1TSUA

Crystal structure of decamer ncp1 substrate peptide in complex with wild-type d25n hiv-1 protease variant
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Viral protein/hydrolase
molecule keywords Pol polyprotein
publication title Structural basis for coevolution of a human immunodeficiency virus type 1 nucleocapsid-p1 cleavage site with a V82A drug-resistant mutation in viral protease
pubmed doi rcsb
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1tsuA00
3RTNA 1K6PA 4EP3A 3ZKNA 4HZTA 2R3TA 2QI1A 5P4XA 5P7CA 4Y38A 3EM4A 2G1NA 1T3RA 5P19A 4J1FA 4R92A 1Z1HA 2QMPA 2QI0A 3MXDA 3URLA 2G24A 3TPPA 4Q1NA 5P8FA 1D4HA 4R91A 1F7AA 1SIVA 2VIEA 4QLHA 4OC6A 2BPVA 5P30A 3LPKA 3GI6A 3UQUA 5HDUA 5P3BA 4OBZB 4D88A 3I6OA 2I4DA 1HVJA 1YM2A 5HE5A 2IS0A 5P2HA 2QNQA 5P5OA 5P4TA 2B8VA 3EKYA 3PEPA 3O9DA 5P39A 1XS7D 1YTIA 3S7LA 3OAGB 5P3UA 5P7BA 1GVTA 1MESA 5HE4A 1ZPAA 2R43A 2BQVA 5DQCA 5P2WA 5P12A 5P7IA 2QK5A 5OYQA 1SIPA 4JP9A 5P29A 2P4JA 2FS4A 1UH9A 1XDHA 5P7ZA 1Z1RA 4I12A 5P53A 1MT7A 4QJ8A 3IA9A 2G1SA 2CEMA 2ZYEA 6UPJA 5I3WA 5AHBA 4Y6MA 1PSAA 5P4GA 2AOCA 5P0AA 3PI0A 5P1SA 2PSVA 2IKUA 2RSPA 5P1JA 6APRE 3N4LA 5HCTA 1GNOA 1HEFE 3CMSA 3OWNA 4Y3NA 2PC0A 2O4PA 2PK5A 5OZ4A 2ZJIA 3QPJA 5P3MA 2VA5A 3VV7A 1G35A 3FNUA 1MEUA 4Y43A 5P41A 4B78A 5P7MA 3MSLA 3ECGA 3OOTA 5P5CA 2J9JA 4BFDA 3SA4A 4Y3AA 5P04A 2R3WA 5P2GA 1HEGE 2P3BA 4I10A 4XX3A 5DGUA 3FV3A 3TLHA 3U7SA 4APEA 5P5BA 3VV6A 1HHPA 3K4VC 1LYBB 4RVIA 5P2RA 2ZDZA 4RGHA 5P5MA 5P6LA 5P4VA 3T7QA 2PYNA 5P57A 3O9FA 5P66A 4PPHA 2QCIA 5P86A 2QD6A 5P0KA 5P6OA 2Q55A 4X2LA 5IVTA 3UDRA 5C9BA 2I4UA 5P2KA 3OXCA 2OHMA 3OQDA 1CMSA 5P55A 4FIVA 4FL8A 3RTHA 3DUYA 5OZDA 1FFFC 4DJYA 3BC4A 3N3IA 4Y58A 5P1NA 3PCZA 3LIVA 5OZVA 4Y3MA 4DQGA 4AA8A 3Q70A 1HRNA 4Z22A 3BGCA 4YA8A 4RCDA 