1TPC1

Offset of a catalytic lesion by a bound water soluble
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
RKFFVGGNWKMNGDKKSLGELIHTLNGAKLSADTEVVCGAPSIYLDFARQKLDAKIGVAAQNCYKVPKGAFTGEISPAMIKDIGAAWVILGHPERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKAIADNVKDWSKVVLAYDPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKTHVSDAVAQSTRIIYGGSVTGGNCKELASQHDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structural basis for pseudoreversion of the E165D lesion by the secondary S96P mutation in triosephosphate isomerase depends on the positions of active site water molecules.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism Gallus gallus
total genus 91
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence 2
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 1994-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
1 PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1tpc100
3W85A 1OFDA 5D2TA 5EBUA 4UR7A 1JCNA 1NSJA 2Z6JA 3Q94A 1YDNA 3MI6A 4NVTA 1EIXA 2JGQA 4DELA 2ZZ2A 1G6CA 3UYCA 1LOLA 1QAPA 4FXSA 4PA8A 1OFQA 1YTDA 2VOMA 3DFOA 1RQEA 4UFIA 3W1LA 2X16A 3GK0A 4ZL1A 3G1SA 3UZ5A 2WV8A 2EGZA 3TAOA 3G0XA 3PC0A 4X22A 1H5YA 1OFOA 2X2GA 1MZHA 4P2VA 1SSGA 1G4EA 5KMYA 3EKZA 3O15A 1GVRA 2DORA 3A5FA 2QCCA 4KWWA 5IBXC 3NQ8A 4AH7A 2BX7A 3O05A 3SZ8A 3PM6A 2NZLA 4IMDA 1L6YA 4MZ8A 3VE9A 5CSRA 1OHLA 4BWLC 2GQAA 3W7PA 4BI6A 4UTKA 3GNDA 3STGA 4UTJA 1OABA 5G1YA 3LTSA 1HTIA 2H8ZA 1FCUA 4OV4A 1LYXA 4OV9A 1HL2A 4DPPA 1VH7A 1GVOA 4NQ1A 1UJPA 1LRQA 4MY8A 3P84A 5CPNA 3NPVA 4CLMA 5EA9A 3W1PA 2NXGA 4AMAA 1TQJA 3PAJA 5FF2A 4DBEA 2CZ5A 4L4LA 3LTYA 3DFQA 4Q33A 1IXOA 3BW2A 3W7CA 3C0JA 2TPSA 2Y70A 3P5ZA 3OIXA 3HIJA 3BGGA 1PHQA 4XZ9A 1AL7A 4FX6M 3I65A 3W7OA 5C5YA 3TQKA 3LV6A 3E0IA 3G1HA 4HN4A 5FESA 3G1DA 1WX0A 2X1TA 5HWNA 2P0OA 3NYZA 3NZ1A 3TU9A 5HWJA 3W2JA 3VE7A 4H4IA 3VCRA 3A23A 3T40A 5C6MA 3ZWTA 1L2UA 4O4VA 4E2BA 3TMQA 4UTTA 4Y90A 3LXAA 3HGSA 1MXSA 3UXDA 1KLYA 1PCWA 4FIRA 2EPHA 4GUJA 1Q45A 1L6SA 3W2KA 3I7RA 4HNVA 3M7WA 1EB3A 1SR9A 5LHEA 3MI3A 3SJ3A 1EP1A 3T4CA 1F2JA 