1T3RA

Hiv protease wild-type in complex with tmc114 inhibitor
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords protease RETROPEPSIN
publication title Discovery and selection of TMC114, a next generation HIV-1 protease inhibitor
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1t3rA00
3NSHA 5P7HA 2OF0A 5P6NA 3I25A 5P3PA 2WECA 5P2MA 4TVGA 5P8FA 4Q1YA 1K6PA 3QIHA 3TPJA 5OZLA 4H3IA 3LHGA 1A94A 4AMTA 3Q70A 3QN8A 5P61A 4Y5KA 1D4SA 1EPPE 3RSVA 2QD7A 4IVTA 2ASIA 5P8OA 1FGCC 2NXLA 4OBHA 1F7AA 4EJDA 1TQFA 3S43B 3VG1A 5UPJA 2BKSA 1IDAA 3B7VA 1LF4A 3TH9A 5P35A 3S56A 1HEFE 2J9KA 5OYWA 4HEGA 5P3AA 1C70A 3NXEA 2HC0A 5P2LA 5P11A 3QRVA 1G0VA 2V11C 1T7IA 2ER0E 2VNMA 1KJ4A 2Q3KA 3KMXA 5P26A 1FMUA 5P1GA 5ENMA 1K6TA 3UQUA 4ZSPA 4NJUA 1EC1A 5P14A 5P0XA 2F81A 4X7IA 1IIQA 1N49A 5HD0A 2AVVA 2I4DA 2RMPA 2ZJLA 5P2IA 1UH8A 1LYWA 5P18A 2ZHUA 2AOFA 4KE1A 4DJRA 8HVPA 2FXEA 2R38A 4YD4A 5P3SA 4BELA 2R3WA 1T7JA 4OD9A 2WEDA 1HTEA 5P8PA 5P1RA 5DR7A 4GZFA 5JG1A 4Y44A 4J1HA 2IQGA 1A30A 1HHPA 1ZSFA 1ZPAA 1ZBGA 4NKKA 1YX9A 4FM7A 4FGXA 4D89A 5P7BA 2IKOA 2O4SA 5P1YA 1HVIA 2QI1A 2ZJJA 4L7GA 1LYAB 3ZKXA 3EBZA 5AHAA 3DJKA 4Y3FA 3FSMA 5P4XA 3K5FA 4DV9A 4LBTA 5P4IA 4L1AA 5P37A 4HDPA 3VUCA 4DPFA 3WB5A 4RYCA 3SA9A 3PWRA 4PEPA 1APWE 2IDWA 1HPXA 1PPME 5P1DA 5OZCA 1SIPA 2B8LA 1EC0A 2BPWA 5J25A 2FLEA 5P01A 4I8ZA 4RCDA 6APRE 3CKPA 3EKVA 5OYUA 5OZ0A 3QRSA 1LF2A 4Y3TA 2QMGA 3EL1A 4Y43A 4ER1E 5P3WA 2APRA 5P66A 2AZCA 2QMDA 2IS0A 3CIDA 4D85A 4FRIA 4JP9A 4LXAA 5OYTA 5P8CA 1E5OE 3RU1A 4Y4AA 2VJ6A 3OWNA 1ENTE 5P03A 1TSQA 3APRE 3PHVA 1DMPA 3GI6A 4ZE6A 4DJYA 5P4JA 5OYSA 5P00A 4GJDA 5P0BA 1NH0A 2VIJA 5P41A 3IXOA 1FQ7A 3KT5A 4Y5MA 5P5GA 3QPJA 1D4JA 3MXDA 2QD8A 2A1EA 2AOIA 5P1QA 4KE0A 4Y3PA 5P87A 2PWCA 4DI2A 