1T0KA

Joint x-ray and nmr refinement of yeast l30e-mrna complex
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
GKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Joint X-Ray and NMR Refinement of the Yeast L30e-mRNA Complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*UP*GP*UP*CP*C)-3'
molecule tags Ribosome
source organism Escherichia coli
total genus 104
structure length 365
sequence length 365
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1t0kA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1t0kA01
3L6GA 2O7UA 4RK2A 1OVTA 2YLNA 2VP1A 2NOOA 4LP2B 2DYXA 3K6UA 4H6DA 2O6AA 4GD5A 4YICA 1DOTA 1FQCA 3RGYA 3B6QA 1DSNA 3R26A 2F6GA 1LFHA 2X26A 1BP5A 1ZTYA 1ZMGA 3SESA 5KZTA 4KYDA 1QVSA 2XXXA 3PPPA 2QJEA 3FATA 4HTGA 5B7DA 3CG3A 3FJ7A 1AH5A 2YJPA 3WAFA 2I4BA 4H5FA 5ELVA 2ABHA 1B32A 1P99A 3KZGA 1LSTA 2V84A 4PP0A 1MDP1 1Y3NA 3EF7A 4LQ5A 4DXBA 3DM0A 1MS7A 5CMCA 2RCBA 2XXQA 1UTBB 1QW0A 3UN6A 3HHGA 3OXNA 2DE4A 4DZ1A 1B9JA 1DPPA 4MBPA 1MY0A 3EHUA 1MXZA 1XS5A 2P2AA 3TFLA 4N07A 4EUOA 5AA2D 3ZSFA 3MW0A 1J1NA 4GOTA 2XXVA 4F1UA 4Q0CA 3RT6B 4MLVA 3T22A 2DVZA 4P0IA 5JK4A 2CZLA 2W7YA 5K2YA 1B3FA 1O7TA 2REGA 2V93A 4E0XA 1OQHA 3MZBA 1B0LA 4WEPA 1MXVA 3SKPA 2OZZA 4LZ8A 4RY1A 3PUZE 1Y4TA 3PUYE 5EHMA 2XX9A 5AA3A 2Q9TA 3UIFA 4QFLA 3H4ZA 2RCAA 3EQ1A 3Q28A 5K2XA 3FVKA 3PUWE 3FVOA 3OO8A 2QMWA 1UIUA 1Y1MA 3MBPA 1LGBC 1LLSA 2YPNA 3VXCA 2Y7WA 1TFDA 3PPRA 3C32A 2F5XA 3K4UA 3LSLA 3SEYA 4JB7A 4LQ2A 4KPTA 3KBRA 1IEJA 4XKPA 4O3AA 1MQHA 4I8CA 3BFTA 1H43A 4IO3A 1DMBA 2I3WA 2XHDA 1YAEA 2FNCA 4GWOA 3MVZA 4QSCA 5H8FA 5AA2B 3C9HA 1NL5A 1O64A 3FGSA 1II5A 4JDFA 3M3KA 1EZOA 4Q30B 1N0TA 4WEDA 1ATGA 1DTZA 1RKMA 3EHSA 4KD5A 1A8EA 2XXRA 2ZXTA 3OO7A 5I59B 1NMUA 2F97A 4NF4A 3GLBA 4QSDA 3U72A 1Y4CA 3U92A 2DP8A 4ESWA 5ISUA 4C0RA 2HZLA 2VGQA 1MH4A 3K6XA 4KCDA 2OK2A 1HSEA 2XXTA 5H8HB 5HBCA 1LAXA 4NF6B 5IKBA 4GLIA 4POXA 1B3EA 1QUIA 3QXMA 3TTNA 4BDOA 3A3UA 2QSXA 2RKMA 4G68B 