1TZSA

Crystal structure of an activation intermediate of cathepsin e
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
329
structure length
322
Chain Sequence
KEPLINYLDMEYFGTISIGSPPQNFTVIFDTGSSNLWVPSVYCTSPACKTHSRFQPSQSSTYSQPGQSFSIQYGTGSLSGIIGADQVSVEGLTVVGQQFGESVTEPGQTFVDAEFDGILGLGYPSLAVGGVTPVFDNMMAQNLVDLPMFSVYMSSNPGAGSELIFGGYDHSHFSGSLNWVPVTKQAYWQIALDNIQVGGTVMFCSEGCQAIVDTGTSLITGPSDKIKQLQNAIGAAPVDGEYAVECANLNVMPDVTFTINGVPYTLSPTAYTLLDQFCSSGFQGLDIHPPAGPLWILGDVFIRQFYSVFDRGNNRVGLAPAV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Cathepsin E
publication title Crystal structure of an activation intermediate of cathepsin e
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 76
structure length 322
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.34: Cathepsin E.
pdb deposition date 2004-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1tzsA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1tzsA01
4K4QA 3OOTA 4ZE6A 4CKUA 3PHVA 5P25A 3QVCA 3O9EA 4GJ5A 5P4JA 4DQFA 3QI1A 4Y4ZA 3QN8A 1FIVA 4EP3A 1AZ5A 3B7VA 5P12A 5KR1A 2WF0A 3LHGA 5P4WA 3BVBA 1BILA 4ZPEA 1BV9A 1IZIA 3O9LB 2HPEA 3BVAA 4ZSPA 3URLA 3L5DA 5P20A 2SAMA 1GVVA 3OGPA 3O9BA 1WBKA 5P02A 4RVIA 1MSMA 5P3LA 2O4NA 5HDUA 5P1UA 3VEUA 3KDCA 1ZLFA 1ZPAA 3TOGA 2B42A 5P1MA 1B11A 5P4SA 3UDQA 1ZTZA 3D1ZA 2PMAA 2R5QA 4B72A 3CYWA 2F3KA 4DJPA 5P2KA 5P6OA 1E80E 3IAWA 4DQBA 1IBQA 4YBIA 5OZQA 2VKMA 2QMFA 3HZCA 4LL3A 5OZNA 4TRZA 1HEGE 2WEDA 2PK6A 4I8ZA 5P82A 3GGXA 4RCEA 2ZJLA 2ZHUA 4J0YA 5ENMA 2NNKA 1K6VA 3LIQA 4J55A 5P8QA 5KR8A 3N4LA 3ZPTA 3I25A 4GJCA 2FMBA 2P3BB 3BRAA 3KA2A 5P6RA 1MSNA 4Y43A 2V10C 5OZMA 3NWXA 1EAGA 3UQUA 2IRZA 5OYZA 4BFBA 4S1GA 5DPZA 2V16C 3PCWA 5P71A 2AOHA 4LC7A 3D3TA 5P7XA 4Y37A 4Y3SA 4Y35A 1HPVA 3IGBA 4Y3GA 4YD6A 5P41A 3O9LA 4PEPA 4PZWA 5P5DA 3TKWA 5P83A 1AVFA 5P3HA 1HSIA 5P5TA 2VA5A 3OU4B 1HEFE 4EHCA 5HCOA 5P7FA 