1TBYA

Dissection of the functional role of structural elements of tyrosine-63 in the catalytic action of human lysozyme
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRLWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords HUMAN LYSOZYME
publication title Dissection of the functional role of structural elements of tyrosine-63 in the catalytic action of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1tbyA00
1NMMA 1LZTA 4TUNA 1LYYA 3WPLA 4LT1A 3AGIA 3QY4A 1UIFA 1GF0A 1LAAA 4NWEA 1IP1A 1KXWA 1GE0A 1LTMA 1HNLA 4WL7A 4NFVA 1HFYA 5ILCA 1NBZC 1B0DA 1KXXA 3E3DA 2XTHA 1GB0A 1GXV2 1JISA 194LA 1DKKA 1D0LA 1ZVYB 2AUBA 4AXTA 2D6BA 1VDTA 1QTKA 1JPOA 4B49A 2W1YA 3TXEA 1HSXA 1CJ6A 5DN4A 1FDLY 3P4ZA 3WU7A 3WUNA 3WVXA 2Q0MX 1IC5Y 4NY5A 1LJFA 3WU9A 4RLNA 1WQNA 133LA 2MECA 3W6EA 1LSZA 4DD7A 2W1XA 1YKXX 1IC7Y 5I4WA 1LZYA 5B1GA 5KXWA 1PZYA 1IWZA 2WARA 4N1EI 1JKBA 3A95A 4OWBA 3WMKA 1GDXA 4R0FA 5LVJA 4XYYA 5LIOA 1B5UA 1GF6A 1GF5A 1GF8A 1LHLA 4FDYA 4ETAA 3M3UA 5JENB 4MR1A 1FBIX 1XEJA 3QE8A 1B5ZA 1NBYC 1OUDA 4N9RA 4QGZA 1B7OA 1GEZA 2F4GA 1B7NA 1GE4A 1QUTA 5LAFA 2G4NA 4LFPA 1IP4A 8LYZA 4H90A 1D0MA 1UA6Y 2YBNA 1WQQA 3CT1A 4OW1A 1JJ1A 4DDBA 1LJNA 1VDPA 4H8YA 4WL6A 1T3PA 1J1PY 1LJGA 3A8ZA 1FLWA 5FELA 1HEWA 1C7PA 1G7JC 1HMLA 4ZIXA 1NDMC 1UUZC 1B7SA 1DI4A 2X0AA 1FLUA 1NDGC 1LZBA 2EQLA 2VB1A 2YBJA 1GF7A 1REXA 6LYTA 2GV0A 1YQVY 1IEEA 1CKDA 1LZ5A 1CKGA 4NHIA 1N4FA 3FE0A 1GBWA 3TMVA 1LMNA 1XGTC 4YOPA 3WW6A 3W3EA 1LSEA 5HMVA 1NKHA 2YBLA 1IWTA 1XGRC 1VATA 4G4BA 4NHQA 2ZYPA 1LOZA 5KXNA 1IOQA 2NWDX 4WG7A 4B4EA 1WQOA 5HNLA 5DM9A 1CNSA 2XBRA 4M4OA 3AGHA 2BPUA 4GCBA 4TX7A 2BQOA 4WM1A 1JTTL 4NGJA 1MELL 3K3TA 1GBZA 3OJPA 4WLTA 1JKCA 2BQMA 4GCCA 4WM5A 3HFMY 1JIYA 3RU5A 1LJJA 3LYTA 4II8A 5I4YA 1GFKA 1YAPA 1LKRA 4NGLA 1SLYA 1WVVA 1KIPC 4N8ZA 4NHTA 2ZNXY 4HP0A 4LFXA 2BLYA 2Y8PA 1GXXA 1WTMA 5C6IA 3T36A 3EO5A 1GDWA 4QY9A 4XJBA 4NHPA 1B2KA 3LHMA 3BKVA 2YBIA 2DQEY 1GF3A 2G4QA 4J1BA 1IWVA 4N1CC 5C6LA 4XN6A 9LYZA 1G7MC 1B7MA 2D91A 1UIDA 1GFHA 3AW6A 4O34A 2DQHY 3KAMA 5IDDA 4Z98A 4YM8A 2B5ZA 1B7LA 