1TSQA

Crystal structure of ap2v substrate variant of nc-p1 decamer peptide in complex with v82a/d25n hiv-1 protease mutant
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/viral protein
molecule keywords Pol polyprotein
publication title Structural basis for coevolution of a human immunodeficiency virus type 1 nucleocapsid-p1 cleavage site with a V82A drug-resistant mutation in viral protease
pubmed doi rcsb
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1tsqA00
2FNSA 3GGVA 3VV8A 2PYMA 5P8HA 2QI1A 1FQ7A 5OZWA 5P3AA 3H5BA 4I0ZA 5OZJA 5HE7A 3K4VC 5P76A 4J5JA 2I1AA 3PWWA 3QROA 4BFBA 5AHAA 2AODA 5P83A 2PQZA 3LIQA 5P5PA 1ER8E 2R3WA 5P5MA 4K4PA 4GJDA 5OZ8A 2IKOA 5OZ4A 2Q15A 5P2YA 5P32A 4B72A 6FIVA 4Y56A 4LXKA 4YBIA 1YTGA 4FS4A 2BJUA 4GIDA 1GVVA 1GKTA 1XN3A 2HAHA 3L3AA 5HU1A 2OHPA 3WZ7A 4XX3A 1BXOA 1KJ4A 3BC4A 3HZCA 5P2RA 4H1EA 5DQ5A 5P6IA 5P1BA 4J1IA 4K8SA 5P6YA 2VS2A 1W6IA 2QI7A 1W50A 4XKXA 3LITA 5P3IA 3APPA 2Q11A 5P4KA 4F73A 4Y58A 4Y3HA 3OXVA 2VJ9A 4OBHA 4Y3XA 1K2CA 4OBDA 5P7WA 3DCKA 1BDQA 1SMRA 5P8SA 3OTYA 5OYZA 2G24A 5DQ4A 5P59A 4F75A 5OZ2A 3TPLA 4PYVA 5P71A 1JLDA 1OEWA 5P27A 1W5YA 4J54A 3GW5A 3UFNA 1FQ8A 4ZPFA 4L7GA 2NXLA 4Y57A 2ER6E 5I3VA 2ZJHA 1WKRA 5P38A 5DR7A 5KOSA 4Y5NA 5P02A 1YT9A 1ODWA 3KDCA 1BBSA 4Y3RA 4F74A 1IDAA 5P64A 5P8LA 2QNNA 5C9DA 5P3RA 2G1YA 1W6HA 5P3YA 5P7NA 1M43A 4JPEA 1GVWA 3F9QA 1QBUA 1ZP8A 3S2OA 2XFIA 3UDJA 4FSLA 5P8FA 4A6BA 4X7IA 5P04A 1DIFA 4GJ8A 4OC6B 5P2LA 3OQFA 3PCZA 3BVBA 2NMZA 1M4HA 4Y44A 5P6BA 5P1RA 4LAPA 1SBGA 4M8XA 4RVIA 5P0NA 3CKPA 2NXMA 3QN8A 2NR6A 3BUHA 2FIVA 3HW1A 1MSNA 4X2LA 4RCDA 5P5VA 1OHRA 1B6LA 3DM6A 3O9DA 3TKWA 2WF2A 1FG6C 1TSQA 5P16A 4I8ZA 4GB2A 1AJXA 5P37A 4Q5MA 4FRIA 5P5RA 1HTRB 2BKSA 3QAAA 5P4MA 2J9JA 3VFBA 3SQFA 2RSPA 4GJ5A 5P00A 4AA8A 