The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
60
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structure length |
60
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Chain Sequence |
RQGFVPAAYVKKLDSGTGKELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Cytoskeleton
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| source organism |
Gallus gallus
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| publication title |
The order of secondary structure elements does not determine the structure of a protein but does affect its folding kinetics.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
ALPHA-SPECTRIN
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| total genus |
11
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| structure length |
60
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| sequence length |
60
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1996-02-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4CC2 A; 3JV3 A; 1V1C A; 4LN2 A; 1S1N A; 1SSH A; 2GGR A; 2PTK A; 3IQL A; 2L0A A; 3VS1 A; 2J6F A; 4HVV A; 1X43 A; 1Y57 A; 2D8J A; 1AWX A; 1JO8 A; 2E5K A; 3M0T A; 1OOT A; 2H8H A; 3NMZ C; 1GFC A; 2EVR A; 2DX1 A; 1UG1 A; 2C0I A; 3QWX X; 2CDT A; 2ESW A; 1AWJ A; 1PRM C; 1YP5 A; 4RTV A; 2EYZ A; 4AFU C; 1T0H A; 1VYV A; 1BU1 A; 2KYB A; 4J9I A; 2A37 A; 3M0P A; 3M0S A; 1ZLM A; 2AK5 A; 1YCS B; 2KRN A; 1M30 A; 3VS2 A; 3EHR A; 3VRY A; 1UDL A; 2LQW A; 3H0I A; 1T3S A; 2RQR A; 3UA6 A; 2KR3 A; 4HCK A; 2V1Q A; 2DLP A; 2O9S A; 2O88 A; 1I1J A; 2A36 A; 1UJ0 A; 2DBK A; 4J9H A; 1X6G A; 1E7O A; 2KXD A; 3M0R A; 4IIM A; 3VRZ A; 2EKH A; 1RLP C; 1E6G A; 1MV3 A; 1SRL A; 2EGC A; 2ECZ A; 3KFV A; 2LJ1 A; 2D8H A; 1I0C A; 1WX6 A; 4D8D A; 4F16 A; 1WFW A; 2L3P A; 4J9E A; 1QKW A; 1HJD A; 2CUD A; 1BK2 A; 3RNJ A; 1NM7 A; 2LCS A; 1M3C A; 2J05 A; 5GJV B; 2KNB B; 1G83 A; 3NHN A; 3LH5 A; 4ZNX A; 2ED1 A; 2M51 A; 1JEG A; 1KFZ A; 1WDX A; 2JM8 A; 4ESR A; 2BZY A; 5EC7 A; 1TUD A; 2JXB A; 1AWW A; 3TSZ A; 4LE9 A; 1X27 A; 1A0N B; 1X6B A; 3NPF A; 3TVT A; 2GTJ A; 1KJW A; 4LUE A; 2GTO A; 2HEQ A; 1JXM A; 1RLQ C; 1I07 A; 1NLO C; 2GBQ A; 1WI7 A; 1KSW A; 1SEM A; 4RTT A; 2JMC A; 3RBB B; 3EG1 A; 1WIE A; 3O5Z A; 1H3H A; 2EGE A; 2FO0 A; 2KGT A; 4J9G A; 2KRO A; 1FMK A; 2K9G A; 1X2K A; 2J06 A; 3ULR B; 1ZBJ A; 3VS7 A; 2RQU A; 2DMO A; 2RPN A; 3PE0 A; 3I5R A; 4GLM A; 1ABO A; 1NLP C; 2DA9 A; 2JTE A; 1PNJ A; 1JU5 C; 2CSQ A; 4JJD A; 1M27 C; 2W0Z A; 2C0T A; 4ORZ A; 3TSW A; 3REA B; 2A08 A; 4OMM A; 4HVW A; 2FRW A; 2KXC A; 5FW9 A; 1W1F A; 2F2V A; 2JS0 A; 1J3T A; 4F14 A; 2MIO A; 4M4Z A; 1QLY A; 2DL8 A; 2FPD A; 2OJ2 A; 2FEI A; 2CH4 A; 1B07 A; 1AOJ A; 2MCN A; 1XOV A; 2KRS A; 1Z9Q A; 1RUW A; 1OPL A; 3SEM A; 4AFQ C; 4IIO A; 1VYU A; 1ZUY A; 3R6N A; 4X1V A; 4R0K A; 2LMJ A; 3FJ5 A; 1KIK A; 3VS4 A; 2YSQ A; 2ABL A; 3UAT A; 2FPF A; 1GCP A; 2HSP A; 1ARK A; 3C0C A; 2J7I A; 2ENM A; 1HD3 A; 4LNP A; 1WA7 A; 4JPB W; 2SRC A; 1K4U S; 2EW3 A; 2J6K A; 1AD5 A; 1HSQ A; 2JT4 A; 2DNU A; 3UF4 A; 2W10 A; 4JJB A; 2V1R A; 2LQN A; 4EIK A; 1UFF A; 4RTX A; 1ABQ A; 2NUZ A; 2FPE A; 2CSI A; 2EPD A; 5ECA A; 1GBR A; 1K1Z A; 2EQI A; 2KYM A; 3EGU A; 2BTT A; 3THK A; 2LP5 A; 5FWB A; 2VKN A; 4J9C A; 1H8K A; 1SRM A; 4AFZ C; 2D1X A; 2L2P A; 2L3Q A; 1T0J A; 2YUO A; 3H41 A; 1NYF A; 2EYW A; 3NGP A; 2K79 A; 1YNZ A; 2MOX A; 1N5Z A; 1MUZ A; 1K9A A; 1M8M A; 3H0H A; 4Z8A A; 4CC3 A; 2BZ8 A; 1EFN A; 1UTI A; 1PKS A; 2VVK A; 5I11 A; 2DL3 A; 1JQQ A; 1NEG A; 4HXJ A; 1MV0 B; 3VS3 A; 1UJY A; 1X2Q A; 1AWO A; 1PWT A; 2CRE A; 2X3X D; 1PHT A; 2O2O A; 2DF6 A; 1ZSG A; 2KT1 A; 5FWC A; 2EYX A; 2LZ6 B; 2K6D A; 3EG2 A; 2M0Y A; 4OML A; 5IXB A; 2KT8 A; 2QDL A; 2K3B A; 2KE9 A; 2OI3 A; 1H92 A; 4J9F A; 1OPK A; 4AFS C; 1GCQ C; 3VS5 A; 3PVL A; 3M0U A; 4RTU A; 1UGV A; 1TG0 A; 5IXF A; 3EHQ A; 2DM1 A; 2DRM A; 1GBQ A; 2D0N A; 4RTW A; 2AKK A; 2OAW A; 1WXT A; 1AZG B; 3I5S A; 4HVU A; 4F17 A; 2VWF A; 1ZUK A; 3EG0 A; 4Y92 A; 1YWO A; 2ED0 A; 4AG2 C; 5IH2 A; 4K11 A; 3I9Q A; 5I22 A; 1NYG A; 1BBZ A; 1QKX A; 1UE9 A; 1WXU A; 2YT6 A; 1ZUU A; 4DEY A; 2A28 A; 2DJQ A; 2I0N A; 1JXO A; 1QWF A; 3M0Q A; 1K76 A; 1WXB A; 1GRI A; 1RI9 A; 2DE0 X; 1Y0M