1TK0B

T7 dna polymerase ternary complex with 8 oxo guanosine and ddctp at the insertion site
Total Genus 23
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
23
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for the dual coding potential of 8-oxoguanosine by a high-fidelity DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/electron transport/dna
source organism Enterobacteria phage t7
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*A*CP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*C
total genus 23
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-06-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1tk0B00
4Q5RA 2H6XA 3GA4A 4ECBA 1GSUA 1TI3A 3KTLA 1GWCA 3FR6A 5IO0A 1NHOA 2GT5A 4N30A 4OFTA 3IC4A 1HNAA 1WWJA 5HR3A 3FZ4A 4ULXA 1UN2A 3CSHA 1M2DA 2DJJA 3IE3A 1EGRA 5F0GA 3UEMA 1SL2B 2HZFA 3Q19A 4TR3A 2IFQA 4QQ7A 1WE0A 4O92A 3FZ5A 1GNWA 2H0HA 2YNXA 3ZL5A 1TK8B 1B4PA 3F6DA 3LYKA 4GQCA 2MMZA 1DUGA 1V98A 2XBQA 4EDZA 4IN0A 4HOJA 2X8GA 3GX8A 3V1WA 5D93A 4TXOA 1BJXA 2C0GA 5G5FA 3NZNA 4K6XA 1GTIA 1QMVA 2I1UA 3RAZA 3MAKA 2L6DA 2VLTA 3QCPA 4MABA 4JR4A 4ZILA 1OKTA 4DVCA 2FWGA 1G7EA 1A0RP 2M46A 1K3YA 3DMLA 1ERVA 1MEKA 3O76A 5J4UA 1DE1A 4DSSA 3ERGA 4HZ4A 1BQ7A 3VK9A 2TRCP 4MJBA 1SU9A 2YP6A 4TXVA 1K0BA 4MDCA 2YWMA 1YKCA 2MZCA 1MTCA 5AISA 2HFDA 1T8EB 4YAVA 2YV7A 5DVBA 1AQVA 4JU5A 2C0DA 2AYTA 3P7XA 1YF0A 2DSAA 5ECNB 1TRVA 1F9MA 5GAPD 1O7UA 2PPTA 3KD0A 2PVOC 1X0RA 1JHBA 3HY2A 4RI7A 1MDJA 4K2DA 1PQNA 4BPYA 2WS2A 5KN1A 5DDLA 2KP1A 1ZMAA 3E9JB 4WEYA 3BBYA 4F2IA 2VCVA 3M8NA 4IBPA 1XOAA 3GSSA 3I9V2 3ZYWA 3D4MA 5ECQB 1Z7RA 4MH2A 3KMOA 2PBJA 2HT9A 2YZHA 1OKDA 1PSQA 4POKA 2DC5A 3GKMA 5L71A 2V32A 4I6XA 2GQKA 1B48A 2B5XA 4FO5A 3AY8A 1O6JA 2H0IA 1KNGA 4NHWA 4PNGA 4K7IA 1YEPA 2C1YA 1FHEA 1GTUA 7GSSA 4OCFA 1VF3A 5E59A 1GSYA 1WPIA 11GSA 4TR4A 3FZAA 2AV4A 4EO3A 3KZQA 3LJRA 2JZSA 2IMIA 2BMXA 5FWGA 4HQSA 4FIWA 4J2FA 4N11A 2WDUA 1AUCA 3BOAA 3E0UA 3TDGA 3VFIA 4F82A 4WF5A 3DYRA 2YJ7A 4JZQA 4XRDA 3RBTA 3TJGA 3D5JA 