1TLAA

Hydrophobic core repacking and aromatic-aromatic interaction in the thermostable mutant of t4 lysozyme ser 117 (right arrow) phe
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNFLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Hydrophobic core repacking and aromatic-aromatic interaction in the thermostable mutant of T4 lysozyme Ser 117-->Phe.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1tlaA00
2NTGA 3V2WA 4ARQA 3OE6A 1QTZA 1L50A 1L40A 1C6KA 1L03A 1G07A 3HTGA 3K2RA 1L31A 4ARPA 1C6IA 1SX7A 3GULA 4ZPUA 250LA 1L96A 114LA 1KNIA 4PK0A 1L87A 1LI6A 123LA 1LYJA 1G0PA 1QUDA 2OE7X 3G3WA 1DYFA 3SN6R 128LA 3SBBC 2B6TA 1DYDA 1P2LA 141LA 1LYHA 1QUOA 1LYGA 168LA 2CUUA 157LA 4I7QA 4EXMA 4EKSA 1C64A 231LA 1G1WA 221LA 1P6YA 4W55A 187LA 2B70A 1PQKA 1LYIA 111LA 3HUAA 1P37A 2OE9X 190LA 4W57A 1CU6A 188LA 227LA 1G0JA 1OV5A 3SB9A 3LZMA 177LA 219LA 143LA 1QS9A 1PQOA 1PQJA 1L62A 2LC9A 209LA 3C8SA 2QB0B 3CDQA 1CV4A 244LA 1JTMA 1C6JA 186LA 1CUPA 3CDTA 174LA 1L24A 1L16A 2O4WA 2OU9A 3GUNA 1L88A 1QSBA 3HH4A 156LA 1LGUA 2LCBA 4YXAC 173LA 1C6FA 1CX7A 1KW7A 1SWYA 2ANVA 178LA 1L0KA 1QT7A 1SWZA 176LA 139LA 4W56A 3PBLA 1L55A 3SB8A 182LA 4K5YA 4I7NA 113LA 4E97A 3GUOA 142LA 1L42A 3DN2A 1PQDA 4EJ4A 1C61A 170LA 1L95A 2B72A 1L61A 4DJHA 1QTDA 1L63A 165LA 1P5CA 1CU3A 152LA 1OWYA 3C7YA 3DN0A 1C6LA 1L36A 1L37A 1QTBA 1LI2A 217LA 2ANXA 1L14A 2B73A 245LA 3DN6A 1LPYA 1L86A 1DYCA 4ARJA 2B7XA 112LA 1D3JA 4GRVA 1L58A 2OTYX 1L92A 1QUGA 251LA 1QS5A 2Z6BA 1ZWNA 3HH6A 1L45A 163LA 1CX6A 3DN4A 1L00A 1G1VA 1L68A 242LA 162LA 131LA 241LA 199LA 3JR6A 1CTWA 1JTNA 237LA 1CU5A 1CVKA 1LLHA 1L93A 240LA 1L67A 257LA 1L57A 215LA 3D4SA 1CV5A 2OU0X 3DMXA 3HH3A 3DMZA 1L05A 3GUKA 2A4TA 1L30A 4DAJA 1L20A 262LA 155LA 1L41A 145LA 103LA 1L09A 189LA 1WTHA 149LA 1C65A 1TLAA 2IGCA 1L19A 3HDEA 1L99A 1L04A 146LA 3HTDA 261LA 1CV0A 255LA 1G0GA 226LA 1D3FA 1LYFA 3SB5A 1XJUA 1L25A 1ZURA 1KY1A 4GBRB 195LA 1G0LA 4W58A 1L11A 1L97A 2RBOA 223LA 140LA 3CDRA 213LA 159LA 1L77A 3DMVA 4W51A 1C6NA 2RBQA 1L26A 3C80A 1L91A 4EKRA 2B75A 235LA 120LA 2OEAX 1L23A 1L70A 197LA 3SBAA 3FA0A 1C63A 252LA 1L21A 2RB2X 1CU0A 130LA 1L65A 