ0A 1IXCA 2Q88A 2QL3A 4RK9A 3V89B 4BDMA 4G8MA 5TPAA 1Y3NA 5L9MA 3TZAA 1URDA 1Z7ME 2DWAA 1DOTA 5ICQA 4R6YA 5H8QA 3R26A 1NNTA 2RC9A 4R74A 3FXUA 4FECA 3C35A 4R2FA 1OVTA 4WEPA 5TU0A 1ZJLA 2RKMA 2ESNA 1A99A 2F8DA 3K6WA 3TTKA 3SEUA 4GLIA 1MQDA 3IOTA 2I58A 5I59A 4RPNA 2NUVA 3S9MC 1MPDA 4GXSB 4GXAA 1ZBMA 1NNKA 3IX1A 3TTNA 2O68A 3H03A 5ISUA 5I57A 3G3IA 4XTCQ 3PUWE 3EHSA 3DLNA 4I8CA 3ECRA 4MF3A 1H76A 3JYRA 1JW1A 3TQWA 3U92A 3OO6A 1M5DA 4IO2A 3FV1A 4YMAA 2GHBA 3Q28A 1MQHA 2X26A 3L6GA 1FTJA 2I3VA 4YICA 2X7QA 1PB8A 4NTLA 1MQJA 3FJ7A 4OETA 5JEIA 4HS7A 5BUUA 4G77A 3M3KA 1SBPA 4PFTA 1TWYA 3PU5A 3DP4A 2H25A 4EUOA 2H5YA 2Q2CA 4QF9A 1QW0A 1A55A 4WKMA 2P0SA 1VFDA 4KFQA 2E0SA 3BBRA 5H8FB 4RXLA 1YPNA 4R72A 3K2DA 5KDTA 4AB6A 4JWYA 1SD3A 1RYXA 3TUSA 1IUDA 4TLLB 4QHQA 3A3CA 1HSLA 1P1OA 2Q9TA 2DE3A 1SW2A 4C1UA 2XX7A 5I58B 4QFKA 5CI5A 3MVZA 3OELA 4P11A 1N84A 4RY1A 4LQ5A 1WODA 5AA2A 5FHOA 2F78A 1BP5A 3K6XA 4QSCA 4ZS9A 3PMWA 3QYTA 3S9EA 3LSXA 4H0WA 3S9NC 3VVFA 2OWTA 4BDOA 2QPQA 2I49A 2UYFA 3O29A 3GZGA 3TELA 4H5FA 4P0GA 4OXVA 5H8HB 3PUXE 4H6DA 3C9HA 4GOTA 2PYYA 4ZEBA 4OEVA 4O3BA 5K2YA 1O63A 1A8EA 1AOVA 1LAXA 4R2BA 4ZEDA 4PFUA 4PE5B 2HEUA 3FV2A 3VXCA 4OERA 3EHUA 3K6VA 5H8NB 3OEMA 3HO7A 2DYXA 2XD2A 3BKIB 2A5SA 4Z0IA 4OFJA 1JW5A 4ZEKA 3C36A 2OK2A 2VP1A 2R9JA 4G68B 1B7ZA 1MY2A 2ONRA 4F39A 4YB5A 1D9VA 1PBQA 3FASA 3MVYA 1MY0A 1TFDA 2F6PA 2D5WA 4H67A 4OMBA 3CFLA 2Y7WA 1URGA 4F1UA 2XXYA 3T93B 5EHMA 2AL4A 4HCYA 1B52A 3SETA 3C33A 1XOCA 1YAEA 2ZYKA 1SDXA 4QFOA 3RLFE 1B0HA 1NMUA 1SYHA 3RPWA 2XXTA 3TCHA 1WDNA 3Q25A 3TMGA 4OEUA 5I84A 4LZ5A 4QRZA 1SQYA 5DTBA 4KR5A 1WVJA 1YCJA 2HZLA 3V5AA 5F1QA 3UGWA 1N3WA 1POY1 4O3AA 4F2OA 1I69A 5I59B 2VHAA 4DCXA 2R6GE 2PMSA 1IITA 1MXZA 4ZEFA 3EF7A 4NMYA 