4ZPGA 1PROA 3UDJA 2G26A 4QGIA 2XFIA 4R91A 1MUIA 5P1JA 5B18A 2ZDZA 3HW1A 2IS0A 5KQYA 3O9GA 3NDXA 4KB9A 3ST5A 3APPA 2NPHA 4KE1A 1RPIA 3S43B 1VIKA 3EC0A 3F9QA 1C6XA 5P15A 2J9KA 4U7QA 5P2UA 4RROA 3DCKA 1B6MA 4JPEA 5DR1A 3WB5A 3NXEA 2IDWA 4EXGA 4J1IA 1EC0A 3PLDA 4Y4DA 4QJ6A 2BQVA 5P6NA 4Z4XA 2P3BA 3KM4A 4Y3WA 3KF0A 2QZKA 2O4LA 3PCZA 3CIBA 5P17A 5OZWA 5P8PA 3S54A 1PPLE 4Y36A 3N3IA 5HVPA 5P6DA 1BIMA 5AGZA 1EC3A 1FQ4A 4Y5KA 3OUBA 4I0IA 5P11A 5P0MA 2ZGAA 5P3JA 3K1WA 3UF3A 1XL2A 4OBGA 1C70A 1K6TA 4L6BA 3PSYA 3NDUA 3VYFA 3EL5A 1RQ9A 4H1EA 3O9IA 4CPQA 4APEA 2P3AA 4QJ9A 3C9XA 1XE6A 1OHRA 2G24A 4EWOA 2B7FA 1QBUA 4PPHA 5P45A 3PGIA 4Y50A 1PPKE 1YG9A 2Q3KA 5P50A 4NJSA 3OU4A 2V00A 1G2KA 5P26A 2JE4A 3OXVA 1HXBA 3DK1A 4GJDA 1W5YA 5ISKA 5OYYA 1TCXA 5P16A 3BUFA 3QAAA 1EBKC 5P81A 4FCOA 5T4SA 5P7DA 5P4UA 4COEA 4Y39A 3S43A 2G94A 3R4BA 1YTIA 5P7RA 2V13A 4NPTA 5P40A 6UPJA 2PYMA 3H0BA 5OZGA 5P7OA 5TOLA 5P3KA 1HSHA 1WBMA 4LP9A 3NDWA 3NUJA 4J1FA 2OHLA 2AOIA 1FKNA 1CPIA 5P4XA 5P7IA 5P88A 2WEZA 2IKUA 3UQWA 3EKWA 4EJKA 2HS2A 4DH6A 1LF4A 5P06A 3BGBA 2R8NA 1ENTE 2JJIA 5DR0A 1YX9A 1GNNA 4I0FA 1APWE 3DUYA 4DI2A 2QMPA 2AZBA 3OQDA 5P4LA 3R0YA 5IS4A 2H6TA 4UPJA 1T7JA 4R92A 5CONA 2OHQA 1PSNA 3S7LA 1HOSA 4J5JA 3HVPA 5AHAA 5P8AA 2P3CA 5FIVA 5P85A 1T3RA 4I0DA 5OZAA 4FRIA 4Y3PA 5P86A 4PZXA 1OEWA 4Y41A 1BAIA 3GGAA 1KJGA 5P28A 2VIYA 2R3TA 4YE3A 1HVRA 2I0AA 4CPWA 4AZYA 5DR3A 5P0SA 1F34A 3UQXA 5P24A 3UDYA 5P52A 5P18A 5P3BA 5P07A 3OXWA 3CKRA 5P3TA 1HBVA 5OZ2A 3KFSA 2H6SA 5OZVA 5P2VA 5P4YA 5OZJA 4FRSA 5P3NA 2G1NA 1ODXA 5OZPA 1IZDA 4AA8A 3H5BA 1META 3CYXA 3BUHA 4MC9A 1TW7A 5DQ5A 1GVTA 3K5GA 3PRSA 2PSGA 4Z22A 2O4SA 5P1XA 5DR8A 3WZ6A 1IDAA 5P7GA 2PWCA 3FNUA 2B60A 1FMBA 2QMDA 3LIYA 5P75A 1AIDA 2APRA 4TRWA 5UPJA 2AOEA 2HIZA 5P0TA 1KJHA 4DQHA 5OYSA 5P5CA 3UDMA 4TVGA 3VLBA 3PM4A 5P6MA 5P5VA 5P1YA 5P6VA 5P01A 4F73A 3SM1A 5P7CA 1HPSA 4J54A 