3ZKGA 5P7IA 4IVSA 3PBZA 3PBDA 4YDGA 2HB2A 3PCWA 2WHHA 2ASIA 5P8VA 4WTUA 1HIHA 1MVPA 1BXQA 2VKMA 3BUGA 4R91A 2FDDA 4A6CA 4QJ6A 5P55A 4D88A 5P5YA 5P6OA 1PSNA 4YE3A 5OZ9A 2FGVA 1ENTE 5P8RA 5P1FA 3TKGA 1TCXA 2R43A 3D1XA 3NDUA 2Z54A 3HAWA 3BRAA 1A8GA 1CZIE 5P2NA 5P5AA 5P5JA 5P7RA 3SLZA 1T3RA 1HHPA 2FS4A 3SO9A 3U71A 1LYWB 5P05A 1QBTA 2O4PA 3HAUA 5P84A 3O9IA 3QVIA 1SH9A 5P4WA 2WEZA 5DQ2A 2AOIA 2OHKA 4CKUA 1MESA 5P03A 4I0GA 5P5ZA 3ZPSA 5P7PA 1PPLE 1C6XA 5P6CA 5P79A 1YM2A 5KQFA 2V16C 1K6CA 3KMYA 5P6GA 1FKNA 3S56A 5HD0A 2FDPA 4RVXA 3KFRA 2PWCA 3OU3A 1PPKE 5IS4A 4Y4BA 5ISKA 5P1AA 5P1CA 2ZHVA 4Y9WA 5P2SA 2WL0A 1ZJ7A 5P4SA 2WF1A 4DJWA 3PWMA 5P4CA 3Q5HA 2FGUA 4Y5EA 3RU1A 5P4BA 2VJ6A 1E82E 4EHCA 2WEAA 3EKQA 3QPJA 1AAQA 6UPJA 2Q64A 5P1GA 3GGXA 3TLHA 4OBZA 3OHHA 1GVXA 2BPVA 4Y38A 2I0AA 3IXJA 4B78A 4R95A 3DV5A 4Y4WA 1K6PA 3GI4A 3OQAA 5P6WA 1BVEA 5APRE 1BV7A 4Y4ZA 5P25A 3WZ6A 4TVGA 2QD8A 3PMUA 5P72A 5P2ZA 4BFDA 2P3CA 1B5FA 1XL5A 4RYCA 2G94A 1W51A 5P4YA 5P8AA 4Y3ZA 4TVHA 4Y6MA 5P78A 4GYEA 1SDUA 3NDXA 1TCWA 3EL5A 3RTMA 2QHYA 3VFAA 3U6AA 1TW7A 5P2EA 5P1JA 4K4QA 2JE4A 5P74A 3INEA 3OUCA 5OZHA 3NUJA 3L59A 5P2WA 5P52A 3G6ZA 3QI1A 4J1CA 3I2LA 3QRSA 2CEMA 4WY6A 5P33A 5P7MA 3CMSA 5P45A 3RTHA 3KMXA 1HVRA 3FIVA 3O9CA 1K2BA 1BAIA 1EC2A 1SMEA 2NTRA 2PWRA 5P6PA 1SDVA 5P6QA 2VIEA 3DOXA 5P4LA 1AM5A 5P1VA 1HIVA 2FNTA 1UPJA 3S8IA 4EP3A 1LF2A 5P7JA 4M8YA 3S7LA 3OU1A 2HS1A 1KJFA 2QMPA 1T7JA 1IZDA 2QD6A 2NNKA 1WBKA 3ZPTA 2JYSA 1W5XA 5P4NA 5P6TA 3NU9A 2R9BA 3IGBA 3OXWA 4Y43A 3UF3A 5DGWA 5DPZA 3IVIA 3TOGA 2VA5A 5P47A 5OYVA 5P7XA 3BVAA 3SA4A 5OYTA 3Q3TA 5OZXA 5P29A 4ZE6A 5P0LA 2ZJMA 1G2KA 3O9EA 3K5GA 2QZKA 2AOGA 4NJUA 5OZGA 3VSXA 4RZ1A 1MRWA 1ZTZA 4FSEA 5P6ZA 3FNUA 4LBTA 2J9JB 1ODYA 5P1PA 4I12A 4DJQA 3SM1A 3VYDA 4ER2E 1KJ7A 2VNNA 4EXGA 