The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
61
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structure length |
61
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Chain Sequence |
MGPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKLDSGTGKELVLALYDYQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The order of secondary structure elements does not determine the structure of a protein but does affect its folding kinetics.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
ALPHA-SPECTRIN
|
| source organism |
Gallus gallus
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| molecule tags |
Cytoskeleton
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| total genus |
10
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| structure length |
61
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| sequence length |
61
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1996-02-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2CSQ A; 3M0P A; 2YT6 A; 1AWX A; 3I5S A; 2V1R A; 3C0C A; 3M0T A; 1WXU A; 2GTJ A; 2DVJ A; 2KT8 A; 4Y92 A; 1QWF A; 4RTU A; 2ESW A; 1AZG B; 1K9A A; 4Z89 A; 2OAW A; 1PKT A; 2DNU A; 2W10 A; 1X27 A; 2GBQ A; 4LUD A; 1I1J A; 4OMP A; 2LZ6 B; 5FWC A; 1PHT A; 2DMO A; 1HJD A; 2L0A A; 1SHF A; 4RTY A; 1QLY A; 2C0I A; 1YN8 A; 5L23 A; 1X2K A; 3EGU A; 3GBQ A; 1WXB A; 2GTO A; 3H0H A; 1FYN A; 5FW9 A; 3ZL7 C; 1VYU A; 2JW4 A; 2KBT A; 1UG1 A; 2J05 A; 2K3B A; 1EFN A; 1GCQ C; 1WDX A; 1ZX6 A; 1TG0 A; 4LUE A; 2AKK A; 1GBR A; 1SRL A; 3R6N A; 2IIM A; 1H92 A; 3ULR B; 4D8D A; 2CDT A; 2EQI A; 2X3W D; 2YUO A; 4JJD A; 3U23 A; 1B3Q A; 1OPL A; 2JM8 A; 4J9F A; 1X6B A; 2DA9 A; 2F2W A; 1OEB A; 2P4R A; 5I11 A; 4AG2 C; 1ABQ A; 1WYX A; 4OMO A; 1UUE A; 3UA7 A; 1BK2 A; 4WCI A; 3EG0 A; 4F16 A; 2SEM A; 4DEY A; 2EYZ A; 1UFF A; 1ZUK A; 1PKS A; 1X43 A; 4DEX A; 1GL5 A; 4RTT A; 1JXM