1TCWA

Siv protease complexed with inhibitor sb203386
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWRRPVVTAHIEGQPVEVLLDTGADDSIVTGIELGPHYTPKIVGGIGGFINTKEYKNVKIEVLGKRIKGTIMTGDTPINIFGRNLLTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (acid protease)
molecule keywords SIV PROTEASE
publication title Human immunodeficiency virus protease ligand specificity conferred by residues outside of the active site cavity.
pubmed doi rcsb
source organism Simian immunodeficiency virus
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-06-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1tcwA00
5P02A 3OY4A 2PSUA 1HPXA 8HVPA 3H0BA 1A94A 3NLSA 1HBVA 4L1AA 2PK5A 3UTLA 3L5EA 3FIVA 3U7SA 3UDHA 1T6GA 2ASIA 5P71A 3MSLA 1B6PA 3KDCA 1EBZA 4DPIA 3KA2A 3L3AA 1SMEA 3LHGA 2ZDZA 3WB4A 1T6EX 3OUAA 5OZ2A 4DFGA 2O4PA 2ZHUA 5P5RA 1WKRA 3OUBA 4I11A 1MTRA 4YA8A 2WL0A 3HW1A 1BXQA 2O4KA 5P7QA 5OZ8A 3MSKA 5P83A 3O9AA 1BDQA 3WZ7A 2IQGA 2B8VA 5P5AA 1K1UA 3OK9A 1CMSA 2VA5A 2AOFA 1MPPA 4OBHA 2NMYA 4Y4BA 5P6TA 5P64A 5HE5A 3UFLA 2VJ7A 3OQ7A 2G94A 1BDLA 5P0KA 3SM1A 2VA6A 3KT5A 4COEA 4ZLSA 2FDPA 5P13A 3LINA 2AOEA 4YHQA 5P1HA 5P4CA 1W50A 1PPKE 1HEFE 3O9BA 2VIYA 5P6NA 4Y5KA 3EL9A 1FQ8A 2IKOA 1XL5A 4NJUA 1HXWA 2BPYA 5P38A 2XFJA 3MWSA 1EAGA 3PHVA 5P8OA 3EKQA 2AOJA 5OZKA 1C70A 5P1VA 4Z22A 2AVQA 4XKXA 3HD8A 4OC6B 4FSEA 2AODA 5P3FA 5P0JA 1WBKA 2OHMA 4PHVA 1YTHA 4I0GA 4GJ5A 5KQZA 3EL5A 3KFNA 4R91A 1TW7A 2QNQA 1YG9A 5P19A 3LIQA 4LXMA 5P2JA 2R9BA 4FM7A 2G1RA 5HDZA 5P80A 1PROA 1LYWB 3SM2A 4YBFA 3QN8A 4DVFA 4GJDA 3G72A 3KDDA 3SABA 1SIVA 2CENA 3PCZA 4ER4E 3QRMA 4Y3MA 5P0PA 5P4HA 5P3ZA 5IVRA 3HVPA 2BPVA 5P84A 1BVEA 4JECA 2QI0A 3TPJA 4CP7A 3A2OA 4ZIPA 4DQFA 3PWRA 4YDFA 4HLAA 4J1FA 3LITA 3SQFA 2ER0E 1NSOA 3I2LA 4Y3YA 5KQXA 3QRSA 3U6AA 4CPRA 2QAKA 3KFRA 5P0FA 