3SM2A 1FFIC 2WKZA 1F34A 5P0WA 5P3FA 5P2EA 3ER5E 4HZTA 5P3QA 5P72A 2AZ9A 4NJSA 5P1XA 4GMIA 1YT9A 2R5PA 1MVPA 5P4KA 5JFPA 4CMSA 1HVCA 4I8WA 5P1VA 5I3XA 2G1YA 1EBYA 4R95A 1YM2A 2NNKA 3LNKA 4R93A 2G94A 1PSOE 3GGXA 5P3YA 5DR0A 2B8VA 2OHTA 4GJ9A 2AOHA 5P2CA 4QJ2A 3D1ZA 4L6BA 5OZQA 1XN2A 3GGAA 3TKWA 3LPKA 3URLA 2AVQA 2F3FA 2WEZA 4FSEA 3UFLA 4ZLSA 2V12C 4Y4TA 3DM6A 5ENKA 1ODWA 1XDHA 3D1YA 1HPVA 5P8SA 5P0NA 2P3AA 5OZYA 1HIIA 2QU3A 1XL2A 1GVTA 2PSUA 4A4QA 5P0TA 3I7EA 5P6PA 1YTHA 2V13A 3NWQA 3KN0A 3T11A 3UDKA 4Y3AA 1AIDA 4Y41A 3A2OA 5P6TA 4BFDA 2V10C 5OZ5A 4DQEA 3VCMA 4GJCA 4YD7A 3EKTA 4DQGA 1FMXA 3EM3A 5P3MA 3TNEA 5P4GA 3CMSA 5P57A 2QCIA 1DAZC 2AOGA 3KYRA 1SMRA 4QLHA 2ZYEA 4JECA 3UPJA 3PEPA 4Y57A 5P1OA 5ER1E 4DUSA 5P0GA 2NMZA 5P0FA 5KR2A 4J1IA 1QBRA 4NJTA 4OC6B 4NJVA 2G21A 3PMUA 5P02A 5P3ZA 1B6JA 5P2FA 3PCZA 1SP5A 4B77A 3BUHA 4Y53A 1PFZA 5OZ2A 3SKFA 4EXGA 7UPJA 2PH6A 4B78A 3BXSA 3SLZA 5DR3A 1YTGA 4I0GA 4Y6MA 4Z22A 5DGUA 5P5MA 4LXMA 5P2AA 4HE9A 5P73A 5P2WA 1FB7A 2G1NA 2J9JA 5P07A 4Z50A 5P32A 5OZ6A 4H3GA 5DQ5A 3TLHA 5P5WA 3OU1B 5AH7A 3BVBA 2CEJA 5OZFA 5P3GA 2BBBA 5C9DA 2WF2A 2VNNA 3OQ7A 5P4AA 1T3RA 2AQUA 5P2NA 2I4VA 3UDNA 5AHCA 4WY1A 3BXRA 3EKYA 4Y58A 5EZZA 4DQFA 1RQ9A 2FIVA 1HTGA 3OUBA 5P3NA 4A6CA 1XN3A 3OXVA 4J5JA 3Q4BA 2O4NA 3DUYA 2F8GA 1QRPE 2V00A 4J17A 3KDCA 1EAGA 5KQZA 5P7FA 3NLSA 5P2TA 5OZEA 5P3RA 1XS7D 3S85A 5P6SA 3ECGA 5P7WA 1SIVA 4J55A 3FIVA 3AIDA 3OHFA 3S7MA 3HVPA 3G72A 5P4EA 4Y4ZA 2Z54A 5P4DA 3OOTA 3VSWA 2PYMA 4YDGA 1UPJA 2P4JA 4BEKA 1W6IA 3CKRA 2O4LA 4Z2ZA 5P4FA 4Q1XA 4Y3LA 3OADB 1AZ5A 3FNSA 3O9EA 3DCRA 3NUOA 1E80E 2R43A 4FAEA 5P83A 4DJXA 1VIJA 3INFA 4Y5AA 4GJ5A 5P7YA 1EBZA 5P2BA 4H3JA 2QI0A 4Y4UA 3F9QA 3VV8A 3AUPA 4KB9A 1FQXA 2I4UA 3L5DA 1WBMA 5P1LA 4ER2E 