1UCOA

Hen egg-white lysozyme, low humidity form
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title An X-ray analysis of native monoclinic lysozyme. A case study on the reliability of refined protein structures and a comparison with the low-humidity form in relation to mobility and enzyme action.
pubmed doi rcsb
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ucoA00
1B7LA 3MGWA 4H94A 1UIFA 1LZYA 3WPKA 4NGYA 3WU8A 5FCPA 5KXPA 5APFA 1UIAA 4FJRA 1J1OY 1YAQA 4NGVA 3N9CA 4DDCA 3LN2A 5I53A 1HFXA 1LSPA 2G4PA 3EXDA 1F6SA 2EQLA 5A3ZA 1LMQA 4H8ZA 4Z41A 1LJJA 2FYDA 4LYBA 1CJ7A 4ZIXA 5KXRA 3B72A 4FDYA 1IY3A 1QTKA 3A3RX 1C45A 4HJZA 4L41A 5IDDA 1QSAA 1HSXA 1C7PA 3A6CY 5APCA 1AT5A 1GB3A 2ZWBA 2HTXA 5K7OA 1GHLA 1YKYX 4J7VA 1QQYA 1XEIA 1UCOA 1LJHA 4HTKA 1D6QA 1IOSA 3OK0A 3A6BY 1HERA 1NDMC 1AZFA 4WLYA 4GN3A 4KL7A 1LZSA 1GE1A 1LOZA 1IWYA 4NG1A 5I4WA 1GE3A 4HTQA 1HEOA 1HFYA 1YQVY 1DKKA 1YROA 3AYQA 5L9JA 5LINA 1RJCB 4WM5A 1LPIA 2BLYA 3LHMA 1XGRC 2HUBA 1IC7Y 1BVXA 2BQCA 1UIEA 4DD9A 3LYZA 208LA 1CJ9A 3GXRA 1J1PY 2G4NA 1IO5A 2BQHA 2I6ZA 1XGQC 193LA 4GLVA 1DPXA 3B0OA 1LZ1A 1TEWA 2DQJY 4ML7A 4BADA 1GB0A 3EO5A 3B0IA 4CFPA 1G7MC 1GDXA 1LJFA 5KXSA 1VDPA 1C08C 3J6KA 1KIRC 2CDSA 3HBHA 4WO9A 5LAFA 1B5WA 3ATNA 4WLTA 3WULA 4BS7A 1GXXA 1JKDA 2I25L 3M18B 4PGJB 1P2CC 3A92A 5APDA 4DDBA 1D6PA 3A3QA 1GFGA 3CSRA 1GAZA 1H6MA 3B6LA 3G3AB 1GF3A 1TCYA 1IIZA 2BQAA 1A2YC 5KXXA 4OWHA 1FLUA 1GBXA 1LSAA 2ZYCA 4LFXA 4NY5A 3WXUA 5A3EA 3E3DA 5KKJA 5DL9A 1UACY 1TAYA 3CSZA 1GFUA 1EQEA 1VFBC 2DKVA 4HV2A 5F16A 5FSTA 4TWSA 2YSSC 1LSDA 1B0DA 1EL1A 4WLXA 3T36A 4HPIA 5I54A 1LJKA 3IJVA 4LFPA 5J7CA 1DI5A 4LYTA 3WU9A 1EQ4A 1GB5A 1XSFA 5B59A 4ETAA 2F2NA 1LHJA 1UIDA 1C10A 4HJVA 4WM4A 3WUNA 1UA6Y 1XGPC 2H9KA 1XGTC 2BQGA 2EKSC 4NEBA 5LAGA 4DD2A 3FI7A 1VDTA 2MEEA 2HEBA 1GFEA 4MCKA 4WL6A 3WL2A 5LA5A 4NSGA 4ZFPA 3ATOA 1G7HC 3WU7A 1BB7A 1OUHA 2HEEA 5B06A 1GAYA 2D91A 2ZQ3A 4DD0A 1B7QA 3WW5A 1LZNA 1GBOA 4H9FA 1EQ5A 4H1PA 1REYA 1IP6A 4CHXA 5M1YA 1BB5A 2YBMA 4U3XB 4LT1A 1GB6A 1GFHA 1ZMYL 3D9AC 4OWBA 3RW8A 1HF4A 