1T6VL

Crystal structure analysis of the nurse shark new antigen receptor (nar) variable domain in complex with lysozyme
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/immune system
source organism Ginglymostoma cirratum
publication title Crystal structure of a shark single-domain antibody V region in complex with lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 52
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence M
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1t6vL00
1OUEA 1AKIA 1CKHA 1YILA 3W6EA 4Z3MA 2BQKA 5LVIA 5KXRA 4LT3A 3QE8A 1NDMC 4WM5A 5LVHA 3A93A 3EO5A 4NGIA 1XFPL 2BQHA 1LSPA 4WOAA 3K3TA 3LZ2A 134LA 1OUJA 5B07A 3W6CA 3P64A 2EKSC 2HU1A 1KXXA 3FI7A 3A34A 3ULRA 132LA 5KKIA 4HJZA 1B7PA 1LPIA 1LZ9A 5B1GA 1RFPA 4NHPA 1BWIA 3A91A 4NHTA 1IWXA 4DD9A 2Y8PA 1HEQA 1W08A 4PJ2C 1TCYA 1HFYA 2CJLA 3TMXA 4Z98A 1YL0X 5I5QA 1J1PY 1DPWA 1VDTA 2BQNA 1GB2A 3IJUA 3LN2A 4U3XB 4XJBA 2BQFA 4IATA 1UUZC 2XBSA 2YDGA 1IR7A 3AZ5A 1KIQC 4WLTA 1SQ2L 3OJPA 4H92A 1VDSA 3WU9A 2Z18A 3TXGA 1B5XA 1IWVA 2DQIY 1GDWA 2LHMA 1HSWA 4WM2A 1QUTA 1B7SA 2EIZC 4UWNA 4LYCA 3WULA 1NQIA 4P2EA 1WQRA 5D5CA 3B0KA 1LAAA 5LAGA 3A6CY 5KXYA 4NWHA 3WW5A 4OWEA 4H90A 1VDQA 2BPUA 4J0LA 3CT5A 3A95A 4N8ZA 2W1YA 4ETEA 4HTNA 4WL7A 1LHIA 5L3HA 2BQEA 4R0FA 2XJWA 1EQ5A 4LZTA 3A3QA 1IVMA 4NFVA 4XJDA 3WH1A 1GE4A 1LTMA 2IHLA 1LZ5A 2ZNWY 4H94A 1LMQA 5HNCA 2F2NA 2GV0A 2FBBA 1CKDA 2HTXA 1QDTA 1GBZA 1H6MA 2BQAA 4J1AA 1CJ7A 2G4NA 2MECA 2YSSC 1KXYA 1LSAA 4MR1A 2MEGA 2H9JA 2YBLA 3A67Y 1GFVA 4GCFA 1LSCA 4LGKA 6LYTA 4M4OA 2DQGY 5KXNA 3AGHA 1GE2A 4HSFA 3M18B 1YAQA 1IWZA 9LYZA 3HFMY 1LZEA 1GXV2 1XGUC 2DQJY 4AXTA 4WLYA 2MEHA 4XYYA 1ALCA 1LSYA 1F6SA 2DBTA 1UIGA 1QDRA 3AZ6A 1EL1A 4QGZA 1GEZA 193LA 1GEVA 1UIFA 1UIEA 2RSCA 5LIOA 4ZFPA 1GB6A 1QSAA 5LVGA 4LT2A 3LYZA 3WUMA 4OWBA 3W3EA 1JSEA 1IR9A 1B5VA 5B59A 1HMKA 1HEOA 3LHMA 3CSZA 4R6CA 3BKVA 4Z41A 2VB1A 1W6ZA 1YAPA 4GCDA 4AGAA 4EMNA 1YKYX 2BAAA 3A92A 4HTQA 1LZTA 3OK0A 1HELA 4ZIXA 4ET8A 4IJ4A 1OUCA 135LA 4I8SA 5J7CA 4MCKA 1QIOA 2CDSA 4GLVA 5FEKA 2YBNA 1D0LA 1NMMA 1IP1A 3IWRA 