1G0KA 3PDSA 4I7PA 1T97A 1L33A 220LA 3HDFA 3RZEA 4LDOA 249LA 228LA 2O7AA 1LI3A 1C6BA 1QT4A 1T8FA 230LA 1L59A 1OVHA 246LA 147LA 1L81A 3HUQA 158LA 1QT5A 3L64A 1L01A 148LE 1QT8A 1L27A 110LA 1L75A 218LA 205LA 169LA 4ARLA 1L06A 4IAPA 1L0JA 1L49A 2OTZX 1DYEA 1G06A 4LZMA 122LA 4W59A 1LYEA 166LA 1L79A 3VW7A 160LA 1JQUA 1CV6A 239LA 3HUKA 4PJZA 1QT3A 172LA 210LA 144LA 3GUJA 1NHBA 2B6XA 1C67A 4DKLA 1SSYA 1P7SA 1ZYTA 1L32A 1OV7A 1C69A 222LA 254LA 2OE4X 2HULA 247LA 7LZMA 192LA 1L76A 1L66A 1L74A 229LA 2L78A 1L18A 3C8QA 1L98A 3DN8A 2Q9DA 3HT9A 181LA 3V2YA 1L83A 2RBPA 1QSQA 1CU2A 1P64A 1OWZA 4W54A 3EMLA 138LA 3F9LA 1L48A 4S0WA 216LA 109LA 3RUNA 1P2RA 6LZMA 1C62A 3DN3A 183LA 1DYBA 233LA 1KY0A 1L89A 3C7WA 1L94A 1L02A 1LGWA 2RBSA 1L08A 1L29A 1C6MA 1L17A 185LA 1L64A 206LA 2HUMA 1K28A 1L73A 1P56A 2F47A 180LA 1D3MA 2B6ZA 102LA 3C83A 3DNAA 3OE9A 4I7SA 1C6DA 3F8VA 115LA 1L69A 214LA 2F32A 4EKQA 1L47A 248LA 3C8RA 119LA 3CDOA 1C6QA 4ARQB 232LA 1QT6A 4I7KA 2Q9EA 1L90A 3CDVA 1LWKA 1L13A 3HU9A 1CV3A 1OVKA 234LA 1C60A 1QTHA 243LA 4EKPA 3HT7A 4YX7C 2B6WA 1LGXA 4OO9A 1PQIA 171LA 1L56A 4EPFA 4EPIA 1C6EA 175LA 1OVJA 196LA 3C82A 3L2XA 1C66A 126LA 2RAZX 2LZMA 3DKEX 1C6CA 3HT6A 3FI5A 2OU8A 1XEPA 107LA 1L71A 1CUQA 1OYUA 3C7ZA 3SB7A 1L34A 1PQMA 3DN1A 2NTHA 238LA 1C6GA 4I7RA 1QTVA 4YXCA 1DYGA 1L12A 1L51A 3G3XA 1EPYA 2RBNA 4AQNA 4W52A 260LA 1G0MA 1QTCA 1T8AA 2HUKA 150LA 1C6AA 1L52A 1C6TA 1SSWA 3NY9A 161LA 4I7JA 108LA 1C6PA 5I14A 1P3NA 1KS3A 1L60A 3NY8A 2RB0X 1C68A 1C6HA 1L80A 1L82A 3HTBA 225LA 3HH5A 3G3VA 1DYAA 1I6SA 3HU8A 2O79A 3OE0A 2F2QA 1L43A 4I7MA 1L22A 1B6IA 1LWGA 3HT8A 1L07A 184LA 1L44A 1L15A 4I7TA 1QUHA 1D3NA 3FADA 1D9WA 1L72A 259LA 3UONA 1SX2A 125LA 4W53A 1L39A 3HTFA 1P36A 3QAKA 129LA 1L10A 104LA 3OE8A 3ODUA 1CV1A 4I7OA 201LA 2RB1X 4ARMB 2QARC 127LA 200LA 3NYAA 1L85A 1XJTA 253LA 258LA 1LYDA 4ARMA 1L84A 1P46A 1L46A 164LA 256LA 1L53A 5LZMA 4I7LA 212LA 1L38A 3GUPA 2B6YA 4LDEA 167LA 3GUIA 224LA 1D2YA 2RAYX 3C81A 1G0QA 1L28A 1L54A 3SB6A 118LA 1KW5A 1T6HA 1LW9A 2RH1A 3HWLA 137LA 4LDLA 2B74A 1T8GA 211LA 1D2WA 3GUMA 1L35A 236LA 2RBRA 198LA 191LA 151LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NTGA 