1GNNA 3FX5A 2R5QA 4Y3PA 3UDNA 3I8WA 4Y4TA 3QBHA 5P1QA 1T7KA 3FV3A 3S53A 1HTEA 2WEBA 5P3ZA 2CENA 3HBOA 5P1WA 4J0TA 3C9XA 4KUPA 4EJLA 5P01A 4DJUA 4GJBA 4DH6A 4I0EA 2H6TA 1EC1A 5P8CA 4Y36A 4Y3EA 4DQBA 4FRSA 4B1EA 5KR0A 3PLDA 4JOOA 5P2CA 5P5EA 4OBGA 2AIDA 4UPJA 2B7ZA 4ZLSA 5P69A 5P8PA 5P3JA 5P2HA 2A1EA 5P4ZA 3ER3E 1MTRA 1FFFC 2IKUA 4Q1WA 3TL9A 3LPJA 4I0HA 4J0YA 5P4QA 3IN3A 4RRNA 5OZYA 1HPXA 1SGZA 4E43A 2Q5KA 4YD3A 4CP7A 5OZ7A 5EZZA 5P07A 3DJKA 3OWNA 4Y51A 3ER5E 1IDBA 1AIDA 1IVPA 5P0EA 5P5IA 5EZXA 2QK5A 3QBFA 2AZ9A 1PFZA 1EBKC 3I6OA 1G35A 5P7YA 5KR8A 2IRZA 1NH0A 2ZHUA 1TQFA 5P66A 1FQ5A 3LIYA 3VG1A 2Q55A 5DQCA 5BS4A 5P7GA 2PH8A 2ZYEA 1CPIA 3NSHA 3PLLA 5SZ9A 5P4GA 2G1SA 5P8UA 5P23A 1B6KA 1GVUA 4DUSA 3PB5A 5P88A 3EKXA 1APUE 2Q3KA 4R92A 4OBZB 5P5NA 1GNMA 5P61A 2HPEA 3SABA 2O40A 5P12A 4Y53A 2P3DA 5P3UA 3OXCA 3DK1A 3B80A 4KB9A 3TPPA 2P83A 1YTJA 4J1HA 1YX9A 3BGCA 3U7SA 4ACUA 4B1DA 5P3LA 3O9BA 1B5FB 2EWYA 2ZHSA 3UQWA 2B8VA 3L5BA 3VUCA 1DW6C 3A2OA 4R93A 2O4LA 4L7HA 4Z22A 4Z2ZA 2QI6A 1IZIA 2RENA 5P0XA 5P2AA 4Y45A 3BUFA 4I1CA 5P6KA 1PPME 3EKVA 4B77A 1FB7A 1LS5A 1EPRE 4FRJA 4I0JA 5OZQA 1NPWA 1D4LA 5P7LA 1EEDP 1BDRA 5P2QA 5E5KA 3DV1A 4Y4DA 2IQGA 3ECGA 4R8YA 5P3HA 4GJ9A 2IDWA 3VLAA 5DR0A 1E81E 3Q4BA 2ZE1A 5P41A 5IE1A 5P4RA 3SACA 3QRVA 5OZ1A 1FFIC 4Z4XA 5TOLA 3R2FA 1EC3A 2FLEA 5COKA 5OYWA 5SY3A 2ER9E 5P6UA 2HS2A 3OU1B 3K5CA 2WF0A 5OZDA 3CYXA 1C6YA 5P65A 5P51A 5P4IA 1HPSA 3INDA 4EXHA 1HTFA 4YD4A 5OYSA 4ACXA 3WB5A 5P6JA 5P48A 1NSOA 2F3FA 3N3IA 5OZ5A 5P7VA 2UXZA 1QBSA 5P63A 1B11A 1M0BA 3KM4A 3NUOA 5P0UA 5P5CA 1D4JA 1BV9A 5P6HA 1HSHA 1HSIA 5P2DA 5P7TA 1ZPAA 3T7XA 4NKKA 2G69A 4RROA 5OZSA 3T11A 3O9HA 5P0ZA 1EPNE 2RKFA 5IVQA 1ZSFA 1AZ5A 3INFA 3O9LB 3NU6A 1B6PA 5P5FA 4Q1XA 4J17A 2AVVA 5P7BA 4Q1NA 5FIVA 2VIYA 3PEPA 5SY2A 