1TCYA

Dissection of the functional role of structural elements of tyrosine-63 in the catalytic action of human lysozyme
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRFWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords HUMAN LYSOZYME
publication title Dissection of the functional role of structural elements of tyrosine-63 in the catalytic action of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1tcyA00
3W6BA 1QSAA 3J6KA 4DWXA 1ZV5L 1LCNA 1OUFA 3RT5X 1GE3A 5APEA 5KXXA 1QUSA 1JHLA 3A90A 3W6AA 3G3AB 1IORA 2CGIA 1F10A 3IWRA 1LZNA 4DD1A 4N8ZA 1C45A 3HBDA 2XTHA 4PRUA 1D9UA 1B7LA 3AW7A 4RLNA 5FEKA 3TXJA 2C8OA 2DQGY 1GB6A 3ZEKA 3ATOA 4DC4A 5IHGA 3B0OA 4EMNA 2BQHA 1XFPL 2IFFY 5K7OA 1IIZA 1HEWA 2Z2EA 5F9XA 3TMXA 1NBYC 2Z37A 1NDGC 1CNSA 1GBSA 2MEEA 4NSJA 4X3BA 1NQIA 3B6LA 3CSRA 5KXZA 1LJNA 2Z12A 2LHMA 3WPJA 6LYTA 1BB7A 1LMNA 5DN5A 3A94A 2MEBA 5IDDA 1LMAA 1YILA 1LYOA 1C10A 2BQOA 1GAZA 5KKJA 2HEAA 4LZTA 5B1FA 1AM7A 4H90A 4HJYA 2ZQ4A 1SQ2L 4H9IA 1FLQA 4WLTA 1UA6Y 3TXGA 2I6ZA 4N1CC 1GB3A 3IJVA 4GLAA 1IEEA 1BB3A 1GF3A 1OUDA 3A91A 153LA 4XJFA 5I4XA 1BWJA 4HP0A 2Q0MX 1IWXA 3TXHA 3GXRA 1N4FA 5D5FA 1B2KA 4UWUA 4H9AA 5C6IA 1WTMA 1QTEA 3CT1A 1HEQA 3AGGG 1HEPA 4LYZA 4XYYA 5KXYA 2A7DA 1J1PY 5EBHA 3RW8A 2Y8PA 1BWHA 7LYZA 1GFGA 2PC2A 5KKIA 2DQJY 3B0IA 1REYA 4HTQA 5I4YA 4W96A 3TXEA 4H92A 1UIFA 3QY4A 132LA 4GCEA 2BQCA 2XJWA 1LMTA 2D6BA 1HNLA 1B7QA 4NSIA 4PRQA 4XJHA 3W6CA 1I20A 1YKYX 4DD2A 1GB5A 2HU3A 5DL9A 1LSMA 4B4IA 2HECA 1GFEA 1YKXX 3ZVQA 1G7JC 1LJKA 1LZTA 2BPUA 5HQ1A 5LA8A 1HENA 5HMVA 4OW1A 4GN3A 1REXA 4N1EI 2D4KA 4TX7A 4TSCA 2BQDA 4P2EA 1GBZA 3WMKA 1LSZA 4J1BA 3W6DA 2BQBA 1GDXA 3WU8A 1JKDA 1UC0A 1VDTA 4N9RA 1IC4Y 1REZA 3AGHA 2W1XA 3A6BY 5HLLA 5J7CA 1IP2A 2YVBA 4HV2A 1KIQC 2EIZC 2GV0A 4PGJB 3LN2A 3AYQA 4N5RA 1IWUA 3M3UA 1ZVHL 1LSGA 1IWVA 2YBHA 1B7NA 2YDGA 1HHLA 1LZBA 5A3ZA 3LZTA 1B7MA 1YAMA 1HFXA 2YBJA 5L3HA 5HMJA 1IP1A 5LYZA 5B59A 4WOAA 2MEDA 3B0KA 3WPLA 1GB0A 1LJHA 3FI7A 1OUEA 1QIOA 4LYTA 2DQAA 4DD9A 1B5XA 1OUBA 4MR1A 2G4NA 1GFAA 1V7TA 1DI5A 1ZVYB 4HSFA 4HTKA 