1U8GA

Crystal structure of a hiv-1 protease in complex with peptidomimetic inhibitor ki2-phe-glu-glu-nh2
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Inhibitor binding at the protein interface in crystals of a HIV-1 protease complex.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1u8gA00
4I8ZA 9HVPA 3K5GA 2V10C 2EWYA 4KUPA 2P83A 3LITA 1OEXA 4CPRA 3TKWA 2B8VA 4Z50A 4CPWA 3PMYA 5HU0A 4R8YA 3KT5A 2AOEA 5OZ4A 1YG9A 4GJAA 2QP8A 3FSMA 5P17A 4PZWA 1D4JA 5DQ2A 2P3BB 5HCTA 1SP5A 5P88A 3MWSA 4YE3A 2VIJA 2AOGA 2AOJA 2G94A 2PC0A 4R91A 5P52A 5P8NA 3OXCA 5P01A 5OZOA 3UCBA 3D1ZA 2FMBA 4JP9A 3HW1A 1GNNA 5P7MA 1ENTE 3OTSA 5KR8A 3NR6A 1BDQA 1FEJC 3B80A 4HZTA 2I1AA 2HB2A 4GYEA 3PGIA 3EL1A 3ZKXA 3EKQA 3ZKIA 5KQFA 2P3DA 2PK6A 5P5HA 2ZE1A 5OZIA 5OZDA 5P8UA 3VSWA 2PSGA 2WL0A 3NU9A 5P5DA 3N4LA 5P8RA 5OZMA 3LPJA 1BDLA 5P3AA 2G1RA 2IKUA 1JLDA 4DQCA 5P2FA 4OBJA 5P3XA 5P39A 3HZCA 1HWRA 5P71A 2G1YA 1FMUA 3OUDA 5P6GA 4OBGA 2PYNA 3TPRA 3OXWA 2G27A 1LF3A 1EEDP 3I8WA 4Q1WA 3DJKA 5P54A 2G20A 4R95A 3SAAA 5P8HA 3O9LA 4QJ2A 4EJKA 1HXBA 2OHTA 5P42A 5UPJA 5IVRA 5P0OA 5P26A 1C6YA 3SM2A 1B11A 4AUCA 4Y37A 2FGVA 5DR1A 4ZSMA 2J9KA 1HPOA 2NMZA 5P30A 5I3XA 1T7IA 4H3FA 4DQBA 3VUCA 2AVVA 1XL5A 3B7VA 1SDVA 2JXRA 2G69A 4Y5KA 5DPZA 2F3EA 3SA5A 4Y3WA 5DGWA 1XN2A 4Y4WA 5FIVA 3PB5A 5P0BA 4J1FA 2BPYA 1ER8E 4L7JA 5T4SA 1YTIA 5P5GA 1D4IA 2Q15A 5KR2A 1J71A 5P05A 1TSQA 1META 3EL9A 4Y3SA 3F9QA 3HVPA 5HCOA 3D3TA 5AHBA 3UDKA 3OU1A 2FS4A 3BRAA 5OZTA 3FKTA 3GI5A 4H3GA 3QBFA 1HXWA 4PPHA 6UPJA 3S2OA 3NYGA 4Y3FA 1HTRB 3H0BA 4LXAA 3UQPA 1WBKA 3IVIA 4Y3LA 3BXSA 5P12A 3SA6A 4X7IA 2VJ7A 4EJ8A 2NXDA 1K2BA 4RRSA 2V11C 4HVPA 5P25A 1SIPA 5P19A 5I3VA 2ZJNA 2QD6A 1W51A 1NSOA 4CPQA 5P3TA 4Y44A 5CONA 5P8CA 2QZWA 3VYFA 1NPWA 5P5MA 5P4NA 3TOGA 3IN4A 5OYSA 5DGUA 5OZPA 5P36A 1MRXA 5P6RA 4ZPEA 2Q55A 4Y9WA 4FSLA 4XX4A 2Q54A 1IBQA 3KDDA 5P7GA 1VIKA 5P7TA 1GNOA 1N49A 5P04A 5P5VA 1SIVA 3PCZA 1MVPA 4NPTA 5HDZA 2AOFA 4COEA 5P7FA 