1T97A

Use of sequence duplication to engineer a ligand-triggered long-distance molecular switch in t4 lysozyme
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
173
structure length
165
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSINAAKSELDKAINAAGANTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Use of sequence duplication to engineer a ligand-triggered, long-distance molecular switch in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 50
structure length 165
sequence length 173
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1t97A00
1C68A 3HH5A 111LA 1G1VA 1C6HA 3C8RA 1LYDA 1DYFA 1L14A 1L30A 1OYUA 2F2QA 2RBOA 1OVHA 2O7AA 151LA 183LA 1PQKA 1L61A 178LA 1QUGA 2O4WA 3C81A 3OE6A 1C61A 3F8VA 1G0GA 1L93A 2Z6BA 1QTCA 1K28A 4I7TA 218LA 1L42A 3DKEX 1L86A 4I7QA 144LA 198LA 4EPIA 255LA 1PQDA 3K2RA 1C66A 1L76A 239LA 2B6XA 1CV1A 2Q9EA 1CTWA 1CU2A 1L70A 2OE4X 163LA 175LA 1L58A 1L95A 2RH1A 197LA 2B70A 248LA 3HDFA 1L05A 1B6IA 1DYEA 142LA 2OU9A 1XEPA 1C65A 1C6PA 1L00A 112LA 1LI3A 157LA 1ZWNA 4DAJA 1L13A 127LA 3FA0A 196LA 1G0MA 1L59A 1L55A 3GUNA 4EPFA 1SWZA 2LZMA 251LA 1QTZA 1C6JA 1L11A 2RAZX 245LA 2B6WA 3HWLA 4YXAC 122LA 2B6ZA 2ANVA 229LA 3DN3A 1L60A 1L79A 1L82A 257LA 1L40A 1SX7A 2HUMA 1L0JA 110LA 2B6YA 1QUDA 4DJHA 1L06A 1L19A 3CDOA 1L15A 1L73A 1L47A 230LA 3PBLA 3HTGA 169LA 2B75A 1L46A 3DMZA 4EKPA 1L31A 1G06A 1WTHA 1L67A 1C62A 1L51A 4W55A 2OEAX 1L20A 4PJZA 1L50A 4EKQA 2IGCA 1P46A 1KW5A 1L90A 125LA 1QTHA 2F47A 3CDTA 1L24A 180LA 3CDQA 3V2WA 1ZYTA 1G07A 114LA 3EMLA 3HT6A 1QTDA 4LDOA 3HU8A 4ARQB 224LA 143LA 1C6GA 1L69A 1L71A 3QAKA 3C7ZA 3G3VA 1L21A 1L03A 1L36A 1D3FA 3C82A 2CUUA 4EXMA 3DMXA 3CDVA 1C6KA 139LA 1L88A 260LA 1L16A 216LA 1KW7A 3SB6A 2B74A 3RUNA 1C6FA 1XJTA 1C6EA 1L44A 3ODUA 2OTYX 4I7SA 4I7JA 1DYDA 1LGWA 1L84A 189LA 1D2WA 1L27A 123LA 1C6IA 1L04A 5LZMA 252LA 1CV6A 2QARC 1L91A 107LA 3HUKA 102LA 176LA 209LA 171LA 2B6TA 1L01A 160LA 181LA 1L39A 1L85A 2RB2X 3GUJA 2RBSA 3FADA 243LA 1JTMA 1L83A 1JQUA 152LA 2RB0X 2RBPA 1L28A 1L29A 215LA 211LA 119LA 1P2LA 4I7KA 3GULA 138LA 118LA 1L33A 1C6CA 3L2XA 242LA 190LA 1L49A 1L41A 4YXCA 3HTBA 4YX7C 1L48A 2B73A 1T97A 172LA 1L87A 1L97A 