1T8AA

Use of sequence duplication to engineer a ligand-triggered long-distance molecular switch in t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSINAAKSELDKAINAAKSELDKAIGANTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Use of sequence duplication to engineer a ligand-triggered, long-distance molecular switch in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 61
structure length 175
sequence length 175
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-05-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1t8aA00
1OVJA 1L25A 1L58A 3DMXA 2O79A 1T6HA 1LW9A 4I7TA 2OTYX 159LA 112LA 1P36A 2QB0B 7LZMA 158LA 1L63A 120LA 4EKQA 1QT3A 110LA 216LA 4EKPA 2NTHA 1OVHA 1QTDA 1LGUA 231LA 1L72A 1ZURA 3OE6A 3SB5A 1L64A 1L35A 1L84A 1C61A 224LA 1T8GA 1P7SA 1LWGA 1QT5A 1C60A 1P2LA 196LA 1L87A 3GUPA 3C8RA 3C7YA 1C67A 4DJHA 3HTBA 3OE8A 1G0JA 4ARJA 1C6CA 1G1WA 1L32A 4W59A 3DN1A 1L76A 3F8VA 4DKLA 148LE 190LA 1L34A 2LCBA 188LA 150LA 4ARQB 1C6PA 137LA 1C6NA 3CDRA 1QUDA 1L67A 2CUUA 3C7ZA 4EKRA 1LWKA 1PQIA 1QS9A 108LA 217LA 3F9LA 4ARMB 107LA 2A4TA 2B6XA 4YXAC 1L75A 3HT9A 4ARQA 4W53A 1QT8A 1L29A 1L61A 185LA 1L13A 1OV7A 1T8FA 1QTHA 171LA 1L20A 1ZWNA 1L47A 3LZMA 1C63A 1L79A 1CU3A 235LA 1L30A 2B6TA 1LI6A 3HUAA 111LA 248LA 1LYGA 1L52A 1L92A 1CV3A 156LA 241LA 1L65A 184LA 1QT7A 4LDLA 4I7OA 2RBSA 1L42A 1QTVA 2Z6BA 186LA 4EPFA 1C6GA 151LA 219LA 140LA 3HH6A 1PQJA 3FI5A 206LA 5LZMA 4I7JA 1L54A 4W52A 1C6AA 1KNIA 2F2QA 1DYAA 214LA 2RBOA 1L68A 1DYGA 3VW7A 1L06A 1L0JA 255LA 2F32A 3GUNA 1L57A 1P56A 1SWZA 1C6KA 2B70A 119LA 115LA 1L44A 1T97A 3C81A 1P37A 250LA 3GULA 1OYUA 1L80A 3DNAA 1SX7A 3C8QA 247LA 2RB0X 1NHBA 1DYFA 218LA 258LA 5I14A 1CV6A 3HDEA 1L50A 1XEPA 1L74A 1L97A 1LPYA 178LA 1P2RA 4S0WA 4I7LA 1SSWA 1K28A 2O7AA 1L39A 143LA 3CDOA 1D9WA 225LA 205LA 256LA 2OE7X 1CTWA 3HT7A 3EMLA 221LA 4W54A 2OTZX 3CDVA 2IGCA 142LA 3JR6A 4OO9A 2HUMA 4I7QA 4W55A 3UONA 122LA 253LA 3CDQA 173LA 145LA 261LA 1L28A 1L04A 1T8AA 3HTDA 1KW7A 129LA 146LA 251LA 1B6IA 2RBQA 1L95A 3CDTA 4W56A 1L99A 4ARPA 1C6EA 1QT4A 1L22A 1OV5A 1LYIA 230LA 2B75A 1L96A 2O4WA 3RUNA 2ANXA 1QTCA 4EPIA 1C6HA 1EPYA 3HWLA 4K5YA 1L93A 