1TLAA

Hydrophobic core repacking and aromatic-aromatic interaction in the thermostable mutant of t4 lysozyme ser 117 (right arrow) phe
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNFLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Hydrophobic core repacking and aromatic-aromatic interaction in the thermostable mutant of T4 lysozyme Ser 117-->Phe.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1tlaA00
1L84A 3DN1A 1L08A 1LLHA 2OU9A 161LA 1L57A 3SB5A 3HH5A 155LA 2B6WA 1KW7A 3HT6A 2B6TA 3DNAA 1L38A 223LA 1L51A 1P6YA 2QB0B 1CVKA 3RZEA 1P56A 1L20A 5I14A 198LA 224LA 1D2YA 115LA 1B6IA 3NY8A 162LA 1C6IA 3OE0A 231LA 170LA 220LA 109LA 209LA 1L12A 3C8QA 1ZYTA 4EPIA 2B70A 1CUPA 247LA 1T8AA 3G3VA 159LA 1QSQA 1CX6A 197LA 1QTBA 1CV1A 1L04A 1C6LA 1L23A 1L90A 2RB2X 1JTMA 2RH1A 3HH3A 104LA 3HUKA 2RBPA 4ARQA 1C65A 2HUMA 4W52A 1L58A 172LA 261LA 4W54A 2RBOA 1DYDA 1L28A 2RB1X 3LZMA 1L14A 4EPFA 1L31A 1C69A 183LA 3RUNA 138LA 2Q9DA 206LA 108LA 1CTWA 1QSBA 3SBBC 1LYHA 2OE7X 252LA 190LA 254LA 1L81A 3PBLA 2B74A 1JQUA 3GUIA 1L33A 260LA 1G06A 3DN3A 1L59A 3VW7A 1QTDA 1P5CA 1L68A 3EMLA 3HU9A 2HUKA 1LWKA 1WTHA 248LA 229LA 1CU6A 235LA 1LYGA 1C63A 1QTCA 218LA 200LA 4PK0A 3SB7A 4EXMA 1L39A 3SB8A 1L15A 1SWYA 1I6SA 1QS5A 2NTGA 1CU3A 184LA 1QUHA 4AQNA 4I7PA 3FA0A 3GUPA 1CV4A 185LA 119LA 1NHBA 1L82A 1LYIA 1L24A 1L77A 3C7ZA 245LA 1L06A 1D3MA 4W53A 3GUKA 2B72A 1L01A 3PDSA 3DMZA 237LA 205LA 4I7SA 1G0QA 112LA 175LA 201LA 2O7AA 1QT6A 141LA 2LC9A 2OU8A 1L02A 1OVJA 4YXCA 1CU2A 1C6JA 3CDRA 1QT8A 3UONA 3SB6A 1C6CA 1G1WA 3C7YA 1QT7A 1XJUA 1C6BA 1L18A 1PQIA 3HUQA 4ZPUA 4EKPA 2RBSA 127LA 2LZMA 107LA 2OTZX 3C8SA 4LZMA 1L83A 143LA 1L96A 1T6HA 1OVHA 4W55A 2B6XA 3NY9A 1CV6A 1D3NA 4LDLA 1C6NA 4EKRA 1L17A 2RBRA 1L32A 4I7OA 152LA 1CU0A 1DYFA 1CV5A 1L91A 1L43A 1L56A 240LA 4LDOA 128LA 262LA 1L03A 169LA 1EPYA 1T8FA 1L85A 3L2XA 167LA 3DN4A 1L07A 3HDFA 1L45A 199LA 139LA 1L55A 4S0WA 3C80A 4I7TA 1G0JA 1T8GA 3C7WA 168LA 149LA 1KY0A 259LA 174LA 195LA 1G0GA 3HTDA 102LA 1C6FA 1L62A 1C60A 3OE6A 4W56A 3DN8A 151LA 4PJZA 1P64A 2OEAX 246LA 1L11A 3DN0A 225LA 1L30A 2CUUA 7LZMA 4W51A 3HT9A 1CV0A 