1UBZA

Crystal structure of glu102-mutant human lysozyme doubly labeled with 2',3'-epoxypropyl beta-glycoside of n-acetyllactosamine
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVREPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title X-ray structural analysis of the ligand-recognition mechanism in the dual-affinity labeling of c-type lysozyme with 2',3'-epoxypropyl beta-glycoside of N-acetyllactosamine
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 49
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ubzA00
207LA 1YL0X 1TEWA 2G4NA 1GFKA 3LN2A 5KXOA 3A6CY 3RU5A 2NWDX 4LT3A 1B9OA 5ILFA 2Q0MX 4HTNA 2D4IA 5LINA 3WVXA 2BAAA 1DI5A 1PS5A 1QUTA 4PGJB 4D9ZA 5KY1A 3WU9A 4DDBA 2A7FA 1GFTA 2MEFA 5DL9A 2Z2EA 1HMLA 1HFXA 1JTPL 1NQIA 5ILCA 4H93A 1LJ3A 1IY4A 1LCNA 4LYOA 1WTMA 4B49A 4FJRA 1IX0A 1I20A 2BQNA 2W1LA 4NEBA 5FDJA 5B05A 2F4GA 1H6MA 3A95A 1YL1X 1LJFA 5JENB 1HC0A 4KPMA 3WL2A 1NBZC 2HTXA 2MECA 5LIOA 1D0LA 2XJWA 4NFVA 5KKJA 1AKIA 1FKVA 3TXEA 1XGQC 1NBYC 1QQYA 5J7CA 3AW6A 3W3EA 3CSQA 5LVJA 1GFAA 4C3WA 2LYOA 3KAMA 4H9FA 1UIGA 1GB3A 2YVBA 5KXSA 1E8LA 1UACY 3A3RX 4NHIA 1HMKA 2W1XA 1LHLA 1CJ7A 4WOAA 1J1PY 3RNXA 1LSCA 1NF5A 3A90A 4ETEA 1CKCA 1G7IC 1UC0A 4W94A 1GFJA 1HENA 1XEIA 5C6JA 1LZSA 1EQ4A 1LJIA 1GE1A 3AZ5A 2DKVA 1AM7A 5FELA 5I5QA 4FDYA 3W6BA 1BB3A 1ZVHL 2YDGA 3LYOA 4LT1A 1NHEA 4XN6A 1TDYA 1JKAA 1LJNA 4B0DA 4BAPA 4BS7A 4ANRA 1NDGC 2RSCA 1JUGA 1LZ5A 134LA 1DPWA 1V7SA 1LZ9A 4XJHA 2W1YA 3SP3A 4YM8A 1IR7A 1LZ4A 5KXNA 4G49A 1RCMA 1TCYA 2F30A 5LYZA 3WU8A 5II3A 1GFEA 1WQOA 1WQRA 4WL7A 2DQGY 1IP6A 2HEBA 1QIOA 2H9JA 1UIBA 2MEHA 4WMGA 1DI3A 2D4KA 3B0OA 1BVKC 1JKDA 4CFOA 1LZYA 3CT5A 3VWOA 4GLAA 1ALCA 1B0DA 1I56A 3AZ7A 3TMVA 1ZMYL 2WARA 2BLXA 2LZ2A 5IHGA 2AUBA 1LMTA 4H8ZA 5FSTA 4NIJA 4DD7A 1BGIA 1KIPC 1GF9A 193LA 5KXRA 5KXYA 1G7LC 1YKZX 1YAQA 1REXA 4G9SA 1BWHA 3M3UA 1GB7A 1W08A 4N0JA 4ETDA 1IO5A 1IC4Y 4XENA 1IIZA 5APCA 4DT3A 4WLTA 1IC5Y 1C43A 3QY4A 5LVKA 4HTQA 4TUNA 4XJGA 4LZTA 4ETCA 1GB9A 2F2NA 2VB1A 1CKGA 2Z2FA 5D5FA 1YKXX 3N9AA 1LJKA 3AGIA 4WM6A 3A6BY 5D5CA 3MGWA 1G7MC 4P2EA 