3HVGA 3RSVA 4FLGA 3UDHA 5P34A 5OZNA 1Z1HA 4K4RA 4HDFA 5P0YA 5CLMA 1MT9A 3JW2A 5P3MA 3FSMA 5ER2E 1LV1A 2XYFA 5P3TA 5P3FA 2BPWA 3CIDA 2V13A 1B6JA 3LIVA 3OUAA 4LHHA 2NXDA 1RV7A 1K6TA 4CPWA 4DJOA 5P53A 3SA8A 2I0DA 2NMYA 5DR4A 5OZKA 2V12C 4QLHA 1N49A 4Y3YA 4OD9A 5P8KA 2WF3A 3PSGA 5OYRA 4APEA 5P31A 5C9BA 5P2KA 2JXRA 2OHUA 1FF0C 5P77A 3DUYA 1HVJA 4GJCA 5P3XA 5P7CA 5P0KA 2OHQA 3VLBA 4OBJA 3EL4A 3MXEA 4QJ9A 3BXRA 4I11A 4Y5LA 2PMAA 4DI2A 1HEGE 1MPPA 3GGAA 2B42A 5P7FA 5OZTA 1HIIA 3T3CA 5KOQA 5P1OA 5OZPA 5P3PA 3EM4A 2ZDZA 4U7VA 2NNPA 1EBWA 5P7HA 4DQFA 5B18A 3LPKA 3OUBA 5P60A 4RVJA 9HVPA 1NPAA 4MC1A 1PSAA 3PSYA 2IEOA 1EBZA 4U7QA 5P6MA 4B00A 3D3TA 4TRZA 5P1LA 4DPIA 4Y5AA 3ZKMA 4CPRA 5P4EA 2ZHRA 4NPTA 5P1KA 4DQCA 3K5DA 3L38A 5P4FA 3ZMGA 5BWYA 3VCMA 3KFSA 2QCIA 3S85A 5P81A 2OAHA 3TPJA 5P4VA 1F7AA 3D91A 3PSUA 2VIZA 1RPIA 1RL8A 1TZSA 3MXDA 3JVYA 4NPUA 2BB9A 3G72A 3UPJA 3ZKSA 2R8NA 5KAOA 3UQUA 2PC0A 4DQEA 4EJDA 5F00A 1FEJC 1MT7A 5P5OA 1HVKA 1QDMA 1VIKA 5P5QA 4RLDA 5P56A 2OHNA 1MEUA 1FMXA 3L5FA 5P6FA 5P5BA 2F3EA 5OZ6A 3EKWA 1DAZC 1EPPE 2OHRA 3SA6A 3KDDA 2I4UA 2HPFA 5P4PA 3S54A 4DFGA 1HWRA 3SKGA 3OOZA 5P0OA 3OUDA 4XXSA 2WJOA 5OZCA 2P3AA 5P7KA 3VF5A 3OK9A 5P24A 4HLAA 4FM6A 1K1TA 3O99A 4YD5A 6APRE 1HXWA 5AH7A 5P89A 2QI4A 3KYRA 5P5XA 2Z4OA 2UPJA 1E5OE 3MSLA 4S1GA 2G20A 1HOSA 2H6SA 2CEJA 2JJIA 4FAFA 2IENA 3OADA 5DR8A 3QIHA 4Z50A 4Y37A 2F8GA 3VYFA 4A4QA 4TRWA 4YCTA 3OQKA 1IZEA 5P2JA 4GJ6A 2F81A 1OD1A 3GI5A 1T6EX 1ZAPA 2AVSA 2G1RA 3EKPA 3PVKA 5I3XA 3LNKA 1HVHA 5P17A 2APRA 3MSKA 5P40A 2QI3A 4J0VA 4Y4GA 5OZMA 4ER1E 5P20A 1MT8A 2QZXA 3OQ7A 5P11A 5P10A 1KJGA 5P3KA 3LZYA 4HDBA 2QNPA 1A8KA 1IZHA 3K4VA 3UQXA 5P5GA 3K5FA 3OGQA 4MC6A 2QHCA 3OHFA 3UDPA 2HB4A 2WKZA 5P30A 3ZL7A 3T6IA 5P7ZA 5P09A 4NJSA 3TNEA 3ZOVA 5OZ3A 5P44A 1UH9A 