5ER1E 2F81A 5P8GA 3RTHA 3LIXA 3MSKA 2I1AA 3ZKIA 1APTE 5P6TA 4DJUA 1K2BA 1LEEA 5P8BA 4Q1XA 5P78A 5P5FA 5AH7A 4RGHA 3MXEA 1ZSFA 5P6SA 4DFGA 5OZSA 4Y47A 5P8TA 5P05A 3IXOA 5KQZA 2R43A 4D83A 1FGCC 1B6PA 3LINA 2R38A 4Y3NA 4Y5PA 4J1EA 5DGUA 2PSUA 5P8KA 4LBTA 3URJA 1ZJ7A 4Y51A 2BJUA 4Y5AA 3QIHA 5P4QA 2BPVA 5P6PA 2AOFA 2CENA 1HVCA 1ME6A 1TSQA 2NNPA 3GGVA 3KFNA 1M0BA 5P0LA 5KOQA 5SZ9A 1LZQA 5P5ZA 3L38A 2JYSA 5P0PA 4OBDA 5P4AA 4RCFA 3QRMA 4JECA 4ACXA 4CPUA 3PJ6A 4FM7A 4Q1WA 2AQUA 4Y3MA 5P3GA 4RYGA 1IZEA 4NKKA 4B1DA 4FE6A 2R5PA 3O9AA 2AVVA 4GYEA 5P64A 2I4XA 5P0BA 1NPVA 1SDTA 2QHZA 4FLGA 5P43A 1FQXA 1ZPKA 1NPWA 4Y3EA 4OBFA 4ZIPA 1DP5A 5P7WA 3D1XA 3ZKXA 4Y5CA 5P6IA 2RMPA 4CP7A 2QI0A 3DM6A 1K1TA 4MC1A 1ER8E 1B6KA 4Y5NA 2I0DA 3QRVA 5P1OA 5P1EA 2QI6A 3EKVA 1ZAPA 3BHEA 2Q15A 1W5VA 1PSOE 2ZJJA 2J9JB 1FB7A 4F75A 1TZSA 1Z1RA 3AUPA 1MTRA 2V11C 4Q5MA 5P5NA 2QI4A 5P5EA 2OHNA 1HVSA 2BPXA 5P4KA 2WL0A 4H3GA 5P0WA 1IZHA 4HDPA 3SPKA 3WSJA 5P58A 5OZ9A 2VJ7A 5P73A 3G70A 3ZKSA 1IDBA 5OYQA 4PYVA 5DR7A 3HDKA 3CICA 3EL9A 2Q5KA 2RENA 1FG8C 1EC1A 4DJYA 1XDHA 5P22A 4DV9A 4K4RA 3SA4A 1M43A 1UPJA 4YDFA 5P6CA 5EZXA 3EKTA 5P1PA 3OHFA 2NR6A 4CPSA 4GB2A 4YD3A 2QCIA 1FFFC 1GNMA 4HDFA 4CPRA 2MIPA 4GJBA 1C6YA 5P23A 5BRYA 2ER0E 5P7LA 2IGYA 1FFIC 1OEXA 1D4YA 5OZ5A 5P36A 5P8UA 3K4VA 3LPJA 5P2MA 1MEUA 3S2OA 4OBZA 1FG6C 1D4IA 3GGUA 4DPIA 4EJLA 3UPJA 5P5LA 5KQXA 4APRE 2VJ9A 5P5AA 1LV1A 1HVHA 1QS8A 3EKPA 4FM8A 5OYRA 1A9MA 1AJVA 1KJ7A 2JXRA 4I8WA 1VIJA 5F00A 3PBDA 2HB3A 3LPKA 3EMYA 4Y3RA 1LYBA 2J9JA 1N49A 3O99A 4B05A 1LYWA 5P49A 3EXOA 1D4LA 5P1GA 3UDKA 1FQ8A 1HVKA 5P0OA 3IVHA 3SABA 4I0ZA 5C9DA 1D4SA 5HDXA 2AVSA 5HE5A 2PWRA 5P4CA 2OHTA 5P8NA 1IVQA 5P04A 4ER4E 5P80A 2Q11A 4RVXA 5P72A 1XE5A 5P1SA 9HVPA 3QP0A 5OZZA 4D8CA 5OZ1A 5P7EA 3MWSA 4Y3QA 4Y4AA 5P42A 3VLAA 5DQ4A 2AOJA 2P8HA 4Y5MA 5P69A 4LXKA 3OXXA 4B78A 2XYFA 3UQRA 4K4PA 2ZJIA 2CEJA 