4KI0E 3U72A 4U21A 3PPOA 4XKRA 2OCUA 3IB2A 2Q89A 4G8HA 2DQVA 2B65A 3TCGA 1B4ZA 4NF4B 3LSLA 3PPNA 3RT6B 5DEXA 1ELJA 1US4A 4XKQA 3RGYA 1B05A 5M2VA 1LBBA 1FQBA 2REGA 2I48A 3K4UA 2XXWA 2F7CA 3CR9A 2VOZA 5DYHA 5H8FA 3GBBA 1UIVA 3USDA 3K1MA 5B7DA 1IIWA 3M3LA 2NXOA 4LA9A 3K00A 1P99A 3MP8A 3IO6A 1MXVA 5AE4A 4H1XA 1UQWA 3TPAA 3HHGA 5I58A 2QSXA 1MY1A 1UTHB 4ZEIA 3MQ9A 4OFOA 5AA3A 3UN6A 1PBPA 1PB7A 1B3EA 5AA4B 3EQ1A 1LFIA 2H99A 4N07A 1Z7NE 3OXNA 1Y3PA 3CG3A 4UACA 1VE4A 5L9OA 3N5LA 3CI8A 3SERA 1DSNA 4I1DA 3VXBA 5H8HA 3C31A 1XHYA 4ESWA 4ZECA 3G3FA 4GQOA 1B4HA 2XXHA 1DTGA 3FXRA 1AMFA 1II5A 3LR1A 3L6HA 5L9SA 4TOZA 5I2KB 4OZ9A 1B46A 4F3SA 2UXAA 5H8NA 4KCDA 1PEBA 1MG1A 3VLVA 1QUIA 4Z7EA 2W7YA 4ZE9A 4MBPA 4R9GA 4ZZEA 4JSOA 3KJTA 3AXFA 4G68A 3VFJA 1JETA 3EHTA 5DT6A 1NNPA 1PC3A 2V25A 2IEEA 2O51A 1TXFA 4YKPA 1PDAA 3PPPA 2ZYOA 1A40A 3UA8A 3R7XA 1O7TA 4QSEA 3MVXA 1M5EA 2F35A 4POWA 3LC8A 2O1LA 4PFWA 3PMVA 2PT2A 2P1SA 4RPOA 5DVIA 3O9PA 3TKDA 1SI0A 1N7WA 2RCAA 5EHSA 3VLWA 4NF5B 4OWDA 3MZBA 3U8QA 4EF2A 1FQFA 2LAOA 4BDNA 3FVNA 3PGFA 4F3PA 3HPIA 5HPQA 3S2VA 4JSDA 1ATGA 1FTLA 3I5OA 3EPEA 1DPEA 3QUJA 2ZNTA 1I6BA 4F2QA 3M8UA 1MQGA 4JWXA 4U1OA 2DXYA 3PD9A 3GXAA 4ZZAA 4Q8RA 1FQEA 5I2NB 3MW0A 2ZXTA 5CMKA 1OQHA 4U23A 1DPPA 2REJA 2QS4A 3CRBA 4MH5A 4NF4A 3QIMA 1MXWA 3KEIA 4G8NA 3U93A 4DCYA 1D9YA 1UTBB 1MXUA 1LFHA 4JXIA 3FVOA 3S4UA 3IL1B 5FHMA 3N26A 1IXIA 4X9TA 5K2XA 4ELRA 2Z8DA 3RQTA 1OIBA 1I6QA 1SI1A 4G2ZA 4OENA 3Q26A 1BTJA 3OMBA 3G7WA 5DEXB 4DLDA 2F34A 1LAHE 4L17A 1MXXA 4NF8B 2XX9A 3FXQA 4PP0A 1FTKA 4GF8A 3T9VA 3TTRA 3DP6A 1N76A 3G3HA 3PD8A 3IAZA 3TQLA 1QKAA 1S9TA 3MPKA 2RC7A 3MPLA 1UTHA 2DSFA 2OZZA 3IJXB 2FYIA 3ZSFA 3RN8A 5AA4A 4G4PA 5CBSA 4QFPA 5B70A 3FVGA 3FJGA 3PUYE 2ZMBA 