1TTI | Genus

Total Genus 91

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	91
sequence length	242
structure length	236
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADGLASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Three new crystal structures of point mutation variants of monoTIM: conformational flexibility of loop-1, loop-4 and loop-8. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags	Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	91
structure length	236
sequence length	242
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1995-04-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1ttiA00

1V5XA 5H91A 3NPVA 1KM3A 4LRSA 1MO0A 1KTNA 3LCWA 4CCDA 3PF3A 4UFJA 1H63A 3EX3A 3M44A 5A5WA 3W22A 3HIJA 1KFLA 3HGOA 1W31A 1IXPA 5AOUA 2Q3OA 1KW1A 4FNPA 1OHLA 1DVJA 3TROA 4CNPA 1JUEA 3RNDA 1SO4A 4JTHA 1SSDA 5CPLA 3MHFA 4ZZ9A 4RXGA 4AF0A 2EF9A 1CX9A 1RZMA 2NUXA 3SGZA 1PV8A 3LXBA 6ALDA 1O60A 1FY6A 3NM3A 2A7NA 2QAFA 4CCEA 2GVLA 4UFLA 3R5EA 5CSRA 4EVZA 1Q3NA 4WX2A 3NAVA 3TJXA 3HBLA 4JIQA 1XI3A 3PY2A 5AC8A 4LS1A 3W1PA 4N9EA 2Z2UA 2P1FA 1GTHA 1FX6A 3DGRA 3NQ2A 5TBOA 1AW1A 3O06A 3W84A 4ADSA 5F1VA 3UWZA 2F7FA 4LVAA 3LCIA 2BWGA 4IMGA 5I3IA 1KLYA 4GWEA 4QAIA 1HUVA 1G4PA 2XFWA 2QAPA 3L21A 2WKJA 2Y63A 3SJ3A 4HHPA 3ZWTA 2Y85A 2YFOA 3DZ1A 5CSSA 5K2ZA 5AFDA 1F6PA 1YTEA 3PG8A 2Z0IA 3IV3A 2W0UA 3S9YA 2V0TA 1IIHA 3GVGA 2C18A 5F2IA 4MY9A 1AW5A 5D2XA 3T44A 1WX0A 2QUTA 5FF2A 4AWSA 1KFEA 3NOEA 3ATZA 5G5IA 2GVJA 4DO4A 2Z1BA 5K4ZA 1W37A 4ML9A 4UMAA 1F74A 3C8FA 3M47A 1TPWA 4FIRA 4MLRA 4DEFA 2YFNA 1N7KA 1AG1O 2V5BA 4HPJA 3IGXA 4KKXA 1KTCA 3L9CA 3R2GA 3UY8A 3KHJA 4TIMA 3G1AA 3NG3A 3A22A 1S5TA 3UQNA 1G7VA 3NA8A 4AMAA 1F5ZA 3NPWA 3UY7A 2GPTA 4POCA 5KZMA 3M43A 2A7RA 5CPOA 1G6CA 3A21A 3DKLA 4FNRA 3WJZA 3LHUA 1X7FA 2CLKA 3P8IA 4RXFA 2NUWA 4PCFA 1VZWA 4UR7A 1TREA 3TIMA 3W2MA 1GPWA 2Y7FA 1CW2A 1D3HA 2ATMA 3HOJA 3TH6A 3PR2A 4GBUA 2Y70A 2CZ5A 3F4WA 3L66A 5K9DA 3BK0A 3LHTA 1ZALA 4OWGA 3O05A 4WQ6A 3RLVA 3IIOA 