The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
61
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structure length |
61
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Chain Sequence |
MGPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKLDSGTGKELVLALYDYQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The order of secondary structure elements does not determine the structure of a protein but does affect its folding kinetics.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
ALPHA-SPECTRIN
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| molecule tags |
Cytoskeleton
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| source organism |
Gallus gallus
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| total genus |
10
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| structure length |
61
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| sequence length |
61
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1996-02-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LJ0 A; 2DF6 A; 2YT6 A; 4ZNX A; 2K79 A; 1OEB A; 3SHW A; 1UUE A; 1NLP C; 1G83 A; 1HD3 A; 4D8K A; 2YSQ A; 4J9H A; 1TUD A; 2BTT A; 3RBB B; 4ORZ A; 2MIO A; 1NYG A; 2MOX A; 1M3C A; 1K76 A; 2ENM A; 5I11 A; 5ECA A; 2PTK A; 1GRI A; 2F2X A; 1NYF A; 1AOJ A; 1AD5 A; 2PNI A; 4KRT A; 4F14 A; 2KGT A; 2JXB A; 2EGC A; 1YWO A; 2YUN A; 1J3T A; 5IXB A; 2V1R A; 1SEM A; 1WIE A; 2J7I A; 1M30 A; 1PRL C; 2J06 A; 3QWX X; 3THK A; 1FYN A; 1T0J A; 4DEX A; 1M3A A; 2KYM A; 2ABL A; 4HXJ A; 5IHK A; 3NHN A; 4QT7 A; 3VS4 A; 2FRY A; 5HCK A; 3EG1 A; 2C0O A; 4RTU A; 1H3H A; 2G6F X; 2A37 A; 1CSK A; 1YWP A; 4RTW A; 2J05 A; 2L0A A; 2FPE A; 3PVQ A; 1X2Q A; 1YCS B; 2O31 A; 2FPD A; 4CC2 A; 1SHF A; 2D8H A; 1A0N B; 4JPB W; 1ZSG A; 5EC7 A; 1PRM C; 1ABQ A; 2RQV A; 1B07 A; 1UG1 A; 4IIM A; 4JZ3 A; 2AZV A; 1S1N A; 1OPL A; 1UHF A; 5GJV B; 2FG0 A; 1BU1 A; 3UAT A; 1FMK A; 1Z9Q A; 1MUZ A; 2BZY A; 2CSI A; 1BK2 A; 1Y0M A; 2DL7 A; 2KE9 A; 2JTE A; 3NMZ C; 2ESW A; 2DL5 A; 4RTZ A; 4Z8A A; 1M3B A; 3VS0 A; 3NGP A; 2LP5 A; 2M0Y