A; 2RNA A; 1NEB A; 4AG1 C; 1ZX6 A; 2DL4 A; 2CT3 A; 1NG2 A; 1X69 A; 4RTZ A; 2LNH B; 2LJ3 A; 2DRK A; 2YUP A; 2EGA A; 4JJC A; 2P4R A; 1PKT A; 2BZX A; 5GJW B; 2RMO A; 1W6X A; 2LJ0 A; 1E6H A; 2ROL A; 1GCQ A; 1LCK A; 3SHW A; 4KRT A; 2RN8 A; 5HCK A; 2X3W D; 2DL7 A; 3PVQ A; 2AZS A; 1YN8 A; 2SEM A; 2LX7 A; 2O31 A; 2K2M A; 4FSS A; 2GQI A; 2AKL A; 1WYX A; 1VA7 A; 2RF0 A; 2EYY A; 2DBM A; 2KEA A; 4JZ3 A; 3EG3 A; 2CT4 A; 1W70 A; 1M3A A; 2O9V A; 2CH4 W; 2ROT A; 1GFD A; 2J6O A; 1UHC A; 2JW4 A; 2HBW A; 3ZL7 C; 2KBT A; 2K7A A; 3UA7 A; 5IHI A; 1SHF A; 2KRM A; 2JMA A; 4RTY A; 3H0F A; 1K0X A; 2FG0 A; 1WLP B; 1M3B A; 4JZ4 A; 4Z89 A; 1CSK A; 1OV3 A; 4QT7 A; 1B3Q A; 1QCF A; 1U5S A; 1T3L A; 1GL5 A; 1TUC A; 4OMO A; 1AEY A; 3QWY A; 1OEB A; 2HCK A; 4J9B A; 1CKA A; 1FYN A; 3VS6 A; 2G6F X; 2L3S A; 1SHG A; 4DEX A; 2JS2 A; 1UUE A; 4RUG A; 1IO6 A; 2EBP A; 2GNC A; 2PZ1 A; 2NWM A; 2DVJ A; 3VS0 A; 3REB B; 2PNI A; 2F2W A; 4OMQ A; 2JM9 A; 5IHN A; 2DL5 A; 1UEC A; 5IHK A; 4OMP A; 2CUB A; 2F2X A; 2FRY A; 1UHF A; 4GBQ A; 3GBQ A; 3U23 A; 1G2B A; 1YWP A; 4CC7 A; 4CC4 B; 4A63 B; 1AVZ C; 4J9D A; 1QWE A; 2YDL A; 1K0S A; 1BB9 A; 1PRL C; 1U3O A; 3I35 A; 1SPK A; 2IIM A; 1Z9Z A; 1U06 A; 4Z88 A; 2YUQ A; 3CQT A; 4E6R A; 1VYT A; 5L23 A; 2XMF A; 2DIL A; 2DYB A; 1AZE A; 2RQT A; 4D8K A; 1CKB A; 2RQV A; 2C0O A; 2B86 A; 2YUN A; 2RQW A; 3A98 A; 2AZV A; 2HDA A; 4OMN A; 4LUD A; 4WCI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CC2 A; 3JV3 A; 1UB4 A; 3HHT B; 1S1N A; 2GGR A; 4JDS A; 3IQL A; 4FIB A; 4C5G A; 2DTH A; 4HVV A; 3OBY A; 4IUR A; 5GMK e; 2XIC A; 1VQP T; 3JCM d; 1JJ2 S; 5CKF A; 2DX1 A; 4LDW A; 2WSF E; 3QWX X; 2CDT A; 4BE2 A; 1BU1 A; 3M0S A; 3CC4 Q; 2QK0 A; 4BDY A; 2YXY A; 2RHY A; 3VS2 A; 1TUG B; 2CGH A; 3EHR A; 1SKU B; 1FXX A; 4M75 D; 2LQW A; 3RKW A; 2KI7 A; 2VGM A; 1ZA1 B; 2OTL A; 3BDL A; 2KR3 A; 2CP7 A; 2JVV A; 5LJ5 h; 2O88 A; 2DBK A; 1RAF B; 2KXD A; 2OTJ Q; 4IIM A; 4M77 F; 3JCM c; 2BE9 B; 2JZ2 A; 1RLP C; 2ZPB B; 1HYO A; 1WFW A; 1TS9 A; 2DZ9 A; 4EMK A; 1NPR A; 3OSS C; 5LL6 S; 3RNJ A; 5KYY B; 9ATC B; 2L5Q A; 3NHN A; 2DXU