4GFSA 1VH7A 4QSHA 3USBA 4HIBA 4GUIA 2AAMA 3BV4A 3NQ6A 2O7SA 2NWRA 4RX0A 3B0PA 5HWJA 1ME8A 3MI3A 2CFFA 3PUEA 3LHVA 4OV4A 2B7OA 2Y6ZA 1ZENA 2EGZA 4TU1A 1DKWA 1E51A 4HNNA 1PL9A 4S2BA 2QJHA 4AXKA 4X22A 5DBTA 3KVJA 4PEKA 2X1TA 3MI6A 1KV5A 3KXQA 3ANYA 3RLUA 2VFFA 3DFNA 3P82A 3GXTA 1TRIA 3GDRA 3DFPA 5LNRA 1LRQA 3TFXA 2EPHA 3EX4A 4WY0F 1YDVA 4JX5A 1FCVA 3Q94A 2O7QA 5LSMA 4A3UA 3L2IA 1WBJA 1FDJA 4JTFA 1JR1A 2ALDA 1XBZA 4O19A 4DF1A 2E6AA 3NPXA 2A7PA 2R14A 2ZRXA 1VQTA 1UUOA 2YZRA 3BLIA 4MKNA 1KBIA 1H7PA 5DXYA 1AMKA 2Y89A 3I6RA 1ALDA 5KMYA 5D2WA 2GQ9A 5BW6A 2A1YA 5L9FA 2EAWA 4Z1AA 3PB2A 5AHMA 4IMCA 1VYPX 2ISSA 3RMJA 3QC3A 4R7JA 2ZTJA 2UV8G 2DJXA 4LS2A 4OBTA 5LNSA 2B7PA 3R12A 2QR6A 3LHZA 4UTHA 4Z1DA 3UNDA 5AHIA 2DZUA 1IIGA 2J9ZA 1HG3A 3IGUA 2IQTA 4O1CA 1BEUA 1TV8A 5C54A 4QIUA 2X1RA 4GUHA 4UMBA 4XQ6A 2A0NA 1XDMA 4ZVJA 3M6YA 4MPQA 1W0MA 5HJLA 1KA9F 4UR8A 4LW7A 3KVMA 1A5BA 3HJZA 1B3OA 2VKZG 5MHBA 4NJJA 1XKYA 1TIMA 2V82A 4XBSA 5SWUA 3LXCA 1EWDA 3VCRA 3C52A 1XBVA 1K7FA 1JVNA 3BG3A 2YDAA 1VCGA 3LBMA 2YXGA 1OFEA 4DQWA 1BKSA 3QW3A 3M9YA 3OVQA 3GDLA 4DF2A 3TUUA 3P84A 3I7SA 4IPJA 3G18A 3HGJA 1IGSA 1OYCA 1EP2A 3F4NA 2YYUA 5AC6A 3M5ZA 1OX4A 2VFDA 3EWYA 1FBAA 4GE8A 1XM3A 3GR7A 4OQVA 5FF7A 3HMJG 1YPIA 5BNKA 2C14A 3IVTA 3LERA 1SU5A 1BWLA 3LV5A 4N4QA 3LTSA 3TSBA 1QPRA 1S5VA 3UYCA 1DQWA 3B06A 1QAPA 4M5PA 1TTPA 3DHFA 4IXXA 4XTDA 2ZCGA 1LYXA 3W1AA 4MYAA 3MW7A 4UTLA 1YDNA 4XUGA 1PIIA 3EWZA 3MP4A 3SI9A 4LV4A 1Y0EA 3I65A 3W70A 1L6WA 4H3DA 1VYRA 2CLOA 1WOAA 5C2XA 2CLEA 4E2BA 1RQBA 1TQJA 2FFCA 3NQEA 4WXZA 4ADTA 4ZQPA 2WNZA 3THAA 4FEZA 2RHGA 1UBSA 1TTIA 1DJNA 3IVSA 5EYWA 1LCOA 3EWWA 1EUNA 2V8ZA 3JRKA 2PCQA 3LRMA 3WJWA 1SZEA 3HG2A 4EOUA 3HGRA 1MEWA 5K3VA 3P81A 1WYIA 2C0AA 4JYDA 3UD6A 3G24A 3O8AA 1FWRA 1OX5A 1GZGA 3W6YA 1YYAA 2YSWA 3W1LA 4Z08A 1H7NA 3PUOA 1H51A 2EKCA 3M5YA 3CTLA 4R53A 4O52A 1TQXA 3L68A 4KWVA 3L5MA 2ZBTA 1QO2A 4YXGA 3N14A 2BX7A 3N2MA 1EIXA 5F2GA 3WJYA 1GOXA 1OFOA 3SGUA 2NV2A 2FB3A 5LGXA 3CEUA 3KRZA 1VCFA 4UCGA 1TMHA 1J4EA 