1T97A

Use of sequence duplication to engineer a ligand-triggered long-distance molecular switch in t4 lysozyme
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
173
structure length
165
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSINAAKSELDKAINAAGANTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Use of sequence duplication to engineer a ligand-triggered, long-distance molecular switch in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 50
structure length 165
sequence length 173
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1t97A00
4LDLA 4EXMA 173LA 1JTMA 3C8SA 1KY0A 226LA 4EPFA 3G3XA 1C6QA 4DAJA 141LA 1P37A 1D2YA 1L48A 1QTZA 1PQDA 1G0JA 3DN2A 1CU6A 1L31A 1XJUA 1L37A 4I7RA 109LA 4W57A 244LA 152LA 1G07A 1L18A 258LA 1P3NA 1L36A 230LA 149LA 1C6KA 1CX6A 166LA 4ARMA 4I7JA 1L11A 1L64A 253LA 1LW9A 1JTNA 196LA 3GUOA 184LA 1OWYA 3HTGA 190LA 4I7LA 1L39A 108LA 1P7SA 1SSYA 216LA 3C7YA 1P2LA 1DYDA 2OE9X 2QARC 1L46A 3SB7A 1L71A 1L29A 4I7SA 1L43A 4EPIA 1LYFA 3HU8A 1NHBA 3OE6A 2RB2X 3GULA 4OO9A 3HH5A 3HTDA 169LA 3DMXA 229LA 182LA 143LA 110LA 165LA 4W52A 4W53A 1L41A 1OWZA 1L94A 1G06A 3HDEA 1QT6A 1G0QA 1B6IA 1EPYA 219LA 4E97A 1DYBA 3HT7A 3C82A 176LA 1L10A 3DN3A 1QT4A 4I7NA 3C81A 3C8QA 174LA 1L99A 180LA 3FA0A 1DYEA 1KNIA 1SSWA 2HULA 3GUKA 1L04A 4ZPUA 2OU9A 1QTCA 1L83A 1C67A 2O7AA 3GUPA 4W51A 192LA 1L49A 1L97A 4PK0A 1P6YA 122LA 1L25A 235LA 1CV1A 3NYAA 1QTDA 1PQKA 1L66A 2ANXA 1L61A 1JQUA 1LWGA 1D3JA 195LA 3D4SA 125LA 1D2WA 1C6FA 1CV5A 3L64A 4I7KA 119LA 2HUMA 2OU0X 115LA 200LA 1L22A 1C6MA 1L98A 2RB1X 1L91A 156LA 1L06A 2B74A 227LA 260LA 254LA 178LA 1KY1A 1C6DA 1C6LA 188LA 3SBBC 187LA 3HDFA 3C7WA 1L79A 3GUJA 3PDSA 2B6ZA 126LA 4EKSA 1L81A 138LA 242LA 2OE7X 160LA 1LWKA 129LA 161LA 249LA 1C6HA 237LA 238LA 2CUUA 1L12A 2B6YA 4DJHA 1L44A 1L72A 3GUIA 1OV7A 1QTHA 4I7TA 157LA 1DYFA 1QUDA 151LA 2RBQA 3HT8A 1L34A 228LA 3HT6A 3NY8A 4GRVA 1L70A 1L77A 2RH1A 215LA 1D3MA 1P36A 1L51A 4GBRB 205LA 2Q9DA 4YXCA 186LA 3DN8A 1CV4A 1XJTA 112LA 1LGUA 3RZEA 3PBLA 170LA 183LA 4S0WA 7LZMA 114LA 3NY9A 146LA 1C6PA 4PJZA 1TLAA 2B6TA 3HUQA 2NTGA 1L42A 2F47A 1C69A 1G1VA 3DMZA 163LA 1C6NA 236LA 3CDQA 4ARQB 210LA 1L56A 1P5CA 1C64A 1CU3A 171LA 4I7MA 1QUOA 241LA 162LA 3FI5A 1ZWNA 1L02A 231LA 1LI6A 1PQIA 1SWYA 2RAYX 2B72A 4I7PA 128LA 1SX2A 1QUHA 1L0JA 3HTFA 1CVKA 1T6HA 1L00A 4IAPA 1L16A 3DN4A 225LA 175LA 1L62A 177LA 4W55A 1L52A 2OTZX 1L38A 2B75A 1C61A 3CDRA 1P46A 1C6AA 1L85A 4LDEA 1L59A 1L80A 234LA 1LYIA 251LA 1L74A 1L15A 1OYUA 1SX7A 1T8GA 1L67A 220LA 1L09A 1L82A 3CDVA 221LA 131LA 2O4WA 3DN1A 1L0KA 1L96A 3G3WA 3SB5A 1L19A 103LA 1L07A 2OEAX 1LGXA 1QTVA 3FADA 1T8AA 2B7XA 1QS9A 1SWZA 1OVKA 1LYHA 3GUNA 2HUKA 1QUGA 1CUPA 1L05A 1CUQA 1C6GA 1L47A 1L68A 2L78A 4K5YA 1K28A 1C66A 4W54A 3F9LA 246LA 4EKPA 191LA 1C6JA 3SBAA 2A4TA 1I6SA 1PQMA 1LPYA 3HH6A 1L32A 2Z6BA 148LE 3C83A 1QT5A 206LA 1KW5A 6LZMA 1C6CA 1CU2A 259LA 3OE0A 1L28A 245LA 4LZMA 1WTHA 140LA 3SN6R 1T97A 1P2RA 1L86A 1LI3A 4W59A 211LA 1L27A 167LA 5I14A 1G0LA 1DYCA 1L75A 2B6WA 1PQOA 213LA 4ARMB 4EJ4A 3HU9A 150LA 3CDOA 3HUAA 218LA 1L65A 3LZMA 1L73A 1QT3A 222LA 1L13A 3K2RA 1C6BA 248LA 247LA 3DN0A 1CV0A 224LA 142LA 2OTYX 1L87A 1L69A 2Q9EA 1L24A 3EMLA 3SB9A 3SB6A 1QSQA 2LCBA 2OU8A 1KW7A 1LYEA 1PQJA 1L84A 4I7QA 2RBNA 1L08A 1XEPA 255LA 2RBRA 4ARLA 1LYGA 1QTBA 2B6XA 2RBOA 1C6IA 233LA 250LA 1L55A 3SB8A 168LA 214LA 1ZURA 209LA 239LA 3V2WA 104LA 3GUMA 1T8FA 1C68A 3G3VA 1CV3A 1OV5A 1G0GA 118LA 144LA 3OE9A 1G0KA 262LA 1C6TA 1L93A 243LA 3F8VA 3V2YA 212LA 4I7OA 3C8RA 1L54A 1C6EA 3DMVA 2QB0B 102LA 1G0MA 4DKLA 232LA 1L45A 158LA 3DN6A 189LA 3C80A 1L33A 120LA 4ARQA 137LA 1P64A 1L53A 3JR6A 2NTHA 1QT7A 3RUNA 201LA 1L23A 1KS3A 257LA 2OE4X 2RBPA 1OVJA 2LZMA 1CTWA 1G0PA 1L63A 159LA 1LYDA 1ZYTA 3C7ZA 3HTBA 147LA 1L20A 164LA 1CV6A 3VW7A 1L90A 1LYJA 3HWLA 1L58A 130LA 123LA 5LZMA 1L30A 1D3FA 1L03A 113LA 2F32A 1L40A 1C63A 3DKEX 1L89A 1QSBA 2F2QA 1L88A 1QS5A 197LA 1L21A 3OE8A 1D3NA 127LA 3DNAA 198LA 1C65A 1DYGA 4YX7C 139LA 1L76A 2B70A 1P56A 4YXAC 3CDTA 1CU0A 3QAKA 1L50A 261LA 256LA 1L95A 1G1WA 4W58A 2IGCA 1LI2A 1L60A 1OVHA 1C62A 3L2XA 2RB0X 155LA 252LA 4EKQA 107LA 145LA 1LGWA 1L92A 111LA 1L14A 3HH3A 3HUKA 1L01A 2RAZX 4ARJA 1D9WA 4LDOA 199LA 3HT9A 172LA 1L26A 181LA 1C60A 3HH4A 2ANVA 2RBSA 1LLHA 2O79A 4EKRA 185LA 2LC9A 240LA 1QT8A 1CU5A 2B73A 4AQNA 