1TWYA

Crystal structure of an abc-type phosphate transport receptor from vibrio cholerae
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SEITISGSTSVARIMDVLAEKYNQQHPETYVAVQGVGSTAGISLLKKGVADIAMTSRYLTESEAQNTLHTFTLAFDGLAIVVNQANPVTNLTREQLYGIYKGQITNWKQVGGNDQKIAVVTREASSGTRYSFESLMGLTKTVKDREVSDVAPTALVVNSNSMMKTLVNHNTQAVGFISIGSVDKSVKAIQFEKADPTSDNIAKHTYQLSRPFLILHYSDNADEQTKEFIAFLKSESAKKLIVEYGYIMP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of hypothetical ABC-type phosphate transporter
rcsb
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Vibrio cholerae o1 biovar eltor
molecule keywords ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein
total genus 71
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12727 PBP_like PBP superfamily domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1twyA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1twyA01
4RNSA 3H6TA 3IOVA 4LZ5A 3RPWA 1B51A 3TYHA 3GXAA 5AA2B 2DWHA 1A8EA 2ZYMA 2I6EA 4QFLA 2A5TB 3OO9A 1BKAA 3IO4A 1DTGA 1TFDA 2ONKE 1FQAA 1GGGA 2V3QA 4QF9A 2Y7WA 3M3LA 4YU0A 3GBAA 2PMSA 5ITPA 1H43A 3RT6B 4XIGQ 1FQEA 1S7YA 4TLLB 5FTHA 4H65A 4C0RA 5I2KB 2HAUA 5H8SA 3QUFA 5I58A 4NF6A 3I6VA 5I59B 4NWDA 2AYSA 1POTA 2X7PA 1ZTYA 1SD3A 1GVCA 2V3UA 4R72A 2DE4A 1DMBA 1RYXA 1FQFA 3PPNA 3C34A 5AA4A 1DPPA 5TP9A 1LAXA 4Z7EA 3H3GA 4NF5B 1VFEA 4WEPA 2PVUA 1Y20A 1Y4CA 1A8FA 1EH3A 4RXLA 1MPBA 1N0TA 3T93B 3FUZA 2DVCA 1UTHA 5H8QA 2V3TA 1P1OA 5BUUA 3KSJA 4QHQA 3B6QA 5H8NB 2H4IA 3VFJA 3O6HA 1FCKA 1Y1MA 3FASA 3UA8A 1NNKA 4OFLA 1TT1A 3Q29A 4AB5A 2F6GA 4ZZAA 3PV0E 1UQWA 4FECA 1MDP1 2AL4A 3IB2A 3QAXA 2XX9A 3U93A 4OENA 1DPEA 4JBZA 1URGA 1OVTA 1JVYA 1ZIUA 3VDFA 4X9TA 1MXYA 2ZNSA 4ZEFA 1O63A 3MP6A 2O69A 5L9MA 4R75A 3T96B 3PD8A 3I5OA 2O1MA 2DP8A 1FTKA 2F6PA 1MQHA 4XTCQ 4FATA 4JB7A 