1TUUA

Acetate kinase crystallized with atpgs
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
399
structure length
399
Chain Sequence
b'MKVLVINAGSSSLKYQLIDMTNESALAVGLCERIGIDNSIITQKKFDGKKLEKLTDLPTHKDALEEVVKALTDDEFGVIKDMGEINAVGHRVVHGGEKFTTSALYDEGVEKAIKDCFELAPLHNPPNMMGISACAEIMPGTPMVIVFDTAFHQTMPPYAYMYALPYDLYEKHGVRKYGFHGTSHKYVAERAALMLGKPAEETKIITCHLGNGSSITAVEGGKSVETSMGFTPLEGLAMGTRCGSIDPAIVPFLMEKEGLTTREIDTLMNKKSGVLGVSGLSNDFRDLDEAASKGNRKAELALEIFAYKVKKFIGEYSAVLNGADAVVFTAGIGENSASIRKRILTGLDGIGIKIDDEKNKIRGQEIDISTPDAKVRVFVIPTNEELAIARETKEIVETE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and kinetic analyses of arginine residues in the active site of the acetate kinase from Methanosarcina thermophila.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Acetate kinase
source organism Methanosarcina thermophila
molecule tags Transferase
total genus 135
structure length 399
sequence length 399
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.2.1: Acetate kinase.
pdb deposition date 2004-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1tuuA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1tuuA02
3EKUA 4BQLA 4FWMA 2YJFA 1TUUA 3FZFA 5AQTA 4CZMA 3LM2A 5JMVA 4H5WA 4A61A 5AQGA 1MWMA 1QQMA 3MN6A 1IJJA 3GDQA 5AQQA 5AQYA 4WYBA 3OHRA 1GLAG 3VEXA 5I9EB 4BG9A 4FWLA 1X3NA 3GBTA 1QZ5A 2P9NB 2E1YA 1T6DA 3UKUA 1R59O 3VENA 3JXUA 1QQOA 1Z05A 4PKIA 3O8MA 4AM7A 3UE5A 3ULEB 4BVOA 2CGKA 2D0PA 4JN4A 4B9QA 3DXKA 4FOEA 2BUPA 3IDHA 2P9PA 3F9MA 3SMSA 5F1XA 4XH1A 5F2RA 1NGIA 1OKJA 3FZKA 5BPMA 3VGLA 2VCPA 1HLUA 4BC2A 3U4LA 3A0IX 5CE3A 3HTVA 1NGCA 4JD2B 1HKCA 3J8AA 5AQOA 1EQYA 4QS9A 1NGHA 3ZX2A 5AQWA 2FF3B 4WQ4C 4NO7A 4F9OA 3CJ1A 3FZLA 2CGJA 3JS6A 3LDOA 2D1KA 2YI1A 1IG8A 5BRHA 3ATUA 1BA1A 4H0XB 5BPLA 2P9NA 3BF1A 2FSNA 1LOTB 4H0YB 2DPNA 2P9KB 3CJCA 2Q0UA 4GY2B 3DJCA 5AZIB 3IFRA 3CJ7A 3EZWA 4IO8A 1NWKA 3FZMA 1C0FA 4H0PA 4RCHA 4K43A 4GNIA 4YDUC 2F9TA 5AQVA 4M63C 4BGBA 5EVZA 1BG3A 1KAYA 4CD1A 3H3NO 4NB4A 2UYTA 1K8KA 3QFPA 4JD2A 4FWRA 4K41A 3U9DA 4RTFD 4FO0A 3BEXA 1XUPO 1QQNA 1ATSA 1SZ2A 3HSCA 3WEEB 2FXUA 2YHYA 5AZJA 1MDUB 2IIRA 3GOIA 1X3MA 4FWKA 4CZLA 3EO3A 3D2FB 2GWKA 2J4RA 