A; 2FEI A; 2FO0 A; 2CDT A; 1NG2 A; 4EIK A; 3VS1 A; 5IHN A; 1QWE A; 2CUD A; 3C0C A; 1W70 A; 1QLY A; 2DM1 A; 2B86 A; 2JT4 A; 1HJD A; 2KR3 A; 4LNP A; 2JS2 A; 4D8D A; 2HCK A; 1E7O A; 4K11 A; 3TSZ A; 2DL4 A; 1PWT A; 1QKW A; 1LCK A; 2ECZ A; 2AKK A; 2LQW A; 2H8H A; 3JV3 A; 3PVL A; 1TUC A; 2J6F A; 2ROT A; 3I5R A; 4A63 B; 2NWM A; 1Y57 A; 2VVK A; 4X1V A; 1SSH A; 1N5Z A; 3VRZ A; 3VS3 A; 2KRS A; 4Z89 A; 2KBT A; 4Y92 A; 2OI3 A; 4JJC A; 1VYT A; 1BB9 A; 1MV3 A; 2NUZ A; 2KXC A; 4E6R A; 1VYV A; 2CT4 A; 1T3S A; 2KRM A; 3LH5 A; 2LJ3 A; 5IXF A; 2HSP A; 3EG0 A; 1JXM A; 2M51 A; 4CC7 A; 2JS0 A; 1KIK A; 2LJ1 A; 2DYB A; 2EVR A; 4RTT A; 4DEY A; 1RLP C; 2RQW A; 2IIM A; 1GCQ C; 2EBP A; 4WCI A; 2VKN A; 1W6X A; 1E6G A; 1PHT A; 2EW3 A; 1GBR A; 2E5K A; 3VS7 A; 4OMM A; 1ZX6 A; 4AFS C; 1WFW A; 2DLP A; 4JJB A; 4HVW A; 1PKS A; 1I1J A; 2YUQ A; 3O5Z A; 1RLQ C; 5IHI A; 1K4U S; 2AK5 A; 2DE0 X; 2DA9 A; 3KFV A; 2DRM A; 2A36 A; 3M0Q A; 4IIO A; 2J6K A; 2RQR A; 1WI7 A; 1X6B A; 5I22 A; 2C0T A; 2AZS A; 4J9F A; 1AWW A; 3TVT A; 4LUD A; 2I0N A; 4OMO A; 5FWC A; 1YN8 A; 4OMP A; 2CRE A; 3EG3 A; 4RTX A; 1CKA A; 1TG0 A; 1CKB A; 1QCF A; 5IH2 A; 2K2M A; 1B3Q A; 1WXT A; 2C0I A; 2O88 A; 2GNC A; 1OOT A; 3H0I A; 2DX1 A; 3I9Q A; 4OML A; 3NPF A; 3REA B; 2ED0 A; 3EGU A; 1M8M A; 2D8J A; 1UGV A; 2KYB A; 2RNA A; 2EYX A; 1K1Z A; 2GBQ A; 1AWX A; 3VS6 A; 1KSW A; 1ZBJ A; 1NEB A; 2FRW A; 2PZ1 A; 1AVZ C; 1I07 A; 1GFD A; 3QWY A; 3VS2 A; 4HVU A; 1M27 C; 3IQL A; 2W0Z A; 1GCP A; 2J6O A; 1PKT A; 1UDL A; 2SRC A; 1WA7 A; 1AZG B; 1WDX A; 3R6N A; 3TSW A; 2DIL A; 1SPK A; 2EPD A; 1UHC A; 5FWB A; 2V1Q A; 2KT1 A; 2AKL A; 3GBQ A; 4RUG A; 2LNH B; 1NM7 A; 2RQT A; 2DJQ A; 3SEM A; 2A08 A; 1WLP B; 2CH4 A; 3A98 A; 4JZ4 A; 2ED1 A; 3M0T A; 1AWO A; 1GCQ A; 4HVV A; 3ULR B; 2D1X A; 3M0S A; 3FJ5 A; 2LX7 A; 4FSS A; 4GBQ A; 1K9A A; 2O2O A; 4LN2 A; 2A28 A; 2XMF A; 3EG2 A; 3CQT A; 2JMC A; 1G2B A; 1H8K A; 1YP5 A; 2KT8 A; 2GTO A; 1MV0 B; 1SRL A; 2L3Q A; 2L2P A; 4AG1 C; 2K3B A; 1RUW A; 1T3L A; 1JU5 C; 2YUO A; 1SRM A; 2RMO A; 1JEG A; 2RQU A; 1U06 A; 1U3O A; 4OMN A; 2DRK A; 3U23 A; 4AG2 C; 