1CE2A 1P1OA 3FXQA 3O6HA 4ESXA 3SETA 1FQDA 2QPQA 4OERA 3A3CA 3T66A 3KEIA 4G8MA 1NH7A 1LB8A 4U4XA 1B7UA 1MG1A 4ZS9A 4EXLA 2R9JA 5AA4B 5JEIA 1B4HA 4G2ZA 4C1TA 1N84A 3JZJA 5DVJA 2NWJA 3VV5A 4ND9A 2O51A 2QS4A 2B3FA 4OENA 5TPAB 3E3KA 4IO2A 5I2NB 1DPEA 2F35A 3O97A 3V5AA 2WKYA 4RNSA 2HQ0A 3TAJA 4F18A 4JXIA 5I84A 1B5IA 3H6TA 3VDFA 4GF8A 1IQ7A 4ECFA 5DT6A 5ICTA 1N7WA 3IOWA 4K3FA 3MVWA 4PFYA 1B0HA 4NF5B 5M2VA 1TFAA 4GXSB 1VFDA 3HN0A 1PB7A 4MFIA 1QUKA 3MP6A 4R6YA 3RT8A 4GQOA 2ZYNA 3LSFB 1EZ9A 5L9OA 1SVXB 5IAIA 3PMWA 2VOZA 3A09A 4IB2A 3K6WA 4YKKA 2OCUA 4OFOA 5L9MA 3TTMA 4EDPA 4F2QA 4AB6A 4XTCQ 4X1BA 3K1NA 3IB0A 2R71A 3S9MC 3PD8A 5AA1A 4QF9A 2DE2A 4ZE9A 3KFMA 4O3BA 1Y3QA 3RTFB 2PT1A 5DEXA 3GZGA 2A5TB 2I0CA 4H0WA 3TCFA 1AMFA 1OIBA 2QRYA 1B1HA 5H8NB 1MXUA 1DTGA 4JSDA 4Z0IA 4LUBA 4KQPA 3IB1A 3O6IA 3B6WA 1S9TA 4I9DA 3R6UA 4MLQA 1ELJA 2HFBA 2DE3A 4OHNA 1FQEA 3LC8A 1JVYA 1URGA 3ZKLA 1Z7NE 4IO7A 1Q35A 3QIMA 5H8QA 5I57A 1N04A 3N6UA 2OWTA 3O66A 1PB8A 4IO5A 1MY4A 3FIRA 3SEUA 3SEWA 5I56B 5JTYB 3THIA 3VVDA 1B52A 4RXLA 1LAHE 1POTA 4KI0E 1M5BA 2XXPA 4N6PA 3T9HB 1MQDA 3U8QA 3ILUB 3KSJA 1FCKA 1SW4A 4KYSA 3K6VA 2XD3A 1OMPA 3UGWA 3KN3A 1B6HA 1ZBMA 3KG2A 4MH5A 4F39A 5KCJA 3OSQA 2NVUB 3C4MA 5CBSA 3RN8A 1US4A 3CG1A 2THIA 1BTJA 5I2KA 2RINA 3TTRA 2ZYOA 3V89B 3PMXA 1A54A 1MQJA 1JW5A 4F3BA 1B4ZA 3W15C 4WKMA 3W9VA 3MP1A 4RPNA 1MM7A 3TPAA 3D4CA 1B58A 2ZNTA 3TUSA 4I62A 1M5FA 3LBSA 4KCCA 4DCYA 1UIVA 1SBPA 4XKNA 2ANJA 3EPEA 4PFWA 4KHZE 5ITOA 3CSBA 2LAOA 2Z8FA 1KWHA 1T0KA 4PETA 2P1SA 3S4UA 3PPOA 3FASA 2XXHA 4RK9A 3LSWA 3MVYA 3HPIA 1SI1A 2AL4A 1JW1A 1L5TA 2XXUA 3OSRA 2CMOA 3S2VA 4KFQA 1S7YA 1FTJA 4MF3A 1FTOA 4R72A 3TTKA 1H76A 3DP4A 1EH3A 4OFJA 4L17A 3C31A 1LAGE 4BDNA 1B3HA 2ONRA 2Z22A 1OLCA 4UA8A 1FTMA 2V3QA 3OO9A 4U23A 4TLMB 2ZNSA 1Y3PA 3ILTB 4QFNA 2DSFA 5J1DA 1MPDA 4X1DA 4HCYA 1ZLQA 1N3WA 3FUZA 4XKQA 3KJ7A 3FJGA 1NNTA 1MY1A 4GIZA 1A40A 3IAZA 1MXXA 3SEXA 2GRVA 3C34A 1YTVA 3G3JA 2F7AA 3U94A 