4DXUA 2I4BA 1NL5A 2XXQA 2B3FA 4IY6A 4GFRA 4U4SA 4EXLA 3O28A 1M5BA 1OLCA 2I6EA 3VVEA 3A09A 3MC2A 3T66A 3K0VA 4ZDMA 1NFTA 3MZ1A 2AIXA 2RC8A 3KJ7A 4LP2B 3IOVA 5I2KA 2H98A 5I56B 1JW4A 4JBZA 4KYDA 3TTMA 2Z22A 1Y9UA 3VDFA 3IOWA 3E13X 4LONB 1LLSA 5DVFA 1B5IA 1S7YA 4K3FA 3SESA 3U1OA 1FW0A 4HW8A 4I9DA 2D3IA 3KGCA 5CMCA 3E9XA 2I3WA 2A5TB 3KSJA 1ZLQA 1LGBC 1XVYA 4BDLA 3D4GA 5TP9B 2D21A 3K02A 2FNCA 2Z23A 1LAGE 4QFLA 1P1WA 1R9QA 4U22A 1LCFA 4FJPA 5CBRA 5CRYA 1B6HA 3FIRA 4KQPA 4GVOA 4EF1A 1J1NA 1AIVA 4ESXA 4RYAA 3GLBA 1RYOA 2QMXA 2NOOA 2F7AA 3KN8A 1VFEA 2DP8A 1H44A 2DXRA 4NF5A 2R71A 3OEKA 3E4RA 3OO9A 3O97A 3T96B 2F7BA 4GIZA 4NEDA 1SYIA 2HXWA 1Y3QA 2O7UA 3H6WA 2Y7IA 3LSWA 2YLNA 3UK4A 2XXRA 3CIJA 4BDQA 1B5JA 4PFYA 3TDJA 4FAJA 1LCTA 4THIA 5I2NA 4U4XA 2F36A 5CMMA 1AL3A 4ONYA 4ISUA 5CMBA 3SEVA 4KHZE 2I0CA 1UTBA 4OYVA 3V8XB 1USYH 1UIUA 1MPCA 4XIGQ 2DVZA 3SEYA 4F3GA 4IO5A 1LSTA 2F97A 3H7MA 3A3UA 3ILUB 3CFXA 2UVHA 4NE4A 3K01A 3MWBA 3OENA 3GBAA 3FATA 3PPRA 3K1PA 4NF8A 2ZNUA 1OMPA 2HAVA 1NH8A 5LOMA 4F19A 2VGQA 2WKYA 3CSGA 1B7HA 4HCWA 1BLFA 3RNNA 4ECFA 1MY4A 4KPTA 2ANJA 4H8IA 5EYFA 2G29A 1M5FA 4G68C 3E3KA 2H4IA 1A8FA 2I0BA 5IKBA 3PV0E 1NNFA 2ALUA 2QJEA 2BJJX 3H3GA 3K6UA 1B32A 3RTFB 2Y84A 1M5CA 1F9BA 3H06B 4DDDA 1POTA 3HCQA 3W9WA 3KFMA 4F29A 5CC2A 4IO3A 1AH5A 4P0IA 4YAHX 4LQ2A 1MH4A 4X48A 1GVCA 1ANFA 5I56A 4QFNA 3MVWA 3ZS6A 5JK4A 1MS7A 4U2RA 3LBSA 4UA8A 4F3BA 5DVJA 4E0WA 4DXBA 1USYE 1R6ZA 2DS9A 4BLAA 2OWSA 1URSA 4GL8A 5JTYB 3H6UA 4F18A 2P2AA 2A5TA 1QULA 1IXHA 4IGTA 1ZU0A 5TP9A 3QAXA 1N0TA 4AQ4A 4YKIA 2AYSA 4H8JA 1JVYA 4BDRA 3N6TA 3QK6A 2XHDA 3ILTB 1XC1A 1R1NA 4MLQA 3CVGA 1H43A 2ZNSA 4YZZA 2Z8FA 5ICTA 3RUMA 3UP9A 1B5HA 1HSEA 2Y7KA 4EQ7A 4R6KA 3RY3A 2I4CA 1XS5A 4FEDA 