1L66A 3DN8A 3ODUA 1CU0A 1P5CA 1DYDA 3SB8A 4I7RA 1PQOA 1JQUA 1L36A 174LA 1DYCA 3V2YA 1WTHA 1L89A 239LA 3G3VA 1D3MA 126LA 1SX2A 3SBAA 1PQDA 4ARLA 165LA 1QUOA 1D3NA 1LI2A 1L51A 1SSYA 1L82A 1L48A 1LLHA 3DN3A 1C6DA 3HUQA 2Q9DA 102LA 1QUHA 234LA 1P3NA 118LA 1L11A 4YXCA 3QAKA 3GUIA 227LA 152LA 155LA 4I7NA 113LA 2RB2X 6LZMA 3SBBC 197LA 4E97A 160LA 211LA 172LA 1JTNA 1L07A 170LA 238LA 157LA 254LA 246LA 4PJZA 104LA 3HTFA 192LA 1L60A 229LA 1L98A 1L18A 1L55A 1LYJA 1QSBA 3NY9A 3HT6A 4EKSA 149LA 200LA 2L78A 1L90A 1L16A 4GRVA 1P6YA 1G06A 128LA 1CU5A 175LA 3DN0A 3D4SA 1CX7A 1L23A 1D2WA 1L46A 3DMZA 144LA 1CV4A 1G07A 168LA 1L00A 1L12A 210LA 260LA 1D2YA 252LA 2B73A 103LA 1C6QA 1L24A 1L45A 127LA 228LA 3PDSA 1QS5A 3C7WA 1L81A 1C6FA 1QSQA 257LA 1L03A 1CUPA 1L71A 1SWYA 242LA 1I6SA 1L14A 1L21A 4YX7C 1G0LA 2B74A 1C62A 177LA 3NY8A 220LA 1C68A 4I7MA 3GUJA 3SN6R 131LA 3V2WA 1L49A 1KS3A 3HH5A 3RZEA 4AQNA 2LZMA 182LA 1CV5A 2OU0X 164LA 2LC9A 1L62A 1L10A 3G3XA 1P46A 1QTZA 1QTBA 3HH4A 4PK0A 1C6IA 1CU2A 4EJ4A 187LA 1G0GA 1LYDA 147LA 162LA 1CUQA 1L56A 198LA 1C6BA 2B6ZA 3SB9A 1L69A 262LA 1C64A 189LA 3HU8A 1CVKA 3C8SA 3HUKA 130LA 2OE4X 4IAPA 183LA 1L02A 232LA 2B6YA 1XJUA 3C80A 2QARC 222LA 1G0QA 3G3WA 4W58A 1G0KA 2B7XA 1L27A 4LZMA 4DAJA 3C82A 3OE9A 215LA 1L15A 3DN6A 199LA 245LA 1D3JA 209LA 2RH1A 3HH3A 1DYEA 3PBLA 1TLAA 2RBNA 1L59A 1G1VA 2RAZX 1PQKA 3GUMA 1L91A 181LA 1CV0A 176LA 3SB7A 139LA 2HULA 2ANVA 4EXMA 1C66A 1ZYTA 1L85A 1LGXA 3SB6A 1CV1A 3C83A 212LA 2OE9X 1D3FA 1L05A 1L09A 1QT6A 4W51A 109LA 1LGWA 3HDFA 1C69A 249LA 2OEAX 243LA 1JTMA 1DYBA 4LDEA 1L37A 244LA 2B6WA 1L26A 1L01A 1KW5A 1OVKA 4ARMA 2OU9A 3HTGA 2Q9EA 114LA 169LA 213LA 223LA 1C6TA 3L64A 3K2RA 180LA 259LA 3OE0A 2RAYX 1L0KA 1L83A 1L31A 1L88A 226LA 4LDOA 1LYHA 3DN4A 163LA 3DN2A 4I7SA 1L73A 2HUKA 1L17A 1LYEA 4GBRB 1P64A 3GUKA 1CU6A 1PQMA 1LYFA 1L08A 2RBPA 1L53A 3GUOA 1KY0A 1LI3A 138LA 1L38A 1OWZA 1C6MA 2NTGA 161LA 166LA 1L43A 233LA 191LA 4ZPUA 1G0PA 1L41A 3NYAA 1OWYA 2RB1X 1XJTA 3FADA 141LA 3HU9A 1KY1A 1L70A 1QUGA 1L94A 3L2XA 3DMVA 1L77A 195LA 2OU8A 2RBRA 167LA 236LA 125LA 4W57A 123LA 1G0MA 240LA 1L40A 1L19A 3DKEX 4I7KA 1C6JA 1C6LA 1C65A 3FA0A 