1C68A 2Z6BA 1L99A 3SB9A 2A4TA 1L98A 4I7RA 150LA 1LYJA 4E97A 1C6TA 1L64A 1L46A 1LI3A 2B6YA 3C82A 122LA 3HTBA 3SN6R 2RBQA 1LI2A 2ANXA 2RB0X 148LE 4ARJA 2OE9X 219LA 213LA 3SBAA 3OE9A 4K5YA 4EKSA 1LWGA 196LA 2RAZX 1CU5A 258LA 1L87A 157LA 1L50A 1C6AA 1SX7A 1L97A 210LA 3G3WA 1PQJA 3JR6A 4IAPA 1LYDA 125LA 1L22A 1C6QA 1L67A 1L48A 1C6MA 239LA 1C6DA 1LGXA 3HWLA 1L86A 2O79A 126LA 1P3NA 1P7SA 1QUDA 1L60A 1SSYA 4I7QA 1QT5A 214LA 1L29A 166LA 1D2WA 1G07A 1KS3A 186LA 4GBRB 146LA 211LA 3HH6A 234LA 3DN6A 130LA 1L94A 1L27A 3CDOA 1OWYA 4ARMB 1L10A 1L89A 1LYFA 1C62A 123LA 1L44A 3HH4A 256LA 4YXAC 253LA 187LA 1QTZA 1OWZA 216LA 251LA 111LA 2F47A 226LA 232LA 1XJTA 257LA 3C83A 1LGWA 3FI5A 4EJ4A 1DYBA 1L69A 2RBNA 2B73A 1CV3A 1P46A 1LW9A 1XEPA 2ANVA 1P37A 1L79A 2NTHA 1QTHA 1L75A 1SWZA 164LA 1P36A 244LA 3DMXA 1C6PA 1L54A 118LA 189LA 1G1VA 4ARPA 1SSWA 2B75A 1C6GA 178LA 1OYUA 3DN2A 1L13A 1LI6A 1DYGA 1PQMA 1QUOA 215LA 1ZWNA 3HT8A 120LA 3OE8A 1D3FA 1K28A 4ARMA 173LA 1KNIA 1L40A 2QARC 1L21A 1L93A 1L37A 3GULA 140LA 3GUNA 1OV7A 2B7XA 3GUMA 2LCBA 1OV5A 3GUOA 217LA 4I7KA 230LA 6LZMA 3K2RA 1KW5A 129LA 1D9WA 1C6HA 1C61A 1L53A 1L73A 3V2YA 4YX7C 3QAKA 1L36A 4W59A 142LA 1JTNA 1L0KA 1KY1A 3V2WA 165LA 4DKLA 4ARLA 1L49A 4EKQA 1L52A 1DYAA 3L64A 255LA 1L76A 250LA 176LA 1OVKA 2OU0X 1QT4A 1QS9A 145LA 1DYEA 2OE4X 1TLAA 3HU8A 3HUAA 1L70A 1PQDA 113LA 2IGCA 2O4WA 4W58A 2RAYX 4I7LA 1P2LA 221LA 3CDQA 1L16A 1LPYA 3C81A 1L34A 177LA 1G0PA 1C6KA 1L95A 5LZMA 1LYEA 4DJHA 4GRVA 222LA 1QTVA 1L19A 3DKEX 1L0JA 3G3XA 182LA 1C6EA 1P2RA 1L35A 1T97A 1G0KA 1CX7A 192LA 2F32A 191LA 1L47A 1SX2A 2HULA 236LA 3CDVA 3HTFA 233LA 2F2QA 3C8RA 3F9LA 156LA 131LA 158LA 3ODUA 160LA 243LA 4W57A 1L00A 2B6ZA 137LA 1LGUA 3NYAA 212LA 249LA 114LA 4OO9A 238LA 1L05A 1L72A 228LA 2OTYX 3GUJA 147LA 3HT7A 163LA 110LA 241LA 1C66A 2L78A 171LA 3D4SA 1ZURA 242LA 1DYCA 1L80A 1L74A 1QT3A 1G0MA 4I7MA 188LA 1L26A 1C67A 1L42A 3FADA 1L41A 1L63A 3HTGA 1L09A 180LA 1CUQA 3CDTA 1L88A 1L92A 1QUGA 103LA 2Q9EA 1PQKA 1G0LA 1C64A 1L65A 1PQOA 227LA 1L61A 4I7JA 1D3JA 144LA 4DAJA 4ARQB 181LA 4I7NA 3HDEA 1L71A 4LDEA 3DMVA 3F8VA 1L25A 1L66A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