3NYZA 2FTPA 3W7CA 2QCHA 2X2GA 3NL5A 3S5NA 2V30A 1V7YA 3B03A 4QNEA 1W8SA 5AC7A 3ABRA 1N55A 4H6KA 2QUVA 3TJLA 1CI1A 3ABQA 3TAOA 5DN1A 1O94A 2ZRWA 3HQ1A 4FNTA 4NXKA 3PS7A 4WUIA 4A2RA 3PVFA 5DBUA 1JUBA 3STFA 1PCKA 2FQIA 2R8WA 1VR6A 1I2OA 3G3MA 4WD0A 3AO0A 1GYNA 4O13A 1RQHA 4Q33A 3O63A 4LC8A 3EWBX 3CWOX 3HPXA 1Q6RA 2TSYA 1VLWA 4KWWA 2TMDA 5BOOA 1TCDA 3EX2A 3L0GA 3S6DA 2G96A 4I7VA 1UB3A 1F73A 2ZZ7A 4GNJA 3FS2A 2QCLA 3PBVA 3SFKA 1GG1A 2GOUA 4O1BA 4ADUA 1B4KA 1WAUA 5F2LA 3LI1A 3NQDA 2NX3A 4RR4A 3O6DA 3MUXA 1O5KA 5FF3A 4O8RA 1BWKA 4MIMA 1X1OA 4JTSA 1K3UA 5F4XA 4K7VA 2CLHA 1U83A 1EP1A 3QMSA 4W9TA 4FX8A 3C0JA 2B0MA 3IIXA 3GZ3A 4ZQNA 3JR2A 2C15A 1K7XA 2FLIA 1OX4B 5FEXA 3SIZA 1XL9A 2GVGA 4M6VA 3QMTA 5CKSA 3W83A 5KINA 3MO7A 1WDWA 1FXPA 1FDYA 4I9AA 3TQVA 1LLZA 1TB3A 3LLFA 4UMCA 2QCNA 1FDZA 1X6UA 2C1HA 2BXVA 5A8GA 5CZ0A 3S0CA 1NFBA 3BGJA 3UZ5A 2CZEA 5D38A 1B4EA 1VJIA 4IJBA 2WSQA 2WNQA 1LTDA 3NEVA 4GC4A 4NVTA 1G4SA 3CB8A 4K39A 5HWNA 1LRTA 1B9BA 4PL1A 2QDGA 3W7KA 3W87A 2DZVA 4DO5A 5LHFA 1T96A 2E5CA 4LY8A 1TPFA 2E6YA 3U6WA 3UXDA 5FF0A 5EPDA 5K9XA 1QNVA 1H7OA 1MEIA 4Y6GA 2OX1A 2P10A 5HQEA 4JICA 4YLWA 4UNLA 4C1KA 3W1XA 5HR7A 3GLCA 4NXSA 3W2UA 3OG3A 1LORA 1AL7A 5HINA 3T4CA 4S2CA 4ONVA 2Y61A 4AEOA 1SUXA 1RR2A 2WSYA 3EX6A 3TSDA 4UFKA 1P5BA 1XBXA 1XFBA 2V81A 2OT1A 1K8ZA 5G2HA 1F6KA 3W86A 3BPWA 3TQ0A 1OABA 3BVJA 5IBXC 2ZDRA 3ZWSA 3CU2A 3H55A 2DU2A 1GYLA 4MUZA 1QPOA 4KFNA 3VKJA 4Y90A 1A50A 2ZA1A 3PC0A 4IGHA 4TR9A 1FQ0A 3A24A 4WOZA 1MEHA 1H60A 1KM0A 4EWND 4O14A 1QCWA 3UWVA 4E38A 5AHNA 3NQVA 4O54A 4IWWA 1EPXA 2OMAA 3E0IA 1NEYA 2GQAA 2C6QA 3QW4B 4Y96A 1JCNA 4DF0A 3LOTA 1Q6QA 2A85A 2FJKA 3LB0A 4PFMA 1XBYA 3GNNA 1NSJA 3YPIA 1VS1A 4MFEA 2QF7A 1W3NA 1EP3A 1OYBA 2VC6A 1SW0A 5F4WA 3TFCA 4ORMA 3LCLA 3DFSA 5G2WA 1IXQA 3E02A 5L6UA 4CNNA 4LVBA 2OT0A 2NWSA 3AJXA 1QWGA 4XBKA 2RH9A 5CPMA 3S5ZA 3G1VA 1L6YA 5I3GA 4ZL1A 3QM3A 3M41A 3TDFA 4XTIA 3N73A 4JS3A 1VPXA 1JUKA 3UPBA 3EX1A 2VFIA 5C6MA 3TMQA 5EMUA 2RFGA 3WJXA 4UIOA 2Y7GA 3NQ8A 1UCWA 4GUJA 