4Z41A 1UUZC 4G9SA 5FCPA 3LHMA 1INUA 3EO5A 1CJ7A 1YL0X 1CJ9A 1HFYA 5I5QA 4G4BA 3LYOA 2AUBA 5D5CA 4ET8A 3OK0A 4DD0A 2HEEA 2LYMA 3WULA 1LYYA 1WQPA 1HF4A 1LZ9A 1YIKA 4YEOA 4LYOA 1QDTA 1B5WA 4XN6A 1FLWA 4WM1A 4H8XA 3TXIA 1C46A 1GAYA 1LYZA 5DLAA 4I8SA 1H87A 5II3A 1B7RA 2LZTA 1IOTA 1BB5A 3A96A 3TXBA 2EPEA 3WW5A 194LA 3RU5A 4EOFA 3WXUA 1JIYA 5LVJA 1LJJA 3A93A 3AJNA 3P64A 1GFTA 4NGJA 1XGQC 5E9RA 5KXRA 207LA 4J1AA 4AGAA 4YF2A 1QSWA 1LZ4A 4H9HA 4ANRA 5AMYA 1AZFA 2BQMA 1YAOA 1GXXA 3WH1A 3HBHA 4NHQA 1GB8A 1UIHA 2H5ZA 3A34A 4TTDA 5KXWA 1EL1A 4NGKA 4WMGA 4B4EA 3B72A 4OWEA 5T3FA 4XENA 4PPOA 4A7DA 3T6UA 3ATNA 2Z19A 4DT3A 3LYMA 1JJ1A 4G49A 1B9OA 1KXYA 5LAGA 5I4WA 5A3EA 2X0AA 4XJDA 2HEFA 4DYGA 4OOOA 2FBDA 3AGIA 2MEIA 4NSHA 2F2NA 1UCOA 1C08C 4H1PA 1LSEA 2W1YA 3A3RX 3ULRA 4B0DA 4CJ2A 1LZEA 1OUJA 4UWVA 1IO5A 4NGWA 1A4VA 4MCKA 2BQJA 1UIAA 5LAFA 4Z3MA 1D0LA 3GXKA 2YSSC 1VDSA 1GD6A 1JITA 1LMOA 1LHIA 5LVIA 3WU7A 1BVXA 2BQIA 1GHLA 4QDNA 4WO6A 1WQQA 5F9UA 1YAPA 1B5ZA 1B0DA 5KXOA 134LA 4YOPA 2ZNXY 4HPIA 1LMCA 5KY1A 4GN4A 5IELA 4BAPA 3SP3A 1LSCA 1GXV2 1LZGA 4FJRA 2B5ZA 4HPEA 1BB4A 1MLCE 1WVVA 2ZILA 1OUAA 1TDYA 1WVUA 4WLXA 1UIEA 4RLMA 1GE4A 1T3PA 3WUNA 2ZIKA 1LAAA 1XEKA 1W6ZA 1JEFA 1OUIA 3LZ2A 4ETEA 1UIGA 1Z55A 5F14A 1QTKA 2Z2FA 1LMPA 4DDCA 1CKHA 3BKVA 133LA 5B07A 3WPKA 1D6QA 3EBAB 4OWBA 5APFA 1IR9A 1GB2A 3AB6A 4DDBA 1G7LC 2BAAA 2HEDA 2DQEY 1LSAA 3W6EA 1LSYA 4WM5A 1LZ1A 1GFVA 3TMVA 1HMLA 4ET9A 5LVGA 1YKZX 1VFBC 4NG1A 1RFPA 3KAMA 4WM6A 1LMQA 1JKCA 1YAQA 2W1LA 1HSWA 1JPOA 1FKVA 2DQDY 3TXDA 1IY4A 4H9FA 4NSGA 1LTMA 1XEJA 5B1GA 1FBIX 4LT3A 4OOTA 1DPWA 1GBYA 1LHHA 4OWHA 1VDQA 3D3DA 1UIBA 2DQCY 4WG7A 2IHLA 4WO9A 5HNCA 5ILCA 4ETBA 4II8A 2MEFA 3IJUA 4HTNA 4LFPA 4WL6A 3A67Y 2YBNA 1IR8A 1AT5A 1ZMYL 5LA5A 3CT0A 2XBRA 4LYCA 1BWIA 3EMSA 3EXDA 4R6CA 2G4QA 1GPQC 1GFJA 5KXKA 5FDJA 4LGKA 5LIOA 4AXTA 4E3UA 1ALCA 1VDPA 3CSZA 1QUTA 1JKAA 1EQEA 1MELL 3WVYA 2EKSC 1NF5A 1DXJA 1IP3A 1LZSA 1SLYA 2H9KA 2MEHA 1C7PA 2H9JA 4DDAA 3WL2A 1IWYA 1KXWA 4BS7A 5KJ9A 2C8PA 2ZYPA 4QGZA 1EQ5A 4YM8A 4WL7A 1GEVA 4WLYA 5LXWA 3RZ4A 