1L35A 1CX7A 1L57A 223LA 1L17A 3UONA 3ODUA 4ARPA 217LA 1DYAA 4W56A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JTMA 3C8SA 1LYYA 1LZRA 4ZIXA 1GF5A 4DAJA 3TXBA 1L48A 1DI5A 1G0JA 1CU6A 1IP4A 2F30A 5LYMA 1EQEA 1GEVA 1I20A 1IP2A 4NG1A 109LA 1B7RA 258LA 1P3NA 230LA 2MEGA 4YEMA 5DN4A 166LA 4I7JA 1B7OA 5I4WA 4P2EA 2DQHY 196LA 3W6AA 3D9AC 1P7SA 3LN2A 1VFBC 2YDGA 1LJKA 4HSFA 4L41A 3WVXA 1L46A 3SB7A 2I25L 5KXXA 1LMCA 2PC2A 3FE0A 1E8LA 143LA 1OWZA 5L3IA 3HDEA 135LA 1QT6A 1EPYA 4DD2A 4E97A 3HT7A 4R0FA 4LGKA 3TMWA 1REZA 4I7NA 1L99A 3FA0A 4XENA 5M1YA 2HULA 4ZPUA 3LYMA 4ET9A 3CT1A 4CHXA 1BHZA 1L49A 5HNCA 4PK0A 1P6YA 1LHJA 1CV1A 1NWGA 1PS5A 1QTDA 5LVGA 1L66A 5DLAA 1N4FA 1ZMYL 1YKYX 4NGJA 1OUGA 4KT3A 5L9JA 2LYZA 1C6FA 4LZTA 1OUIA 4WL7A 1WTNA 3WUAA 5HMVA 2B74A 1GFRA 2DQJY 178LA 1KY1A 3AZ4A 1C6LA 1H6MA 2ZWBA 4GCEA 3HDFA 3WPLA 1L79A 3GUJA 1GB5A 138LA 2OE7X 160LA 129LA 161LA 249LA 4DJHA 4NY5A 5B05A 1YAMA 1XSFA 4WM2A 1O23A 3NY8A 1G7IC 1L70A 4GCBA 3ZVQB 4LYBA 2XJWA 2ZYCA 1P36A 4HTQA 1NDMC 2Q9DA 4YXCA 3RZEA 1LGUA 183LA 1DPWA 4S0WA 208LA 3J4GA 2D91A 4WO6A 1GF7A 1C46A 146LA 1IP3A 1L42A 1C69A 1FDLY 1LZDA 1JJ1A 1GB9A 1LZNA 210LA 1LZ5A 1L56A 3BKHA 1P5CA 4PHIA 1IR7A 1CU3A 1QUOA 4XN6A 4XJHA 1QSWA 4ZFPA 2A7FA 1HMKA 4NHQA 3A3RX 2B72A 2Z19A 4Z46A 1JTPL 1CJ6A 2HEAA 3HTFA 1L00A 2BQNA 175LA 3A6BY 1FLWA 2C8PA 1L38A 1XGQC 1QTEA 1C61A 3CDRA 4NGZA 1P46A 4LT3A 4NHIA 1GF9A 4QEQA 1L67A 2BQHA 4LYMA 1HFYA 1LMTA 4DT3A 3SB5A 3ULRA 1IY3A 1L07A 1VDTA 3FADA 1T8AA 3E3DA 1KIQC 2B7XA 2BQKA 2Z2EA 5KKJA 1D6QA 1V7SA 4WO9A 5B1FA 3SBAA 1DXJA 2DQDY 1DPXA 1LSFA 5B59A 3C83A 1QT5A 3WUNA 1C6CA 5LVIA 3RW8A 140LA 1REMA 1IORA 7LYZA 3B0KA 3CSZA 4MCKA 1GFKA 5DL9A 1L86A 1T6VL 1LHMA 1LYOA 2YBHA 4DYGA 4EJ4A 3CDOA 1XEJA 1L65A 4GCFA 1L73A 5LVKA 3K2RA 6LYTA 1C6BA 224LA 1INUA 5HNLA 1L69A 3SB9A 1IVMA 2OU8A 1L84A 3IJUA 1L08A 2RBRA 1LZ1A 3ZEKA 3WH1A 1GBYA 1QTBA 2B6XA 2RBOA 250LA 3T6UA 2Y8PA 4DD0A 3CT0A 1D0LA 5LYZA 1YL1X 1UIHA 3G3VA 118LA 262LA 4U3XB 1NQIA 243LA 4NG8A 4BS7A 3V2YA 3GXRA 4I7OA 3P64A 1LZ9A 132LA 3LHMA 4NFVA 189LA 2YBIA 4LT0A 3HBHA 1I1ZA 3JR6A 2NTHA 1B7PA 1QT7A 257LA 2OE4X 1CTWA 1L63A 5KXRA 1AKIA 1LSBA 4CJ2A 3RNXA 2IHLA 3A6CY 1CV6A 