5OZ9A 5P79A 2ZHUA 1BILA 2G21A 5P37A 5P8UA 5P4NA 5P77A 3OHHA 2EWYA 4I0JA 4I0HA 3JW2A 5KR0A 1FLHA 2QHYA 5KQFA 4JPCA 5P4KA 1ZSRA 2Q64A 3FNTA 2QI5A 2VNMA 4Y48A 5P18A 2OHKA 5P6JA 1NPAA 2IGYA 4QJ9A 2AODA 5AH9A 5JG1A 5P8PA 5P7VA 3EXOA 4KE1A 5COPA 3A2OA 1VIJA 4IVTA 4OD9A 3ZPTA 2WF4A 5P87A 1YX9A 3VCMA 1MT9A 4Y45A 1G0VA 5KQXA 3LITA 5P6SA 3UDMA 4ACXA 4NJTA 3GI0A 5P83A 1HPXA 3URIA 4BELA 2HPEA 5P2IA 2QMFA 3DK1A 4GJ8A 3L5EA 1XL2A 3ZPSA 2PH8A 3M9FA 3QRMA 1M4HA 2QZLA 2BPWA 4DJRA 1AIDA 3Q3TA 4YD3A 5P08A 4I0IA 5I70A 4RVJA 1HIVA 1EPRE 1WBMA 5P7QA 5OZ1A 3VYEA 5I3YA 4YHQA 4I0EA 1LZQA 4Q1XA 1OHRA 4PYVA 5P70A 4RRSA 4J17A 1ZPKA 4I0ZA 3K5DA 4ZSRA 1C6ZA 5OYWA 3UDYA 1ZAPA 5P36A 3EBZA 3VFBA 3QAAA 4NKKA 1K6CA 1IBQA 1RL8A 5P8JA 2F81A 1W6IA 2ER7E 3LINA 5P28A 3EKTA 5OYXA 3NLSA 5OZFA 4LHHA 4L7JA 2APRA 5P7SA 4PHVA 2HB3A 4B1DA 1W50A 2P8HA 3O9LA 2HIZA 5P38A 1ZSFA 1AJVA 2XFIA 1HTFA 1ODXA 5P8DA 3PCWA 5P1UA 5P3IA 2Z4OA 5P06A 3CKPA 5PEPA 3KN0A 2I1AA 5UPJA 5OZQA 1PSOE 5P6IA 5P16A 5OZ7A 5P0QA 3FX5A 1TQFA 4RVXA 4OBFA 1EAGA 5P2OA 3NR6A 5P5GA 5P7YA 3R2FA 5P7OA 5P33A 1G2KA 3VF5A 1IVPA 1SH9A 1EC1A 5P5FA 1Z8CA 4FAEA 2G1OA 1HVLA 1GNNA 3CKTA 3NDTA 1UH8A 5P0YA 3FIVA 2BKSA 5P76A 1YT9A 5DR7A 5P0OA 5P3JA 5P48A 5P8LA 3PSUA 3BUHA 3TOHA 2AZ8A 5E5JA 5P4RA 3URJA 2FDDA 2AVSA 4B05A 3NU6A 1QRPE 2NMYA 2OAHA 3PWWA 5CONA 3KDDA 5P2UA 4Y5BA 3O99A 3UHLA 5OYRA 5P7RA 5P4BA 3LIQA 3IVHA 1HVKA 3NU3A 4TRZA 1IZHA 4L6BA 4LXMA 4J54A 3WZ8A 3PWMA 2BPYA 5I3XA 4CPQA 3PGIA 2AOIA 3EKQA 5P6DA 2H6TA 1FQ6A 4YOBA 4GJ5A 3QS1A 5HDVA 2WL0A 5P1LA 1QBRA 4RYGA 4R93A 4FAFA 4L1AA 4GMIA 1YTHA 4Y5GA 5P40A 4QJ7A 5P4PA 1LF3A 5P07A 5OYTA 5KR2A 4RLDA 5AH6A 1MSMA 3JVYA 5P81A 3VYFA 4Y3DA 3D20A 2AQUA 5P8CA 2ZGAA 2VS2A 1FG8C 3OXXA 3OU1A 5P02A 3U71A 4FM6A 3OUAA 4J1CA 2HAHA 4Y3XA 3HLOA 2ZJKA 3OQFA 