1LZ9A 2I6ZA 4HTKA 4UWVA 3ATOA 1LZCA 193LA 3RW8A 1JJ0A 1LPIA 4HV1A 4LT3A 2BQKA 3RNXA 1QSWA 1VDQA 5APEA 2ZILA 4H9BA 2LHMA 5APDA 1D9UA 1DQJC 4FJRA 1D6PA 1YIKA 2YSSC 4DD0A 4XJFA 1QQYA 1YKZX 3T6UA 4CHXA 1HC0A 4MCKA 1LZNA 4EOFA 1GFTA 1ALCA 2IFFY 2W1MA 5C6JA 1DI5A 1XGUC 3AGGG 1EQ5A 4YENA 1INUA 5B06A 4WO9A 3A6BY 4DDAA 2Z2FA 2DQJY 2I26L 1IWUA 1JUGA 1KIQC 4LZTA 5KXMA 3CSRA 5KXXA 3TXKA 1QSAA 5D5CA 3N9CA 4E3UA 4H9FA 1LMPA 4NG1A 1GBXA 3WVYA 4HPEA 2BQNA 1BGIA 1HENA 1YL1X 3AZ4A 1IY3A 1B5XA 1LMTA 2ZQ4A 3WXTA 5A3EA 2FYCA 4DT3A 4DC4A 1IWWA 1F10A 3W6DA 3WL2A 5A3ZA 1P2CC 4AGAA 4L41A 4KL7A 1H87A 1GWDA 4D9ZA 4BAFA 1W6ZA 2HEAA 1OUJA 1DI3A 1CJ8A 3B0OA 3WXUA 1IOTA 3WYHA 1GB3A 2BQLA 4RLMA 3ULRA 5FHWA 4NGIA 1AKIA 1OUCA 4DD1A 5J7CA 1GB5A 4LGKA 2FYDA 5I5QA 1G7IC 1LZ6A 3LZTA 4Z46A 4MSTA 4R6CA 1LMQA 1IP6A 4KXIA 3ATNA 1JTPL 4P2EA 1J1OY 5I4XA 2F2NA 1OUBA 1TAYA 3B6LA 3D3DA 3WUAA 5IELA 3CT5A 1HFXA 1GFGA 4NSIA 4DD9A 2Z12A 5L9JA 1FLQA 3HBEX 1YAQA 1Z55A 1GBYA 1JWRA 4OWAA 4N0JA 1JHLA 5DN5A 208LA 2XJWA 1CJ7A 5KKIA 1DKJA 1AM7A 1B5VA 4BADA 3RZ4A 5T3FA 4ET9A 4XJIA 1O23A 1LSCA 4BS7A 4CJ2A 5KJ9A 1OP9B 2W1LA 5HQ1A 1UBZA 1LZGA 1IWYA 2HEBA 1GB8A 4GCDA 2ZNWY 4ET8A 4Z41A 207LA 1UACY 1LZRA 2YDGA 1J1XY 5F81A 2DQCY 1IORA 2HEFA 1BB5A 2MEAA 5AMYA 4OOTA 2BQBA 4OWHA 5KXRA 4YF2A 5KXOA 1C45A 2C8OA 2LYOA 4DWXA 1HEQA 1HSWA 2Z2EA 1NF5A 1B5YA 3TMXA 6LYZA 2DKVA 1IOSA 5IHGA 2D4JA 1HMKA 2D4IA 4X3BA 1IP7A 1CKCA 5KXLA 1UIGA 4LYOA 3F6ZA 4OWEA 3AJNA 4NGKA 1FLYA 3QNGA 5HLLA 1UICA 1GAYA 1PS5A 1UC0A 5LVHA 1NWGA 1DPXA 1HEPA 1VFBC 5K7OA 1LCNA 4ETBA 3CT0A 1LJ4A 4UWNA 1F6SA 4WLDA 5LXWA 1A2YC 1REZA 3SP3A 2F4AA 1LJ3A 1GBOA 1LJIA 4DYGA 1XGPC 3AW7A 3CSQA 3D9AC 5LA8A 2BQCA 1I56A 5HNCA 5M1YA 1TCYA 4RW1A 3TXBA 132LA 1C10A 4CFPA 4ZFPA 5B05A 1G7HC 3A94A 1VDSA 154LA 1OUIA 1WQMA 2HU3A 1RFPA 1XEIA 3P66A 1BVKC 1LHHA 2Z39A 3W6BA 2MEEA 1F0WA 1LYZA 2BLXA 2HTXA 5KXZA 3WW5A 4EMNA 1SQ2L 2BQDA 2BQIA 1GD6A 4HTNA 4I0CA 3ZVQA 1IR8A 1YAOA 4WG1A 2Z19A 1IP3A 4H93A 3A3QA 1BWIA 4OOOA 4H9HA 1EL1A 3TXGA 1YAMA 1RJCB 1B7PA 1IC4Y 2CDSA 4GN4A 3TXFA 1I1ZA 1YILA 4J7VA 