3SI9A 4HT3A 1VRDA 3Q37A 4RZ5A 2BZNA 2A5HA 4FO4A 4TIMA 4CQ9A 3TA6A 3BG9A 3M16A 4UFMA 3C56A 1YTEA 3LLFA 1CW2A 1C8VA 1I2RA 5AHEA 3G1FA 1GG0A 1FUYA 1GPWA 3ABQA 4JDBA 2QDGA 3HG3A 1W3TA 3PWAA 1LBLA 2ZRWA 1MSSA 2CLEA 2Y7EA 3W22A 4K39A 4J9JA 3L0KA 3KXQA 3IIZA 4CNOA 3TQ0A 1H7RA 3OVRA 2Q3OA 1QR7A 1VS1A 2B7OA 3L68A 2ZRVA 2Y6ZA 4NZJA 2BWGA 5U7SA 2C14A 5CG7A 4HSOA 4IMFA 5HQEA 2P10A 4N2YA 4JN6A 2CU0A 4WOZA 3HPZA 4EWND 1ZAIA 2A7NA 3GVGA 3W84A 4ALDA 5D38A 3UWWA 4JD4A 4ZQNA 3NQ7A 4IXXA 1EPXA 2NXHA 4IJBA 4PL2A 3W2NA 4PC8A 1VCFA 4MUZA 3W72A 1JULA 4UXDA 3T7VA 2V0TA 4JGDA 3FA5A 1SUXA 1FWNA 4QJ1A 3H53A 2QCFA 4ZZ9A 1P4CA 3WK1A 4DBDA 4X3ZA 4PCFA 2YW4A 4LU0A 1TYGA 2A7PA 2D73A 3LCGA 2JKAA 2E6AA 3MBDA 5DELA 3FOKA 3N34A 6ALDA 4JTFA 2Y7FA 5HR6A 4AF0B 1KM6A 3NPUA 5MHBA 1LCOA 2W6RA 1A50A 3QW3A 3NXFA 3TSMA 1GJPA 4JYDA 3NQFA 4K6AA 2TMDA 3W7GA 3LRKA 5I3FA 2Z0IA 4QNWA 1WBHA 1VYRA 4AVFA 5CKSA 1N55A 3GKFA 3Q2DA 5DCDA 5DY2A 2C15A 4W9TA 1VHCA 4NT0A 2QJGA 2C6QA 1H1ZA 1VYSX 3CT7A 4WUIA 4WXYA 2NX3A 3TQVA 1K03A 2QCMA 1ONRA 1ZFJA 3EX2A 1OYBA 3TSDA 3IEBA 3N9RA 5F2IA 1H7NA 4QISA 1FWSA 2A85A 2ZA2A 1FQ0A 3P74A 3EX4A 4TO8A 4YXGA 1YLVA 3S6DA 3RF9A 4NX5A 3TXZA 4OE7A 3W7NA 4LRSA 1R2TA 5HR7A 4HNTA 4RZ4A 1DKWA 1OX4B 1GYLA 3RLVA 1AMKA 5LNSA 2WOQA 4QSHA 3DI1A 4JTHA 1KBIA 3S5ZA 2WQPA 5K2ZA 5AHLA 3P81A 1TQXA 3O07A 4O57A 5BMWA 1W5PA 4O4WA 4Z08A 4MJMA 3W1NA 3W75A 1ALDA 4LRTA 5DY3A 1S3HA 1QCWA 2VXNA 4AEOA 4LOCA 4HNUA 3LHZA 2X1UA 5KZMA 1TPH1 4NJGA 3DENA 3G8RA 1QOQA 2V5LA 4OWGA 4DF1A 3O6YX 3TKFA 4N9BA 4DO5A 1XUUA 4XKYB 2HMCA 4WX2A 1GZGA 3P60A 3PUEA 3NPWA 5HWMA 5IBXA 1BWLA 4M6VA 1ZENA 3WK0A 4IGHA 4RXGA 2DZUA 2ZZ7A 3SSJA 3W70A 2JGYA 4MYXA 4EF9A 5AHMA 5LSMA 2OZ0A 4QIUA 3IVTA 3W87A 1WOBA 4YWIA 4UTTC 4Z1CA 1PL9A 2E6YA 3VNDA 2NXIA 3CM4A 2PRHA 3HGJA 3CTLA 4PH6A 1TPB1 5CPMA 3MYOA 1DV7A 3SFKA 4GNJA 3W2UA 1BKSA 4TX9A 3ATZA 1IGSA 3MHUA 1WA3A 4IMGA 5KZEA 4AXKA 4O11A 1GWJA 1JCJA 3LHUA 3R12A 2YDAA 4UC5A 1SPQA 3TX9A 3CHVA 4JTTA 1MEWA 2Q3RA 4TU1A 1EWDA 3LX9A 1H51A 2ZFAA 2G5WA 3ELFA 5CZSA 4K7VA 3GIYA 5AHFA 3WK3A 3PG8A 1RPXA 3FYPA 3GAYA 3QSTA 