1TUYA

Acetate kinase complexed with adp, alf3 and acetate
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
399
structure length
399
Chain Sequence
MKVLVINAGSSSLKYQLIDMTNESALAVGLCERIGIDNSIITQKKFDGKKLEKLTDLPTHKDALEEVVKALTDDEFGVIKDMGEINAVGHRVVHGGEKFTTSALYDEGVEKAIKDCFELAPLHNPPNMMGISACAEIMPGTPMVIVFDTAFHQTMPPYAYMYALPYDLYEKHGVRKYGFHGTSHKYVAERAALMLGKPAEETKIITCHLGNGSSITAVEGGKSVETSMGFTPLEGLAMGTRCGSIDPAIVPFLMEKEGLTTREIDTLMNKKSGVLGVSGLSNDFRDLDEAASKGNRKAELALEIFAYKVKKFIGEYSAVLNGADAVVFTAGIGENSASIRKRILTGLDGIGIKIDDEKNKIRGQEIDISTPDAKVRVFVIPTNEELAIARETKEIVETE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and Kinetic Analyses of Arginine Residues in the Active Site of the Acetate Kinase from Methanosarcina thermophila.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Acetate kinase
source organism Methanosarcina thermophila
molecule tags Transferase
total genus 132
structure length 399
sequence length 399
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.2.1: Acetate kinase.
pdb deposition date 2004-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1tuyA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1tuyA02
2QWLA 2NRHA 3C0BA 3EN9A 4FWQA 5AFUA 3HZ6A 4IJNA 1JCGA 1BA1A 2V7YA 1T6CA 4ISGA 3CETA 3BF3A 2FLOA 4HTLA 3DXMA 4WQ4C 5AZJA 2HMPA 2FF6A 1QQOA 2AP1A 3CHWA 4H0TB 3EKUA 5F0XA 1H1VA 4BR9A 3MDQA 4FO0A 5E26A 5EX5A 3SMPA 4B9QA 1J6ZA 5JLFA 3GOIA 2UYTA 4PL8A 3MN5A 4A61A 4H5RA 4WQ5A 3O5BA 4NB4A 3H1QA 3UKUB 1V4TA 1MDUB 1TUYA 1TYQB 3ZEUB 4BGBA 3FZMA 4BR4A 4BRFA 4E1JA 3R9PA 3A8YA 1C0FA 3J8AA 4KBOA 3VF4A 1DKGD 4YDUC 2P9IB 2Q31A 3D2FB 3R6MA 1T6DA 4EFHA 3AAQA 2YHXA 5B8HA 3QFPA 2F9WA 3WUHA 1X3NA 5KQ8A 3DJCA 1ZC6A 2FF3B 3VF2A 4K41A 4BG8A 4H5WA 3S41A 3WT0A 3BP8A 1ATRA 2YHWA 4IWVA 4CD1A 5AQYA 1XUPO 1ATSA 2FSNA 3VEXA 1Q18A 5ADXH 3D2EA 1NLVA 1E4FT 1IG8A 4Z94A 4CZKA 3LDOA 4FPAA 4BVOA 4QS9A 3VGKA 4H0VB 3VOVA 3MK6A 3O1BA 1NGFA 4DB3A 1KAZA 4A2AA 4I6MB 3FZFA 3CJAA 3O4WA 3CJCA 3AY9A 4H5VA 1HKCA 3A5LC 4B1WB 4RWTA 3IFRA 2D1KA 4BRNA 1GLBG 3C7NB 4DHYA 2ZGZA 3L0QA 4BQZA 4H5NA 3QICA 1U2VB 3VETA 2DPNA 3QB0A 1ZBSA 1NGCA 5AQQA 5KPTA 2A40A 3ZETB 4CZLA 3O8MA 5EY4A 3VENA 4K43A 5F1XA 3FE1A 