5E9RA 4B0DA 3RZ4A 4HPEA 1V7TA 1CKDA 4HSFA 2W1XA 3RT5X 5LVGA 1IC4Y 5KXZA 2X0AA 2YVBA 3P66A 1UBZA 2YBNA 1BVKC 1HHLA 1GWDA 1HEQA 2DQFC 4NWHA 4DD7A 1IOQA 1LZ5A 1OUBA 4RW2A 1LSYA 3N9EA 1LMTA 2VB1A 4G4BA 5F14A 4KXIA 4YEMA 1IR9A 4XJFA 1VAUA 1D0MA 2D4KA 2LYMA 1GF5A 2ZQ4A 2N5ZA 2C8PA 1QSWA 2F4AA 2YDGA 1N4FA 5HMJA 1DXJA 3CT1A 4YENA 1DKJA 5FEKA 5LYMA 1LZDA 1GB2A 1LSBA 2HEDA 2GV0A 4OWEA 3TMUA 4X3BA 2Z39A 9LYZA 5KXWA 3AGHA 5ILFA 1RFPA 1LHLA 4WM6A 1YAPA 1LZ9A 1OUFA 2BQOA 4LT0A 4NGJA 3AZ4A 3TMWA 5IHGA 5KKIA 1GE4A 1FLYA 1WQRA 3LZTA 1GBYA 2HU1A 2LYZA 1FBIX 1WQNA 4ANRA 4DT3A 1QIOA 2D6BA 4BAFA 4C5FA 1LSMA 1QUSA 3CT5A 1IP7A 4WL7A 1VATA 6LYZA 3A96A 1E8LA 4RDSA 4XYYA 3WPLA 4GN4A 4Z98A 5FELA 1LZGA 3W6BA 3VWOA 2CWIA 4D9ZA 3EBAB 3AB6A 4ETCA 1IEEA 4NGWA 4XENA 1BB3A 1OUDA 1KXYA 1CJ6A 3J4GA 3K3TA 5I4YA 4M4OA 5IELA 4LT3A 1OUJA 1LSFA 1JISA 1LYSA 1GFRA 4LYOA 4ZEEA 4J1AA 1HMKA 4KT3A 4GCCA 2BQLA 4M6DA 1ZVYB 5KXMA 1HMLA 1QTEA 3AGGG 4TUNA 4LYMA 1BWIA 2IFFY 4XADA 4NSHA 5DN5A 2LHMA 1REMA 2Z2FA 4B49A 4H9HA 1LJNA 1LZTA 1BWHA 1F10A 1JJ1A 1I1ZA 1LZ4A 2HECA 2BQNA 2I26L 2IHLA 4N5RA 2ZIJA 1LJEA 3QNGA 3TXGA 2F30A 1MELL 4R6CA 2EIZC 4J0LA 5LVJA 1JTTL 1LSEA 1VDQA 3BKVA 2G4QA 4B4IA 3WH1A 3CSQA 4NHPA 1LJ3A 1HC0A 4RW1A 5I4XA 1TBYA 1GEZA 1LJGA 5HLLA 1LMNA 207LA 4IJ4A 3ZVQA 4UWNA 5DN4A 1BWJA 1W08A 1KIPC 4GCDA 3AJNA 4A7DA 1HEMA 2Z38A 2YBLA 1B2KA 1PS5A 1VDSA 2Z12A 4XJGA 4B4JA 2BQKA 3WYHA 4GLAA 4LGKA 1LZCA 4QGZA 4B1AA 4R0FA 4RLNA 5HNLA 2Y8PA 4IASA 5KXLA 4GCBA 5FHWA 1GF7A 1NKHA 2XBSA 1B5UA 1JKCA 4PPOA 1LAAA 4LYCA 3A8ZA 1GF4A 132LA 1LSCA 4B4EA 5B1FA 5KXOA 1OUGA 3HBDA 1SQ2L 1LYYA 4N8ZA 5KJ9A 4I8SA 1NF5A 2D4JA 1IR7A 1LHMA 1UICA 1JWRA 3SP3A 3TXHA 4WG7A 4QEQA 4CJ2A 1QUTA 5LA8A 1YL1X 1GBSA 1JPOA 1LJ4A 4NHQA 1YKZX 4NGOA 1AKIA 2FBDA 1GF9A 1IWTA 2ZIKA 1GFVA 4DC4A 1KIQC 2Z37A 2BQIA 4GCEA 2BQDA 5EBHA 1REZA 4NHTA 3WMKA 1LZ8A 1NBZC 1CKGA 3P65A 3RU5A 5C6JA 4NGZA 1OUCA 4RLMA 1GBZA 1IWXA 4WM2A 4LYZA 1GEVA 3A93A 1B7OA 1LHIA 3LYMA 5AMYA 1YAOA 4WMGA 3A90A 4XJIA 5B07A 1YAMA 4TX7A 1LMCA 1WQPA 4LZTA 2LZ2A 4OWCA 2C8OA 1XEKA 