4OBKA 1DIFA 3RVIA 3CIDA 3NU9A 2ZHVA 5P1DA 3PI0A 4I1CA 3PSUA 1FMUA 3DV1A 4ER1E 5P4TA 3T11A 3RSVA 3DOXA 4RCDA 3RTMA 3TH9A 1SGUA 5P3IA 2FDDA 4Y9WA 5P8FA 1A8KA 1B5FB 1K6CA 4Y45A 5P3MA 4FS4A 5AH8A 5P2WA 3ZPSA 4DPFA 1YTGA 4IVSA 3WZ8A 5HE4A 2IKOA 4DJXA 1HVIA 2FGUA 5P2YA 4HLAA 1AJXA 1AAQA 5P0XA 1HWRA 2AOCA 3U71A 3SA3A 3EBZA 3EL1A 5P4DA 3MSLA 1PFZA 2HB2A 4XXSA 3VV6A 3BXRA 3JW2A 4D85A 4YHQA 2FLEA 5P0EA 2ZYEA 4H3IA 5HD0A 3OHHA 5P7PA 5P31A 3PB5A 2QU2A 3PSGA 3K5FA 3L5BA 5P8MA 5P47A 5HCTA 1EPRE 1HVLA 2QZLA 3PMUA 2XFJA 4J1KA 3UQPA 4Y53A 5OZLA 1B6JA 5P56A 4Y4JA 1YTJA 1CZIE 4F76A 5PEPA 2XFKA 1FQ7A 4HA5A 3INDA 1G0VA 5P87A 5P8OA 4CPTA 1RNEA 3NR6A 3WZ7A 4TVHA 2OHKA 1HTGA 5P2QA 2IGXA 3SA5A 1MRWA 4Y3JA 3KFRA 3I7EA 5P2IA 5P0HA 5P7BA 3OY4A 1B5FA 2QHCA 4EQ0A 2Q54A 5P2SA 5P63A 4EYRA 4YA8A 5P74A 4DQEA 5P3QA 2CEMA 3ZMGA 5P5UA 3NWQA 1A30A 3NU3A 3OK9A 4JP9A 4AMTA 4CPXA 1FLHA 2VS2A 1UH7A 4DJQA 5P5XA 2I4UA 3OWNA 4QLHA 4Y6MA 2OHMA 2VA6A 4BEKA 5P00A 1FF0C 5P7KA 3MSJA 2OHRA 3OUDB 2HB4A 3NU6A 5P3EA 2WF2A 3A2OA 3UCBA 2WF3A 3ZKGA 3KMXA 5P13A 4OBJA 4LAPA 5P34A 2F80A 3BGCA 5P60A 3OQAA 4I0EA 5HDZA 3OADB 5P54A 1T6EX 2AZCA 5OZ3A 3PWMA 5P1NA 2VNNA 5AHCA 5DQ2A 1Q9PA 2NMZA 3TPRA 5APRE 5P55A 1E5OE 1MIQA 3Q4BA 1G35A 4LHHA 3IVIA 5P5GA 5P3XA 5P6UA 4FGXA 5P4ZA 4NJVA 5AHBA 2AVQA 1J71A 1KZKA 3PWRA 1HPXA 4Y4UA 2ZHRA 3OUCA 2G21A 1T7IA 5P5SA 1MRXA 4A4QA 2PK5A 5P0VA 2OHPA 5P2JA 1W6IA 5P66A 4RVJA 1BXOA 2FIVA 2FXEA 4YD5A 4Y57A 4NJTA 5P68A 2IL2A 3HD8A 4XX4A 4YCYA 5P1VA 1F7AA 4E43A 1DW6C 5P3OA 5P29A 2QMGA 5P09A 5P1RA 1XS7D 1XN2A 3OU3A 3VSWA 5P1HA 5P3VA 3SKFA 3TKGA 5P0QA 1NH0A 1QRPE 2B8VA 1GKTA 2WHHA 1MT7A 5OZXA 4FIVA 5JODA 4Y3FA 3K5CA 3NUOA 2QI7A 4XX3A 2ZHTA 1EPNE 3KDBA 4RLDA 5P8IA 5P6JA 4YOBA 4DQCA 1SGZA 4I11A 3VUCA 4LXMA 5SY2A 3VSXA 2WEBA 5ISJA 4Y3ZA 1YM4A 1HTFA 2ER9E 4ER2E 3ZPUA 3OADA 4FSEA 1JLDA 5DQCA 3VV8A 3K5DA 4K8SA 4ZLSA 3D1YA 