5L9JA 5HMVA 3CSZA 4DD1A 2Z12A 2B5ZA 1J1XY 2YBMA 1P2CC 3HBEX 1JPOA 3A92A 1A2YC 4ET8A 1QDTA 4W96A 3A8ZA 1REZA 3G3AB 3A91A 4XJDA 4E3UA 4DWXA 4H9EA 3HBHA 4LT0A 3ULRA 1CKFA 1GF4A 1GBZA 1SLYA 4WM4A 4XYYA 2FBBA 1LHKA 1JHLA 6LYZA 1OUBA 1VAUA 3HFMY 4OWAA 1DKKA 4WM1A 2EKSC 2ZYCA 3M18B 1C08C 1LJEA 1D6QA 1I1ZA 2DQJY 4Z41A 3P68A 2BQCA 3P66A 1OQMA 2ZILA 1GAZA 1LPIA 1FBIX 1HEMA 3BKHA 3IWRA 4PRQA 1NWGA 5KXWA 4XJBA 1BB7A 1KXYA 2H9KA 1XGRC 4BAFA 1TAYA 1GBYA 1B7OA 2Z38A 1B2KA 3LYZA 3WXTA 1T3PA 3CT1A 2N5ZA 1UUZC 1HNLA 2FYCA 1FLQA 1HFYA 1LJHA 4IJ4A 3WULA 2CJLA 2D6BA 2D91A 1LZ1A 3AW7A 3FI7A 4LFPA 4ML7A 5E9RA 5LXWA 4NGYA 1B7RA 1LZCA 1GE2A 3D3DA 4TSBA 5KXXA 2MEGA 2A7DA 1G7HC 1HEPA 4N1EI 1IY3A 3LYMA 4NHQA 4NGOA 3OJPA 3CSRA 2EQLA 1YAMA 1DXJA 1GB6A 1LOZA 3K3TA 1XGUC 4LYCA 4UWUA 1F6RA 1JWRA 4ZIXA 1IOQA 5IELA 1UICA 1T6VL 1LSYA 4N9RA 2BLYA 4H9AA 1B7NA 1LSGA 1LJGA 2FBDA 3ATOA 4X3BA 1OUGA 4J0LA 4GCCA 1GE3A 3WPLA 1GF0A 2IHLA 3A34A 4R6CA 1VDTA 4DDCA 3B0IA 154LA 4J7VA 1LHMA 1QUSA 1A4VA 1QTKA 1XEKA 1HSXA 1YILA 2BQAA 5LA8A 3WVYA 2YBLA 3AZ4A 4PJ2C 3B0KA 3WU7A 1HHLA 5FHWA 1LZRA 4UWVA 1GF8A 4GLVA 1IP5A 1CJ6A 153LA 1FLUA 1GFGA 4WM3A 2BQBA 4NHTA 3WH1A 3WUAA 3OK0A 1HFZA 3N9EA 4WLYA 1LMQA 1GEVA 4OWCA 1YAOA 1RJCB 3W6CA 5LVHA 4TSCA 4J1BA 1BB6A 1GF7A 3EO5A 2XTHA 1DPXA 4Z46A 4GN5C 1HEWA 1XGPC 3W6EA 4J1AA 4XJIA 2XBSA 1F0WA 1MLCE 2MEDA 3GXKA 4HV1A 1GDWA 3WW6A 1DKJA 2CGIA 3D9AC 1GXXA 2Z19A 3AJNA 1JISA 1KIQC 1WQQA 2W1MA 1FDLY 5I54A 1JEFA 1GE0A 1LYOA 1AZFA 3TXBA 1RFPA 2EIZC 3P64A 4OWHA 3WMKA 2Z37A 4N1CC 2H5ZA 4CFPA 1D6PA 5DM9A 1DZBX 4WG7A 2YBIA 1JSFA 1FLYA 1UIEA 2HU1A 1IC7Y 2YBNA 1LZBA 1UBZA 4OOTA 5C6IA 1Z55A 5LVIA 132LA 1LZDA 4YENA 1JKBA 3LHMA 2DQEY 4YOPA 5AMYA 4CJ2A 4NGZA 2YBJA 1UIFA 4R0FA 4DD2A 5KXPA 4AXTA 1LSBA 5KXLA 4WM5A 2LZTA 3TXKA 5KXKA 1C46A 4OWBA 5LVGA 4NWEA 1V7TA 1XSFA 4HV2A 4YF2A 2EPEA 1CNSA 1D0KA 1LSAA 4GN3A 1SQ2L 1DQJC 1QDRA 2YBHA 4N5RA 1JIYA 3TXHA 3ZEKA 1W6ZA 2MEAA 3TXIA 3BKVA 2CWIA 1ZV5L 1GF5A 2GV0A 1IOSA 1B7QA 1WQMA 1IWXA 2C8OA 2Z39A 4GN4A 4NGKA 5F14A 3J4GA 4HJYA 1XFPL 4L41A 2ZQ3A 2LYZA 4U3XB 4B1AA 8LYZA 4H94A 5L3IA 