The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
59
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sequence length |
146
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structure length |
146
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Chain Sequence |
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Refinement of a partially oxygenated T state human haemoglobin at 1.5 A resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxygen transport
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
HEMOGLOBIN A (OXY) (ALPHA CHAIN)
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| total genus |
59
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| structure length |
146
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| sequence length |
146
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1990-01-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1OUT B; 1XZ7 A; 2LH7 A; 3VRE B; 3BJ2 B; 3WTG A; 2MGM A; 1J52 A; 5CND A; 3WCW C; 1X46 A; 4HRT A; 1JEB B; 2O5M X; 4MQK B; 1Y4R A; 2ZLW B; 1HHO B; 1J7W A; 1AJ9 B; 1Y5J A; 1JL7 A; 2QFK A; 2VM0 A; 1VXD A; 1DXT A; 4MPM A; 1G08 B; 1YFF B; 3PI2 A; 2ZLV B; 1ABW B; 3A0G B; 1XZ5 B; 3GKT A; 2R4W A; 1AZI A; 3WI8 A; 1QXE B; 1Y09 A; 3AT6 B; 1S61 A; 4NI0 A; 1C7C A; 1A0U B; 3HXN A; 1NIH B; 1HLB A; 1V5H A; 4N7N A; 1COH B; 1Y4B A; 3NL7 B; 1JZL A; 2ZT2 A; 1MZ0 A; 3BOM A; 3SZK B; 1S56 A; 2VRY A; 2VYZ A; 1VHB A; 3A5B A; 3BCQ A; 1Y0T A; 1HDA B; 3UHG A; 1RVW B; 1K0Y A; 2LH2 A; 1HGB A; 1FN3 B; 4F4O A; 2MYE A; 1MWB A; 4N8T A; 2MYA A; 4HSW A; 3ZJS A; 1MBN A; 4MU5 A; 6HBW B; 3QJB A; 1J41 B; 4YU3 B; 1A01 A; 1Y22 B; 1YCA A; 4TYX A; 1IBE A; 3HHB B; 4F6F A; 1LJW A; 1MYM A; 2GLN A; 3KUN A; 5KKK A; 1YHU A; 3ZHW A; 1HJT A; 1QSI B; 2Z8A A; 5CN5 A; 2QMB A; 4KMW A; 1ABY A; 3DHT A; 3QMA A; 3WFW A; 3HEN A; 3UHD A; 3P5Q A; 3DR9 A; 1HBB A; 4L7Y B; 3ZJJ A; 2W6X A; 3K8B B; 4B3W A; 2DHB A; 4DC7 A; 3PI3 A; 3WFX A; 1O1J A; 5CNB A; 3MYN A; 1LFY A; 1DO1 A; 1Y2Z B; 1SPG B; 1QSH A; 1YH9 A; 3PI4 A; 1SHR B; 4O4T A; 2MBW A; 1S0H A; 1J3Z B; 1LA6 A; 1M6M A; 103M A; 3GYS B; 1XZU B; 4MQJ A; 1RSE A; 2HHE A; 5C6Y A; 2MGI A; 1V9Q A; 1NEJ A; 1NZ4 A; 3QM8 A; 3S66 B; 1I3E A; 5HU6 B; 1A3O A; 5JDO C; 1AJG A; 1Y0C B; 2ZFO A; 1XY0 A; 2ZS1 D; 7HBI A; 1VRF A; 1SDK B; 1MNI A; 3VRG