3PVKA 4Y3XA 1FFIC 5P3RA 3OQKA 1K6VA 3K4VA 5P7EA 5P6FA 4Y54A 1B6KA 3FSMA 4Z2ZA 4DJPA 2G1OA 3CIBA 3BGCA 4R5NA 4LL3A 1HWRA 1META 3LPIA 5P14A 3O9DA 2OHQA 5P2UA 1FMXA 3IVIA 5HVPA 2R5PA 2ZJMA 1IDAA 3PLLA 4CPTA 2BB9A 3D1XA 5HTZA 4B00A 3PMYA 1FB7A 3VCMA 4OBFA 2VJ9A 2J9JA 4GJ7A 5P3HA 2I0DA 3G6ZA 2I0AA 4YE3A 5P2VA 1SGUA 5P0NA 3ER3E 1ZLFA 2R38A 3QI1A 2IS0A 5P8QA 1BAIA 3HLOA 2Q11A 4MC9A 1MRXA 2F3FA 3NU5A 3EKYA 3UCBA 5P4RA 4B78A 5P0AA 6UPJA 4FCOA 5P7XA 5P76A 5P45A 9HVPA 2ZJNA 2I4UA 1QBSA 3EMYA 5P4FA 2HS2A 1K1TA 3TKGA 3S7LA 1SBGA 2AZBA 3NUJA 4F74A 1OHRA 5P4KA 1MESA 5P1BA 5P8UA 2G20A 4RYGA 1MIQA 3NUOA 4TRZA 3TOFA 4ZSPA 5SXNA 1IVQA 4ACXA 5AH8A 5P7MA 4TVGA 3U71A 4YBIA 4DJUA 3KFPA 5P3IA 5P7TA 5P12A 5P8SA 5B18A 3OU4A 3PCWA 2R3TA 2HM1A 1FQ4A 5P8KA 4K8SA 4XX4A 3IGBA 3NDWA 5P4MA 5P4ZA 4DJQA 4PPHA 2XYFA 4RRNA 2QI1A 3BXRA 5P7DA 5P3DA 4Y5MA 3ZMGA 4FAEA 1HTEA 2IGXA 4H1EA 5P4SA 1ENTE 3LIYA 4KE1A 1KJHA 3INDA 4L1AB 3URLA 4Y3SA 4UPJA 5P5ZA 5P5BA 3O99A 1IZEA 4Y3RA 3PSYA 3WSJA 4D88A 3OADA 4YD7A 3BVBA 3S53A 4FGXA 1C6XA 2MIPA 2JE4A 5BRYA 1RQ9A 2WKZA 1JLDA 5P40A 5P73A 3DV1A 5IS4A 4YD5A 2QP8A 2QK5A 4PYVA 5E5KA 1B6MA 2APRA 1T3RA 5IVTA 1W5XA 5P7GA 2P3DA 1HEGE 1RPIA 5OZ1A 3NU3A 3UQXA 4B70A 4J0PA 2WF3A 5OZ6A 1IZDA 3GGXA 3QVIA 1BBSA 3SKGA 2UY0A 3UQPA 5P3VA 5P6MA 3N4LA 1FLHA 6APRE 5P77A 3CYXA 3L58A 5P0BA 5P68A 5OZIA 3ZKMA 4Y3PA 2AZ8A 1NH0A 3LZVA 4M8YA 4NPTA 1HVSA 5P3PA 1G35A 2O4LA 3O9LA 5P07A 3UDRA 4YD6A 5P42A 5OZRA 2AOIA 4FSLA 5P3XA 5P59A 2B8LA 3CKPA 3GW5A 1UH8A 5P3UA 5P2IA 2V12C 1BXOA 4J55A 1M4HA 3KF0A 5DR3A 3NU6A 5P0GA 5P22A 2OHRA 3LZSA 1FQ5A 1AIDA 3KN0A 2AVSA 2NXDA 2OHUA 4GIDA 1EC3A 4J0YA 5OZAA 1M0BA 3S54A 5ENKA 5P87A 4Y4GA 5OZOA 3DJKA 4CPUA 4ZE6A 5P1JA 1G0VA 2NXMA 2QHCA 3QAAA 2P3BA 2G26A 4HDPA 3SLZA 2O4SA 2R5QA 1BV9A 5T4SA 2FDDA 5P00A 3AIDA 5P6ZA 4EYRA 3LPKA 