4WO6A 4HPEA 1IVMA 3IJUA 135LA 1EL1A 1UCOA 1YIKA 2DQHY 4LYTA 4NGWA 1JKCA 1VATA 1YQVY 4PHIA 4RLMA 1H87A 1LSDA 4RLNA 4UWNA 1LZNA 4CGEA 1JSEA 1LZGA 1DI4A 1F6SA 1HF4A 3WYHA 5LYMA 1NKHA 4HP0A 1WVUA 2ZYPA 5APEA 4NG1A 2HEEA 3TXDA 4GCBA 1UA6Y 4O34A 4NSJA 1B5ZA 1CKHA 3QNGA 2BQHA 4PPOA 2LHMA 2BPUA 1UIDA 3B6LA 4EMNA 1IOTA 2Y8PA 3A3QA 1BVXA 133LA 1OUEA 4H92A 5B06A 4CHXA 4DD0A 4H8YA 3WPKA 5HNLA 5LAGA 2MEIA 4H8XA 1ZVYB 4GCFA 2F4AA 2BQFA 2DQIY 5B1FA 5I4XA 1OUDA 1GB8A 1KXXA 1OUHA 4TWSA 4WL6A 5HMJA 4EOFA 5KXMA 1GWDA 1C7PA 1LMOA 1IOCA 1JJ3A 3EXDA 4H9BA 4I0CA 3A93A 1BWJA 2MEBA 5EBHA 5APFA 5LAFA 4NGJA 1IR8A 4KXIA 5LYTA 1LHJA 3W6DA 1N4FA 1TBYA 1B5YA 1LMAA 3G3BB 4HPIA 4LT2A 2MEEA 1LSPA 5HLLA 2BQLA 5B1GA 1IP7A 3AZ6A 3LYTA 4YEOA 1EQEA 1GFUA 2FYDA 4OW1A 1B5WA 3QE8A 1LZ6A 7LYZA 1LAAA 4H9HA 2HEDA 1LJ4A 5A3EA 2BQMA 3P65A 1BB4A 3LZ2A 3ZVQA 1GD6A 1LSNA 4QY9A 1IR9A 1REMA 1WQPA 1GHLA 4MCKA 5I53A 3W6AA 4OWEA 4QEQA 1IP2A 4NGLA 3EMSA 1WVVA 3AYQA 5FCPA 1IWTA 1C10A 4IASA 3EBAB 3IJVA 4MSTA 5IDDA 4LFXA 1JTTL 1LKSA 3GXRA 1YANA 1LSFA 2BQEA 2G4PA 5DN5A 1B7PA 3E3DA 3F6ZA 3AB6A 1QSAA 4WM2A 1BQLY 1GB2A 4ETAA 4NY5A 4WLDA 1GB0A 2I6ZA 3WPJA 1BHZA 1GFHA 4B4IA 2X0AA 1GEZA 4KT3A 1EQ5A 3LZTA 5FEKA 5KKIA 1YKYX 4ZFPA 1HSWA 1UIHA 4NGIA 1AT5A 1GDXA 1KXWA 5F81A 1LSEA 2IFFY 1IWUA 1RI8B 3WUNA 1GFVA 1AT6A 1GE4A 3T6UA 3N9CA 1JJ0A 1LMCA 4TX7A 1REYA 3J6KA 1J1OY 4H1PA 1B7SA 4TTDA 1CJ8A 1VFBC 3T36A 1GBWA 4H9CA 4I8SA 1VDPA 2BQKA 2D4JA 2ZNXY 5B59A 3A94A 1B7LA 1LHIA 1BB5A 1LZ8A 5DLAA 1NMMA 1O23A 2HEFA 2ZIJA 5F9UA 3TMUA 5I4WA 4KL7A 1PZYA 4GCEA 3ZVQB 4WLXA 2ZNWY 1C45A 1OUAA 2PC2A 3WW5A 1IP4A 4M6DA 3WUMA 4G4HA 2HEAA 1HELA 1B5XA 1NDMC 1XGTC 3AGHA 1GBXA 4RW2A 2DQCY 4G4BA 4DD3A 1BWIA 1LMPA 1GPQC 4RW1A 1UIAA 4NWHA 3RT5X 4A7DA 4B4EA 5C6LA 2ZWBA 3TMXA 4XJFA 1B7MA 2DQFC 1F10A 1FN5A 1LZEA 2XBRA 4Z98A 4QGZA 1CJ9A 1D9UA 4N8ZA 3W6FA 5KJ9A 4G4CA 1LJJA 3ATNA 3P4ZA 5F9XA 2I26L 3FE0A 4H91A 4B4JA 4HSFA 2CDSA 1QSWA 1LYSA 1LSZA 4AGAA 4H90A 5L3HA 1OUFA 1LMNA 1GAYA 2HU3A 1RE2A 4Z3MA 1IP1A 1YROA 5K7OA 2YSSC 3RW8A 1OUJA 6LYTA 1WTNA 4NSGA 1GBSA 3AGGG 2DBTA 4DD9A 208LA 