1GEVA 4NHSA 2ZYCA 4XADA 1T6VL 1REMA 4H9IA 1ZV5L 3N9AA 1IR9A 1JSEA 5LYZA 3W6FA 5FCPA 4KPMA 1WVUA 1FKQA 3IWRA 3TXIA 3W6CA 4WO6A 5KKJA 2DBTA 4OWCA 1HERA 2FBDA 4ML7A 5F16A 1CJ9A 4W94A 2ZWBA 1BWJA 4HTQA 4NGZA 5B07A 2DQIY 2LZTA 1CKHA 3LN2A 1TEWA 2D4KA 4TTDA 1IY4A 1GF9A 1GB2A 4J0LA 1LZSA 5KXYA 1IP2A 1HEOA 2IHLA 1GB6A 1LSYA 2FBBA 2MEFA 3B0IA 4XJGA 1LHMA 1BWHA 4YEMA 1LSBA 2XBSA 4ZEEA 1G7LC 1YROA 2MEHA 2ZIKA 4XENA 1E8LA 3TMUA 1EQ4A 3HBHA 1GFJA 1LYOA 4NIJA 5L3HA 3ZVQB 3WU8A 4LT2A 1LHKA 1FN5A 1TBYA 3FI7A 5F9XA 1V7TA 3LYMA 4H91A 3WPJA 1BHZA 1LZ4A 1GFEA 3AYQA 4NGVA 4NSGA 1LZ1A 2H9JA 1DPWA 4G4CA 4PJ2C 4RDSA 4CFOA 4Z3MA 1YKYX 2MEBA 4PRUA 4G4HA 2I25L 5I54A 3IJVA 1GFRA 4ETEA 1C46A 5E9RA 3VWOA 1IIZA 4C3WA 2CJLA 4LT0A 3BKHA 4TSCA 3WH1A 2YBMA 4IASA 1LKSA 3OK0A 5KXKA 1IR7A 3ZEKA 4H9EA 4LYBA 4RW2A 1LZ8A 2BQJA 4WM4A 2A7FA 1KXYA 1HF4A 4B1AA 1W08A 2DQDY 3A67Y 2DQFC 4WLYA 1LSAA 4GN3A 4UWUA 1IVMA 1B7QA 1NQIA 1AT6A 1LZEA 1QDRA 1C08C 4G49A 3WULA 4GLAA 1WQRA 4KT3A 4DDCA 2BQFA 1XGQC 1HELA 1GE1A 1ZVHL 3CQLA 4G9SA 3A91A 2BQEA 2RSCA 1GPQC 1LJHA 4ETCA 2PC2A 3RT5X 1LSGA 1D0KA 3AZ5A 1IOCA 1LMAA 3GXRA 1HHLA 1LHJA 2N5ZA 5DL9A 1H6MA 134LA 1JKDA 3CB7A 1GFUA 1UIHA 4WM6A 4NWHA 1QUSA 1JSFA 4GCEA 3J6KA 4LYTA 1UIAA 3TXHA 2CWIA 3TXDA 1GF4A 1ZMYL 1LJKA 3AZ7A 5B59A 1LSFA 4N5RA 5KY1A 4IATA 4IJ4A 7LYZA 1LSDA 3A3RX 5FDJA 1BQLY 5L3IA 1GAZA 1F6RA 1XFPL 1KIRC 1REYA 4W96A 1OUFA 2LZ2A 1DXJA 5KXPA 1OUEA 153LA 4PHIA 4LYZA 5HMJA 2DQAA 2EPEA 4H94A 1OUGA 5B1FA 1CKFA 1RCMA 4GCFA 4XJHA 3AZ6A 1UCOA 3N9EA 5FEKA 1GFVA 3P68A 4TWSA 5D5FA 5LINA 3P65A 4H1PA 1D6QA 1AT5A 2HECA 1OUAA 4QEQA 1GBSA 4PRQA 5LYMA 4NGYA 2BQHA 3IJUA 3AB6A 4B4IA 3EBAB 3EXDA 2BQAA 4U3XB 3A90A 1UIBA 4LYCA 5F14A 1LZAA 2H9KA 4H9CA 1YANA 4ETDA 1QTEA 4HV2A 4A7DA 3WUMA 1IWXA 4WM2A 2EKSC 2CGIA 3LYOA 1DZBX 2LYZA 4H9AA 3LZ2A 1LSNA 2HUBA 2C8PA 4LYMA 2A7DA 1JITA 3HBDA 1HEMA 4B0DA 3A93A 4WLXA 1LSMA 4GLVA 1GHLA 5F9UA 1XSFA 2Z18A 2Z38A 5E4PA 3LYZA 1B9OA 2MEGA 1JTOL 2ZIJA 4J1AA 3MGWA 5DLAA 1FKVA 4HJVA 1TDYA 3CSZA 5LVGA 2MEDA 1AZFA 4TSBA 2MEIA 1BB6A 4B4JA 4HSFA 5KXTA 1RI8B 