1V40A 2LS5A 2P5QA 1PD21 2F3MA 1FW1A 1XFLA 2FWFA 5J41A 4ZBBA 4KB3A 4NV2A 1GTAA 3PGTA 1QXHA 3SBCA 4NV5A 5ECKB 5JWRB 2ALBA 3WGEA 4IS0A 3KXOA 5G5EA 4N0ZA 4FYBA 1F6MC 2YV9A 3EMXA 1U6TA 4KGIA 4TN8A 2FUG2 4ILFA 2I4AA 3FR3A 1THOA 4WBJA 2JACA 5HFKA 22GSA 3IK7A 2N5FA 3ISOA 2H1GA 4EVMA 4I5QA 1XCCA 2HZEB 3TCOA 4GLTA 4HZ2A 2HSHA 4G2EA 4XIHA 1SKWB 3UAPA 1DSBA 2LQQA 1T3BA 1FAAA 3MSZA 2GZPA 2H66A 3BCIA 3MWHA 1TU8A 1T1VA 3M9KA 4FYUA 2ZNMA 3UMAA 1SYRA 1V58A 1J0FA 1JZOA 3DVWA 2FNOA 3RHBA 2TIRA 4GCIA 4ML6A 3CRUA 3ZITA 1X5EA 2I3YA 1XZOA 4MK3A 1Z3EA 2DJKA 2LJAA 2CX4A 5ABRA 1M0UA 1SJZA 4ZB6A 1H4OA 2H71A 3SWLA 3W8JA 4I2TA 2L59A 1E2YA 3LEFA 4NWYA 3BD2A 4ZBDA 1TW9A 2HI7A 1TRWA 5IMFA 3QR6A 1I9DA 4K9ZA 3HVSA 1A2LA 2GQMA 2R37A 3KH7A 2NBSA 2K18A 1AQWA 4JE1A 3VLNA 3GTUB 1M7TA 2GDRA 3VPTA 17GSA 1G6YA 1S3CA 2H8LA 5LNKe 3LWAA 2OACA 2IMKA 2V1MA 4HJMA 1NSWA 2H75A 3FY7A 2PVQA 3IXRA 2B5EA 3F3RA 1XWCA 2R5GA 5DJLA 4JBBA 1LJRA 4DEJA 2WFCA 4K0NA 5JWQB 3FEUA 3NIVA 5CRDA 4JR6A 5G1LA 2VM1A 5HR0A 5FHIA 2V2GA 4OD7A 2LSTA 2H01A 3GN3A 5DCGA 1U88A 4F03A 2I81A 3LFLA 4L5LA 1ABAA 3GSTA 2JZRA 5CNWA 1MD4A 2O89A 3FYGA 5D73A 4ZL8A 1VF4A 3GIXA 1XW6A 2YWOA 5ID2B 1EV9A 3KH9A 3CRTA 3N9JA 5IPHA 3WT1A 2ON5A 1GH2A 2OE1A 4GWRA 5D9TA 3EE2A 4OFNA 3HJMA 5HFIA 5CAXA 2IMFA 3CSJA 2RIIA 1XW9A 1WRYA 3IBHA 4G9HA 4IP1A 4HU7A 3H93A 1ST9A 4KCAA 1GSQA 3W8SA 1FVJA 1JFUA 1FG4A 3H4KA 3HHVA 5CREA 4BVYA 4MMMA 2IPAA 2CZ2A 2FGXA 1EP7A 4TOPA 5B7CA 2JU5A 3KGKA 3GKNA 4GF0A 4I8BA 5AIVA 5F8BA 3TKRA 4PNFA 3DWVA 5COHA 1W4VA 3QFAC 1OC8A 3CTGA 2LNSA 3HDCA 2XPDA 4L8EA 4TRXA 2RM5A 5IMDA 1RW1A 1VF2A 2C3TA 2YZUA 3D22A 5IMAA 2GSQA 2GSSA 2HRNA 1BAYA 2E2GA 3BCKA 5IMVA 2DIYA 2BTOT 1K3OA 3TJJA 1TOFA 1A23A 2NTOA 1SK1A 2WZ9A 4PX1A 2B5YA 4YH2A 5CRGA 1ZOFA 3CYNA 3GMFA 3DEXA 4KSMA 2J9HA 1ZCPA 4J56E 2FD3A 5JCUA 2LRCA 5IM9A 3LQ7A 4BWQA 4LA1A 1Z5YE 4KNDA 6GSWA 1GLPA 1G6WA 4KH7A 2KLXA 3GUSA 5ECRB 2GVPA 4AJ6A 4L5OA 2VLUA 3VWXA 3ZIJA 1BX9A 1SD8A 2DLXA 2H72A 2DMLA 3GFKA 3TRQA 4KDUA 3GH6A 3GTUA 1S3AA 2VCQA 1RK4A 2KOKA 4Q5NA 