1GF0A 1LZ4A 4E3UA 5KXXA 1AT6A 1C43A 1F0WA 1UACY 2DQFC 4PRUA 1IX0A 1DKKA 3TXHA 4W94A 1LHMA 1IWWA 2MEDA 1LSBA 2CGIA 4O34A 4ETCA 1AZFA 1C10A 1LSZA 1LSFA 3EBAB 3N9EA 1JKAA 1GAYA 1GD6A 4CFOA 1B7RA 1F10A 1XEIA 4RLNA 1LJNA 3RZ4A 4CFPA 4B49A 1MELL 1GB3A 3WVXA 1HEWA 3F6ZA 1AM7A 1UICA 5B1FA 5APDA 1CKGA 1JWRA 1LMTA 2X0AA 4WM3A 3T36A 3TXJA 1XGTC 1CKFA 1GFEA 2BQGA 4H93A 1LSNA 4DDBA 4DD1A 1HERA 1B7LA 1JKDA 4BS7A 1B0DA 6LYZA 1OUIA 1QSWA 4CJ2A 2HEBA 4NHSA 4H8XA 4G4CA 4GCEA 1BB3A 1C08C 1P2CC 2G4PA 2W1LA 5KKJA 1IWTA 1GF9A 1LYZA 1I1ZA 1BB4A 2MEIA 2DQEY 4N1CC 5DL9A 1GXXA 3CSRA 1TEWA 2DKVA 4NHQA 1IO5A 1IWUA 2LYMA 5KXTA 2C8OA 2F4AA 2FYDA 3WXUA 1IOCA 4HV2A 5DLAA 1B7NA 1GFHA 4XN6A 4FJRA 3TXFA 4BADA 5HMJA 3E3DA 3WVYA 4OWAA 4X3BA 5KXWA 1RJCB 5IDDA 1GBYA 3TXKA 1GWDA 1XEKA 1D9UA 1IP6A 1GF6A 4H9FA 1I20A 4ZEEA 4NSIA 1JJ3A 1JTTL 4YOPA 1QQYA 2BQCA 3WPKA 2BQIA 1IC5Y 1RI8B 1G7HC 4LT1A 5K7OA 1GFGA 4LFPA 1LZSA 1YROA 4XENA 1NDGC 3WL2A 1GB9A 4PRQA 4G49A 3WPLA 4DD0A 5F14A 3RU5A 1ZVYB 4H91A 3RNXA 4M6DA 3AZ4A 1IP4A 1YKXX 4H8ZA 4NSHA 2YBHA 1GPQC 4NHIA 3TMWA 1IIZA 1DPXA 1LMPA 2HEFA 5F81A 4YENA 1YL1X 1G7MC 3ATOA 5F9UA 4DDAA 4L41A 1IR8A 1H87A 1NKHA 4HTKA 1BVXA 1HFZA 1PZYA 3CT0A 1LZGA 5LXWA 4NGVA 4YEOA 3VWOA 1LZAA 2ZQ4A 5IHGA 1B5WA 2BQBA 3G3BB 3HBDA 3MGWA 4N1EI 4W96A 3J4GA 4WG7A 1HMLA 3ATNA 1BGIA 4WLDA 4WM6A 3W6AA 4DD3A 3AGGG 2H5ZA 1GF7A 3A3RX 1JJ0A 3A96A 4QY9A 4NGJA 4H9BA 4TWSA 2Z12A 1GE1A 3N9AA 4RW2A 1UCOA 4WO6A 3WMKA 3ZEKA 2D4JA 5F16A 2XTHA 4YEMA 1JTOL 4TX7A 5KXMA 3AW7A 1VAUA 2F4GA 1HEMA 1EQEA 1OUDA 1JSFA 1XGPC 2ZNXY 1REXA 1WQQA 5LYZA 1GF3A 153LA 1LZDA 1DI3A 1NBZC 3CSQA 1NF5A 4Z46A 4OOTA 1VEDA 5I53A 1B7QA 1WVUA 5L9JA 3AB6A 4H8YA 1JTPL 1JITA 1IC7Y 4ETDA 1A2YC 1LZYA 4NEBA 1LSEA 2LZTA 3WUAA 1LSGA 1LJIA 1LSMA 1LKRA 1GF5A 1HF4A 3A6BY 4GCCA 4WL6A 1BQLY 4QEQA 4DWXA 1ZV5L 4WMGA 3T6UA 4NGZA 1HSXA 4PHIA 5FDJA 4HJVA 4C5FA 4B0DA 5C6IA 3CT1A 1GB5A 1OQMA 1OUBA 2N5ZA 4G9SA 4ETBA 4IASA 1GF4A 5LA8A 4NGWA 3AZ7A 1FLQA 5EBHA 2HUBA 1LJFA 1UIBA 5F9XA 1IWYA 4XJGA 1C7PA 1GFAA 1HHLA 4H9CA 1LJ3A 2D4IA 5ILFA 1LOZA 3B0IA 1JEFA 1TBYA 4ML7A 