1BB7A 4QDNA 5LAGA 4ANRA 3WPKA 2EIZC 3GXKA 4NEBA 1NHEA 1LZDA 1JJ3A 2F30A 3TXJA 1GE3A 1OQMA 4H8XA 2H5ZA 2YVBA 5EBHA 4PPOA 4GN5C 1BB3A 2HEDA 3M18B 2HEEA 4NSHA 4DD3A 4NGOA 1EQEA 4DD2A 4NSJA 1LJEA 3A92A 3A34A 2HU1A 1QIOA 4PGJB 1XEKA 1YL0X 3G3BB 3TMWA 3W6AA 1IP5A 3G3AB 1IO5A 4NGWA 2ZQ3A 4M6DA 1V7SA 1B7RA 1GFAA 3B0KA 4WM3A 5LA5A 1JKAA 1LMOA 1OUHA 2YBHA 5LVIA 1BB4A 2G4PA 3A6CY 4HPIA 5II3A 5KXSA 1UIEA 1LMCA 4HJZA 1LSPA 3A96A 1WTNA 5APFA 1IX0A 4HJYA 2LYMA 4C5FA 2DQGY 3J4GA 1C43A 3EMSA 1VEDA 2BQGA 1GB7A 5FSTA 4BAPA 1GE2A 1VAUA 5ILFA 2BAAA 1GB9A 135LA 1MLCE 2Z37A 3P64A 4I8SA 5APCA 1RE2A 4NG8A 1B5WA 1I20A 4H92A 4WMGA 4XJDA 4H8ZA 1A4VA 4YEOA 4CGEA 1QDTA 1JEFA 1LYSA 1WQPA 1HFZA 4WOAA 5LYTA 1BVXA 5I53A 1LHIA 5LVKA 3B72A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DYEA 1JQUA 1LTMA 1GE0A 148LE 1HNLA 1L74A 123LA 1KXXA 3E3DA 1L45A 3P4ZA 4NY5A 3SBAA 1WQNA 133LA 1LYHA 2MECA 1LSZA 2Z6BA 3HH4A 1QSQA 5I4WA 1LZYA 5B1GA 3HH6A 1JKBA 235LA 247LA 1C6PA 1LHLA 209LA 4FDYA 4QGZA 3C7ZA 137LA 1L75A 1OV5A 4H90A 1L32A 262LA 1CU5A 4WL6A 1C61A 3DNAA 3UONA 1NDMC 1L43A 1DI4A 2GV0A 1CKDA 1OYUA 1L07A 4NHIA 1N4FA 3FE0A 1L10A 1GBWA 1LMNA 1XGTC 4YOPA 1L06A 1VATA 4EKQA 4EKSA 2OU9A 1JTTL 1MELL 3OJPA 1XJTA 1LJJA 3LYTA 4NGLA 1KIPC 1QUOA 4I7RA 2ZNXY 1L48A 3C81A 3C8SA 3T36A 1DYAA 1GDWA 3FA0A 3LHMA 2YBIA 4XN6A 1KS3A 2D91A 1GFHA 4K5YA 4O34A 3KAMA 4LDLA 1L04A 193LA 1JJ0A 4HV1A 2BQKA 1QS9A 2OU0X 2LHMA 156LA 2Q9DA 4FJRA 1YIKA 2YSSC 4XJFA 4EOFA 3G3WA 1KY1A 3OE9A 4W51A 1XGUC 1L20A 4YENA 4I7KA 4WO9A 2DQJY 3CSRA 4AQNA 4S0WA 4NG1A 1GBXA 4HPEA 1YL1X 1HENA 4ZPUA 1T8FA 1L18A 3WXUA 1CJ8A 1P2LA 1IOTA 3DMVA 1GB5A 5I5QA 3LZTA 4R6CA 246LA 142LA 1CU3A 3D3DA 3HBEX 1GBYA 1DKJA 1AM7A 4CJ2A 1IWYA 4GCDA 1L76A 1L23A 207LA 1LZRA 2YDGA 3F8VA 185LA 3SB7A 4OOTA 2RBRA 4YF2A 197LA 2Z2EA 6LYZA 2DKVA 1IOSA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1NMM A;  1LZT A;  4TUN A;  1LYY A;  3WPL A;  4LT1 A;  3AGI A;  3QY4 A;  1UIF A;  1GF0 A;  1LAA A;  4NWE A;  1IP1 A;  1KXW A;  1GE0 A;  1LTM A;  1HNL A;  4WL7 A;  4NFV A;  1HFY