4KSOA 3HYPA 2VD1A 4HUAA 1THXA 1VRSD 6GSYA 1N2AA 2F8FA 4Z7XA 4G19A 1EEMA 3GNJA 5IOXA 1Z6NA 1JLVA 4EUYA 4PQ1A 3WGDA 5ELGA 2P31A 1B9YC 1AQXA 4MLYA 2GTUA 1GSSA 1XVWA 1SD9A 4MJAA 1GULA 2C0EA 2X8HA 1I5GA 1KBNA 3VI7A 3EC3A 3F9UA 3RHCA 2PWJA 4X0XA 4DSRA 3A5WA 2GS3A 1Z9HA 2PN8A 4KDYA 3TJKA 3FR9A 5JCGA 1T4YA 2LV3A 2LUSA 3VWUA 1X9SB 6GSXA 5D96A 1M2BA 4O5RA 5ID2A 3LXZA 4IW9A 3HJOA 3QD9A 1OC9B 2E2MA 3HA9A 4OWYA 8GSSA 4LMWA 2P0GA 2MYGA 4XS4B 2H0GA 5F05A 3H8QA 4V2MA 3UVHA 3HVXA 1XOBA 19GSA 2EIRA 4MF6A 2O87A 2A2RA 3GH9A 3TJFA 2JADA 3JCML 2KUCA 2O8VB 2L5OA 2X99A 3ZRDA 1SK2A 1AAZA 4AJ8A 2VL2C 3LXTA 1PX7A 2FA4A 4DSQA 4PUAA 5DALB 4GSTA 2WJUA 5CP1A 5ECSA 5CO3A 4HI7A 2B1LA 1T4ZA 3EURA 2NVLA 4KDXA 1OE8A 4NPBA 2H1AA 2HRFA 3Q74A 3G7IA 2PMTA 1V2AA 5D9WA 1TP9A 2GGTA 1WJKA 2YJHA 4CW9A 4V2LA 1UA5A 2EIOA 1OYJA 4KUNA 2DJ2A 6GSUA 1A8YA 2WGRA 1YKAA 5J3RA 1K0MA 1Y6EA 2VIMA 2OE3A 2L4QA 2H1BA 1YQ1A 1JZRA 1OE7A 2JL4A 4PQHA 3UOMA 5LD0A 3ERWA 4OO4A 2J23A 3ZFLA 4LL1B 2KHPA 1M9BA 1U87A 2BJXA 1JLWA 3I6AA 2A2SA 3HD5A 1RQMA 2CV4A 1O8WA 1GNEA 4HEA2 2R6KA 3A2XA 3GRXA 1K0AA 2IL3A 4LLRA 5HR2A 4X1UA 1WIKA 2H70A 4GTUA 1X9WB 3HCZA 4BA7A 4RQXA 3UJ1A 3EWLA 5EPFA 1U3AA 1YY7A 3TKSC 14GSA 3M3MA 4IVFA 2XBIA 3UVTA 4ECCA 1PX6A 1S3DA 1T7PB 2VCXA 1YZXA 2FY6A 4GXZA 4YAPA 2AUVA 2GT6A 2D2ZA 3LG6A 5CRHA 2DJ3A 1X5CA 4AF2A 1A24A 3ME8A 3TJBA 1GSFA 5A4WA 2VCWA 3APQA 3WD6A 3I69A 3QAWA 1BG5A 3P90A 2VL3A 4KX4A 4K7OA 3L9SA 1PKWA 1TTZA 2B7JA 4PURA 5AN1A 1O73A 1XBSA 1MDIA 3GX0A 1OC9A 6GSVA 1FO5A 1GL8A 1A2JA 5D8IA 1TRUA 4PXOA 1ZZYA 5D9XA 2VL9A 1B8XA 1LU4A 3GKXA 4XS4A 2HNLA 3A2WA 3TB2A 2QC7A 1M9AA 3RPPA 3C73A 2Z9SA 4KW6A 1Y25A 4F9ZA 4IKHA 3GURA 2C4JA 4WF4A 1ERWA 5FT3A 3D21A 1KTEA 1W89A 3WYWA 2CT6A 2YWNA 1EV4A 2R3XA 4O32A 4V1Ag 1F3BA 5DALA 3TUEA 1PN9A 5GZZB 2VM2A 3DVXA 3IV4A 1OVNA 4K8MA 2K8VA 2LEGA 2RLIA 3IDVA 2OE0A 3LGCA 5B6NA 2GZYA 2LJKA 3F63A 4ZIJA 3TKPA 3HJPA 3D0ZA 13GSA 3N5OA 1TKDB 4ZB9A 2RUFA 4TR1A 2IJYA 2YANA 1V57A 1EGOA 1R4WA 2VCTA 3PH9A 4XTSA 4NHZA 2E7PA 1HD2A 2L4CA 1ZL9A 4G10A 