3U1OA 1NH8A 3G3GA 1A55A 2ESNA 3H6UA 2GFEA 3N26A 1SW5A 3PUVE 1H44A 2UVHA 2Q88A 2XXYA 3FXUA 4RJZA 4YAHX 2V3UA 3T9XB 1NNPA 1YPNA 1ZU0A 1QKBA 3K1PA 5BWJA 3UA8A 2Y7RA 3MZ9A 5A5XB 4QFKA 4U4SA 2XXIA 4YMBA 1I69A 1N76A 4DE8A 3CFLA 4OETA 4EQ9A 1LBCA 2Z8DA 3CRBA 1R9QA 1OQGA 1XVYA 3ZKKA 5H8FB 2HAUA 3T93B 3VLUA 3VLVA 2AYSA 1MY3A 3F11A 2HXWA 3TCGA 1D9YA 2RC8A 3FZVA 3V8XB 4G68C 3VXBA 2H98A 3BKIB 3FJMA 3HSTA 3PPNA 2RC7A 2QMXA 4IGTA 2O1LA 3MJNA 3QSLA 3Q26A 4LVQA 5AA2A 3KN8A 4F2OA 4ZEBA 3S9NC 1MM6A 1IXGA 1SYIA 1USYH 3RUMA 1SYHA 4EF1A 1XT8A 2NXOA 1US5A 1B2HA 3KOTA 3BBRA 4U21A 1YCJA 1WVJA 1QUJA 4ZEFA 3G3HA 3SDFA 3GBAA 2OBGA 1IXIA 4OESA 4H65A 2HZKA 4ZDMA 5CRYA 1AOVA 3Q27A 1MH3A 4YB5A 5KDTA 2X7PA 1M5CA 3PV0E 4OQOA 3K1MA 3QYTA 1B3GA 3TQWA 4ZECA 1FQFA 3N5LA 5L8DA 3WAEA 1SW2A 4YB6A 3H03A 3AXFA 3KJTA 3KSXA 4H5GA 5DYHA 3RPWA 3FV1A 2O68A 1GR2A 3DP6A 3G3KA 3CSGA 3RY3A 4X48A 4YZZA 2Y84A 1BLFA 4LZ5A 1Z7ME 3VLWA 1JQFA 4KR5A 1H45A 3OEMA 2F8DA 1VE4A 3IJOB 4F22A 3TMGA 4NMYA 3O2AA 3CVGA 4X9TA 2H9BA 4C1UA 1P1NA 4NTLA 3MP8A 4XIGQ 3E9XA 1TT1A 3IORA 2PVUA 4KYEA 3T9VA 1H3DA 5DVIA 4ELQA 2VD2A 1AL3A 1B7HA 3TELA 4ELPA 4F3SA 3MAMA 3DLNA 1QJMA 5I2NA 5DVFA 3C35A 4QSEA 4G8NA 5L9SA 2I58A 2O7IA 3VFJA 4N13A 3N94A 3Q29A 1TWYA 1I6AA 4IGRA 2A5SA 1P1QA 4GL0A 3T9UA 3ONMA 3K02A 4FAJA 1PDAA 3GXAA 4IO4A 4QFOA 1PBPA 3TDJA 4YMAA 1UTHA 3VVEA 2F78A 4XKRA 4POWA 1Q1KA 2GH9A 3OEKA 1NNKA 5HPQA 1B05A 5DEXB 4EQ7A 1F9BA 1B7ZA 4QRZA 4ONYA 2Y7PA 3HHFA 2NUVA 4YKIA 1SD3A 4U1ZA 1B51A 4Q5TA 4P11A 3MPKA 1XVXA 4LATA 2H4IA 2F6PA 1MQIA 1R9LA 2B3BA 3S9LC 3M3LA 3CIJA 2A5TA 4ELOA 2DVCA 3I3VA 1O63A 4PFUA 4OWDA 4DIGA 5HM4B 3M3FA 4PE5B 4LONB 4OXVA 1QKAA 1ZJLA 2F36A 3IJXB 4FE8A 1GGGA 5H8SA 3CFZA 5H8QB 1RYXA 2DQVA 3H6VA 3RLFE 5TP9A 4IY6A 2M8CA 1JEVA 4NF8A 1LCTA 1D9VA 1Y20A 3M8UA 3R7XA 3PMVA 2UYFA 2XX8A 2DWIA 2RC9A 3IR1A 1GV8A 4OYVA 5F7VA 4FATA 5EYFA 4U1OA 4JSOA 4OTEA 2UVGA 3K00A 2H25A 5F1QA 1MRPA 2DOJA 3FV2A 1B46A 5KCJB 3PD9A 