A;  5ILC A;  1NBZ C;  1B0D A;  1KXX A;  3E3D A;  2XTH A;  1GB0 A;  1GXV 2;  1JIS A;  194L A;  1DKK A;  1D0L A;  1ZVY B;  2AUB A;  4AXT A;  2D6B A;  1VDT A;  1QTK A;  1JPO A;  4B49 A;  2W1Y A;  3TXE A;  1HSX A;  1CJ6 A;  5DN4 A;  1FDL Y;  3P4Z A;  3WU7 A;  3WUN A;  3WVX A;  2Q0M X;  1IC5 Y;  4NY5 A;  1LJF A;  3WU9 A;  4RLN A;  1WQN A;  133L A;  2MEC A;  3W6E A;  1LSZ A;  4DD7 A;  2W1X A;  1YKX X;  1IC7 Y;  5I4W A;  1LZY A;  5B1G A;  5KXW A;  1PZY A;  1IWZ A;  2WAR A;  4N1E I;  1JKB A;  3A95 A;  4OWB A;  3WMK A;  1GDX A;  4R0F A;  5LVJ A;  4XYY A;  5LIO A;  1B5U A;  1GF6 A;  1GF5 A;  1GF8 A;  1LHL A;  4FDY A;  4ETA A;  3M3U A;  5JEN B;  4MR1 A;  1FBI X;  1XEJ A;  3QE8 A;  1B5Z A;  1NBY C;  1OUD A;  4N9R A;  4QGZ A;  1B7O A;  1GEZ A;  2F4G A;  1B7N A;  1GE4 A;  1QUT A;  5LAF A;  2G4N A;  4LFP A;  1IP4 A;  8LYZ A;  4H90 A; 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 4GLV A;  1GHL A;  5F9U A;  1XSF A;  2Z18 A;  2Z38 A;  5E4P A;  3LYZ A;  1B9O A;  2MEG A;  1JTO L;  2ZIJ A;  4J1A A;  3MGW A;  5DLA A;  1FKV A;  4HJV A;  1TDY A;  3CSZ A;  5LVG A;  2MED A;  1AZF A;  4TSB A;  2MEI A;  1BB6 A;  4B4J A;  4HSF A;  5KXT A;  1RI8 B;  1BB7 A;  4QDN A;  5LAG A;  4ANR A;  3WPK A;  2EIZ C;  3GXK A;  4NEB A;  1NHE A;  1LZD A;  1JJ3 A;  2F30 A;  3TXJ A;  1GE3 A;  1OQM A;  4H8X A;  2H5Z A;  2YVB A;  5EBH A;  4PPO A;  4GN5 C;  1BB3 A;  2HED A;  3M18 B;  2HEE A;  4NSH A;  4DD3 A;  4NGO A;  1EQE A;  4DD2 A;  4NSJ A;  1LJE A;  3A92 A;  3A34 A;  2HU1 A;  1QIO A;  4PGJ B;  1XEK A;  1YL0 X;  3G3B B;  3TMW A;  3W6A A;  1IP5 A;  3G3A B;  1IO5 A;  4NGW A;  2ZQ3 A;  4M6D A;  1V7S A;  1B7R A;  1GFA A;  3B0K A;  4WM3 A;  5LA5 A;  1JKA A;  1LMO A;  1OUH A;  2YBH A;  5LVI A;  1BB4 A;  2G4P A;  3A6C Y;  4HPI A;  5II3 A;  5KXS A;  1UIE A;  1LMC A;  4HJZ A;  1LSP A;  3A96 A;  1WTN A;  5APF A;  1IX0 A;  4HJY A;  2LYM A;  4C5F A;  2DQG Y;  3J4G A;  1C43 A;  3EMS A;  1VED A;  2BQG A;  1GB7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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