1GUHA 3CBUA 3F4TA 1PKZA 3G7YA 3S9FA 1XPVA 2ON7A 2LKUA 2PU9C 5A5KA 2M80A 2K8SA 4MF5A 3Q18A 1EP8A 3KP9A 4TR0A 3GL5A 2DIZA 3F4RA 2DJ1A 4GRFA 1QGVA 2MMNA 2AJQB 3QAVA 4YQMA 5IMCA 1PL1A 1KEBA 1F3AA 1MD3A 2DJ0A 1XWAA 1CQHA 1OAZA 3F3QA 5J5NA 1AIUA 5E4WA 5G2ZA 3QDNA 3WT2A 4BVXA 1GSEA 3ZFBA 5ENUA 4QL9A 1OC3A 4ISDA 2LTKA 2EC4A 3KM6A 3CTFA 3CMIA 2HE3A 4HS1A 1FB6A 1Q98A 3IRAA 2CVDA 3DD3A 1K0OA 2LRNA 5AGYA 4FYCA 2CA8A 5H5SA 5DQYA 3FHKA 2RUEA 2B1KA 1O81A 3H1NA 2NDOA 4ACSA 5INYA 1J9BA 5C00A 3TKSE 2B7KA 20GSA 5JCWA 3FZ9A 2QKEA 3C7MA 3ZVJA 3QMXA 5AIXA 5GSTA 2AB6A 4ZL9A 16GSA 4YQVA 12GSA 2OBKA 5D9VA 2VD0A 4N10A 10GSA 5A4UA 6GSSA 1SKRB 2HYXA 1YF1A 1TU7A 3DXBA 1AC1A 3KIJA 3U5RE 2F8AA 5KN2A 3TRPA 4OMVA 1A2MA 1IYIA 5ECIB 4IGJA 4ID0A 1PL2A 1QK8A 5IO2A 3RPNA 2C0FA 2YN1A 4MPGA 5H5RA 1TI1A 2DBCA 2XPEA 1ERTA 4XS6A 2FLSA 3KTBA 1O8XA 1TK5B 2LRTA 1XWGA 5G31A 2MBSA 4CDOA 2C8UA 5DAKB 1F37A 2LQOA 4BWSA 3H79A 4ECJA 1YEXA 2C3NA 4MF7A 3QFBC 1O85A 3GL3A 3EU4A 3IR4A 2VOCA 3QOUA 1E6BA 2REMA 4MCUA 2ES7A 1QFNA 1WMJA 3O3TA 2PUKC 4D73B 3RDWA 4HJ2A 3I43A 1XXUA 3L9VA 1TK0B 4ML1A 1XIYA 5DQSA 1SK0A 4FH8A 1QUWA 3ZMLA 2LJRA 4ZL7A 3L78A 3MNGA 4F0BA 5DCHA 1V9WA 2ZCTA 2IWTA 3UBKA 4OFMA 3LYPA 5ECHB 3P2AA 3FW2A 2DMMA 3IK9A 5B6MA 1VGLA 4POMA 4KCEA 1SJIA 5J9CA 3J7Yk 4MPFA 4ECIA 3UL3A 4CHSA 4EDYA 3A3TA 4HQZA 1JZWA 1XWKA 1TJDA 4EF0A 2H1DA 1G0TA 5J9BA 4EC0A 4ZXGA 2CVKA 4POBA 2FA8A 3HVVA 2CAIA 4L0WA 1GUKA 2IMDA 3ZZXA 3APSA 1MDKA 2YCDA 5LCZA 3U6VA 1HNBA 2H6ZA 2HXKA 2MMOA 2H73A 4RQRA 3ERFA 1A0FA 4ZB8A 3ZMKA 2FWEA 3M1GA 5F07A 1TDIA 1GTBA 4HDEA 1LBKA 1ZGNA 2GSRA 2MBTA 4WETA 1A8LA 4PQIA 3PR8A 5KN0A 2AAWA 4IELA 4V1Ap 1EZKA 4NMUA 1YDKA 2YWIA 3MDKA 4WBRD 5B8BA 3K8NA 1ERUA 5DBQA 3IPZA 1EOGA 4MJCA 1B9XC 3VI5A 2CAQA 3ME7A 5HR1A 2WULA 2JSYA 2X8CA 3L4NA 3APOA 4JRRA 2PERA 2JZTA 4KAEA 5HQPA 5ECMB 1PRXA 3LSZA 4TR1B 4XRAA 2XC2A 3UIWA 2E0QA 2P5RA 4J57E 1DE2A 3KP8A 3F4SA 4HU9A 2IMEA 4PUFC 1U3IA 4QL7A 2N5AA 4O7HA 3ZTLA 4TW5A 4GQFA 5GSSA 2RM6A 4GSSA 4TKYA 4LMVA 5G30A 1PA3A 5DJMA 2X64A 4KA0A 