The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
75
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sequence length |
224
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structure length |
224
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Chain Sequence |
MPVITLPDGSQRHYDHAVSPMDVALDIGPGLAKACIAGRVNGELVDACDLIENDAQLSIITAKDEEGLEIIRHSCAHLLGHAIKQLWPHTKMAIGPVIDNGFYYDVDLDRTLTQEDVEALEKRMHELAEKNYDVIKKKVSWHEARETFANRGESYKVSILDENIAHDDKPGLYFHEEYVDMCRGPHVPNMRFCHHFKLMKTAGAYWRGDSNNKMLQRIYGTAWA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Achieving Error-Free Translation; The Mechanism of Proofreading of Threonyl-tRNA Synthetase at Atomic Resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Threonyl-tRNA synthetase
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| molecule tags |
Ligase
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| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
75
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| structure length |
224
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| sequence length |
224
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| ec nomenclature |
ec
6.1.1.3: Threonine--tRNA ligase. |
| pdb deposition date | 2004-06-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02824 | TGS | TGS domain |
| A | PF07973 | tRNA_SAD | Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Replication Terminator Protein; Chain A, domain 2 | Replication Terminator Protein; Chain A, domain 2 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 | Threonyl-trna Synthetase; Chain A, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3AEE B; 2MJ3 A; 3FAH A; 2KAJ A; 1V4P A; 1E10 A; 1PUT A; 1FXI A; 1YJI A; 2L83 A; 2PVO D; 4YTM B; 1JRP A; 3AN1 A; 1JWB D; 3KWL A; 2ZZF A; 1L0V B; 2E3T A; 3ZYY X; 3HVZ A; 1J7C A; 3AM9 A; 4C80 A; 1FFU A; 4N59 A; 1KF6 B; 1IUE A; 2AX5 A; 5EE3 A; 1QOB A; 1JWA D; 3SR6 A; 3P1M A; 1XLQ A; 4N58 A; 1FMA D; 2ZZE A; 