201LA 1L33A 237LA 2B72A 1L86A 3HT8A 4I7PA 2F47A 1CX6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L58A 1GPQC 4BADA 3EMSA 5ILFA 5KKJA 1IWUA 1T6HA 2HEFA 4YM8A 5APFA 5B59A 2QB0B 3WPKA 1LZGA 4LT2A 1GFHA 1IEEA 1NBYC 4NG8A 1LJFA 1OVHA 1QTDA 4PRUA 3OK0A 2A7FA 1HENA 1MELL 1L84A 1LWGA 1QT5A 2MEDA 3C8RA 5L9JA 2D4KA 1C6CA 1WQMA 1L76A 2BQDA 4DKLA 190LA 4WMGA 3CB7A 137LA 4H92A 1PQIA 1WTMA 108LA 3WXUA 5KXZA 2FBBA 1B7OA 3RU5A 4IASA 185LA 1QTHA 171LA 1FN5A 4DQ7A 1LZ8A 1C63A 5EBHA 3OJPA 2B6TA 248LA 1LYGA 184LA 4OWBA 2Z6BA 3RZ4A 1WQOA 1C6GA 151LA 219LA 1NHEA 2MEHA 140LA 1OP9B 3HH6A 3AW7A 206LA 1A4VA 4NGOA 2X0AA 4B0DA 4H8ZA 5F81A 4R6CA 1B5YA 1ZV5L 1DKJA 4W52A 1C6AA 1JKDA 2F2QA 1DYAA 1L68A 3GXKA 4PGJB 2XJWA 2DBTA 1P56A 1IR7A 3IJVA 1PZYA 115LA 4NGYA 2G4QA 4H9EA 1L80A 1SX7A 247LA 1XGTC 258LA 1XEPA 1FLYA 1L97A 3WVYA 4RW1A 4S0WA 4NSHA 143LA 4LYOA 3A91A 4H91A 1UUZC 2OE7X 5I4WA 3WUMA 1XFPL 3CDVA 1NMMA 2DQIY 4HJVA 4LT1A 4OO9A 4UWUA 1IP6A 4ETEA 3TXIA 4A7DA 1LSGA 173LA 4PPOA 3HTDA 2G4PA 129LA 5KXXA 5B06A 1L99A 5FSTA 4H9IA 1OV5A 4RW2A 1D6PA 230LA 1L96A 1MLCE 2ANXA 5LAFA 1C6HA 1EPYA 3E3DA 4K5YA 4LYCA 1KXXA 5KXMA 2MEBA 4BAPA 1LHHA 1DYDA 1GB9A 5KXOA 4I7RA 4DQ5A 4WM5A 3TXDA 3V2YA 239LA 1IORA 1SX2A 4LYBA 4ARLA 5C6IA 4WLDA 3CQLA 3P4ZA 1RJCB 1SLYA 3DN3A 3IWRA 118LA 4NGLA 4Z41A 1RE2A 197LA 211LA 1L07A 5B1GA 1JKAA 1UIEA 4PJZA 1GF0A 104LA 3W6DA 4NIJA 1L18A 1KIPC 2BQNA 3WU8A 4HPEA 1P6YA 2DQHY 3A90A 175LA 1IWYA 1QUTA 1CJ8A 4NGKA 1GBYA 2XBSA 3P68A 1L12A 3A94A 1L24A 1L45A 1XGQC 3PDSA 4Z98A 1CKFA 5KXRA 1L81A 257LA 8LYZA 1I6SA 1UBZA 1L14A 1XGUC 1L21A 5LIOA 1FLQA 1RFPA 1G0LA 3TMXA 3A3QA 220LA 4ZFPA 1GD6A 2WARA 1G7HC 5LVJA 3RZEA 1LMPA 4X3BA 4GCCA 1GF5A 1L62A 3G3XA 3HBEX 1P46A 4PK0A 1C6IA 1YQVY 4EJ4A 1OUEA 1SQ2L 1O23A 1G0GA 4WLTA 1CUQA 4G4HA 4H8YA 2ZQ4A 5E4PA 2BQIA 1LOZA 3HU8A 189LA 4GCBA 4KXIA 130LA 1HHLA 2OE4X 1UIGA 232LA 3C80A 1XJUA 4OWEA 1G0QA 3G3WA 1LJ3A 5KXYA 1G0KA 3K3TA 4LZMA 3OE9A 2Z39A 1WVUA 1D3JA 209LA 4DD0A 1VDQA 1DYEA 1P2CC 3WW5A 2RBNA 2Z12A 3WULA 2RAZX 1HSWA 3B72A 1LZNA 1HFYA 2HECA 4ZIXA 3CSRA 139LA 4LYMA 5HQ1A 1HELA 4Z3MA 1C66A 1ZYTA 1L85A 212LA 1D3FA 4YEOA 1QT6A 1LGWA 3HDFA 249LA 3AZ4A 4NGIA 