B; 1GLI A; 2ZLU A; 4N7O B; 5HY8 B; 1NPG A; 1C7B B; 1G09 B; 5ILE A; 4O1T A; 1PBX B; 1WMU A; 1HGA B; 4B4Y A; 1A3N B; 4ROL A; 5E83 B; 1C40 A; 2ZLX A; 3MJP A; 3QJC A; 5E29 A; 1YVQ A; 3HRW B; 3LB4 A; 3A5G A; 5E6E A; 1XZV A; 1XYE A; 1NWN A; 2AUP A; 3MKB A; 3SDN A; 3OK5 A; 3ORD A; 4AVD A; 3LQD B; 1BZ0 B; 1BZ6 A; 1YG5 B; 2W72 A; 1LHS A; 1Q1F A; 1NS9 B; 1HV4 B; 3G46 A; 2W6V B; 3TM3 A; 1SI4 B; 1CBL A; 3DHR A; 3PIA A; 1RTX A; 3BA2 A; 3ECZ A; 1BVD A; 1V4X B; 4F6D A; 5D1V A; 1M9P B; 4PQ6 A; 1B86 B; 1YIE B; 1HBR A; 1YMA A; 5EE4 C; 1XXT B; 2R1H A; 1MDN A; 3WCP B; 3W4U B; 1X9F D; 4FC3 B; 2MGH A; 2B7H B; 2SPN A; 2R80 A; 1MLK A; 2ZS0 A; 1MBS A; 3ASE A; 2PGH B; 1NQP B; 2M6Z A; 1Y7C B; 1RPS B; 3HYU B; 2ZSP A; 109M A; 2YRS B; 3GOU B; 2SPL A; 3ONZ A; 1J7S A; 2HHD A; 2JHO A; 1QPW B; 5CMV A; 3QQR A; 2ZFB A; 2D2N C; 1Y4F A; 2SPO A; 1MWC A; 2EKU A; 1X3K A; 2C0K A; 1G0A A; 1UIW B; 5HLQ A; 2MYD A; 1MYH A; 2ZLT A; 4M4A B; 2AV0 A; 2V1I A; 5CN4 A; 4U8U C; 1OJ6 A; 4ILZ A; 1HCO B; 1G9V A; 1R1Y A; 4C0N A; 4M4B A; 2ZSO A; 3BJ3 A; 1VXH A; 1YHR A; 1HDB A; 1LFT B; 1VXC A; 3ARL A; 4KJT A; 2H8F A; 5EV5 A; 1YHE B; 4N7P A; 2XKH A; 1S6A A; 1RQ4 A; 1S69 A; 1CG8 A; 5HBI A; 4VHB A; 3ZJN A; 1GCV B; 3B75 A; 3S48 C; 1BZ1 A; 1BAB A; 2O5S X; 3UGY A; 1DUK A; 1HDS B; 2AA1 B; 2D2M D; 1LH6 A; 1JY7 B; 2DN2 A; 2Z85 A; 4G51 A; 3NMM A; 5CN8 A; 4HHB A; 5C6E A; 1JF3 A; 1J3Y A; 1LFZ B; 1YMC A; 1CG5 B; 1YE2 B; 1SDL B; 3WFU A; 1Y7Z B; 1T1N A; 2ZSN A; 2R4X A; 1MOD A; 1Y8K B; 2VEB A; 3S1J A; 4O2G A; 2FRF A; 1MLH A; 3A59 A; 1MKO A; 1HGC B; 1MLL A; 4MQC B; 2DN1 A; 1O1N A; 1YEO A; 1MBA A; 1AJH A; 3WCU A; 3G4V A; 3R5I B; 3NG6 A; 1GDI A; 1LFV A; 1O1O A; 1A00 B; 2HCO B; 1YOG A; 1YHU D; 1DO7 A; 1HBS A; 3NML A; 1G0B B; 1GZX B; 1JP6 A; 5KER A; 1CP0 A; 3IC2 A; 1XQ5 A; 2HHB A; 3MJU B; 1HBA A; 1MLO A; 1HAB B; 2EF2 A; 3D4X B; 5AB8 A; 1OR6 A; 3HEP A; 3ZOL A; 3WCW A; 4L2M A; 2Z6S A; 1Y0D B; 5EUI A; 3G4R A; 1CMY B; 1R1X A; 3QJE B; 2HBF A; 5JDO E; 3GQG B; 1BBB A; 2QSP A; 1GBV B; 2FRK X; 4NK2 A; 4NI1 B; 5AZQ A; 3ECL A; 3WCT C; 5HAV A; 2GNW A; 1GCW B; 3QJD B; 4MQG A; 3UH3 A; 2G0V A; 3AQ5 A; 1Y7D A; 2MB5 A; 2D60 A; 3U3E A; 5D5R A; 1DO4 A; 3PEL B; 1VXG A; 2DXM A; 2EKT A; 2V1K A; 2ZS1 B; 1CPW A; 5ILR A; 4X0L B; 3DUT B; 3UHW A; 1MLM A; 3SDH A; 1NPF A; 2GRH A; 2D5X B; 1XZ4 A; 1Y0W A; 2ZFO