4K9HA 5P3HA 5P5TA 2I4XA 2OHNA 4QJ9A 1BXOA 2BB9A 2ZHRA 2QHZA 2IRZA 5P3LA 3OU4B 3R0WA 3LPIA 4E43A 1MERA 5P0KA 4QJAA 1APTE 2AVMA 4YD6A 5P65A 4B70A 3SABA 2RENA 3SQFA 2BPZA 3EXOA 5P1IA 4Y36A 3OQKA 4Y5PA 5P4MA 1FF0C 2B7FA 2V16C 5P6HA 4MC2A 1HVKA 5OZRA 1B6PA 2PC0A 3KDBA 5P47A 5OYZA 5P0MA 5AH8A 3UHLA 4Q5MA 5P0YA 5OZ7A 4RVIA 4LL3A 4Y3WA 3O9LB 3T7PA 1JLDA 4DFGA 2EWYA 4BFBA 2O4PA 4YOAA 5P28A 3OOZA 3PSYA 4X2LA 3KF0A 1LYWB 3PRSA 1HRNA 5HDUA 5P4VA 2PYNA 4K4PA 1ZTZA 5P08A 5CONA 5P58A 3PSUA 4RVJA 3ZPSA 3IVHA 5P8LA 5F00A 2I4WA 3PLLA 1BWAA 5P55A 2AOJA 4M8XA 2FXDA 1GVVA 4YOBA 4L7HA 3TPPA 1UH7A 5B18A 9HVPA 2WF1A 5P4CA 3NU6A 3G70A 1DPJA 1FLHA 4S1GA 5OZ9A 5P7TA 4J0PA 3OUDA 5DQCA 2B60A 3O9FA 1FEJC 4EJ8A 3O9AA 2HS1A 5P40A 1HTFA 2VIYA 1EPLE 3C9XA 2PQZA 5P6XA 1HSGA 2QHYA 1VIKA 4DJOA 1FMBA 4J0ZA 1HPSA 1B11A 4L1AB 3OU4A 2ER7E 5P6WA 5P1WA 2UPJA 3KFSA 4CPRA 4TRYA 4APEA 3LINA 3O9GA 4OBJA 2XYEA 4Y3DA 3OQDA 4J1KA 3ER3E 1XE5A 1GVUA 2QI6A 3KFPA 4MC1A 2OHQA 4FRJA 1HXWA 1J71A 4Y5EA 4FRSA 5P6CA 1HBVA 5P5OA 4RLDA 3QVCA 3D20A 3IN4A 3T7QA 3TL9A 2P83A 3SKGA 5P3TA 3O9LA 2HPEA 3TPLA 1RNEA 1W5YA 2IGXA 2HB2A 2G69A 3Q5HA 5AH9A 5P2QA 3N4LA 3VFBA 3OUAA 4Y5GA 3IAWA 2QD6A 5BS4A 4EP3A 5SZ9A 2VJ7A 4FM8A 5C9FA 5P6IA 3OQFA 4Y37A 3RSXA 4R92A 5P4HA 4H1EA 4I0ZA 5SY3A 2Q15A 1TSUA 5OYXA 4WTUA 2QZKA 1IZEA 5OYVA 5P8IA 4D8CA 2O4KA 2QHCA 5IVRA 4J54A 3M9FA 1DW6C 1MTRA 3BRAA 4ACXA 3LZVA 1PSAA 3URJA 2QMPA 3VEUA 3QBHA 4CPTA 5P06A 3OQAA 3BUFA 4YCTA 1MUIA 1KJ7A 5P0QA 5P24A 1MSMA 5P4SA 1LYBA 2OHLA 2VA6A 1EBWA 3IXKA 5P48A 4GJ6A 5P56A 3KDDA 5P09A 5P6LA 5DR4A 3BHEA 3QVIA 3NU4A 3RTNA 3SAAA 5P1JA 3ZPUA 5OZ1A 4EJLA 2BQVA 4I0FA 6FIVA 1WKRA 4A6BA 2H6SA 5OZIA 3WSJA 5P2SA 1HVLA 3D1XA 5HCTA 1RL8A 5DGWA 4DJVA 5P17A 3EL0A 2IGYA 2IKUA 5P0VA 