1CB6A 4YKJA 4KCCA 4LUBA 2XXVA 1Q35A 3IORA 3IR1A 4IO7A 4NWDA 5L8DA 1SVXB 3MZ9A 3RT8A 2XXUA 4X1DA 3O66A 2O84X 2DOJA 1MDP1 1Y4CA 2M8CA 1B58A 1KWHA 3O2AA 3WAEA 2KLFA 1GR2A 1L5TA 4RJZA 2RCBA 3T9UA 2QRYA 3OSQA 4F22A 3W15C 2CMOA 2X7PA 3H4ZA 4LATA 3HHFA 4NF6B 3QSLA 5CM6A 4Q30B 1P1QA 4F1VA 2OLBA 3OSRA 5HBCA 3DM0A 3G3JA 1GTKA 4MLVA 3D4CA 1FCKA 1EZPA 3FGSA 2Y7PA 1VR5A 4POXA 1LBCA 1A54A 1Q1KA 3Q27A 2YPNA 2VD2A 2B3BA 4GWOA 5KZTA 4M1VA 1MM6A 4F1YA 1Y20A 4OHNA 4R73A 2GFEA 3MP1A 3LUYA 2Y7RA 2V3UA 2CZLA 4HTGA 4R6HA 4RNSA 5ITPA 2QS2A 4FE8A 1FTMA 1ZKBA 1JQFA 1SW4A 1JEUA 3W9VA 2ZYMA 1EU8A 2G93A 3ONMA 1QVSA 2HFBA 3MJNA 2HAUA 1D4NA 2HCAA 3FVKA 4C0RA 2ONKE 1EZOA 3VVDA 1BKAA 1B3LA 1QUJA 2O7IA 2ONSA 3MBPA 1JEVA 3N94A 2O1MA 4ZE8A 1FTOA 3H6VA 3LSFB 3QUFA 4EQBA 3BFTA 3KOSA 3SKPA 3P7IA 2THIA 4LZ7A 1IEJA 1RKMA 3SEWA 1I6AA 4GD5A 4R9FA 3I3VA 4KYEA 3PPQA 4XKNA 5JTYA 2H9BA 1ZMGA 4ELOA 1B9JA 3U94A 1N3XA 2OJTA 2XXXA 3O6IA 3HN0A 1JVXA 4DXCA 3KBRA 3FD3A 1BIYA 3IB0A 4QSDA 1TFAA 3UORA 2PBWA 4H5GA 4IGRA 1B2HA 4AB5A 2ZYNA 3B6WA 1MQIA 4RK2A 3JV9A 3FJMA 4H65A 4OVJA 4X1BA 4LZ8A 3G3GA 1OVBA 2XD3A 3KOTA 4WEDA 3V83A 3C4MA 1YTVA 2UVGA 4YMBA 5KCJB 2RINA 2Z8EA 2DE2A 2ABHA 1SW5A 4KYSA 3VE1B 4EDPA 3N6UA 1QKBA 5J1DA 4NWCA 4WXJA 2E1SA 1XT8A 2DWHA 2V93A 4EQ9A 1US5A 4U1ZA 4ND9A 2XX8A 1QUKA 4M4GA 5AA1A 1IXGA 2UVJA 1Y1MA 5AA2D 1ZTYA 1B1XA 2QMWA 1P1UA 1OLAA 2Q8JA 1B40A 3O6HA 3ZKKA 4F31B 3G3KA 2QS3A 2XXPA 5A5XB 4I62A 5ITOA 3TAJA 1N04A 2OBGA 3ZKLA 3HSTA 1IQ7A 2HZKA 4YB6A 2V84A 3I6VA 4XKPA 3ODBA 4NF6A 5FTHA 1N7XA 3UIFA 2Q2AA 3CFZA 3HV1A 5TPAB 2FA7A 3MAMA 3TCFA 4FATA 4N6PA 3DELB 1Y1ZA 1LB9A 1GV8A 5H8QB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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