1FTLA 3RNNA 2ZNUA 5TU0A 3I5OA 4RPOA 4FORA 4GVOA 4U22A 3S9EA 4EF2A 5I58A 4R2BA 1D3KA 2V3TA 1JETA 2PYYA 4F31B 3USDA 5CC2A 1XC1A 1HSJA 4BDQA 1BKAA 4F3GA 2O84X 4ZEDA 1VSOA 4Q8RA 2DXRA 2UVJA 1A7LA 4Z7EA 1I6BA 1VFEA 1LCFA 4JWXA 4F29A 1WODA 5B70A 4TLLB 2ZYMA 3H3GA 5CM6A 2ONSA 3GBBA 3FVNA 1I6QA 3KGCA 3FD3A 4HCWA 3C36A 3CI8A 3VE1B 1URSA 3G3FA 5CBRA 1A8FA 4R2FA 3B6TA 2VD3A 4I1DA 1IXHA 1XOCA 2Q2AA 2E0SA 4F19A 3OO6A 1ANFA 3OELA 3MWBA 3Q25A 4R6HA 4TQUQ 3H7MA 1SI0A 4OVJA 1USYE 1UTBA 3TQLA 3SEVA 1GTKA 1B5JA 3MC2A 4OZ9A 3LUYA 1IITA 4LZ7A 3JV9A 4G8HA 3MVXA 2O1MA 5FHOA 1N3XA 2FA7A 3QAXA 1LBBA 4F1YA 4DCXA 4TOZA 4FEBA 3KOSA 3TCHA 2F7CA 2Q89A 4ZEKA 1FQAA 2H5YA 4YU0A 3ZS6A 2IEEA 4M1VA 3E13X 1Y9UA 1B40A 4GL8A 3E4RA 3O28A 2Y7KA 3G3IA 4O3CA 4AQ4A 2I0BA 1EU8A 1AIVA 1NKXA 2GHAA 4DXCA 5ITPA 1MPBA 1UQWA 3D4GA 2UVIA 1MXWA 4NWDA 4DLDA 3K0VA 3HO7A 3BFUA 2D5WA 1OLAA 3IK6B 5CI5A 3QK6A 4ZZAA 1FW0A 2HAVA 4R9GA 2ALUA 2AIXA 4WXJA 2GHBA 2G29A 1NFTA 2OWSA 3TEPA 3MPLA 2DWAA 4PQJA 5A5XA 1JEUA 4ZEIA 4YKJA 2ZMBA 1FQBA 4FECA 4BDMA 2UYEA 4ISUA 1ZIUA 4YKPA 2H99A 2I4CA 5BUUA 4UACA 2DS9A 1LAFE 2KLFA 4NF4B 1MDQA 3EN3A 2QS3A 1BIYA 4M4GA 4H8IA 3QUFA 2QS2A 3UK4A 1OVBA 3KN7A 4BDRA 1JNFA 3L6HA 3UORA 5CMBA 3DELB 4HS7A 1R6ZA 4QFPA 4AB5A 4G77A 5KDTB 1RYOA 3SERA 4R74A 3W9WA 4H67A 5I59A 4JBZA 1CB6A 4F1VA 4G4PA 2DWJA 4GRKA 3VVFA 3DP8A 2IA4A 4PFTA 1SW1A 3MUQA 3U93A 3FXRA 1URDA 5H8HA 3HCQA 3C33A 1P1UA 4NF6A 5DTBA 3OENA 3PU5A 3FVGA 1SQYA 4E0WA 4G68A 3G7WA 4FIMA 1N7XA 2B65A 4IY5A 1XHYA 3IO4A 1B1XA 2O69A 4H1XA 1PB9A 3I6VA 2OJTA 3CR9A 2F7BA 1MQGA 3TKDA 3K2DA 3TTLA 1R1NA 2Q2CA 4NEDA 2R6GE 1P1WA 1QULA 2XD2A 1JVXA 1WDNA 5AA4A 4ZZEA 4FEDA 1LB9A 1PC3A 3IO6A 1IIWA 5TPAA 4OEUA 2RF1A 4IO6A 2I3VA 5FHMA 3CFXA 2I6EA 3K01A 3O9PA 5FTIA 4U2RA 5FTHA 1LFIA 3PPQA 2AL5A 3T96B 4ZE8A 5AE4A 1PEBA 4NF5A 2BJJX 3P7IA 5LOMA 4NWCA 3TYHA 2P0SA 2PBWA 4OEVA 3N6TA 3IX1A 1UTHB 3PGFA 2I48A 2ONKE 2QL3A 3LR1A 4R6KA 3RQTA 1M5EA 4FJPA 2Z23A 4RA1A 