4PHVA 2PK5A 5P5AA 1FIVA 4U8WA 3VV7A 5P2YA 5HE7A 4YD3A 3HLOA 3DK1A 3SA7A 1IDBA 1EPME 4F75A 4LHHA 1IZHA 5OZ8A 4ZPGA 3UDPA 4WY6A 1B5FB 5P31A 3APPA 5P6EA 5P4QA 1KJGA 1KJHA 3UCBA 5BWYA 5P7EA 5P7CA 3LPJA 4Y3QA 3L5EA 5P84A 5P2ZA 3PGIA 5P7OA 4Y5LA 2Z4OA 4R91A 5OZWA 5FIVA 1IZDA 3QI1A 1W50A 5DQ4A 4Y5NA 3O9IA 3LITA 4CPUA 5P8HA 1FFFC 3PM4A 2FDPA 2QNQA 3OGQA 3WZ6A 3EKWA 1Z1HA 4F74A 1D4HA 3PI5A 4I11A 5P69A 5P13A 4ZSRA 5P23A 3SFCA 2XYFA 3ZKMA 2FS4A 2QZLA 2P3BA 4FSLA 4I1CA 3UDMA 4M8YA 1AAQA 5I3VA 2FMBA 2NR6A 1BV7A 2QMFA 1DP5A 5P39A 3FKTA 1A8KA 4GJAA 5HVPA 4Y3ZA 5P20A 5P78A 1BDQA 4QJ8A 1OD1A 2WEAA 5AHBA 3ZKNA 4B72A 1CMSA 1HVRA 5P1NA 3SA3A 5OZZA 4MC9A 5P27A 1W5XA 5P7JA 5KQXA 1IVPA 1LF3A 5P1MA 5HCOA 4AZYA 3DOXA 5P1UA 5OZ4A 2QNNA 4LP9A 5P2VA 5OYYA 2J9JB 3PSGA 2AOEA 5KR0A 4Y3EA 1TW7A 3PCWA 4GB2A 2AODA 3ZLQA 5P05A 5P7SA 1D4KA 5E5KA 3IN3A 3GI4A 2OHRA 5P1HA 5P2UA 4APRE 2AZBA 1D4YA 1EPNE 1B5FA 2VIEA 5P42A 1SDUA 2QU2A 1UH9A 3I6OA 1QBTA 3MSJA 5P8NA 4Y4GA 3ZKIA 5P0HA 5P8BA 5COOA 2RKFA 4LXKA 5HDZA 4OBZB 1AM5A 2ZJNA 3NDWA 1EBKC 4J0VA 4RROA 2ZHTA 3DCKA 2HS2A 1ZAPA 5P63A 4YBFA 2CEMA 1FG6C 5ISKA 4RCEA 2FNTA 3ZKQA 5OZAA 5P4BA 4Y3GA 5P3VA 3UFNA 1YM4A 3L5FA 3VYEA 1ZLFA 2XFKA 5DR1A 5P4WA 4AUCA 2ZGAA 4Y3NA 3GGVA 1HXBA 4DH6A 2G1OA 3EL5A 2AOCA 5P68A 4EYRA 1HTRB 1MRWA 4J0YA 5P89A 1C6YA 5P88A 2BPYA 5IS4A 1LV1A 1IVQA 2ZHSA 3SPKA 1FG8C 1W5VA 5JFUA 1C6ZA 4YD5A 2WEBA 5IE1A 3QP0A 4Y56A 2QK5A 4QJ6A 5P54A 3K4VA 3PB5A 5P2DA 4YBIA 1B6LA 1NSOA 3OHHA 5P3JA 5OZJA 4LC7A 5P8VA 4DVFA 1GNNA 4GJ8A 5P49A 5BRYA 1ZSRA 5P6VA 1LS5A 3FNUA 4RYGA 3QS1A 1XE6A 4HA5A 1ME6A 2BKTA 2NXDA 3HBOA 2IEOA 4OBZA 1MEUA 3GI0A 3BVAA 5P7IA 1IZIA 4DQHA 3SA6A 3SA4A 1LZQA 3I2LA 5HU0A 5P51A 4FCOA 5P5IA 5P6KA 3GGUA 1HOSA 3TOFA 4Y3SA 4EP2A 3UDHA 