3ZSFA 4Q0CA 4O3AA 4RJZA 3HCQA 2HQ0A 3CIJA 1JW1A 2THIA 2F34A 5I2KA 1A40A 1MY1A 3G3IA 1SVXB 5A5XB 2H25A 3M8UA 3E13X 4F39A 1N3WA 4H1XA 3KN8A 2F36A 3IAZA 5AE4A 1B1HA 1P1WA 3TEPA 3FXQA 4G4PA 3C9HA 1FTOA 3MUQA 4GL0A 3N5LA 3T66A 3G3HA 3KEIA 4NWCA 2Q8JA 2QJEA 3E3KA 5EHSA 4IB2A 3N26A 4LVQA 3FJGA 4NF5A 2O84X 4XKQA 3IR1A 2O51A 3FV1A 5H8HB 3FZVA 2M8CA 3O6IA 4FEDA 2HXWA 1BP5A 3TMGA 3O28A 3TTRA 1P1NA 4ZECA 3UK4A 4KYSA 4KI0E 4U4XA 1AMFA 4OEVA 2UVIA 1Z7ME 2CZLA 3JV9A 4HTGA 5DVIA 1MM7A 3HV1A 5TPAB 2UVJA 2I4BA 4EUOA 4QFNA 2NWJA 1MQGA 1D3KA 4R73A 3K00A 1BIYA 3FVOA 1HSLA 1QUKA 1BTJA 5CMBA 5DVFA 5L9OA 1N04A 2XXTA 1D9VA 1LAGE 3LBSA 3RQTA 3OEMA 3KJ7A 4JWYA 4POWA 3TFLA 4ZS9A 1MXWA 1S9TA 4OHNA 4MLQA 1MH3A 3MVZA 1LB8A 4O3CA 4LZ8A 1FW0A 2XD3A 2Q9TA 5F7VA 3PPRA 2R71A 1O7TA 2I0BA 3FJ7A 3OXNA 1P1UA 5I84A 3EHTA 1RYOA 4Z0IA 1WODA 1GR2A 2GRVA 3FGSA 5CI5A 3TZAA 5CBSA 1MPDA 3QIMA 4H6DA 5JTYA 4LA9A 3OSRA 3R6UA 1AOVA 3TTKA 4EQ9A 2RINA 1ELJA 4DXBA 3S9EA 2Y7KA 1Y9UA 1I69A 3TQWA 2NUVA 4HCWA 2ZYNA 1B4HA 4OVJA 1LFIA 4F1YA 1IXGA 1OQHA 4IO7A 4PFYA 3HPIA 1FQCA 2Y84A 1NMUA 4Q5TA 3FIRA 3R7XA 5KZTA 3U8QA 1DTZA 2G93A 4NF6B 2F8DA 4PFUA 4IO6A 2REGA 1AH5A 3LSLA 3PUXE 4KPTA 2IEEA 2ABHA 4DLDA 3MQ9A 4RK2A 1OMPA 4F1VA 3IL1B 2UVHA 4WXJA 3BFTA 3O66A 4ESWA 3H6VA 3G3JA 4U23A 3O6GA 4OETA 2I3VA 1CB6A 4YB5A 2ZYOA 5TP9B 4FIMA 5AA3A 4EXLA 5I56B 4X1BA 1OVBA 1MXXA 1XT8A 3HSTA 4RK9A 3CG3A 3VE1B 4QSCA 1H45A 4YICA 4LP2B 1UTHB 5H8QB 3O97A 1YCJA 2B3FA 1MPCA 2ZMBA 2AL5A 4G8MA 4PFTA 4PETA 3ONMA 4R6YA 4U2RA 3U1OA 1B6HA 3PUVE 4H0WA 3N6UA 1NNFA 1FTJA 1Q35A 4G8HA 4IO5A 3A09A 2P0SA 2RCBA 2Q2CA 4X1DA 1B4ZA 1NH7A 1B52A 5DEXA 5AA2D 3UGWA 4MF3A 4GQOA 1LLSA 3O2AA 3VVDA 4TQUQ 2V25A 2E1SA 3G3KA 1AIVA 2VOZA 1NFTA 3QUJA 4YB6A 3SEWA 3TTNA 3QYTA 2HEUA 5M2VA 3QSLA 4M1VA 3CSGA 3K0VA 4GWOA 1IITA 