A; 4C92 B; 1VQ4 Q; 3MCA B; 2XDD A; 1WDX A; 3TSZ A; 2XID A; 1M1K C; 2R5M A; 2FYK A; 1X27 A; 4M75 G; 1Q82 R; 1Y7X A; 2GTJ A; 2XKO C; 3CCQ T; 2GTO A; 3E1S A; 1O9S A; 4MZP A; 3OYI A; 1I07 A; 2EKO A; 4RTT A; 2CZ0 B; 2D9T A; 4QQD A; 2JMC A; 3RBB B; 1KQ1 A; 3OMG A; 4M75 C; 2LQ8 A; 3QDF A; 4MZT A; 4M75 E; 5LJ3 j; 3CCJ A; 2QI2 A; 3ULR B; 2E3H A; 3H9N A; 1BCO A; 4MML A; 2DMO A; 2RPN A; 2P0K A; 5GAN 2; 1ABO A; 3OYY A; 1WHH A; 1VQ9 T; 1IB8 A; 2W0Z A; 4ORZ A; 4E2F B; 1YJW A; 3HFO A; 2QA4 A; 1W2B S; 1Q95 G; 4ATO A; 2OAU A; 1RAD B; 5FW9 A; 1RAC B; 2F2V A; 1WHJ A; 2MIO A; 3CCM Q; 2RH2 A; 2DL8 A; 1YHQ A; 3OB9 A; 2M02 A; 4XU3 A; 3PIO A; 3M59 A; 2DJZ A; 1YIJ T; 3P8D A; 1Z9Q A; 3SEM A; 4AFQ C; 3JRZ A; 2QYZ A; 1K9M U; 1Q7Y U; 3RIR A; 4XAX B; 3R6N A; 3I56 Q; 4NL3 A; 1WJR A; 1M1K R; 1K73 C; 1YJ9 A; 4M7D D; 2MAM A; 1KIK A; 3VS4 A; 3L2U A; 2ABL A; 4IUT A; 3CXC P; 1GCP A; 3QDR B; 1IRE B; 3RUX A; 3PT9 A; 2RI2 A; 5GAN 5; 3V7S A; 4LNP A; 5IAY A; 1K4U S; 5AT1 B; 3QYG B; 1AD5 A; 2XK0 A; 3A1P A; 3JAM E; 4XU2 A; 1JB0 E; 4PLL A; 3A8M B; 4XTW A; 3QHS A; 2W10 A; 4JJB A; 1VQ6 A; 1UFF A; 5CIU A; 2NUZ A; 1XTD A; 2CSI A; 2CP6 A; 1BI0 A; 3GPL A; 2M1H A; 1KQS S; 4FYV B; 1MHN A; 2B8A A; 2KMT A; 3I55 A; 4KUI A; 3CCU T; 4J83 A; 1SRM A; 4M7D G; 4M75 F; 1UEB A; 1M1F A; 5LJ3 h; 4EPC A; 2K79 A; 2QA4 Q; 2FL7 A; 3E2U A; 5DLQ E; 4M7D C; 3H0H A; 2HNI A; 4CC3 A; 3OW2 S; 1K73 R; 5A2Q E; 4M7D E; 2X4J A; 1MMG A; 2EIF A; 1WHK A; 4QKU A; 1MV0 B; 5IN1 A; 2OX7 A; 3VS3 A; 4F7U G; 1UJY A; 2QEX Q; 1AWO A; 1PWT A; 2HD0 A; 1RAG B; 4B6M A; 4LDU A; 2DD4 A; 1KC8 C; 2X3X D; 3EH1 A; 2MWO A; 1YJ9 Q; 5FWC A; 4HT9 A; 2K6D A; 4OML A; 1SF9 A; 3FLG A; 3QII A; 1H92 A; 4BB7 A; 4NL2 A; 3M0U A; 4IKF A; 5GAN h; 1DJ7 B; 3EHQ A; 2PVO B; 2LCL A; 3ZFJ A; 1GBQ A; 2OAW A; 2EWN A; 3MET A; 4DBH A; 2MI6 A; 1ZUK A; 4C8Q D; 3HPW A; 3CPW P; 1IXD A; 1VQ6 Q; 2ED0 A; 3I9Q A; 2RK1 A; 1NYG A; 1WXU A; 1NE8 A; 3JCM f; 2R57 A; 4MDW A; 3EGD A; 2PUO B; 1JXO A; 2DAQ A; 1C0M A; 2ZPE B; 2LTO A; 2HQX A; 2JNG A; 3OYL A; 1NEB A; 1W4S A; 3AT1 B; 3G4S T; 2X51 A; 3EG9 A; 2CT3 A; 2NUT