The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
60
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structure length |
60
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Chain Sequence |
b'RQGFVPAAYVKKLDSGTGKELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVN'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The order of secondary structure elements does not determine the structure of a protein but does affect its folding kinetics.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
ALPHA-SPECTRIN
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| source organism |
Gallus gallus
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| molecule tags |
Cytoskeleton
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| total genus |
11
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| structure length |
60
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| sequence length |
60
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1996-02-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1BB9 A; 2BTT A; 4F17 A; 4RTZ A; 2CT4 A; 2J6K A; 1N5Z A; 2LP5 A; 4WCI A; 5I11 A; 1SHF A; 2DM1 A; 4J9I A; 1YWO A; 2O2O A; 1T0H A; 2DA9 A; 2OI3 A; 3C0C A; 1CSK A; 3H0H A; 3RBB B; 4RTY A; 2EVR A; 2DE0 X; 4AG2 C; 2DL7 A; 2EKH A; 2K7A A; 4CC2 A; 1UDL A; 3REB B; 1UFF A; 2RQU A; 2BZX A; 1X6G A; 1QKX A; 2PZ1 A; 1TUC A; 2H8H A; 3M0U A; 2F2X A; 1OEB A; 1T3S A; 2ESW A; 1Y0M A; 2LMJ A; 3VRY A; 3ZL7 C; 3KFV A; 1ZUY A; 4F14 A; 1BBZ A; 3EHR A; 3FJ5 A; 2VKN A; 2KGT A; 1WA7 A; 1PWT A; 1CKB A; 2DL3 A; 1UG1 A; 2YUQ A; 4ORZ A; 1W1F A; 3ULR B; 1ZBJ A; 1SHG A; 2AKK A; 1ARK A; 1TG0 A; 2FPF A; 2G6F X; 4Y92 A; 5FWB A; 1HJD A; 2KXC A; 4Z89 A; 1H3H A; 3QWX X; 5FWC A; 1E7O A; 4HXJ A; 1VYV A; 2YUO A; 4JJB A; 2YT6 A; 1PKT A; 1RLQ C; 1S1N A; 2LJ0 A; 2D1X A; 1ZUU A; 3TVT A; 2AKL A; 1OPL A; 4D8D A; 2K3B A; 2E5K A; 2MIO A; 2DRK A; 5GJV B; 1NYG A; 1KIK A; 1WDX A; 2KNB B; 1X27 A; 2AK5 A; 2JS2 A; 2K6D A; 2RN8 A; 2RMO A; 2DF6 A; 1NEB A; 2LQW A; 2B86 A; 3I5S A; 1K1Z A; 1W70 A; 2DL5 A; 1AZG B; 2MCN A; 