5OZ8A 4QJ9A 3OUDB 5P4BA 3GI6A 4I0EA 4FCOA 3NU6A 5P5YA 4MC1A 4Y3YA 2ZJKA 5P3PA 1AIDA 3CICA 4J0YA 4DV9A 5P3CA 4OC6A 5P0CA 5P5SA 2QI1A 5P7ZA 1ZTZA 3O9LB 5P4LA 3FNUA 5P0SA 3I7EA 1LV1A 5OZGA 5OZFA 3BGCA 1HVLA 2Z4OA 3EBZA 3UDJA 2H6SA 5P5IA 4NJTA 2ZGAA 4EHCA 1IZHA 3CKTA 1FQ6A 1HBVA 5AH9A 5P0YA 3OTYA 4FRJA 1BWAA 4Y5PA 5P0UA 4DI2A 3PI5A 3QBHA 3QRMA 2OHMA 3ST5A 3KT2A 2J9JA 3PVKA 1B5FB 4Z2ZA 5DR4A 3IXKA 5EZZA 3QS1A 1XE5A 4LL3A 4HDPA 4YCYA 1A30A 4CPSA 3MSJA 4Y47A 3LINA 5P1LA 3BUFA 4ZIPA 3I2LA 5P5BA 3HLOA 5P1WA 5P1PA 5P4JA 2BKTA 5DR8A 5P3NA 3OU1B 4ZSPA 5P6IA 1HSHA 5P45A 1MERA 3L5BA 5P63A 2NXMA 4Y5GA 1LZQA 3K1WA 2WF2A 5P1AA 1XE6A 4I0GA 1HEFE 3BC4A 1K6CA 5HDUA 3L5CA 1XS7D 3PI0A 5P6CA 3OUCA 5P02A 2F8GA 5P7IA 3O9IA 4K4QA 4YBIA 1DAZC 3ZKNA 5P4GA 2AVOA 3R0YA 4D88A 4NPUA 2IENA 5P4ZA 3EL0A 1SDUA 4R92A 3S7MA 1MPPA 4Z22A 3CKPA 2QU2A 3EKWA 4Y35A 5P55A 4AZYA 2VA7A 2VA6A 3L3AA 5P7SA 3ZPTA 4Y58A 5P3GA 2B7ZA 1PROA 5DR3A 2OF0A 3OUBA 5AHAA 3T7XA 1MUIA 5P37A 2BJUA 2QD7A 3S43A 5P2NA 5P4UA 5P23A 1D4LA 3LZYA 2AOCA 5P4XA 2QMGA 3BUGA 4FIVA 1K6TA 3S85A 5P5XA 5OYYA 4HLAA 4YDFA 4RRNA 1OEWA 5P5NA 4AMTA 1FMBA 5P10A 2BPWA 3AUPA 3L5DA 5P1GA 1EPOE 4RROA 2G1NA 5P29A 4I11A 3KFPA 5P7VA 3HVGA 1DP5A 5P4EA 2HS2A 3O99A 2AOHA 5P8PA 2XFKA 1C70A 3APRE 3NUOA 1HIIA 3URJA 2R8NA 1HVJA 4QJ6A 4OC6B 5BWYA 5P3MA 2XFIA 3IAWA 2HB3A 1BXOA 5P7RA 1T7JA 4BEKA 5J25A 4U8WA 3MSKA 3MSLA 5OZEA 2A1EA 3SPKA 1HVRA 2CEMA 1EC0A 4WY1A 4YD6A 5P0AA 5P3BA 3TNEA 5P6KA 1XDHA 1E82E 5COKA 3RTNA 5P2KA 3SABA 2UY0A 4AA8A 2F3KA 3INFA 4B1DA 4Z4XA 5P7DA 5P0GA 3D1YA 3SA3A 2HPEA 5P2QA 1FLHA 2I4QA 3OHFA 5P6SA 1ZLFA 2IL2A 1SBGA 2QD8A 4QLHA 2J9JB 2WKZA 5E5JA 1A94A 2PWRA 5P3OA 5OZ1A 3L5FA 3SQFA 5P1KA 3BUHA 2ZHTA 1W6IA 2ZHSA 2BPXA 3KMXA 2F81A 2QI0A 4YA8A 3OGQA 5P07A 5P8DA 2R38A 3OQDA 3KDCA 5P3VA 4Y4XA 1ME6A 5P0KA 1SGZA 3OQKA 2RMPA 3WB4A 1MT8A 1EBKC 2QNQA 5COOA 5P8KA 5P5PA 4ER1E 2QNPA 3HAUA 5ENKA 1PFZA 4L1AB 3ZLQA 5P51A 3CYXA 5P0JA 5OZ5A 2R5PA 5IVSA 5P1TA 