2G4QA 7LYZA 1UIDA 1GB8A 4HPEA 4KXIA 1B2KA 2HEAA 2I26L 1WTMA 3QNGA 4NG1A 1QTKA 1RCMA 3A90A 4PGJB 3W6DA 3WU8A 2ZWBA 4YM8A 1GB7A 3BKHA 4RDSA 3WU7A 4II8A 2ZIJA 1RE2A 3B0OA 4GN4A 4OWCA 3WPJA 3D9AC 1IY3A 1LYYA 1IY4A 4GN5C 4CHXA 1C45A 5A3EA 2C8PA 5B05A 4ANRA 3QY4A 3KAMA 3N9CA 5IELA 1FN5A 3HBEX 2Z19A 1GBXA 4J7VA 1ZMYL 5E9RA 1LMOA 1A4VA 1B9OA 1BWJA 1GBWA 2BLXA 4MSTA 1IP7A 2MEAA 1LCNA 1AT5A 2ZIKA 1XGRC 1INUA 4H9IA 2HEDA 4KL7A 2MEEA 5HQ1A 1JIYA 4LYTA 2BQOA 1IP5A 3P68A 5LYTA 4DT3A 1SLYA 1LJJA 5DM9A 1G7LC 1LZBA 1LHHA 1LYSA 1HEPA 1YAOA 1JKCA 1T6VL 3AJNA 4I0CA 5LYMA 1DQJC 1HNLA 1LKSA 1VDPA 2D4KA 4DD7A 3LYOA 2ZYPA 4HP0A 5LA5A 4XADA 1YAMA 3A8ZA 2HECA 4TTDA 3LYTA 2ZYCA 2BQMA 1DI5A 4DC4A 1GBOA 1WVVA 1C46A 1QUSA 5M1YA 1D0MA 1O23A 2Z39A 4PPOA 2BQDA 1GFUA 4WM1A 5FHWA 4BAPA 1FKVA 1UC0A 2B5ZA 1KIRC 4H9AA 2D6BA 4B4EA 3W6FA 5ILCA 3J6KA 1J1OY 2W1MA 4GCBA 1MLCE 2DQHY 1E8LA 5KXLA 154LA 4NGKA 1HC0A 4WO9A 1D0KA 2BQLA 1FKQA 4HV1A 3WW6A 4DDCA 5KY1A 4H9HA 4RW1A 1TAYA 4NWEA 5E4PA 4TSCA 1IOSA 5APCA 1VATA 4NG8A 5I54A 5DN4A 208LA 4KPMA 3EXDA 5C6JA 1LHJA 1YKZX 5L3IA 8LYZA 4FDYA 4RLMA 1FBIX 3CQLA 4QDNA 2LYOA 1LSDA 1B5YA 194LA 1LZ1A 2YBMA 133LA 2HEEA 4B1AA 1NHEA 2NWDX 4OWHA 4C3WA 4G4HA 1UIAA 2DQAA 5D5FA 1WTNA 1V7SA 2BQJA 3GXKA 1PS5A 1D6QA 1V7TA 4HJYA 1JKBA 1VFBC 2MEFA 4LYMA 1FLWA 2W1XA 1N4FA 3RT5X 2DQCY 1CJ9A 1REMA 1NBYC 2I6ZA 4OW1A 5LVKA 5T3FA 2CWIA 3LYMA 5I4YA 3P66A 1BB7A 1UBZA 3B6LA 5HNLA 2I25L 2LZ2A 2Z2EA 2LYZA 4DYGA 4EOFA 3P65A 5I4WA 4XJIA 1CKCA 4ETAA 1B7MA 3HBHA 5A3ZA 1REYA 4LFXA 1CNSA 2DQDY 5APFA 2FBDA 4N0JA 1B7OA 1LZCA 4WM4A 5DN5A 1NWGA 1GAZA 1GFJA 1LJGA 1LZ8A 2AUBA 1IC4Y 1YIKA 2IFFY 2MEBA 3WUNA 1CJ8A 1D6PA 1EQ4A 3TXIA 1DXJA 1XGQC 1BB6A 2YBIA 1HENA 1DKJA 1OUHA 2Z2FA 3LZTA 5C6LA 1IEEA 4KT3A 4TSBA 3WYHA 1KIPC 1LJEA 3RW8A 3W6BA 1Z55A 1BVKC 1I56A 3TXDA 3WXTA 1B5UA 2BLYA 1LJ4A 2A7DA 4LT0A 1JJ1A 2YBJA 4A7DA 3FE0A 1JHLA 2FYCA 1B5ZA 2D91A 4TUNA 3GXRA 4H1PA 1GDXA 2A7FA 1BWHA 3ZVQA 1JISA 4D9ZA 5KJ9A 5KXOA 1F6RA 1YQVY 1XSFA 1JUGA 1YANA 3TMVA 3ZVQB 4N9RA 1G7IC 1LMCA 4LYZA 1DZBX 5LINA 1LYOA 1WQMA 2EPEA 1UA6Y 3B72A 4BAFA 