1L58A 130LA 3AGIA 1LZEA 1D3FA 5JENB 1YQVY 3N9CA 1C63A 1L89A 3DKEX 1B7QA 1IWUA 1QS5A 1KXYA 1JIYA 2FYCA 4B4JA 4DD7A 3AB6A 4B1AA 4YX7C 2B70A 4OOOA 2D4IA 1LJFA 3CDTA 1CU0A 3QAKA 1HEOA 1UICA 1L95A 2DQCY 3M3UA 1CNSA 3L2XA 1HFZA 145LA 4DQJA 3HH3A 3K3TA 1C43A 1L01A 4H91A 4Z41A 4LDOA 4GCDA 1IC5Y 5D5FA 1C60A 2Z38A 2RBSA 1LLHA 4DD1A 185LA 5B07A 4GLVA 1QT8A 1YANA 2B5ZA 1GF0A 1L35A 3UONA 1QQYA 1C45A 217LA 2G4NA 4NHSA 4W56A 4Z3MA 4LDLA 3D3DA 3G3XA 1P37A 1PQDA 1LZGA 5KY1A 2MEEA 4I7RA 4H90A 4W57A 1G07A 4GN5C 4OOTA 3W6FA 1L36A 3RT5X 1UCOA 5APFA 149LA 2AUBA 1IWZA 4XJGA 1VDQA 1L64A 1LW9A 3RZ4A 2HEBA 3GUOA 184LA 1OWYA 4OWBA 3WU7A 4LYOA 2ZIKA 1SSYA 1IEEA 5LA8A 2BQLA 2OE9X 1C08C 3CB7A 2XQOA 1OUBA 2DBTA 1G7HC 4NWEA 3J6KA 1CKHA 5KXZA 5B06A 3GULA 1GB3A 165LA 1QIOA 1YKXX 1L94A 154LA 176LA 5FHWA 1JKDA 1L10A 2DQAA 174LA 4H94A 3AZ7A 1KNIA 4M6DA 4H8ZA 1C67A 1GB0A 2BQFA 1L97A 5KXWA 5FELA 3NYAA 1PQKA 2MECA 1LZ8A 2LHMA 1Z55A 1F0WA 2ANXA 1LWGA 2BQEA 4IATA 3D4SA 1DI3A 1IOQA 1VEDA 3L64A 4H9FA 1HEMA 5L3HA 115LA 2BQBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JTM A;  3C8S A;  1LYY A;  1LZR A;  4ZIX A;  1GF5 A;  4DAJ A;  3TXB A;  1L48 A;  1DI5 A;  1G0J A;  1CU6 A;  1IP4 A;  2F30 A;  5LYM A;  1EQE A;  1GEV A;  1I20 A;  1IP2 A;  4NG1 A;  109L A;  1B7R A;  258L A;  1P3N A;  230L A;  2MEG A;  4YEM A;  5DN4 A;  166L A;  4I7J A;  1B7O A;  5I4W A;  4P2E A;  2DQH Y;  196L A;  3W6A A;  3D9A C;  1P7S A;  3LN2 A;  1VFB C;  2YDG A;  1LJK A;  4HSF A;  4L41 A;  3WVX A;  1L46 A;  3SB7 A;  2I25 L;  5KXX A;  1LMC A;  2PC2 A;  3FE0 A;  1E8L A;  143L A;  1OWZ A;  5L3I A;  3HDE A;  135L A;  1QT6 A;  1EPY A;  4DD2 A;  4E97 A;  3HT7 A;  4R0F A;  4LGK A;  3TMW A;  1REZ A;  4I7N A;  1L99 A;  3FA0 A;  4XEN A;  5M1Y A;  2HUL A;  4ZPU A;  3LYM A;  4ET9 A;  3CT1 A;  4CHX A;  1BHZ A;  1L49 A;  5HNC A;  4PK0 A;  1P6Y A;  1LHJ A;  1CV1 A;  1NWG A;  1PS5 A;  1QTD A;  5LVG A;  1L66 A;  5DLA A;  1N4F A;  1ZMY L;  1YKY X;  4NGJ A;  1OUG A;  4KT3 A;  5L9J A;  2LYZ A;  1C6F A;  4LZT A;  1OUI A;  4WL7 A;  1WTN A;  3WUA A;  5HMV A;  2B74 A;  1GFR A;  2DQJ Y;  178L A;  1KY1 A;  3AZ4 A; 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