3WPJA 1J1XY 3WW6A 1CKHA 3P4ZA 1LMOA 5DM9A 1LSNA 3IWRA 4H92A 1LMPA 2DQDY 3AW7A 1OUEA 2H5ZA 2XJWA 4NHIA 2BQBA 3KAMA 4H8XA 2PC2A 4NSIA 1RCMA 1GD6A 1LMAA 1LYOA 1MLCE 4H8YA 1GFJA 1YIKA 5KY1A 1NQIA 4NG8A 4H9IA 2NWDX 3W6FA 5D5CA 4H9CA 2EPEA 4TTDA 1HEWA 1GB8A 1C46A 3G3BB 4DYGA 2H9JA 1GF8A 3ZVQB 1I20A 4W96A 1B7NA 1IY4A 1BB6A 1UUZC 1IWVA 3D3DA 3W6CA 3W6EA 2W1YA 1ZVHL 1LTMA 4OW1A 2ZNWY 3TMVA 4G9SA 4GCFA 4ET9A 1CKCA 1HENA 1JSFA 5F9UA 3LYOA 3HFMY 4G49A 4GN5C 5LYZA 1B5XA 1LHHA 1A4VA 5KXYA 4UWUA 7LYZA 1IWWA 2AUBA 3WVYA 1LYZA 1WQQA 1FLWA 4YEOA 5LVKA 4PRUA 1JJ3A 1GFAA 4H9AA 1D0KA 1UIBA 2BQEA 3CB7A 2CGIA 1JKAA 3ULRA 1H87A 1OUAA 5HQ1A 1FN5A 3AZ6A 5LYTA 2FYCA 1LKRA 4TSBA 4XJHA 2RSCA 1KXXA 2MEHA 1AM7A 2YBHA 3IJUA 2YBJA 3T6UA 3W6DA 4YF2A 4NGLA 1BB4A 1WVUA 5LVHA 2Z2EA 4XJBA 1HELA 4NSJA 2DQEY 1Z55A 3EMSA 1INUA 1GXV2 1ALCA 4QY9A 1BGIA 1JJ0A 3WUMA 2F4GA 1IP3A 4P2EA 2MEIA 1NWGA 1DI3A 2Q0MX 3BKHA 1V7SA 3CQLA 5DLAA 4N0JA 2LZTA 1LCNA 1HNLA 2FBBA 1RE2A 1G7LC 5LXWA 4WM1A 2Z18A 1C43A 4UWVA 3P68A 1B5VA 4NIJA 1LZRA 3WVXA 3QY4A 1YANA 1NHEA 4J1BA 2MECA 1JEFA 1DZBX 3AGIA 153LA 5F9XA 1CKFA 4MR1A 4Z46A 1WTNA 5I5QA 4PHIA 1AT6A 1XFPL 1GPQC 1G7JC 3OJPA 2LYOA 154LA 5KXNA 1JKBA 4N1EI 8LYZA 4DDAA 4N1CC 4AXTA 1LJIA 1B9OA 3B0KA 1G7IC 5LIOA 5II3A 1GB7A 2DQGY 1IP4A 4YOPA 1IORA 1GF0A 2MEGA 3RNXA 1F0WA 2MEDA 3TMXA 3WUAA 1B7RA 1PZYA 4C3WA 5HNCA 133LA 4WO6A 3A91A 3WXTA 2DQCY 4XN6A 1NMMA 4EMNA 4YM8A 4HP0A 2BLXA 3LYTA 1IR8A 4H93A 4DWXA 1GFTA 1B5ZA 4WM3A 4ETDA 5JENB 194LA 4KPMA 5L3HA 1GF6A 1OUIA 1JTOL 3A95A 5C6IA 2HEFA 1UIHA 4ETEA 1GB9A 3P64A 4HTNA 1IWUA 1YL0X 1DQJC 1IC5Y 1LSGA 1OQMA 1VEDA 2Z19A 2BQJA 1UIGA 1GDWA 5APEA 4OOOA 1BQLY 5ILCA 1HEPA 1LHKA 4I0CA 3LZ2A 1LZBA 3TXFA 4WLDA 1IOCA 1W6ZA 1REXA 2WARA 1FKVA 4H9EA 3ZEKA 5B05A 1JHLA 1IVMA 4G4HA 1CJ8A 1JITA 2A7DA 4W94A 2BAAA 4WOAA 3FE0A 3GXKA 4H9BA 135LA 1GE0A 4QDNA 3CT0A 4ET8A 3AZ7A 2XTHA 2MEFA 1NDGC 4PJ2C 4TSCA 1GFKA 1WVVA 3A67Y 5KXTA 5KXKA 4G4CA 1GE2A 1LKSA 4H90A 1QDTA 5B1GA 4CFOA 1B7PA 1IOTA 1YKXX 5D5FA 5LVIA 3AW6A 3F6ZA 3N9AA 2W1LA 4Z3MA 5T3FA 2HEAA 4PRQA 