233LA 1L66A 220LA 1L26A 3HTDA 3SB5A 4OO9A 1P36A 2RBNA 1QT4A 4I7LA 2L78A 1CU5A 4W53A 1LLHA 3HH3A 226LA 3DN1A 1L17A 1C67A 1I6SA 1CU0A 258LA 1L09A 223LA 3DN0A 2OE9X 1SSWA 1KY0A 192LA 1L54A 2NTGA 1L34A 1L18A 4I7RA 3G3XA 1CU6A 200LA 4W51A 3UONA 1CV4A 4ARPA 1P6YA 1QT5A 3HDEA 182LA 1L12A 3L64A 1CV0A 1DYGA 145LA 170LA 3OE9A 1NHBA 4W59A 4W54A 1LYJA 4IAPA 3GUKA 206LA 174LA 4I7PA 3SBBC 214LA 3CDRA 3PDSA 1L57A 3C80A 1SWYA 1D3NA 1L68A 1LW9A 1L92A 1L45A 1D9WA 1L81A 165LA 1QT8A 3C8SA 2Q9DA 141LA 3DN4A 1P64A 3NY9A 1C6AA 213LA 2QB0B 4I7OA 1OWZA 161LA 1LPYA 3JR6A 250LA 1PQOA 2RBQA 1P2RA 1L75A 1LGUA 1G1WA 1DYCA 1L08A 1P3NA 1KY1A 1LGXA 1C69A 3DN6A 1LI2A 188LA 1L99A 1LWKA 1C6BA 1OVJA 4LDEA 1OVKA 162LA 2O79A 3HT9A 205LA 246LA 1CUQA 3NYAA 1G0JA 217LA 1D3MA 225LA 4GRVA 1QS5A 3VW7A 1QTBA 4LZMA 1L64A 115LA 3HUQA 1L02A 4I7NA 1LYHA 1L98A 1DYBA 3RZEA 4GBRB 185LA 219LA 3NY8A 1L63A 184LA 7LZMA 1L89A 2LC9A 3DMVA 1L53A 1G0LA 128LA 3HH6A 3F9LA 1C6QA 1L32A 2HULA 1XJUA 3DNAA 1KNIA 1SX2A 1CV3A 210LA 2OE7X 1L25A 1L96A 4DKLA 2OU8A 1L38A 3HT8A 147LA 4ARMB 212LA 158LA 240LA 2RB1X 3DN2A 1CU3A 1QUOA 1C64A 156LA 1CV5A 1L37A 1T8GA 241LA 130LA 1OV5A 5I14A 104LA 227LA 2A4TA 259LA 2F32A 3HTFA 1C6TA 1L72A 232LA 4S0WA 1L23A 261LA 244LA 4W57A 1LYIA 113LA 3HUAA 3SB9A 1T6HA 1SSYA 1D3JA 3DN8A 4EKSA 1LYGA 2OTZX 235LA 1G0PA 1QUHA 199LA 1LYEA 1P37A 1QTVA 4LDLA 4EKRA 1L56A 1P7SA 2NTHA 2OU0X 3OE0A 187LA 4W52A 237LA 1KS3A 2HUKA 159LA 146LA 201LA 228LA 1C6DA 234LA 2B72A 6LZMA 1OWYA 3C83A 1L77A 2LCBA 1C63A 2RAYX 150LA 1LYFA 221LA 3C7WA 1PQMA 173LA 120LA 4W56A 3GUOA 129LA 1EPYA 1T8AA 1P56A 1L35A 1L10A 164LA 1QT3A 1L62A 4ARJA 1C6LA 1D2YA 1CX7A 249LA 1C6MA 1LWGA 3LZMA 1PQJA 1P5CA 1QSBA 3SN6R 3GUPA 126LA 1PQIA 4ARQA 3SBAA 137LA 1G0QA 238LA 3D4SA 1L80A 4EJ4A 3HH4A 191LA 231LA 131LA 1C60A 1L07A 3HT7A 167LA 140LA 1L0KA 3FI5A 4W58A 109LA 1CUPA 1C6NA 262LA 1QT6A 1CVKA 2B7XA 2RBRA 1JTNA 1LI6A 149LA 1CX6A 247LA 2ANXA 3GUMA 3HU9A 253LA 4PK0A 1L22A 3C7YA 155LA 1L52A 256LA 3V2YA 4ARLA 103LA 1TLAA 3OE8A 166LA 1L43A 1T8FA 1L65A 4AQNA 1G0KA 1L94A 177LA 3SB7A 3C8QA 195LA 3SB8A 3GUIA 4ZPUA 222LA 148LE 236LA 4ARMA 186LA 3G3WA 1ZURA 254LA 1DYAA 168LA 1L74A 4E97A 