D; 3PT8 B; 3CY5 B; 3PI9 B; 4NZI A; 3KMF C; 1OUT A; 3GDJ B; 2DC3 A; 3UBV A; 1F63 A; 4F6J A; 3OGB A; 4H2L B; 1GVH A; 3GQP A; 2H35 A; 4BJA A; 1Y7G A; 1XZ2 B; 3M3A A; 2NSR A; 1O1K B; 3IA3 B; 4MQK A; 3EOK A; 1OFK A; 4YU4 B; 1NS6 A; 3D7O B; 3M3B A; 1MCY A; 1HBH B; 1IT2 A; 2ZLW A; 3OO5 A; 2PEG B; 3WCV C; 2OH9 A; 1VXB A; 4KMV A; 108M A; 1YZI B; 1MNJ A; 2RI4 B; 1BUW A; 3IXF A; 2V1J A; 2AUQ A; 1ITH A; 3R0G A; 3AQ7 A; 1X9F B; 3QZX A; 3AG0 A; 1BIN A; 1OR4 A; 2BWH A; 3VRF A; 3D1K A; 3BJ1 B; 4MQH B; 1GJN A; 5EU2 A; 2ZS1 C; 2QLS B; 3OO4 A; 1Y4G A; 2ZSS A; 1BZR A; 1YVT B; 3A0G A; 1Y45 A; 1XZ5 A; 3UHX A; 2XKG A; 3S1I A; 1QXE A; 2OLP A; 1Y4Q A; 5SW7 A; 2ZSQ A; 2ZT4 A; 1A0U A; 1YGD A; 5B84 A; 2HBG A; 3NFE A; 1IRD B; 1COH A; 3NL7 A; 3ZOM A; 5KDQ B; 3SZK A; 1J7W B; 4G1B A; 1A6K A; 2XYK A; 4MQI B; 1YEV B; 3D17 A; 3RGK A; 4FWZ A; 2G11 A; 5CN7 A; 1YOH A; 3LB3 A; 3IC0 A; 1OUU A; 1J41 A; 1TU9 A; 1Y22 A; 1VWT B; 3ZJM A; 1Y4P A; 2Z6T A; 2G0R A; 2D2M B; 1C7D A; 3LB2 A; 1QSI A; 1Y09 B; 1C7C B; 4O35 A; 3HXN B; 1Y4B B; 1HLM A; 2HBS A; 1O1M B; 4L7Y A; 3BOM B; 1ECO A; 1GBU B; 1H97 A; 1YIH B; 1ECD A; 1MTI A; 4FWY A; 4O4Z A; 1Y0T B; 1VXE A; 3UHR A; 4QAU A; 2OIF A; 1BVC A; 4F4O B; 1SPG A; 1YGF A; 3FH9 B; 4N8T B; 1MLG A; 2FAM A; 1Y31 A; 1RQA A; 1O1P B; 2O5O X; 104M A; 1A4F A; 2HZ1 A; 3LB1 A; 3GYS A; 1XZU A; 1YEQ B; 1LJW B; 3UH5 A; 3HEO A; 2H8D A; 2HBC B; 1FDH G; 3UI0 A; 3S66 A; 1J7Y A; 5HU6 A; 2BLI A; 2ZSX A; 1URY A; 1HBB B; 2D2M C; 3H58 A; 1DXU B; 2KSC A; 5ILP A; 1URV A; 3VRG A; 112M A; 1JL6 A; 1C7B A; 1A9W E; 3AQ9 A; 4TWV A; 1LUE A; 2D2N A; 3WCW D; 1PBX A; 3WR1 A; 2R4Y A; 2R4Z A; 1Y83 A; 1LFQ B; 3RJ6 A; 1A3N A; 1QSH B; 1YH9 B; 1LHT A; 5E83 A; 3UHB A; 1KR7 A; 2RAO A; 3UHE A; 5AZR A; 1Y35 A; 1S0H B; 1O1I A; 1Y8I A; 3ZJO A; 4U8U A; 2OH8 A; 1MOA A; 2MGL A; 4MQJ B; 2HHE B; 1S5X A; 1JW8 A; 3CIU B; 3UHT A; 1MOC A; 3OZW A; 3QM7 A; 1BZ0 A; 1YG5 A; 4MBN A; 1NEJ B; 5CHR A; 5M3S A; 3A9M A; 3M38 A; 3G4W A; 2QU0 B; 1B86 A; 1YIE A; 1JF4 A; 1XY0 B; 4ESA B; 1SWM A; 2ZLU B; 3V2V A; 1I3D A; 4FC3 A; 2B7H A; 1LH3 A; 1XCH A; 1N9X A; 4HRR B; 4IRO A; 1YDZ B; 1V4W A; 4GZG A; 1RPS A; 2WTG A; 3HYU A; 3UH7 A; 2GTL B; 2GNV A; 2ZT0 A; 3GOU A; 2ZLX B; 3MJP B; 4WJG A; 1J40 B; 1V4U A; 1YEN A; 1RTE A; 3V2Z A; 5E6E B; 4ROM B; 3QQQ A; 1Y5K A; 3MKB B; 1YEU A; 1MWD A; 1GDK