3IIOA 4O12A 2NUXA 4PTNA 1W3IA 3L67A 3N14A 5T26A 3LCLA 1RV8A 5FF7A 2ABAA 2ZZ3A 3YPIA 3PBUA 5A5WA 3QMRA 4KKXA 2CFFA 1ZY9A 4DF2A 1UASA 5D2WA 3S5OA 1I2PA 4GE8A 1WYIA 4LS1A 2E6FA 4M19A 1SZNA 4O16A 3L66A 2YX0A 3DGRA 1YYAA 2QKFA 1XL9A 4LVAA 1B4KA 3BLFA 4I7VA 1FBAA 3ABSA 4FEZA 1Z42A 1GVFA 3S1UA 2XN0A 5D03A 1R2SA 5G2HA 1O5XA 1K8ZA 4BI7A 2CLFA 4RK8A 4MY9A 2PE4A 5FF4A 5G4WA 4O19A 4QM1A 2VEIA 1TTQA 3TCEA 5A8GA 1G4TA 1XDMA 1GYNA 1QO5A 3KHJA 2A0NA 3TC6A 3WFAA 2GJLA 2YR1A 3MP4A 4LS0A 1QPNA 2QJHA 4JTUA 3T78A 5F2GA 1TB3A 1G4PA 1MO0A 1OF6A 2YXGA 2FPYA 2FQIA 3C2OA 3TROA 3NL3A 1YXYA 3THQA 2WSYA 2FFCA 3N3MA 3P82A 1FDJA 5D09A 2VKZG 3NQMA 4BK9A 1XBVA 3R5EA 4CNPA 5CZJA 4A3UA 4P61A 2J9YA 4XUGA 4ZVJA 2ATMA 2WNQA 3N2XA 4YMZA 3ABRA 3SGZA 2J9XA 5CSSA 1U83A 3M5ZA 3NQ6A 3TDFA 2CLMA 3W1MA 1KLZA 2Y89A 4NX0A 5D04C 2C19A 3CWNA 1RZMA 4JX5A 2A6LA 5K9DA 2C1HA 4JS3A 4RCXA 1TPC1 1W31A 5FEWA 4LW7A 4GUGA 3CB8A 1M6JA 4HKPA 4LV9A 1OFEA 4MZYA 1OK4A 1WOAA 3B0UX 5L6UA 1MEHA 2J88A 1GQNA 5HNRA 3OG3A 3OBKA 3C6CA 1SZEA 1TV8A 3HB9A 2QCDA 2H6RA 1FXPA 1AK5A 1NEYA 3C52A 3KFTA 4HPXA 2ZZ1A 4JYFA 2F7FA 4AWUA 3C8FA 2I1OA 4DQWA 3HMJG 2OX1A 3OEXA 3UWYA 4UTUA 3FJ6A 3W1QA 1JUKA 2EF9A 3DFTA 1RQHA 4FF7A 4LWWA 1W8SA 3LBMA 4LVGA 1EA0A 1NAL1 2ZBTA 1OFRA 3M44A 1L6WA 3E96A 4JTSA 3NQDA 2NX1A 1KM5A 3W7JA 3TJLA 5LNVA 4WZHA 2FPTA 2G95A 4S2CA 2J9ZA 3ABOA 4K36A 1YDVA 3I6RA 1W1ZA 2A7RA 4DEFA 4M6PA 1Q6RA 4D2JA 3QQ1A 1KTBA 2RDUA 2VELA 2QR6A 1W0MA 3LCHA 2ZZ5A 1G7VA 4JX4A 4EF8A 3S42A 4JY8A 1IIHA 4NJJA 1QPQA 3P5YA 4Q4KA 4MPQA 4N9CA 1IXNA 2GOUA 5AHIA 1QPOA 4YLWA 2BTMA 1FCQA 1XCFA 3GXPA 5E1QA 2WJZA 4K7YA 3TAKA 3B0PA 1K7FA 1DVJA 2WPBA 3FEMA 5I3KA 2E77A 1O95A 5LNRA 1OG0A 1TPDA 5BMXA 5LKYA 1TV7A 4JXCA 3TUUA 4E0CA 1RR2A 3H54A 3W74A 2RHGA 1GOXA 3PBVA 4IWWA 1JUBA 4PEKA 2FB2A 4RV8A 3G3DA 2E5DA 3IIVA 4KFPA 2VC6A 4AHPA 1PIIA 1TSIA 3GX9A 1T0OA 1VCGA 1PVNA 1WXJA 2Y85A 3UPWA 1LBFA 4FNSA 2VFDA 4WY0B 1NVMA 3W7QA 3LTPA 3DBPA 3DHFA 5AYXA 3S8HA 2VEMA 2ZTJA 4Z0JA 2W79A 4IX2A 3WJZA 2JBMA 3UWVA 1XKYA 3HPSA 1N7KA 3BO9A 4GUIA 1XFBA 3NAVA 5HUPA 3PBYA 1OX5A 1Z44A 4MIMA 