1DPWA 2ZYPA 5FDJA 1D9UA 1UC0A 1BHZA 2DQIY 1IP2A 4HV1A 2BQFA 2A7FA 1WQOA 4LT2A 4XJDA 1T6VL 6LYTA 4OWAA 5L3IA 1FLQA 1RI8B 2CJLA 1B7SA 2ZILA 3TXEA 3W3EA 4II8A 3TXKA 1HSWA 1IX0A 4NFVA 4OOTA 3TXIA 1JSEA 1NBYC 2ZNXY 4ETBA 1T3PA 4DD1A 2D4IA 4H91A 4NWEA 4E3UA 1LZ6A 1OP9B 1O23A 4O34A 2HU3A 1TDYA 1SLYA 134LA 1QDRA 1D0LA 1LZEA 5HMVA 3HBEX 4NGKA 2BQMA 1WTMA 1XEJA 1F6RA 1JIYA 3TXDA 1GBWA 1JTPL 1XGUC 1IP5A 3A94A 4WG1A 4NGIA 5E4PA 2MEBA 5F81A 1CNSA 3TXJA 1FKQA 1IP1A 1YILA 2MEAA 4DD3A 1I56A 1WQMA 2B5ZA 1FDLY 3M3UA 1B7MA 1HFZA 1ZV5L 1DI4A 4IATA 2XBRA 1LSZA 4NHSA 3A34A 4BAPA 4CGEA 2DBTA 3W6AA 2W1MA 4AGAA 1IWZA 4MSTA 1B5YA 4N9RA 1JUGA 2BPUA 1LZAA 2DQHY 3AZ5A 4HJYA 3QE8A 1KXWA 3TXBA 2YBIA 4EOFA 5C6LA 2DQAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MGWA 4H94A 1L60A 5KXPA 5APFA 1YAQA 3N9CA 4I7QA 3EXDA 5A3ZA 3FADA 4ZIXA 4FDYA 4ARQA 3A3RX 4HJZA 239LA 1PQJA 2ZWBA 2HTXA 1YKYX 4J7VA 4HTKA 1D6QA 4WLYA 1AZFA 1LZSA 1LOZA 4DJHA 2RBRA 1HFYA 1L68A 1G0MA 4WM5A 1LPIA 1SX7A 3LHMA 1IC7Y 1BVXA 2BQCA 167LA 1UIEA 208LA 4EKPA 2G4NA 1C6GA 2LCBA 1KY0A 1IO5A 1G0KA 3B0OA 1L45A 4CFPA 157LA 5KXSA 1VDPA 5LAFA 185LA 3ATNA 1QT3A 1JKDA 166LA 2I25L 3DN1A 1P2CC 4DDBA 1CU2A 3SB6A 3CSRA 199LA 3HT7A 242LA 1IIZA 2BQAA 3E3DA 1VFBC 4TWSA 2YSSC 4WLXA 3T36A 1LJKA 5J7CA 2B6XA 4ETAA 3DKEX 1CTWA 1QT6A 1KNIA 4MCKA 4NSGA 3WU7A 196LA 227LA 3SBBC 4H9FA 1EQ5A 4CHXA 4LT1A 4DQ7A 1ZMYL 4OWBA 5E9RA 4HPEA 4HSFA 4DAJA 1IC4Y 1L64A 1HHLA 1GWDA 1OUBA 1P64A 1LMTA 2VB1A 2Q9DA 1T8FA 1VAUA 2F4AA 1QUGA 1DXJA 4YENA 4I7MA 5FEKA 1T6HA 107LA 1OVJA 4OWEA 3TMUA 2Z39A 3AGHA 1RFPA 1L97A 243LA 3TMWA 5IHGA 1L83A 1FLYA 219LA 1L11A 2HU1A 237LA 1WQNA 4K5YA 1QIOA 3PBLA 4BAFA 1L27A 1IP7A 3A96A 4Z98A 1LZGA 3VWOA 1IEEA 1KXYA 1CJ6A 3CDRA 1QUOA 1JISA 1L30A 4J1AA 1L82A 4M6DA 257LA 2RB1X 3AGGG 163LA 2IFFY 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B7L A;  3MGW A;  4H94 A;  1UIF A;  1LZY A;  3WPK A;  4NGY A;  3WU8 A;  5FCP A;  5KXP A;  5APF A;  1UIA A;  4FJR A;  1J1O Y;  1YAQ A;  4NGV A;  3N9C A;  4DDC A;  3LN2 A;  5I53 A;  1HFX A;  