4K5YA 1OV7A 4I7MA 1QS9A 1QT7A 1QSQA 108LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GB9A 1LSCA 2DKVA 1JTPL 1L30A 1OYUA 5LA8A 1OVHA 2O7AA 151LA 1L61A 1UIGA 3C81A 3F8VA 2YBLA 4CFPA 1LMCA 2Z6BA 4I7TA 2YBIA 144LA 198LA 1HMLA 4LGKA 1MELL 2B6XA 2Q9EA 1CU2A 163LA 5D5FA 2B70A 248LA 1RFPA 4GLVA 1GBXA 142LA 2OU9A 1GFEA 1C65A 1L00A 112LA 4DAJA 3FA0A 196LA 2X0AA 1L59A 2BAAA 5FELA 3GUNA 1VEDA 1YAOA 1HF4A 1REMA 1QTZA 1C6JA 1HEPA 1L11A 1XGPC 245LA 3HWLA 1OUJA 2HEAA 4YXAC 1TBYA 4GCBA 1VDSA 4DDBA 1SX7A 4XJHA 2HUMA 5FCPA 3TXFA 4DJHA 1L06A 1L19A 5C6JA 3HTGA 2A7FA 3DMZA 2MEBA 1L31A 1XGRC 2Z2FA 1FLYA 1L51A 1GFGA 1EL1A 2Z37A 1LJIA 3ATNA 5K7OA 1LSMA 1QTHA 1PZYA 1YIKA 5KJ9A 5LAFA 3CDQA 1WQQA 1UC0A 3HU8A 3C7ZA 1L21A 2CDSA 139LA 3A91A 5HLLA 4XYYA 1KW7A 2YDGA 1HSWA 1LMNA 2B74A 4GCFA 2IFFY 1LZCA 3TMXA 4WLDA 5F9UA 1HEMA 1IWUA 5B07A 123LA 2HUBA 4ETDA 4OWHA 2DQFC 1LKSA 4C5FA 5I54A 181LA 3P66A 4UWVA 2RBSA 3T36A 1J1XY 243LA 4NGVA 4RW1A 1JTMA 3CSRA 5DN5A 4ET9A 1JQUA 4P2EA 1GDWA 2RBPA 215LA 211LA 1LMPA 4J7VA 4M4OA 1CKCA 1GB3A 1ZVHL 190LA 1IR7A 1LHIA 1L48A 1GF0A 4BAPA 4H1PA 4DD3A 1XGTC 2DQJY 3TMUA 1GF4A 3HTDA 4H8YA 4KT3A 2L78A 1CU5A 4W53A 1LLHA 4NGWA 4KL7A 1L17A 1V7TA 3DN0A 4W94A 1KY0A 1KIPC 1L54A 3ZEKA 1LJKA 1VFBC 3G3XA 1LSPA 4ARPA 1RCMA 1CV4A 1L12A 3WVXA 4ETEA 4ZEEA 1IY3A 1EQ4A 1LZBA 207LA 4W96A 3GUKA 4LYZA 206LA 3SBBC 4TUNA 214LA 3CDRA 3PDSA 1L57A 1RE2A 1SWYA 1L68A 4QDNA 3C8SA 2ZIJA 1GFUA 2FBDA 4Z41A 1LHKA 3N9EA 4NGYA 5KXYA 1L75A 1KY1A 1LI2A 4G4BA 4H9AA 3A3RX 3WPKA 3BKHA 4LDEA 1OVKA 1REXA 2Z19A 4QY9A 3HBHA 1D3MA 225LA 1UBZA 3VW7A 1F10A 3A96A 1DKKA 1J1OY 3A6CY 1HFYA 3HUQA 3M3UA 1RI8B 4G9SA 1L98A 1QUTA 3TXIA 2HEFA 3SP3A 1L89A 4H91A 2LC9A 3KAMA 4HPIA 1L53A 1GE2A 3A93A 4YEMA 1IR8A 3LZ2A 1JITA 4ARMB 1WTNA 1CU3A 1QUOA 241LA 4OOOA 1LSAA 1VAUA 3D9AC 259LA 4XENA 3WL2A 3TXJA 4S0WA 1L23A 2MECA 5KXTA 3QE8A 1UIDA 5E9RA 2XJWA 3HUAA 4RLMA 2YBNA 1D3JA 1GF6A 1GBOA 3W6DA 3LN2A 4WLYA 1G0PA 4WLTA 1BB3A 3B0KA 1P37A 1IWYA 1IOCA 1L56A 2NTHA 4IATA 237LA 1C6DA 6LZMA 2HTXA 1DKJA 4YEOA 1C63A 3CT5A 3C7WA 5ILCA 120LA 4TWSA 1B7SA 1EPYA 2MEIA 1T8AA 1P56A 1ZV5L 164LA 5C6IA 1D2YA 1WTMA 4NSIA 1C6MA 1PQJA 1P5CA 3GUPA 3WULA 4B0DA 1PQIA 1G0QA 