1AAQA 3KFSA 5P3SA 1BWBA 2BB9A 2H6TA 3G72A 5IS4A 1LYBA 3UDMA 2ANLA 3ZKGA 3I6OA 4F73A 2G26A 2G24A 4CP7A 4D83A 2NMYA 3URIA 3VF3A 4JOOA 5SY2A 1D4KA 4Y5LA 4DQFA 3VSXA 2IRZA 5P0PA 2OAHA 7UPJA 4RCEA 4XKXA 4L7GA 3S43B 3NUJA 2RKFA 3PLLA 1F7AA 1K1TA 3HAWA 3QN8A 5P1JA 3UQUA 3K5FA 1RNEA 3UDPA 5P79A 4RVIA 5P3EA 5E5KA 4CMSA 1PPKE 3R0WA 3BVBA 5DQ5A 3D1XA 4DPFA 2NXLA 4RCDA 4Y56A 5P6JA 1FQXA 1WKRA 3Q70A 5P3YA 5P3DA 2V16C 4MC2A 3VV8A 4FM7A 4ZLSA 2QI3A 3TTPA 3VEUA 4Y4DA 5P5EA 1ODWA 5P2SA 3DOXA 3D91A 4Y3DA 2FLEA 3INDA 2O4PA 4Q5MA 4F75A 3PJ6A 1MT9A 4Y5BA 3EMYA 3LZVA 5P2WA 2QCIA 1YX9A 5P3WA 1PSNA 5OZCA 1HVIA 3INHA 1VIJA 1MTRA 5P6OA 5BS4A 1TZSA 5P7UA 3QP0A 5P34A 1D4HA 3PSUA 2B8LA 2IS0A 4Y3TA 3PWRA 4HEGA 5P1ZA 3SACA 1EC2A 2ZJJA 5OZRA 4CPXA 5P6MA 2JE4A 3DUYA 4L6BA 3PWMA 5P7XA 2I4XA 2NNPA 4DJQA 3OAGA 5P2HA 4Y5MA 1HVCA 2ER0E 5P5OA 3KDBA 2VS2A 1OD1A 1LEEA 3OXVA 2BPZA 1QBTA 1HPXA 1ZJ7A 3GI0A 5KQYA 4Y5CA 3ZKSA 3DM6A 2APRA 1T6EX 3KN0A 5P31A 5P4YA 3NDXA 3NLSA 2Q3KA 1BDRA 3OQ7A 5OYZA 1D4SA 5OZYA 1KJ4A 4B00A 5P33A 4DJVA 4I8WA 1QDMA 2V13A 3JW2A 5P56A 4I0IA 3Q5HA 5P16A 4BFBA 3OGPA 1AM5A 4H3IA 4B77A 1B5FA 3WZ7A 3IXOA 5P66A 3BGBA 2QMDA 1AJXA 4YCKA 3NU3A 2O4SA 5P27A 3RSXA 3KA2A 5P4PA 4GJ8A 3IA9A 2OHUA 4GZFA 4Y4TA 1LYBB 5P4KA 4WTUA 1YTJA 2R9BA 4Y3NA 3G6ZA 1BIMA 4B78A 1HVSA 4GMIA 1T3RA 3ZKQA 2B42A 2G1SA 4L7HA 4CKUA 5OZSA 5P41A 2AQUA 5OZ6A 5ISKA 5P0VA 3VYEA 1FQ5A 2V00A 1NPAA 4B1CA 1CPIA 1XN3A 2R3WA 2WECA 3OU3A 4Y53A 5P4AA 2OHPA 5P5JA 3LIYA 4IVSA 5P70A 5P7CA 3VFAA 4XX3A 2FIVA 5AHCA 5HE7A 3S7LA 5P74A 1LYAA 2Q64A 3VLBA 1SMEA 4Y3ZA 5P1XA 5P1VA 4Y5EA 3LIVA 5OZKA 1W5WA 1EPPE 1FKNA 3JVYA 4PHVA 2OHRA 3UDYA 3K4VA 3UPJA 2HS1A 1PPME 4K8SA 4I0ZA 3T3CA 2ZHVA 5P0LA 2FGUA 3Q6YA 4Y5AA 5HDVA 3SKGA 5P3RA 2FXEA 4DPIA 1UPJA 5P4QA 1APWE 4ZSRA 5I70A 4DJOA 4YHQA 3UQXA 1HSIA 5P7PA 5P6WA 3L59A 2PSUA 3LIXA 3OOZA 5P7HA 4QJAA 2PMAA 1BBSA 2G1OA 4Y39A 5P5AA 3U71A 2QI6A 4J17A 3EM4A 5P09A 3OAGB 5OZ9A 2ZJLA 5P5RA 5P4IA 3RTHA 5P5FA 