243LA 1YAQA 3IJUA 4HJYA 2HTXA 2IHLA 1FDLY 1CJ6A 1GFRA 3HTGA 114LA 4C5FA 259LA 1LMOA 3OE0A 1GFKA 1L88A 1GB3A 1LYHA 1GBZA 163LA 3DN4A 1GF3A 1HEOA 2B5ZA 1LYEA 2YBHA 1P64A 3GUKA 1UIDA 1PQMA 5KXSA 5IHGA 2AUBA 1LZRA 1LMQA 1W08A 1OWZA 1C6MA 3EO5A 1FBIX 4ZPUA 1C10A 1L41A 1UIFA 3NYAA 1OWYA 1XJTA 1GE1A 1F10A 2EQLA 1GWDA 2Y8PA 3L2XA 3N9CA 2ZYPA 1GE4A 5LVKA 4MSTA 1JEFA 2OU8A 2F4AA 2Z19A 3SP3A 3ATNA 1L40A 1EQ4A 1IWZA 1J1PY 4I7KA 2BQMA 4HPIA 4YENA 3FA0A 1F6RA 1L33A 237LA 4R0FA 4H90A 4QDNA 4OWHA 1FLWA 2Q0MX 1L25A 1LZ1A 1NQIA 1G7LC 5L3IA 1XSFA 2BQFA 4I7TA 2MECA 1GB5A 3WYHA 3AGHA 2OTYX 2W1MA 3J4GA 3WXTA 1P36A 4NEBA 1TAYA 7LZMA 120LA 5I4YA 4EKQA 3W6EA 4XJIA 110LA 7LYZA 231LA 1L72A 4NSIA 1T8GA 1P7SA 1C60A 1P2LA 196LA 4TSCA 3GUPA 1GB2A 1LHLA 3HBDA 5KXWA 1WTNA 4DJHA 4ARJA 1G1WA 133LA 1IR8A 1LKSA 148LE 1LYSA 1L34A 4TSBA 2LCBA 188LA 5KJ9A 3TXHA 1CKGA 1NDGC 1RCMA 3CDRA 1LWKA 1QS9A 3WUNA 4ARMB 2B6XA 4ARQA 1QT8A 1L13A 1L20A 1HEMA 1LI6A 1BQLY 3N9EA 4ANRA 1L92A 3P65A 1L65A 4H9HA 1QDTA 1QT7A 1GF9A 5LXWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L58 A;  1GPQ C;  4BAD A;  3EMS A;  5ILF A;  5KKJ A;  1IWU A;  1T6H A;  2HEF A;  4YM8 A;  5APF A;  5B59 A;  2QB0 B;  3WPK A;  1LZG A;  4LT2 A;  1GFH A;  1IEE A;  1NBY C;  4NG8 A;  1LJF A;  1OVH A;  1QTD A;  4PRU A;  3OK0 A;  2A7F A;  1HEN A;  1MEL L;  1L84 A;  1LWG A;  1QT5 A;  2MED A;  3C8R A;  5L9J A;  2D4K A;  1C6C A;  1WQM A;  1L76 A;  2BQD A;  4DKL A;  190L A;  4WMG A;  3CB7 A;  137L A;  4H92 A;  1PQI A;  1WTM A;  108L A;  3WXU A;  5KXZ A;  2FBB A;  1B7O A;  3RU5 A;  4IAS A;  185L A;  1QTH A;  171L A;  1FN5 A;  4DQ7 A;  1LZ8 A;  1C63 A;  5EBH A;  3OJP A;  2B6T A;  248L A;  1LYG A;  184L A;  4OWB A;  2Z6B A;  3RZ4 A;  1WQO A;  1C6G A;  151L A;  219L A;  1NHE A;  2MEH A;  140L A;  1OP9 B;  3HH6 A;  3AW7 A;  206L A;  1A4V A;  4NGO A;  2X0A A;  4B0D A;  4H8Z A;  5F81 A;  4R6C A;  1B5Y A;  1ZV5 L;  1DKJ A;  4W52 A;  1C6A A;  1JKD A;  2F2Q A;  1DYA A;  1L68 A;  3GXK A;  4PGJ B;  2XJW A;  2DBT A;  1P56 A;  1IR7 A;  3IJV A;  1PZY A;  115L A;  4NGY A;  2G4Q A;  4H9E A;  1L80 A;  1SX7 A;  247L A; 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