1AVFA 5P34A 5OZXA 3OXXA 4F73A 4TVHA 5P6FA 4Y3RA 4Y5CA 1TCWA 1MT9A 3R0YA 4Y4JA 2G27A 1A8GA 5P22A 1BDLA 2PH8A 4TRWA 2FNSA 3UDRA 3VYFA 2WF0A 5P7RA 1IBQA 4GYEA 2OAHA 4RRNA 5OYQA 2FDDA 1RPIA 2JE4A 1BVEA 4H3FA 2FGUA 5P5BA 3O9HA 5OZOA 3L5CA 4Y39A 3WZ7A 4OBKA 1RV7A 3I8WA 2OHUA 3OUDB 3Q6YA 4NPUA 3EM4A 3TPRA 1TCXA 5IVTA 2Q55A 2ANLA 3EKQA 5P2XA 3PI0A 4LAPA 4RRSA 3S53A 2I0AA 4R8YA 5P19A 1A9MA 3VLAA 1BAIA 2Q54A 1MIQA 3K5CA 3UQXA 3U6AA 5P5ZA 4K4QA 3RVIA 3G6ZA 5HTZA 1SDVA 2R5QA 5OZGA 4DJWA 2AVSA 5OYRA 2HAHA 2HB4A 5P5KA 3KFRA 4ACUA 5P5RA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NSH A;  5P7H A;  2OF0 A;  5P6N A;  3I25 A;  5P3P A;  2WEC A;  5P2M A;  4TVG A;  5P8F A;  4Q1Y A;  1K6P A;  3QIH A;  3TPJ A;  5OZL A;  4H3I A;  3LHG A;  1A94 A;  4AMT A;  3Q70 A;  3QN8 A;  5P61 A;  4Y5K A;  1D4S A;  1EPP E;  3RSV A;  2QD7 A;  4IVT A;  2ASI A;  5P8O A;  1FGC C;  2NXL A;  4OBH A;  1F7A A;  4EJD A;  1TQF A;  3S43 B;  3VG1 A;  5UPJ A;  2BKS A;  1IDA A;  3B7V A;  1LF4 A;  3TH9 A;  5P35 A;  3S56 A;  1HEF E;  2J9K A;  5OYW A;  4HEG A;  5P3A A;  1C70 A;  3NXE A;  2HC0 A;  5P2L A;  5P11 A;  3QRV A;  1G0V A;  2V11 C;  1T7I A;  2ER0 E;  2VNM A;  1KJ4 A;  2Q3K A;  3KMX A;  5P26 A;  1FMU A;  5P1G A;  5ENM A;  1K6T A;  3UQU A;  4ZSP A;  4NJU A;  1EC1 A;  5P14 A;  5P0X A;  2F81 A;  4X7I A;  1IIQ A;  1N49 A;  5HD0 A;  2AVV A;  2I4D A;  2RMP A;  2ZJL A;  5P2I A;  1UH8 A;  1LYW A;  5P18 A;  2ZHU A;  2AOF A;  4KE1 A;  4DJR A;  8HVP A;  2FXE A;  2R38 A;  4YD4 A;  5P3S A;  4BEL A;  2R3W A;  1T7J A;  4OD9 A;  2WED A;  1HTE A;  5P8P A;  5P1R A;  5DR7 A;  4GZF A;  5JG1 A;  4Y44 A;  4J1H A;  2IQG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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