A; 2LMJ A; 4ORZ A; 1G2B A; 1X69 A; 1AWO A; 2ECZ A; 4AFQ C; 3H0I A; 4J9E A; 3TVT A; 2JS0 A; 2YSQ A; 2CUB A; 1UTI A; 2KRO A; 4J9I A; 4Z8A A; 5ECA A; 4D8K A; 1OV3 A; 1XOV A; 2J6F A; 2RQT A; 1AWJ A; 2KYM A; 1M30 A; 4EIK A; 3VRZ A; 1M3A A; 2ABL A; 2CT3 A; 2L3P A; 2XMF A; 3VS2 A; 4JPB W; 1JU5 C; 5IH2 A; 4HCK A; 3NHN A; 4HVW A; 4RTZ A; 1RUW A; 1K0S A; 1FMK A; 1YCS B; 5IHN A; 1K4U S; 2DJQ A; 1MV0 B; 1JO8 A; 4JJB A; 2RNA A; 4ESR A; 1S1N A; 2EGC A; 1Z9Q A; 4OML A; 1Z9Z A; 2DRM A; 1U5S A; 4CC3 A; 2CSI A; 5GJV B; 2E5K A; 2NWM A; 1UEC A; 1KJW A; 2EGA A; 1WFW A; 2JTE A; 1NYF A; 2F2X A; 5IHK A; 1M8M A; 1QKX A; 1QKW A; 1PRL C; 3EHQ A; 2RQV A; 4LE9 A; 1PNJ A; 2J06 A; 3TSW A; 2KGT A; 3I35 A; 2L3Q A; 4R0K A; 1NM7 A; 4J9D A; 1M27 C; 2O9S A; 3I5R A; 4JZ3 A; 2AZV A; 4JZ4 A; 1JEG A; 2J7I A; 3A98 A; 1AD5 A; 1AEY A; 1AOJ A; 4RTX A; 4KRT A; 1T0H A; 2PTK A; 2ENM A; 1W1F A; 2RQU A; 2RMO A; 2MIO A; 5IXF A; 2AKL A; 3SHW A; 2D8J A; 1QCF A; 1E6H A; 1OPK A; 2FPF A; 1GBQ A; 3NMZ C; 1JQQ A; 3I9Q A; 2RQW A; 1A0N B; 1WA7 A; 1K76 A; 1GCQ A; 2KNB B; 2KXD A; 4IIM A; 2D1X A; 1B07 A; 3M0S A; 2A37 A; 2DL8 A; 2M0Y A; 1YWO A; 2DBM A; 4LNP A; 3REB B; 2HEQ A; 2VKN A; 2LCS A; 1WIE A; 1HD3 A; 4CC7 A; 2C0T A; 4AFU C; 3VS4 A; 4M4Z A; 3EG3 A; 1NEG A; 1UDL A; 2A28 A; 1WLP B; 1BB9 A; 2KE9 A; 2ROT A; 5IHI A; 1NLO C; 2I0N A; 1JXO A; 4F17 A; 1H8K A; 4IIO A; 3EHR A; 1TUD A; 3CQT A; 1H3H A; 2JM9 A; 3PVQ A; 2JT4 A; 2LQW A; 2KXC A; 1ZUY A; 3KFV A; 2AZS A; 2HCK A; 2EPD A; 2KR3 A; 2EW3 A; 2B86 A; 2ED1 A; 2DBK A; 3RBB B; 1WX6 A; 2FRY A; 1IO6 A; 2GQI A; 1K1Z A; 1I0C A; 2GNC A; 1SRM A; 4HVV A; 2EGE A; 2A08 A; 1BBZ A; 1CSK A; 2DL3 A; 2EYY A; 2KT1 A; 4AFZ C; 1KSW A; 2DM1 A; 2YUQ A; 2K9G A; 1I07 A; 2DL7 A; 4GLM A; 3VS3 A; 4E6R A; 5IXB A; 2DYB A; 2KEA A; 2O31 A; 1PWT A; 3M0R A; 2K2M A; 2W0Z A; 5GJW B; 2HSP A; 2K6D A; 2K79 A; 3QWX X; 2MCN A; 3O5Z A; 1GRI A; 2LJ0 A; 1UHF