4ETDA 1XEIA 1LKSA 1IC7Y 1QQYA 2YBMA 3A95A 1IC5Y 5KXSA 2MEGA 3WW6A 1OP9B 3CSQA 4W94A 1IOQA 1REMA 1B5YA 4NHIA 5FSTA 5B06A 1HMKA 4M4OA 1GBOA 1VATA 4J7VA 1JWRA 1G7HC 1B5VA 4WG1A 1F0WA 1LHKA 4B49A 3MGWA 1LJEA 2CDSA 1GF6A 2BQGA 4IJ4A 1LZ5A 1IWZA 1GBXA 2ZYCA 3CQLA 4WLDA 3TXFA 2BQKA 2F4AA 4KPMA 1GF4A 4B1AA 2ZWBA 1LJFA 5KXLA 1LHLA 1FLYA 1LZRA 4DD3A 1GB7A 2BLYA 1F6RA 4LT0A 4RDSA 1D0KA 4LT1A 4NIJA 2FYDA 2HUBA 3D9AC 3LYZA 3TXKA 4YEMA 1LKRA 1VEDA 1JTPL 1XGRC 4R0FA 4Z46A 2NWDX 3AZ6A 5E4PA 2D4IA 1LOZA 1IX0A 1W08A 3RNXA 4NWHA 1DPXA 2CWIA 2EQLA 1GFUA 1HC0A 1O23A 3QE8A 1G7IC 1LZAA 5F81A 1LSDA 3WUMA 4GCBA 4LYMA 3E3DA 3WYHA 3K3TA 4RW1A 2CJLA 4IASA 3A92A 4XJGA 5LYMA 4H9EA 4OWCA 1FDLY 1I56A 1LHJA 1CKFA 1GF7A 4XADA 5L9JA 2DQHY 1CJ6A 4ZFPA 1OUHA 4LYBA 1FLUA 3W3EA 1IOCA 1UIDA 2FYCA 1FKQA 8LYZA 1NMMA 1BB6A 1OUCA 2BQFA 1TCYA 2ZQ3A 1GWDA 1LHMA 1XGPC 2MECA 1HELA 3J4GA 4G4CA 4L41A 4HV1A 1B7OA 4QEQA 5FHWA 4ZIXA 3M18B 1YQVY 4GCCA 1C43A 5JENB 1JJ0A 2DBTA 3AZ7A 154LA 3P66A 4ML7A 4KT3A 1GEZA 1WQOA 4G4HA 4WM4A 5LINA 4H8YA 1LJ3A 9LYZA 4I0CA 4IATA 3BKHA 4BADA 1CKDA 1AT6A 4ZEEA 1GF9A 2F4GA 5I53A 1GBWA 1TAYA 5DN4A 5F16A 4CFPA 4CGEA 3P65A 1D0MA 3A3QA 1CKGA 4H91A 1IP4A 4C3WA 3N9CA 1PZYA 2HU1A 4NGOA 2BQAA 3F6ZA 4QY9A 1BVKC 4WM2A 1JUGA 3P68A 4C5FA 4D9ZA 4XJBA 1DKKA 2Z18A 1A2YC 1JKBA 4ETCA 2BQLA 3WUAA 1JSFA 5I54A 1B7PA 4CHXA 1UBZA 208LA 3HBEX 4NGVA 1WQRA 2I25L 3G3BB 4NWEA 2HEBA 4NHPA 5DM9A 1T6VL 1GFRA 5LYTA 2D4JA 4GN5C 1KIRC 5L3IA 1YANA 1DQJC 2G4PA 4TWSA 3T36A 5C6LA 5LVHA 1LZCA 4O34A 3LYTA 4WM3A 2W1MA 4H8ZA 3CT5A 2ZIJA 3AZ4A 4NHSA 1HEOA 2YBLA 4M6DA 1LJIA 2I26L 1JSEA 1JTTL 2YBIA 1NDMC 6LYZA 2VB1A 1RJCB 3W6FA 3WU9A 1IY3A 4GCDA 4KL7A 1EQ4A 5M1YA 1UACY 1IOSA 2LYZA 1BQLY 1WQNA 1JTOL 1IP6A 1LJGA 1GB9A 1XGUC 3TMUA 1GF8A 5C6JA 1DI3A 1GF0A 1PS5A 1JJ3A 2HTXA 3A8ZA 5APDA 1GF5A 4N0JA 3N9AA 4YENA 1KXXA 3CB7A 1RCMA 4FDYA 4NEBA 2LZ2A 5KXNA 3QNGA 3OJPA 4GLVA 2Z39A 2ZNWY 3ZVQB 3VWOA 2A7FA 4LFXA 1FN5A 1P2CC 3AW6A 5LVKA 1CJ8A 4KXIA 4CFOA 1RI8B 4XJIA 2DQFC 5KXTA 1IR7A 5KXMA 1LSBA 1LZYA 1LYSA 3N9EA 1IP7A 1OQMA 1HSXA 3WXTA 