2XMF A; 2CUD A; 2D8J A; 2KRS A; 2JMA A; 2QDL A; 1KJW A; 4LNP A; 1OPK A; 3VS1 A; 4J9B A; 1AD5 A; 4Z88 A; 3H0I A; 2O9S A; 1RLP C; 2OAW A; 2EYY A; 4AFS C; 1SRL A; 5GJW B; 4E6R A; 1A0N B; 1Z9Q A; 1E6G A; 4J9D A; 1M3B A; 1EFN A; 1OOT A; 1NLP C; 3VRZ A; 1AZE A; 1HSQ A; 2PNI A; 2KRN A; 2ROL A; 1UUE A; 2YDL A; 4RTW A; 2CT3 A; 4DEX A; 1AWJ A; 1WYX A; 2LQN A; 1U5S A; 2JM9 A; 5IH2 A; 2L3Q A; 1NYF A; 2GNC A; 4JZ4 A; 2AZV A; 2GBQ A; 1ZUK A; 5I22 A; 1PRM C; 1VYT A; 2M0Y A; 2DYB A; 2O88 A; 1WI7 A; 1MV0 B; 4K11 A; 1J3T A; 4D8K A; 2DJQ A; 1AWO A; 5IXB A; 4OMO A; 2L2P A; 3EGU A; 2A28 A; 1H8K A; 2ECZ A; 2W10 A; 2DMO A; 4LN2 A; 2J7I A; 1QWE A; 2X3X D; 4DEY A; 1U3O A; 2ED1 A; 4J9F A; 1ZX6 A; 1JQQ A; 3VS4 A; 3M0P A; 1QKW A; 3R6N A; 1K0S A; 1XOV A; 1G2B A; 2JS0 A; 2CUB A; 2C0T A; 2JTE A; 2NUZ A; 1PKS A; 2RPN A; 1Y57 A; 2GTJ A; 1YNZ A; 1IO6 A; 2GTO A; 4JJC A; 2DNU A; 3PE0 A; 3LH5 A; 2J6F A; 3UA6 A; 1KFZ A; 1NEG A; 1X2Q A; 2X3W D; 4FSS A; 2FPE A; 3SHW A; 2GQI A; 1UEC A; 1AWW A; 1CKA A; 2I0N A; 4JJD A; 1GBQ A; 3UAT A; 2DX1 A; 4CC4 B; 3H41 A; 1WIE A; 4Z8A A; 2NWM A; 3A98 A; 1WFW A; 1RI9 A; 3M0S A; 2LCS A; 2A36 A; 4OMN A; 3CQT A; 1SSH A; 2DRM A; 1JXM A; 3NPF A; 1NM7 A; 3VS2 A; 2DBK A; 1BU1 A; 2ABL A; 1GFD A; 2FRW A; 5IXF A; 1QCF A; 2EQI A; 4AFQ C; 4AFU C; 2EYW A; 1GCQ C; 2ED0 A; 1W6X A; 3VS0 A; 2KEA A; 1WXB A; 2J05 A; 2LZ6 B; 2FO0 A; 1YP5 A; 2DL4 A; 1M27 C; 4LUD A; 3O5Z A; 2YUP A; 1K9A A; 3QWY A; 3EG0 A; 1G83 A; 1V1C A; 1ZLM A; 4RTX A; 1AOJ A; 1GFC A; 1I07 A; 4HVW A; 4QT7 A; 2BZY A; 5HCK A; 2OJ2 A; 3VS6 A; 2O9V A; 3GBQ A; 4X1V A; 4ESR A; 4J9G A; 2O31 A; 2RQT A; 2DL8 A; 2AZS A; 2HCK A; 1E6H A; 2HSP A; 2J6O A; 1X43 A; 1UJY A; 4RTU A; 2EPD A; 1JEG A; 1OV3 A; 3PVQ A; 5FW9 A; 1LCK A; 2HBW A; 1X6B A; 1UTI A; 1WLP B; 2DVJ A; 3TSW A; 1B07 A; 1AEY A; 1KSW A; 2CH4 A; 1M3A A; 4AG1 C; 2C0I A; 1UHF A; 2F2W A; 4M4Z A; 3VS3 A; 4J9H A; 2EYX A; 2FG0 A; 2DIL A; 2BZ8 A; 1Z9Z A; 4A63 B; 2JW4 A; 1WXU A; 1JXO A; 4GBQ A; 1T0J A; 1M30 A; 2HEQ A; 1FYN A; 1MV3 A; 2EYZ A; 2EGE A; 3NHN A; 3I35 A; 3H0F A; 2V1R A; 2P4R A; 2LX7 A; 4ZNX A; 3PVL