5LVJA 1TDYA 3CB7A 1KXWA 1OUGA 1FDLY 4NSJA 1IP3A 1HFXA 1WQNA 1ZVHL 2F30A 4NSGA 5FSTA 1JPOA 3TXEA 3G3AB 1GB0A 4GN3A 3AGIA 4G4BA 2EQLA 1GHLA 4CGEA 1UIHA 2ZQ3A 4H9EA 1FLYA 2PC2A 2ZILA 3IJVA 4LYBA 5JENB 1LZNA 4J1BA 3A94A 4YF2A 1J1XY 1GFRA 1BHZA 1CJ6A 1XEJA 4WLXA 1LZ6A 4N5RA 1OUFA 4UWUA 4NY5A 3D3DA 1T3PA 2XBRA 5APEA 5KXZA 4NGOA 1REZA 4DD2A 5KXPA 1LZRA 1DI4A 4NGLA 1LHKA 4WG1A 4GLAA 5II3A 1WQPA 2HU3A 2Z37A 4XJHA 5HMVA 2Z38A 3TMUA 4OOOA 3AYQA 1GFKA 4UWVA 4ET9A 1LHLA 1IOTA 2YVBA 1GF8A 3AW6A 3P4ZA 1IP2A 3EMSA 1GBSA 3SP3A 2H9KA 5FELA 3M3UA 1QTEA 2Q0MX 2WARA 1BB5A 4XJFA 1IOQA 5I4XA 1IORA 5KXKA 1GFTA 4B4IA 4NGYA 4NIJA 5B06A 1LJKA 207LA 1GE3A 1GE0A 1OP9B 1G7JC 4HPIA 1LJHA 1OUAA 5LAFA 4B4JA 1WQOA 3TXBA 4LYOA 1LMNA 5KXSA 5AMYA 5FCPA 5HLLA 1FLUA 1LMAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CKHA 4Z3MA 1JTMA 4NGIA 2BQHA 1L47A 1L82A 1L0KA 3HH5A 1L12A 1B6IA 3P64A 4W55A 148LE 4NHPA 4EJ4A 137LA 4DD9A 4NHTA 4PJ2C 3TMXA 4Z98A 5I5QA 1C6BA 4I7LA 2YDGA 1C64A 2Z18A 110LA 4WM2A 4YXCA 1QUTA 4UWNA 3WW5A 4H90A 3GUNA 3CT5A 238LA 3A95A 3CDRA 4HTNA 5L3HA 4R0FA 173LA 4NFVA 4XJDA 3WH1A 2IHLA 246LA 1LMQA 1QDTA 1GBZA 1ZWNA 1CU5A 225LA 3GUJA 1GFVA 1L52A 1PQJA 3AGHA 157LA 1YAQA 1L57A 9LYZA 1C6NA 1LYEA 2OU8A 3DKEX 4AXTA 4WLYA 1ALCA 2RB0X 193LA 1OV7A 3DMZA 3C82A 4DQ7A 1UIFA 1UIEA 5LVGA 3OE9A 1DYBA 4LT2A 3WUMA 1IR9A 1B5VA 1G06A 3SB6A 1L61A 1L68A 1QTZA 3BKVA 2VB1A 1C6AA 1YAPA 1QUHA 3V2YA 2RAYX 4HTQA 1LZTA 1L07A 3OK0A 1HELA 4ET8A 4IJ4A 1OUCA 4MCKA 1QIOA 215LA 4GLVA 1CV4A 1LZ4A 5KXXA 122LA 1C6FA 1F0WA 4PRUA 1IX0A 2B70A 1DKKA 1LHMA 1LSBA 3GUKA 1AZFA 1B7RA 1XEIA 1LWGA 234LA 4B49A 1MELL 3WVXA 1UICA 1CKGA 1XGTC 1L79A 1P46A 1B7LA 1KW7A 1B0DA 1OUIA 1P2RA 1BB3A 1L94A 2W1LA 3CDQA 1IWTA 1L48A 1P37A 1I1ZA 1BB4A 1L67A 2RBPA 2F2QA 4PJZA 1IO5A 2FYDA 1IOCA 1L65A 252LA 1KW5A 168LA 5IDDA 1XEKA 4H9FA 2ANXA 4NSIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1OUE A;  1AKI A;  1CKH A;  1YIL A;  3W6E A;  4Z3M A;  2BQK A;  5LVI A;  5KXR A;  4LT3 A;  3QE8 A;  1NDM C;  4WM5 A;  5LVH A;  3A93 A;  3EO5 A;  4NGI A;  1XFP L;  