1LSP A;  2G4P A;  3EXD A;  1F6S A;  2EQL A;  5A3Z A;  1LMQ A;  4H8Z A;  4Z41 A;  1LJJ A;  2FYD A;  4LYB A;  1CJ7 A;  4ZIX A;  5KXR A;  3B72 A;  4FDY A;  1IY3 A;  1QTK A;  3A3R X;  1C45 A;  4HJZ A;  4L41 A;  5IDD A;  1QSA A;  1HSX A;  1C7P A;  3A6C Y;  5APC A;  1AT5 A;  1GB3 A;  2ZWB A;  2HTX A;  5K7O A;  1GHL A;  1YKY X;  4J7V A;  1QQY A;  1XEI A;  1UCO A;  1LJH A;  4HTK A;  1D6Q A;  1IOS A;  3OK0 A;  3A6B Y;  1HER A;  1NDM C;  1AZF A;  4WLY A;  4GN3 A;  4KL7 A;  1LZS A;  1GE1 A;  1LOZ A;  1IWY A;  4NG1 A;  5I4W A;  1GE3 A;  4HTQ A;  1HEO A;  1HFY A;  1YQV Y;  1DKK A;  1YRO A;  3AYQ A;  5L9J A;  5LIN A;  1RJC B;  4WM5 A;  1LPI A;  2BLY A;  3LHM A;  1XGR C;  2HUB A;  1IC7 Y;  1BVX A;  2BQC A;  1UIE A;  4DD9 A;  3LYZ A;  208L A;  1CJ9 A;  3GXR A;  1J1P Y;  2G4N A;  1IO5 A;  2BQH A;  2I6Z A;  1XGQ C;  193L A; 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 4ET8 A;  3AZ7 A;  2XTH A;  2MEF A;  1NDG C;  4PJ2 C;  4TSC A;  1GFK A;  1WVV A;  3A67 Y;  5KXT A;  5KXK A;  4G4C A;  1GE2 A;  1LKS A;  4H90 A;  1QDT A;  5B1G A;  4CFO A;  1B7P A;  1IOT A;  1YKX X;  5D5F A;  5LVI A;  3AW6 A;  3F6Z A;  3N9A A;  2W1L A;  4Z3M A;  5T3F A;  2HEA A;  4PRQ A;  1DPW A;  2ZYP A;  5FDJ A;  1D9U A;  1UC0 A;  1BHZ A;  2DQI Y;  1IP2 A;  4HV1 A;  2BQF A;  2A7F A;  1WQO A;  4LT2 A;  4XJD A;  1T6V L;  6LYT A;  4OWA A;  5L3I A;  1FLQ A;  1RI8 B;  2CJL A;  1B7S A;  2ZIL A;  3TXE A;  3W3E A;  4II8 A;  3TXK A;  1HSW A;  1IX0 A;  4NFV A;  4OOT A;  3TXI A;  1JSE A;  1NBY C;  2ZNX Y;  4ETB A;  1T3P A;  4DD1 A;  2D4I A;  4H91 A;  4NWE A;  4E3U A;  1LZ6 A;  1OP9 B;  1O23 A;  4O34 A;  2HU3 A;  1TDY A;  1SLY A;  134L A;  1QDR A;  1D0L A;  1LZE A;  5HMV A;  3HBE X;  4NGK A;  2BQM A;  1WTM A;  1XEJ A;  1F6R A;  1JIY A;  3TXD A;  1GBW A;  1JTP L;  1XGU C;  1IP5 A;  3A94 A;  4WG1 A;  4NGI A;  5E4P A;  2MEB A;  5F81 A;  1CNS A;  3TXJ A;  1FKQ A;  1IP1 A;  1YIL A;  2MEA A;  4DD3 A;  1I56 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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