2V11C 2AOHA 4GJ6A 3RTNA 5AH6A 1BWAA 3URJA 2G21A 5P33A 3OU1A 1MT8A 4Y39A 3JVWA 1D4KA 5HCTA 5P56A 3FX5A 1QRPE 3SO9A 1IZHA 5P10A 5P2AA 5SY2A 1PSOE 1YTIA 4DH6A 5IVSA 2QI6A 4QLHA 5DGUA 2PC0A 3KYRA 4RCEA 5P11A 5P0QA 2QZXA 1K6CA 2VIZA 5P0RA 5PEPA 4AA9A 3R0WA 4APEA 2FIVA 2BJUA 5P04A 5UPJA 1APUE 5P4LA 1HSGA 2F80A 4QJ7A 5P6PA 1OEXA 2ZJHA 5OZ4A 4R8YA 5P7CA 4J1KA 5P2EA 2PH6A 3D1ZA 4EQ0A 5HDXA 1PSNA 4WY6A 3BXSA 2J9JB 1E81E 5KR8A 2Q63A 2WF1A 2I4QA 4R92A 4Y3DA 3FNUA 5P4NA 2QU3A 2B60A 5DR4A 5OZWA 5P5PA 4EJDA 5DQ2A 4DI2A 1FKNA 1XL2A 3K5DA 1ODWA 5ER1E 3ZKNA 5P6DA 1ZP8A 3ECGA 2BPWA 5IVQA 4Z4XA 3QBHA 1EEDP 3HVGA 5P1UA 3UFNA 3VFAA 5P5WA 2QNPA 1KJGA 4PZXA 3S85A 5P5FA 2NXLA 1J71A 5IE1A 4AZYA 1LYBA 4Y44A 4OBZB 1IIQA 5SZ9A 4K4RA 4Y5NA 2HB3A 1AVFA 5P3JA 5P72A 4Y35A 5P6AA 3VLAA 5P4PA 5P6KA 3PBZA 5P7KA 4Y37A 4K4QA 2ZHRA 5HCOA 3RU1A 3S45A 1HVKA 5P6YA 3VF3A 4GJAA 1DPJA 3ZPSA 4BFBA 1RV7A 1FMUA 3OGQA 3OU4B 2B7FA 5OYQA 1LF4A 1D4JA 1GNMA 4FLGA 2QZWA 5P27A 1KJ7A 2CEMA 5P8JA 3Q70A 4Q1XA 5P8PA 1HXBA 2P4JA 5P86A 3L38A 2BPZA 5P03A 5P4WA 4J17A 4ZSRA 1B11A 1RNEA 3UDNA 5OYSA 4EQJA 4J0TA 3RTHA 5C9DA 3CICA 3OQAA 4B1DA 4DQHA 1HVJA 1MT7A 1TSUA 5P2XA 1A9MA 2O40A 2VJ6A 3GGVA 2JJIA 3PJ6A 4EWOA 2WEDA 4FM6A 3UF3A 1VIKA 2QNNA 4I0HA 3SFCA 3IXKA 5P1GA 2V10C 1W51A 3PLDA 5P4UA 4Y5LA 4F76A 5P06A 3ZKSA 5P28A 5P8BA 2IEOA 1APWE 2O4NA 3OADB 2AQUA 5P53A 2OHKA 1PSAA 3TTPA 2I1AA 5P1MA 3CIDA 4B1EA 4Q1NA 1FF0C 1GVVA 1EPPE 2Q3KA 3OU3A 4JOOA 5KR0A 4HVPA 5P3LA 4DJWA 2Q5KA 5P08A 5P2WA 1TSQA 5P2LA 2HC0A 3ZOVA 3PEPA 3K1WA 2G1YA 5P8MA 2VNMA 1EBKC 4I1CA 5P8EA 1FG8C 5P5DA 4LBTA 1KZKA 5DQCA 1FMBA 5P52A 4H3IA 5ENMA 4RCDA 3O9LB 2QD8A 3BUHA 4DJVA 5P4JA 4QJ6A 5P82A 1TZSA 5P1IA 5P7JA 2IL2A 3QRVA 5P6LA 4EP3A 4CPQA 2J9KA 1LZQA 5P39A 3G70A 4Y3TA 5OZSA 3BRAA 4DJOA 4HDBA 5OZ3A 2AIDA 5P1OA 1EBWA 4I0IA 