9LYZA 1L84A 1LZ5A 1LSAA 3QNGA 161LA 1A2YC 3DNAA 4E3UA 223LA 1P6YA 3CT1A 2QB0B 1CVKA 224LA 4OOOA 4BAFA 162LA 1C6IA 4HV1A 4X3BA 4Z98A 1QUTA 1UA6Y 3HBHA 109LA 1W08A 3C8QA 1LMCA 5FDJA 1GXXA 3G3VA 159LA 1CJ9A 1CX6A 1QTBA 3WVXA 2MEDA 1L90A 1JTMA 1KIQC 1GB2A 104LA 1LJJA 1G7IC 4ARQA 2BQFA 261LA 4CHXA 2D6BA 2RBOA 3TXIA 1L28A 4DD9A 2RB1X 3W3EA 1OUIA 1VAUA 1B5XA 2BLYA 1BWIA 1LZ8A 138LA 1V7TA 4NGKA 2Q9DA 206LA 2BAAA 3AGIA 1XEKA 134LA 3HFMY 3SBBC 8LYZA 4DDBA 1L81A 1FLUA 1L59A 1UICA 1L68A 1AM7A 2MECA 3HU9A 1LJ4A 3B6LA 4LYMA 1HEOA 3N9CA 2DQHY 248LA 229LA 1CU6A 1B9OA 218LA 1QTCA 4NWHA 5B1GA 1FLQA 4PK0A 1LJGA 1ZV5L 4H9CA 1GE0A 1LYZA 2C8PA 1HHLA 119LA 1LYIA 1L24A 3TXGA 2F4AA 4G4HA 3W6FA 3TXHA 1D3MA 1D0MA 4Z46A 2B72A 1L01A 4I8SA 4RW1A 1LMNA 3WUMA 1JIYA 3WXUA 3DMZA 4WO6A 237LA 5KXRA 4I7SA 1IP6A 2LC9A 2OU8A 1NKHA 4YXCA 1CU2A 1BB5A 2DQIY 3LYTA 3SB6A 1C6CA 1G1WA 1UIGA 3C7YA 4N5RA 2BQIA 2A7FA 4RDSA 1F6RA 1NWGA 4NG8A 127LA 2LZMA 4LZMA 1FN5A 2ZIKA 1VDPA 4W55A 3WU8A 2GV0A 1B7RA 4CFPA 1L17A 4WM5A 4Z41A 2BQKA 1L91A 4YOPA 4CJ2A 2MEFA 1B7NA 4AGAA 1EPYA 3L2XA 4U3XB 4LT3A 1BWJA 3TMVA 4NY5A 3W6DA 4S0WA 3P64A 5A3ZA 1XSFA 1IVMA 2RSCA 1KY0A 2ZQ3A 1LZ1A 4XJDA 1GFJA 1C6FA 2CGIA 1LSGA 1LZ4A 5LYTA 2OEAX 1L11A 3DN0A 225LA 4UWNA 1C68A 1L99A 1LMOA 3SB9A 2A4TA 1JTOL 1L98A 4B4IA 2LYOA 4PRQA 4UWVA 2B6YA 3C82A 1G7HC 3SN6R 2ANXA 1A4VA 1WQNA 3WMKA 1HMLA 1LWGA 157LA 4LZTA 1SX7A 3JR6A 1GF4A 4A7DA 5KXMA 1L48A 1C6MA 239LA 3HWLA 5E4PA 2W1MA 1L60A 3M18B 3WVYA 2AUBA 214LA 1L29A 1JKCA 1D2WA 5JENB 1G07A 5LYZA 5I4YA 4GBRB 3DN6A 4QY9A 130LA 1D6QA 4P2EA 1LSNA 1L89A 1C62A 123LA 5IELA 187LA 2HEBA 1D0LA 2D4KA 2BLXA 232LA 1AZFA 1VFBC 257LA 4WOAA 3FI7A 5ILCA 4EJ4A 1DYBA 4DD0A 1L69A 2RBNA 4H8ZA 4DWXA 1DKJA 3LYZA 4XJBA 1LW9A 1G7LC 4WMGA 1L75A 1C6PA 1HF4A 1SSWA 178LA 1OYUA 2YDGA 1JUGA 3AZ5A 4HJYA 3CT5A 1LI6A 1PQMA 1QUOA 1ZWNA 5KJ9A 1GFAA 4I0CA 4ET8A 2DKVA 4J1BA 4OOTA 3EMSA 3BKHA 2HU3A 5KXNA 1OV5A 5T3FA 4WM1A 1JKBA 4I7KA 6LZMA 1I56A 3A95A 1KW5A 3GXRA 3V2YA 4YX7C 1L36A 1LYSA 1JTNA 5LVHA 5B07A 165LA 1GFVA 4NSIA 1GF5A 5F9UA 1L49A 4EKQA 1DI5A 255LA 4NHIA 1YKYX 1JWRA 