3V2WA 1XSFA 2XQOA 3B0KA 1T3PA 3GULA 4ZPUA 1JSEA 1LZDA 114LA 1KNIA 4PK0A 2LYMA 3G3WA 3SN6R 2B6TA 1JJ1A 4YOPA 168LA 2CUUA 157LA 3AGGG 3WULA 2ZIJA 1C64A 4II8A 5EBHA 4C5FA 1G1WA 4W55A 2B70A 1VDSA 3N9AA 190LA 177LA 5LVGA 4TTDA 1B5ZA 2N5ZA 1YAOA 3CDQA 244LA 4LT0A 5LVJA 1CUPA 4Z41A 1L24A 1L16A 2O4WA 2OU9A 1UC0A 3A67Y 3GUNA 4LYTA 2ZQ3A 1XEKA 1ZVHL 1LZ5A 4OWAA 1IX0A 1CX7A 2D6BA 1PZYA 178LA 4GLAA 1BB7A 2F4GA 1HHLA 3AZ4A 1RCMA 1QQYA 4A7DA 1YL0X 1L55A 2I26L 5F9UA 3IJUA 4DQ5A 2HU3A 4H9BA 2BQOA 4KT3A 1B7QA 4MR1A 152LA 3DN0A 2B73A 3DN6A 1QTBA 217LA 1L14A 6LYTA 4N5RA 4HJVA 1L86A 1DYCA 1LZ9A 1FKVA 1LJJA 5KXKA 1QUGA 251LA 163LA 5B1GA 2BQCA 4WOAA 5HLLA 1CTWA 3RZ4A 237LA 1B7NA 1CVKA 1LLHA 240LA 1L67A 3CSZA 4YEOA 3T36A 1LHJA 4UWVA 2EPEA 3LYZA 1LJGA 2BLXA 4OWHA 4DAJA 262LA 155LA 1B9OA 1L09A 1WTHA 3ZVQA 1IVMA 1HEWA 3HTDA 261LA 4O34A 1NHEA 1G0GA 226LA 4CFPA 3WVXA 193LA 1XJUA 1KY1A 1LSMA 1G0LA 5APFA 2ZWBA 1LJHA 223LA 4WO9A 1IP1A 3QE8A 2BQHA 1L77A 4HV2A 1NKHA 1CKHA 2HECA 1GBYA 1XGUC 1L26A 1L91A 2B75A 235LA 1IOCA 3WU9A 1L23A 1L70A 3WYHA 3ULRA 1HEPA 130LA 4HTQA 2MEGA 3RZEA 1DPXA 228LA 2O7AA 1B7MA 1C6BA 1T8FA 3K3TA 1D0MA 3GXRA 1IP4A 2W1MA 2BQKA 1L27A 4CJ2A 2DQEY 1IR7A 3A95A 1LCNA 1L0JA 1A4VA 4N1EI 1GFKA 3VW7A 4DDCA 1QSAA 210LA 1VDQA 3WPLA 1VEDA 1C67A 5JENB 1YKXX 1L32A 1LMCA 2OE4X 247LA 1L76A 4BAPA 3A91A 2ZYPA 1AZFA 1P64A 2LZ2A 4NY5A 1L48A 4S0WA 1JKDA 109LA 6LZMA 3DN3A 1GB6A 4B49A 3B0IA 1DYBA 1L89A 1VATA 3C7WA 3CSRA 1GDXA 185LA 1K28A 3AW6A 1P56A 5E9RA 2BQIA 1GF6A 5HNCA 4D9ZA 4PRQA 1C6DA 3A34A 1LZTA 4H9IA 1JKBA 3ATNA 1NF5A 248LA 3KAMA 1IWTA 4PPOA 1HEMA 2HTXA 1NDMC 1L90A 2LYOA 4EKPA 243LA 3HT7A 4HPIA 4OO9A 1LGXA 1PQIA 2BQEA 4X3BA 1YL1X 1IY4A 1IR9A 4EPIA 5FDJA 126LA 4WM6A 2LZMA 1EL1A 1LOZA 3HT6A 2HEDA 1WVVA 1XEPA 4WO6A 1VFBC 1JKAA 1OUEA 1JHLA 5LINA 1WVUA 1PQMA 3DN1A 238LA 4WM5A 4I7RA 1GWDA 3P65A 1F6RA 2HU1A 1YROA 4NHSA 3AJNA 1C6AA 1GF0A 1SSWA 1BB4A 3AYQA 5LA5A 1C6PA 1KS3A 1INUA 1C68A 4P2EA 1C6HA 5C6LA 1L80A 3HTBA 3HH5A 3WUAA 3HU8A 2F2QA 1FBIX 1V7TA 2DQFC 4W96A 1LWGA 3HT8A 1L44A 184LA 2CWIA 4DDAA 4NIJA 1SLYA 1L72A 259LA 3RW8A 1KIPC 4XJBA 1HC0A 2GV0A 4W53A 1UACY 