1ARK A; 4J9G A; 4OMQ A; 2DVJ A; 2HEQ A; 2CUB A; 3EHR A; 1GL5 A; 5FW9 A; 2LQN A; 2SEM A; 4LE9 A; 1KJW A; 2EGE A; 3H0H A; 2DL8 A; 5GJW B; 3VS5 A; 2VWF A; 1X69 A; 1SHG A; 2RN8 A; 2KRN A; 1JQQ A; 1X6G A; 2JM8 A; 1NLO C; 2X3X D; 4AFU C; 2EKH A; 1AEY A; 3ZL7 C; 4J9E A; 1X27 A; 3M0R A; 2HDA A; 2LMJ A; 3VRY A; 4F17 A; 2RPN A; 2KEA A; 2OJ2 A; 1VA7 A; 2JW4 A; 2EGA A; 2JMA A; 1QWF A; 1UEC A; 5L23 A; 2P4R A; 1UE9 A; 4J9B A; 2O9S A; 2K9G A; 2O9V A; 3M0P A; 4CC4 B; 3RNJ A; 1NEG A; 1KFZ A; 1OPK A; 1JO8 A; 1JXO A; 2BZ8 A; 3UA7 A; 2YUP A; 2EQI A; 1PNJ A; 2BZX A; 4J9C A; 2ROL A; 1K0S A; 1ZUK A; 3H0F A; 4JJD A; 1OV3 A; 2LCS A; 1ABO A; 1XOV A; 3I5S A; 2L3P A; 1WXB A; 1WX6 A; 2DMO A; 2GQI A; 4J9I A; 1AWJ A; 1W1F A; 2F2V A; 1UJY A; 2K6D A; 4LUE A; 2CH4 W; 1BBZ A; 3REB B; 2W10 A; 4RTV A; 3UA6 A; 1QKX A; 2HBW A; 4ESR A; 2JM9 A; 2EYW A; 1H92 A; 4RTY A; 1UJ0 A; 1GFC A; 2KNB B; 2DL3 A; 4Z88 A; 2K7A A; 2X3W D; 1UTI A; 4HCK A; 4AFZ C; 2QDL A; 4CC3 A; 4M4Z A; 1T0H A; 1UFF A; 3PE0 A; 1E6H A; 4F16 A; 1WYX A; 2CT3 A; 1WXU A; 2MCN A; 1V1C A; 2CSQ A; 1X43 A; 1IO6 A; 1RI9 A; 2KRO A; 1ZLM A; 2DBM A; 2FPF A; 2L3S A; 2OAW A; 4R0K A; 1HSQ A; 2GGR A; 2LZ6 B; 2RF0 A; 1X2K A; 2F2W A; 2EYZ A; 1AZE A; 3UF4 A; 1ZUU A; 2EYY A; 3I35 A; 1Z9Z A; 2D0N A; 3H41 A; 4J9D A; 2GTJ A; 2DBK A; 4AFQ C; 1YNZ A; 2DNU A; 3M0U A; 2YDL A; 1VYU A; 1I0C A; 2KXD A; 1K0X A; 1EFN A; 1ZUY A; 1GBQ A; 1U5S A; 4GLM A; 3EHQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2YT6 A; 2DVE A; 1S72 T; 1UUE A; 6AT1 B; 1VQ7 Q; 5KYN A; 4D8K A; 2CZ1 B; 2YSQ A; 2KQW A; 4J9H A; 1V76 A; 1TUD A; 2XKO C; 4ORZ A; 2KVQ G; 3MEA A; 2E12 A; 4BUG A; 2RK1 A; 1GRI A; 1W4S A; 3CCQ Q; 3ZBD A; 3VJP A; 3UWN A; 2FZG B; 3CCM T; 1D0Y A; 5IXB A; 4BAC A; 3P8D A; 1PRL C; 3EH2 A; 3QWX X; 3CCV T; 1T0J A; 1M3A A; 3RKW A; 4BE2 A; 4E7Z A; 3FLG A; 1PD1 A; 3VUZ A; 3VS4 A; 4QT7 A; 1VQ4 T; 2HAX A; 1H3H A; 3M57 A; 2G6F X; 1Q7Y R; 1YWP A; 4RTW A; 2OTJ A; 2ZZD A; 1ZA2 B; 3CC2 T; 2PVG B; 4BI8 B; 1KD1 U; 1RAE B; 2O31 A; 1VQP T; 3JCM g; 1ZSZ C; 2F5T X; 3CCS A; 2O01 E; 2JTF A; 5C6S A; 1OU9 A; 4FYY B; 