A; 5EC7 A; 1K4U S; 5ECA A; 1YN8 A; 2EGC A; 2CSI A; 3I5R A; 1SPK A; 3IQL A; 3M0T A; 4J9C A; 4LE9 A; 2EGA A; 1MUZ A; 2D8H A; 1WX6 A; 2KT8 A; 1M8M A; 2SEM A; 2MOX A; 1GL5 A; 1K0X A; 4GLM A; 1WXT A; 3I9Q A; 1UE9 A; 4RUG A; 2K2M A; 4AFZ C; 4HVU A; 2A37 A; 3JV3 A; 4OML A; 3SEM A; 2V1Q A; 1GRI A; 1SRM A; 2RQV A; 1HD3 A; 4RTV A; 1SEM A; 5IHN A; 3EHQ A; 4RTT A; 3UF4 A; 2GGR A; 1ZSG A; 2K79 A; 2KYM A; 4OMP A; 2L3P A; 2YSQ A; 2RNA A; 2KYB A; 4KRT A; 1I1J A; 1ABO A; 1T3L A; 2CSQ A; 2JMC A; 3VS7 A; 4EIK A; 3RNJ A; 2KE9 A; 2IIM A; 3U23 A; 1X69 A; 2FRY A; 2RQW A; 1U06 A; 2VWF A; 3REA B; 4R0K A; 5IHK A; 2C0O A; 4J9E A; 2M51 A; 2KRO A; 1GCP A; 1B3Q A; 1NLO C; 1VYU A; 2JM8 A; 1RUW A; 2SRC A; 1TUD A; 2RF0 A; 4HCK A; 1QWF A; 2KRM A; 2FPD A; 4CC3 A; 2EBP A; 2PTK A; 1UJ0 A; 2HDA A; 2J06 A; 2CDT A; 2A08 A; 3TSZ A; 1AWX A; 2RQR A; 1UGV A; 4OMM A; 2CH4 W; 1JU5 C; 1VA7 A; 1I0C A; 4IIO A; 2VVK A; 4IIM A; 2LNH B; 2KXD A; 3EG2 A; 1YWP A; 3M0R A; 2JXB A; 1GBR A; 2EW3 A; 3M0Q A; 1GCQ A; 1K76 A; 4CC7 A; 4LUE A; 1X2K A; 2ROT A; 4JPB W; 1UHC A; 2D0N A; 1JO8 A; 2ENM A; 1NG2 A; 2KBT A; 1ABQ A; 1FMK A; 2LJ3 A; 4OMQ A; 1BK2 A; 1PRL C; 1QLY A; 2KT1 A; 2JT4 A; 1PNJ A; 5IHI A; 3VS5 A; 2DLP A; 1M3C A; 1YCS B; 2K9G A; 2FEI A; 4HVV A; 4JZ3 A; 3NGP A; 2CRE A; 2DBM A; 2F2V A; 3EG1 A; 5L23 A; 2KR3 A; 2L3S A; 4F16 A; 2W0Z A; 3UA7 A; 1H92 A; 2YUN A; 3EG3 A; 3THK A; 1PHT A; 1AVZ C; 3NMZ C; 2LJ1 A; 2L0A A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RMQ A; 4RTZ A; 4C92 A; 2IPO B; 2EQM A; 2LP5 A; 4WCI A; 1RAI B; 2DM1 A; 3CMA T; 2O2O A; 1T0H A; 3CCM Q; 2QQB A; 3C0C A; 1CSK A; 1SKU B; 3H0H A; 4BI8 B; 1JRI A; 2CZ0 B; 2DE0 X; 4O5V A; 1Q82 C; 2E70 A; 2KK4 A; 3LLR A; 5GAM h; 4CC2 A; 4M7D B; 4F7U A; 1I5O B; 1H3Z A; 4QVC A; 5DY9 A; 3OSS C; 1X6G A; 3L2Q A; 1VQ7 Q; 1TUC A; 2RJF A; 2H8H A; 1WGS A; 3SB2 A; 2L89 A; 1G3T A; 1W4S A; 4FW1 A; 4L5G A; 2LMJ A; 1ZUY A; 1BBZ A; 3EHR A; 4PJO B; 3FJ5 A; 1N6A A; 3V8K A; 2VGN A; 5FU6 C; 1WA7 A; 1CKB A; 2DL3 A; 4FYW B; 1OUL A; 1D3B A; 4HCZ A; 4ORZ A; 2K3X A; 1ZBJ A; 3CCM A; 3CXC A; 2OAU A; 3CD6 Q; 1ARK