1XGTC 1B7SA 1WQMA 1HFZA 135LA 3AZ5A 2FBBA 4HJVA 1KIPC 1YL1X 1OUGA 3P4ZA 1I1ZA 1GDWA 4MSTA 5FELA 1BGIA 1YROA 1DZBX 2BQEA 1J1OY 1IWWA 1J1XY 1HERA 3FE0A 4J0LA 1TEWA 4U3XB 1LZ8A 4RW2A 5HNLA 2BLXA 4NGZA 2XBSA 1V7SA 1XSFA 4BAFA 1D6PA 2F30A 4OWAA 4LT2A 4H9BA 5APCA 1GFKA 1IVMA 1LZ6A 4NFVA 2Z38A 1NHEA 1UICA 2WARA 4DD7A 4HJZA 1LPIA 2LYOA 1JISA 4NG8A 4TUNA 4NHTA 1NBZC 1E8LA 4Z98A 3HFMY 1RE2A 1IWTA 1F6SA 4NGYA 1LZDA 2DQIY 2MEAA 4B4JA 2RSCA 4TSBA 4GCFA 1GE0A 4PHIA 193LA 1TBYA 1WTNA 1CKCA 1H6MA 1NKHA 2D91A 4NGLA 1LSPA 1DI4A 1G7MC 1B5UA 1IP5A 1VAUA 1QDRA 1GE2A 1GFHA 1LSFA 1NWGA 3A6CY 4H94A 4ETAA 2DKVA 3WVXA 1BHZA 1LJ4A 4UWNA 2BQNA 4PJ2C 5ILFA 4H9CA 1AKIA 4NGIA 4H93A 1GE1A 5KXPA 3TMWA 1LSNA 1DKJA 4NY5A 2N5ZA 1HEMA 5B05A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DWXA 1ZV5L 1OUFA 236LA 3RT5X 5KXXA 4DQ5A 2LZMA 3PBLA 1IORA 1PQKA 1G0LA 1LZNA 112LA 205LA 5IHGA 2DQGY 187LA 1HEWA 1C65A 5F9XA 1DYBA 1NBYC 1L83A 4X3BA 5KXZA 1L69A 3A94A 2MEBA 5IDDA 1LMAA 1YILA 1LYOA 1C10A 2BQOA 2RBQA 5B1FA 1AM7A 4W51A 1OVKA 4H90A 4HJYA 1K28A 4H9IA 2RB2X 4WLTA 4N1CC 4GLAA 1IEEA 1KNIA 1GF3A 153LA 1SSYA 4XJFA 1BWJA 1IWXA 3DKEX 4XYYA 1J1PY 3RW8A 5KKIA 1L80A 140LA 5I4YA 4W96A 3TXEA 132LA 1HNLA 3W6CA 1I20A 1YKYX 4I7NA 1GB5A 3VW7A 5DL9A 1LSMA 4B4IA 1KY0A 3ZVQA 1G7JC 1LZTA 5HQ1A 4OW1A 4GN3A 4TX7A 1LSZA 4J1BA 4N9RA 3EMLA 1L01A 3AGHA 1REZA 1T97A 4PGJB 2EIZC 4DAJA 1B6IA 1L85A 4N5RA 1IWVA 1B7NA 1HHLA 1HFXA 5B59A 1XJTA 4LYTA 1B5XA 4MR1A 4HSFA 3G3XA 4HTKA 1UUZC 119LA 1D2YA 241LA 1HFYA 149LA 4PJZA 3WULA 2LYMA 4ARPA 1CU5A 243LA 1QDTA 4XN6A 1FLWA 212LA 4WM1A 4H8XA 3TXIA 1C46A 1H87A 1L90A 5II3A 2LZTA 3RU5A 5LVJA 1LJJA 3P64A 1GFTA 207LA 4J1AA 1LZ4A 1AZFA 1GXXA 4NHQA 3A34A 4NGKA 156LA 3B72A 4OWEA 4G49A 1KXYA 165LA 5LAGA 5I4WA 2X0AA 4XJDA 4DYGA 2FBDA 3QAKA 4NSHA 4B0DA 180LA 3G3VA 4UWVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3W6B A;  1QSA A;  3J6K A;  4DWX A;  1ZV5 L;  1LCN A;  1OUF A;  3RT5 X;  1GE3 A;  5APE A;  5KXX A;  1QUS A;  1JHL A;  3A90 A;  3W6A A;  3G3A B;  1IOR A;  2CGI A;  1F10 A;  3IWR A;  