A; 2YDL A; 1K0X A; 1AVZ C; 2K7A A; 3VS1 A; 2EYX A; 5HCK A; 1UHC A; 1ARK A; 1ZSG A; 2HDA A; 4LN2 A; 2BZ8 A; 4X1V A; 1NLP C; 1PRM C; 3EG2 A; 4J9H A; 1LCK A; 2BZY A; 1QWE A; 2A36 A; 4A63 B; 1E7O A; 2AK5 A; 2RF0 A; 1UGV A; 3NPF A; 1X6G A; 2RQR A; 4RTW A; 1YP5 A; 2X3X D; 2H8H A; 2O88 A; 2LNH B; 1CKA A; 4HXJ A; 1MUZ A; 2PNI A; 2O9V A; 1NG2 A; 1CKB A; 1UJ0 A; 3THK A; 2CH4 A; 2L2P A; 2BTT A; 2KRM A; 1RLP C; 1UE9 A; 1WXT A; 4RUG A; 3IQL A; 2OJ2 A; 2F2V A; 2DIL A; 2LJ1 A; 1ZBJ A; 3LH5 A; 1J3T A; 2EBP A; 2DRK A; 2YUP A; 2JMA A; 3M0Q A; 2DE0 X; 3VS5 A; 2FO0 A; 2FEI A; 3VS0 A; 3TSZ A; 1W70 A; 1GFC A; 2J6K A; 3UF4 A; 1E6G A; 1YWP A; 2VVK A; 1M3C A; 4ZNX A; 4HVU A; 1SSH A; 3FJ5 A; 5FWB A; 1X2Q A; 2CRE A; 2J6O A; 2LX7 A; 1V1C A; 4OMM A; 1NYG A; 1NEB A; 2DLP A; 3JV3 A; 4OMN A; 3RNJ A; 3PE0 A; 2YUN A; 4J9B A; 1T3S A; 1BU1 A; 2LQN A; 3H41 A; 5I22 A; 2DL4 A; 2GGR A; 3EG1 A; 1VYT A; 3H0F A; 1M3B A; 2RN8 A; 2CT4 A; 2LP5 A; 2JMC A; 1N5Z A; 1ZUU A; 4AG1 C; 1AZE A; 3VRY A; 2EYW A; 2FPD A; 2G6F X; 2KRS A; 2O2O A; 3VS6 A; 4CC2 A; 4GBQ A; 3QWY A; 1Y57 A; 2DL5 A; 1HSQ A; 4JJC A; 2EKH A; 1KIK A; 2VWF A; 1T3L A; 4FSS A; 4RTV A; 2L3S A; 2JXB A; 1T0J A; 1ZLM A; 1UJY A; 1SHG A; 2DX1 A; 2JS2 A; 1U06 A; 4K11 A; 5EC7 A; 1RLQ C; 2V1Q A; 3PVL A; 1WI7 A; 2FRW A; 1TUC A; 3UA6 A; 2CH4 W; 2LJ3 A; 1KFZ A; 1MV3 A; 2FPE A; 2OI3 A; 4CC4 B; 2DF6 A; 1G83 A; 1VA7 A; 3M0U A; 1GCP A; 2NUZ A; 1AWW A; 1SPK A; 2D0N A; 1W6X A; 1U3O A; 2MOX A; 1YNZ A; 2FG0 A; 3SEM A; 3UAT A; 2QDL A; 4Z88 A; 4QT7 A; 2SRC A; 4AFS C; 2ED0 A; 4OMQ A; 1RI9 A; 2C0O A; 2CUD A; 2RPN A; 2ROL A; 2KYB A; 4J9C A; 2D8H A; 1GFD A; 2EVR A; 1SEM A; 3NGP A; 1ABO A; 3VS7 A; 3REA B; 4J9G A; 1Y0M A; 2PZ1 A; 2BZX A; 2KRN A; 4F14 A; 2HBW A; 1OOT A; 2M51 A; 1VYV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4Z02 A; 1BI3 A; 1X75 C; 1C6V X; 1ACM B; 3VKI A; 3C0C A; 3M59 A; 2DYI A; 1YJW A; 