3BW4A 3TC7A 3PF3A 1JQXA 4GBUA 5BNKA 3CIWA 3NVTA 1TPVA 4FNTA 1GVSA 2WKJA 1X8FA 3A22A 3B03A 1XBYA 1LRTA 3FKKA 2CLKA 2VFGA 3PR2A 5K3VA 1SW7A 4N02A 1ZAHA 3NPXA 1KTNA 4UNKA 3C2FA 5EY5A 3TSBA 4EVZA 4JEQA 4AAJA 2H3DA 3ANYA 1TJPA 3PB0A 3IGSA 5CGQA 5C54A 3QJAA 3T55A 3LB0A 3CEPA 4N4QA 1VYPX 2V9DA 4I7UA 2YZRA 4O0ZA 4LUIA 1SW3A 4K38A 4LS2A 1TTJA 1Q6OA 3V75A 5HUOA 4MVAA 3QMSA 3BG3A 5K4XA 4PL1A 1ML1A 1TRIA 5BW6A 3MW7A 2FDSA 1QO2A 3W23A 4UIOA 3S1XA 1O5KA 4DF0A 3LI0A 2GUUA 3G3MA 4Y96A 1KW1A 3CPRA 3O06A 5BRBA 5H91A 4O0KA 3W7MA 3LV5A 3MP3A 3B06A 1TV5A 1IF2A 3CEUA 3THAA 2CLHA 3CLMA 4XWUA 5F4XA 5KZDA 3PUDA 3TXVA 1VR6A 1W37A 4O52A 3L0NA 1F73A 3NM3A 3M43A 3UD6A 4FB7A 2UV8G 2PRMA 1XXXA 1S5VA 2ZQ0A 4IPIA 1VZWA 4UMBA 1FWTA 2WSRA 3GXTA 3N19B 3B04A 1I4NA 3MWAA 3STFA 1KM0A 2FJKA 3HO8A 1EUNA 5J5DA 4UTLA 1JUEA 1F6PA 1WDWA 2DZTA 4LVBA 5K9CA 3NEVA 3S1WA 1Y0EA 3SECA 1QDSA 4NNBA 2VENA 3M6YA 3ATYA 2JK2A 1F76A 4GWEA 1P0NA 3DFSA 3IVUA 2ZRUA 2QAPA 4MFDA 2OT1A 3EX6A 3RU6A 3G1VA 3MO7A 2AGKA 5DXXA 1H7WA 1WV2A 1W5OA 4TR9A 2FLIA 5D33A 4O1CA 4ZQOA 4LVDA 3USBA 3W83A 1KFLA 3F4WA 1J5TA 2I9EA 3L21A 1YXCA 2CLLA 5G4EA 4RXFA 1FWWA 2YSWA 3DAQA 3LCFA 3LHYA 4OT7A 1NF7A 4OHQA 1KV5A 5TIMA 1GT8A 1UUMA 4S2BA 1EX5A 3NGJA 1ICSA 3TFXA 3NQGA 1IXQA 2WNNA 2Q8ZA 1HO1A 1O60A 4O1BA 3GKAA 3UY7A 3DKJA 3OHIA 3GDMA 4UCGA 5F4SA 3LDVA 1T99A 3QPZA 3LXCA 2R14A 1K8YA 3GR8A 3VKJA 2DZXA 4LNYA 4IMEA 5I3JA 3TV8A 3E49A 4A21A 2V8ZA 3G22A 2DZPA 3HG5A 3W2MA 5TQLA 3TW6A 3LLDA 4Y6GA 1GTEA 1GTHA 2B0MA 2YFNA 2YW3A 3EX1A 3O6DA 1KFBA 3M5XA 3N2MA 4QQ3A 1R47A 1A53A 3QFEA 4DPQA 1AW1A 1JVNA 3GDRA 4WQ6A 3HPXA 4O18A 1F5ZA 1K8XA 3L0GA 3Q58A 1QNVA 5G5IA 2AAMA 3W6YA 1J4EA 2C3ZA 3T44A 3RNDA 1H62A 3EWWA 1CX9A 1X1OA 3E12A 5F1UA 1J2WA 4XTIA 3FS2A 1DHPA 1AW5A 3IGXA 8TIMA 3W1AA 2DZVA 2Y62A 3BVJA 3NQVA 2RFGA 4TMCA 3W86A 2R91A 1LOSA 2ISSA 3M1ZA 4Z1BA 3P8JA 1QFEA 4R53A 3QM3A 2GQ9A 3JRKA 1F6KA 1W5QA 2DU2A 5AC6A 4GFSA 3OVQA 2QDHA 4YCPA 5EMUA 3EWUA 3H55A 2ZA1A 3BV4A 1JCXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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