5OZUA 5P6NA 1UH9A 5COPA 5P3LA 1K2CA 3S45A 4I0DA 5P2JA 1IZEA 3KMYA 3PWWA 4Q1YA 5P72A 4Y45A 4I12A 5ISJA 4TVHA 4Q1NA 4Y4BA 3K5DA 5P1YA 3PM4A 3SKFA 1TCXA 4Y36A 5P3ZA 4KE1A 5P1RA 4Y3GA 1IDAA 4NJSA 5P0RA 4J1IA 3INEA 5KAOA 4OBDA 4RYCA 3EKXA 4YBFA 4QJ8A 3LIZA 4YD3A 4Y4JA 5P83A 1HVHA 2WF1A 1ZPKA 4DQEA 4Y38A 3LPKA 4U7QA 2WEAA 1DMPA 4B1EA 5P47A 4JPCA 5P4MA 1BV9A 5P84A 1UH7A 1M0BA 4A6BA 1A9MA 3O9BA 1BVGA 1EAGA 1LYWA 5P3IA 4RYGA 5P6BA 4RGHA 3FNSA 5P2BA 4FM6A 2AZBA 3UFLA 5P64A 5OZBA 4ZPGA 3M9FA 1F34A 4I0HA 2ZHUA 3EKYA 3GGVA 5P4RA 5P1SA 4FM8A 3T7QA 4DVFA 2PK5A 3KF0A 3O9DA 3ZKMA 2P3CA 4J54A 4B0QA 4RCFA 1HEGE 5DR0A 1MSMA 4L1AA 4Y3MA 5C9DA 2FNTA 5P4VA 5P1UA 2UXZA 2VNMA 3U6AA 1HTGA 3TKGA 2IGXA 3G70A 2VIEA 5P53A 5P5KA 4H1EA 5P7YA 5P48A 5P2OA 5C9BA 1PSAA 1FGCC 1RQ9A 1AVFA 3SA8A 1LYAB 4OBKA 2O4NA 2AODA 4GJBA 1FQ8A 2PYMA 5P76A 1B6LA 5P57A 4PEPA 3UDRA 3HDKA 2QU3A 4EYRA 1QBRA 4MC6A 4UPJA 1YM4A 3PEPA 5P22A 5P5WA 1ZBGA 5I3YA 2XYEA 3DCKA 2WF4A 5PEPA 5P7OA 5P60A 3RU1A 4Q1XA 1FB7A 4U7VA 1G2KA 2ZJHA 2BQVA 1IVQA 5APRE 5OZQA 5P59A 4QJ7A 2NNKA 3L58A 2IQGA 4R5NA 4CPTA 2FDEA 5P6VA 4YOBA 3S54A 6FIVA 3LZSA 5P4TA 4D85A 4HDBA 2FDDA 2I4WA 1QBUA 4J0TA 2QMFA 2OHLA 3EL4A 4N00A 4ACXA 1NPVA 2I4DA 1W5YA 4B70A 3PRSA 4GIDA 1IDBA 3Q4BA 1TSUA 4OD9A 4ZPFA 2MIPA 2XFJA 4E43A 1TCWA 5P5LA 3R2FA 4EWOA 5P6EA 4F76A 1APUE 5HDXA 4YD4A 3CIDA 4EJLA 4PZXA 1APVE 1DW6C 4K4PA 5P73A 5ER2E 2QI7A 3UQRA 2WEZA 3RTMA 5KOSA 2OHSA 2QZXA 3S56A 4A6CA 4DJWA 2WEBA 5P1FA 3QIHA 5F01A 1HPVA 1BILA 3A2OA 5P8OA 5OYVA 5P0QA 2IGYA 1ZP8A 3NWXA 3GW5A 1HHPA 1BXQA 3IXJA 5P78A 4Y43A 1A8GA 5P1NA 1MEUA 2HPFA 1C6XA 1G6LA 3EKVA 3APPA 5OYRA 4FRSA 2VIYA 2WJOA 4Y3AA 3UQWA 1OHRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4I8Z A;  9HVP A;  3K5G A;  2V10 C;  2EWY A;  4KUP A;  2P83 A;  3LIT A;  1OEX A;  4CPR A;  3TKW A;  2B8V A;  4Z50 A;  4CPW A;  3PMY A;  5HU0 A;  4R8Y A;  3KT5 A;  2AOE A;  5OZ4 A;  1YG9 A;  4GJA A;  2QP8 A;  3FSM A;  5P17 A;  4PZW