1LZN A;  4DD1 A;  4N8Z A;  1C45 A;  3HBD A;  2XTH A;  4PRU A;  1D9U A;  1B7L A;  3AW7 A;  4RLN A;  5FEK A;  3TXJ A;  2C8O A;  2DQG Y;  1GB6 A;  3ZEK A;  3ATO A;  4DC4 A;  5IHG A;  3B0O A;  4EMN A;  2BQH A;  1XFP L;  2IFF Y;  5K7O A;  1IIZ A;  1HEW A;  2Z2E A;  5F9X A;  3TMX A;  1NBY C;  2Z37 A;  1NDG C;  1CNS A;  1GBS A;  2MEE A;  4NSJ A;  4X3B A;  1NQI A;  3B6L A;  3CSR A;  5KXZ A;  1LJN A;  2Z12 A;  2LHM A;  3WPJ A;  6LYT A;  1BB7 A;  1LMN A;  5DN5 A;  3A94 A;  2MEB A;  5IDD A;  1LMA A;  1YIL A;  1LYO A;  1C10 A;  2BQO A;  1GAZ A;  5KKJ A;  2HEA A;  4LZT A;  5B1F A;  1AM7 A;  4H90 A;  4HJY A;  2ZQ4 A;  1SQ2 L;  4H9I A;  1FLQ A;  4WLT A;  1UA6 Y;  3TXG A;  2I6Z A;  4N1C C;  1GB3 A;  3IJV A;  4GLA A;  1IEE A;  1BB3 A;  1GF3 A;  1OUD A;  3A91 A;  153L A;  4XJF A;  5I4X A;  1BWJ A;  4HP0 A;  2Q0M X;  1IWX A;  3TXH A; 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 3OJP A;  4GLV A;  2Z39 A;  2ZNW Y;  3ZVQ B;  3VWO A;  2A7F A;  4LFX A;  1FN5 A;  1P2C C;  3AW6 A;  5LVK A;  1CJ8 A;  4KXI A;  4CFO A;  1RI8 B;  4XJI A;  2DQF C;  5KXT A;  1IR7 A;  5KXM A;  1LSB A;  1LZY A;  1LYS A;  3N9E A;  1IP7 A;  1OQM A;  1HSX A;  3WXT A;  1XGT C;  1B7S A;  1WQM A;  1HFZ A;  135L A;  3AZ5 A;  2FBB A;  4HJV A;  1KIP C;  1YL1 X;  1OUG A;  3P4Z A;  1I1Z A;  1GDW A;  4MST A;  5FEL A;  1BGI A;  1YRO A;  1DZB X;  2BQE A;  1J1O Y;  1IWW A;  1J1X Y;  1HER A;  3FE0 A;  4J0L A;  1TEW A;  4U3X B;  1LZ8 A;  4RW2 A;  5HNL A;  2BLX A;  4NGZ A;  2XBS A;  1V7S A;  1XSF A;  4BAF A;  1D6P A;  2F30 A;  4OWA A;  4LT2 A;  4H9B A;  5APC A;  1GFK A;  1IVM A;  1LZ6 A;  4NFV A;  2Z38 A;  1NHE A;  1UIC A;  2WAR A;  4DD7 A;  4HJZ A;  1LPI A;  2LYO A;  1JIS A;  4NG8 A;  4TUN A;  4NHT A;  1NBZ C;  1E8L A;  4Z98 A;  3HFM Y;  1RE2 A;  1IWT A;  1F6S A;  4NGY A;  1LZD A;  2DQI Y;  2MEA A;  4B4J A;  2RSC A;  4TSB A;  4GCF A;  1GE0 A;  4PHI A;  193L A;  1TBY A;  1WTN A;  1CKC A;  1H6M A;  1NKH A;  2D91 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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