2Q36A 1S3XA 5FPMA 4BRFA 1BU6O 3QBWA 2V7YA 2P9KA 3M1FA 5AQZA 5BN8A 5AZIA 4BRHA 5JICA 3FGUA 4CD3A 1XQSC 3MN7A 3AARA 1NGBA 4FPAA 2E1ZA 4DCHA 3ZX0A 4BR2A 1BWFO 1H1VA 4L3QA 3UKUB 5ADXH 5B8HA 2E20A 2P9LB 2OANA 3UB5A 2Q1NA 2P9SB 3EKSA 1RGIA 1NGGA 5AQNA 3VERA 1ESVA 3VF4A 4HTLA 3W0LA 4FL9A 4EHUA 2Q2RA 4JHDB 2PBDA 3DAWA 4BR7A 4CI6A 2E88A 5AQFA 3HBTA 4CBXA 1BUPA 5ADXA 4BRLA 1G99A 3D2FA 3O4WA 2QWLA 2VWBA 3H1VX 2HF3A 3B8AX 3C0BA 2E2NA 1J6ZA 4DHYA 2GTDA 2ZF5O 3SLCA 5AQPA 1SQKA 4IJAA 4CZEA 3AAPA 2GWJA 5LJWA 3SJHA 2QWOA 4PL8A 1RDWX 2V7ZA 1BOTO 2GELA 3VESA 2E2PA 2P9LA 5FPDA 3SMPA 3KZBA 2P9SA 3O1WA 3LM9A 4H5RA 1P8ZA 2FSKA 3DXMB 5ELZA 1HKGA 1NLVA 3H45C 4MLHA 1ATNA 5BRDA 3O1BA 4JHDA 2FF6A 2ZGZA 3DWLA 4BRDA 2Q97A 2QWNA 1GLJO 3QICA 4BR5A 2PAVA 2IVNA 3R6MA 1K8KB 2HOEA 3ZETA 1KXPA 2GEMA 4WQ4A 4QS8A 1KAZA 3QFUA 4H0VB 4IJNA 5BRFA 3O80A 5AZJB 3H46O 3M6GA 4MLEA 3TPQA 2QWRA 3CQYA 1TUYA 4DQ8A 3TU5A 3A5OC 1JCFA 1YAGA 2QM1A 1Q18A 3MN9A 4PKHA 3R9PA 2GUPA 3H3OB 4BRMA 1NGDA 3WXKA 5BREA 5E26A 3DXMA 1Z6RA 2ZGYA 1ZC6A 4YDUA 4K25A 2I7PA 3WXIA 1HX1A 3RSEB 4BROA 3FZHA 4I6MB 4FWOA 3GE1A 3LDPA 3GG4A 1YXQA 2F9WA 3MK6A 4LC9B 2A6AA 2IVPA 2E8AA 4MO4A 3R8EA 1U2VB 5JLFA 3VF2A 1C0GA 4FWPA 5AQUA 3VOVA 1QHAA 3FLCO 2E2OA 3HM8A 1E4GT 3BF3A 3LDLA 4O8KA 5AQHA 4BC3A 2QWPA 3P4IA 2FSJA 3ENOA 4EAHD 1GLCG 1NGEA 3WEEA 3A5LC 3AAQA 5AQXA 3CI5A 3QMLA 3AY9A 3MN5A 2V51B 1LCUA 4FSVA 4BRCA 1JCEA 3IUCA 3FFKB 3VF6A 3QB0A 5LJVA 4H5NA 2HF4A 5E84A 3D2EB 3LDNA 5FPNA 3CHWA 2CH6A 2W41A 1HJOA 3O08A 3ZEUB 1T44A 1U6ZA 3RSEA 1JCGA 2E2QA 4BC4A 4BRPA 1NGFA 1BO5O 4I6MA 2AA4A 3CETA 1NM1A 3CJBA 1NGJA 3ZX3A 1HPMA 1U2VA 4BRIA 4PKGA 3L6QA 2HMPA 4BR9A 2I7NA 5AQRA 3U8XA 4ISFA 4BRNA 3H1QA 1T6CA 1CZAN 3ID8A 1HUXA 4WQ5A 3MCPA 2AP1A 3ZETB 5F0XA 3KVGA 4CZGA 4WQ5C 4BR4A 4MO5A 4BC5A 1V4SA 1BDGA 2A41A 1DEJA 4H0OA 4ISEA 4CZJA 5EX5A 4RWTA 1WOQA 4HWIA 2D4WA 5AQKA 1E4FT 3HZ6A 2NLXA 2FLOA 5KPZA 3D2EA 4B1VA 5AQSA 4B1UB 4M7YA 3HI0A 3VGKA 3VPZA 4FOIA 5AQJA 1GLDG 3ZEUA 2BTFA 3IMXA 3CIPA 4FPBA 3EN9A 3EL2A 1MA9B 4EFHA 2YCHA 5BR9A 4BRKA 3LDQA 2NRHA 4B1ZA 3S41A 4B1YB 5JLHA 4XEIA 4BG8A 3CJAA 3L0QA 3VEYA 1BA0A 4CZFA 1GLLO 3C7NB 4JNEA 2A40A 3I33A 4O5FA 3MMVA 5AR0A 