1V8C A; 2WLB A; 3KEW A; 1OQQ A; 2ACZ B; 5AUK A; 1JQ4 A; 2W55 A; 1J7B A; 4C7Z A; 3NVW A; 2PKO A; 1ROE A; 1FRR A; 3AEA B; 5EE9 A; 4YSX B; 1JW9 D; 3DWG C; 1PFD A; 1ZUD 2; 1V97 A; 4YSY B; 3WQZ A; 4HRO A; 1TJE A; 4IDI A; 1XLN A; 2CJN A; 2OHF A; 1NI3 A; 3HRD D; 2DWQ A; 4ZHO A; 2M56 B; 3AEG B; 4ZOH C; 1QLB B; 2WQY B; 1N5X A; 1WWT A; 2MH7 A; 3ETR A; 1YQ4 B; 2BS3 B; 1FO4 A; 2QJL A; 1T3Q A; 4LTU A; 2M19 A; 4ITK A; 3AE6 B; 1RM6 C; 2W3R A; 2MJE A; 1VJK A; 4HRS A; 1QF6 A; 2E1B A; 3NS1 A; 1L5P A; 3DWM A; 4YTP B; 3AEC B; 2K9X A; 3VR8 B; 2CU3 A; 2BS4 B; 1E0Z A; 2BT6 A; 2N0S B; 3AE1 B; 2K22 A; 1WXQ A; 3P4S B; 3P63 A; 1GPX A; 1SIJ A; 2WDR B; 1QOA A; 4P6V F; 3BII D; 5GXG B; 1SB3 C; 3RPF C; 4WQM A; 1OFF A; 1GAQ B; 3AE8 B; 2Q5W D; 1CJE A; 3AE2 B; 2K5P A; 2FBW B; 2WDV B; 1WGK A; 3AEF B; 3AE5 B; 2KMM A; 4WWM A; 4US9 A; 4JX1 C; 3VRB B; 1E6E B; 3SFE B; 1DOY A; 4JWU C; 2JX5 A; 1RYJ A; 3P4Q B; 4YXD B; 1N62 A; 4JWS C; 2H88 B; 4USA A; 1WYG A; 1AWD A; 1KRH A; 5H92 C; 1EWY C; 3B2G A; 2QIE B; 1CZP A; 1N61 A; 1PDX A; 2DBY A; 1XLO A; 3CIR B; 4YT0 B; 5EE1 A; 1XO3 A; 3SFD B; 4KX6 B; 3VRA B; 3NVY A; 2WDQ B; 3RFN A; 1I7H A; 2ZTG A; 1VLB A; 2WP9 B; 3P4P B; 4FXC A; 1N63 A; 3VR9 B; 2ZZG A; 3PO0 A; 1VDV A; 4N6E B; 1NEN B; 3AE4 B; 3AE3 B; 4YTN B; 1TKY A; 3AV8 A; 2W3S A; 2Y5C A; 2W54 A; 1FIQ A; 1QOG A; 1DOI A; 1WXO A; 5AUI A; 1L6U A; 1F0Z A; 4US8 A; 2B76 B; 1DOX A; 1TKE A; 4YSZ B; 3ABV B; 1AYF A; 3AH7 A; 5C2T B; 2EKI A; 1YQ3 B; 1QOF A; 1UWM A; 2HTM E; 3B2F A; 3EUB 2; 3W5V B; 1ZP0 B; 3AED B; 3B9J A; 3AMZ A; 1L6V A; 3FC4 A; 3LXF A; 1OQR A; 2WS3 B; 1TKG A; 3AE7 B; 5MPO A; 1A70 A; 3LB8 C; 1JAL A; 1RWS A; 2L52 A; 1XLP A; 1KFY B; 4C7Y A; 1NEK B; 5EE0 A; 3W5U B; 1WRI A; 1TYG B; 1FFV A; 3L4P A; 3NRZ A; 4ZHP A; 1JRO A; 2LEK A; 3WCQ A; 3NVZ A; 4A9A A; 1J7A A; 2WU5 B; 5C3J B; 2CJO A; 3AB5 A; 1R7S A; 1N5W A; 3CWI A; 1FRD A; 1V7O A; 1B9R A; 1E7P B; 2MJD A; 2JQR B; 3W9C B; 1NVI D; 3AE9 B; 5G5G A; 2WU2 B; 3NVV A; 1YJJ A; 2PVG C; 2H89 B; 1ZOY B; 1ZXI A; 1DGJ A; 