3ZL7A 2H6SA 1U8GA 4Y4ZA 1AJVA 3OUDA 1QDMA 5P31A 1BVGA 4L7HA 2Q15A 4E43A 4L7JA 5OZNA 2ZJJA 1EC2A 2G1SA 5P2GA 5P3SA 5P1EA 3NU9A 3VYDA 3SA5A 3VSXA 2PQZA 5P5VA 3AUPA 1HTRB 1F34A 4RZ1A 1GKTA 1W6HA 4Y4UA 5HE4A 4Q5MA 4RYCA 2BKTA 5DQ1A 4NJVA 1HTFA 4LP9A 5P6RA 5P1RA 5P4BA 2ZGAA 3VF7A 5P0SA 5P65A 1BWBA 4EHCA 2BQVA 1IVPA 3L5CA 4OD9A 3CYWA 3O9GA 3T7PA 4Y3WA 2FMBA 4YCYA 1EBYA 1FFFC 5P4VA 3KT2A 1TCXA 2G27A 2WF0A 3BHEA 5P8FA 4Y4JA 1XE6A 5ER2E 3OU1B 5KOQA 1SDTA 2F3EA 1Z1RA 3D91A 2ZHVA 3GI5A 5DGWA 5P8IA 3LIZA 4H3GA 2BPXA 5P7PA 5P8HA 4Y48A 1ER8E 4Y5CA 3OWNA 3CKTA 4BFDA 3Q6YA 4AMTA 3BGBA 3R1GB 4MC6A 4GB2A 3TNEA 2V0ZC 3I25A 3B80A 4RVXA 2R3WA 4LAPA 3RSVA 5P1PA 2R8NA 2QZKA 4QGIA 5P35A 3NXEA 5P7VA 1GNNA 3EC0A 4ZPEA 2AZCA 5P0CA 2V16C 5P4XA 5P3GA 3NU4A 1HVIA 3URIA 3UQUA 4Y38A 5DR8A 4J0ZA 5P4EA 5P5HA 2NTRA 3O9CA 5I3XA 4FAFA 1MSMA 2QD7A 4HDFA 2F8GA 3IN3A 1LV1A 1MSNA 3IA9A 5OZTA 5P2DA 4J1IA 1DW6C 1YT9A 2V00A 1IDBA 1W5VA 4GJ8A 3L5BA 7UPJA 4K4PA 4Y9WA 1ODYA 5P5TA 1EPME 4RGHA 5P2QA 3DUYA 5P6IA 5P7SA 1CZIE 3QROA 3KM4A 1Z8CA 5EZXA 2P3AA 1F7AA 4Y3ZA 5P8LA 1T7JA 2PWRA 4BEKA 4DPFA 4J1HA 5P63A 3SACA 1NPAA 3HAWA 5HU1A 1D4HA 5P5XA 1LYBB 4EJ8A 3TOHA 1SGZA 3JW2A 4EXGA 4TRWA 3PGIA 3UQRA 2G22A 3ZKGA 4I0DA 3SA7A 1HIVA 4I8ZA 3LPJA 4PEPA 3OUCA 3OQFA 5P4DA 4HE9A 4JPEA 1EC1A 4EXHA 5P8RA 5P20A 3D20A 2QI4A 5P36A 4Y58A 4Y4WA 3UDPA 1CPIA 5P69A 3I8WA 2FNTA 2WF2A 1DMPA 5P78A 1FQ7A 3QIHA 5P85A 2Q54A 3OTYA 3VG1A 4FIVA 4ZPFA 1Z1HA 1GVWA 1ZBGA 1FGCC 4TVHA 1ZTZA 1TQFA 3SPKA 5P2RA 1ODXA 4Y50A 3SKFA 4J5JA 5P5NA 1BDRA 1B6JA 3WZ8A 4I0JA 2NNKA 3APRE 3TL9A 4Y5EA 5COOA 1FEJC 2HPFA 4I10A 1K2BA 3ZKQA 1A30A 1MERA 4Y4AA 5P7UA 1NPWA 4ZSQA 4DJXA 3TPLA 5KOSA 3UPJA 5COPA 7HVPA 3HAUA 3OTSA 2UPJA 4Y3JA 4H3JA 2AVOA 2BBBA 5P81A 1W5YA 5COKA 2OHTA 4I0ZA 4B77A 5P1DA 5P5IA 5P6GA 4ER1E 3SA9A 4FRJA 