4ISUA 3PPQA 5I2NA 4HS7A 3F11A 4G77A 1Q1KA 4F3SA 2DOJA 1D9YA 2I49A 4GVOA 2XD2A 1ZU0A 1MS7A 1B32A 4IGRA 1A99A 1VR5A 2X7QA 3FVGA 4GD5A 1LGBC 5ICTA 1B40A 2Y7RA 2O7IA 5CC2A 3W9VA 3I3VA 3S2VA 2QRYA 1N7WA 2VHAA 3PMVA 2OLBA 1SYIA 2ZNTA 5IAIA 3CFXA 1IEJA 3SERA 5JK4A 1L5TA 3FXRA 4E0WA 1ZMGA 3VV5A 4N6PA 1JW5A 3PUZE 2F78A 3EN3A 3K1PA 4NE4A 2DXYA 2HCAA 5I56A 1LB9A 3TQLA 3T9XB 4ZEKA 4GFRA 5KCJA 1URDA 3T22A 1AL3A 3SEVA 2A5SA 3VLVA 2OCUA 2OBGA 3BFUA 2FYIA 1UIUA 4LZ7A 4U4SA 3EHSA 4U1OA 2QMXA 5ELVA 3Q25A 1POY1 1MQDA 2D21A 2Z8EA 5CRYA 4PQJA 4KYDA 3HHFA 4NF4A 3CSBA 1NKXA 2P2AA 2O7UA 4OFJA 2XXHA 5DT6A 1SW5A 3OD7A 1SDXA 2Z8DA 3K6WA 4K3FA 1J1NA 2O6AA 1N84A 5HPQA 3C33A 2PBWA 4H8IA 1B9JA 1B0HA 3DLNA 3KOSA 3VVEA 5TU0A 1D4NA 3FATA 3DP4A 3CRBA 3WAFA 1N3XA 4RA1A 3KGCA 5H8FA 3W9WA 1M5BA 4OYVA 1JVXA 3LSXA 4ZEIA 4PFWA 3K6XA 1GV8A 3MVXA 1PBQA 1QULA 2NOOA 4X48A 1SBPA 1CE2A 3VXBA 4O3BA 1I6QA 4GF8A 3PU5A 1B5IA 1R9QA 1OQGA 2DSFA 3K2DA 3PD9A 3B6WA 3UP9A 1PB7A 4PP0A 1B7ZA 3SETA 1MRPA 2NXOA 5K2YA 1MXZA 1B3HA 4ZEBA 5JTYB 5CM6A 4IO3A 4FORA 2OWSA 4JSOA 4R6HA 1JETA 2BJJX 3KN7A 3MPLA 3PMXA 3MW0A 3M3KA 4F1UA 4NMYA 3RTWB 4YMAA 3PUYE 4OXVA 1H3DA 4OWDA 4R74A 1R6ZA 4EF1A 3ILTB 1JQFA 4WKMA 1M5EA 1URSA 3IX1A 3KJTA 4YMBA 3H7MA 3GBBA 4DCYA 3SESA 2RF1A 4BDNA 1M5DA 4RPOA 1QUJA 4XKPA 2Y7PA 3AXFA 3VLUA 2H99A 4QFKA 5L9SA 3CVGA 1FQBA 1EU8A 3CG1A 2O68A 5CMCA 4DCXA 5KDTA 1MQIA 3MBPA 1I6AA 2XXIA 3FVNA 4GL8A 2DE2A 3GZGA 4YKIA 2ESNA 2GHAA 1B5HA 2LAOA 4GXSB 2QPQA 1WVJA 4ZE8A 2B3BA 4JDFA 5FHMA 2V84A 4OMBA 3A3CA 3FD3A 3QK6A 3LSWA 2DE3A 2YJPA 4EQ7A 1QKAA 5B70A 3DELB 3PPOA 1UIVA 3ILUB 4G8NA 2HZLA 2VP1A 4UACA 4XKRA 5ITOA 2ONRA 3RGYA 2UYFA 3FXUA 3R26A 4DIGA 1PB9A 3K1NA 4XXUA 4I1DA 2D3IA 5LOMA 1VE4A 5DEXB 4P0GA 4U1ZA 3V89B 3CR9A 1JNFA 4DXUA 5FHNA 4KHZE 2GHBA 1MG1A 3MVYA 2QL3A 