145LA 2OE4X 1TLAA 3HU8A 1IP5A 1YAOA 4W58A 2YSSC 2RAYX 1L16A 1LPYA 1GDWA 1HELA 1NQIA 1IY3A 1C6KA 1L95A 1BB7A 2CDSA 2F2NA 1L19A 3DKEX 3G3XA 1T97A 1CKFA 1G0KA 1QTEA 4NG1A 1FKVA 1B0DA 1OUDA 3F9LA 156LA 1YAMA 3RU5A 4TUNA 4NWEA 2BQGA 1LGUA 2MEGA 1GPQC 1CNSA 1G7MC 1PZYA 1HEQA 3J6KA 1GB7A 241LA 3IWRA 1CKDA 3LZTA 1QT3A 1L80A 4N0JA 1GF9A 4HTNA 1L26A 3AZ7A 2H5ZA 3FADA 1L41A 2VB1A 3WULA 1LZSA 3HTGA 1L09A 1IC7Y 1N4FA 1FKQA 5I4XA 5C6LA 4I7JA 4D9ZA 1D3JA 1LZ6A 2NWDX 1L71A 1L25A 1L66A 3DN1A 5II3A 1ZVYB 2OU9A 1L57A 155LA 3P65A 3HT6A 1REYA 5LVGA 1L51A 4DDAA 5I14A 198LA 1UC0A 1D2YA 4YM8A 2DQGY 3NY8A 1B5UA 1D6PA 1YAQA 3OE0A 4WG7A 2FYDA 4ETBA 2BQHA 4OW1A 1ZYTA 4GCEA 1LHJA 2B70A 1CUPA 1GFUA 1CV1A 1C6LA 1UCOA 2CWIA 2RBPA 1C65A 4W52A 3A92A 1I20A 172LA 3TMXA 4NFVA 4GCDA 4QEQA 3ULRA 2HUBA 1REMA 1TCYA 1L14A 4Z3MA 3B0IA 5KXKA 4TTDA 1C69A 5LAGA 1B7OA 1GAYA 108LA 3TXKA 5DL9A 1HEPA 2OE7X 3PBLA 1IWXA 1JQUA 3GUIA 4KXIA 5B05A 1G06A 4QGZA 1QTDA 1P5CA 1BGIA 1OQMA 1WQMA 2YBNA 2HUKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 9LYZ A;  1L84 A;  1LZ5 A;  1LSA A;  3QNG A;  161L A;  1A2Y C;  3DNA A;  4E3U A;  223L A;  1P6Y A;  3CT1 A;  2QB0 B;  1CVK A;  224L A;  4OOO A;  4BAF A;  162L A;  1C6I A;  4HV1 A;  4X3B A;  4Z98 A;  1QUT A;  1UA6 Y;  3HBH A;  109L A;  1W08 A;  3C8Q A;  1LMC A;  5FDJ A;  1GXX A;  3G3V A;  159L A;  1CJ9 A;  1CX6 A;  1QTB A;  3WVX A;  2MED A;  1L90 A;  1JTM A;  1KIQ C;  1GB2 A;  104L A;  1LJJ A;  1G7I C;  4ARQ A;  2BQF A;  261L A;  4CHX A;  2D6B A;  2RBO A;  3TXI A;  1L28 A;  4DD9 A;  2RB1 X;  3W3E A;  1OUI A;  1VAU A;  1B5X A;  2BLY A;  1BWI A;  1LZ8 A;  138L A;  1V7T A;  4NGK A;  2Q9D A;  206L A;  2BAA A;  3AGI A;  1XEK A;  134L A;  3HFM Y;  3SBB C;  8LYZ A;  4DDB A;  1L81 A;  1FLU A;  1L59 A;  1UIC A;  1L68 A;  1AM7 A;  2MEC A;  3HU9 A;  1LJ4 A;  3B6L A;  4LYM A;  1HEO A;  3N9C A;  2DQH Y;  248L A;  229L A;  1CU6 A;  1B9O A;  218L A;  1QTC A;  4NWH A;  5B1G A;  1FLQ A;  4PK0 A;  1LJG A;  1ZV5 L;  4H9C A;  1GE0 A;  1LYZ A;  2C8P A;  1HHL A;  119L A;  1LYI A;  1L24 A;  3TXG A;  2F4A A;  4G4H A; 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