5P2ZA 5P0JA 3NXNA 4K4PA 1OEWA 2G27A 3OXWA 4Y53A 5OZGA 4FRIA 3FNSA 4HE9A 5P8RA 4DJUA 2BBBA 1FFIC 5P4YA 4DQCA 2V10C 4EXHA 4I8WA 5P8MA 5P6ZA 4Y5CA 4Y51A 4H3FA 4ZSMA 4OC6B 5P5XA 2QD8A 1T7JA 1YTJA 5J25A 5P1HA 1APTE 5P5UA 3NYGA 3OTSA 3L3AA 1FGCC 2AIDA 2JE4A 2QMGA 1EC3A 1HXWA 2WEAA 5P52A 2V16C 3CYXA 2I4VA 2Z54A 3KMXA 3KFPA 1IZDA 4JPEA 5HU1A 5P7UA 3OXVA 1FMXA 4S1GA 4Y5KA 1T7IA 2IEOA 4IVSA 4EXGA 5P1TA 5P3AA 3TNEA 5P75A 3S2OA 3VV8A 4MC2A 5P0HA 4EYRA 2QU2A 4ZIPA 1B11A 1EC0A 2JJJA 5OYVA 5P6TA 4XX4A 1A30A 2FDPA 8HVPA 4OBDA 5P4AA 4Y36A 3OUBA 5AH8A 5IVSA 1PPME 1LS5A 1BV9A 5JFUA 5P2DA 5P80A 5P8KA 2ZHVA 4DJQA 4FCOA 5E5KA 5ENMA 4CPUA 1HPVA 5P6EA 3K5FA 1LV1A 5OYSA 4DQBA 4EQ0A 5P58A 4APRE 1MUIA 5DPZA 4A4QA 4Y3LA 4NJVA 4JOOA 5P49A 5P13A 4Y3FA 1D4SA 5OZWA 3IXOA 5P62A 3NDXA 3CYWA 2VJ9A 5P0PA 5P6YA 3VLBA 3OU4A 4GYEA 5OZ2A 3PSGA 4F76A 3KYRA 1B6MA 5P59A 5P7JA 5P5DA 3INEA 1NH0A 1FF0C 2J9JB 3WZ6A 3GGUA 5P2EA 3S56A 4Y5NA 4NPUA 2G22A 2B7ZA 3RTMA 5SXNA 5P43A 3L5DA 1RNEA 2R8NA 1MRXA 4Y4UA 3R0WA 3D91A 5P7GA 3INHA 5P3VA 1WKRA 1LF4A 5P1CA 5P3HA 3CIDA 3RVIA 1LYAA 5C9DA 4GJBA 3G72A 1OEXA 3S43A 3QVIA 3KFRA 2P3AA 4Y41A 4NJSA 4ER1E 4B1CA 4Y47A 1APUE 3ZMGA 3GGXA 5P4UA 5P4HA 2B8LA 5P85A 4MC9A 1HPOA 1APVE 1MSNA 4YD4A 3S53A 5P69A 5HDZA 5P3OA 5P3NA 1HVCA 5P14A 5P5QA 4MC6A 4Y37A 2JJIA 1F34A 4EP2A 3LZYA 4NPTA 3SM2A 2FDEA 5P6MA 3L5FA 4H3GA 2NNKA 4Y57A 3C9XA 5P45A 1IDAA 3DCKA 4OBGA 3UDKA 4HLAA 3WSJA 4Y3EA 2G1RA 1J71A 3B7VA 4FE6A 2R5QA 2RMPA 4FRJA 5P0IA 5P5SA 5P22A 4Y3ZA 4BFBA 1W5VA 2R9BA 5AH7A 3OADB 4X7IA 4I0FA 5P4OA 3EL4A 5P3SA 1HVHA 4CPSA 5P2QA 5P4ZA 3LNKA 7UPJA 3EKWA 3G70A 2AOFA 3UTLA 4Y39A 2QU3A 3PWRA 5P8QA 5P2SA 5COOA 3BRAA 3UDJA 3DJKA 4OBZA 5DGWA 2NR6A 5P34A 5P5TA 3UQRA 1EBZA 4J1EA 5P84A 2NTRA 3IXJA 2BJUA 5P88A 4RROA 3D3TA 3UDHA 1ENTE 