5KN3A 4PGTA 1K3LA 3FKFA 1WP0A 3ZREA 2OJLA 5DAKA 1H75A 1SL1B 2M72A 3HZ4A 2QSIA 5IMZA 9GSSA 4XS1A 4ZBAA 1X5DA 2CZ3A 2H74A 5C04A 4KE3A 2VAFA 5HFGA 2MMAA 2H6YA 2CX3A 3W6GA 1XVQA 2NPBA 3M9JA 3ZLPA 3J7Yb 2WB9A 5EVOA 3TKQA 3QAGA 4IQAA 4D73A 1N8JA 1AXDA 3F8UA 2IN3A 1R5AA 4WR5A 4RUVA 3IA1A 1K0DA 4MH3A 3VWVA 2OA7A 4LL4B 4NXIA 4IHUA 1ML6A 4MP4A 4P3YB 1ZYQB 1J08A 1C72A 3CSIA 2OADA 5ELAA 4YQUA 6GSTA 2V41A 5GAND 1R7HA 2B6MA 3Q6OA 4RI6A 5ECOB 3IOSA 4K1FA 2GQLA 1USBA 2H76A 2N5BA 4EKZA 1F2EA 4MA9A 1TRSA 3IAM2 3EINA 2B3SA 2FCHA 1GP1A 2O7KA 4JEDA 2IIYA 3E3EA 2I9HA 2YPMA 1SYXA 4GSNA 3GYKA 3M0FA 2F51A 3TGZA 2WRTA 1FOVA 2EIQA 2JSZA 1XW5A 4I97A 2G0FA 2V6KA 3DIEA 1TXXA 2V6OA 4I2UA 3BJ5A 1EOHA 1ACVA 2F9SA 3KJYA 3L0HA 1M2AA 2KP2A 3G9BA 4EXJA 4X43A 4IJIA 1VF1A 3DRNA 3L9UA 3ZIVA 2GSTA 4XHMA 5F06A 1QQ2A 4IJ3A 1HYUA 3FRCA 1BEDA 1R26A 1UC7A 3A2VA 3IHQA 4WXTA 3IAS2 3D6IA 3OR5A 4BL7A 2YOIA 4F0CA 3KCMA 3F0IA 3NOFA 4E8HA 2C80A 4V2NA 5A4VA 3ZVJD 1JZDA 1ON4A 1PMTA 4MJEA 2K9FA 1K0CA 1B4QA 3CXGA 1PGTA 3HZ8A 1SKSB 1NW2A 1DBYA 2GZZA 2TRXA 2H19A 5KEJA 4K7NA 4OO5A 1SENA 2GLRA 2IFQB 1GRXA 2VL2A 2K6VA 1Q4JA 5ECPB 3UARA 2FHEA 2L57A 2A4VA 3C71A 1URMA 2R4VA 1EEJA 2WCIA 2VUPA 1GLQA 1HQOA 1EWXA 1YJ6A 1IYHA 4MZBA 4TXOB 2CQ9A 4EE0A 1M99A 5EL8A 1GUMA 1G7OA 1K0NA 4K0GA 2CVBA 2OBIA 1AW9A 2FWHA 2H30A 2C3QA 1Z6MA 1BYEA 2VO4A 5IIZA 3TOTA 2VLVA 1NM3A 3TOUA 1WOUA 4IP6A 4Q5FA 4EL1A 3UBLA 3VWWA 4MZCA 1GSDA 4DSSB 2G2QA 3DGQA 3EYTA 4E8EA 3KEBA 3VPQA 1ILOA 4AJ7A 5IOWA 5G1KA 3VURA 3QPMA 2L5LA 4Q5QA 3LORA 3D4TA 3WGXA 5B8AA 2HLSA 2PGTA 2LNTA 5H5QA 1HNCA 1UVZA 1FVKA 3GKKA 4MZWA 4IQ1A 1Z7PA 3FK8A 1FB0A 4OCEA 1SJ6A 2L6CA 5EY6A 4NAXA 2ZUPA 3GV1A 4WKWA 1X9MB 1T00A 2HSYA 2O85A 2HZEA 3KMNA 4AGSA 3O6TA 4H86A 3GHAA 5CYYA 3C1RA 4N0VA 3R2QA 3C8EA 2AHEA 3P8WA 3TKSA 4TVEA 1NHYA 3F6FA 5IPGA 2QGVA 5CRWA 3ED3A 5ECLB 4WR4A 1XWBA 1CQGA 2XHFA 3HXSA 3PINA 5IQYA 3C1SA 3EMPA 4L0UA 1R5PA 2VCZA 5JWOB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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