1NNFA 4P0GA 1IUDA 3ECRA 5EHSA 2D21A 4NE4A 1EZPA 4RYAA 4EQBA 3H06B 3MZ1A 3UP9A 1VR5A 2Y7IA 3HV1A 2DXYA 3MQ9A 4QHQA 2XXWA 1GVCA 4EXKA 3EHTA 3O29A 4OMBA 2VHAA 3JYRA 3QUJA 3IB2A 4R75A 1HSLA 2PT2A 3TODA 1B3LA 1Y1ZA 5TP9B 5H8NA 4H8JA 4R73A 3RTWB 5I57B 3ODBA 4GFRA 2I49A 4NF8B 3OD7A 2UXAA 4DDDA 3V83A 1IZ1A 4XXUA 1D4NA 2XX7A 1FTKA 5CMMA 4HW8A 2X7QA 4F3PA 1MXYA 2HCAA 3LSXA 4R9FA 2Q8JA 5FHNA 1A99A 4ELRA 1POY1 2FYIA 2G93A 2PMSA 5CMKA 1ZKBA 3H6WA 2F34A 2OLBA 3IL1B 5ICQA 2ZYKA 4JWOA 1B5HA 1IXCA 3B7DA 4LA9A 1SDXA 2QS1A 3TZAA 5I56A 5JTYA 1TXFA 2D3IA 3PUXE 1LFGA 3IOTA 3O6GA 5I58B 2REJA 2HEUA 2Z8EA 5I2KB 1JW4A 2PX1A 1MY2A 4GXAA 2V25A 3IOUA 2E1SA 3OOAA 4THIA 3OMBA 3IOVA 1S50A 4BDLA 4OFLA 4YB7A 1M5DA 1MPCA 4BLAA 4JWYA 1PBQA 2DWHA 4DXUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3L6GA 4DI4B 2O7UA 4RK2A 1OVTA 2YLNA 2VP1A 2NOOA 4LP2B 2DYXA 3K6UA 4H6DA 2O6AA 4GD5A 4YICA 1DOTA 1FQCA 4OA4A 3RGYA 3B6QA 1DSNA 3R26A 2F6GA 1LFHA 2KQZA 2X26A 1BP5A 1NV5A 1ZTYA 1ZMGA 5EQ9A 3SESA 5KZTA 4KYDA 1QVSA 2XXXA 3PPPA 5I5PA 2QJEA 3FATA 4HTGA 5B7DA 3CG3A 3FJ7A 1AH5A 2YJPA 3WAFA 2I4BA 4H5FA 5ELVA 2PFYA 2ABHA 4X8RA 1FPLA 1B32A 1P99A 3KZGA 4PDDA 1FBGA 4XFEA 1LSTA 2V84A 4PP0A 1MDP1 1Y3NA 5DW8A 3EF7A 4LQ5A 4DXBA 3DM0A 2WBDA 2VPNA 1MS7A 5CMCA 2RCBA 2XXQA 5ET6A 1UTBB 1QW0A 2Q8MA 3UN6A 3HHGA 2WX9A 3OXNA 2DE4A 4DZ1A 2GQ1A 1B9JA 4PE3A 1DPPA 4MBPA 1MY0A 3EHUA 1MXZA 1XS5A 2P2AA 3TFLA 4PF8A 4N07A 4EUOA 5AA2D 3ZSFA 3MW0A 1J1NA 4GOTA 2XXVA 4F1UA 4Q0CA 3RT6B 4MLVA 3T22A 2DVZA 4GBVA 4P0IA 5JK4A 2CZLA 2KR0A 2W7YA 5K2YA 4GWUA 1FRPA 1B3FA 1O7TA 2REGA 2V93A 4E0XA 4PAKA 1OQHA 4PCDA 4N6KA 3MZBA 1B0LA 4WEPA 1MXVA 3SKPA 1IMDA 2OZZA 4LZ8A 2OX3A 4RY1A 3PUZE 1Y4TA 3PUYE 5EHMA 2XX9A 3LUZA 5AA3A 2Q9TA 4UABA 3UIFA 4QFLA 3H4ZA 2RCAA 3EQ1A 3Q28A 5EQAA 5K2XA 3FVKA 3PUWE 3FVOA 3OO8A 2QMWA 1UIUA 1Y1MA 3MBPA 4GX4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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