2BQH A;  1LSP A;  4WOA A;  3K3T A;  3LZ2 A;  134L A;  1OUJ A;  5B07 A;  3W6C A;  3P64 A;  2EKS C;  2HU1 A;  1KXX A;  3FI7 A;  3A34 A;  3ULR A;  132L A;  5KKI A;  4HJZ A;  1B7P A;  1LPI A;  1LZ9 A;  5B1G A;  1RFP A;  4NHP A;  1BWI A;  3A91 A;  4NHT A;  1IWX A;  4DD9 A;  2Y8P A;  1HEQ A;  1W08 A;  4PJ2 C;  1TCY A;  1HFY A;  2CJL A;  3TMX A;  4Z98 A;  1YL0 X;  5I5Q A;  1J1P Y;  1DPW A;  1VDT A;  2BQN A;  1GB2 A;  3IJU A;  3LN2 A;  4U3X B;  4XJB A;  2BQF A;  4IAT A;  1UUZ C;  2XBS A;  2YDG A;  1IR7 A;  3AZ5 A;  1KIQ C;  4WLT A;  1SQ2 L;  3OJP A;  4H92 A;  1VDS A;  3WU9 A;  2Z18 A;  3TXG A;  1B5X A;  1IWV A;  2DQI Y;  1GDW A;  2LHM A;  1HSW A;  4WM2 A;  1QUT A;  1B7S A;  2EIZ C;  4UWN A;  4LYC A;  3WUL A;  1NQI A;  4P2E A;  1WQR A;  5D5C A;  3B0K A;  1LAA A;  5LAG A;  3A6C Y;  5KXY A;  4NWH A;  3WW5 A;  4OWE A;  4H90 A;  1VDQ A;  2BPU A; 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 3ZVQ A;  1JIS A;  4D9Z A;  5KJ9 A;  5KXO A;  1F6R A;  1YQV Y;  1XSF A;  1JUG A;  1YAN A;  3TMV A;  3ZVQ B;  4N9R A;  1G7I C;  1LMC A;  4LYZ A;  1DZB X;  5LIN A;  1LYO A;  1WQM A;  2EPE A;  1UA6 Y;  3B72 A;  4BAF A;  5LVJ A;  1TDY A;  3CB7 A;  1KXW A;  1OUG A;  1FDL Y;  4NSJ A;  1IP3 A;  1HFX A;  1WQN A;  1ZVH L;  2F30 A;  4NSG A;  5FST A;  1JPO A;  3TXE A;  3G3A B;  1GB0 A;  4GN3 A;  3AGI A;  4G4B A;  2EQL A;  1GHL A;  4CGE A;  1UIH A;  2ZQ3 A;  4H9E A;  1FLY A;  2PC2 A;  2ZIL A;  3IJV A;  4LYB A;  5JEN B;  1LZN A;  4J1B A;  3A94 A;  4YF2 A;  1J1X Y;  1GFR A;  1BHZ A;  1CJ6 A;  1XEJ A;  4WLX A;  1LZ6 A;  4N5R A;  1OUF A;  4UWU A;  4NY5 A;  3D3D A;  1T3P A;  2XBR A;  5APE A;  5KXZ A;  4NGO A;  1REZ A;  4DD2 A;  5KXP A;  1LZR A;  1DI4 A;  4NGL A;  1LHK A;  4WG1 A;  4GLA A;  5II3 A;  1WQP A;  2HU3 A;  2Z37 A;  4XJH A;  5HMV A;  2Z38 A;  3TMU A;  4OOO A;  3AYQ A;  1GFK A;  4UWV A;  4ET9 A;  1LHL A;  1IOT A;  2YVB A;  1GF8 A;  3AW6 A;  3P4Z A;  1IP2 A;  3EMS A;  1GBS A;  3SP3 A;  2H9K A;  5FEL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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