A; 1HBG A; 2GL3 A; 1ASH A; 1RQ3 B; 1QI8 B; 1HCO A; 1A6N A; 3VHB A; 2LH3 A; 3PIA B; 1Y8H A; 4UZV A; 3D1A A; 1HBR B; 1K1K B; 1Y0A B; 2WY4 A; 2R1H B; 3GQR B; 1UX8 A; 1YHE A; 3S65 B; 1UX9 A; 4OF9 A; 2ZSY A; 2MGD A; 1MLU A; 4IT8 A; 1J3F A; 1BZZ A; 1GCV A; 4XS0 B; 3UHN A; 2M6Z B; 1KD2 A; 2HZ3 A; 2VLX A; 5EYS A; 3ONZ B; 1J7S B; 2VLZ A; 2O5B X; 5CN6 A; 101M A; 2ZFB B; 2DN3 A; 1YE0 A; 1MLS A; 1G0A B; 1UVY A; 3UHK A; 3HC9 A; 2GKN A; 2GTL C; 1DO3 A; 2HBD B; 1GDL A; 1YE2 A; 2ZLT B; 1MLR A; 1Y8W A; 1Y7Z A; 2Z6N A; 2O5L X; 3QM5 A; 1G9V B; 1R1Y B; 4UIQ A; 4M4B B; 1Y8K A; 2D5Z A; 1CLS B; 3WCT A; 1S5Y A; 4PQB A; 1Y5F B; 1A9W A; 3AQ6 A; 2H8F B; 4N7P B; 1CP5 A; 1DKE A; 1RQ4 B; 1THB B; 2R50 A; 4MQC A; 3AT5 B; 3UHQ A; 2BMM A; 1EBC A; 2EVP A; 2MHB A; 3R5I A; 5JDO D; 1JDO A; 1A00 A; 1BAB B; 3GKV B; 3KMF A; 1QXD A; 1GZX A; 2G3H A; 4G51 B; 3O89 A; 2IN4 A; 4HHB B; 1KFR A; 1DTM A; 1O1L B; 3GK9 A; 1IWH B; 2LH6 A; 4LPI A; 1T1N B; 1YCB A; 4MBA A; 2AV3 A; 1Y0D A; 3QM9 A; 3ODQ A; 1CQX A; 3WHM B; 4XDI A; 1VRE A; 3WCV A; 2MGB A; 3A59 B; 1W92 A; 1MKO B; 3GQG A; 110M A; 5HLX A; 3HF4 A; 1BIJ B; 4MAX A; 2HBE A; 1O1N B; 2G0Z A; 3QJD A; 1FAW A; 1MYI A; 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1H1X A; 1MYJ A; 3AT6 A; 4HRT B; 1CH1 A; 4MQI A; 2ZSZ A; 1NIH A; 1BUW B; 1Y4R B; 1YEV A; 3QM6 A; 3MN0 A; 5B85 A; 3VRF B; 3D1K B; 1Y5J B; 3OZV A; 1HDA A; 1VWT A; 1V07 A; 2BNL A; 3OO4 B; 1Y4G B; 5CN9 A; 1RVW A; 1FN3 A; 1Y45 B; 1ABS A; 1CQ2 A; 1MBI A; 1CH3 A; 2ZSR A; 2FRI X; 2D2M A; 6HBW A; 1MGN A; 1Y4Q B; 4YU3 A; 4PNJ A; 5SW7 B; 1DXT B; 1UFP A; 1YGD B; 2MYC A; 3HHB A; 3NFE B; 2SPM A; 1X9F C; 1O1M A; 2LH5 A; 1NZ5 A; 3UHV A; 3UBC A; 2ZWJ A; 1GBU A; 1YIH A; 1MOH A; 4NI0 B; 1LTW A; 1YMB A; 4N7N B; 3D17 B; 1DXD A; 3EDA A; 3FH9 A; 3K8B A; 3E5O A; 3IC0 B; 3WCT D; 2IG3 A; 1O1P A; 1OUU B; 3BCQ B; 3O7N A; 5F2A A; 3G4Q A; 1CH2 A; 5MBN A; 2D6C A; 3UHS A; 5CNC A; 1Y4P B; 1K0Y B; 1YEQ A; 1HGB B; 2MYB A; 1Y2Z A; 2WTH A; 5EET A; 1LH2 A; 2V1H A; 1C7D B; 1Z8U B; 2HBC A; 3QJB B; 1SHR A; 1J3Z A; 1A01 B; 4H0B A; 1IBE B; 3E55 A; 2HBS B; 1JWN A; 1M6C A; 1DXU A; 1BZP A; 1YHU B; 3WCU D; 2GRZ A; 2QMB B; 4OOD A; 1F5O A; 1ABY B; 1MNK A; 3DHT B; 5JOM A; 3P5Q B; 1Y0C A; 1LFQ A; 3ZJH A; 3MOU A; 3AQ8 A; 1YGF B; 1DLW A; 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