5DGWA 2NMYA 4Y4BA 5P4NA 5KR2A 1W5XA 5P5IA 1BDRA 5I3WA 5P8RA 3L5FA 3Q5HA 1BVEA 2G1SA 1APVE 3U7SA 2BKTA 3GI5A 1YT9A 2BBBA 4RYCA 5P5PA 1GVWA 5OZEA 5P6QA 2O40A 2QHYA 5COPA 4AUCA 3MXDA 1Z8CA 5P57A 5P7UA 4U8WA 3UTLA 2UXZA 3R0WA 3BXSA 4R95A 3FSMA 3IXKA 5P0DA 5IVTA 3FIVA 5P6YA 5P8HA 2WKZA 4ZSRA 3OTSA 3ZKMA 4Q1NA 5I70A 3AIDA 5HTZA 3U6AA 1EBZA 2WF4A 5P5RA 1QBRA 4YCKA 5CLMA 5OZ7A 3FNSA 2NTRA 5P1LA 4J0TA 5P4IA 2BKSA 4I0HA 1KJFA 3LPIA 2VIZA 4Y38A 1MERA 3S8IA 5KR0A 3L3AA 2G22A 2AIDA 4FRKA 2ZJHA 3M9FA 5P6KA 3LZVA 4N00A 1BV7A 2RKFA 5P1KA 5OZCA 3LZUA 2Q63A 5P2OA 2G20A 5IVSA 3ZL7A 1YTHA 3KFPA 5P5QA 5P84A 5P5HA 3D20A 3IA9A 4RRNA 3O9FA 2BPZA 1NSOA 2V12C 3EKQA 3T7PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4K4Q A;  3OOT A;  4ZE6 A;  4CKU A;  3PHV A;  5P25 A;  3QVC A;  3O9E A;  4GJ5 A;  5P4J A;  4DQF A;  3QI1 A;  4Y4Z A;  3QN8 A;  1FIV A;  4EP3 A;  1AZ5 A;  3B7V A;  5P12 A;  5KR1 A;  2WF0 A;  3LHG A;  5P4W A;  3BVB A;  1BIL A;  4ZPE A;  1BV9 A;  1IZI A;  3O9L B;  2HPE A;  3BVA A;  4ZSP A;  3URL A;  3L5D A;  5P20 A;  2SAM A;  1GVV A;  3OGP A;  3O9B A;  1WBK A;  5P02 A;  4RVI A;  1MSM A;  5P3L A;  2O4N A;  5HDU A;  5P1U A;  3VEU A;  3KDC A;  1ZLF A;  1ZPA A;  3TOG A;  2B42 A;  5P1M A;  1B11 A;  5P4S A;  3UDQ A;  1ZTZ A;  3D1Z A;  2PMA A;  2R5Q A;  4B72 A;  3CYW A;  2F3K A;  4DJP A;  5P2K A;  5P6O A;  1E80 E;  3IAW A;  4DQB A;  1IBQ A;  4YBI A;  5OZQ A;  2VKM A;  2QMF A;  3HZC A;  4LL3 A;  5OZN A;  4TRZ A;  1HEG E;  2WED A;  2PK6 A;  4I8Z A;  5P82 A;  3GGX A;  4RCE A;  2ZJL A;  2ZHU A;  4J0Y A;  5ENM A;  2NNK A;  1K6V A;  3LIQ A;  4J55 A;  5P8Q A;  5KR8 A;  3N4L A;  3ZPT A;  3I25 A;  4GJC A;  2FMB A;  2P3B B;  3BRA A;  3KA2 A;  5P6R A;  1MSN A;  4Y43 A;  2V10 C;  5OZM A;  3NWX A;  1EAG A;  3UQU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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