3LYOA 4XENA 3M3UA 129LA 4NSIA 1BWJA 4ZIXA 4LYMA 1L10A 5KXXA 1LMAA 201LA 2LYZA 3NYAA 1LJKA 3EBAB 258LA 2Z12A 1LYDA 4ARMA 1UCOA 164LA 1L53A 1QUTA 1XFPL 2XTHA 3G3BB 1B7RA 2B6YA 4LDEA 2BQNA 3W6CA 3GUIA 2MEBA 5IHGA 1GF8A 3A92A 118LA 3WXTA 1KW5A 3HFMY 1T6HA 1HFZA 137LA 4LDLA 3M18B 2MECA 3GUMA 1LZ4A 3IWRA 1J1OY 1VAUA 3BKHA 4H8ZA 1C46A 4NGKA 1QTZA 1L50A 1N4FA 3RNXA 3HTGA 3K2RA 4ARPA 1H87A 1GFRA 1TBYA 4WM2A 4NGWA 1JITA 4TSBA 250LA 1C08C 2XBSA 123LA 1G0PA 3WU8A 2VB1A 2OE7X 1IORA 1DYDA 1P2LA 1IP2A 1OUFA 4I7QA 4EKSA 2IHLA 1B7SA 231LA 4TX7A 5D5CA 5LYZA 1P6YA 187LA 5KXYA 1GF4A 111LA 3HUAA 4J1AA 1P37A 2OE9X 4NGOA 4W57A 4H92A 1CU6A 188LA 227LA 5FEKA 5E4PA 1GFVA 3P68A 5KXSA 1CJ9A 5II3A 4PGJB 132LA 4I8SA 2LC9A 2B5ZA 1LSEA 1C6JA 1O23A 186LA 4Z3MA 3WVYA 174LA 1QSBA 4OWCA 3WW6A 3TXFA 4WL7A 1YKYX 2LCBA 1C6FA 5B05A 1BWIA 3B72A 4XJFA 1QT7A 1SWZA 5KY1A 176LA 4K5YA 4I7NA 1IWWA 1IWZA 3GUOA 142LA 1DQJC 3IJVA 134LA 1AM7A 1C61A 170LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2NTG A;  3V2W A;  1XSF A;  2XQO A;  3B0K A;  1T3P A;  3GUL A;  4ZPU A;  1JSE A;  1LZD A;  114L A;  1KNI A;  4PK0 A;  2LYM A;  3G3W A;  3SN6 R;  2B6T A;  1JJ1 A;  4YOP A;  168L A;  2CUU A;  157L A;  3AGG G;  3WUL A;  2ZIJ A;  1C64 A;  4II8 A;  5EBH A;  4C5F A;  1G1W A;  4W55 A;  2B70 A;  1VDS A;  3N9A A;  190L A;  177L A;  5LVG A;  4TTD A;  1B5Z A;  2N5Z A;  1YAO A;  3CDQ A;  244L A;  4LT0 A;  5LVJ A;  1CUP A;  4Z41 A;  1L24 A;  1L16 A;  2O4W A;  2OU9 A;  1UC0 A;  3A67 Y;  3GUN A;  4LYT A;  2ZQ3 A;  1XEK A;  1ZVH L;  1LZ5 A;  4OWA A;  1IX0 A;  1CX7 A;  2D6B A;  1PZY A;  178L A;  4GLA A;  1BB7 A;  2F4G A;  1HHL A;  3AZ4 A;  1RCM A;  1QQY A;  4A7D A;  1YL0 X;  1L55 A;  2I26 L;  5F9U A;  3IJU A;  4DQ5 A;  2HU3 A;  4H9B A;  2BQO A;  4KT3 A;  1B7Q A;  4MR1 A;  152L A;  3DN0 A;  2B73 A;  3DN6 A;  1QTB A;  217L A;  1L14 A;  6LYT A;  4N5R A;  4HJV A;  1L86 A;  1DYC A;  1LZ9 A;  1FKV A;  1LJJ A;  5KXK A;  1QUG A;  251L A;  163L A;  5B1G A;  2BQC A;  4WOA A;  5HLL A;  1CTW A;  3RZ4 A;  237L A;  1B7N A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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