1E9M A; 2PIA A; 2BS2 B; 3AEB B; 1FM0 D; 1FXA A; 1NYR A; 1NYQ A; 1WNU A; 3HUI A; 1SF0 A; 1N60 A; 5H8Y E; 1RFK A; 5G5H A; 2G1E A; 3P4R B; 3RHU A; 1QT9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2ICI A; 3TEW A; 1V4P A; 1UF0 A; 1L0V B; 5CX3 A; 1KJT A; 3P42 A; 4XYC A; 2IBI B; 1XLQ A; 5D2M B; 3EI2 A; 4XE0 A; 3WAL A; 3NY5 A; 4YSX B; 1WFY A; 4EKU A; 4WAA A; 4WQO B; 3U7Z A; 1SIF A; 2M56 B; 1WWT A; 4DQO C; 2BS3 B; 1MG8 A; 2QJL A; 4RMA A; 3W1S A; 3H7S A; 4KV2 A; 5D3D A; 1ZPS A; 3SD5 A; 2AQ1 B; 2L8J A; 5IKC M; 1WM2 A; 2BQQ A; 2GI9 A; 3KH0 A; 4LNK A; 3UI3 A; 1E0Z A; 4BAX A; 1C4C A; 2R61 A; 1QOA A; 3RPF C; 1BUI C; 3EHV A; 2LGI A; 2BB5 A; 1K50 A; 4LNO A; 5DPS A; 2JSV X; 1HXY D; 3ZKJ C; 4YXD B; 3ZUP A; 2O6V A; 1CZP A; 1MHX A; 3I9V 1; 1V80 A; 3ZNH B; 2IYD B; 1ACC A; 3LDZ E; 4II2 B; 2FE8 A; 2ZZG A; 3KW5 B; 1C4P A; 4P1B C; 3AE3 B; 2XBB C; 3DVG Y; 2IY0 B; 2PE6 B; 2I05 A; 3EFU A; 4YSZ B; 4DDI D; 4WAF A; 2DYO A; 5C2T B; 2WXO A; 3ZX4 A; 1A70 A; 4MJS B; 4C7Y A; 4CI1 A; 4BBN C; 1V5O A; 2IY1 B; 1F2R I; 2K8B A; 4MEL A; 3R7R A; 3ZIM A; 4HKZ E; 3AB5 A; 5T8I A; 4FHK A; 3IBE A; 3ZLZ A; 2WU2 B; 2PVG C; 2D3C A; 1YX6 B; 4GB9 A; 2C9W B; 1SBB B; 1S1Q B; 2LAS A; 2O2V B; 2QCZ A; 4NQK E; 3GP7 A; 3BVG A; 4KZC A; 2IJ0 A; 1WR1 A; 3H9D A; 1N6Z A; 4J6I A; 1EU4 A; 5AZF A; 1FFU A; 5EE3 A; 4ICV A; 1QOB A; 2BKR B; 2WXJ A; 2CHX A; 3Q3J A; 1V86 A; 2I38 A; 1STE A; 3U8Z A; 4HPM B; 4CO7 A; 5AZG A; 2K3U A; 3UQA A; 3PGE A; 4ZYS A; 3WAM A; 1T0R C; 1NI3 A; 2RPV A; 4J3O D; 3ZNZ B; 4EEW A; 1D5X C; 2MH7 A; 4OVV A; 4ANW A; 4XZ4 A; 1VJK A; 4WJP A; 3M3J A; 1L5P A; 2CU3 A; 3PZ7 A; 2N9E B; 1ZKH A; 2EMS A; 4WQM A; 1GOZ A; 3PRE A; 3P4Q B; 2KTR B; 2CS4 A; 1M4V A; 1JWM D; 1T5X D; 2BKF A; 3Q69 A; 3HVD A; 1OGW A; 4KX6 B; 4KKJ A; 1MVK A; 1V5T A; 4WJO A; 1TKY A; 2A5U A; 4TQ1 A; 4JGH B; 2V3S A; 2NR2 A; 2I06 A; 2MA9 B; 2HJ1 A; 3HM6 X; 3DBL B; 4PS3 A; 3WAN A; 2DZI A; 3RCZ A; 2I1J A; 1WY8 A; 3RNG C; 3DPD A; 1J8C A; 2I1K A; 4IC7 B; 2BVC A; 3GE8 C; 3CF6 E; 4ARC A; 2WGS A; 