A; 2FPF A; 2O4X B; 3V8L A; 4C5G A; 1HJD A; 3CPW P; 4RG8 A; 4Z89 A; 3QWX X; 3L2R A; 5FWC A; 2P0P A; 1E7O A; 5LJ3 d; 1Q7Y R; 3A8L B; 2LX9 A; 7AT1 B; 1VQ7 A; 3CBO A; 1KD1 U; 2E3H A; 5KCO A; 3SDZ A; 3EFS A; 1HXD A; 1ZUU A; 2M1H A; 2Y4X A; 3MJX A; 2K3B A; 2MIO A; 1JBM A; 1WDX A; 3OS1 A; 3QDF A; 1X27 A; 2JS2 A; 1ZSZ A; 3HSB A; 2VUB A; 2DF6 A; 1K1Z A; 3EGX B; 3HRU A; 2DL5 A; 1C6V X; 3G6E Q; 1O75 A; 3PFS A; 2KRS A; 3TU4 K; 3CD6 A; 2QDL A; 5FU7 C; 3DLM A; 2RJC A; 3VS1 A; 2QDY B; 4J9B A; 2LCC A; 4QQ6 A; 2M16 A; 4Z88 A; 3OYC A; 1G3S A; 3CCQ A; 2OAW A; 3OBW A; 1QVG A; 2GF7 A; 2R58 A; 2EQU A; 2V8J A; 1RAF B; 1WPY A; 1EFN A; 1M1K R; 5GAN h; 3QBY A; 2PNI A; 4J8O A; 2ROL A; 4BE0 A; 5FLX E; 4C92 B; 1AWJ A; 3GIB A; 3G6E A; 5GAM j; 3VUZ A; 4PJN A; 2KQW A; 3CCU Q; 2GNC A; 3QII A; 3JB9 F; 1M8V A; 3ZBD A; 1ZUK A; 4A53 A; 1K73 C; 1HK9 A; 3JB9 G; 1WI7 A; 2CYZ B; 2E3I A; 1J3T A; 1AWO A; 4XQ3 A; 5IXB A; 2ECZ A; 4XTV A; 3M4G A; 1BI0 A; 1BKB A; 3OSV A; 4JDS A; 3HP9 A; 4DEY A; 3I55 T; 4A4F A; 1K9M U; 1UGP B; 3EG9 A; 2IG0 A; 1C0M A; 3VS4 A; 3M0P A; 3KBG A; 3QDR B; 1VQK Q; 1XOV A; 2EAY A; 2C0T A; 4E47 A; 3CCR T; 3O8V A; 2AT1 B; 2DAQ A; 5KYY A; 3M59 A; 1P92 A; 4M78 C; 3CCU A; 2E65 A; 2GTJ A; 1IO6 A; 4PJO F; 5LJ3 e; 1VQ8 T; 2J6F A; 1NEG A; 2PUK B; 4IUV A; 4PJO G; 4OB2 B; 4FSS A; 2GQI A; 2F1L A; 4P5N A; 4KH0 B; 2YXY A; 2YLC A; 2I0N A; 2G3R A; 4JJD A; 2Y4Y A; 1GBQ A; 4OB3 B; 3UAT A; 1KG1 A; 2WAC A; 2RJE A; 2DX1 A; 2PQW A; 3A8O B; 1MMA A; 5FRO A; 1HYO A; 2ZAE A; 1VQK A; 3CPF A; 3UDC A; 3M0S A; 2LCS A; 2A36 A; 2MAM A; 5KCH A; 2XD0 A; 1NM7 A; 1BU1 A; 2FRW A; 3EGD B; 4EPC A; 5IXF A; 1QCF A; 4AFQ C; 4AFU C; 3JCM W; 3VS0 A; 1W6X A; 4YTL A; 1XTD A; 5GAM d; 4BI3 A; 3DB3 A; 2FO0 A; 2V8K A; 1YP5 A; 2HSE B; 2DL4 A; 1M27 C; 3INZ A; 2CP5 A; 1Q86 R; 1AOJ A; 3MEA A; 4XU2 A; 3WVE B; 1QVF S; 4QT7 A; 1Y96 A; 2LCL A; 1S72 T; 2BZY A; 3VS6 A; 2HQX A; 4X1V A; 3E19 A; 2JN0 A; 3N5B B; 4WTO B; 2HCK A; 2NLU A; 2QA4 T; 3TRE A; 2L3R A; 4ZN3 A; 2HNI A; 5CK9 A; 5FW9 A; 1LCK A; 3CCL T; 1Q82 R; 3VYH B; 4C92 F; 2CH4 A; 1VQ4 T; 1IXD A; 4C92 G; 1UHF A; 