2UY0A 4QJAA 1BDLA 3NSHA 5P6NA 3OAGA 3SLZA 3EL9A 5P3PA 3I25A 4Y35A 5OZSA 3T7PA 4YD5A 4Y4TA 4QJ6A 2QZXA 4Z2ZA 4DI2A 4ZPEA 1T7KA 1PPLE 4FRKA 4GJDA 3TH9A 4YCYA 3SA5A 2AZBA 4DPIA 3BUGA 5OZIA 4YCTA 3PMUA 5ENKA 5P5RA 2FGVA 2QD7A 2QI7A 4AMTA 5P1XA 5P6PA 5P67A 4DJPA 5HCOA 3EC0A 5T4SA 3HBOA 2WF2A 1FB7A 3SPKA 2AOEA 3NU4A 3VUCA 5OZOA 3VSWA 5P7KA 2PH6A 5P5YA 3SA3A 4YDFA 4ZLSA 2P3DA 1BV7A 1OD1A 3D1YA 2I4WA 2O4LA 3T11A 5P4WA 5P10A 3LZUA 3GI4A 2F3KA 3QI1A 4DV9A 2OHLA 4U7VA 5OYYA 3ZKQA 3KFNA 2OHSA 1FIVA 1FMBA 4I11A 5P0TA 5P1FA 4DQHA 2VIYA 5P1MA 3QP0A 4Y3YA 5P1QA 5P5EA 3S85A 5HU0A 4K4QA 5P73A 3TPRA 3LIZA 1A94A 3QN8A 2F80A 3VYDA 5P7XA 3MSJA 3HVGA 4FS4A 5FIVA 1SP5A 1HTGA 3G6ZA 1HVSA 3KFSA 5BS4A 3RU1A 4HDBA 1DPJA 2PMAA 4YBFA 3QBHA 5P5AA 3ZKSA 5DR0A 1LYBA 1LEEA 1TSUA 4J55A 1LYWA 3O9HA 5HVPA 1T6EX 4LAPA 4CPXA 5HE7A 3KA2A 3VF3A 2G26A 3MSKA 2AVVA 5P5VA 5P3XA 1BXQA 3PMYA 5P56A 3R4BA 4Y3GA 2FNSA 4N00A 5P8NA 5P8EA 4K9HA 5P2XA 2XYFA 1EBWA 2R38A 1XE6A 1DMPA 1QBUA 2QNNA 5P32A 2ZHSA 5P5IA 5P3QA 3WB4A 5P89A 3NU5A 5P1KA 3TL9A 2WKZA 5HTZA 3UDNA 4I0DA 5P2MA 2HM1A 3OUDB 4Y3WA 2CENA 3SA7A 1DIFA 1GNMA 3ZKGA 5P1VA 4L1AB 5P74A 1DW6C 3TPLA 5P7DA 4HEGA 3UPJA 5P5WA 2FXEA 5DQ1A 5P31A 3SKGA 2WECA 4Q5MA 3I2LA 4H3IA 1BWAA 1QDMA 2AVOA 3LPJA 3T7XA 2O4KA 5P20A 1EC2A 5OYUA 5OZLA 5P8SA 4KE0A 4WTUA 5P2BA 1B6PA 1C70A 4J0VA 3IN4A 3L59A 3SA8A 1UPJA 4TRWA 1FQ4A 5P46A 1EPOE 3MXEA 5OZZA 3K1WA 1APWE 3K4VA 1FQ8A 4Y3SA 4K8SA 5P5JA 3IAWA 3INDA 5P1AA 5P1BA 3VEUA 2I4QA 2UXZA 5OZRA 5P71A 3NU9A 1YG9A 1HIHA 4ZPFA 7HVPA 2QI6A 1AAQA 3NDUA 1IZIA 5P27A 5ISJA 1EEDP 2IQGA 2VA7A 4U7QA 1HSIA 5P7FA 3O9EA 3SACA 4NJUA 5P5LA 3AIDA 5BWYA 1B5FA 3SA6A 3CICA 1TSQA 5SY3A 2Q54A 2AOGA 3DM6A 3TKGA 4COEA 3PRSA 3PJ6A 4Y56A 3ER3E 5P1ZA 2NPHA 3GGAA 4CP7A 5P0LA 3D1XA 5P6GA 5P7PA 5OZ3A 