B; 1X69 A; 4ZN3 A; 2LNH B; 4F7U A; 3JSC A; 2EGA A; 5KCO A; 1WPY A; 4LDV A; 2EFI A; 3JB9 G; 2BZX A; 5GJW B; 2RMO A; 2LJ0 A; 2BKD N; 2RJF A; 3V7R A; 2EJG A; 3NTI A; 2RN8 A; 1I8F A; 2E65 A; 1NJI U; 4M7D F; 2LX7 A; 2HQE A; 1Q86 U; 1WYX A; 2QQS A; 2LC4 A; 5GAO p; 1H64 1; 4C8Q C; 2DBM A; 2KEA A; 4JJN K; 3UPU A; 2KSS A; 3EG3 A; 1W70 A; 4QVD A; 1X6O A; 4JUV A; 1C6V X; 4EMH A; 5CK9 A; 2HBW A; 1R0C B; 2EQM A; 2K7A A; 1M90 U; 3PGG A; 4PJO B; 4BE0 A; 5IHI A; 3OYN A; 1PM3 A; 1K0X A; 2FG0 A; 4PNO A; 1VQK T; 3QPH A; 1MMA A; 1OV3 A; 4QT7 A; 4A54 A; 2NLU A; 1U5S A; 2D6F A; 2E12 A; 1TUC A; 4OMO A; 1AEY A; 1RAB B; 3QWY A; 1OEB A; 4J9B A; 3CME A; 1CKA A; 1KD1 U; 4DEX A; 2GNC A; 3KXT A; 1VQP A; 2NWM A; 2DVJ A; 2DEQ A; 2F2W A; 1KQ2 A; 5IHN A; 2P0Q A; 3DLL A; 5FU6 C; 3CCS T; 1D1C A; 2YRC A; 3S3M A; 2F2X A; 1UHF A; 3GBQ A; 3U23 A; 2YLC A; 4CC7 A; 1ACM B; 4HT8 A; 2LDM A; 2V26 A; 3PFS A; 4A63 B; 3EFO A; 1B7T A; 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4ZNX A; 3CCL Q; 2F5T X; 3EFO B; 1KFZ A; 3MEW A; 2JXB A; 1AWW A; 3OW2 A; 3VV0 A; 3CBP A; 1VQ5 T; 1X6B A; 3EGX B; 3TVT A; 1WHL A; 5KYY A; 4LUE A; 3JCM V; 2CYZ B; 1N9R A; 2HEQ A; 1O75 A; 4LXC A; 1NLO C; 4C5E A; 1KHI A; 4R55 A; 5CKH A; 3O5Z A; 5GAO l; 3MPU B; 2MK5 A; 2FO0 A; 2KGT A; 2VB6 A; 2K9G A; 1ZBJ A; 2BUD A; 3SDZ A; 3OS1 A; 3PE0 A; 4FM4 B; 1YI2 T; 1NLP C; 2JTE A; 2K5I A; 2CSQ A; 1JU5 C; 2KVQ G; 2ZAE A; 2C0T A; 3TSW A; 3VYG A; 2A08 A; 4P5N A; 1QW1 A; 3D7S B; 1S72 T; 2KXC A; 3SB2 A; 2JS0 A; 1AHJ B; 1VQ9 Q; 1QLY A; 3HRS A; 2RHU A; 2ZPH B; 4C92 F; 1AOJ A; 4AT1 B; 2MCN A; 4EMK C; 3QYH B; 2KRS A; 2XI9 A; 4DOV A; 3WVD B; 2XDB A; 4XTV A; 2VXE A; 1YIJ Q; 2YSQ A; 4FW2 A; 2CP0 A; 1KG1 A; 1X75 C; 3CD6 T; 3LH0 A; 2XG8 D; 2J7I A; 3C0C A; 4PJM A; 5GAN g; 3VJP A; 3X28 B; 1PG5 B; 2EW3 A; 5LJ5 e; 4V2S A; 1HSQ A; 1JJ2 P; 4LDY A; 1R77 A; 3EFR A; 2R58 A; 2YRV A; 3UF4 A; 3FC3 A; 4A4H A; 2C06 A; 4EIK A; 4RKU E; 2EYQ A; 3MHX A; 1G3Y A; 1QCN A; 3HKS A; 3R6O A; 5A0G A; 5ECA A; 1OU9 A; 2M9U A; 4KGZ B; 2EQI A; 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