3TXFA 2BQGA 4NSHA 2DQAA 1YAPA 4LGKA 5KXTA 1IEEA 5M1YA 3B72A 1OP9B 1IP3A 3WXUA 1IORA 4IATA 4WO9A 1IWWA 2LYMA 194LA 3RZ4A 2DQDY 1MELL 1LYYA 1IWYA 4DYGA 2BQOA 4YEMA 1KIRC 1LZAA 3CQLA 4HJZA 4DDAA 4QDNA 5KXZA 4LYBA 5T3FA 2ZQ4A 1G7JC 1GXV2 3CT0A 4ETBA 2G4QA 3TXJA 4MR1A 3CB7A 4XADA 1IWZA 5LA5A 1LKRA 5F16A 1WQNA 5HNCA 4ET9A 1LZTA 2HECA 1GB5A 3TMWA 1LSMA 1B5VA 1B5UA 1JITA 1OUCA 2C8PA 5DN4A 5B07A 4C5FA 5HQ1A 4H9IA 4NHSA 4WG1A 2I25L 1OUIA 3HBDA 1FLWA 4GCDA 1FKQA 1VDQA 4LYMA 4M4OA 4LYZA 4ZEEA 4PRUA 4NG8A 5A3ZA 2BQDA 2BQIA 1GBOA 4NSIA 4II8A 1LTMA 4OOOA 4RDSA 4HJVA 1QTEA 4NGVA 1HEQA 5E4PA 1HEOA 1D0MA 1XEJA 3TXGA 1JJ1A 5I4YA 4HTKA 1CKDA 1GF3A 1IWVA 1HERA 3A96A 1LHHA 1GFRA 1INUA 4BADA 2HUBA 4DC4A 2ZIKA 2BQJA 3A67Y 4NHPA 1LYZA 1JTOL 9LYZA 2Z18A 1VDSA 1VEDA 5APDA 1GF6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CV4A 2NTGA 4I7QA 1L73A 3WVXA 1PS5A 152LA 4DDBA 1GFTA 5DL9A 3V2YA 167LA 4B49A 1WTMA 4FJRA 4NEBA 5JENB 1LJFA 4KPMA 1L11A 2HTXA 3WL2A 2MECA 2XJWA 4NFVA 5KKJA 5J7CA 3CSQA 4C3WA 1LYDA 190LA 229LA 4WOAA 1J1PY 1L41A 3RNXA 114LA 4ETEA 163LA 1L20A 1LZSA 1LJIA 2DKVA 5I5QA 4I7OA 4LT1A 4XN6A 1TDYA 260LA 4ANRA 1L40A 2RSCA 1LZ5A 2B6WA 1LZ4A 2F30A 1WQOA 1L22A 1WQRA 2DQGY 4ZPUA 2H9JA 4WMGA 2D4KA 4GLAA 1ALCA 1ZMYL 2WARA 2BLXA 3C8QA 173LA 2AUBA 1OVJA 4NIJA 1KIPC 1L23A 1L89A 174LA 125LA 1G7LC 1REXA 1GB7A 4ETDA 1K28A 5APCA 4DT3A 3QY4A 4TUNA 4XJGA 3RUNA 166LA 3SN6R 1CKGA 3HTDA 4WM6A 3MGWA 176LA 1L50A 2OE4X 2B5ZA 2YBMA 1SSWA 4I7TA 2RH1A 1A2YC 4ET8A 4W96A 4AQNA 4H9EA 3HBHA 1QUHA 1CU6A 2FBBA 1OUBA 1DKKA 150LA 3PDSA 140LA 2BQCA 1OQMA 4ARLA 1L69A 1FBIX 3BKHA 1PQMA 1C6LA 1BB7A 1L70A 258LA 2Z38A 1CTWA 3CT1A 1KNIA 1HFYA 1LJHA 2CJLA 2D91A 1LZ1A 1G0QA 2O79A 111LA 1GE2A 3NY8A 1SX7A 2MEGA 3C80A 5A3EA 1YAMA 1DXJA 1LOZA 3K3TA 1IOQA 1P5CA 3L64A 4N9RA 255LA 2B72A 4H9AA 3ATOA 1LJGA 2OU9A 4EKQA 4DQ7A 1GE3A 154LA 4J7VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 207L A;  1YL0 X;  1TEW A;  2G4N A;  1GFK A;  3LN2 A;  5KXO A;  3A6C Y;  3RU5 A;  2NWD X;  4LT3 A;  1B9O A;  5ILF A;  2Q0M X;  4HTN A;  2D4I A;  5LIN A;  3WVX