2P83A 4I0EA 5P2NA 1BIMA 2VS2A 4CPWA 3OHHA 2FXEA 2HB4A 2XFKA 1YTJA 4CKUA 3EM6A 3EKTA 5P4IA 4I0FA 2FLEA 5OZYA 3TPPA 4Y4TA 5OZ7A 5KQFA 1BILA 2HPEA 1C6YA 5AGZA 4J0VA 2G1NA 4Y3HA 4EJLA 2PWCA 2PYMA 5P5KA 3EKXA 1LS5A 5HDUA 2RMPA 5P7HA 3D1YA 1ZSFA 2OHLA 2QMDA 1FG6C 5P8TA 3UDMA 2JXRA 3INFA 4Y5BA 4PZWA 3OUDB 5P7ZA 1RL8A 2HB2A 2R43A 2VIEA 3VFBA 5P0HA 1YM4A 5OYXA 4DV9A 5DQ4A 2B42A 4LC7A 3CKRA 3SA4A 1MUIA 5P32A 5P8NA 5P2SA 5DR1A 2QMPA 5P79A 3BUGA 1MT9A 5P0ZA 2WHHA 3L5DA 3T7XA 1DAZC 5P1FA 4IVSA 1HTGA 3OXWA 5OYWA 5P88A 4GJ9A 3UDQA 1LF2A 3EL0A 5OZQA 5P0WA 4AUCA 4Y47A 3D3TA 5P6UA 2FNSA 3TPRA 1MVPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P02 A;  3OY4 A;  2PSU A;  1HPX A;  8HVP A;  3H0B A;  1A94 A;  3NLS A;  1HBV A;  4L1A A;  2PK5 A;  3UTL A;  3L5E A;  3FIV A;  3U7S A;  3UDH A;  1T6G A;  2ASI A;  5P71 A;  3MSL A;  1B6P A;  3KDC A;  1EBZ A;  4DPI A;  3KA2 A;  3L3A A;  1SME A;  3LHG A;  2ZDZ A;  3WB4 A;  1T6E X;  3OUA A;  5OZ2 A;  4DFG A;  2O4P A;  2ZHU A;  5P5R A;  1WKR A;  3OUB A;  4I11 A;  1MTR A;  4YA8 A;  2WL0 A;  3HW1 A;  1BXQ A;  2O4K A;  5P7Q A;  5OZ8 A;  3MSK A;  5P83 A;  3O9A A;  1BDQ A;  3WZ7 A;  2IQG A;  2B8V A;  5P5A A;  1K1U A;  3OK9 A;  1CMS A;  2VA5 A;  2AOF A;  1MPP A;  4OBH A;  2NMY A;  4Y4B A;  5P6T A;  5P64 A;  5HE5 A;  3UFL A;  2VJ7 A;  3OQ7 A;  2G94 A;  1BDL A;  5P0K A;  3SM1 A;  2VA6 A;  3KT5 A;  4COE A;  4ZLS A;  2FDP A;  5P13 A;  3LIN A;  2AOE A;  4YHQ A;  5P1H A;  5P4C A;  1W50 A;  1PPK E;  1HEF E;  3O9B A;  2VIY A;  5P6N A;  4Y5K A;  3EL9 A;  1FQ8 A;  2IKO A;  1XL5 A;  4NJU A;  1HXW A;  2BPY A;  5P38 A;  2XFJ A;  3MWS A;  1EAG A;  3PHV A;  5P8O A;  3EKQ A;  2AOJ A;  5OZK A;  1C70 A;  5P1V A;  4Z22 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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