2Y90 A; 3PIO A; 1KC8 R; 4BUG A; 1AZG B; 2LCL A; 1K9A A; 4C8Q B; 2DNU A; 3INZ A; 2VXE A; 3Q1J A; 1B7T A; 2OTJ T; 2LZ6 B; 3CCV T; 2ZPB B; 4XAX B; 1G5V A; 3E19 A; 5KE2 A; 2R5A A; 4F7U A; 1NJI C; 2C0I A; 1KD1 C; 1N8R R; 5KYX A; 2L8D A; 3CC2 Q; 1FYN A; 5FW9 A; 4Y91 A; 2ZGW A; 3NFC A; 3M4Y A; 2XID A; 4FYV B; 1EFN A; 3QYH B; 1GCQ C; 3OS0 A; 3CCQ Q; 2F69 A; 4M7D A; 2R5M A; 1GBR A; 2OTJ A; 2KMT A; 1SRL A; 2NLU A; 3CCV A; 1QVF A; 4D8D A; 3C12 A; 3JB9 J; 4UC4 A; 2EQI A; 4JJD A; 5HK3 A; 1VQP Q; 1B3Q A; 4KGV B; 4P5N A; 1M90 U; 1QVF P; 1OPL A; 1K73 C; 4ATO A; 4DBR A; 3M9Q A; 3L2Z A; 1S72 T; 1ABQ A; 5GAO r; 3JB9 F; 2QXF A; 2VV5 A; 5I2M A; 4DQ2 A; 1WGS A; 1TOV A; 2SEM A; 4DEY A; 1D0Z A; 2EYZ A; 1B34 B; 1X43 A; 4PLI A; 3RUX A; 1GL5 A; 1JXM A; 1D09 B; 4ORZ A; 1V76 A; 1Q86 R; 5M9O A; 4J9I A; 5D7U A; 3E1S A; 4M78 F; 2CZ0 B; 4OB3 B; 1WPY A; 2RQT A; 3HRT A; 4M75 G; 4MDX A; 2P84 A; 4M7A C; 2CT3 A; 5L8R E; 5FRO A; 4ZGE B; 4LDW A; 3LYI A; 1TXQ A; 1WHH A; 4C92 F; 4JPB W; 1JU5 C; 1RUW A; 3CXC A; 7AT1 B; 1FMK A; 1YCS B; 5IHN A; 1K4U S; 2XIC A; 1JO8 A; 1QVG A; 4JJB A; 4ESR A; 3MHX A; 2PVO B; 1Z9Q A; 3FB9 A; 3CXC P; 2MAM A; 1Z9Z A; 3JCM W; 4OVA A; 2E5K A; 2NWM A; 4XU2 A; 1QVG P; 1M8V A; 1FX7 A; 2HQH A; 1WFW A; 3G71 Q; 4BE1 A; 2X4W A; 1Q7Y C; 1WQ7 A; 4MML A; 2DZ9 A; 2K3X A; 2ZPE B; 3CC4 Q; 4RG2 A; 1WHG A; 4M75 E; 2HQX A; 4A4H A; 2KGT A; 1BKB A; 1KHI A; 2L3Q A; 4M77 C; 2XD0 A; 3C94 A; 5FLX E; 1NM7 A; 4BD3 A; 2H3E B; 1VOM A; 1WQW A; 4PJO F; 4JZ3 A; 4BDY A; 2XDB A; 1JEG A; 3GOX A; 1I81 A; 2LX9 A; 3CCE T; 5CO7 A; 4C8Q G; 4PJO C; 1BIA A; 2PTK A; 3GIB A; 1IRX A; 4MZP A; 2DEQ A; 3CCR Q; 1K8A U; 2K5F A; 4L59 A; 1QCF A; 2E3H A; 1OPK A; 1UGQ B; 1WHL A; 1P92 A; 1GBQ A; 1YJ9 T; 3NMZ C; 3X26 B; 2C06 A; 2RQW A; 1Y7X A; 1QQJ A; 4IIM A; 2D1X A; 1B07 A; 3CCE A; 3M0S A; 3OYK A; 1YCY A; 2L3R A; 3H6Z A; 3SDZ A; 2DBM A; 2HEQ A; 2VKN A; 3EAE A; 3CC2 T; 