3D4SA 2LZ2A 1GAZA 3CQLA 1CJ7A 1UIEA 1HEOA 1GE4A 2Z18A 2G4NA 1XEKA 3FI5A 109LA 1C6NA 4BAFA 1IP4A 6LYZA 3T6UA 1LI6A 247LA 1JKBA 1MLCE 1YKZX 2Z2EA 3V2YA 1A2YC 1JHLA 4NSJA 1TLAA 3OE8A 1L43A 4AQNA 1L65A 1L94A 1B5YA 4FDYA 1LZEA 3GUIA 148LE 1WVUA 2HEDA 5B1FA 1DYAA 168LA 2EPEA 4PRUA 1UCOA 4WL6A 1OV7A 4X3BA 5DL9A 2G4QA 5F9XA 3HH5A 5I53A 1G1VA 4BS7A 1C6HA 3LYMA 4LYTA 4EMNA 5AMYA 1DYFA 4NWHA 4HV2A 1OUAA 183LA 1LZ1A 5HNLA 178LA 1ZMYL 4NGKA 1C61A 3W6CA 1L93A 1K28A 1GBYA 218LA 3DKEX 4I7QA 1GD6A 3FI7A 3EXDA 1OUGA 1HNLA 4M6DA 5EBHA 1D0KA 1GXV2 1GFRA 1XFPL 1L70A 2OE4X 2EKSC 5HMJA 8LYZA 1L58A 2RH1A 2EIZC 2DQEY 3WYHA 1FN5A 1C7PA 4NG8A 4H94A 2HECA 4WMGA 3B0OA 1GB2A 4EOFA 5FSTA 5LXWA 1YAPA 5KXPA 4WG1A 1H87A 251LA 7LYZA 1BB6A 4WM3A 1WQMA 3P68A 1L79A 1L82A 257LA 1L40A 5I5QA 3A34A 1D6QA 1L0JA 110LA 2B6YA 3PBLA 1L73A 1D6PA 133LA 1OQMA 1IC7Y 1T3PA 2I6ZA 1L46A 153LA 2HU1A 1C62A 4H9CA 2ZQ3A 1IEEA 2OEAX 3OJPA 4ML7A 4PJZA 1CKFA 1L50A 2AUBA 1KW5A 5HNCA 2BPUA 2XQOA 1B2KA 3CDTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GB9 A;  1LSC A;  2DKV A;  1JTP L;  1L30 A;  1OYU A;  5LA8 A;  1OVH A;  2O7A A;  151L A;  1L61 A;  1UIG A;  3C81 A;  3F8V A;  2YBL A;  4CFP A;  1LMC A;  2Z6B A;  4I7T A;  2YBI A;  144L A;  198L A;  1HML A;  4LGK A;  1MEL L;  2B6X A;  2Q9E A;  1CU2 A;  163L A;  5D5F A;  2B70 A;  248L A;  1RFP A;  4GLV A;  1GBX A;  142L A;  2OU9 A;  1GFE A;  1C65 A;  1L00 A;  112L A;  4DAJ A;  3FA0 A;  196L A;  2X0A A;  1L59 A;  2BAA A;  5FEL A;  3GUN A;  1VED A;  1YAO A;  1HF4 A;  1REM A;  1QTZ A;  1C6J A;  1HEP A;  1L11 A;  1XGP C;  245L A;  3HWL A;  1OUJ A;  2HEA A;  4YXA C;  1TBY A;  4GCB A;  1VDS A;  4DDB A;  1SX7 A;  4XJH A;  2HUM A;  5FCP A;  3TXF A;  4DJH A;  1L06 A;  1L19 A;  5C6J A;  3HTG A;  2A7F A;  3DMZ A;  2MEB A;  1L31 A;  1XGR C;  2Z2F A;  1FLY A;  1L51 A;  1GFG A;  1EL1 A;  2Z37 A;  1LJI A;  3ATN A;  5K7O A;  1LSM A;  1QTH A;  1PZY A;  1YIK A;  5KJ9 A;  5LAF A;  3CDQ A;  1WQQ A;  1UC0 A;  3HU8 A;  3C7Z A;  1L21 A;  2CDS A;  139L A;  3A91 A;  5HLL A;  4XYY A;  1KW7 A;  2YDG A;  1HSW A;  1LMN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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