1MGQ A; 3MHX A; 3RER A; 4IKF A; 1FMK A; 1Z9Q A; 5GMK l; 2F5K A; 3JSC A; 4M7A A; 2DL7 A; 3CD6 Q; 2JTE A; 1QW1 A; 5CQX A; 4RTZ A; 3JB9 G; 5KCH A; 5CKE A; 2CDT A; 2RH2 A; 4EIK A; 4M7A G; 2X4J A; 2A7Y A; 3C0C A; 2YRC A; 2JT4 A; 4GLK A; 1HJD A; 5GAO r; 3OS2 A; 3CCU T; 3JCM W; 1VQ6 A; 2JS2 A; 2NLU A; 4L59 A; 4D8D A; 1WJR A; 4F04 B; 1SKU B; 4HA8 A; 1OYX A; 2AKK A; 4M78 D; 1KQ2 A; 4A63 B; 4LDV A; 4IUT A; 1VQM T; 2NWM A; 1Y57 A; 3OYJ A; 4ZGJ B; 1OQK A; 2HQE A; 1SSH A; 4C92 C; 1WHM A; 3VRZ A; 1M1F A; 2KRS A; 2OI3 A; 4JJC A; 4V2S A; 1VYT A; 1VQN A; 3OYM A; 1T3S A; 2E1H A; 4PLI A; 2NUT B; 3R6O A; 2LJ3 A; 5IXF A; 5GAM d; 3CCS Q; 1P92 A; 2M51 A; 4KBM B; 5HKC A; 3NTH A; 1HXD A; 2R5M A; 4LD6 A; 5CKF A; 2DYB A; 2HD0 A; 1G3T A; 4DEY A; 1RLP C; 3GF5 A; 1GCQ C; 1Q95 G; 3I56 T; 4WCI A; 1D0X A; 1W6X A; 2VKN A; 4N4H A; 2OTL Q; 2YLB A; 8AT1 B; 1TOV A; 1E6G A; 4FCY A; 1PHT A; 2QA4 T; 1OX8 A; 1GBR A; 4M75 E; 2LT4 A; 2QEX T; 3GNF B; 4J5Y A; 1WFW A; 1KK7 A; 1Y07 A; 3DB3 A; 3OYH A; 2E70 A; 4OGC A; 1I5L A; 5CCA A; 1I1J A; 1WHH A; 3O5Z A; 3D7S B; 1RLQ C; 3EGX B; 5KE2 A; 5I2S A; 1RI0 A; 4RKU E; 1YIT Q; 2A36 A; 2J6K A; 1M90 U; 1VQ6 Q; 4PFO A; 1N9S A; 3CC4 T; 4RG8 A; 3PT9 A; 2AZS A; 4J9F A; 2K2V A; 3TVT A; 4LUD A; 2M1H A; 2E6N A; 2I0N A; 4ELZ C; 1Y96 B; 5FWC A; 4OMP A; 3EG3 A; 3FRN A; 4M77 E; 2PUO B; 3N5B B; 3OYK A; 1D3B A; 3REA B; 2RNA A; 1S72 A; 1RAI B; 5GAN 7; 2A3L A; 1Y96 A; 5LJ3 h; 1VQN Q; 3JCM Q; 2FHD A; 4FYW B; 4M77 D; 4C0Z A; 2F1L A; 5GAO l; 3QPH A; 4M75 F; 2RHU A; 2DPP B; 4N4G A; 1YJN T; 2J6O A; 1PKT A; 1UDL A; 1WDX A; 3TSW A; 1QP3 A; 1H3Z A; 3LH0 A; 3CCL T; 4M78 C; 2EPD A; 1PSF A; 4F7U E; 3CCM A; 3GBQ A; 4FSX A; 3LGL A; 3CCV A; 2QQB A; 1NM7 A; 3SEM A; 3CXC S; 3V7S A; 1K9M U; 1VQ4 A; 2D1X A; 4C0D B; 5CR2 A; 2DZC A; 1M9S A; 1UGS B; 5FRN A; 2YWW A; 4M77 F; 2QQ9 A; 4JRI A; 5CVI A; 4LN2 A; 2A28 A; 2KT8 A; 3CC2 A; 3T9N A; 1SRL A; 3EFO B; 4PJO B; 1VQP A; 2L2P A; 1Q7Y C; 1ZBX A; 1D09 B; 3LGF A; 3JRZ A; 3LX7 A; 1U06 A; 2VYT A; 3U23 A; 4AG2 C; 3BDL A; 3UDC A; 3CXC P; 3NTK A; 1IGU A; 2DVJ A; 1S72 Q; 4II1 A; 2CUB A; 