2C0T A; 2NUT B; 4AFU C; 2QI2 A; 1IRE B; 5LJ5 f; 2CGH A; 2EJ9 A; 1NLO C; 1JXO A; 2DXB A; 1YJ9 A; 1H3H A; 4C8Q E; 4E7Z A; 3CCQ T; 1VQ4 Q; 2JT4 A; 1WJS A; 1ZUY A; 3KFV A; 2KR3 A; 1D0Y A; 5GAO q; 2DBK A; 1JBM A; 3CEY A; 1I0C A; 1UGR B; 2V26 A; 2DET A; 3OSS C; 3SWN C; 3CC2 A; 5HK0 A; 1MHN A; 1KSW A; 1F1B B; 2X4J A; 1R0B G; 3CME Q; 2P0P A; 2ZAE A; 4GLM A; 2DL7 A; 3VS3 A; 4E6R A; 4MZM A; 2XG8 D; 5GJW B; 3CCQ A; 1AHJ B; 5KYY A; 1QVP A; 1M2V A; 2E5Q A; 3L2V A; 2EQJ A; 2MF2 A; 2K7A A; 3VS1 A; 4M7A B; 4OGC A; 1HXD A; 4HA8 A; 4J7I A; 1ZSG A; 2HDA A; 4LN2 A; 4AT1 B; 1VQP A; 2OAU A; 3JCM V; 2VB6 A; 2XKO C; 1BI0 A; 3QZ5 B; 4XTU A; 2O4X B; 3FRN A; 2BZY A; 1TWB A; 4A63 B; 2KSS A; 2RF0 A; 2ZPF B; 1X6G A; 4PK4 A; 2EJG A; 4RTW A; 4KH1 B; 2LRQ A; 2X3X D; 4F7U F; 4XK8 E; 3CD6 Q; 3UWN A; 1K9M R; 3P8D A; 2NYS A; 3C4S A; 4GY5 A; 4ME7 A; 3J80 E; 1TTH B; 1CKB A; 5GAN 4; 1UB4 A; 2BTT A; 4QVD A; 1WXT A; 5I2S A; 2DIL A; 1I5O B; 3LH5 A; 3M5A A; 2RHU A; 4BE2 A; 4M7D F; 3V7R A; 3P8B B; 3M0Q A; 3G71 T; 3RDV A; 2QA4 Q; 1XNI A; 3VS5 A; 3OYI A; 4PLL A; 4ZTJ A; 1W4S A; 1PD1 A; 2HL5 C; 1YWP A; 4HVU A; 3CC4 T; 1X2Q A; 1RL2 A; 4OMN A; 3RNJ A; 2LQ8 A; 1T3S A; 2X4Y A; 5HY6 A; 1GXI E; 3H41 A; 2JVV A; 2GGR A; 4KH0 B; 3H0F A; 4BI3 A; 3QO3 A; 1UGP B; 3G71 A; 2FB7 A; 1TH7 A; 3X25 B; 4BE0 A; 2LQK A; 3X28 B; 1N5Z A; 1ZUU A; 2FZC B; 4KUD K; 1Q81 U; 1YJW Q; 1R0C B; 3HP9 A; 2FZG B; 2FPD A; 1Q82 R; 1VQK Q; 2QGF B; 5AT1 B; 4A53 A; 3CXC S; 3JCM h; 3S3M A; 3CC4 A; 1QVG S; 1IXD A; 1G3T A; 4GBQ A; 1WHM A; 4TVR A; 2VWF A; 4FSS A; 2ZPI B; 2L3S A; 3OQ5 A; 4LD9 K; 1JJ2 S; 1WJQ A; 3RER A; 5EC7 A; 2L89 A; 3M57 A; 2HBP A; 2XHC A; 1MV3 A; 2OI3 A; 2K57 A; 4XTW A; 1VA7 A; 4L5G A; 1AWW A; 2FHD A; 1SPK A; 4M78 A; 1N9R A; 1M1K U; 1YNZ A; 4A54 A; 3OYH A; 3M53 A; 2H3J A; 3UAT A; 4QT7 A; 4IUR A; 3S3N A; 4OMQ A; 1RI9 A; 2CUD A; 2RPN A; 3JCM X; 3OYA A; 1GFD A; 2BE9 B; 2EVR