2F2W A; 3VS3 A; 1U1T A; 1SSF A; 2FG0 A; 5CCA A; 1D1B A; 3RKX A; 5KYX B; 2DFU A; 2QI2 A; 1TTH B; 4F7U F; 4CRI A; 4GBQ A; 3SD4 A; 1Q7Y U; 2HEQ A; 2XDP A; 4PNO A; 2EYZ A; 3OS2 A; 4F7U G; 4PK4 A; 2R57 A; 3PTA A; 5J26 A; 1YN8 A; 1VQL T; 1M90 C; 2XDD A; 4PLI A; 3EH2 A; 5KYY B; 3G4S Q; 1SPK A; 1U1S A; 3M0T A; 3MHX A; 2D8H A; 1WHM A; 2COY A; 4HCB A; 1WXT A; 2XIC A; 3OW2 A; 1YJ9 T; 4AFZ C; 4C8Q C; 1WHH A; 4EMG A; 5GAN d; 2JTM A; 1K8A R; 2K5L A; 5IHN A; 3FRN A; 2DXB A; 3CME Q; 4BD3 A; 3EHQ A; 4OF1 A; 5FRN A; 1MND A; 5GAM e; 1VQ9 A; 4KRT A; 1I1J A; 1Q95 G; 1IZ6 A; 2CSQ A; 3G4S A; 1M1K U; 1QCO A; 4M77 C; 2D9T A; 1ZBX A; 3EH1 A; 2KE9 A; 4JS4 A; 1X69 A; 4C5I A; 3QPH A; 5FRM A; 2QXF A; 5LJ5 j; 3RDV A; 3REA B; 4ELY C; 4AMC A; 2KRO A; 1GCP A; 1D09 B; 2ZPE B; 2NUP B; 1Y96 B; 4A54 A; 3CPW S; 2ZGW A; 2KRM A; 2EBP A; 5A0G A; 2VAS A; 1PD1 A; 1ZA1 B; 1VQ6 A; 2CDT A; 3PNW C; 4N4H A; 3NTK A; 2RQR A; 3P8B B; 2KXD A; 3EG2 A; 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5KH6 A; 3EFO B; 1W70 A; 3OYI A; 2MCN A; 2XK0 A; 2XMF A; 1VQO T; 4M7A E; 1VIF A; 4BY6 C; 3G71 T; 1KJW A; 2RI3 A; 2Z0W A; 4C5E A; 3OYA A; 5C0M A; 1VQP Q; 3H0I A; 1C1A A; 4XTW A; 1G3Y A; 4PJJ A; 2EYY A; 1RL2 A; 5LJ5 g; 2RHU A; 3CCE A; 1Z9Q A; 1E6G A; 4A4G A; 2OTL Q; 2QAZ A; 3OYE A; 3G7Z A; 3J80 E; 1D1A A; 4B9X A; 3MO8 A; 2KRN A; 4KGZ B; 1O9S A; 3NTH A; 2FZK B; 4XK8 E; 2A3L A; 1OI1 A; 5DLO A; 1U5S A; 2NYS A; 2JM9 A; 1I8F A; 2ZZD A; 5IH2 A; 4OMF B; 2L3Q A; 4JZ4 A; 2AZV A; 1YCY A; 4KBM B; 3V8J A; 3X25 B; 2KY9 A; 2PVO B; 1PRM C; 4MZT A; 2M0Y A; 2DYB A; 2C06 A; 1VQP A; 1MV0 B; 1QVP A; 4D8K A; 3FIF A; 4GY5 A; 3OYJ A; 4OMO A; 1VQ5 Q; 1V29 B; 2COZ A; 5D6W A; 3L2V A; 2ZPG B; 4E7I A; 1QWE A; 2OTL A; 4N0A C; 1RAD B; 1ACM B; 3OS5 A; 5KYU B; 4DBR A; 4IUU A; 4LDY A; 3CC2 Q; 1QCN A; 2NUZ A; 2MI6 A; 4FT2 A; 2GFU A; 1K73 U; 2VV5 A; 1KQS S; 1YBY A; 1KHC A; 3LH5 A; 3UWN A; 2X9H A; 3UA6 A; 4M78 B; 2X3W D; 5D6X A; 3SHW A; 2DD4 A; 1UEC A; 2E41 A; 1LOJ A; 2YHT A; 1AWW A; 2IVW A; 3EAE A; 2JZ2 A; 2E5Q A; 5GAO l; 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