3MN9A 1MWMA 5AQHA 2V51B 2P9UA 4CZFA 4H0YB 3RSEA 4BR7A 4CBWA 3SJHA 4BR5A 2ASMA 4BRPA 5AQVA 2P9IA 3D2FA 4CZEA 4C23A 3GL1A 3M6GA 5AQFA 3ZX0A 4O5FA 3GDQA 5AQNA 5BR9A 3CQYA 4FPBA 1S22A 2FXUA 2W40A 3FZHA 3CERA 1SAZA 2NLXA 4JHDB 4CBUA 1QQMA 4FOEA 5AQXA 2P9PB 2CGKA 1NM1A 5BN8A 4B1YB 5JICA 1GLLO 4MLEA 2AA4A 1X3MA 3WEEB 3VGLA 2A3ZA 2ZF5O 3VEYA 2Q36A 4JD2B 3VEVA 5BRFA 1KAXA 3JXUA 1NGGA 2IIRA 2IVNA 4GNIA 4LC9B 2ZGYA 2YJFA 3SK3A 1GLDG 1GLJO 5AR0A 3SLCA 3UB5A 3DXKA 5TKYA 5AQWA 1IJJA 3WXLA 4O8KA 4BRAA 4BRCA 3JS6A 2GWJA 4XH5A 4MO5A 1WOQA 2HOEA 3EZWA 1YXQA 3F9MA 2V52B 1SZ2A 2A41A 4QS8A 2GWKA 3KVGA 1KAYA 4JAXA 2Q97A 5AQMA 5BPLA 3UKRB 4CZMA 4FOIA 1K8KA 2QWMA 3DWLA 3VGMA 3QBXA 3SMSA 1BUPA 1ZXOA 2A42A 5BREA 4BRGA 2PAVA 1BG3A 4EHUA 1MA9B 4CZGA 5FPNA 4B1VA 4MLHA 1NMDA 1LOTB 3H1VX 5EOYA 3H3OB 2YHYA 3IMXA 4IXCA 2CGLA 4K25A 4WQ4A 5AQJA 4BRHA 2ITMA 2H3GX 2E2OA 4H0OA 5LJWA 3H46O 5FPMA 2QWRA 3IDHA 5AZIB 1ESVA 4WYBA 1WUAA 4BG9A 2P9KB 3G25A 4BR0A 2IVOA 1DEJA 3P4IA 3W0LA 2YI1A 1NGDA 5AQUA 1TUUA 2E88A 2BUPA 3A5MC 4JD2A 2P9SB 1D4XA 5BPMA 2YJEA 3HBTA 4IJAA 4H03B 4XH4A 2FSKA 1NGHA 2E2PA 1BWFO 3ID8A 2P9NB 4F9OA 4YDUA 5AQPA 2ASOA 1QHAA 4BREA 2IVPA 4IO8A 3U9ZA 2V7ZA 2E2QA 3HTVA 3VERA 1NGBA 4FWKA 4FWOA 5AFUH 3LM9A 1Z05A 5AQIA 1BO5O 3H3NO 5AZJB 3L6QA 3GBTA 3AAPA 1MWKA 3UKUA 2QWNA 2W41A 4DCHA 5FPEA 1TYQA 5AQRA 1GLAG 4M7YA 3ZEUA 2CH6A 2QM1A 2J4RA 1YVNA 2Q0UA 3ULEB 5AQSA 1HPMA 2GTDA 2P9LB 3GE1A 4BC3A 2KHOA 1HJOA 2QWPA 5I9EB 1NWKA 1QZ6A 5AQTA 4PKGA 3U4LA 4Y0WA 4QS7A 3VESA 4BRLA 3FGUA 4BVPA 1GLCG 1HLUA 4B1UB 3H45C 4EHTA 4EIAA 2QWOA 4BRDA 5AZIA 1HX1A 3EL2A 4JN4A 2NZTA 2P9KA 3WQTA 4BRMA 3O6WA 5CE3A 5ADXA 3W3DA 1T44A 2E20A 1P8ZA 3WXIA 1XC3A 1BOTO 5JMVA 4DQ8A 2A6AA 3TPQA 1RGIA 3MCPA 3M1FA 1BA0A 2VCPA 4WQ5C 1OKJA 2D0PA 4I6MA 4FWPA 5BRHA 2D4WA 2A5XA 5LJVA 3ZX3A 2Q0RA 3C7NA 1C0GA 1Z6RA 3D2EB 1U2VA 2GELA 3LDQA 1NGIA 5F2RA 5KQDA 3O80A 3HSCA 3KHYA 3ZETA 4BC5A 4ISFA 1HKGA 4CBXA 3LM2A 3QDKA 1R59O 2E8AA 4CZJA 3CJ9A 4M63C 1E4GT 4FWRA 3U9DA 4CZIA 1G99A 4RCHA 5EVZA 3ULEA 1X9JA 4J8FA 2P9LA 1HKBA 2QW9A 2E2NA 3ENHA 4BRKA 2PBDA 2WUSA 2FSJA 3QFUA 4ISEA 5EXWA 4MO4A 1NGEA 4XEIA 4BRIA 3VEWA 3AARA 3O08A 2QXLA 2CGJA 3QBWA 