A; 3LLR A; 1BYM A; 1ZA2 B; 4C92 A; 3QDR B; 3FC3 A; 2M9U A; 3REA B; 2QQA A; 2PZ1 A; 3OMC A; 1KC8 U; 4FT4 A; 3MP8 A; 2CZ7 B; 3A8M B; 3M0T A; 2DD4 A; 1O75 A; 3LX7 A; 3CME T; 2COW A; 2KT8 A; 4M7A G; 3I56 Q; 4RTU A; 2ESW A; 2EQM A; 5GAM h; 3G4S T; 5GAO p; 1N8R U; 3VUB A; 2DO3 A; 3ZEH A; 2EAY A; 2JTM A; 4JLI A; 2VXF A; 3PFS A; 2RHZ A; 3R6O A; 5FU6 B; 5FWC A; 1S72 Q; 5KYU A; 2DMO A; 2DXU A; 1HJD A; 4PKC C; 1QLY A; 1D0X A; 1RAA B; 1YN8 A; 2DPP B; 3LH0 A; 4X9D A; 4C5G A; 3EGU A; 1WXB A; 3QHS A; 3H0H A; 4LDU A; 3ZL7 C; 3CME A; 1OX8 A; 1QP2 A; 2YLB A; 2JW4 A; 1YFN A; 1UG1 A; 2J05 A; 3G4S A; 2QG9 B; 1WDX A; 3CD6 T; 2AHJ B; 1ZX6 A; 1TG0 A; 1M5Q 1; 4EPC A; 5C0M A; 5LJ3 h; 3RMQ A; 3JCM P; 1H92 A; 1ZQ1 A; 2LNV A; 3L2U A; 3ULR B; 3DLM A; 4IUU A; 4M7A E; 2YUO A; 5DM7 R; 4E7S A; 4Q5W A; 2P4T A; 4IUQ A; 2DA9 A; 5J26 A; 2F2W A; 1Q86 U; 5I11 A; 1JB0 E; 4WCI A; 2CYZ B; 4C8Q D; 3QPH A; 4F16 A; 3CD6 A; 2LVM A; 3ZBD A; 4E7K A; 3DLL A; 1Q81 R; 1LVK A; 4DEX A; 2K5I A; 3QII A; 4HKE A; 2V8I A; 3TVT A; 2JS0 A; 4PJN A; 1UTI A; 4D8K A; 3G1J A; 3JCM d; 3EFO B; 2J6F A; 3JAM E; 2MYS A; 3NTI A; 4A4G A; 3VRZ A; 3CPW S; 3L2Q A; 4J5Y A; 2QTX A; 2QA4 A; 3V7C A; 1NZ9 A; 1VQK T; 4HCK A; 3EGX B; 5GMK i; 3A1P A; 5GAN 3; 2L5Q A; 4PJM A; 2DZC A; 2RO0 A; 2NUP B; 1NJI R; 1HYO A; 4M77 E; 2DJQ A; 1MV0 B; 1KD1 R; 4CC3 A; 2MWO A; 3SFM A; 1RI0 A; 4N4I A; 1QCO A; 2V8K A; 4FT2 A; 2X9H A; 2JTE A; 1QCN A; 5IHK A; 1QKW A; 2BUD A; 3EH2 A; 1PRL C; 3EHQ A; 1VQK A; 1NPR A; 1PD0 A; 2DTO A; 4BI8 B; 4QQ6 A; 1YJ9 Q; 5CQX A; 3OYJ A; 1Y96 A; 1NBE B; 2WSF E; 2RJC A; 2KI7 A; 3I55 Q; 4QW2 A; 2PUK B; 2QYZ A; 3I35 A; 2JNG A; 5EG2 A; 4F04 B; 4J9D A; 4PFZ A; 2O01 E; 5GAN h; 3BDL A; 2LC4 A; 2E41 A; 3I5R A; 5CK9 A; 2XK0 A; 1LPL A; 4JZ4 A; 5GAM d; 4JRQ A; 2D0Q B; 3A98 A; 1RAE B; 3V8L A; 2QEX Q; 1PCX A; 4BB7 A; 2RQU A; 2RMO A; 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