1XS7D 5F01A 4HEGA 4JPCA 4FE6A 1FGCC 1HVIA 3HD8A 4H3FA 1MTBA 5AGZA 4Y5PA 4QJ2A 1LYAA 1ZBGA 4EP2A 4YCKA 5T4SA 1LZQA 4APRE 3EM6A 3TOHA 4EQJA 1D4KA 2A4FA 3EL9A 5P0VA 5KQZA 1DP5A 5P1SA 4COEA 5BRYA 3URLA 4EWOA 5P18A 4D85A 2QD7A 1HVSA 4FRKA 4JECA 1HPOA 2Q63A 4Y3NA 3SPKA 5P3EA 5P8BA 5P8MA 7UPJA 4LC7A 5HDUA 3UDQA 5ER1E 3NU4A 4AMTA 3WB4A 5DGUA 1LYBA 4TRYA 5P14A 3SM2A 5P3SA 5P4AA 3JVWA 5P0MA 2VIJA 3KN0A 4RYGA 3PI0A 4AUCA 4OD9B 5P8TA 4Y5BA 4KE1A 3KFPA 4Y3LA 3S7MA 3UCBA 1EPOE 4NJTA 4DQGA 5P7UA 5P13A 3ZKNA 1ME6A 5JFUA 1XDHA 3OTSA 3K1WA 5P3GA 1SDTA 4Y5KA 4EYRA 1E80E 4FAEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2FNS A;  3GGV A;  3VV8 A;  2PYM A;  5P8H A;  2QI1 A;  1FQ7 A;  5OZW A;  5P3A A;  3H5B A;  4I0Z A;  5OZJ A;  5HE7 A;  3K4V C;  5P76 A;  4J5J A;  2I1A A;  3PWW A;  3QRO A;  4BFB A;  5AHA A;  2AOD A;  5P83 A;  2PQZ A;  3LIQ A;  5P5P A;  1ER8 E;  2R3W A;  5P5M A;  4K4P A;  4GJD A;  5OZ8 A;  2IKO A;  5OZ4 A;  2Q15 A;  5P2Y A;  5P32 A;  4B72 A;  6FIV A;  4Y56 A;  4LXK A;  4YBI A;  1YTG A;  4FS4 A;  2BJU A;  4GID A;  1GVV A;  1GKT A;  1XN3 A;  2HAH A;  3L3A A;  5HU1 A;  2OHP A;  3WZ7 A;  4XX3 A;  1BXO A;  1KJ4 A;  3BC4 A;  3HZC A;  5P2R A;  4H1E A;  5DQ5 A;  5P6I A;  5P1B A;  4J1I A;  4K8S A;  5P6Y A;  2VS2 A;  1W6I A;  2QI7 A;  1W50 A;  4XKX A;  3LIT A;  5P3I A;  3APP A;  2Q11 A;  5P4K A;  4F73 A;  4Y58 A;  4Y3H A;  3OXV A;  2VJ9 A;  4OBH A;  4Y3X A;  1K2C A;  4OBD A;  5P7W A;  3DCK A;  1BDQ A;  1SMR A;  5P8S A;  3OTY A;  5OYZ A;  2G24 A;  5DQ4 A;  5P59 A;  4F75 A;  5OZ2 A;  3TPL A;  4PYV A;  5P71 A;  1JLD A;  1OEW A;  5P27 A;  1W5Y A;  4J54 A;  3GW5 A;  3UFN A;  1FQ8 A;  4ZPF A;  4L7G A;  2NXL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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