2QWQA 4BC4A 3FZLA 3TU5A 3I33A 5BRDA 2OANA 3QMLA 2HF4A 3OHRA 4B1XB 3LL3A 1GLEG 2P9UB 3CJBA 3D7EO 4JHDA 2BTFA 4JNEA 2P9PA 3RSEB 3WXJA 3UE5A 3A5NC 3L4IA 4RTFD 1DGKN 1NGAA 4H5TA 3WEEA 2I7PA 2E1ZA 2HF3A 1QQNA 1BDGA 1BU6O 3MN7A 5AQZA 2E1YA 4FL9A 2ZWHA 3LDLA 5AQKA 4BRQA 1V4SA 3ENOA 1U6ZA 4L3QA 4CD3A 3VF6A 3MMVA 2GEMA 4IZ9A 4CJ7A 2VYPA 4XH1A 2CH5A 1RFQA 3FZKA 2EWSA 4FWSA 3WQUA 4FSVA 4NO7A 5BPNA 1EQYA 1KXPA 3ATVA 5BN9A 3LDNA 4AM6A 1GLFO 1JCEA 1Y64A 3DAWA 3UKRA 4BR2A 1XQSC 3DXMB 3FFKB 4PKIA 1YAGA 3EO3A 4PKHA 3VEOA 2YCHA 3LDPA 2D0OA 3DXKB 3HI0A 4AM7A 1QZ5A 3ZX2A 3IUCA 4A2BA 3FR0A 2VWBA 2ASPA 1CZAN 2GUPA 3M3ZA 4FWNA 3CIPA 5FPDA 5AQGA 1NBWA 4BROA 5LY3A 4M7XA 4FWLA 5KPZA 4CI6A 3U8XA 2F9TA 3GG4A 3CQXA 4BC2A 1K8KB 3H6EA 3A0IX 3O1WA 4CZHA 1SQKA 2Q1NA 3CI5A 4A62A 1JCFA 4GY2B 3MN6A 4BQLA 4BGAA 4H0XB 3WXKA 1HUXA 3BEXA 4H0PA 5JLHA 2I7NA 3BUZB 3VEZA 1NGJA 3R8EA 2Q2RA 3BF1A 3CJ7A 1ATNA 4FWMA 5E84A 5KPRA 2P9SA 4K42A 4B1ZA 4HWIA 3A5OC 4EAHD 1S3XA 5AQLA 3FLCO 2P9NA 3EKSA 3HM8A 3VPZA 1RDWX 3ATUA 3I8BA 5ELZA 3B8AX 4PL7A 3KZBA 5AQOA 3CJ1A 1YUWA 1LCUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QWLA 3QIOA 5KGWA 3C0BA 4AHSA 3V1OA 1ZBFA 3AVLA 1RDCA 2V7YA 1T6CA 3OYDA 1S1VA 2QI2A 4FVMA 5GIOA 4KH6A 4CJPA 3F2KA 3J7AP 1I94K 1ILYA 3CMEN 3MDQA 3ZYYX 5FRNA 2HHXA 4O0JA 4BE1A 5EX5A 3SMPA 3LPTA 5JLFA 2OPPA 3AA2A 4PL8A 4KHYA 2XY7A 1L3VA 2HHTA 2NRXA 3SPYA 1YHQN 3H1QA 4GV9A 1V4TA 3V9ZA 4QCLA 3FZMA 1JXBA 2UXCK 3AVNA 4CCHA 5C0YA 4AHTA 2YNGA 4NLCA 1NK6A 4JKCA 4KBOA 3P1GA 4EFHA 1T6DA 4K0KK 4CEBA 4NYFA 3THXA 4KRFA 5M1QA 3QFPA 4Y1DA 3DLGA 2VQEK 2QKKA 3WUHA 3NBPA 5KQ8A 3DJCA 3CF5L 3ZCMA 1KQSM 3VF2A 1SL2A 3WT0A 3WNGA 1ATRA 4CD1A 3SV3A 3AO4A 1T7PA 3LP0A 1S9EA 1HNIA 2F8TA 4DFJA 4X66K 3LANA 1NLVA 1E4FT 1IG9A 4JK9A 3NVMA 4FPAA 4DQIA 3VOVA 2X78A 2VG6A 2G8KA 2JWKA 4DB3A 1KAZA 4I6MB 4NLBA 3OS2A 3DLRA 4OGEA 1CXQA 2HBKA 3CJCA 2HNYA 2YKMA 3A5LC 4RWTA 4OLBA 3IFRA 3CPWM 2D1KA 4DQPA 4DHYA 3L0QA 4LY7A 4DSKA 4JRQA 4PWDA 3KWIA 4O55A 1DLOA 3ZETB 3MEGA 2Q3SA 1FJGK 2KTQA 3VENA 2Z1JA 3L2VA 5HLFA 5F1XA 3HPOA 4F2RA 4ILHA 2V51B 4CEDA 4FJJA 3PX4A 4B9SA 4J2EA 4BR7A 1J5OA 3SJHA 4C8OA 5J2PA 2P9IA 2XY6A 4CFAA 4IEIA 4C23A 4JI8K 