3DENA 2ZFAA 4QQ3A 2CWNA 3SZ8A 3KVLA 1LBFA 3LHWA 3W1UA 3W7MA 4N9CA 1H61A 4JDYA 5DY2A 3W1RA 1R2RA 5D2TA 1LZOA 1O95A 3TX9A 3PM6A 3GAKA 2ZRZA 3G1YA 2A5HA 1Q6OA 3IRDA 1NF0A 3KRSA 3GR8A 1LLWA 1QMLA 1OVDA 1JCXA 2CW6A 5AYYA 2HS6A 1TYGA 3SW6A 4S1FA 2WV8A 3RK8A 5EA9A 3NQ7A 1ZFJA 3GAYA 4LNYA 1KM1A 2GQ8A 1P4CA 5EY5A 1TTQA 3W7PA 1R2SA 4UTIA 1YXYA 2VEMA 1MZHA 1RPXA 3VNDA 2XN1A 3DFQA 4TX9A 4AVFA 3PULA 3QQ1A 3S1XA 1QOQA 3TSMA 3NXFA 2BTMA 3NR0A 4BK9A 4JTLA 3TR2A 3KVKA 3QH2A 3UXAA 3OBKA 3LM7A 3WFAA 3W72A 2OZ0A 4UC5A 3S1VA 3LDVA 1GEQA 2NX1A 5AN7A 1ZAIA 2FPTA 3FA5A 3S1WA 2NLIA 4HN4A 4DBDA 1ONRA 5D02A 4K36A 2NXHA 3DI0A 1M7OA 5DLCA 2QCCA 3W2LA 3GKFA 4X2RA 3LBCA 3CPRA 4DO6A 4JEQA 4IMEA 5HR6A 3G1SA 3W85A 4MZYA 2JGQA 1F76A 4X3ZA 1QPNA 3S5YA 3ZS4A 1NAL1 2Q3RA 3LRLA 1VLIA 3EXSA 3F03K 3W7OA 2A6NA 4HSOA 3UWQA 3IIPA 4LU0A 1PHQA 4O1DA 1P0NA 3G0SA 4UTTA 4WY0B 2TRSA 3KOFA 3RF9A 3NDOA 3KX6A 3B4UA 5TQLA 4A29A 1S3HA 3FYPA 3QPZA 4MOZA 5LNWA 3QPYA 1C9DA 1TRDA 3BO9A 5DCBA 5G4EA 2RDTA 2V2CA 1M6JA 3R89A 3W1QA 4JTGA 4O12A 4PL2A 4LRTA 3QEZA 1VYSX 1SZFA 3A23A 5IM51 3N9RA 4E2DA 1N8FA 1GQNA 4XWUA 1D9EA 2A4AA 4JX6A 4CLMA 3P5YA 4CNOA 1QO5A 4I7WA 4JR5A 3DFTA 4RZ4A 1P1XA 4LUJA 1G7UA 3W3OA 1JCLA 3FJLA 4JTTA 4O0ZA 3TXVA 5C5YA 1I4NA 1QPQA 4TMCA 1ICPA 3ZFHA 1WOBA 2EHHA 2ZYFA 2PRLA 4FB7A 3EEGA 2Z6IA 1GTEA 2F84A 1OF6A 3IIZA 2X30A 5E93A 3W7NA 3B05A 2FPVA 4DXVA 2G5WA 4LT9A 1ZY9A 3CEPA 3STCA 3NM1A 3G1XA 3D0CA 3N34A 4OGZA 3V75A 4ALDA 1G67A 1LM1A 4KFPA 4QNWA 1R47A 4DELA 3EWXA 4TO8A 2FIQA 3TNOA 1TPH1 3C2RA 3LV6A 1FWNA 3Q37A 3BW3A 4OHQA 4GUFA 4XZ9A 1Q45A 1RQEA 2I1OA 4Y9AA 2BZNA 2R91A 5IBXA 2YYTA 5HWMA 2HTMA 1I2RA 1SPQA 3C3NA 3NQAA 3NNTA 2QDHA 1QDSA 2ZA3A 2VFGA 3EXTA 1WBHA 4HPXA 5HULA 4IUOA 1H5YA 1O5XA 1TJPA 4MZ8A 2ISVA 1D3GA 3OHIA 1OFQA 5DY3A 4JTIA 1FCUA 2G95A 1PE1A 4UTMA 2ABAA 1Z41A 4JY9A 5D2YA 3MI2A 2W79A 2DZXA 4RV8A 3W88A 2PURA 4Z1BA 3W2JA 2P0OA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1TTIA

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