A;  1D4J A;  5DQ2 A;  2P3B B;  5HCT A;  1SP5 A;  5P88 A;  3MWS A;  4YE3 A;  2VIJ A;  2AOG A;  2AOJ A;  2G94 A;  2PC0 A;  4R91 A;  5P52 A;  5P8N A;  3OXC A;  5P01 A;  5OZO A;  3UCB A;  3D1Z A;  2FMB A;  4JP9 A;  3HW1 A;  1GNN A;  5P7M A;  1ENT E;  3OTS A;  5KR8 A;  3NR6 A;  1BDQ A;  1FEJ C;  3B80 A;  4HZT A;  2I1A A;  2HB2 A;  4GYE A;  3PGI A;  3EL1 A;  3ZKX A;  3EKQ A;  3ZKI A;  5KQF A;  2P3D A;  2PK6 A;  5P5H A;  2ZE1 A;  5OZI A;  5OZD A;  5P8U A;  3VSW A;  2PSG A;  2WL0 A;  3NU9 A;  5P5D A;  3N4L A;  5P8R A;  5OZM A;  3LPJ A;  1BDL A;  5P3A A;  2G1R A;  2IKU A;  1JLD A;  4DQC A;  5P2F A;  4OBJ A;  5P3X A;  5P39 A;  3HZC A;  1HWR A;  5P71 A;  2G1Y A;  1FMU A;  3OUD A;  5P6G A;  4OBG A;  2PYN A;  3TPR A;  3OXW A;  2G27 A;  1LF3 A;  1EED P;  3I8W A;  4Q1W A;  3DJK A;  5P54 A;  2G20 A;  4R95 A;  3SAA A;  5P8H A;  3O9L A;  4QJ2 A;  4EJK A;  1HXB A;  2OHT A;  5P42 A;  5UPJ A;  5IVR A;  5P0O A;  5P26 A;  1C6Y A;  3SM2 A;  1B11 A;  4AUC A;  4Y37 A;  2FGV A;  5DR1 A;  4ZSM A;  2J9K A;  1HPO A;  2NMZ A;  5P30 A;  5I3X A;  1T7I A;  4H3F A;  4DQB A;  3VUC A;  2AVV A;  1XL5 A;  3B7V A;  1SDV A;  2JXR A;  2G69 A;  4Y5K A;  5DPZ A;  2F3E A;  3SA5 A;  4Y3W A;  5DGW A;  1XN2 A;  4Y4W A;  5FIV A;  3PB5 A;  5P0B A;  4J1F A;  2BPY A;  1ER8 E;  4L7J A;  5T4S A;  1YTI A;  5P5G A;  1D4I A;  2Q15 A;  5KR2 A;  1J71 A;  5P05 A;  1TSQ A;  1MET A;  3EL9 A;  4Y3S A;  3F9Q A;  3HVP A;  5HCO A;  3D3T A;  5AHB A;  3UDK A;  3OU1 A;  2FS4 A;  3BRA A;  5OZT A;  3FKT A;  3GI5 A;  4H3G A;  3QBF A;  1HXW A;  4PPH A;  6UPJ A;  3S2O A;  3NYG A;  4Y3F A;  1HTR B;  3H0B A;  4LXA A;  3UQP A;  1WBK A;  3IVI A;  4Y3L A;  3BXS A;  5P12 A;  3SA6 A;  4X7I A;  2VJ7 A;  4EJ8 A;  2NXD A;  1K2B A;  4RRS A;  2V11 C;  4HVP A;  5P25 A;  1SIP A;  5P19 A;  5I3V A;  2ZJN A;  2QD6 A;  1W51 A;  1NSO A;  4CPQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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