4AHVA 3AA4A 1WBDA 3ZX0A 2X74A 5BR9A 3CQYA 3DLBA 2WTUA 2WC9A 3IRXA 1VQON 3IG1A 3OYKA 1A5WA 1BIZA 4CBUA 5EU7A 1NM1A 4AHCA 5GIPA 2VQFK 1U45A 4KTZA 1NKEA 2AA4A 1X3MA 3DOKA 3WEEB 1KFSA 4JD2B 5BRFA 1KAXA 2ATQA 1NGGA 1SL1A 4HUFA 4KHSA 3NF6A 1CXUA 4LC9B 1TKDA 3EY1A 1W9HA 1C1CA 3MX5A 1GLJO 3DXKA 3WNHA 4BRCA 3JS6A 3L3VA 3CCRN 4MO5A 2HOEA 3M8SA 2A41A 3OBWA 4QS8A 2GWKA 2Q97A 1X9MA 5GAHP 3KK7A 4CJVA 2FC0A 2X6NA 4DQRA 1WB9A 4FJLA 3VGMA 4JI5K 4HCCA 3V6DA 5HROA 4DU1A 3I0SA 4BRGA 5FPNA 4B1VA 4MLHA 1VSKA 3MEEA 3H3OB 5HRRA 4DV3K 5LJWA 4DR7K 1GOAA 5FPMA 1S9GA 4WFBL 2QWRA 1C0TA 1T05A 3T69A 1WUAA 4KH4A 3HPGA 2P9KB 1S1UA 3VQ4A 4LF4K 3RMCA 3QEVA 4LFCK 4GMJB 4W5OA 4F2SA 5AQUA 4B9NA 5BPMA 4FJ8A 4IJAA 3OA9A 3VTHA 1NK4A 1WSFA 3P31A 1E3MA 4PY5A 2FBVA 5AQPA 3K0SA 3O9SA 3CD6N 4BREA 4IO8A 4CFBA 1W7AA 2HBJA 4FJNA 4FWOA 4O44A 3LM9A 3VQ9A 3CM6A 4GW6A 5AZJB 1IBMK 3NHGA 4JKAA 3CC4N 3AVKA 1GLAG 4KREA 4M7YA 2CH6A 2Q0UA 4FLVA 3O9QA 2GTDA 1VQMN 3G10A 1YTUA 2KHOA 4CF8A 4CF9A 1HJOA 2QWPA 5I9EB 2PFUA 1NWKA 3R1XA 3ALYA 3THYB 1EX4A 3VESA 4F3TA 3L8BA 4OGCA 1IKWA 4EHTA 4QAGA 4C8MA 1NK8A 5FLXO 1HX1A 1RT2A 2GV9A 2ZQBA 4YOVA 2PZSA 3QEXA 4M41A 3ZT1A 3T19A 4PQUA 2HHVA 4LF5K 3W3DA 3WXIA 4CFDA 1IKVA 3TPQA 4HCBA 3M8PA 4CJ4A 1XWLA 2EX3A 1OKJA 3TTFA 5JVGL 4I6MA 2G8FA 1RT7A 3C6TA 1RDDA 4FWPA 5BRHA 3G71N 2D4WA 2A5XA 2ZJQL 4CGIA 1EWRA 1HNVA 1JXEA 3SUQA 2UUAK 1C0GA 2YV0X 1WSGA 2BGGA 5KQDA 5FROA 4CJUA 3HSCA 3ZETA 1BCMA 3RMDA 3QDKA 3RVCA 4KTWA 4CZJA 4AH9A 1E4GT 1BQNA 3NE6A 1HMVA 4J8FA 2P9LA 2E2NA 4BRKA 2PBDA 3EE8A 4ZTJA 3LAKA 3VEWA 1VSHA 1TV6A 3KLFA 2HW3A 3TU5A 3I33A 2OANA 3AO2A 4YORA 3Q7BA 4CHQA 3LDSA 4B9VA 1DT9A 3THWA 2VGNA 4AHRA 2P9UB 3D7EO 2HB5A 4JLHA 2OPQA 3RSEB 2IC3A 4ID1A 3UE5A 5GINA 1TL1A 2NRWA 3K59A 1NGAA 1RT4A 3WEEA 4W5TA 4CJKA 3TANA 2E1YA 3LDLA 5HRNA 4CIGA 4CD3A 3VF6A 3MMVA 2WOMA 1W2BM 4B8AB 5IWAK 2DFFA 4MQ3A 4BDYA 3TAEA 4DSEA 4DUYK 2EWSA 3SZ2A 4E0DA 4AM6A 3ATVA 3LDNA 3TABA 4WF9L 3O4NA 4OKEA 4PKIA 3BZCA 2HBMA 3LDPA 3HI0A 3TSPA 3AA5X 3ZX2A 4A2BA 4FK4A 2GUPA 3EYZA 1TKZA 4OPAA 2FBXA 4CEZA 4JI4K 1HNWK 4F8RA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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