5LY3A 4BRGA 3W3DA 2EWSA 2P9IB 5FPEA 1RFQA 5AQIA 4AM6A 2Q31A 3M3ZA 1D4XA 4BRQA 3FE1A 3U9ZA 3A5NC 2ASOA 2ZWHA 5EOYA 4BRAA 4BQZA 4XH5A 5TKYA 3VETA 1DGKN 1TYQB 5AQMA 5BN9A 1Y64A 2IVOA 2QXLA 4A62A 3VGMA 2CGLA 2V52B 4IZ9A 5EY4A 5KPTA 1QZ6A 3ATVA 3L4IA 2QWQA 4BR0A 3FR0A 4XH4A 1MWKA 2NZTA 2VYPA 3MDQA 3C7NA 3WQUA 4CZKA 1NMDA 4QS7A 3WXJA 1GLFO 2P9IA 4EHTA 2CH5A 4CZHA 3ULEA 3O6WA 2QW9A 3BUZB 3G25A 3QDKA 4FWSA 2ASMA 1DKGD 4A2AA 3I8BA 3O5BA 4H5TA 3UKRB 4E1JA 2A5XA 3D7EO 4M7XA 1ZXOA 1S22A 2Q0RA 5EXWA 3QBXA 1TYQA 3A8YA 1SAZA 5KQDA 4JAXA 1WUAA 4B1WB 4BREA 2P9UB 3BP8A 4A2BA 4KBOA 2W40A 4IXCA 4H5VA 2D0OA 2YHWA 1ZBSA 4DB3A 4IWVA 1ATRA 2ASPA 1GLBG 2YJEA 4H03B 5BPNA 2YHXA 4K42A 5KQ8A 3WT0A 1GLEG 4BVPA 4CBUA 2H3GX 1X9JA 2QWMA 3GL1A 1NGAA 1NBWA 1KAXA 4PL7A 1XC3A 1HKBA 4CBWA 4C23A 4H0TB 2ITMA 5AFUH 2WUSA 3VEOA 4Z94A 5KPRA 3A5MC 3H6EA 4B1XB 3UKRA 3WQTA 3VEWA 3SK3A 3VEVA 1V4TA 2A3ZA 3KHYA 2KHOA 3CQXA 4BGAA 4FWNA 3DXKB 3WXLA 4CJ7A 3VEZA 4ISGA 2P9UA 2P9PB 3WUHA 4FWQA 3CJ9A 4CZIA 3CERA 2A42A 5AQLA 4EIAA 4J8FA 3ENHA 1YUWA 1YVNA 4Y0WA 3LL3A 5AFUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CEQA 4FWMA 3FZFA 5MLCQ 4YY3K 3P83D 1MWMA 2A1RA 4X65K 3SYZA 4AHCA 4B9NA 1BQMA 5I9EB 1X3NA 5C2FA 1VSHA 5BR8K 2P9NB 4DR2K 3UKUA 1R59O 1DTQA 3JXUA 1QQOA 4IDHA 3UE5A 4BVOA 1J5OA 4E1MA 1TKXA 2ETJA 1A5XA 1NMNA 2D0PA 3IG1A 4B9QA 4CF0A 1SL2A 2WOMA 2BUPA 3AVCA 4KTWA 3IDHA 1C0MA 4N56A 2LSNA 2UUAK 1NGIA 3O9RA 5DMRA 3O4QA 3OYNA 5A2QO 1J9AA 2VCPA 2DFFA 3U4LA 1NGCA 3ZT4A 4JD2B 3AO5A 1HKCA 5AQOA 4QS9A 1SL0A 2FF3B 4WQ4C 3ZSQA 5HRNA 4E7IA 1RTDA 3CJ1A 1DT9A 1O1WA 2YI1A 3C95A 3OJSA 3E1YA 3THXB 2P9NA 2FSNA 3OYAA 4DV7K 4H0YB 2DPNA 2W6KA 2ZJRL 1N36K 2HVIA 2O8BB 1C1AA 2YKNA 1NWKA 3FZMA 4HCBA 3SQ1A 4CJLA 4K43A 2XY6A 2XY5A 2O8CB 4A59A 1S6PA 1EETA 4OGCA 4BGBA 1XMOK 4CD1A 1EWQA 1BQNA 4CHQA 1K8KA 1C6VA 3AA4A 3QFPA 4JD2A 3DM2A 3G6EN 4JLHA 1XUPO 4DR7K 3NH2A 1BISA 3SZ2A 3SUOA 3ZLJA 4FLUA 3EO3A 1REVA 3PIOL 3PX4A 4M3UA 2P51A 1NK0A 3CC7N 2J4RA 4CJKA 3IKMA 1SS6A 1JLEA 3QBWA 3M8SA 5AQZA 2O8BA 4LH4A 1WAFA 3PX0A 2NRVA 4CD3A 1S5JA 1LAWA 3HPGA 1LAVA 1H1VA 5ADXH 5B8HA 4JKEA 3S3OA 2O8CA 1GOCA 3L4QA 3CCLN 5M1FA 4X62K 4IEEA 1EO1A 4JKDA 