A;  2BAA A;  1DI5 A;  1PS5 A;  1QUT A;  4PGJ B;  4D9Z A;  5KY1 A;  3WU9 A;  4DDB A;  2A7F A;  1GFT A;  2MEF A;  5DL9 A;  2Z2E A;  1HML A;  1HFX A;  1JTP L;  1NQI A;  5ILC A;  4H93 A;  1LJ3 A;  1IY4 A;  1LCN A;  4LYO A;  1WTM A;  4B49 A;  4FJR A;  1IX0 A;  1I20 A;  2BQN A;  2W1L A;  4NEB A;  5FDJ A;  5B05 A;  2F4G A;  1H6M A;  3A95 A;  1YL1 X;  1LJF A;  5JEN B;  1HC0 A;  4KPM A;  3WL2 A;  1NBZ C;  2HTX A;  2MEC A;  5LIO A;  1D0L A;  2XJW A;  4NFV A;  5KKJ A;  1AKI A;  1FKV A;  3TXE A;  1XGQ C;  1NBY C;  1QQY A;  5J7C A;  3AW6 A;  3W3E A;  3CSQ A;  5LVJ A;  1GFA A;  4C3W A;  2LYO A;  3KAM A;  4H9F A;  1UIG A;  1GB3 A;  2YVB A;  5KXS A;  1E8L A;  1UAC Y;  3A3R X;  4NHI A;  1HMK A;  2W1X A;  1LHL A;  1CJ7 A;  4WOA A;  1J1P Y;  3RNX A;  1LSC A;  1NF5 A;  3A90 A;  4ETE A;  1CKC A;  1G7I C;  1UC0 A;  4W94 A;  1GFJ A;  1HEN A;  1XEI A;  5C6J A; 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 5L3H A;  1OUF A;  1LMN A;  1GAY A;  2HU3 A;  1RE2 A;  4Z3M A;  1IP1 A;  1YRO A;  5K7O A;  2YSS C;  3RW8 A;  1OUJ A;  6LYT A;  1WTN A;  4NSG A;  1GBS A;  3AGG G;  2DBT A;  4DD9 A;  208L A;  3TXF A;  2BQG A;  4NSH A;  2DQA A;  1YAP A;  4LGK A;  5KXT A;  1IEE A;  5M1Y A;  3B72 A;  1OP9 B;  1IP3 A;  3WXU A;  1IOR A;  4IAT A;  4WO9 A;  1IWW A;  2LYM A;  194L A;  3RZ4 A;  2DQD Y;  1MEL L;  1LYY A;  1IWY A;  4DYG A;  2BQO A;  4YEM A;  1KIR C;  1LZA A;  3CQL A;  4HJZ A;  4DDA A;  4QDN A;  5KXZ A;  4LYB A;  5T3F A;  2ZQ4 A;  1G7J C;  1GXV 2;  3CT0 A;  4ETB A;  2G4Q A;  3TXJ A;  4MR1 A;  3CB7 A;  4XAD A;  1IWZ A;  5LA5 A;  1LKR A;  5F16 A;  1WQN A;  5HNC A;  4ET9 A;  1LZT A;  2HEC A;  1GB5 A;  3TMW A;  1LSM A;  1B5V A;  1B5U A;  1JIT A;  1OUC A;  2C8P A;  5DN4 A;  5B07 A;  4C5F A;  5HQ1 A;  4H9I A;  4NHS A;  4WG1 A;  2I25 L;  1OUI A;  3HBD A;  1FLW A;  4GCD A;  1FKQ A;  1VDQ A;  4LYM A;  4M4O A;  4LYZ A;  4ZEE A;  4PRU A;  4NG8 A;  5A3Z A;  2BQD A;  2BQI A;  1GBO A;  4NSI A;  4II8 A;  1LTM A;  4OOO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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