1R77 A; 2VV5 A; 3CPW S; 4C5I A; 5GJW B; 1G3W A; 1LNX A; 1G8X A; 1OU8 A; 2NYS A; 4QQ6 A; 1X69 A; 1SHG A; 2RN8 A; 2DET A; 4NS5 A; 2AIR B; 1DJ7 B; 4VUB A; 4F7U F; 1KC8 R; 1AEY A; 5HY6 A; 1XJW B; 3M0R A; 3L2Q A; 3RR6 A; 2LMJ A; 3VRY A; 3CCU A; 1JJ2 S; 4F17 A; 2RPN A; 3PFS A; 3BDU A; 4MZP A; 4D6W A; 3CCE Q; 5J26 A; 2XIC A; 5L23 A; 3CPW P; 3OW2 P; 3CCV Q; 1VQO T; 2O9V A; 3RDV A; 5LJ3 e; 1VQM A; 3VUB A; 3A1P A; 2EQK A; 2CZ6 B; 1X75 C; 1VQ4 Q; 1VQ5 T; 3UA7 A; 1PC0 A; 1IGQ A; 2EQI A; 1PNJ A; 2BZX A; 2KAF A; 3FC3 A; 1K0S A; 3QUI A; 3LYI A; 4P5N A; 4J7F A; 3FB9 A; 1OV3 A; 3CC2 Q; 4XU2 A; 3QZ9 B; 1WXB A; 4AMC A; 4XU3 A; 4EDU A; 1JJ2 P; 1NE8 A; 1VQP Q; 3MO8 A; 2CH4 W; 1H64 1; 1WHJ A; 4RTV A; 3GPL A; 1QKX A; 4C8Q D; 1Q7Y U; 2HBW A; 4ESR A; 1NJI C; 3JCM V; 2JM9 A; 2EYW A; 1PD0 A; 2Y4X A; 3OSV A; 1UJ0 A; 2D9T A; 2KNB B; 3I56 A; 2DL3 A; 2K7A A; 2X3W D; 5GAM g; 4AFZ C; 5LJ3 d; 2QDL A; 4M4Z A; 3PE0 A; 1YJ9 Q; 4KT0 E; 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2RQV A; 1UG1 A; 5FU6 C; 2AZV A; 4E7S A; 1OPL A; 2FYK A; 1UHF A; 5GJV B; 1IHW A; 2FG0 A; 2HMA A; 3VV0 A; 4BY6 C; 1LJO A; 3UAT A; 1ZHI A; 4FT2 A; 5GAO q; 4FL6 A; 2CSI A; 2CYZ B; 1BK2 A; 4HCZ A; 3CCJ Q; 4HCC A; 5FU7 C; 4PJO F; 2HSE B; 4ZGE B; 2LP5 A; 3JB9 H; 2FO0 A; 1NG2 A; 1YJN Q; 3VS1 A; 1QWE A; 4IUU A; 3S6W A; 2EQM A; 4M7D A; 2RHZ A; 3CCL Q; 2KR3 A; 3S3O A; 1EZZ B; 3OSS C; 1ACM B; 1LPL A; 3TSZ A; 4J83 A; 2DL4 A; 4M7D G; 4C92 E; 3TCJ A; 1WHK A; 2BKD N; 2ZAE A; 1VQO A; 3JV3 A; 2QGF B; 3QO3 A; 5D6Y A; 2ROT A; 4C5H A; 4X1V A; 5CAI A; 3JCM b; 1VQ5 A; 3FIF A; 2EWN A; 2XU8 A; 1NPR A; 1N5Z A; 1W2B A; 3S3N A; 4O5V A; 2HQX A; 1SF9 A; 5M9O A; 4C92 D; 4E6R A; 3VU3 C; 3EG0 A; 2KDS A; 4M75 A; 1MMN A; 1UGR B; 2RI2 A; 1VQ9 A; 4JJN K; 4DOV A; 1RL2 A; 4M77 B; 3OYY A; 1IXD A; 4M75 G; 1BIA A; 2EW3 A; 3FJP A; 5GAO n; 2CZ0 B; 3CXC A; 1C1A A; 5D6W A; 4LXC A; 1ZX6 A; 2YXY A; 1N27 A; 4A4E A; 1KQS S; 1PKS A; 2V8J A; 4ELY C; 3P8B B; 2YUQ A; 4L6V 5; 5IHI A; 2LQ8 A; 4ZTF A; 3G6E T; 2DE0 X; 3KFV A; 3M0Q A; 3CME A; 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