4POXA 4JXIA 1T0KA 3LR1A 3K6UA 3TDJA 3MVWA 4F18A 4F3PA 1Y3NA 5I2NB 4U22A 1MY4A 4BDQA 1MDQA 3SEXA 4RPNA 2F7BA 3TELA 3O29A 1YAEA 4ZDMA 3K4UA 4OEUA 3U92A 1QUIA 2RC9A 4HCYA 4BDRA 3HO7A 3MPKA 5K2XA 2F35A 3LSFB 3V83A 5JEIA 4ECFA 3TTLA 1JEVA 1LCFA 1IUDA 3O9PA 1SYHA 1OLCA 4THIA 1XS5A 2R6GE 4F3BA 3C35A 5IKBA 3UIFA 2Z22A 4FAJA 3H6WA 3ECRA 4FEBA 4N13A 1MXVA 2Q88A 4G68A 4KYEA 1A7LA 4ZEDA 3FVKA 4GRKA 5BWJA 4ND9A 5KCJB 4JSDA 4KD5A 1B3GA 3IORA 1MQJA 3S9MC 3ZS6A 4YKJA 3SEUA 3KG2A 1TFAA 1N7XA 1LBCA 3L6HA 1R1NA 1MH4A 3MWBA 3OOAA 3K1MA 2NVUB 3HN0A 4NF4B 4H8JA 4F2OA 1IXCA 4ELQA 1XHYA 4KQPA 1LSTA 4TOZA 4F22A 2Z8FA 1Z7NE 2X26A 2ZYKA 3VLWA 2FA7A 2V93A 4YB7A 5CMMA 3N94A 4G2ZA 2DWAA 3HHGA 3H06B 2XXQA 4YKPA 2QS4A 3DM0A 4GXAA 3G3GA 2Z23A 4FJPA 4ELRA 1B7HA 4BDLA 2DVZA 3UORA 4BLAA 1UTBB 5H8FB 3THIA 1P1QA 4QFPA 3EF7A 4ZZEA 2D5WA 5ISUA 5EYFA 3RT8A 4LQ2A 4NTLA 2HAVA 3BKIB 3FV2A 1MY0A 1Y4TA 5F1QA 3OEKA 1NH8A 4R2FA 1JEUA 2ZXTA 2OK2A 1MY2A 3RUMA 1M5FA 2XX7A 5I57A 3ZKLA 4PE5B 1QJMA 2Q89A 3VVFA 4F2QA 3B6TA 4F31B 2HZKA 1MXUA 2DXRA 3T9VA 3G7WA 2ALUA 3TCFA 1QW0A 1HSEA 4NEDA 3GLBA 4GIZA 4MH5A 4EDPA 3PGFA 1N76A 1R9LA 3SEYA 3W15C 3TAJA 1SI1A 3TODA 4BDMA 2QS3A 1LAFE 5DYHA 3D4GA 2P1SA 3K01A 3PMWA 4L17A 2B65A 4C1TA 2AIXA 3IB1A 3C36A 3MZ1A 1HSJA 3P7IA 1PBPA 1EZ9A 2XX8A 3RTFB 2CMOA 3S4UA 4QSEA 4H67A 1US4A 1DSNA 3RY3A 2H5YA 3SKPA 3ZKKA 4M4GA 1B5JA 2XXUA 2I4CA 1XVYA 4UA8A 2DWIA 1ZKBA 5KDTB 2R9JA 4AB6A 4HW8A 3SDFA 4GOTA 3V5AA 2ZNUA 4OTEA 5B7DA 1YPNA 4DDDA 3K02A 3G3FA 4IO4A 3KBRA 1B3FA 1IXHA 4Q30B 2G29A 4ONYA 1OLAA 3MAMA 4F19A 3S9NC 3TUSA 2UVGA 1UTBA 4NF8A 3MP1A 2UYEA 2GH9A 1NNTA 1PC3A 2I0CA 2XXVA 1PEBA 3OO6A 1QKBA 5L8DA 4ZE9A 2O1LA 1KWHA 5AA2A 2I48A 2PT1A 2A5TA 1EZOA 1ANFA 1SW2A 2DYXA 3EPEA 3TCHA 2H98A 2FNCA 4R2BA 3IOTA 1XVXA 2QMWA 1RKMA 4DE8A 1IIWA 4IY5A 