4EHUA 2Q2RA 4JHDB 1BGXT 4BR7A 3SJJA 3HBTA 4FK2A 3HP9A 4CBXA 4E7JA 3AVNA 4FJMA 3O4WA 3VQ8A 2HW3A 4DTUA 3MX2A 4LSLA 4GKJK 5HRRA 2E2NA 1QVFM 3LWMA 4CHZA 2GWJA 5LJWA 4ILHA 3OYEA 3NF8A 4WFNL 4JS5A 2V7ZA 1WBBA 2XO7A 4HUGA 3LP2A 2GX9A 3SMPA 3BY5A 1NJWA 1P8ZA 2FSKA 3DXMB 4IFVA 2QKKA 3QINA 4ELTA 5HLFA 1JXEA 4JHDA 5DM6L 3DWLA 3RMBA 4NCAA 1VQ8N 1RT6A 4NCGA 2PAVA 4YOUA 2HOEA 3PIPL 3ZETA 1KXPA 2GEMA 4HHTA 3KTQA 4H0VB 3VQ6A 3V1RA 4IJNA 2HBLA 4NXMK 5C12A 4QOZB 1NOYA 3M6GA 4U7BA 4DV4K 1MU2A 3CQYA 5J2QA 4I9LA 5J2NA 2QM1A 2WBNA 4LF7K 4KHNA 4CHNA 3R9PA 4W5RA 2OTJN 2FBTA 3WXKA 1HR0K 1ASVA 4OPAA 3DXMA 3CM5A 3THVA 3RRHA 2OPQA 3SBTA 4XIUA 4LH5A 1N34K 1UA0A 4NCBA 1W0HA 3L3VA 1U48A 4LC9B 3SUQA 2A6AA 3SAFA 2D0CA 5I42A 2OPPA 4J2AA 3OYKA 5M1PA 3T1YK 1VQON 1FKPA 2E2OA 3BF3A 4GW6A 2HSTA 2FSJA 2VGNA 4EAHD 1IBLK 4DTMA 3AAQA 1T05A 4KH4A 3O3GA 3QMLA 2G8FA 3J7AP 1LCUA 4FSVA 5M1QA 4F8RA 5T7BA 3KD1E 3VF6A 2JWLA 1RTIA 5LJVA 2HF4A 4OPKA 3AV9A 3O08A 4DU1A 5I3UA 4LF5K 1BO5O 2AA4A 4WF9L 2O4IA 3CJBA 2YNIA 1HPMA 3AO3A 4PKGA 1HYZA 4UQGA 4KI4A 3CC2N 1WSHA 4ISFA 2IGIA 2HNZA 4CHOA 4U67L 5KGWA 2KW4A 5F0XA 3KVGA 4KHSA 4X64K 5C2DA 4CZGA 2NRRA 1P90A 3O4NA 2A41A 4CZJA 4H0OA 4RWTA 3TSUA 3JAMO 1JLGA 3BZCA 4JI7K 5AQKA 2O8DA 3HZ6A 3OJUA 3V9XA 4IOCL 2FLOA 3JYTA 3NVKA 4B1UB 3VGKA 5AQJA 3HP6A 3CIPA 2QA4N 1L3VA 4IO9L 1Q7YO 2YCHA 2VQFK 2W6LA 5FDLA 1HNXK 1HQEA 5HRSA 4B1ZA 2NRHA 4OKEA 3J7YP 4B1YB 3LAKA 4BG8A 4CJUA 4DU3A 5KRSA 5SZTA 4DQIA 2DFEA 1GLLO 3C7NB 4YFUA 4JNEA 3CQ8A 4K8XA 2D0AA 3KKSA 1IV0A 3V81A 4DTRA 3W3DA 3D6RA 3RRGA 1IKWA 3VTIA 2A1SA 4ILJA 5FPEA 1CXUA 1RFQA 1B92A 4OO1J 5AQIA 4M45A 4H4OA 2Q31A 1D4XA 3VQDA 4BRQA 2X74A 4FJGA 3U9ZA 4ID1A 3OYJA 4GVEA 3A5NC 4BRAA 3VQCA 1WNSA 1Q81O 4XH5A 3NGZA 4CFCA 2FBYA 1CZBA 2WC9A 2F8SA 4NXNK 1Y64A 2QXLA 2BANA 4A62A 3D45A 2YHBA 1KVCA 2YX6A 3L4IA 1JLAA 4BR0A 2HHTA 4A57A 4QAGA 3SUPA 3ZSYA 2VYPA 3C7NA 1RT5A 2QEXN 4QS7A 3WXJA 1KVBA 3AVJA 3U3GA 4CJFA 1ILYA 2Y1JA 3C6HA 4EHTA 3T7ZA 3O6WA 3NGYA 4FW1A 4CEDA 4CK3A 3QDKA 3V9UA 4FWSA 2NRWA 3I0SA 4M41A 1SKRA 4AHSA 3DOKA 4N47A 3D7EO 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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