2JVC A; 4LNN A; 3U4E G; 3ZQ4 A; 3NZS A; 2FUG 1; 1UGM A; 2WDT B; 2H89 B; 3MTN B; 4A0B A; 3HUI A; 3RZW C; 1P7F A; 4K7U A; 2LWP A; 1E7V A; 4NY0 A; 5BMI A; 2AQ2 B; 2JPH A; 3AN1 A; 2ZCC A; 3TL5 A; 3VXW A; 5L83 A; 3VQI A; 4XR2 A; 4W9I A; 1EF1 A; 1HTO A; 2KX0 A; 1HEZ E; 4S0R A; 3N20 C; 4REZ A; 2ZZE A; 2WXG A; 2KWU B; 2ACZ B; 2IGD A; 4FJZ A; 3RZF A; 1J7B A; 2Y3A A; 1UBI A; 1YN3 A; 1KM7 A; 2LRU A; 4KSL C; 3I7K A; 4CQN A; 5E6N A; 3AEG B; 1N5X A; 3BVZ A; 1R4N B; 1T3Q A; 2NS5 A; 4LTU A; 4GOC A; 4XX5 A; 3DDC B; 1XVI A; 2L7R A; 4II3 B; 1E5W A; 2N0S B; 1I35 A; 2MBE A; 1ET6 A; 1VZ6 A; 2KMM A; 3MC9 A; 4ANU A; 3SFE B; 2FAZ A; 4USA A; 2LMC A; 4M0W A; 1FNV A; 3NVY A; 4S17 A; 1UD7 A; 4JE3 B; 3T3O A; 3MC8 A; 1UZX B; 3PO0 A; 1LQB A; 4W9C A; 1PGX A; 1D5M C; 1WX8 A; 3AE4 B; 4ANV A; 2Y5C A; 3Q2A C; 3EI3 A; 2V3N A; 3ZTY A; 3CSF A; 2LD9 A; 5FR3 A; 2RR9 A; 3VTV A; 2IZV B; 3NG0 A; 4ZDV A; 2AYO B; 4MGY E; 3CMM B; 3I7N A; 4C4V A; 3AE7 B; 3LB8 C; 2WXQ A; 1XLP A; 3N1X C; 2KQ7 A; 3P2B A; 1SXT A; 1WX9 A; 5LXI B; 1IGD A; 4A3P A; 3QCA A; 4KGR A; 2NBV B; 1V7O A; 3ZW7 A; 2LZ6 A; 1NVI D; 1WJU A; 1ZXI A; 3RUL A; 4BKS D; 5DPR A; 3HHM A; 4K3C A; 3VR9 B; 2MJ3 A; 3GZN I; 2RDH A; 3N32 A; 1V2Y A; 2B5L A; 3A4S C; 3JW0 X; 4E71 A; 1LM8 B; 2IUS A; 1ZXH A; 3TUO A; 1JQ4 A; 3IXS A; 1T6B X; 1UBQ A; 4IWP A; 1WX7 A; 4IDI A; 1R4N I; 2D07 B; 3VAW A; 5JZE B; 1TS4 A; 2JRH A; 2M19 A; 3KUD B; 2DHZ A; 1RM6 C; 2E1B A; 3JSV B; 2MX2 A; 4M8N A; 2ZVN A; 2KTF A; 2WYQ A; 1IPG A; 4ZRI A; 4DDG D; 3L17 A; 3CST A; 1WYG A; 2R2O A; 2BPS A; 3L16 A; 1H8C A; 4W9K A; 4NZL B; 1IGC A; 4NAW B; 5HKH A; 3Q3O C; 2KDI A; 2C7N B; 4G0N B; 1E8W A; 5AZH A; 3U7D A; 5FR6 A; 4HPL B; 2PMV A; 3I8E A; 3BK1 A; 3GB1 A; 4BOZ B; 3E9S A; 1V1P B; 3RD2 A; 1WXO A; 2TSS A; 2IO0 B; 2V0G A; 3KWV A; 5LNK 1; 2INN E; 2O2V A; 3ZUN A; 1WZ3 A; 4BKS A; 3ML8 A; 4LLG M; 2PW9 A; 5HG2 A; 1YN5 A; 2V1Y A; 3V60 A; 1TYG B; 1BT0 A; 2JWZ A; 5BO4 B; 4RGM A; 3QJZ A; 2JQR B; 2K6Q A; 4A90 A; 4IKG A; 1ZOY B; 2D3A A; 4IW0 A; 2EMT A; 