1SW1A 4IO2A 4U21A 3N6TA 2RC8A 3IOUA 3E9XA 4C1UA 4R6KA 4I9DA 1FTLA 4MLVA 3LUYA 5I59A 4G68C 2DS9A 1S50A 1MM6A 1US5A 3DP8A 1SQYA 2VD3A 5EHMA 3S9LC 2ONSA 3MZBA 3C31A 4ELOA 1LFGA 4RY1A 1SW4A 4H5GA 1I6BA 4ESXA 2WKYA 3E4RA 4GLIA 3IJOB 3KSXA 4LATA 4YKKA 1B7UA 3CFLA 4R9GA 2IA4A 2XHDA 3D4CA 3IK6B 4H5FA 1WDNA 2XXRA 5FHOA 4E0XA 3IJXB 2XXXA 2F97A 3JYRA 4MFIA 4QRZA 3Q27A 4WEDA 1LFHA 2XXPA 3MZ9A 1Y1ZA 2OWTA 5H8NA 4EF2A 3IOWA 3RLFE 4OQOA 3TPAA 4G68B 3TKDA 1QVSA 3EQ1A 1B0LA 3RNNA 2RC7A 1OIBA 2OJTA 1A55A 3PUWE 2DWJA 4P0IA 3DP6A 4F29A 1B58A 1O64A 1Y3PA 1B46A 1IXIA 5J1DA 2W7YA 1B05A 5AA1A 3V8XB 4KCDA 4I62A 3Q26A 3Q28A 2OZZA 1P99A 2PYYA 1B1XA 4QSDA 3C4MA 4DXCA 1IZ1A 3JZJA 4DZ1A 4BDOA 1ZBMA 2ANJA 1EZPA 2QSXA 1IQ7A 3QXMA 1ZLQA 3PPPA 5HM4B 1USYE 2I3WA 4EXKA 2REJA 3FJMA 4YAHX 2YLNA 3LC8A 4MBPA 2F5XA 2DQVA 3OELA 3RN8A 1JW4A 2XXWA 2YPNA 3KFMA 1B3LA 1II5A 4R9FA 4AQ4A 2PX1A 4OESA 5A5XA 1DOTA 4OZ9A 3BBRA 1MY3A 2H9BA 3ODBA 1A54A 3EHUA 1XC1A 2F7AA 2HFBA 4EQBA 1USYH 3OMBA 3TTMA 1B2HA 1B3EA 1H44A 1LAHE 1GTKA 2I58A 4KR5A 4QFOA 3VXCA 2VD2A 5CMKA 4XKNA 3USDA 3OENA 2E0SA 1VFDA 2XXYA 2QS2A 3U72A 4ELPA 1FQDA 4OFOA 2QS1A 3K6VA 3C32A 1XOCA 3MC2A 4P11A 3TCGA 3T9HB 5I57B 3KN3A 4JWXA 1NL5A 5HBCA 4LUBA 5H8HA 4TLMB 3WAEA 1YTVA 1FTMA 5I58B 1LCTA 2KLFA 1PB8A 2PT2A 3IO6A 3MP8A 3CI8A 4Q8RA 4LQ5A 3A3UA 4KCCA 3B7DA 3MJNA 4I8CA 3IB0A 1H76A 3M3FA 4OERA 5CBRA 3KOTA 4KFQA 3L6GA 5AA4B 5TPAA 3H03A 2GFEA 1M5CA 3T9UA 3U94A 1VSOA 4F3GA 4LONB 1SI0A 4RYAA 3OO7A 3H4ZA 5FTIA 4FE8A 1PDAA 2RKMA 1LBBA 1BLFA 1TWYA 1NNPA 4JWOA 2RCAA 2Y7IA 5DVJA 2VGQA 4N07A 1TXFA 3OO8A 3OSQA 5DTBA 4YZZA 3KZGA 2F7CA 2UXAA 4IGTA 4IY6A 5ICQA 1ATGA 3CFZA 1Y3QA 4NF8B 1ZJLA 2Q2AA 3H6UA 3UN6A 1F9BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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