4U8WA 3SA9A 3ZLQA 3O9BA 2Q5KA 4Y3HA 1ZJ7A 3QRVA 5P1EA 2AZ9A 1G6LA 2I0AA 5OZCA 1AJXA 2JXRA 1JLDA 5P3DA 5P03A 4KUPA 5P1PA 4DPFA 5P6HA 5P51A 1GVWA 2ER0E 3ZKIA 1NPWA 4B1EA 2V13A 5P0BA 5P0EA 4FSEA 3SKFA 2A4FA 4Y5EA 4FGXA 3L38A 4DUSA 4EWOA 5P8VA 1Q9PA 2NNPA 5SZ9A 5DQ4A 3OU3A 5P0WA 5OZNA 1MVPA 1TW7A 4YCKA 3K5GA 4GIDA 5P35A 3LIXA 5P6AA 5SY2A 5P3FA 4YD7A 2QHZA 2JYSA 1KJHA 5P63A 2AOJA 2XYEA 1MT8A 1QBSA 4Y4DA 2ZHTA 2IRZA 4DQEA 3NWQA 2F3EA 3K5CA 3O9AA 3Q6YA 5KQYA 5KR8A 3H0BA 5P60A 4L7HA 1W5YA 2NXDA 4LXKA 1E82E 1MERA 2OHTA 3OHFA 2VIJA 3UQPA 3ER5E 5P4MA 1SDUA 5P09A 3PM4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RTN A;  1K6P A;  4EP3 A;  3ZKN A;  4HZT A;  2R3T A;  2QI1 A;  5P4X A;  5P7C A;  4Y38 A;  3EM4 A;  2G1N A;  1T3R A;  5P19 A;  4J1F A;  4R92 A;  1Z1H A;  2QMP A;  2QI0 A;  3MXD A;  3URL A;  2G24 A;  3TPP A;  4Q1N A;  5P8F A;  1D4H A;  4R91 A;  1F7A A;  1SIV A;  2VIE A;  4QLH A;  4OC6 A;  2BPV A;  5P30 A;  3LPK A;  3GI6 A;  3UQU A;  5HDU A;  5P3B A;  4OBZ B;  4D88 A;  3I6O A;  2I4D A;  1HVJ A;  1YM2 A;  5HE5 A;  2IS0 A;  5P2H A;  2QNQ A;  5P5O A;  5P4T A;  2B8V A;  3EKY A;  3PEP A;  3O9D A;  5P39 A;  1XS7 D;  1YTI A;  3S7L A;  3OAG B;  5P3U A;  5P7B A;  1GVT A;  1MES A;  5HE4 A;  1ZPA A;  2R43 A;  2BQV A;  5DQC A;  5P2W A;  5P12 A;  5P7I A;  2QK5 A;  5OYQ A;  1SIP A;  4JP9 A;  5P29 A;  2P4J A;  2FS4 A;  1UH9 A;  1XDH A;  5P7Z A;  1Z1R A;  4I12 A;  5P53 A;  1MT7 A;  4QJ8 A;  3IA9 A;  2G1S A;  2CEM A;  2ZYE A;  6UPJ A;  5I3W A;  5AHB A;  4Y6M A;  1PSA A;  5P4G A;  2AOC A;  5P0A A;  3PI0 A;  5P1S A;  2PSV A;  2IKU A;  2RSP A;  5P1J A;  6APR E;  3N4L A;  5HCT A;  1GNO A;  1HEF E;  3CMS A;  3OWN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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