2KFK B; 3Q8A A; 3VHT C; 2K8H A; 3ONS A; 3SEB A; 3PTF C; 4XR3 A; 1I4Q A; 4TUU A; 3IT6 B; 2PVO D; 4AJY B; 5FQD A; 3RNB C; 1XQQ A; 3T3N A; 3DVN V; 3AM9 A; 3NJT A; 4JL9 A; 3EC8 A; 4O1N A; 1PYW D; 3IAM 1; 1VRA B; 1I4H A; 3SDL C; 1GB4 A; 4HKQ A; 3DBR B; 1CMX B; 2KK8 A; 3PHW B; 2C5L C; 2N1W A; 3QHT A; 1ESF A; 2UWQ A; 4A8X C; 3VR8 B; 2K9X A; 4WWN A; 1EF5 A; 2ZNV B; 4DHZ E; 4IG7 B; 4OZB A; 4P6V F; 3L54 A; 1SB3 C; 1UUP A; 3AI5 A; 1WSP A; 1WGY A; 4TZ4 A; 4NPN A; 4Q2J A; 2Z59 B; 4WWM A; 3OWE B; 1RYJ A; 4NQL B; 2G9H D; 1SEB D; 4L23 A; 4X57 B; 4KDI C; 2KJH B; 2ZTG A; 4FXC A; 1VZ8 A; 2GBR A; 4CYE A; 3I7H A; 3VFK A; 2FCQ A; 3R2I A; 4DK5 A; 1L6U A; 2PE9 A; 4G11 A; 1TKE A; 4OW0 A; 3VTW A; 3ZW3 A; 1FCL A; 1UWM A; 4KIK B; 2PEA A; 3BWU D; 4DXG A; 2KDE B; 2G3Q B; 1TKG A; 1JAL A; 1FXT B; 3U30 A; 4AR1 A; 4XDD A; 3W5U B; 1RRB A; 2LEK A; 2GRI A; 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5FK9 C; 5CHW A; 1Q10 A; 2IO1 B; 3A1Q A; 1FMA D; 4CI3 A; 4MGK E; 3OJ3 A; 4E3C A; 2MBO A; 2JYE A; 3IHP C; 2QIL A; 3I3T B; 4A3O A; 3NHE B; 1V1O A; 4I6N B; 2DWQ A; 3ZX5 A; 1EUV B; 4ARI A; 1D6E C; 1XXG A; 2JF5 A; 3N30 A; 2INP E; 4YTP B; 2GBM A; 4IM3 A; 1TY0 A; 1TY2 A; 4XGA B; 1D5Z C; 3AE8 B; 4GDL B; 2Q5W D; 4EOY A; 4JX1 C; 4LJO B; 3RT3 B; 2H88 B; 3DHG C; 3R3M A; 1EWY C; 1Q1O A; 1N61 A; 1JML A; 2J7Q B; 4KDL B; 3KYC D; 2D10 A; 5E6P A; 4FAD A; 1L0X B; 2FID A; 2PPH A; 1HQR D; 1WGG A; 4W9H A; 2LHD A; 1DOI A; 2VRR B; 4EE2 A; 2KMA A; 2OOB B; 3PPA A; 5JHA A; 1TT5 B; 3QC8 B; 2Z0E B; 4WUR A; 1JWU D; 1MHH E; 2NMQ A; 4D2K A; 1K53 A; 4LJP B; 3D32 A; 4RGT A; 4PK1 A; 3L4P A; 3NRZ A; 2DZM A; 5J18 A; 3WCQ A; 3TEY A; 4TV3 A; 2N9X A; 3Q14 C; 2KVR A; 1WMH A; 4HDO A; 4MSQ B; 4P7I A; 1YJJ A; 2C7H A; 3AEB B; 4W9L A; 1E9M A; 1NDD A; 4LDT B; 2X38 A; 2KJR A; 3P4R B; 3PRP B; 1SJH D; 2W9N A; 1MPE A; 3PV1 A; 3VH3 B; 4F7Z A; 1J7C A; 2AX5 A; 2LRW A; 4N58 A; 2D3B A; 4YWG G; 5D3I B; 4P1C C; 2VH2 A; 3WQZ A; 3FKY A; 2BWF A; 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